주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1.세무조사결과통지 내용

가. 청구법인은 1991.3.1. 오**을 대표이사로 하여 부산 강서구 소재에 설립되어 스테인리스 냉연코일 제조업을 운영하는 업체¹⁾이고, 청구외 ㈜SS은 1981.1.1. 오**을 대표이사로 하여 전남 광양시 소재에 설립되어 스테인리스, 강판 등의 철강업을 운영하는 코스닥상장업체이다.

나. 오**은 2019.11.12. 정**과 양해각서(이하 ‘쟁점양해각서’라 한다)를 체결하고, 오** 일가가 소유하고 있는 청구법인의 주식 2,741,500주(총발행주식의 65.33%)를 정** 또는 정**이 지정하는 자에게 매도하기로 주식매매계약을 체결하면서, 별도의 확약사항으로 위 주식거래 종결 후 2개월 이내 청구법인이 보유하고 있는 ㈜SS의 주식 2,173,180주와 부산광역시 기장군 소재 토지(28,923㎡) 및 건물(3,640.45㎡)(이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)을 오** 또는 오**이 지정하는 자가 매수하기로 약정하였다.

다. 쟁점양해각서의 확약내용에 따라 청구법인은 2020.3.6. 오**에게 ㈜SS의 주식을 양도한 후, 같은 날 오**과 쟁점부동산 매매계약서를 작성하였고, 오**은 2022.2.9. 쟁점부동산 매수인의 지위를 ㈜SS에게 이전한 후, 청구법인은 같은 날 ㈜SS과 쟁점부동산을 11,000백만원에 매매계약을 체결하고 2022.2.25. 소유권이전등기 완료하였다.

라. 조사청은 2025.7.22.부터 2025.10.28.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하고, 청구법인이 시가 14,773백만원의 쟁점부동산을 특수관계자인 ㈜SS에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정에 따라, 2022 사업연도 소득금액 3,773백만원을익금산입,법인세 991백만원을 과세하겠다는내용의세무조사결과를 2025.10.27. 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 대하여 2025.11.24. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가.청구법인과 오** 사이에 체결된 2020.3.6.자 쟁점부동산 매매계약을 부인하고 청구법인과 ㈜SS이 직접 매매한 것으로 거래를 재구성하여 실질과세원칙을 적용하기 위하여는 조세회피 목적 등 요건을 충족하여야 하나, 쟁점부동산 매매계약에는 조세회피 목적이 있다고 볼 수 없다.

1) 관련법리

   가) 「국세기본법」제14조제3항을 적용하여 거래를 재구성하기 위해서는 납세자가 선택한 행위 또는 거래형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 하는 것(대법원 2024.11.14. 선고 2024두43430 판결, 대법원 2022.8.25. 선고 2017두41313 판결 등 참조)인바

   나) 대법원은 ‘납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있다고 전제하면서 설령 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 한다(대법원 2015.1.29.선고 2012두28636판결, 대법원 2017.12.22.선고 2017두57516판결 참조)’고 판시하여 실질과세의 원칙에 관한 규정의 적용을 매우 제한적으로 해석하고 있다.

2) 오**은 청구법인의 舊사주로서 부실자산을 정리해야 할 계약상 의무를 이행하기 위하여 쟁점양해각서에 따라 쟁점 부동산 매매계약의 매수인이 된 것일 뿐 조세회피 목적에 의한 것이 아니므로 쟁점부동산 매매계약의 실질적 당사자로 보아야 한다.

가) 기업 인수합병(M&A) 과정에서 회사를 인수하려는 자(정**)가 대상 회사(청구법인)의 자산 중 자신의 사업 목적에 맞지 않거나 부실한 자산을 인수 대상에서 제외하고, 종전의 구 사주(오**)가 이를 책임지고 인수하여 정리하는 것은 지극히 통상적인 거래 구조이다.

   실제로 2021년 가구업계 1위 한샘의 창업주이자 최대주주인 조창걸 회장이 자신의 지분 전부를 PE에 매각할 때, PE 측에서 한샘 지분을 매수하면서 해외사업 축소를 위해 한샘이 보유한 한샘 미국법인(자회사) 주식 전부를 조창걸 회장이 재매수한 사례가 있다.

[2021. 12. 2.자 더벨 오너십 사라지는 한샘]

   나) 오**은 청구법인 지분거래의 당사자로서 쟁점부동산 매매계약의 매수인이 될 수밖에 없었다.

   조사청은 오**이 형식적 명의자에 불과한 것으로 보았으나, 이는 전체 거래의 구조를 정확히 살피지 않은 채 부동산 매매계약만을 단편적으로 바라본 것으로 잘못된 것이다.

   쟁점부동산 거래는 조세회피 목적과 무관하게 2019.11.12. 오**이 체결한 쟁점양해각서(MOU) 단계부터 예정된 것이었다.

   쟁점양해각서는 오** 일가와 정** 사이에 주식매매계약(SPA)을 체결하기 전에 당사자들이 합의한 기본 사항을 문서화 한 것으로서, 오**은 청구법인 주식 매도인들의 대표 자격으로 쟁점양해각서상 확약을 이행할 책임을 부담하였다.

   쟁점양해각서에는 이행보증금 지급, 실사 절차, 주식매매대금 산정방식, 지위양도의 제한 등 지분매매에 통상 수반되는 의무들이 포함되었고, 여기에는 청구법인이 보유한 자산 중 매도인과 매수인이 합의한 대상을 장부가액에 거래종결시점까지 발생한 비용을 더한 금액으로 정리하도록 하는 의무 역시 매도인측에 부과되어 있다.

   즉 매도인은 매수인과의 치열하고도 자유로운 협의에 따라 일부 자산에 대하여 순자산가액으로 청산할 의무를 부담한 것으로 이러한 자산에는 쟁점부동산 뿐만 아니라 ㈜SS의 주식 및 기타 금융자산도 포함되어 있다.

   결국 쟁점부동산 매매계약은 독립된 거래가 아니라, 지분매매거래에 앞서 매도인측이 부담하기로 이미 정해진 의무를 이행하는 절차의 일환으로, 이러한 구조에서 매도인측 의무를 이행할 주체가 매도인들의 대표인 오**이 되는 것은 너무나도 자연스러운 일이었다.

   그럼에도 불구하고 조사청은 지분거래 과정에서의 거래경위와 매도인과 매수인 측이 거래당사자로서 자유롭게 협의한 결과 발생한 거래라는 점을 전혀 고려하지 않은 채, 유독 쟁점부동산 매매계약만 분리하여 아무런 이유 없이 조세회피 목적이라고 단정하는 오류를 범하고 있는 것이다.

  반대로 조사청의 주장대로 ㈜SS이 쟁점부동산 매매계약의 당사자가 된다면 청구법인 주식매매계약의 당사자도 아니고, 양해각서상 아무런 권리나 의무도 지니지 않은 제3자가 지분거래 확약사항의 이행자로 등장하는 비합리적인 상황이 발생한다. 즉 ㈜SS이 계약의 당사자가 되는 것은 오히려 조사청이 내세우는 과세논리인 비합리적인 거래라는 부당한 결과가 발생한다.

   다) 조사청은, 양해각서 체결 전 작성된 사전 거래조건 문서(Term Sheet)에 매수인으로 ㈜SS이 기재되어 있다는 점을 근거로 들어 특수관계인 사이의 거래를 마치 비특수관계인 사이의 거래인 것처럼 가장한 행위에 해당한다고 주장한다.

