주 문
이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.
이 유
1.세무조사결과통지 내용
가. 청구법인은 A보험㈜(이하 “A”라 한다)의 자회사로서, 19**.**.** 설립되어 손해발생 사실의 확인, 손해액과 보험금의 사정, 자동차와 관련된 긴급출동 등을 목적으로 하는 주식회사이다.
나. 조사청은 2025.9.10.부터 2025.10.28.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하고, ① 청구법인은 소속 임직원의 건강검진비용을 지원(이하 “쟁점지원금”이라 한다)하였음에도 이를 2022년∼2025년 각 임직원의 근로소득에 포함해 원천징수하지 않았고,
② 사내 노동조합인 B노동조합(이하 “B”라 한다)에 지원한 홈페이지 구축 비용 및 전국C노동조합 소속 D(이하 “D”라 한다)에 지원한 사무실 운영비(이하 홈페이지 구축 비용 및 사무실 운영비를 통칭 “쟁점노조지원금”이라 한다)는 전액 2021∼2024 사업연도 기업업무추진비 한도초과액에 해당함에도 불구하고 감가상각비 등으로 손금산입하였으며,
③ ㈜E, ㈜F, G(유)(이하 세 법인을 통칭 “청구외법인”이라 한다)에 소프트웨어 사용권과 관련해 지급한 선급금 3,409백만원을(이하 “쟁점선급금”이라 한다) 권리의무가 확정되지 않았음에도 지급 시점이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하였다는 이유로,
2022년∼2025년 귀속 근로소득세(원천세) 661,318,647원 및 2021∼2024 사업연도 법인세 119,932,274원을 과세하겠다는 세무조사 결과를 2025.11.11. 통지하였다.
라. 청구법인은 이에 대하여 2025.12.11. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.
2. 청구법인 주장
가. (쟁점① 관련) 쟁점지원금은 임직원의 근로소득에 해당하지 않는다.
1) 쟁점지원금은 청구법인이 ｢산업안전보건법｣에 따라 사업주에게 부여된 법령상 의무를 이행하고, 생산수단인 인적자원을 효과적으로 활용하는 과정에서 발생한 것일 뿐이다.
청구법인은 재직 중인 소속 임직원 전원을 대상으로 하는 건강검진정책을 시행 중으로, 연 2명 수준에 불과한 임원 수검자를 제외한 모든 직원들은 지위 고하나 근속연수 등을 막론하고 모두 동일한 내용의 복리후생 정책을 적용받으며, ｢산업안전보건법｣에 따른 법정 검사항목은 검진 내용에 필수적으로 포함된다.
당사는 건강검진정책에 따라 임직원들이 전부 건강검진을 받도록 함으로써 산업안전보건법 제129조 제1항, 제2항에서 정한 의무를 이행한 것이 되어 과태료 부과대상에서 제외된다. 그리고 청구법인은 임직원들의 건강검진 자료를 통보받아 인사에 활용하고 있고, 이를 위해 임직원들이 건강검진에 적극 참여하게끔 유도하기 위해 1일의 유급 공가도 부여하고 있으며, 검진기관과 검진범위를 통제하고 있다. 즉 쟁점지원금은 청구법인이 법령상 의무를 준수하면서 사업상의 필요에 의하여 지출하는 것이지, 임직원에게 급여를 지급하기 위한 것이 아니다.
2) 납세자(임직원) 입장에서도 건강검진은 법률상 의무를 이행하면서 회사의 정책을 준수하기 위하여 의무적으로 받는 것일 뿐, 납세자가 얻은 이익은 심리적 만족감 정도의 추상적 이익에 불과하다.
임직원들은 원하지 않더라도 건강검진을 받아야 함은 물론이고 (건강검진 수검은 직원 입장에서도 법정 의무), 법정 필수검진 항목은 반드시 포함되어야 한다.
3) 임직원들은 혹여 건강검진을 받지 않더라도 이를 타인에게 처분하거나 차기로 이월할 수 없으며, 다른 재화나 용역으로 바꿀 수도 없다. 쟁점지원금은 청구법인이 의료기관에 직접 지급한다.
대법원은 최근 민간기업 임직원들이 회사로부터 부여받은 복지포인트를 근로소득으로 보면서 그 근거로 '비록 그 범위는 제한적이라도 임직원들이 그 의사에 따라 자유롭게 사용이 가능하다'는 점을 제시하였다(대법원 2025. 9. 11. 선고 2023두59391 판결). 그런데 쟁점지원금은 그러한 제한적인 범위 내의 자유로운 사용마저도 금지되어 있는 것이다.
4) 국세청은 앞서 '건강검진관련 법률 등에 따라 모든 임직원에 대하여 건강검진을 실시하는 데 따른 비용은 법인의 손금으로 임직원의 근로소득에 해당하지 않는 것'이라고 유권해석하였다(서면인터넷방문상담2팀-921, 2005.6.27.).
조사청이 제시한 유권해석(서면-2024-원천-0199, 2024.03.28)은 '모든 임직원'이 '회사가 사전에 지정한 검진기관'에서 건강검진을 받아야 하는지 여부가 드러나지 않아 본 건에 적용될 수 없다.
만약 조사청이 제시한 유권해석을 '모든 임직원'이 '회사가 사전에 지정한 검진기관'에서 건강검진을 받아야 하는 경우에도 적용되는 것으로 해석한다면, 위 유권해석은 ｢국세청 법령사무처리규정｣에서 정한 절차를 위반한 유권해석이 된다. ｢국세청 법령사무처리규정｣에 따르면, 주무국장은 서면질의 내용이 기존의 세법해석의 변경이 필요한 경우에 해당하는 경우에는 이를 징세법무국장에게 이송하여야 하고(제15조제1항제2호), 징세법무국장은 기존의 세법 해석을 변경하는 사항에 해당하는 경우에는 재정경제부장관에게 세법해석을 요청하여야 한다(제12조제1항). 그런데 조사청이 제시한 유권해석은 위 절차를 거치지 않았으므로, 만약 해당 유권해석을 기존 세법해석을 변경하는 것으로 본다면 법령상 중대한 절차적 하자가 있는 경우가 될 수밖에 없다.
5) 국가는 국민의 보건 향상을 위한 정책과 법률을 수립할 헌법상 의무를 부담하고 있고 그에 따라 국민건강의 최소한을 보장하기 위해 ｢산업안전보건법｣이 도입된 것인데, 최소한의 범위를 넘었다는 이유로 과세대상으로 삼으면 법체계에 반함은 물론이고 국가 재정을 들여서라도 건강검진 범위를 확대하고자 하는 정책에도 어긋난다.
이 건 과세 시에는 향후 모든 납세자의 가처분소득 결정과도 직결되어, 궁극적으로는 국민의 건강권에 영향을 미치게 될 것이다.
나.(쟁점② 관련) 쟁점노조지원금은 기업업무추진비에 해당하지 않는다.
1) 법원은 회사가 노동조합과 체결한 단체협약에 따라 ‘노동조합 사무실의 부족한 공간을 확장하기 위한 복층설치 비용’을 지출한 것은 ‘노동조합 활동에 필요한 제반시설의 범주를 넘어서지 아니하는 범위 내에서 위 단체협약에 따른 회사의 의무를 이행한 것’에 불과하여 기업업무추진비에 해당하지 않는다고 판결한 바 있다(서울고등법원 2008.2.1. 선고 2007누7651 판결 참조).
2) 청구법인은 B와의 사이에서 적법하게 체결된 단체협약에 따라 홈페이지 구축 비용을 지출하였다.
청구법인이 구축 비용을 지원하여 B에게 제공한 홈페이지는, 코로나19로 인한 사회적 거리두기가 극에 달하여 수도권에 2단계(5인 이상 사적 모임이 금지되고, 종교시설 대면 예배 인원도 20% 내로 제한되는 등 집합금지 조치가 엄격하던 시기) 수준의 집합금지 조치가 발령되어 있던 2021년 2월 무렵, 노동조합이 노조원들의 민주적 의사결정을 기반으로 자주적 노조활동을 수행하는 데에 지장이 생기지 않도록 보장하기 위한 목적에서 노동조합에게 제공하기로 약속한 것이다.
