주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

 피고가 원고들에 대하여 한 2024. 6. 20.자 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원(가산세 포함), 2024. 8. 2.자 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2018. 5. 9. ‘DD’라는 상호로 사업자등록을 마치고 건설업을 영위하던 공동사업자이다.

나. 원고들은 인천 □□구 △△동 7xx-xx 대 1,574㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 지하 2층, 지상 13층 규모의 근린생활시설 및 오피스텔 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고, 이 사건 토지와 합하여서는 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축하여 공급하였고, 이 사건 부동산의 분양가액을 이 사건 토지 및 건물의 각 공사지출가액 비율(42:58)에 따라 안분하는 방식으로 건물의 공급가액 등을 산정한 후, 이 사건 건물분양분에 대한 2019년 제1기부터 2020년 제1기까지의 부가가치세 합계 646,713,950원을 신고․납부하였다¹⁾.

다. 피고는 2024. 3. 20.부터 2024. 4. 26.까지 원고들에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산은 토지와 건물의 분양가액 구분이 불분명하거나(오피스텔 부분) 원고들이 신고한 이 사건 토지 및 건물의 분양가액이 관련 법령에 따라 기준시가로 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우(근린생활시설 부분)에 해당한다고 보아, 이 사건 토지와 건물의 가액을 구 부가가치세법(2021. 12. 8.법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 기준시가 비율(18.7:81.3)로 안분 계산하여 과세표준을 재산정하였다. 이에 따라 피고는 원고들에게 2024. 6. 20. 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원²⁾(가산세 포함), 2024. 8. 2. 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함) 및 2020년 제1기 부가가치세 7,409,868원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.

라. 원고들은 이에 불복하여 2024. 9. 4. 이의신청을 거쳐 2025. 1. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2025. 5. 22. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 8, 10 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

 피고가 원고들에 대하여 한 2024. 6. 20.자 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원(가산세 포함)의 부과 처분 및 2024. 8. 2.자 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함)의 부과 처분(이하 이를 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다)은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

가. 이 사건 부동산의 분양 당시 이 사건 건물의 기준시가와 감정평가액이 두 존재하지 않았으므로, 위 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서가 규정하는 ‘장부가액’ 또는 ‘취득가액’에 따른 안분계산 방식으로 산정되어야 한다(이하 ‘주장 ①’이라고 한다).

나. 설령 이 사건 건물의 공급가액을 장부가액 등에 따라 산정할 수 없다고 보더라도, 피고가 취한 ‘기준시가’에 따른 안분계산 방식은 이 사건 부동산의 공급이 창출한 부가가치의 실질을 반영하지 못하여 실질과세의 원칙에 반하므로, 적어도 2019년을 기준으로 한 객관적인 감정평가액에 따라 위 건물의 공급가액을 재산정하여야 한다(이하 ‘주장 ②’라 한다).

3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

 앞서 든 증거들, 갑 제2, 3, 5 내지 7, 9호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

 1) 원고들은 2019. 2월경부터 2019. 12월경까지 이 사건 건물의 용도를 제1종 근린생활시설(지상 1층의 9개 호실) 및 오피스텔(지상 2층 내지 13층의 96개 호실)로 구분하여 공급하였고, 2019. 5. 31. 위 건물에 관한 사용승인이 이루어졌다.

 2) 한편, 원고들이 제출한 자료에 의하면 이 사건 토지에 대한 취득가액이7,826,199,569원, 건축비가 12,676,480,371원으로 기재되어 있고, 원고들은 이에 기초하여 이 사건 과세신고 당시 아래 표 기재와 같이 이 사건 토지와 건물의 가액을 구분하여 그 부가가치세를 산출하였다.

 3) 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목에 따르면, 기준시가는 부동 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 기초하여 정해지는데, 이 사건 토지의 개별공시지가 내역은 아래 표 기재와 같다.

 4) 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따르면, 건물의 기준시가는 건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액으로 정해지는데, 그 위임에 따른 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(국세청 고시 제2018-50호, 2019. 1. 1. 시행)에 의하면, 건물 기준시가를 산정하기 위한기본 계산방식은 다음과 같다(제5조 제1항).