   그러나 양해각서 체결 시점(2019.11.12.)을 기준으로 보면, 청구법인과 오**, 청구법인과 ㈜SS 사이에 모두 특수관계가 존재하고, 부동산 매매계약 체결 시점(2020.3.6.)을 기준으로 보면, 청구법인과 오** 사이의 특수관계, 청구법인과 ㈜SS 사이의 특수관계가 모두 소멸하였으므로, 이러한 조사청의 주장은 성립할 수 없는 왜곡된 논리이다.

   라) 또한 조사청은 오**이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 ‘산업집적법’이라 한다.)상 입주 자격이 없으므로 부동산 매매계약의 당사자가 될 수 없다고 주장하나, 이는 관련 법령을 오해한 것이다. 산업집적법은 입주 계약을 체결하지 않고 제조업 등을 영위하는 행위를 규제하고 있을 뿐, 자격 없는 자라 하더라도 소유권 취득 자체를 금지하는 것은 아니다. 조사청은 토지거래허가 구역 내의 무허가 계약에 관한 규제와 혼동하고 있는 것으로 보이는데, 산업집적법상 입주업종을 영위하지 않는 개인이나 법인이 산업단지를 매입한 후 이를 제3자에게 양도하는 거래는 허용된다.

   마) 조사청은 오**이 계약금을 지급하지 않은 것을 이유로 명목상 거래라고 주장하나, M&A에 부수적으로 뒤따르는 불필요한 자산 정리에 있어서는 즉시 자산을 매각하는 것이 현실적으로 불가능하므로, 자산의 인수 시기를 유예하고 이에 맞추어 대금 지급 조건도 이연하는 방식이 흔히 사용되며, 이러한 경우 계약의 이행은 M&A 약정에 따라 담보되므로 경제적 이해관계 조정을 단순하게 하기 위해 부동산 매매계약 자체에 관해서는 계약금을 수수하지 않는 것이 통상적이다.

   바) 한편 조사청은 오**이 ㈜SS에 부동산 매수인 지위를 이전하면서 양도소득세를 신고하지 않은 점도 문제 삼고 있으나, 오**은 ㈜SS에 부동산 매수인 지위를 이전하면서 ㈜SS으로부터 별도의 대가를 받지 않았으므로 「소득세법」상 양도소득세 과세 대상 자체가 아니기에 문제가 되지 아니한다.

   사) 따라서 쟁점부동산 매매계약의 당사자가 오**이었던 것은 정**과의 지분거래 과정에서 있었던 자유로운 협의에 따른 합리적 합의에 따라 발생한 결과일 뿐 어떠한 조세회피 목적을 위한 가장행위로 볼 수 없다.

나. 설령 실질과세원칙을 적용하여 거래를 재구성할 수 있다고 가정하더라도 청구법인과 ㈜SS은 특수관계자가 아니고, 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수도 없기에 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

1) 쟁점부동산 매매대금 확정시점(2022.2.9.)에는 청구법인과 ㈜SS 사이에 특수관계가 존재하지 않는다.

   가) 「법인세법 시행령」제88조제2항은 ‘그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 이를 적용한다’라고 규정하고 있어 부당행위계산부인 규정이 적용되기 위해서는 거래행위 당시에 당사자 간 특수관계가 존재하였음이 전제되어야 한다.

   나) 이와 관련하여 계약체결 시점과 계약의 주요조건(가격 등)이 확정된 시점이 다른 경우 특수관계를 어느 시점으로 판단하는지가 문제된 사안에서 대법원은 ‘만약 거래 계약 체결 시기와 양도시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정지은 거래 당시를 기준으로 판단하여야 한다’(대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결 참조)고 판시한 바 있고, 국세청해석례도 ‘매도자가 주식 전부를 양도하면서, 해당 회사의 자회사 주식을 추후 매도자 혹은 매도자가 지정하는 자가 일정 금액으로 일정 기간 내에 양수하는 계약(주주간 계약)을 체결하고, 이후 매도자 또는 매도자가 지정하는 자가 주주 간 계약에 따라 자회사 주식을 매수하는 계약을 체결한 경우(실제 매매계약), 부당행위계산 부인 여부 판단시점은 원칙적으로 실제 주식 매매계약체결일을 기준으로 판단하는 것’(서면-2023-법규법인-0476, 2023.8.28.)이라고 해석하고 있으므로, 부당행위계산 부인 해당 여부 판단시점은 매수자, 매도자, 거래금액 등이 확정된 시점으로 판단해야 하며, 그 시점은 원칙적으로 부동산 매매계약 체결일이다.

   다) 따라서 당해 사안에서 쟁점부동산의 최종매매대금이 확정된 시점은 오**이 ㈜SS에게 매수인의 지위를 이전함과 동시에 청구법인과 ㈜SS 사이에 최종매매계약서가 작성된 2022.2.9.이고, 청구법인은 2020.3.6. 보유하고 있던 ㈜SS의 주식전량을 오** 일가에게 매각함으로써 이미 ㈜SS과의 특수관계가 해소되었기에 특수관계가 해소된 지 약 2년이 경과한 2022.2.9. 시점에 청구법인과 ㈜SS의 특수관계가 존재하지 아니하여 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니한다.

   라) 조사청은 오**을 중간 매수자로 내세운 것이 특수관계인 사이의 거래를 마치 비특수관계인 사이의 거래인 것처럼 꾸미기 위한 조세회피 목적의 명목상 거래라고 주장하며, 이를 근거로 양해각서 체결일을 기준으로 부당행위계산 부인 여부를 판단해야 한다는 취지로 주장한다.

   그러나 양해각서 체결일인 2019.11.12.을 기준으로 보면, 당시 청구법인은 오**(대주주) 및 ㈜SS(자회사) 모두와 특수관계에 있었다. 따라서 당시 오**을 내세워 우회 거래를 할 이유가 전혀 없으므로, ‘조세회피 목적의 가장행위’라는 전제 자체가 성립할 수 없으며, 부동산 매매계약 체결일인 2020.3.6.을 기준으로 보면, 당시 청구법인과 오** 사이의 특수관계, 그리고 청구법인과 ㈜SS 사이의 특수관계는 모두 소멸하였다.

   결국 오**은 더 이상 청구법인의 주주가 아니며, ㈜SS 역시 청구법인에서 벗어나 오**의 것이 되었기 때문이다.

   마) 위와 같이 양해각서 체결일인 2019.11.12. 기준으로는 청구법인과 오** 및 ㈜SS 사이에 모두 특수관계가 인정되고, 부동산 매매계약 체결일인 2020.3.6. 기준으로는 청구법인과 오** 및 ㈜SS 사이에 모두 특수관계가 인정되지 않기 때문에, ‘비특수관계인인 오**을 명목상 끼워넣어 특수관계인 사이의 거래를 마치 비특수관계인 사이의 거래인 것처럼 가장하였다’는 조사청의 주장은 성립할 수 없다.

   바) 결국, 쟁점에서는 원칙에 따라 부당행위계산 해당 여부를 판단하는 기준 시점은 부동산매매계약 체결일인 2020.3.6.로 보아야 하고, 그 시점에 청구법인과 오**, 청구법인과 ㈜SS은 특수관계가 소멸되었으므로 쟁점에 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다.