또한 B 홈페이지는 노조원들이 노동조합의 보호 없이 단독으로 문제를 제기하기에는 상당한 어려움이 있는 ‘직장내 괴롭힘, 비리, 부정 등’을 익명을 보장받으며 제보할 수 있는 창구 기능을 제공하고 있다.
이처럼 B 홈페이지 구축 비용은 노동조합이 헌법상 기본권으로 보장된 근로3권을 행사하는 일련의 조합활동(노동조합의 업무수행)을 수행하는데 필요한 범위 내에서 발생한 비용이다.
3) 조사청도 인정하고 있듯이, B는 국세기본법상 ‘법인으로 보는 단체’에 해당할 뿐 ‘법인’은 아니다.
｢국세기본법｣ 제13조에서 ‘법인으로 보는 단체’를 정하여 세법의 적용에 있어 법인으로 간주하는 것은, 비법인단체들이 부담할 조세의 종류와 과세대상을 특정하기 용이하도록 하여 납세자의 법적 안정성을 확보하기 위한 규정인 것이다(대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결).
그런데 등기부를 통해 쉽게 확인이 가능한 ‘법인’ 여부와는 달리, 세법상 ‘법인으로 보는 단체’인지 여부는 공시된 자료를 통하여 쉽게 확인할 수 없으므로, 제3자와의 관계에서도 ‘법인 의제’의 효력이 미친다고 보는 경우 오히려 거래상대방인 납세자의 법적 안정성이 저해되는 결과가 발생한다.
즉, ｢국세기본법｣ 제13조의 ‘법인으로 보는 단체’ 규정은 해당 비법인단체의 납세의무(해당 비법인단체 입장에서 과세되는 조세의 종류 및 과세대상)에 관한 것이지, 거래상대방의 입장에서도 동일하게 ‘법인’과 거래한 것으로 보겠다는 규정은 아니라고 보아야 한다.
4) D에 지원한 사무실 비용의 경우, 조사청은 D 소속 현장조사원의 사용자는 청구법인이 아닌 A로 보아야 하므로 청구법인과 D 사이의 단체협약 내용은 쟁점노조지원금의 기업업무추진비 해당 여부를 판단하는 근거가 될 수 없고, 중앙노동위원회 재심결정은 청구법인의 모회사가 왜곡한 사실관계를 전제로 한다고 주장한다.
그러나 이는 조사청이 근거 없는 추측과 상상을 기반으로 일방적인 주장을 하고 있는 것에 불과하다. 청구법인은 재심결정 당시 D 현장조사원과 관련된 자료를 모두 제출하며 중앙노동위원회의 절차 진행에 성실히 협조하였고, 왜곡된 사실관계를 주장한 바 없다.
그리고 이와는 별개로 조사청의 논리 전개는 노동조합법상 근로자성 판단에 대한 명백한 법리 오해에 기반하고 있다. 대법원은 ‘노동조합법상 근로자는 타인과의 사용종속관계하에서 노무에 종사하고 대가로 임금 기타 수입을 받아 생활하는 자를 말하고, 그 사용종속관계는 당해 노무공급계약의 형태가 고용, 도급, 위임, 무명계약 등 어느 형태이든 상관없이 사용자와 노무제공자 사이에 지휘·감독관계의 여부, 보수의 노무대가성 여부, 노무의 성질과 내용 등 그 노무의 실질관계에 의하여 결정되는 것이다’라고 판시하고 있다(대법원 2018.6.15. 선고 2014두12598, 2014두12604 판결 참조).
즉, 노동조합법상 어떠한 사용자의 근로자인지 여부를 판단하는 핵심은 ‘사용종속관계’이고, 이러한 ‘사용종속관계’는 단순히 노무제공자가 누구로부터 보수를 받는지에 따라 정해지는 것이 아니라 누구와 ‘지휘·감독관계’에 있는지 등에 따라 정해지는 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2011다78804 판결 참조).
이 건의 경우에도 중앙노동위원회는, (i) 청구법인이 현장조사원과의 계약의 내용을 일방적으로 결정하고 있다는 점, (ii) 현장조사원들이 청구법인의 사업을 통해 비로소 시장에 진입할 수 있다는 점, (iii) 현장조사원들과 청구법인 사이 법률관계가 상당한 정도로 지속적이라는 점, (iv) 청구법인이 현장조사원들을 지휘·감독하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 D 소속 현장조사원들의 ｢노동조합법｣ 상 근로자성을 판단한 것이고, 실제로 이러한 사정들에 비추어 보면 D 소속 현장조사원을 지휘·감독하여 사용종속관계가 있는 자는 A가 아닌 청구법인이라고 봄이 지극히 타당하다.
따라서 조사청 주장대로 청구법인이 D 소속 현장조사원들에게 사고출동서비스 용역대가를 지급하지 않는다고 하더라도, 그러한 사정만으로 D 소속 현장조사원들이 청구법인과의 관계에서 노동조합법상 근로자성이 부정되는 것이 아니다.
5) 이와 같은 전제에서 볼 때, D에 지원한 사무실 비용도 단체협약 등에 따라 청구법인의 의무를 이행하는 과정에서 발생한 비용으로서 기업업무추진비에 해당하지 않는다.
청구법인은 D 소속 현장조사원을 청구법인의 노동조합법상 근로자로 판단하고 D를 청구법인의 교섭단위(노동조합)로 인정한 중앙노동위원회의 결정에 기속되므로(｢노동조합법｣ 제29조의3제3항 및 제69조제4항), 청구법인으로서는 D를 청구법인의 적법한 노동조합으로 보아 단체교섭에 임하여야 하고, 그 단체교섭의 결과에 따른 단체협약을 이행할 의무를 부담하는 것이다.
따라서 D 소속 현장조사원들은 노동조합법상 근로자에 해당하고, 청구법인이 D 사무실 비용을 지출한 것은 법령을 준수하고 청구법인의 적법한 교섭상대방인 D와 체결한 단체협약에서 정한 의무를 이행하기 위한 것이지 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 친목을 두텁게 하기 위한 것이 아니므로, 이를 법인세법상 기업업무추진비라고 판단할 수는 없다.
6) 조사청은 청구법인이 B에게 제공한 사무실 비용은 법인세법상 손금에 해당한다고 인정하면서도, D에게 제공한 D 사무실 비용은 법인세법상 기업업무추진비에 해당한다고 보아 손금불산입된다고 보고 있다.
그러나 B와 D는 모두 노동조합법에 따라 적법하게 설립되어 청구법인의 노동조합법상 노동조합에 해당하여 최소한의 규모의 사무실을 제공받을 수 있다는 점에서 차이가 없음에도 불구하고, D에게 제공한 사무실비용만을 손금에 불산입하는 것은 노조법, 단체협약 등에 따라 지원대상인 두 노동조합을 합리적인 이유 없이 서로 달리 취급하도록 유도하는 것과 다름없으므로, (i) 세법의 해석·적용에 있어 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성을 벗어난 위법한 법률 해석·집행에 해당함은 물론이고(국세기본법 제18조 제1항, 대법원 2016.12.29. 선고 2010두3138 판결 취지), (ii) 근로자의 범위를 근로기준법보다 넓게 정의함으로써 근로3권의 폭넓은 보장을 의도한 노동조합법의 입법 취지 및 헌법상 평등원칙에도 위반되는 것이다.
다.(쟁점③ 관련) 쟁점선급금은 지출한 시점에 권리의무가 확정되었으므로 지출한 시점의 손금이다.
1) 청구법인이 체결한 각 계약은 용역계약으로서 거래상대방이 쟁점선급금을 수령할 당시 이미 관련 핵심 원가를 지출하였을 것으로 보이므로, 작업진행률에 따라 손익의 귀속시기를 판단할 때 그 지급일이 속하는 사업연도의 손금으로 보아야 한다.
먼저 청구법인이 체결한 H 社 소프트웨어 라이선스(3년) 및 유지보수를 포함한 H 기업사용계약 유지보수계약(이하 “H 계약”이라 한다)의 핵심은, H 제품을 적법하게 사용할 권리를 취득하는 것이다. 그 외 H 제품을 유지·보수하는 것은 이에 부수된 내용일 뿐이다.
