[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1988.3.9. 설립되어 산업용 로봇 제조 등을 영위하는 코스닥 상장법인으로, 청구법인의 보통주를 기초자산으로 하는 권면가액 총 100억원의 제1회차 무기명식 이권부 무보증 사모 전환사채 (이하 “쟁점전환사채”라 한다)를 2021.6.29. 발행하여, A 합자회사(이하 “사채권자”라 한다)가 이를 전부 인수하도록 하였고, 이 때 발행회사 및 발행회사가 지정하는 자가 일정 기한 내에 사채권자에게 쟁점전환사채 발행총액의 35%를 한도로 쟁점전환사 채의 매도를 청구할 수 있는 콜옵션을 갖도록 하였다.

나. 청구법인은 2022.6.28. 이사회를 개최하여 대표이사 B 및 C(이하 합하여 “대표이사들”이라 한다)을 위 콜옵션 중 청구법인 보통주 합계 352,076주에 상당하는 콜옵션(이하 “쟁점콜옵션”이라 한다)에 대한 행사자로 각 지정하고, 같은 날 쟁점콜옵션을 대표이사들에게 합계 22,103,300원에 양도하는 매매계약을 체결하였으며, 같은 날 사채권자에게 아래 <표1> 기재와 같이 콜옵션 행사에 관한 사항을 통지한 한편, 청구법인 및 대표이사들은 이에 따라 2022.6.30. 쟁점 콜옵션을 행사하여 사채권자로부터 권면가액 합계 약 35억원의 전환사채를 매수하였다.

<표1> 청구법인의 콜옵션 행사에 관한 사항 통지내역

다. D지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.13.부터 2025.3.14.까지 청구법인에 대한 2022사업연도 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 대표이사들을 쟁점콜옵션 행사자로 지정함으로써 이들에게 이익을 분여한 것으로 보아 콜옵션 행사자 지정통지일인 2022.6.28.을 기준으로 쟁점콜옵션의 가치를 산정(청구법인의 의뢰에 따라 E회계법인이 평가한 금액을 기준으로 산정하였다)한 뒤, 이에 따라 청구법인의 분여이익 1,210,789,364원을 익금산입하고 706,460,014원 및 504,329,350원을 각각 대표이사 B 및 C에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 2025.3.31. 세무조사 결과통지를 하였다(이월결손금 등으로 2022사업연도 법인세 예상고지세액은 0원이다).

라. 청구법인은 대표이사들의 쟁점콜옵션 취득이 부당행위계산부인 적용 대상이 아니고 쟁점콜옵션의 평가가 잘못되었다고 주장하며 위 세무조사 결과통지에 대하여 2025.4.28. 과세전적부심사를 청구하였고, 조사청은 2025.6.16. 대표이사들의 쟁점콜옵션 취득이 부당행위계산부 인 적용 대상에 해당함을 전제로 하되, 쟁점콜옵션의 가치를 둘 이상의 회계법인 등이 평가한 가액에 따라 결정하여야 한다는 재조사 결정을 하였다.

마. 조사청은 이에 따라 2025.7.16.부터 2025.8.6.까지 청구법인의 2022 사업연도 주식변동에 대한 재조사를 실시하여, 당초 E회계법인이 평가한 금액과 청구법인의 의뢰에 따라 F회계법인이 추가로 평가한 금액의 평균값을 기준으로 쟁점콜옵션의 가치를 재산정한 뒤, 이에 따라 청구법인의 분여이익 986,869,028원을 익금산입하고 575,809,078원 및 411,059,950원을 각각 대표이사 B 및 C에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 2025.8.21. 재차 세무조사 결과통 지를 하였으며(이월결손금 등으로 2022사업연도 법인세 예상고지세액은 0원이다), 처분청은 2025.10.13. 청구법인에게 대표이사들에 관한 위 소득처분의 내용대로 각 소득금액변동통지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 최대주주 등이 지분율 이내에서 전환사채 매도청구권을 취득한 것은 경제적 합리성이 전제된 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니다.

(가) 금융감독원이 2021.11.19. 배포한 보도자료에 의하면, 전환사채가 최대주주 등의 지분확대 수단으로 악용되거나 불공정거래에 활용되는 문제점을 해소하기 위하여 2021.12.1. 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’이 시행되었고, 이에 따르면 상장회사는 전환사 채 매도청구권(콜옵션) 행사 등을 통해 최대주주 등의 지분율이 발행 당시보다 증가하지 않도록 하여야 하는바, 금융감독원이 지분율 이내의 전환사채 등 취득을 인정한 것은 지분율 희석에 따른 경영권 불안정 위험을 제거하기 위함으로 보인다.