 2) 쟁점부동산 매매계약은 청구법인의 지분매각거래(M&A)의 일환으로 체결된 양해각서상 의무를 이행하는 과정에서 이루어진 것으로서, 아래의 거래의 실질 및 경위에 비추어 볼 때 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다.

   가) 구 사주(오**)와 신 사주(정**) 사이에 체결된 쟁점 양해각서, 그리고 이러한 양해각서에 따른 청구법인과 오** 사이의 부동산 매매계약은 모두 이해관계가 상반되는 경제적 이해관계가 대립하는 오**과 정** 사이의 치열한 협상의 결과로서 경제적 합리성이 충분히 인정된다.

    (1) 쟁점 부동산 매매계약은, 단순한 개별 자산의 매매가 아니라, 청구법인의 경영권이 구 사주 오** 일가에서 새로운 사주인 정** 측으로 이전되는 기업인수합병(M&A) 거래의 일환으로 이루어진 것으로, 청구법인의 불필요한 자산을 정리하고 이를 청구법인의 현금성 자산으로 하기 위한 과정에서 이루어진 것이다.

    (2) 이 과정에서 구 사주인 오**과 신 사주인 정**은, 대상회사인 청구법인의 자산 가치 평가 및 그 가격 협상에 있어서 철저히 이해관계가 대립되는 관계에 있었다. 즉, 청구법인을 인수하여 새로운 주인이 되는 정**의 입장에서는 사업성이 없는 쟁점부동산을 가급적 높은 가격에 매각하여 가능한 많은 현금을 청구법인 내부에 넣어두고자 하였고, 반대로 청구법인을 매각하여 엑시트(Exit)하려는 구 사주 오**의 입장에서는 M&A를 성사시키기 위해 쓸모 없는 부동산을 어쩔 수 없이 떠안게 되는 상황이었으므로 자신의 손실을 최소화하기 위해 가급적 낮은 가격에 매수하고자 한 것이다.

    (3) 조사청에서 강조하는 2019.11.12.자 양해각서는 위와 같이 이해관계가 첨예하게 대립하는 오**과 정**이 치열한 협상을 한 결과 도출된 합의의 결과인 것이다. 이처럼 이해관계가 대립하는 정**과 오**이 청구법인의 주인의 경영권을 넘겨받고 넘겨주는 내용의 양해각서를 체결하면서 청구법인이 오**에게 어떠한 이익을 분여한다는 것은 불가능하다.

    다시 말하면, 신규 사주인 정**이 자신이 인수하여 곧 회사의 주인이 될 청구법인의 자산을, 회사를 팔고 떠나는 구 사주 오** 측에 헐값에 넘겨 청구법인의 이익을 훼손하고 오** 측에 어떠한 이익을 분여한다는 것은, 철저한 손익 계산 하에 치열한 협상을 통해 이루어지는 기업 인수 거래 현실에서 전혀 상정할 수 없는 일인 것이다.

    (4) 실제로 정**과 오** 간의 치열한 협상 끝에, 청구법인의 새로운 주인으로서 가급적 높은 가격에 부동산을 매각하려는 정**의 의사가 관철되어 쟁점 부동산의 매매가격은 ‘장부가액’으로 결정된 것이다.

    조사청은 이 장부가액이 부동산 매매가격으로서 비합리적인 가격인 것처럼 의문을 제기하나, 실제 부동산의 가치는 장부가액에 미치지 못하였고, 이러한 사정은 정**과 오** 모두 잘 알고 있었다. 실제로 ㈜SS은 어떻게든 활용방안을 모색하기 위해 매수인 지위를 이전 받았으나, 결과적으로 현재까지도 쟁점부동산을 전혀 활용하지 못하고 나대지로 방치하고 있는 실정이고, 최근에는 그나마 접근성이 상대적으로 양호한 일부 토지 부분조차 공시지가에도 미치지 못하는 가격에 겨우 매도된 바 있다.

   나) 산업집적법상 처분제한 기간이 도과한 후 부동산 거래가 이루어진 점은 이익 분여 및 조세회피 목적과 아무런 관련이 없다.

    (1) 산업집적법 제39조 제1항은 “산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지 또는 공장 등을 관리기관에 양도하여야 한다.”라고 규정하고, 제1호는 ‘공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간(=5년)이 지나기 전에 분양받은 산업용지를 처분하려는 경우’를 열거하고 있다. 그리고 같은 조 제2항은, ‘관리기관이 제1항에 따라 입주기업체의 산업용지 등을 매수할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 산정한 다른 기업체나 유관기관에 양도하여야 한다’고 규정하고 있다.

    (2) 청구법인은 2016.8.24. 쟁점부동산에 대한 공장설립 완료 신고를 하였으므로, 위 법령에 따라 2021.8.23.까지는 관리기관에 직접 매도하거나 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체 등에 양도할 수밖에 없는 법령상 제한이 있었다. 따라서 청구법인이 매매계약의 이행 시기를 위 처분제한 기간 도과 이후로 설정한 것은 위 법령을 준수하기 위한 정상적인 의사결정의 결과일 뿐이고, 이러한 법령 준수행위를 경제적 합리성이 없는 조세회피 행위라고 볼 수 없다.

    (3) 조사청은, 청구법인이 처분제한 기간 5년을 기다렸다가 ㈜SS에게 양도한 점에서도 이익 분여를 위한 것이었음이 드러난다고 주장하나, 이는 산업집적법 규정을 오해한 것이다. 산업집적법 제39조 제5항 단서에 따르면, 입주기업체의 요청이 있는 경우 법정 가격(취득가격 + 이자·비용) 이하로도 양도가 가능하기 때문이다. 또한, 청구법인과 ㈜SS 사이의 특수관계는 이미 2020.3.6. 소멸하였다.

    만일 청구법인이 ㈜SS에게 이익을 분여 할 의도가 있었다고 가정해보더라도, 오**이 부동산 매수인 지위를 굳이 2022년까지 기다렸다가 ㈜SS에 이전할 필요가 없었던 것이다.

    결국 실제 사실관계는, 청구법인은 사업상 활용성이 없는 쟁점부동산을 처분하려고 노력하였으나 시장성 결여로 인해 적절한 매수자를 찾지 못하였고, 이에 따라 전 사주인 오**이 이를 떠안아 정리할 양해각서상 의무를 지게 되었다가, 이를 결국 매각하지 못한 상태에서 그 매수인 지위를 ㈜SS에 이전한 것이고, ㈜SS은 그 활용방안을 모색하였으나 결국 아직까지는 마땅한 방안을 찾지 못하고 있을 뿐이다.

    (4) 조사청은 청구법인이 과거 산업집적법상 처분 절차에서 제시했던 금액 약 134억원을 근거로 쟁점부동산 거래가 저가양도라고 주장하나, 당시 매수 희망자가 전혀 존재하지 않아 모두 유찰된 사실이 있을 뿐이어서, 이를 ‘시가’라고 할 수 없다.

    즉, 청구법인은 2019.7.23. 및 2020.1.13. 두 차례에 걸쳐 관할 관리기관인 부산경제진흥원에 매각요청금액을 당시 공시지가 수준인 약 134억원으로 하여 매각공고를 신청하였으나, 매수 희망자가 전혀 존재하지 않아 모두 유찰되었던 것이다. 이처럼 매각에 실패한 ‘매도 호가’ 134억원은, 쟁점부동산의 객관적인 교환가치를 반영하지 못한 것일 뿐이므로, 이를 「법인세법」상 시가라고 할 수 없음은 자명하다.