관련하여 청구법인과 청구외법인이 체결한 H 계약에 따르면, (i) 청구법인은 소프트웨어 대가를 지급하는 것을 조건으로 소프트웨어 사용에 관한 라이선스를 부여받고, (ii) 그 소프트웨어 사용에 관한 라이선스는 동 계약이 해제되지 않는 이상 “영구적”으로 청구법인에게 부여됨을 알 수 있다.
또한 G시스템을 사용할 수 있는 권리를 계약기간(2년) 동안 부여받는 사용자 라이선스 계약(이하 “G 라이선스 계약”이라 한다) 또한, G 시스템에 대한 사용권을 취득하는 것을 내용으로 하고 있다.
관련하여 청구법인과 거래상대방이 체결한 계약에 따르면 라이선스 비용은 시스템 사용량에 포함된다고 정하면서도 정작 시스템 사용료와는 무관하게 최종 거래대금을 결정하는 점을 보면, 계약 체결 및 대금 지급 시점에 실질적으로 시스템 사용권에 대한 대가까지도 모두 지급되는 것임을 알 수 있다.
이와 같이 본다면, 쟁점선급금에 적용되어야 할 원가 기준 작업진행률은 이미 청구법인이 이를 지급할 때부터 100%에 가깝게 된다. 즉, ｢법인세법 시행령｣ 제69조제1항에 의하면, 쟁점선급금은 오히려 그 지급시에 이미 전부 손금산입되어야 하는 것이 타당하다고 볼 여지가 많은 것이다.
2) 쟁점선급금의 손익 귀속시기를 권리의무확정주의에 따라 판단하더라도, 쟁점선급금은 약정에 따른 지급시점이 도래한 때 의무가 확정되었다.
권리의무확정주의에 따라 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 한다. 이때 그 소득의 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부는 소득에 대한 관리·지배와 발생소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지도 함께 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024.11.20. 선고 2022두47629 판결).
H, G 라이선스 계약에서 청구법인의 거래상대방들은 계약 개시 시점에 청구법인에게 시스템 사용권을 부여하고 있으므로, 이미 시스템 사용권을 부여받은 청구법인으로서는 약정된 대금 지급 시점이 도래한 때 상대방의 대금지급 이행청구를 거절할 수 없다. 이것만 놓고 보더라도, 미리 약정한 지급기일이 도래한 때 청구법인의 지급 의무는 확정되었다고 말할 수 있을 정도로 이미 충분히 성숙·확정되었음을 알 수 있다.
3) 한편 조사청은 H 계약이나 G계약 모두 계약이 해제되거나 해지되는 경우 청구법인이 위 금원 중 일부를 반환해야 할 수도 있다는 점을 들어 이 건 세무조사결과통지를 정당화하고 있다.
그러나 청구법인과 각 거래상대방은 H 계약이나 G 라이선스 계약을 체결함에 있어, 계약의 해지나 해제에 관하여 당사자의 임의 해지 또는 해제권을 인정하지 않고, 일방 당사자의 의무 불이행과 이에 대한 서면에 의한 최고의 의사표시가 있는 경우에만 계약을 해지할 수 있도록 정하고 있다. 이러한 채무불이행을 원인으로 하는 계약의 해제 또는 해지는 채무불이행이라는 별개의 사건이 발생하였을 때 비로소 행사할 수 있게 되는 데다가, 본건에서는 쌍방 모두 그러한 채무를 불이행한 적도 없어 해제 또는 해지에 따른 대금반환청구권, 손해배상청구권이 성립한 적도 없으므로, 이를 고려하여 H, G 라이선스 계약 이행에 따른 손익의 귀속사업연도를 판단할 수는 없다.
그리고 조사청 논리에 따르면, 일체의 해제권을 명시적으로 배제하지 않은 모든 계약은, 계약이 해제되는 경우 당사자들이 각자 받은 급부를 상대방에게 원상회복할 의무를 부담하므로, 그 계약과 관련된 손익이 확정될 수 없다는 결론에 이르게 된다. 즉, 반환할 급부의 시장가치가 0이 되는 때 비로소 손익이 확정될 수 있다는 납득하기 어려운 주장을 하고 있는 것이다.
4) 국세청은 해외 배급사로부터 TV쇼 등을 공급받은 내국법인이, 국내 방송사에게 해당 TV쇼 등을 계약기간 동안 방영할 수 있는 독점적 권리를 부여하는 라이선스 계약을 체결하고, 방영횟수만큼 방영하지 못한 경우에도 대금을 감액하지 아니하고 대가를 지급받기로 정한 경우에는, 계약에 따라 국내 방송사가 TV쇼 등을 방영 가능하게 된 날이 익금의 귀속사업연도라고 유권해석한 바 있다(법규법인-2021-267, 2012.8.8.).
관련하여 쟁점선급금 중 H 계약의 경우, 청구법인은 거래대금을 지급함으로써 소프트웨어에 대한 영구적 라이선스를 부여받는다는 점, 계약이 해제, 해지 또는 기간 만료 등의 사유로 종료되더라도 각 거래 당사자는 계약 제12조에서 정하는 ‘지적재산권, 소유권 및 SW 사용권’에 관한 의무는 계속 부담한다는 점, SW 사용권이 동 계약의 가장 핵심이라는 점 등에 비추어 볼 때, H 계약에 있어 소프트웨어 사용량 등 계약 체결 이후 변동 요인들은 모두 손익과 무관한 것이므로, 쟁점선급금은 지급한 사업연도의 손금이라고 해석함이 타당하다.
3. 조사청 의견
가. (쟁점① 관련) 관련 법령 및 예규·판례상 근로소득에 해당한다.
1) 대법원은 ｢소득세법｣이 근로소득의 범위에 관하여 구체적 열거방식이 아닌 예시적 입법의 형식으로 규정함으로써, 근로를 제공하고 대가를 받는 급여는 명칭이나 명목에 불구하고 실질이 그에 해당하면 모두 근로소득에 포함시키고 있는 점에 비추어 보면 근로자가 사용자 또는 이에 준하는 자로부터 받는 경제적 이익이 고용계약 또는 이와 유사한 원인에 기초하여 사용자의 지휘명령에 복종하여 제공한 노무의 대가라고 평가할 수 있다면 이는 근로소득에 해당한다고 할 수 있다(대법원 2007.11.30. 선고 2007두5189 판결 참조)는 입장이다.
그 외 법령 및 예규·판례를 종합하여 볼 때, 쟁점지원금은 명칭을 불문하고 근로를 제공하고 경제적 이익을 제공받는 경우에 해당하므로 근로소득에 해당한다.
2) 쟁점지원금은 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여에 해당한다.
청구법인은 입사 후 만 1년 이상 근무자에 대해서만 쟁점지원금을 지원하고 있으며, 휴직자는 지원대상에 해당하지 않는다.
또한 청구법인은 직원 채용 공고문에 복리후생 항목으로 건강검진 지원(본인, 배우자)’을 명시하고 있어, 채용된 직원은 근로를 제공함으로써 복리후생 항목인 쟁점지원금에 대해 마땅히 받을 수 있는 것으로 기대할 수 있다.
따라서 쟁점지원금은 대법원이 판시한 ‘직접적인 근로의 대가 외에도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여’에 해당하므로 ｢소득세법｣상 근로소득에 해당한다.
3) 임직원 배우자의 종합건강검진비용은 근로소득으로 합산하여 원천징수하고 있다.
청구법인은 임직원의 배우자가 지정된 검진기관에서 건강검진을 받고 건강검진비용을 지급한 경우, 종합건강검진 비용을 임직원의 근로소득으로 보아 근로소득세를 원천징수하고 있다.
이는 청구법인의 종합건강검진 지원 비용이 근로와 일정한 상관관계 내지 경제적 합리성에 기한 대가관계가 있는 급여에 해당하고 있음을 인지하고 있음에도 불구하고 쟁점지원금에 대해 근로소득세 원천징수 누락하였음을 스스로 인정하는 것이다.