(나) 대표이사들의 콜옵션 행사는 금융감독원 지침에 따라 각자의 지분율 이내에서만 이루어졌다.

(다) 청구법인은 2021년 당시 사업 운영자금을 조달하기 위하여 전환사채를 발행하였으나, 청구법인의 경영권이 침해될 위험이 있어 사채권자과의 협의 하에 전환사채로 증가할 수 있는 주식 수의 최대 35%에 대하여 쟁점콜옵션을 부여하게 되었는바, 이는 청구법인의 경영권 방어를 위한 최소한의 준비였다.

(라) 청구법인과 특수관계가 없는 사채권자의 입장에서는 청구법인에게 가급적 콜옵션을 부여하지 않으려고 하였지만, 청구법인은 사채권자와의 수많은 논의 끝에 상호 간의 적정 수량을 협의하였는바, 이러한 과정 자체에 경제적 합리성이 결여되었다고 할 수 없다.

(마) 전환사채 발행 시점에 콜옵션 행사자를 특정하여 지정할 수도 있었지만, 중소기업인 청구법인이 미래의 대규모 유동자금 보유를 예측하기란 현실적으로 불가능하므로 콜옵션 행사자를 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자로 범위를 넓혀 설정한 것이다.

(바) 2021년부터 10억원이 넘는 결손금이 발생하고 있는 상황에서 청구법인이 사업에 사용할 자금을 유보하지 아니하고 콜옵션을 인수하여 자기주식의 형태로 보유하는 것은 오히려 경제적 합리성이 없는 의사결정이라고 할 것이다.

(사) 쟁점전환사채 발행에 따라 전환될 주식 수는 1,592,863주로서 이는 최대주주 등 지분율의 약 27%에 해당하여, 만일 경영권에 위해를 가할 의도를 가진 제3자가 그 지분을 취득한다면 청구법인의 원활한 사업 운영에 상당한 위협이 될 수 있기에 청구법인의 자금 부담을 최소화할 수 있는 수준에서 청구법인과 대표이사들이 나누어 매도청구권을 행사한 것이다.

(아) 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산의 부인의 법리는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득을 부당하게 감소시킬 경우 적용되는 것으로, 이는 경제인의 관점에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위·계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격 및 거래 당사의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는 것이다(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조).

(자) 2021.12.1. 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’은 2021.11.30. 이전 이사회에서 발행을 결정한 전환사채에 대하여서는 적용되지 아니하는바, 만일 청구법인이 부당한 의도를 가지고 쟁점콜옵션의 행사자를 지정한 것이었다면 쟁점콜옵션 중 일부를 청구법인 이 행사하는 대신 쟁점콜옵션 전부에 대하여 그 행사자를 대표이사들로 지정하였을 것이다.

(차) 특히 대표이사 C은 다른 대표이사 B의 아들인바, 청구법인이 C 대표이사를 쟁점콜옵션 전부에 대한 행사자로 지정함으로써 관련 규정의 위반 없이 부의 승계를 시도할 수도 있었으나, 청구법인은 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’과 뒤에서 설명할 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 규정의 취지 등을 고려하여 경영권 안정과 방어를 위해 최대주주의 지분율 이내에서만 매도청구권을 행사하였는바, 이를 경제적 합리성이 없 는 부당한 행위로 보는 것은 부당행위계산부인의 법리에 대한 상당한 오해에서 기인한 것이다.

 (2) 경제적 합리성에 관한 입법자의 태도는 상증세법에서도 확인할 수 있는바, 이를 통하여 보더라도 청구법인의 행위는 경제적 합리성이 있는 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니다.

(가) 상증세법 제40조 제1항은 최대주주와 그 특수관계인이 전환사채의 전환·교환 또는 주식의 인수에 따라 분여받는 이익을 증여세 대상으로 규정하고 있고, 같은 항 제1호 나목은 전환증권 발행법인의 최대주주 등이 발행법인으로부터 시가보다 저가로 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 전환사채 등을 인수·취득함으로써 얻은 이익을 과세대상으로 열거하고 있다.

