1. 사실관계

○질의법인은 2024년 4월 설립되어 본사를 OO시에 두고 도･소매업(축산물유통판매업)을 주된 사업으로 영위하고 있음

○질의법인은 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조에 따라 설립된 농업회사법인이며 1차 가공된 국내산 돈육을 공급받아 2차 가공없이 도매업체에 유통하는 법인임

2. 질의요지

○농업회사법인의 축산물 유통에서 발생한 소득이 ｢조세특례제한법｣ 제68조제1항 및 같은 법 시행령 제65조제2항제3호에 따른 감면소득에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)

② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다.

 1. ｢농업･농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

 2. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

 3. 농산물 유통･가공･판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

② 법 제68조제1항에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

 1. ｢농업･농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

 2. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

 3. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조제1항에 따른 농산물 유통･가공･판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제29527호, 2019.2.12.>

 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만 제121조의2제8항･제13항의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행하고, 제9조제9항부터 제13항까지, 제22조의9제1항 및 별표 6의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2024.12.24. 대통령령 제35089호로 개정된 것)

② 법 제68조제1항에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

 1. ｢농업･농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

 2. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

 3. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조제1항에 따른 농산물 유통･가공･판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제26조 【농업회사법인 법인세 감면 배제 소득 등】

① 영 제65조제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 농업회사법인”이란 출자총액이 80억원을 초과하고 출자총액 중 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 농업인 및 ｢농업･농촌 및 식품산업 기본법｣ 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체의 출자지분 합계의 비중이 100분의 50 미만인 농업회사법인을 말한다.

② 영 제65조제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 업종”이란 도･소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업은 제외한다)을 말한다.