 다) 쟁점부동산 거래가액 110억원은 경제적 합리성이 인정되는 가격이다.

    (1) 청구법인과 매수인 ㈜SS 모두 스테인레스 제품을 제조·판매하는 등 철강업을 영위하는 회사로서, 원자재와 완제품의 특성상 고중량 화물을 운송할 대형 트럭(트레일러 등)의 원활한 진출입이 필수적이다. 그러나 쟁점부동산은 공단 내에서도 최상단 급경사지에 위치하고 있으며, 진입로마저 협소하여 중량물 운송 차량의 접근 자체가 불가능한 구조이다.

    철강업을 영위하는 청구법인의 구 사주 오**이나 신규 사주 정** 모두에게 쟁점부동산은 사업적으로 활용할 수 없는 ‘애물단지’에 불과했고, 실제로 ㈜SS은 활용방안을 찾기 위해 노력하였으나 결과적으로 쟁점부동산을 매수한 이후에도 약 2년 넘게 이를 활용하지 못한 채 나대지 및 공실로 방치하고 있는 실정이다.

    실제 거래 사례에 비추어 보더라도, 쟁점 부동산의 실제 가치는 공시지가에 미치지 못하고, 기껏해야 장부가액 정도라는 점이 확인된다.

    (2) 청구법인은 쟁점 양해각서 체결 전인 2019년경에도 쟁점 부동산을 매각하려고 시도한 바 있으나, 매수희망자가 전혀 없어 매각에 실패한 바 있다. 즉, 청구법인은 2019년경 공공기관을 통해 쟁점 부동산을 당시의 공시지가(약 134억원) 수준으로 매각하기 위해 공고를 냈으나, 매수 희망자가 단 한 명도 없어 매각에 실패하였다. 이는 시장에서 평가하는 쟁점 부동산의 가치가 공시지가에도 미치지 못한다는 점을 보여주는 명백한 증거이다.

    (3) 최근 가까스로 이루어진 특수관계 없는 자와의 매각 사례를 보면, 쟁점 부동산의 가치가 공시지가에 현저히 미치지 못한다는 점을 분명히 확인할 수 있다. ㈜SS은 2024.2.7. 쟁점부동산 가운데 도로에 인접하여 그나마 상대적으로 입지가 양호한 일부 필지(1264-1번지)를 특수관계가 없는 제3자인 경량물 취급 개인사업자에게 가까스로 매각할 수 있었다.

    위 제3자인 개인사업자는, 중량물을 취급하는 청구법인이나 ㈜SS과 달리 경량물을 취급하였기에 입지가 열악한 쟁점부동산 중 그나마 상대적으로 입지가 좋은 일부 필지에 대해 겨우 협상이 이루어질 수 있었고, 당시 거래가액은 평당 약 118만원으로, 해당 필지의 공시지가 약 157만원보다 현저히 낮은 수준이었다.

    이처럼 비교적 양호한 입지의 토지 부분조차 비특수관계인 사이에서 공시지가의 75% 수준으로 어렵게 거래가 성사되었다는 점은, 접근성이 더욱 떨어지는 나머지 부분을 포함한 쟁점 부동산의 실제 가치가 공시지가보다 훨씬 낮다는 사실을 분명히 보여준다.

[최근 매각된 부분 등기부]

   라) 이처럼 신 사주 정**의 의사가 관철되어 청구법인이 구 사주 오**에게 쟁점 부동산을 장부가액으로 매도한 것은, 불필요한 자산을 실제 가치보다 높은 가격에 처분하여 법인의 이익과 사업성을 극대화하기 위한 ‘합리적 조건’의 거래였다. 이를 두고 경제적 합리성을 결여한 비정상적 거래로 왜곡하는 것은 좀처럼 납득하기 어렵다.

3. 통지관서 의견

가. 청구법인과 오** 간 체결된 쟁점부동산 매매계약은 조세회피를 위한 명목상 거래에 불과하고 쟁점부동산 양도거래의 실질적인 당사자는 청구법인과 ㈜SS이다.

   1) 관련법리

「국세기본법」제14조제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있다.

  위 규정의 취지는 조세공평을 도모하고자 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피 행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 여러 사정을 종합하여 판단하도록 한 것이다.

  이때 실질과세원칙은 사법(私法)상 효력이 인정되지 않는 가장행위에 해당하는 경우에만 적용될 수 있는 것은 아니고 그러한 정도에는 이르지 못하지만 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 만한 조세회피 행위의 경우, 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있는 경우 위 규정을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하도록 하고 있다(대법원 2025.3.27.선고 2023두37865 판결 참조).

2) 청구법인은 당초부터 ㈜SS에 쟁점부동산을 양도할 생각이었으나 청구법인과 ㈜SS이 특수관계이기에 부당행위계산 부인 규정을 회피할 목적으로 형식상 오**에게 양도하는 것으로 매매계약을 취한 후, 청구법인과 ㈜SS의 특수관계가 청산된 뒤에 ㈜SS에게 쟁점부동산을 매도하는 것으로 구조를 설계한 것인바, 이는 오로지 조세회피 목적에 의한 것이기에 실질과세적용 대상이다.

 가) 청구법인은 당초부터 ㈜SS에게 쟁점부동산을 양도할 생각이었다.

 청구법인의 대표이사 정**이 쟁점양해각서를 체결하기 전에 작성한 거래조건 문서(KKK–Transaction Terms)에 의하면, 쟁점부동산의 매수인을 ㈜SS으로 정하고 있었던 것이 나타나고 있어 청구법인이 처음부터 쟁점부동산의 매수인을 ㈜SS으로 정하고 있었던 사실이 확인된다.

 나) 또한 조사당시 오**이 제출한 쟁점부동산 거래 경위에 대한 사실확인서에 의하면 오**은 스스로 본인은 부동산 매각정리를 책임지는 주체일 뿐 쟁점부동산은 입주업종이 제한되어 있어 개인이 취득하여 사용할 수 없는 부동산이라고 소명하였던 점등으로 보아 청구법인이 2020년 3월 오**과 체결한 쟁점부동산 매매계약은 단지 형식적으로 임시방편적인 계약으로 밖에 볼 수 없다.

   다) 청구법인과 ㈜SS이 특수관계로 부당행위계산부인 대상이므로 형식적으로 오**에게 양도한 것이다.

   청구법인은 법무법인 세종으로부터 오**과 ㈜KKK간 주식매매건, 청구법인과 ㈜KKKK홀딩스의 합병건, 청구법인 주식 등 자산 양도 건에 대하여 세무 검토 관련 자문²⁾을 받은 사실이 있는데,

   해당 검토 내용을 보면 ‘청구법인이 ㈜SS 주식 및 쟁점부동산을 양도할 경우 부당행위계산부인 규정이 문제될 수 있고, 법인세 목적상 시가 또는 시가보다 높은 가액으로 양도하는 것이 바람직할 것으로 사료되며 세무상 시가보다 낮은 가액에 양도한 것으로 간주되는 경우에는 청구법인에 추가적인 과세문제가 발생할 수 있다’고 기재되어 있다.

   즉 청구법인은 법무법인의 자문을 받아 쟁점 양도거래가 시가보다 낮은 가액에 양도될 경우 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있음을 명확히 인지하고 있었던 것이다.

 라) 청구법인과 ㈜SS의 특수관계 청산 후 적당한 시간적 간격을 유지한 뒤 청구법인과 ㈜SS이 직접 매매계약을 체결하였다.