(나) 상증세법은 최대주주 등이 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 범위 내에서 전환사채 등을 취득하는 것을 증여로 보지 아니하고 있는바, 이는 최대주주 등의 지분율만큼은 그 취득이 보장되어야 경영권 방어가 가능함을 전제한 것이고, 이러한 행위의 경제적 합리성을 인정하는 것이다.

(다) 전환사채 발행 당시부터 매도청구권의 행사자를 지정할 수 있는 상황에서 행사자를 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 범위 내에서 최대주주 등으로 미리 지정하였다면 이익 분여의 문제가 발생하지 아니하는 것이다.

(라) 상증세법 제4조의2 제3항은, 증여재산에 대하여 수증자에게 「소득세법」에 따른 소득세, 「법인세법」에 따른 법인세가 부과되는 경우에는 증여세를 부과하지 아니하고, 소득세 또는 법인세가 「소득세법」, 「법인세법」 및 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우에도 또한 같다고 규정하고 있는바, 만약 대표이사들이 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 범위 내에서 전환사채 및 그 매도청구권을 인수한 것이 「법인세법」상 부당행위계산부인 적용 대상에 해당한다면, 이에 대한 증여세는 과세되지 아니하는 것이므로 상증세법 제40조 제1항의 규정은 불필요하였을 것이나, 그럼에도불구하고 상증세법 제40조 제1항의 규정이 존재하는 것은 입법자가 최대주주 등이 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 범위 내에서 전환사채 등을 취득하는 것을 부당한 부의 이전이 아닌 경제적 합리성이 있는 행위로 보고 있기 때문이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 대표이사들을 쟁점콜옵션의 행사자로 지정한 것은 「법인세법」 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따른 부당행위계산부인 적용 대상에 해당한다.

(가) 콜옵션이란 매매예약완결권의 일종으로 ‘특정한 기초자산을 만기일이나 만기일 이전에 미리 정한 행사가격으로 살 수 있는 권리’를 의미하고, 쟁점콜옵션은 법령상 혹은 계약상 양도를 제한하고 있지 아니하므로 얼마든지 분리하여 양도할 수 있다.

(나) 쟁점콜옵션의 행사 주체는 ‘발행회사’ 및 ‘발행회사가 지정하는 자’로서 양자는 동등한 지위에 있고, 행사 주체가 ‘발행회사’이든 ‘발행회사가 지정하는 자’이든 구분하지 않고 서면으로 통지하여 이를 행사하도록 하고 있으므로, 쟁점콜옵션의 내용은 ‘발행회사가 사채권자에 대하여 전환사채의 일부를 본인에게 매도하여 줄 것’ 또는 ‘발행회사가 지정한 자가 사채권자에 대하여 전환사채의 일부를 본인에게 매도하여 줄 것’이 병렬적으로 존재하는 것이며, 발행회사는 자신의 권리를 지정행위에 의해 지정된 자에게 그대로 양도할 수 있다.

(다) 금융위원회 및 한국회계기준원의 유권해석 또한 콜옵션의 양도가능성을 인정하고 있다.

1) 금융위원회는 2022년 5월경 기업의 회계처리 불확실성 해소 및 전환사채 시장의 투명성과 건정성을 확보하기 위해 제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 발행한 기업은 보유하고 있는 모든 콜옵션을 별도의 파생상품자산으로 구분하여 회계처리하도록 하는 감독 지침을 발표함으로써 콜옵션이 별도의 ‘금융자산’에 해당한다는 점을 공지하였다.

2) 또한 한국회계기준원은 전환사채에 대한 콜옵션 계약의 분리 가능 여부에 대하여‘회사는 지정이라는 절차를 통해 전환사채를 매입할 수 있는 권리(자산)를 그 제3자에게 부여할 수 있는바, 즉 지정이라는 사건의 결과, 해당 전환사채를 매입할 수 있는 권리는 제3자가 행사하게 될 것이므로 해당 콜옵션은 양도될 수 있다고 볼 수 있다고 하여 제3자 지정행위를 통해 콜옵션이 제3자에게 양도될 수 있다고 해석한 바 있다.

(라) 따라서 청구법인이 별다른 대가 없이 대표이사들을 쟁점콜옵션의 행사자로 지정한 것은 ‘자산의 무상양도’에 해당하므로, 이는 「법인세법」 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따른 부당행위계산부인 적용 대상에 해당한다.

 (2) 쟁점콜옵션의 무상양도는 경제적 합리성이 결여된 거래이다.

