1. 사실관계

○질의법인은 ’95년 설립된 OO시 소재 OOO병원을 운영하는 비영리내국법인으로

 -｢법인세법｣ 제29조 제1항에 따라 매년 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입하고 있음

○질의법인은 2019 사업연도에 고유목적사업준비금을 손금산입하고 그 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 사용하여야 하나, 2024 사업연도에 일부 미사용액이 발생하였는데,

 - 2024 사업연도 법인세 신고 시 미사용한 고유목적사업준비금의 잔액을 익금산입하고 법인법§29⑦에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부할 예정이며,

 - 질의법인은 2019 사업연도 법인세 신고 시 최저한세 적용으로 인하여 차기로 이월된 세액공제액이 있음

2. 질의요지

○비영리내국법인이 고유목적사업준비금 미사용액을 익금산입하면서 이자상당액을 더하여 납부하는 경우,

 - 법인령§56⑦(1)에 따른 “법인세액의 차액” 계산 시 준비금을 손금산입한 사업연도에 최저한세 적용으로 인하여 공제받지 못하여 이월되었던 세액공제액을 추가 반영하여 계산하여야 하는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것) 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 1.∼2. (생략)

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3. 법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑦ 제5항제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

○ 법인세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35350호로 개정되기 전의 것) 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑦ 법 제29조제7항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

 2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율