4) 그룹 계열사 다수 법인은 종합건강검진 비용을 근로소득으로 보아 원천징수하였다.
청구법인이 속한 그룹 계열사 다수 법인은 국세청 해석례(서면-2024- 원천-0199, 2024.03.28.)에 따라 종합건강검진 비용에 대하여 근로소득으로 보아 근로소득세를 원천징수하고 있다.
그룹 계열사 B법인은 청구법인과 종합검진지원 항목, 검진 금액이 동일한 것으로 확인되었는데, 종합건강검진 비용을 근로소득으로 보아 근로소득세를 원천징수하고 있다. 이는 청구법인이 쟁점지원금에 대한 근로소득세 원천징수를 누락하였음을 방증하는 것이다.
5) 쟁점지원금은 청구법인이 제시한 국세청 해석례와 사안을 달리한다.
청구법인이 쟁점지원금이 쟁점 임직원들의 근로소득에 해당하지 않는다며 적용한 국세청 해석례(서면인터넷방문상담2팀-921, 2005.06.27.)는 건강검진관련 법률 등에 따라 모든 임직원에 대하여 건강검진을 실시할 경우 임직원의 근로소득에 해당하지 않는다는 취지이며, 건강검진관련 법률은 ｢산업안전보건법｣ 129조【일반건강진단】‘사업주는 상시 사용하는 근로자의 건강관리를 위하여 건강진단(이하 "일반건강진단"이라 한다)을 실시하여야 한다’는 규정이다.
청구법인이 지원한 쟁점지원금은 ｢산업안전보건법｣에 따라 무상으로 실시하는 일반건강진단 비용이 아닌, 추가 검진항목에 대한 비용으로 청구법인이 제시한 국세청 해석례(서면인터넷방문상담2팀-921, 2005.06.27.)와 사실관계가 다르다.
나. (쟁점② 관련) 청구법인이 지출한 쟁점노조지원금은 기업업무추진비에 해당한다.
1) B는 청구법인의 근로자로 구성, 2018.7.2. 설립된 노동조합으로, 국세청 통합전산망에 의하면 2018.9.10. ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 법인에 해당한다.
｢법인세법 시행령｣ 제40조에 따르면 직원이 조직한 조합 또는 단체에 복리시설비를 지출한 경우 해당 조합이나 단체가 법인이면 이를 기업업무추진비로 본다고 규정하고 있다.
｢법인세법 시행령｣ 제40조제2항에서 “복리시설비”라 함은 법인이 종업원을 위하여 지출한 복리후생의 시설비, 시설구입비 등(법인세법 기본통칙 25-40…1)을 말하며, 노동조합의 홍보 및 노동조합원(청구법인의 종업원)의 편의성 향상을 위하여 지출한 노동조합 홈페이지 구축 지원 비용은 복리시설비에 해당한다.
이와 같이 청구법인이 B의 홈페이지 구축을 지원한 비용은 청구법인의 직원이 조직한 조합(법인)에 복리시설비를 지출한 경우이며, 해당 조합은 법인이므로 ｢법인세법 시행령｣ 제40조제2항에 따라 기업업무추진비에 해당한다.
뿐만 아니라, 청구법인이 지원한 B 홈페이지는 청구법인의 업무와 직접 관련이 없으며, 종업원으로 구성된 노동조합이 사용하는 것으로, ｢법인세법 시행령｣ 제24조제3항에 따라 감가상각자산에도 해당하지 않는다.
2) 청구법인은 A와 ‘I 일괄위탁 계약’을 체결하였고, A 및 현장조사원(사고조사 에이전트)과 ‘사고출동서비스 대행 위탁계약(3자계약)을 체결하였으며, D는 위탁계약을 체결한 현장조사원으로 구성된 노동조합이다.
‘I 일괄위탁 계약’에 따라 청구법인은 A에 현장조사원 등 관리용역(현장조사원 출동서비스 실적 집계, 현장조사원 선정 및 해지, 교육 등 지휘·감독)을 제공하고, 현장조사원(D 노조원)은 A에 사고출동사고서비스 등 용역을 제공, 용역대가를 지급받고 있으며, 사고출동서비스 거래 흐름은 아래와 같다.
(도표 생략)
청구법인은 D와 거래관계에 있다고 볼 수 없다 주장하나, 이와 같이 사고출동서비스 거래관계에서 청구법인과 직접적 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 현장조사원(D 노조원)들이 구성한 단체이므로 거래관계가 없다고 볼 수 없다.
｢법인세법｣ 제25조에 따르면 직접 업무 관계뿐만 아니라 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액도 기업업무추진비로 본다고 규정하고 있다.
청구법인이 용역제공 및 대가지급이 없는 D의 사무실 비용을 지원한 것은 접대, 사례 또는 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로 ｢법인세법｣ 제25조 제1항에 따라 기업업무추진비에 해당한다.
3) 청구법인이 제시한 중앙노동위원회 재심결정서는 청구법인이 D 노조원으로부터 출동서비스 용역을 제공받고 용역대가를 노조원들에게 지급하는 것으로 왜곡된 사실관계를 전제로 판시된 결정서이며, 청구법인의 母회사인 A가 노동조합 관련 문제를 자회사인 청구법인에 떠넘기기 위해 사실관계를 왜곡한 것으로 판단된다.
청구법인이 제시한 중앙노동위원회 재심결정서 인정사실 중 17페이지를 보면 ‘이사건 사용자(청구법인)는 현장조사원에게 사고출동서비스 대행계약 제5조와 제6조에 따라 매월 수수료(Base 수수료)와 인센티브(CS인센티브, 초기 안내 수수료, 모럴제보 인센티브로 구성됨)을 합한 금액을 지급한다.’고 인정사실을 기재하고 있으나 동 재심에 사용자로 참여한 청구법인은 현장조사원(D 노조원)에 수수료를 지급하지 않고 있으며, 출동서비스 수수료는 A가 지급하고 있다.
재심결정서의 ‘구체적 판단’ 33페이지를 보면 ‘현장조사원의 주요 소득은 이 사건 사용자로부터 지급받은 수수료 및 인센티브이므로 이사건 사용자에게 주로 의존하고 있다’고 왜곡된 사실관계가 현장조사원이 사용자(청구법인)의 근로자 여부 판단 근거로 사용되었다.
따라서 청구법인이 제시한 D 노동조합 교섭단체 인정여부 관련 중앙노동위원회 재심결정서의 사용자는 청구법인이 아닌 A가 되어야 한다는 점은 명확하며 왜곡된 사실관계에 기초하여 결정된 중앙노동위원회 재심결정서를 기초로 한 단체협약 내용은 쟁점 비용의 기업업무추진비 해당 여부 판단 근거가 될 수 없다.
다. (쟁점③ 관련) 청구법인이 일시비용처리한 쟁점선급금은 그 기간동안 균등하게 안분하여 손금에 산입하여야 한다.
1) 청구법인과 E㈜와 체결한 H 유지보수 계약은 계속적(3년간)으로 용역을 제공받고, 매년 1년간의 용역대금을 선급하면서 지급시점에 현금주의로 비용처리를 하였으나, 사업연도 종료일 기준 미경과계약기간에 대한 지급된 대가가 발생, 수익·비용 대응의 원칙상 선급비용으로 보는 것이 타당하며,
청구법인과 E㈜와 체결한 H 계약서 上 ‘제17조【해제 및 해지】제6항에 본 계약의 해제시 지급받은 모든 용역대금을 즉시 청구법인에게 반환하여야 한다’라고 반환의무를 규정하고 있으며, 유지보수 계약기간이 2020.9월～2023.8월까지 3년으로 명시되어 있다.
2) ｢법인세법｣ 제40조에 따르면 손익의 귀속은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’로 규정되어 있으며,
국세청 질의회신(서면-2015-법인-2224, 2016.04.29.)에 따르면, “법인이 계약체결 시에 일시금으로 수령하는 라이선스 수수료가 라이선스 사용대가로서 그 사용기간이 구체적으로 명시된 경우에는 사용기간 동안 균등하게 안분하여 계산한 금액을 익금에 산입”하는 것으로,
청구법인이 지급한 용역대금은 용역 미수행 등 계약해제 등의 사유가 발생할 경우 용역대금 반환의무가 있으므로 지급시점에 지급의무가 확정되었다고 볼 수 없으며,
사실상 유지보수 용역을 제공받기로 한 기간이 구체적으로 명시되어 있는 경우에 해당하여 법인세법상 권리의무 확정주의에 따라 그 기간 동안 용역대금을 균등하게 안분하여 손금에 산입하여야 한다.