(가) 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이 고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다.

(나) 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2018.10.25. 선고 2016두39573 판결 참조).

(다) 청구법인은 거래 발생 시점에 자금 조달이 어려워 콜옵션을 직접 행사할 수 없었고, 경영권 방어의 필요성에 의해 쟁점콜옵션을 대표이사들에게 양도하였으므로 쟁점콜옵션의 무상양도 행위에 경제적 합리성이 있다고 주장하나, 쟁점콜옵션 행사자 지정통지일 현재 청구법인의 주가(10,550원)는 전환가격(6,278원)을 크게 상회하여 쟁점 콜옵션의 행사가 고액의 전환이익을 가져올 것임을 충분히 예견할 수 있었다.

1) 쟁점콜옵션 행사를 통해 전환사채를 취득하는 경우 청구법인의 주가가 하락한다면 만기에 원금을 상환받을 수 있고, 청구법인의 주가가 상승한다면 전환권 행사를 통해 전환사채를 주식으로 전환할 수 있으므로, 쟁점콜옵션에 대하여 일정 수익이 확정적으로 보장되어 있다고 볼 수 있다.

2) 대표이사들은 쟁점콜옵션을 행사하여 전환사채를 매수하였고, 전환사채를 그대로 제3자에게 매각함으로써 경제적 이익을 얻었는바, 쟁점콜옵션을 대표이사들에게 무상으로 양도한 행위에는 달리 경제적 합리성이 있다고 인정하기 어렵고, 청구법인의 주관적 사정이 있었다 하더라도 이는 달리 볼 수 없다.

(라) 청구법인은 전환사채 발행에 따라 전환될 주식 수가 최대주주 등 지분율의 약 27%에 해당하는 수량으로 경영권에 위해를 가할 의도를 가진 제3자가 지분을 취득한다면 청구법인의 원활한 사업을 방해할 수 있어 청구법인의 자금 부담을 최소화할 수 있는 수준에서 청구법인과 대표이사들이 나누어 매도청구권을 행사하였다고 주장하나, 사채권자가 쟁점전환사채 전부를 주식으로 전환하여도 이는 2021년 말 기준 총 주식 수 8,145,700주의 19%에 불과하고, 청구법인은 B, G(B의 배우자), C 및 H(각각 B의 자녀)가 운영하는 법인으로서 2021년 말 기준 청구법인이 보유한 주식까지 합치면 대표이사들의 우호지분은 5,909,700주(총 주식 수의 73%)에 달하는바, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(마) 청구법인은 2021년부터 결손이 발생하여 사업에 사용할 자금을 유보하지 않고 쟁점콜옵션을 인수하여 자기주식을 보유하는 것이 오히려 경제적 합리성이 없는 의사결정이라고 주장하나, 청구법인은 2021사업연도 재무상태표상 순자산 금액이 300억원에 달하고 미처분이익잉여금이 198억원에 달하는 등 충분한 자금력이 있는 것으로 보이며, 한편 쟁점콜옵션은 일정 수익이 보장되고 지분율 확보에도 필요하므로 청구법인이 이를 취득한 행위가 경제적 합리성을 결여한 것이라고 주장하는 것은 오히려 모순이다.

(바) 청구법인은 상증세법 제40조를 인용하여 쟁점콜옵션을 대표이사들이 지분율 이내에서 쟁점콜옵션을 행사한 것은 경제적 합리성이 있다고 주장하나, 「상법」상 전환사채를 가진 주주는 그가 가진 주식의 수에 따라서 전환사채의 배정을 받을 권리가 있어, 상증세법 제40조는 주주 간 형평성을 보장하고자 법인과 특수관계에 있는 주주에 대하여 증여세를 부과할 수 있도록 한 규정인바, 그 취지를 경영권 방어 또는 경제적 합리성과 연관 짓는 것은 무리가 있고, 한편 상증세법 제40조는 전환사채 취득에 관한 규정인데 쟁점콜옵션은 전환사채를 취득할 수 있는 권리로서 전환사채와는 별도의 금융자산이므로 위 규정은 쟁점콜옵션의 무상양도에 대한 부당행위계산부인 적용과는 무관하다.

