1. 피고가 202x. x. xx. 원고에게 한 201x 사업연도 법인세 **원, 201x 사업연도 법인세 **원, 202x 사업연도 법인세 **원의 각 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 비철금속의 합금 및 화합물의 제조ㆍ판매업 등을 주된 사업으로 영위하는 회사로, 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조의32 제1항에 따른 미환류소득에 대한 법인세 적용대상이다.

나. 원고는 202x. xx. x. 201x 내지 202x 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부할 당시 미환류소득에 대한 법인세액 합계 **억 원을 과다신고ㆍ납부하였다는 이유로, 피고에게201x 내지 202x 사업연도 법인세 합계 **억 원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 선행 경정청구’라 한다).

다. 한편 서울지방국세청장은 2021. xx. xx.부터 2022. x. xx.까지 원고에 대한 20xx내지 20xx 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과 피고에게 해외법인으로부터 구매대행용역에 관한 수수료 xx억 xx만 원을 수취하지 않았다는 등의 과세자료를 통보하였고, 피고는 2022. x. x. 원고에게 아래 표 기재와 같이 201x 내지 202x 사업연도 법인세 합계 ***원(과소신고가산세 합계 ***원, 납부지연가산세 합계 **원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정’이라 한다).

(표생략)

라. 피고는 202x. x. x. 이 사건 선행 경정청구를 받아들여 원고에게 20xx 내지 20xx사업연도 법인세 합계 **억 원을 환급하여 주었다(이하 ‘이 사건 환급세액’이라 한다).

마. 원고는 202x. x. x. 이 사건 증액경정에도 불구하고 이 사건 환급세액을 고려하면 아래 표 기재와 같이 20xx 내지 20xx 사업연도 법인세와 관련하여 추가로 신고ㆍ납부하여야 할 세액이 없다는 이유로, 피고에게 20xx 내지 20xx 사업연도 법인세 과소신고가산세 및 납부지연가산세 합계 **원(= 과소신고가산세 합계 **원 + 납부지연가산세 합계 **원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

(표 생략)

바. 피고는 20xx. x. xx. 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의것, 이하 같다)상 ① 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 세율을 곱한 금액에 ② 미환류소득에 대한 법인세액을 합산하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 세액을 계산한다고 하더라도, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 서로 과세단위가 다르므로, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 과소신고ㆍ납부한 이상 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 부과된다는 이유로, 이 사건 경정청구를 거부하였다.

원고는 위 경정거부처분에 불복하여 20xx. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 202x. x. xx. 위 경정거부처분 중 납부지연가산세 합계 **원 부분만을 취소하고 원고의 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다(이하 위 경정거 부처분 중 조세심판원의 결정에 따라 감액되고 남은 과소신고가산세 합계 **원 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 당초 국세기본법 제47조의3 제1항은 2006. 12. 30. 신설될 당시 ‘납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고가산세를 부과한다’고 규정하고 있었으나, 2011. 12. 31. ‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과한다’고 개정되었다가, 2014. 12. 23. ‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과한다’고 개정되어 이 사건에 적용되는 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제1항에까지 이르고 있는데, 이는 과소신고가산세의 계산 기준을 산출세액(과세표준에 세율을 곱하여 산출한 금액)에서 납세자가 추가로 납부해야 할 세액(산출세액에서 세액공제ㆍ세액감면과 기납부세액을 차감한 금액)으로 변경함으로써 과소신고가산세를 계산할 때에 공제ㆍ감면된 부분이 고려되지 않았던 불합리함을 개선하기 위한 취지에 따른 것이다.

 앞서 본 구 국세기본법 제47조의3 제1항의 문언, 내용, 입법 취지, 개정 연혁 등을 고려하면, 법인세 납세의무자가 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 과소신고하였다고 하더라도 추가로 납부해야 할 ‘세액’이 없다면 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 봄이 타당하다(지방세기본법이 2015. 12. 29. 개정되어 과소신고가산세의 산정기초가 과세표준에 세율을 곱한 산출세액에서 납부세액으로 변경되었는데, 이는 지방세 전액 감면대상자에 대하여 신고의무를 불이행하더라도 과소신고가산세가 부과되지 아니하도록 하기 위한 취지에 따른 것이라고 판단한 대법원 2026. 4. 9. 선고 2025두35293 판결 참조).

나. 이에 대하여 피고는, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 과세단위가 다르므로, 추가로 납부해야 할 ‘세액’의 존부를 결정함에 있어 각 세액의 증감사항을 통산할 수 없다고 주장한다.

그러나 ① 구 법인세법 제4조 제1항 본문은 법인세가 과세되는 소득으로 ㉠ 각 사업 연도의 소득, ㉡ 청산소득, ㉢ 토지등 양도소득을 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제55조 제1항은 미환류소득에 대한 법인세액을 ‘조세특례제한법 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액’이라고만 지칭하고 있으며, 구 조세특례제한법 제100조의32 제2항 역시 일정한 산식에 따라 계산한 ‘금액’이 양수인 경우에는 ‘미환류소득’이라 하고 음수인 경우에는 ‘초과환류액’이라 한다고 약칭하고 있을 뿐이므로, 미환류소득이 독자적인 의미를 갖는 ‘소득’에 해당한다고 볼 수 있는지 의문인 점, ② 구 법인세법 제55조 제1항은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 납부세액의 기초가 되는 산출세액을 ㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 세율을 곱한 금액에 ㉡ 토지등 양도소득에 대한 법인세액과 ㉢ 미환류소득에 대한 법인세액을 합한 금액이라고 규정하고 있으므로, 최초 법인세 신고 단계에서부터 각 세액의 통산을 예정하고 있음이 분명하고, 구 조세특례제한법 제100조의32 제2항이 미환류소득에 대한 법인세 적용대상에 대하여 미환류소득의 신고의무를 부과하고 있다고 하여 그 결론이 달라진다고 보기 어려운 점, ③ 구 법인세법 제60조 제1항은 ㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 세액 이외에도 ㉡ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고 대상으로 규정하고 있고, ㉡ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 구 법인세법 제13조 제1항 본문에 따라 미환류소득에 대한 법인세와 무관하게 계산되는 것이므로, 구 법인세법 시행규칙(2021. 3. 16. 기획재정부령 제844호로 개정되기 전의 것) [별지 제1호 서식], [별지 제3호 서식], [별지 제9호 서식]에서 각 사업연도의 소득 계산과 미환류소득에 대한 법인세 계산을 구분하여 기재하도록 요구하고 있다고 하여 추가로 납부해야 할 법인세액을 계산할 때 통산이 허용되지 않는다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

다. 따라서 이 사건 증액경정에도 불구하고 이 사건 환급세액을 고려하면 원고가 2018 내지 2020 사업연도의 소득에 대한 법인세와 관련하여 추가로 납부하여야 할 세액이 없으므로, 원고에 대하여 과소신고가산세를 부과할 수 없다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.