1. 사실관계

 -’05.12. 8. 전남광주 소재 종전주택(A) 취득

 -’12. 4. 4. 나주 소재 농어촌주택^*(B) 취득

         * 조특법 §99의4① 각 호의 어느 하나 요건 모두 충족 전제

 -’24. 3.13. 전남광주 소재 주택 분양권(C) 취득

 -예 정 종전주택(A) 양도

  ※ 같은 세대 내에서 상기 주택 외 다른 주택의 보유는 없는 것으로 전제

2. 질의 요지

종전주택을 보유한 1세대가 조특법 §99의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 분양권을 새로 취득하고 종전주택(A)을 양도하는 경우 소득령 §154①을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조(2021.05.04., 법률 제31659호로 개정된 것) 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령(2021.05.04., 법률 제31659호로 개정된 것) 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

     가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

       1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

       2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역

       3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

       4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

       5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

     나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

    2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

     가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

     나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

      1) 수도권지역

      2) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

      3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

     다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  ② 삭제 <2007.12.31>

  ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

  ④ ∼⑦ (생략)

  ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2017.2.7>

 ② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

 ③ 법 제99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

 ④ 법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

 ⑤ 삭제 <2017.2.7>

 ⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다.

   1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

   2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

 ⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

    (이하 생략)

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2021-법령해석재산-0072, 2021.02.23.

1. 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이,1세대가 A주택(종전주택), B주택(「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 순차적으로 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우 해당 1세대가 3년 이상 보유한 B주택은 「조세특례제한법」제99조의4제1항에 따라 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며

 2. 아울러 A주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 2019.12.16.이전에 조정대상지역에 있는 C주택을 취득한 경우로서, A주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 C주택을 취득하고 C주택을 취득한 날부터 2년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.

○ 서면-2022-부동산-4530, 2023.01.19.

귀 질의의 경우, 종전주택을 소유한 1세대가「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택과 분양권(’21.1.1.이후 취득)을 취득한 후 「소득세법 시행령」제156조의3 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우 1세대 1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항이 적용되는 것입니다.

○ 서면-2021-부동산-0207, 2023.06.22.

귀 질의의 경우, 1세대가 종전주택, 조합원입주권,「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 순차적으로 취득한 상태에서 종전주택을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며, 이 때「소득세법 시행령」제156조의2제4항의 요건을 갖추어 종전주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

  이 경우 ’22.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된「소득세법 시행령」제156조의2제4항의 시행일(’22.2.15.) 전에 조합원입주권을 취득한 경우에는 해당 규정에 따른 '종전의 주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하는 요건'을 적용하지 않는 것입니다.