   오**은 정**과 쟁점양해각서를 체결하고 오**일가의 청구법인 주식을 정**일가가 설립한 KKKK홀딩스에게 양도하여 청구법인과 오**의 특수관계가 청산되자, 오로지 조세회피를 위해 쟁점부동산을 매수할 자격은 없으나 형식적으로 특수관계가 소멸된 오**을 매수자로 하여 쟁점부동산에 대한 매매계약서를 작성하였다.

   마) 오**은 2020.3.6. 체결된 부동산매매계약서 문단 8.2에 의하여 쟁점부동산 매수인의 지위, 즉 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’를 본인이 지배주주로 있는 ㈜SS에 양도하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

   만일 청구법인의 주장대로 ① 2020년 3월 청구법인과 오** 간의 부동산매매계약, ② 2022년 2월 오**과 ㈜SS 간 매수자 지위이전, ③ 2022년 2월 청구법인과 ㈜SS 간 부동산매매계약이 조세회피를 위한 형식상 거래가 아닌 각각의 정상적인 거래라고 본다면, 오**은 ㈜SS에게 매수자지위를 양도할 때 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’ 양도에 대하여 양도소득세를 신고하였어야 하는데, 이를 신고하지 아니한 것이다.

 오**은 쟁점부동산의 매도인인 ㈜KKKK에게 계약금도 지급한 적이 없는 등 매매계약상 일반적으로 요구되는 매수인의 의무를 이행한 것이 없다는데, 그 이유는 청구법인과 오** 간 체결된 2020.3.6.자 매매계약은 형식적 거래에 불과한 것이었기 때문이다.

3) 결국 청구법인은 당초부터 ㈜SS에 쟁점부동산을 양도할 생각이었으나 청구법인과 ㈜SS이 특수관계이어서 부당행위계산부인규정이 적용되지 아니할 목적으로 오**에게 양도하는 것으로 형식상 매매계약을 취하고, 청구법인과 ㈜SS의 특수관계를 청산한 후에 ㈜SS에게 쟁점부동산을 매도하는 구조를 설계한 것으로 이는 오로지 조세회피 목적에 의한 것이기에 실질과세 적용 대상이다.

나. 쟁점부동산 거래는 특수관계자간 경제적 합리성이 결여된 비정상적 거래이므로 「법인세법」상 부당행위계산 부인 요건을 충족한다.

  1) 관련 법리

「법인세법」제52조에 규정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 「법인세법 시행령」제88조제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다.

  이는 경제인의 관점에서 볼 때 비정상적이고 불합리한 행위 계산을 통헤 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다.

  한편 「법인세법」제52조, 「법인세법 시행령」제88조제2항 본문에 의하면,「법인세법 시행령」제88조제1항은 당해 법인과 특수관계자 간의 거래에 적용되는데, 여기에는 특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래가 포함된다. 그러나 그 거래가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면, 설령 법인이 특수관계 없는자와 거래를 함으로써 법인과 특수관계에 있는 자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 이를 구 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각호의 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2014. 4. 10. 선고 2013두20127 판결, 대법원 2019.5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조).

  이때 「법인세법 시행령」제88조제2항 부당행위계산 판단의 기준시점인 ‘그 행위 당시’란 ①주요 거래조건을 확정하고, 이에 대해 ②거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 시점을 말하는 것으로

  조세심판원은 양해각서 체결 시 정하였던 가격으로 거래가 이루어진 경우 부당행위계산 판단의 기준시점은 매매계약서 체결일이 아니라 양해각서 체결일이라고 판단한바 있다(조심 2016서2064, 2017.7.26., 대법원 2023.6.1. 선고 2019두38472 사건 종결).

  2) 쟁점부동산 거래에서 부당행위계산 부인 판단 기준시점은 ‘쟁점양해각서’ 체결일로 보아야 하고, 쟁점양해각서 체결일에 청구법인과 ㈜SS은 특수관계자이다.

 가) 쟁점양해각서는 배타적 협상권의 보장을 넘어 청구법인 주식 거래의 주요 조건(쟁점양해각서 제3조 대상주식의 매매, 제4조 매매대금, 제7조 매매대금의 조정 및 확정 등) 뿐만 아니라 쟁점부동산 거래의 주요 조건인 쟁점부동산의 거래대금(제10.3조. 기준재무제표상 장부가격 10,092,453,919원에 매매거래 종결시점까지 발생한 금융비용 및 제반 비용을 포함한 금액, 위 금액의 합계가 최종 매매금액인 110억원), 거래종결시점(매매계약 체결일부터 2년이 되는 날), 계약당사자지위변경 등에 대하여도 상세하게 규정하고 있다(붙임1 쟁점양해각서 참조).

   나) 또한 쟁점양해각서는 양해각서의 효력 및 해제 규정(제11조), 이행보증금 규정(제5조), 손해배상 규정(제14조) 등을 둠으로써 형식적 매매계약서 작성 이전에 이미 쟁점양해각서의 체결이 주요 거래조건을 확정시키는 법적 구속력 있는 합의임을 나타내고 있고, 특히 청구법인 주식 매매계약이 체결되어 쟁점양해각서의 효력이 실효되는 경우에도 쟁점부동산 거래 조건을 정한 제10조 규정은 쟁점부동산 거래 완료 시까지 유효하게 존속한다(제11.5조)고 별도로 명시적으로 규정하고 있으며, 쟁점부동산 거래에 대한 본 계약에서도 쟁점부동산 거래대금을 쟁점양해각서 체결 시 정하였던 가격으로 정했으므로 쟁점부동산 거래의 거래조건은 쟁점양해각서의 체결 시점에 확정된 것으로 보아야 한다.

   다) 오**과 정**은 청구법인의 현 대표자 및 차기 대표자, 그리고 ㈜SS의 대표자 지위에서 쟁점양해각서를 체결한 것이다.

    (1) 오**은 쟁점양해각서 체결 당시 청구법인과 ㈜SS의 지배주주이자 대표자이었고, 정**은 오**이 사임한 이후 청구법인의 대표자가 되었고, 정**의 장인인 구재고 및 그 일가는 청구법인의 지배주주가 되었다.

    (2) 쟁점양해각서 체결 당시 쟁점부동산은 오** 개인이 아니라 청구법인이 소유하고 있었다. 즉, 오**은 쟁점부동산의 소유자가 아니었음에도 쟁점부동산 양도거래에 대한 구체적인 조건을 양해각서에 기재하였다.

    (3) 또한 쟁점양해각서 제10.1조를 보면, 양해각서 체결 이후 오**이 청구법인이 소유한 ㈜SS 주식 2,173,180주를 매수하기로 하면서 그에 대한 구체적인 거래조건을 정하고 있음을 확인할 수 있다. 위 내용은 ㈜SS 주식의 소유자인 청구법인의 대표자가 아니라면 설명할 수 없는 거래내용인바, 결국 오**은 청구법인의 현 대표자의 지위에서, 정**은 청구법인의 차기 대표자의 지위에서 위 거래에 대한 쟁점양해각서 내용을 작성한 것이다.

 라) 따라서 쟁점양해각서 체결일에 쟁점부동산에 대한 주요 거래조건이 확정되고 거래당사자인 청구법인과 ㈜SS 간 구속력 있는 합의가 이루어졌는바, 쟁점양해각서 체결일을 기준으로 판단하면 쟁점부동산 양도거래에 대하여 부당행위계산 부인 규정 적용대상이다.