3) 청구법인은 G시스템 사용료를 매년 선지급하면서 현금주의로 비용처리하였다.
청구법인이 2021.4.7.～2023.3.31. 기간 동안 청구외법인과 체결한 G시스템 사용 계약은 계약서상 계약해지 등의 사유로 용역대금 반환의무가 명시되어 있지 않으며, 청구외법인 홈페이지에 공시된 약관에도 계약해지 등에 대한 반환의무에 대하여 명시되어 있지 않다.
4) G시스템 사용 용역대금을 매년 선급금 형태로 지급하도록 계약서에 명시되어 있으며, 2022. 11. 30. 공정거래위원회는 소프트웨어 구독 서비스를 취소해도 요금을 환불해주지 않는 약관조항은 위법하다고 판단하였다.
비록, 청구법인과 청구외법인의 계약서 및 약관에 환불에 관한 규정이 존재하지 않더라도, 공정위에 따르면 이는 약관법 위반에 해당하고, 청구법인이 구독 취소 등을 할 경우, 잔여 요금을 일할 계산하여 용역대금을 반환청구할 권리가 존재한다.
따라서, 사용료 지급시점에 지급의무가 확정되었다고 볼 수 없으며 청구법인이 G시스템을 이용하고 선불지급한 사용료(이용료)는 사용기간, 즉, 계약기간 동안 안분하여 손금 인식하는 것이 타당하다.
4.심리 및 판단
가.쟁점
1) 임직원의 건강검진비용을 지원한 쟁점지원금이 근로소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
2) 노동조합을 위해 지출된 쟁점노조지원금이 기업업무추진비에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
3) 쟁점선급금을 지출한 사업연도에 손금산입할 수 있다는 청구주장의 당부
나.관련법령
1)소득세법 제20조【근로소득】(2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 개정된 것)
① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여
2)법인세법 제25조【기업업무추진비의 손금불산입】(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부 개정된 것)
① 이 조에서 "기업업무추진비"란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다.
2-1)법인세법 시행령 제40조【기업업무추진비의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정된 것)
② 법인이 그 직원이 조직한 조합 또는 단체에 복리시설비를 지출한 경우 해당 조합이나 단체가 법인인 때에는 이를 접대비로 보며, 해당 조합이나 단체가 법인이 아닌 때에는 그 법인의 경리의 일부로 본다.
3)근로기준법 제2조【정의】(2007.4.11. 법률 제8372호로 전부 개정된 것)
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "근로자"라 함은 직업의 종류를 불문하고 임금ㆍ급료 기타 이에 준하는 수입에 의하여 생활하는 자를 말한다.
4)노동조합 및 노동관계조정법 제2조【정의】(2021.1.5. 법률 제17864호로 일부 개정된 것)
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "근로자"라 함은 직업의 종류를 불문하고 임금ㆍ급료 기타 이에 준하는 수입에 의하여 생활하는 자를 말한다.
5)노동조합 및 노동관계조정법 제29조의3【교섭단위 결정】
① 제29조의2에 따라 교섭대표노동조합을 결정하여야 하는 단위(이하 “교섭단위”라 한다)는 하나의 사업 또는 사업장으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 하나의 사업 또는 사업장에서 현격한 근로조건의 차이, 고용형태, 교섭 관행 등을 고려하여 교섭단위를 분리하거나 분리된 교섭단위를 통합할 필요가 있다고 인정되는 경우에 노동위원회는 노동관계 당사자의 양쪽 또는 어느 한쪽의 신청을 받아 교섭단위를 분리하거나 분리된 교섭단위를 통합하는 결정을 할 수 있다.
③ 제2항에 따른 노동위원회의 결정에 대한 불복절차 및 효력은 제69조와 제70조제2항을 준용한다.
6)노동조합 및 노동관계조정법 제81조【부당노동행위】
① 사용자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 "不當勞動行爲"라 한다)를 할 수 없다.
4. 근로자가 노동조합을 조직 또는 운영하는 것을 지배하거나 이에 개입하는 행위와 근로시간 면제한도를 초과하여 급여를 지급하거나 노동조합의 운영비를 원조하는 행위. 다만, 근로자가 근로시간 중에 제24조제2항에 따른 활동을 하는 것을 사용자가 허용함은 무방하며, 또한 근로자의 후생자금 또는 경제상의 불행 그 밖에 재해의 방지와 구제 등을 위한 기금의 기부와 최소한의 규모의 노동조합사무소의 제공 및 그 밖에 이에 준하여 노동조합의 자주적인 운영 또는 활동을 침해할 위험이 없는 범위에서의 운영비 원조행위는 예외로 한다.
7)법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】(2010.12.30. 법률 제10423호로 일부 개정된 것)
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
7-1)법인세법 시행규칙 제36조【기타 손익의 귀속사업연도】(2012.2.28. 기획재정부령 제266호로 일부 개정된 것)
영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
8)약관의 규제에 관한 법률 제9조【계약의 해제·해지】(2010.3.22. 법률 제10169호로 전부 개정된 것)
계약의 해제·해지에 관하여 정하고 있는 약관의 내용 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 내용을 정하고 있는 조항은 무효로 한다.
1. 법률에 따른 고객의 해제권 또는 해지권을 배제하거나 그 행사를 제한하는 조항
5. 계약의 해제 또는 해지로 인한 사업자의 원상회복의무나 손해배상의무를 부당하게 경감하는 조항
다.사실관계
1)청구법인 기본사항
가) 청구법인은 자동차 사고로 생긴 물적 피해액을 객관적으로 산정하는 손해 사정 업무 및 자동차와 관련된 긴급출동, 차량관리와 같은 부가서비스 업무 등을 목적으로 한다.
나)청구법인의 2021∼2024 사업연도 매출, 영업이익, 당기순이익, 각 사업연도 소득금액 및 법인세 신고·통지세액은 다음 표와 같다.
2)쟁점지원금 관련 사실관계
가) 청구법인 및 조사청이 제출한 증빙을 종합하면, 청구법인은 사전에 제휴·지정된 병원에 임직원 및 그 배우자가 방문하면 연령 및 근속기간 등에 따라 일반검진, 종합검진 등의 건강검진을 받을 수 있도록 한 다음, 쟁점지원금을 병원에 지급한 사실이 나타난다.
또한, 청구법인의 사내 규정 상 쟁점지원금은 입사 후 만 1년 이상 근무한 자만을 대상으로 하고, 미사용액은 양도·이월할 수 없다고 명시된 사실이 나타난다.
나)조사청에 따르면 2020년∼2024년 지급된 총 쟁점지원금의 규모는 4,935백만원이고 수검인원은 6,927명이며, 이중 60만원 상당의 종합검진을 수검한 인원이 6,035명(87%)으로 쟁점지원금의 대부분을 차지(3,807백만원, 77%)하는 것으로 나타난다(배우자에 대해서는 근로소득으로 원천징수).
다)｢산업안전보건법｣ 상 일반건강진단은 2년에 1회 이상(사무직) 실시하여야 하나, 근로자가 ｢국민건강보험법｣ 제25조에 따라 무료 (국민건강보험공단 부담)로 실시되는 국가건강검진을 받는 경우 일반건강진단을 실시한 것으로 인정된다 (｢산업안전보건법 시행규칙｣ 제196조제1호).
｢산업안전보건법｣ 상 일반건강진단에 필수적으로 포함되어야 하는 검사항목은 다음 표와 같고(｢산업안전보건법 시행규칙｣ 제198조제1항·제2항), 청구법인은 임직원에게 쟁점지원금에 의해 실시되는 건강검진에는 다음 표와 같은 검사항목이 모두 포함되어 있다고 안내한 것으로 나타난다.