(사) 청구법인은 상증세법을 원용하며 발행 당시부터 매도청구권의 행사자를 최대주주 등으로 지정하였다면 이익 분여의 문제가 발생하지 않는다고도 주장하나, 쟁점콜옵션은 사채권자가 발행회사 또는 발행회사가 지정하는 제3자에게 전환사채의 일부를 매도하도록 청구할 수 있는 권리이자 그 자체로서 일정 수익이 보장된 금융자산이므로, 청구법인의 특수관계자가 그 행사자로 지정되었다면 부당행위계산부인 적용 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대표이사들을 쟁점콜옵션 행사자로 지정한 것은 경제적 합리성이 있는 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

    (1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

    (2) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조      제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식 매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

    (3) 상속세 및 증여세법

제4조의2(증여세 납부의무) ③ 제1항의 증여재산에 대하여 수증자에게 「소득세법」에 따른 소득세 또는 「법인세법」에 따른 법인세가 부과되는 경우에는 증여세를 부과하지 아니한다. 소득세 또는 법인세가 「소득세법」, 「법인세법」 또는 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우에도 또한 같다.

제40조(전환사채 등의 주식전환 등에 따른 이익의 증여) ① 전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환ㆍ교환하거나 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 이 조 및 제41조의3에서 “전환사채등”이라 한다)를 인수ㆍ취득ㆍ양도하거나, 전환사채등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수(이하 이 조에서 “주식전 환등”이라 한다)를 함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

1. 전환사채등을 인수ㆍ취득함으로써 인수ㆍ취득을 한 날에 얻은 다음 각 목의 어느 하나에   해당하는 이익

 가. 특수관계인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 얻은 이익

 나. 전환사채등을 발행한 법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 같은 법 제9조 제7항에 따른 유가증권의 모집방법(대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)으로 전환사채등을 발행한 법인은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수ㆍ 취득(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제12항에 따른 인수인으로부터 인수ㆍ취득하는 경우와 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 인수ㆍ취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “인수등”이라 한다)함으로써 얻은 이익

 다. 전환사채등을 발행한 법인의 최대주주의 특수관계인(그 법인의 주주는 제외한다)이 그   법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 인수등을 함으로써 얻은 이익

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인에 관한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인 주식의 일자별 종가는 아래 <표2> 기재와 같다.

<표2> 청구법인 주식 종가 현황

(단위 : 원/주)

  * 쟁점전환사채 발행일                      ** 쟁점콜옵션 행사자 지정통지일

*** 대표이사들의 쟁점전환사채 양도일

(나) 청구법인의 최대주주 및 그 특수관계인이 일자별로 보유한 주식은 아래 <표3> 기재와 같다.

<표3> 최대주주 등의 주식 보유현황

(단위 : 주, %)

(다) 청구법인의 재무제표 주요 내용은 아래 <표4> 기재와 같다.

<표4> 청구법인의 재무제표 주요 내용

(단위 : 천원)

 (2) 쟁점전환사채 및 쟁점콜옵션에 관한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 쟁점전환사채 발행결정의 주요 공시내용(2021.6.28. 공시)은 아래 <표5> 기재와 같다.

<표5> 쟁점전환사채 발행결정의 주요 공시내용(2021.6.28.)

(나) 쟁점전환사채 전환가액의 조정에 대한 주요 공시내용(2021.9.29. 공시)은 아래 <표6> 기재와 같다.

<표6> 전환가액의 조정에 대한 주요 공시내용(2021.9.29.)

(다) 쟁점전환사채 발행결정의 공시내용 중‘매도청구권(Call Option)에 관한 사항’은 아래 <표7> 기재와 같다.

<표7> 쟁점전환사채 발행결정 중 콜옵션에 관한 사항

(라) 청구법인이 쟁점콜옵션 행사자지정에관하여개최한 2022.6.28.자 이사회 의사록 내용은 아래 <표8> 기재와 같다.

<표8> 쟁점콜옵션 행사자 지정 관련 이사회 의사록

(마) 청구법인이 2022.6.28. 대표이사들과 체결한 쟁점콜옵션 매매 계약서 내용은 아래 <표9> 기재와 같다.

<표9> 청구법인과 대표이사들의 쟁점콜옵션 매매계약 내용

(바) 청구법인이 2022.6.28. 사채권자에게 통지한 매도청구권 행사에 관한 사항은 아래 <표10> 기재와 같다.

<표10> 청구법인이 통지한 매도청구권 행사에 관한 사항

(사) 대표이사들은 쟁점콜옵션 행사로 취득한 쟁점전환사채를 2023.4.17. 아래 <표11> 기재와 같이 양도하였다.