 5) 피고가 위 개별공시지가 내역과 위 국세청 고시 제2018-50호에 따라 이 사건토지 및 건물의 각 기준시가를 산정한 뒤 그 가액을 안분계산한 금액 및 부가가치세를 산출한 내역은 다음과 같다.

나. 주장 ①에 관한 판단

 1) 구 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물또는 구축물 등(이하 ’건물 등‘이라 한다)을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서도, 그 단서에서 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(제1호)’, ‘사업자가 실지거래가액으로구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 있는 경우(제2호)’에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다.

 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하고(제1호), 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에는 감정평가액이 있으면 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 감정평가가액이 없고 장부가액이 있으면 그 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 하며(제2호), 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액을 공급가액으로 한다(제3호)고 규정하고 있다.

 따라서 구 부가가치세법 시행령 제64조에 따른 안분계산의 순서는 아래와 같다.

  2) 이 사건 부동산 공급의 경우, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(오피스텔 부분) 및 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(근린생활시설 부분)³⁾에 해당하여, 그 공급가액 계산에 있어 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 및 구 부가가치세법 시행령 제64조가 적용된다는 점, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따른 이 사건 토지 및 건물에 대한 감정평가가액이 모두 존재하지 아니하는 한편, 이 사건 토지에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(개별공시지가)가 존재한다는 사실에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없거나 증거에 의해 명백하다.

 3) 원고들 주장의 취지는, 이 사건 건물은 오피스텔 및 상업용 건물에 해당하는데, 소득세법 제99조 제1항 제1호 (다)목과 그 위임에 따른 2019년 오피스텔 및 상업용 건물에 대한 기준시가 고시(국세청 고시 제2018-49호, 2019. 1. 1. 시행)에서 위 건물의기준시가를 고시하지 아니하였으므로, 이 사건 건물의 기준시가 자체가 존재하지 않고,이 사건 토지 및 건물에 관한 감정평가액도 존재하지 않으므로, 위 구 부가가치세법시행령 제64조의 안분계산 순서 중 ‘④ 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 토지와 건물 등 중 하나만 있거나 모두 없고, 감정평가액이 없는 경우’에 해당하여 장부가액에 비례하여 안분 계산하여야 한다는 것이다.

 4) 그러나 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고와 관련한 2019년 이 사건 건물 공급부분에 관하여 아래에서 살펴보는 바와 같이 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따른 기준시가가 존재하는 경우라고 봄이 상당하므로, 2019년 이 사건 건물 공급부분과 관련하여 위 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목이 정하는 기준시가(국세청 고시 제2018-50호)에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 기준으로 부가가치세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 위 주장은 이유 없다.

  ① 소득세법 제99조 제1항 제1호는 토지의 경우에는 (가)목에서, 건물의 경우에는 (나)목, (다)목, (라)목에서 기준시가를 정하면서, (나)목은 (다), (라)목에 해당하지 않는 건물에 관하여 규정하고 있는데, 위 (다)목의 오피스텔 및 상업용 건물에 관하여 소득세법 시행령 제164조 제10항은 ‘국세청장이 해당 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 지정하는 지역에 소재하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)을 말한다’고 규정하여, (다)목의 건물을 국세청장이 ‘지정하는 지역에 소재’하는 오피스텔과 상업용 건물을 가리키는 것으로 정하면서 그 바로 앞에서 ‘해당 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수 등을 고려’하도록 하여 실질적으로 그 범위를 제한하고 있는 등 소득세법의 규정 내용과 취지에 비추어 보면, 위 (다)목은 위 (나)목의 건물 중 특별한 요건을 갖춘 일부 건물에 관한 기준시가를 정하는 조항이고, 위 (나)목은 (다), (라)목에 해당하지 않는 건물에 관한 기준시가를 정하는 일반적인 조항으로 볼 수 있다.