검사항목 | 비고 |
과거경력, 작업경력 및 자각·타각증상 | |
혈압·혈당·요당·요단백 및 빈혈검사 | |
체중·시력 및 청력 | |
흉부방사선 촬영 | |
AST, ALT, γ-GTP 및 총콜레스테롤 | 만 35세 이상인 경우 등에만 의무 |
라)청구법인은 이 건 심리 계속 중 ｢국세기본법｣ 제18조의2 및 같은 법 시행령 제10조제5항제4호에 따라 2026.1.30. *******에게 세법해석을 신청하였으나, *******은 심의일 현재까지 회신하지 아니하였다.
3)쟁점노조지원금 관련 사실관계
가) B(B노동조합)는 2018.7.2. 설립된 노동조합으로 청구법인의 근로자로 구성되어 있으며, 법인으로 등기하지 않았으나 국세청 전산자료 상 2018.9.10. 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 나타난다.
나) 청구법인은 2020.1.17. B와 단체협약을 체결하면서 회사는 조합 홈페이지를 사내망에 연결해 사용할 수 있도록 협조하기로 하였고, 이후 2021.2.25. 부속협약을 체결해 노동조합 홈페이지 개설을 지원한다고 추가로 합의하였다.
이에 청구법인은 용역수행업체에 2021.5.21. 착수금 60백만원, 2021.11.12. 잔금 100백만원을 지급해 부속협약을 이행한 다음, 이를 무형자산으로 계상하고 2021∼2024 사업연도 법인세 신고 시 감가상각비를 계상한 사실이 나타난다.
다) D(전국C노동조합 소속 D)는 2018.10.23. 설립된 노동조합지부로 청구법인 및 청구법인의 모회사인 A와 사고출동서비스 대행 위탁계약을 체결한 현장조사원으로 이루어져 있다.
전국C노동조합은 국세청 전산자료 상 법인으로 보는 단체로 등록되어 있으나, D는 별도로 등록되어 있지 않다.
현장조사원은 A의 고객들에게 교통사고가 발생한 경우 사고 초기에 현장에 출동해 사고조사 등의 업무를 수행하는 사고출동 서비스를 수행한다.
라) A, 청구법인과 현장조사원(서비스 대행업체) 간 체결된 사고출동 서비스 대행계약서에 따르면, 현장조사원은 A 및 청구법인이 지정한 고객을 위한 사고출동서비스를 제공하고 A 또는 청구법인으로부터 수수료를 지급받으며,
청구법인은 수탁자로서 공급자를 현장조사원, 공급받는 자를 A로 하는 전자세금계산서를 대리 발행하기로 하고, A는 현장조사원의 사업자 등록여부 및 형태 등에 따라 사업소득을 원천징수하기로 계약한 사실이 나타난다.
청구법인과 A 간 2022.1.12. 체결된 I 일괄위탁 계약서에 따르면, A는 청구법인에게 고장 및 사고출동 서비스, 정기 검사대행 서비스, 차량관리 서비스, 출동 협력점 선정 및 운영 등의 업무를 위임하되, 협력점 선정 및 운영은 A와 합의 하 진행하기로 계약한 사실이 나타난다.
또한 A는 청구법인에게 처리 건수에 따른 수수료를 지급하고, 사고출동서비스의 경우 청구법인이 서비스 대행업체의 서비스 제공 실적을 취합해 제출하면 대행업체에 사고출동수수료를 지급하기로 계약한 사실이 있다.
마) 국세청 전산자료 상 계약서와 동일하게, A는 청구법인에게 용역수수료 관련 세금계산서를 발급하고 청구법인은 긴급출동서비스 용역 수수료 관련 세금계산서를 대리 발급한 사실이 나타난다.
바) 법원(서울중앙지방법원 ‘선고일1 생략’ 선고 ‘사건번호1 생략’ 판결 및 대법원 ‘선고일2 생략’ 선고 ‘사건번호2 생략’ 판결)은 ① 이 건 계약은 근로계약보다는 사고출동서비스를 대행하는 위임계약의 성격을 가지고 있고,
② 현장조사원은 스스로 출동 가능 상태를 표시하는 방식으로 근무시간을 자유롭게 결정할 수 있었고, 출동 요청 메시지에 대하여도 그 수락 여부를 자유롭게 결정할 수 있으며, 특정한 근무장소가 정해져 있지 않은 등 근로관계를 인정할 정도로 상당한 지휘·감독이 상시적으로 이루어진 것으로 보기 어려우며,
③ 보수 등과 관련하여 청구법인으로부터 지급받는 수수료 금액은 위와 같은 출동 가동률, 관제 수용률 등에 따라 시기별로 또는 사람별로 비교적 큰 차이가 발생하기도 하였고, 업무 수행에 필요한 비용을 스스로 부담하며, 업무 수행의 대가로 기본급이나 고정급 없이 위와 같은 수수료 등을 지급받은 점 등을 고려할 때 현장조사원을 ｢근로기준법｣ 상 근로자로 볼 수 없다고 판결한 사실이 있다.
사) 한편, 위 소송 계속 중 중앙노동위원회(‘결정일1’ 생략, ‘사건번호3’ 생략 결정)는 ① D 소속 현장조사원의 주요 소득이 청구법인으로부터 지급받는 수수료 및 인센티브이므로 청구법인에게 주로 의존하고 있으며 ② 청구법인은 대행 위탁 수수료를 비롯하여 계약의 내용을 일방적으로 결정하였으며,
③ 현장조사원은 청구법인의 사업 수행에 필수적인 노무를 제공함으로써 청구법인의 사업을 통해 시장에 진입하고 ④ 평균 근속기간이 7.2년에 달하는 등 현장조사원과 청구법인 간 법률관계가 상당한 정도로 지속적이며,
⑤ 서비스 제공 결과 평가 등급이 낮을 경우 개선계획서를 제출하도록 요구받는 등 상당한 지휘·감독을 받고 있고 ⑥ 수수료 및 인센티브의 성격이 사고출동서비스라는 노무 제공의 대가에 해당하며 ⑦ 현장조사업무를 본래 청구법인이 직접 채용한 직원이 수행하다가 2009년부터 대행계약을 체결하기 시작한 것이므로 현장조사원이 사실상 기존의 직원을 대신해 동일한 내용과 성격의 업무를 수행하고 있다는 이유를 들어,
현장조사원은 ｢노동조합법｣ 상 근로자에 해당하고 D는 별개의 교섭단위라고 결정한 사실이 있다.
아) 청구법인은 중앙노동위원회의 조정에 따라 2019.8.30.부터 D에게 노동조합 사무실(10평)을 무상으로 제공하고, 2022.3.10. 전국C노동조합과 체결한 단체협약에 따라 D에게 노동조합 사무실을 무상으로 제공한 다음, 사무실 임차료 및 이사비용 총 43,133,000원을 2021∼2024 사업연도에 걸쳐 손금산입한 사실이 나타난다.
4)쟁점선급금 관련 사실관계
가) 청구법인은 E㈜와 2020.9.1.∼2023.8.31. 동안 H 社 소프트웨어 라이선스 및 유지보수(3년)를 포함한 H 기업사용계약 유지보수계약(H계약)을, 2023.9.1.∼2026.8.31. 동안 ㈜F와 H 계약을 체결하고,
2021.4.7.∼2023.3.31. 동안 G(유)와 자동차 손상 정도 및 부품 교체·수리 비용 평가 소프트웨어인 G시스템을 사용할 수 있는 권리를 계약기간(2년) 동안 부여받는 사용자 라이선스 계약(G 라이선스 계약”이라 한다)을 체결한 다음,
지급한 금액만큼의 용역대금을 지급한 사업연도의 손금으로 처리해 2021∼2024 사업연도 법인세를 신고한 사실이 나타난다.
나) 조사청에 따르면 청구외법인에 대한 일자별 대금 지급 내역은 다음과 같으며, 조사청은 쟁점선급금을 용역제공기간으로 안분하여 경정한 사실이 나타난다.