<표11> 대표이사들의 쟁점전환사채 양도내역

                                                                   (단위 : 주, 원/주)

 (3) 이 건 세무조사 및 소득금액변동통지에 관한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 조사청은 2025.8.21. 청구법인에게 아래 <표12> 기재와 같이 세무조사(재조사) 결과를 통지하였다.

<표12> 세무조사 결과 통지의 주요 내용

○○○

(나) 청구법인 E회계회계법인 및 F회계법인에게 각각 쟁점콜옵션의 2022.6.28. 기준 가치에 대한 평가를 의뢰하였고, E회계회계법인은 청구법인 주식 1주당 쟁점콜옵션의 가치를 3,502원으로 평가하였고, F회계법인은 청구법인 주식 1주당 쟁점콜옵션의 가치를 2,230원으로 평가하였는바, 조사청은 세무조사 결과 두 평가액의 평균값인 2,866원을 기준으로 청구법인의 분여이익과 대표이사들의 소득금액을 산정하였다.

(다) 처분청은 위 세무조사 결과에 따라 산출세액에서 공제 감면 세액 등을 반영한 예상 고지세액이 0원으로 산정됨에 따라 청구법인에게 관련 납부고지서를 발송하지 아니하였다.

(라) 처분청은 조사청의 위 세무조사 결과에 따라 2025.10.13. 청구 법인에게 아래 <표13> 기재와 같이 소득금액변동통지하였다.

<표13> 소득금액변동통지 내역

○○○

 (4) 청구법인이 제시한 금융감독원의 2021.11.22.자 보도자료 내용은 아래 <표14> 기재와 같다.

<표14> 금융감독원 보도자료(2021.11.22. 배포) 주요 내용

 (5) 처분청이 제시한 금융위원회의 2022.5.3.자 보도자료 내용은 아래 <표15> 기재와 같다.

<표15> 금융감독원 보도자료(2022.5.3. 배포) 주요 내용

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대표이사들이 금융감독원 지침 등에 따라 각자의 지분율 이내에서 전환사채 매도청구권을 취득 및 행사하였고, 쟁점콜옵션의 행사자를 대표이사들로 지정한 것은 당시 청구법인의 자금 사정과 경영권 방어 필요성 등을 고려한 것이므로, 청구법인의 쟁점콜옵션 행사자 지정행위는 경제적 합리성이 있는 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니라고 주장하나,

대표이사들이 청구법인으로부터 쟁점콜옵션을 양수한 뒤 쟁점콜옵션 행사를 통해 전환사채를 취득하는 경우 청구법인의 주가가 하락한다면 만기에 원금을 상환받을 수 있고 청구법인의 주가가 상승한다면 전환권 행사를 통해 전환사채를 주식으로 전환할 수 있으며, 대표이사들은 청구법인의 경영상 판단에 직․간접적인 영향을 미칠 수 있는 사람들로서 쟁점콜옵션의 양도 등에 어떠한 영향을 미치지 아니하였다고 단정하기 어려우므로, 일정 수익이 확정적으로 보장되어 있는 쟁점콜옵션을 청구법인의 특수관계인인 대표이사들에게 저가에 양도한 행위는 경제적 합리성이 전제된 것으로 보기 어려워 이는 부당행위계산부인의 대상에 해당하는 것으로 보이는 한편, 설령 대표이사들이 당초 지분율 이내에서 전환사채 매도청구권을 취득 및 행사하였다 하더라도 이를 달리 보아야 할 것은 아니라고 보이는 점,

쟁점콜옵션 행사자 지정통지 당시 최대주주이자 대표이사였던 B와 그 특수관계인들의 지분율은 이미 50%를 초과하였고, 설령 청구법인 및 대표이사들이 아닌 제3자가 쟁점콜옵션을 전부 취득한 뒤 전환사채로의 전환을 거쳐 이를 전부 청구법인의 주식으로 전환하였다 하더라도, 최대주주 및 그 특수관계인들의 지분율은 여전히 50%를 초과할 것으로 예상되어 당초의 경영권이나 지배구조가 위협받는 상황이었다고 단정하기도 어려운바, 청구법인의 쟁점콜옵션 행사자 지정행위가 대표이사들의 경영권 방어 등을 위한 것으로서 경제적으로 합리적인 선택이었다는 주장은 신빙성이 부족해 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 소득금액변동통지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.