  ② 위 (다)목에 해당하는 경우 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정․고시하는 가액을 기준시가로 보도록 되어 있는데, 이에 따른 2019년 오피스텔 및 사업용 건물에 관한 국세청고시는 2019년 공급된 이 사건 부동산에 관해 고시하고 있지 아니하다⁴⁾.

  ③ 따라서 2019년 공급된 이 사건 건물 공급 부분의 경우 일반조항인 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따라 기준시가를 산정하여야 한다고 봄이 상당하므로, 피고가 위 (나)목 및 그 위임에 따른 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(국세청 고시 제2018-50호)에 의해 2019년 공급된 이 사건 건물 부분의 기준시가를 산정한 것이 위법하다고 볼 수 없고 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.

[설령 원고들의 주장과 같이 구 부가가치세법 시행령 제1호의 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 없는 경우라고 보더라도, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 토지와 건물 부분의 장부가액이나 취득가액을 객관적으로 확인하기도 어렵고 그 신빙성도 인정되기 어려운바, 결국 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 “제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우”에 해당한다고 봄이 상당할 것인데, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호의 위임에 따른 국세청 고시(제2018-36호) 제2조에서는 ‘토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정․고시하는 오피스텔, 상업용 건물 및 주택을 공급하는 경우 토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 (나)목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다’라고 정하고 있어, 결국 이 사건 처분의 계산 방법과 같은 방법으로 산정되는 것이어서 결론에 있어 차이가 없다.]

다. 주장 ②에 관한 판단

 앞서 본 사정에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 더하여 살펴보면, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위반된다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 취지에서 하는 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

 1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012. 7. 5. 선고2012두3972 판결, 대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액을 계산하는 방법에 관하여는 구 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 각 호에 그 순서가 법정되어 있고, 피고는 위 법령에 따라 부가가치세의 과세표준이 되는 이 사건 건물의 공급가액을 계산하였다.

 2) 원고들은, 이 사건 토지의 취득가액이 7,826,199,569원인데도 피고가 기준시가에 따라 안분 계산한 위 토지의 가액은 그에 훨씬 미치지 못하는 4,723,620,064원이므로 불합리하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 위 법령의 문언상 피고로서는 그 가액을 달리 계산할 여지가 없고, 더욱이 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정된 것)에서 제29조 제9항 단서 제2호를 신설한 취지가 ‘자산별 가액의 임의적 구분을 통한 조세회피 방지’에 있음을 고려하면, 원고들이 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 실질과세의 원칙에 위배되는 것으로 보이지 않는다.

 3) 또한 원고들은 이 사건 부동산의 실질 가치를 반영하기 위해서는 이 사건 부동산 공급 시점인 2019년을 기준으로 이 사건 토지 및 건물에 관해 소급 감정평가를 하여 이를 기초로 과세표준을 재산정하여야 한다고 주장하나, 앞서 살펴 본 바와 같이 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호는 ‘공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지의 기간에 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가액이 있는 경우’에 그 감정평가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있고, 그와 같은 감정평가액이 존재하지 않는 이 사건에서 소급적으로 이 사건 토지 및 건물에 관해 감정평가를 하여 그 가액에 따라 안분 계산하여야 한다는 원고들의 이 부분 주장은 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 받아들일 수 없다.

5. 결론

 그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우, 건물의 공급가액이 부가가치세 과세대상이고 그 토지의 공급가액은 비과세대상이다(부가가치세법 제26조 제1항 제14호, 제29조 제1항, 제9항).

3) 이 사건 변론이 종결된 후 원고들이 제출한 참고서면에 의하면 이 사건 건물 중 근린생활시설 부분의 경우 분양계약서상 토지와 건물의 가액이 장부가액에 따라 안분한 42:58의 비율로 구분되어 있는데, 이는 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호가 말하는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에 해당하지 않는다고 주장하는 것으로 보인다. 그러나 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호에서 말하는 대통령령인 구 부가가치세법 시행령 제62조 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목 및 (나)목에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 각 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액과 원고들이 분양계약서에구분하여 기재한 건물의 가액의 차이가 기준시가에 따라 안분계산한 건물 부분의 금액의 30% 이상 됨은 계산상 명백하다.