  3) 쟁점부동산 양도거래는 거래의 실질 및 경위에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 결여한 저가 양도에 해당한다.

   가) 쟁점부동산 양도거래는 오**이 청구법인의 실사주로 있을 때 그 거래내용을 확정시킨 후 자신이 실사주로 있는 ㈜SS에게 저가 양도한 것으로, 해당 거래의 목적은 자신이 실사주로 있었던 회사 소유의 쟁점부동산을 자신이 실사주로 있는 다른 회사 명의로 저가 취득하는 것 외에 다른 사업상 필요 등이 없는 것으로, 그 과정에서 발생하는 조세부담을 회피하기 위하여 쟁점부동산 거래와 관련하여 거래상대방이 법무법인으로부터 받은 컨설팅을 참고하여 개인인 본인과의 거래를 개입시키고 특수관계를 소멸시키는 등 치밀한 계획하에 이루어진 것인바, 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위에 해당한다.

   이는 청구법인의 주주가 될 ㈜KKKK홀딩스의 이익을 위해 청구법인이 아래와 같이 이익을 포기하고 손실을 보게 되는 것인바 지극히 경제적 합리성이 없는 비정상적 거래이다.

   나) 쟁점 주식매매 및 부동산 거래는 청구법인만 손실을 보는 구조로 부동산 매매계약 당시 부동산 공시지가는 134억원이며 최종적으로 청구법인이 ㈜SS에게 양도한 가액은 110억원으로 쟁점법인은 공시지가 기준으로 23억 손실을 보게 되므로, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상에 해당하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인의 대상인 저가양도에 해당한다.

    (1) 쟁점부동산이 위치한 정관코리일반산업단지는 부산시에서 관리하는 산업단지로 위 토지 취득 시 취득세가 75% 감면되며 부산외곽순환도로에 인접해있어 진·출입이 용이하여 공장 운영에 필요한 운송 관련 비용을 절감할 수 있는 등 지리적 이점이 있고, 청구법인은 쟁점양해각서 체결전인 2019.7.23에 (재)부산경제진흥원에 쟁점부동산의 매각 의뢰를 신청하여, 부산경제진흥원에서 산업집적법 제39조에 따라 관리기관이 결정하여 매각공고한 금액은 약 134억원이다.

    (2) 또한 청구법인은 쟁점부동산의 담보대출을 위하여 감정평가를 의뢰하여 2022.1.6. 자로 공신력 있는 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였고, 청구법인이 주장하는 쟁점부동산의 저해요소(지상권설정, 송전선로 철탑부지, 급경사 임야 등)들도 모두 고려하여 산정된 금액이 179억원 상당액이다.

   (3) 그럼에도 불구하고 청구법인이 쟁점양해각서 및 2020.3.6.자 쟁점부동산 매매계약서에 작성한 거래가액은 2019.8.31. 기준 쟁점부동산 장부가액(101억원)에 거래종결일까지 발생하는 매매부동산 관련 비용을 합한 가액인데, 이는 제3자에 대한 매각희망금액이자 당시 공시지가인 134억원보다 현저히 낮은 금액으로,

    만약 ㈜SS이 법령에 따른 처분기한 내에 산업단지관리기관을 통해 쟁점부동산을 매수한다면 당초 계약한 101억원+@의 금액이 아니라 관리기관이 결정하여 공고한 금액인 134억원으로 매수하여야 하므로 청구법인은 매각 제한이 해소된 이후에 쟁점부동산을 공고금액인 134억보다 현저하게 낮은 110억원에 ㈜SS에 매각함으로써 이익을 분여하고 조세를 회피한 것이다.

    (4) 다만, 조사과정에서 청구법인 측은 감정평가액의 평가 목적이 담보대출을 위함이고 거래가 성사되지 아니한 과거 매각공고금액보다 높은 금액이라는 등의 이유로 시가로 볼 수 없다고 주장하여, 처분청도 위 주장을 받아들여 상증세법 제61조 제1항에 따라 쟁점부동산을 2022.2.25. 최종 거래 완료일 기준 공시지가로 평가한 금액인 148억원을 시가로 본 것이다.

    (5) 따라서 청구법인이 특수관계법인인 ㈜SS에게 제3자에 대한 매각희망금액 및 공시지가보다 현저히 낮은 금액으로 양도한 것은 경제적 합리성이 결여된 비정상적 거래임이 명백하다 할 것이다.

4) 기타 청구주장에 대한 반박

   가) 청구법인은 오**이 청구법인 지분거래의 당사자로서 쟁점부동산 매매계약의 매도인이 될 수밖에 없다고 주장하나, 여러 증빙자료를 통해 쟁점부동산의 실질적 거래당사자는 당초부터 ㈜SS임이 확인된다.

    (1) 앞서 언급한 바와 같이 쟁점부동산 매매계약 당시 오**은 쟁점부동산을 취득할 수 있는 자격이 없었으며, 오** 스스로도 본인은 부득이 쟁점부동산의 매각정리를 책임지는 입장에서 부동산매매계약서를 작성하였을 뿐 본인은 취득할 자격이 없었다고 주장하였다.

    (2) 또한 청구법인의 대표이사 정**이 쟁점양해각서를 체결하기 전에 작성한 문서 “KKK - Transaction Terms”를 보면 쟁점부동산의 거래당사자를 청구법인과 ㈜SS으로 기재하고 있는 등 당초부터 최종적인 부동산 매수자를 오**이 아닌 ㈜SS으로 하는 거래 계획을 세운 것이 명확히 확인된다.

    (3) 그리고 오**이 직접 쟁점부동산을 저가 양수하는 경우 향후 양도 시 고액의 양도소득세를 부담하게 되고 취득요건 충족을 위해 관련 업종 추가 등록 등 부담이 있으므로 부동산을 직접 인수하지 않고 쟁점부동산의 취득요건을 충족하는 ㈜SS의 쟁점부동산 인수가 사전에 확정되어있다고 보는 것이 타당하다.

   나) 청구법인은 ㈜KKKK홀딩스가 오** 일가와의 주식매매협상에 있어 주식매수단가를 ㈜KKKK홀딩스에게 유리하게 결정하는데 쟁점부동산을 활용한 것이며 청구법인과 ㈜SS 간 쟁점부동산의 거래방식을 취한 목적은 제3자간 대상회사의 인수계약체결 시 쟁점부동산에 대한 거래조건 및 거래기간을 약정한 상태로 주식매매계약의 이행목적으로 진행된 것으로 이는 기업인수 목적의 일환이라고 주장하나,

   ㈜KKKK홀딩스와 오**과의 주식매수 단가 결정에 있어 쟁점부동산의 매매가액이 반영되었다는 사실을 확인할 수 있는 객관적 자료를 확인할 수 없으며,

   청구법인의 주장대로 주식매수 단가에 반영이 되어 있다 하더라도 향후 청구법인의 주주가 될 ㈜KKKK홀딩스의 이익을 위해 청구법인의 이익을 포기하는 것은 경제적 합리성이 없는 비정상적 거래로, 쟁점부동산 매매계약 당시 부동산 공시지가는 134억원이며 최종적으로 청구법인이 ㈜SS에게 양도한 가액은 110억원으로 청구법인은 공시지가 기준으로 23억원 손실을 보게 되므로 기업인수 목적의 일환으로도 보기 어렵다 할 것이다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

당사자의 거래관계를 재구성하여 쟁점부동산을 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련법령

가)   1)국세기본법 제14조【실질과세】(2023.1.1. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)

   ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

   ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

   ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

2) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】(2023.1.1. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

   ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

   ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

   ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

   ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  2-1) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

   ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

    2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

    3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

   ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조【입주계약 】

   ① 산업단지에서 제조업을 하거나 하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 “입주계약”이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

3-1) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조【산업단지의 입주자격 】

 ① 법 제2조 제18호 및 제19호에서 “대통령령으로 정하는 자격”이란 다음 각 호의 자격을 말한다.