다) 청구법인과 ㈜E 간 2017.9.1. 체결된 H 계약서에 따르면, 청구법인은 계약기간 3년 동안 1년분의 용역대금을 매년 9월 선지급하였고,
청구법인은 대금을 지급하고 계약의 조건을 준수하는 조건으로 소프트웨어 및 비독점적이고 양도할 수 없는 소프트웨어 라이선스를 공급받으며(계약서 제12조제7항), 계약이 해제되거나 별도로 명시되지 않는 한 라이선스는 영구적이다(계약서 제12조제8항).
또한, 매년 지급하는 용역대금은 유지보수의 대가라고 명시되어 있고(계약서 제7조제1항), 유지보수 품목으로는 H 사의 컴퓨터 운영체제인 J의 라이선스인 K 등이 있다.
계약서 제17조의 해지조항에 따르면, 청구법인 및 ㈜E는 불가항력적인 사유로 계약의 정상적인 수행이 불가능할 경우 또는 계약 대상을 폐기하여 유지보수가 전혀 필요하지 않은 경우 등에는 계약의 전부 또는 일부를 해지할 수 있으며, 해지 시 ㈜E는 선지급받은 용역대금을 청구법인에 반환하여야 한다.
또한 위 해제·해지조항 외 청구법인이 계약을 임의해지할 수 있다는 조항은 존재하지 않는 것으로 나타난다.
계약기간이 만료되거나 계약이 해제·해지된 경우에도 ㈜E는 소프트웨어 사용권에 대한 의무를 지속 부담하는 것으로 나타난다(계약서 제21조).
라) 청구법인과 ㈜E 간 2020.9.1. 체결된 H계약서에 따르면, 청구법인은 2017년 체결된 계약과 동일하게 계약기간 3년 동안 1년분의 용역대금을 매년 9월 선지급하였고, 위 계약서 제17조와 동일한 해제·해지조항이 포함된 사실이 나타난다.
마) 청구법인과 ㈜F간 2023.9.1. 체결된 H계약서에 따르면, 청구법인은 2017년·2020년 ㈜E와 체결한 계약과 동일하게 유지보수에 대한 1년분의 용역대금을 매년 9월 선지급하였고, 위 계약서 제17조와 동일한 해제·해지조항이 포함된 사실이 나타난다.
또한 위 해제·해지조항 외 청구법인이 계약을 임의해지할 수 있다는 조항은 존재하지 않는 것으로 나타난다.
바) 청구법인과 G(유) 간 체결된 G 라이선스 계약서에 따르면, 청구법인은 2년간 G 시스템을 이용할 수 있는 사용권을 2021.4.7.부터 2023.3.31.까지, 연이어 2023.4.1.부터 2025.3.31.까지 계약한 사실이 나타난다.
청구법인은 최초 계약 시에는 2년 동안 총 1,599백만원을 지불하되 2021년 5월까지 58백만원을, 2021년 6월까지 702백만원을, 2022년 4월 말까지 799백만원을 지불하기로 계약하였고, 재차 계약 시에는 2년 동안 총 1,850백만원을 지불하되 2023년 7월까지 900백만원을, 2024년 말까지 950백만원을 지불하기로 계약한 사실이 나타난다.
계약서 상 위 금액은 라이선스 비용 및 시스템 사용료이며, 청구법인 소속 직원들의 시스템 사용량과 무관하게 정해진 비용이라고 기재된 사실이 나타난다.
아울러, 위 계약서에 따르면 G는 청구법인 소속 직원들에게 소프트웨어에 대한 교육을 실시하여야 하며(계약서 7.2), 기능이나 성능에 문제가 있는 경우에는 그 문제 해결을 위한 수리 작업을 실시하여야 할 의무가 있고 이행되지 아니하면 청구법인은 계약을 종료할 수 있다(계약서 9.1).
한편, 위 계약서 상 청구법인은 상대방이 계약을 위반할 경우 이행을 최고한 뒤 계약을 종료할 수 있으나, 계약 종료 시 선급금을 반환한다는 취지의 조항은 포함되어 있지 않은 사실이 나타난다(계약서 16.2).
사) 조사청은 소프트웨어 구독 서비스를 취소해도 요금을 환불해주지 않는 약관은 위법하므로 계약서 상 환불 규정이 존재하지 않더라도 청구법인에게 용역대금을 반환 청구할 권리가 존재한다고 주장하며 2022.11.30. 작성된 언론 기사를 제출하였는데, 위 기사와 관련된 공정거래위원회(이하 “공정위”라 한다)의 보도자료에 따르면 공정위는 소프트웨어 구독서비스 약관에 대한 직권조사를 실시한 뒤,
소프트웨어 구독서비스는 ｢방문판매 등에 관한 법률｣에서 정한 계속거래에 해당하며 동법 제31조 및 제32조에 따라 그 고객은 계약기간 중 언제든지 계약을 해지할 수 있고 사업자는 대금 환급을 거부할 수 없음에도 불구하고,
구독 취소 시 요금을 전혀 환불하지 않거나 잔여 약정 의무액의 50%만 환불하는 조항은 고객에게 부당하게 과중한 손해배상의무를 부담시키며 사업자의 원상회복 의무를 부당하게 경감하고 있으므로 ｢약관의 규제에 관한 법률｣ 제9조 제5호에 따라 무효라고 판단하고 시정권고·자진시정 조치한 것으로 나타난다.
아) 기업회계기준서(K-IFRS) 제1115호(고객과의 계약에서 생기는 수익) 문단 B48 내지 B51에 따르면, 기업이 환불되지 않는 선수수수료를 계약 개시 시점이나 그와 가까운 시기에 고객에게 부과하는 경우 이러한 계약에서 수행의무를 식별하기 위해 수수료가 약속된 재화나 용역의 이전에 관련되는지 판단하여야 하며,
선수수수료가 미래 재화나 용역에 대한 선수금이라면 그 미래 재화나 용역을 제공할 때 수익으로 인식하여야 한다.
라.판단
1)임직원의 건강검진비용을 지원한 쟁점지원금이 근로소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
가)관련 법리
(1) ｢소득세법｣ 제20조제1항제1호는 근로를 제공함으로써 받는 봉급 등과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 정의하고 있는데, 위 근로소득에는 직접적인 근로의 대가 외에도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 규칙적으로 지급되는 급여도 포함된다고 할 것이며, 피용자가 사용자로부터 지급받은 어떠한 경제적 이익이 피용자가 제공한 근로와 대가관계가 있다고 인정하기 위해서는 피용자가 제공한 근로의 질 및 양 사이에 엄밀한 비례관계에 있어야만 하는 것은 아니고, 피용자가 제공한 근로와 일정한 상관관계 내지는 경제적 합리성에 기한 대가관계가 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2007.11.30. 선고 2007두5189 판결 참조).
나)쟁점지원금이 근로소득에 해당하지 않는지에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점지원금은 근로소득에 해당한다.
(가) 쟁점지원금은 제휴·지정된 병원에 근속자인 임직원이 방문하면 건강검진을 받을 수 있도록 하면서 병원에 사후 정산하는 방식으로 지급되는 것으로, 2020년부터 2024년까지 총 수검인원 중 약 87%(6,035명)가 60만원 상당의 종합검진을 수검하였고 9명의 임원은 350만원 상당의 건강검진을 수검하는 등 임·직원 여부 등에 따라 차등을 두고 있다.
(나) 이처럼 임직원 간에 차등을 두어 근속자에 한해 제공되는 쟁점지원금과 근로자(피용자)가 제공한 근로 간에는 일정한 상관관계 내지는 경제적 합리성에 기한 대가관계가 존재한다고 할 것이므로, 이는 ｢소득세법｣ 상 근로소득으로서 원천징수 대상에 해당한다고 판단된다.