    1. 해당 산업단지의 관리기본계획에 따른 입주대상산업 및 시설 또는 입주기업체의 사업지원에 필요한 사업일 것

    1의2. 지역경제를 활성화하기 위하여 필요한 사업일 것(지원기관의 경우만 해당한다)

    2. 해당 사업의 시행을 위하여 관련 법규에 따른 인가ㆍ허가 등을 받았거나 받을 수 있을 것

4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조【산업용지 등의 처분제한】

   ① 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다. <개정 2014.12.30, 2019.12.10>

    1. 제15조제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지, 제39조의2제2항제1호에 따라 분할된 산업용지 및 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제46조의6에 따른 임대전용산업단지에서 분양 전환으로 소유권을 취득한 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우

    2. 제15조제2항에 따른 사업개시의 신고 전 또는 신고 후 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지, 제39조의2제2항제1호에 따라 분할된 산업용지 및 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제46조의6에 따른 임대전용산업단지에서 분양 전환으로 소유권을 취득한 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우

  ⑤ 제1항 및 제2항에 따른 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하고, 공장등의 양도가격은 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등의 시가 감정액을 고려하여 결정할 수 있다. 다만, 입주기업체의 요청이 있는 경우 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액 이하로 할 수 있다. <개정 2016.1.19., 2020.4.7.>

4-1) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제49조【산업용지 등의 처분제한 등】

   ① 법 제39조제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 입주기업체가 분양받은 산업용지 및 공장등의 소유권을 이전하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    1. 상속 또는 법인의 분할ㆍ합병으로 소유권을 이전하는 경우

4-2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제52조【이자 및 비용】

  법 제39조제5항에 따른 이자 및 비용은 다음 각 호와 같다.

   1. 양도할 산업용지의 취득가격에 그 취득일부터 양도일까지의 기간 중의 생산자물가총지수를 곱하여 계산한 금액

   2. 양도할 산업용지의 취득에 소요된 취득세, 그 밖의 제세공과금. 다만, 산업용지를 취득한 자의 귀책사유로 추징된 세금은 제외한다.

   3. 양도할 산업용지의 유지ㆍ보존 또는 개량을 위하여 지출한 비용

다.사실관계

  1) 청구법인 등 기본사항

가) 청구법인은 1991.3.1. 오**이 부산 강서구 소재에 스테인리스 냉연코일을 생산하는 압연전문 회사를 설립하여, 고급 스테인리스 제품을 HH(주), MM(주) 등에 공급하는 업체로, 전체 주주는 오** 및 오**(子, 62.33%), PPP(5%), 청구법인(자기주식 29.66%)이었다.

   나) ㈜SS은 1981.1.1. 오**이 설립하여 전남 광양시 소재에서 스테인리스, 강판 등의 철강업을 운영하는 업체로, 주요 주주는 오** 및 배우자 및 자녀(60.42%), 청구법인(26.74%), PPP(4.8%) 등이다.

  2) 쟁점 양해각서 및 확약사항 체결

 가) 오**은 2019.11.12. 정**에게 오** 일가가 소유하고 있는 청구법인 지분(62.33%)을 매도하기로 하고, 아래의 쟁점양해각서를 체결하였다.

 나) 오**은 쟁점양해각서의 확약사항으로 위 주식거래 종결 후 2개월 이내 청구법인이 소유하는 ㈜SS주식(26.74%)과 쟁점부동산을 매수하는 약정을 아래와 같이 체결하였다.

  3) 청구법인 지분 인수 및 합병

 가) 정**의 장인 구재고는 2019.12.10. 정**을 대표이사로 하여 청구법인을 취득할 목적의 ㈜KKKK홀딩스를 설립하였다.

   나) 정** 일가는 청구법인 인수를 위해 아래의 거래조건 문서를 작성하였고, 법무법인의 자문을 받아 아래와 같이 KKKK 거래구조에 대한 주요 세무문제를 검토한 바 있다.

   다) 오**은 2020.1.17. 쟁점양해각서에 따라 정** 측이 설립한 KKKK홀딩스에 오** 일가의 전체지분을 총매매대금 497억원으로 하여 매매계약을 체결하고 2020.2.8. 이를 양도하였으며, 그 주요내용은 아래와 같다.

   라) 오** 일가는 2020.2.28 보유지분 전부를 구재고 일가 및 특수관계법인 ㈜평해(구재고 100%)가 주주로 있는 KKKK홀딩스에 양도하였으며, 청구법인은 2020.4.21. KKKK홀딩스를 흡수합병하였고, 오**의 청구법인 주식매각과 KKKK홀딩스 흡수합병에 따른 청구법인의 지분 변동내역은 아래와 같다.

 4) 청구법인 보유 ㈜SS지분 및 쟁점부동산 양도

   가) 청구법인은 2020.3.6. 보유하고 있던 ㈜SS 주식 2,173,180주(26.74%)를 오**, 오경택(오**의 장남)에게 양도하였고, ㈜SS의 주주현황은 아래와 같다.

   나) 청구법인은 2020.3.6. 오**과 쟁점부동산에 대하여 아래와 같이 부동산매매계약을 체결하였으며, 매매계약서상 주요 내용은 아래와 같다.

   다) 오**은 아래의 부동산매매계약 지위 이전 합의서를 작성하여, 2022.2.9. 쟁점부동산 매수인의 지위를 본인이 지배주주로 있는 ㈜SS에 이전하였다.

라) 청구법인은 2022.2.9. ㈜SS과 부동산 매매계약을 체결하여, 쟁점부동산은 2022.2.25. ㈜SS으로 소유권이전등기 완료하였다.

   마) 오**은 조사당시 조사청에 쟁점부동산을 본인이 매수하게 된 경위에 대하여 아래의 거래사실확인서를 작성하여 제출하였다.

  5) 조사청의 관련 사업연도 조사결과통지 내용

  조사청은 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 2022.2.25. 기준 쟁점부동산의 공시지가 148억원과 실거래가액 110억원의 차이 38억원에 대하여 청구법인이 ㈜SS에 저가양도 한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정에 따라 익금산입 기타사외유출로 소득처분하고, 기타 인건비 등의 손금불산입하여 2022 사업연도 법인세 1,059백만원 과세하겠다는 내용의 세무조사결과를 아래와 같이 통지하였다.

  6) 기타 쟁점부동산 입주자격 및 처분 금지 관련

 가) 쟁점부동산은 산업집적법 시행령 제6조 따라 산업단지의 관리기본계획에 따른 입주대상 산업 및 시설에 필요한 사업을 영위해야 하고, 정관코리일반산업단지 관리기본계획에 대한 부산광역시 고시 내용은 아래와 같다.

   나) 쟁점부동산은 위 법령에 따라 공장설립 완료신고일로부터 5년간 처분이 제한되어 있는 부동산으로, 쟁점부동산은 2016.8.24. 공장설립신고를 완료하였기에, 2021.8.23.까지는 해당 부동산을 본인이 직접 매각할 수 없는 부동산이다. 다만 처분제한 기간 내 매각을 원하는 경우 산업단지관리기관이 매각하여 정리하는 절차를 취하도록 산업집적법 제39조에서 규정하고 있고, 산업집적법 제39조 제5항은 처분금액의 산정 방법을 규정하고 있다.

7) 쟁점부동산의 시가 관련

   가) 청구법인은 산업집적법 처분제한 조항에 따라 2019. 7. 23. 쟁점부동산을 처분하고자 (재)부산경제진흥원에 매각 의뢰신청 하였고, 부산경제진흥원에서 산업집적법 제39조에 따라 관리기관이 결정하여 공고한 금액은 약 134억원인 것이 확인된다.

   나) 쟁점부동산을 매수한 ㈜SS은 쟁점부동산을 자금을 차입하기 위하여 부산은행 녹산중앙지점에 담보를 제공하였고, 해당 금융기관에서 쟁점부동산의 가액을 가람감정평가법인에 감정평가를 의뢰한바, 2022.1.6. 기준으로 쟁점부동산의 감정평가액은 아래와 같이 179억원 상당액으로 확인된다.

다) 쟁점부동산의 연도별 개별공시지가는 아래와 같다.

【쟁점부동산의 연도별 개별공시지가】

(단위 : 천원/㎡)

라.판단

  1)관련 법리

나)    가) 「국세기본법」제14조제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있고, 이는 조세공평을 도모하고자 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 여러 사정을 종합하여 판단하도록 하고 있다(대법원 2022.8.25.선고 2017두41313 판결 등 참조).

다)    나) 한편 「법인세법」제52조에 규정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래하면서, 정상적 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 「법인세법 시행령」제88조제1항 각 호에 열거한 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감한 경우, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당한 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정할 수 있는 경우에만 적용하는 것이며, 이때 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는, 비정상적인 것인지 따져 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

라)   2)청구법인의 쟁점부동산 매매거래에 대한 부당행위계산부인규정 적용에 대한 판단

   가)조사청은 2020.3.6. 청구법인과 오**의 부동산매매계약을 부인하고 2022.2.9. 청구법인과 ㈜SS이 직접 부동산 매매계약을 한 것으로 거래 당사자를 재구성한 후, 쟁점양해각서 체결일 당시에 청구법인과 ㈜SS은 특수관계자에 해당하기에 특수관계자간 거래를 통해 쟁점부동산을 저가로 양도하여 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하였기에 이에 대하여 살펴보면,

     (1) 쟁점양해각서를 체결하기 전에 청구법인을 인수하고자 한 정**측에서 작성한 ‘거래조건 문서(KKKK–Transaction Terms)’에 의하면 쟁점부동산의 매수인을 ㈜SS으로 정하고 있었던 것이 나타나기에 청구법인은 당초부터 ㈜SS에 쟁점부동산을 양도하고자 하였던 점,

    (2) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 의하면 청구법인 소유인 쟁점부동산은 22.2.25. ㈜SS에 소유권 이전되어 사법상 쟁점부동산 거래의 당사자는 청구법인과 ㈜SS이기에 오**을 직접 거래 당사자로 보기 어려우므로 「국세기본법」제14조제3항에 따라 거래관계를 재구성하여 청구법인이 ㈜SS에게 쟁점부동산을 매매한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

    (3) 한편 청구법인은 부동산 매매계약일인 2022.2.9. ㈜ SS과 특수관계에 해당하지 아니하므로 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다고 주장하나,「법인세법 시행령」제88조제2항에서 부당행위계산 판단의 기준시점인 ‘그 행위당시’란 주요 거래조건을 확정하고 이에 대해 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 이루어진 시점을 말하는 것인바, 2019.11.12. 쟁점양해각서 체결 당시 쟁점부동산의 거래대금에 대한 주요 조건이 정해졌고 해당가격과 비슷한 조건으로 실제거래가 이루어진 점, 이행보증금 및 손해배상규정을 둠으로써 강한 구속력 있는 합의가 이루어 진 것으로 보는 것이 타당하기에, 쟁점양해각서 체결시점인 2019.11.12.을 기준으로 청구법인과 ㈜SS은 특수관계에 해당한다 할 것이다.

   나) 그러나 아래의 사정 등을 종합하면 쟁점부동산의 매매과정에서 여러 단계 과정을 거친 경위 및 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는 것으로 보이므로 부당행위계산부인규정을 적용하기는 어려워 보인다.

    (1) 청구법인은 2019.11.12. 오**과 정**이 체결한 쟁점양해각서 합의에 내용에 따라 2020.3.6. 청구법인이 소유한 쟁점부동산을 오**에게 이전하였던 것이고, 오**이 쟁점부동산 매매계약의 거래 당사자가 된 것은 기업 인수합병과정에서 회사를 인수하려는 자가 청구법인의 자산 중 자신의 사업 목적에 맞지 않거나 부실한 자산을 인수 대상에서 제외하고자 하는 목적에서 청구법인의 구 사주인 오**이 이를 책임지고 인수하여 정리하고자 한 것으로 보여 이를 특별히 불합리하다고 보기 어렵다 할 것이다.

    (2) 또한 2019.11.12. 쟁점양해각서 체결 시 및 2020.3.6. 부동산매매계약 시는 청구법인과 오**, (주)SS은 모두 특수관계에 해당하고, 2022.2.9. 쟁점부동산 매수인 지위이전 시에는 청구법인과 오**, (주)SS은 모두 특수관계에 해당하지 아니하여 부당행위계산부인 규정을 회피하기 위하여 여러 단계 거래 형식을 취한 것으로도 보기 어려워 보인다.

    (3) 오히려 쟁점양해각서 체결 전에 청구법인은 사업상 활용성이 없는 쟁점부동산을 처분하려고 노력하였으나 시장성 결여로 인해 적절한 매수자를 찾지 못하였던 점, 쟁점양해각서 체결 시 정**측에서 쟁점부동산을 인수하지 아니하여 전 사주인 오**이 이를 떠안는 것으로 쟁점양해각서를 체결하게 되었고, 이에 따라 청구법인은 2020.3.6. 청구법인이 소유한 쟁점부동산을 오**에게 이전한 것으로 밖에 볼 수 없는 점, 이후 오**은 2년 이상의 기간이 지나도 쟁점부동산을 매각하지 못하게 되었기에, 2022.2.9. 쟁점부동산 매수인 지위를 ㈜SS에 이전한 것이라는 청구주장이 이유 있는 것으로 보이고,

    (4) 비록 쟁점부동산의 매매가액이 개별공시지가와 감정평가금액보다 현저히 낮기는 하나, 이는 지분매매 과정에서 경제적 이해관계가 첨예하게 대립되는 당사자 사이에 舊사주 오**이 청구법인 주식을 정** 일가에게 매각하려는 주식가격협상의 과정에서 쟁점부동산을 떠안지 않고 주식을 싸게 취득하려는 정**측과의 치열한 협상 끝에 쟁점부동산의 가액이 정하여진 것이라는 청구주장이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 합리적인 것으로 인정되기에 단지 쟁점부동산의 가액이 당시 개별공시지가보다 낮다는 이유만으로 경제적 합리성이 결여된 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

    다)따라서, 통지관서의 이 건 과세예고통지 중 쟁점부동산을 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세하겠다는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

2) 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.