(다) 청구법인은 건강검진의 지원은 ｢산업안전보건법｣에 따른 의무 이행을 위한 것으로 회사의 입장에서는 법에 따라 지출이 강제되는 비용에 해당한다고 주장하나, ｢산업안전보건법｣에 따른 일반건강진단에 포함되는 필수 검사항목은 체중, 시력, 청력, 흉부방사선, 혈압 등의 기본적인 항목인(｢산업안전보건법 시행규칙｣ 제198조) 데 반해 쟁점지원금에 따른 건강검진은 위 항목으로만 이루어진 것이 아니라 CT 등 고가의 검사항목이 포함되어 있는 점, ｢산업안전보건법 시행규칙｣ 제196조제1호 및 ｢국민건강보험법｣ 제25조에 따라 국민건강보험공단의 부담으로 실시되는 국가건강검진을 수검하는 경우에도 ｢산업안전보건법｣에 따른 건강진단을 수검한 것으로 인정되는 점, 직원 상당수가 60만원 상당의 검진을 수검한 점 등을 고려할 때 청구법인이 ｢산업안전보건법｣에 따른 의무를 이행하기 위한 목적으로 그러한 지출을 하였다고 수긍하기 어렵다.
(라) 청구법인이 제시한 해석례(서면인터넷방문상담2팀-921, 2005.6.27.)는 관련 법률에 따라 모든 임직원에 대하여 건강검진을 실시하는데 따른 비용은 임직원의 근로소득이 아니라는 해석례로 쟁점지원금이 ｢산업안전보건법｣에 따른 의무 이행을 위한 비용이라고 인정하기 어렵다는 점은 앞서 본 바와 같으므로 위 해석례는 원용하기 적절하지 않다.
(마) 국세청에서는 회사에서 소속 근로자의 건강검진비를 지원하는 금액은 해당 근로자의 근로소득 수입금액임을 전제로 의료비 공제대상이라고 해석한 바 있다(서면-2024-원천-0199, 2024.3.28. 참조).
(바) 청구법인은 위 유권해석의 생성에 ｢국세청 법령사무처리규정｣(국세청 훈령)을 위반한 절차적 하자가 있다고 주장하나, 훈령은 상급행정기관이 하급행정기관에 대하여 발하는 일반적인 행정명령으로서 행정기관 내부에서만 구속력이 있을 뿐 대외적인 구속력을 가지는 것이 아니라고 보아야 할 것이어서 (대법원 1994.8.9. 선고 94누3414 판결 참조) 위 유권해석의 생성이 설령 해당 훈령을 위반하였다고 하더라도 위법사유에 해당하는 하자는 될 수 없다 할 것이므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
(2) 따라서, 조사청이 쟁점지원금을 청구법인 소속 근로자의 근로소득으로 보아 근로소득세(원천세)를 부과한 데에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
2)노동조합을 위해 지출된 쟁점노조지원금이 기업업무추진비에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
가)관련 법리
(1) ｢법인세법 시행령｣ 제40조제2항은 법인이 그 직원이 조직한 조합 또는 단체에 복리시설비를 지출한 경우 해당 조합이나 단체가 법인인 때에는 이를 접대비로 보며, 해당 조합이나 단체가 법인이 아닌 때에는 그 법인의 경리의 일부로 본다고 규정한다.
(2) 판례는 노동조합 사무실의 부족한 공간을 확장하기 위한 복층설치 비용을 지출한 것은 노동조합 활동에 필요한 제반시설의 범주를 넘어서지 아니하는 범위 내에서 단체협약에 따른 의무를 이행한 것에 불과하여 접대성 경비라고 볼 수 없으며, 노동조합 사무실 내부의 구획 및 비품을 설치하거나 창문의 차면시설을 설치하는 비용 등 복리시설비를 지출한 것은 접대성 경비라고 판단한 바 있다(서울행정법원 2007.1.23. 선고 2002구합37402 판결 및 대법원 2008.2.1. 선고 2008두4701 판결 참조).
(3) ｢노동조합 및 노동관계조정법｣ 제81조제1항제4호에 따르면 사용자는 원칙적으로 노동조합의 운영비를 원조할 수 없으나, 최소한의 규모의 노동조합사무소의 제공 및 그 밖에 이에 준하여 노동조합의 자주적인 운영 또는 활동을 침해할 위험이 없는 범위에서의 운영비 원조행위는 예외적으로 허용된다.
(4) 이러한 예외를 둔 노동조합법의 입법목적 등에 비추어 사회통념상 통상적으로 위 단서에서 정한 경우에 포함되는 행위와 그와 동일시할 수 있는 성질의 것이라고 평가될 수 있는 행위는 허용될 수 있지만, 이를 벗어나는 운영비 원조 행위는 노동조합의 자주성을 잃게 할 위험성을 지닌 것으로서 ｢노동조합 및 노동관계조정법｣ 제81조제1항제4호 본문에 의하여 금지된다고 할 것이다(대법원 2016.1.28. 선고 2014다78362 판결 참조).
나)쟁점노조지원금이 기업업무추진비에 해당하지 않는지에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점노조지원금은 기업업무추진비에 해당한다.
(가) 쟁점노조지원금은 청구법인 소속 직원으로 구성된 B의 홈페이지 구축 비용과 청구법인 및 A와 위탁계약을 맺은 현장조사원으로 구성된 D의 사무실 임차료 지원 비용이다.
(나) 먼저 B 홈페이지 구축 비용에 대해 살펴보면, 홈페이지 구축 비용은 청구법인 소속 직원이 노동조합에서 제공하는 직장내괴롭힘 제보 신문고 등에 원활히 접근할 수 있도록 하고 노동조합의 활동 소식 등을 알릴 수 있도록 해 직원의 권익과 복리를 증진하기 위한 것으로 복리시설비에 해당하며, B는 ‘법인으로 보는 단체’이므로 이는 ｢법인세법 시행령｣ 제40조 제2항에 따른 기업업무추진비에 해당한다.
(다) 청구법인은 그 지출이 코로나19 유행으로 인하여 노조의 운영을 위해 필요한 최소한도의 지출이었으며 단체협약에 근거한 것이라고 주장하나, ｢노동조합 및 노동관계조정법｣ 제81조제1항제4호 본문에 따르면 노동조합의 운영비를 원조하는 행위는 원칙적으로 금지되는 점, 코로나19 유행 시기였다는 이유만으로는 홈페이지 구축 비용 지원이 같은 항 제4호 단서에 따라 예외적으로 허용되는 것인지 불분명한 점, 위 지출은 단체협약이 아닌 그 부속협약에 의해 체결된 점 등을 고려할 때 위와 같은 주장을 받아들이기는 어렵다고 보인다.
(라) 또한 청구법인은 ｢법인세법 시행령｣ 제40조에서 규정한 ‘법인’에는 ‘법인으로 보는 단체’가 포함되지 않는다고 주장하나, 이른바 ‘법인으로 보는 단체’는 법인으로 보아 세법 규정을 적용하는 것이며(｢국세기본법｣ 제13조제1항) 달리 예외규정이 없는 이상 위 규정을 청구법인의 주장과 같이 해석하여야 한다고 볼 수 없다.
(마) 다음으로 D 사무실 임차료 지원 비용에 대해 살펴보면, D는 노동조합지부로서 별도의 법인에 해당하지 않으나(징세46101-2557, 1998.9.16. 참조), D 소속 현장조사원은 ｢근로기준법｣ 상 근로자가 아니며 근로소득을 지급받는 것도 아니므로 D를 ｢법인세법 시행령｣ 제40조제2항에서 규정하고 있는 ‘직원이 설립한 조합’으로 보기는 어렵다고 판단된다.
(바) 청구법인과 A 간 일괄위탁 계약서, A, 청구법인 및 현장조사원 간 사고출동서비스 대행계약서에 따르면 현장조사원은 A를 위해 사고출동서비스 용역을 제공하고 A로부터 그 대가를 지급받는 것이며 청구법인은 그 운영 업무를 A로부터 위임받아 운영하고 세금계산서를 대리 발행하는 역할을 하고 있으므로, 청구법인과 용역제공 및 대가관계에 있지 않은 현장조사원이 구성한 D에 사무실 비용을 지원한 것은 ｢법인세법｣ 제25조제1항에 따른 기업업무추진비에 해당한다고 보인다.
3)쟁점선급금을 지출한 사업연도에 손금산입할 수 있다는 청구주장의 당부
이에 대해서는 청구법인이 국세심사위원회에 출석하여 요청한 바에 따라 심리하지 아니한다.
5. 결론
1) 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.