서 울 고 등 법 원

인 천 제 2 행 정 부

판 결

사 건 (인천)2025누10215 부가가치세등부과처분취소

원고, 피항소인 H

피고, 항소인 N세무서장

제 1 심 판 결 인천지방법원 2025. 7. 10. 선고 2024구합54922 판결

변 론 종 결 2026. 3. 18.

판 결 선 고 2026. 6. 17.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2022. 11. 2. 원고에 대하여 한 별지1 ‘과세기간’란 기재 각 과세기간에 대한 ‘처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 각 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 각자 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2022. 11. 2. 원고에 대하여 한 별지1 ‘과세기간’란 기재 각 과세기간에 대한 ‘처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 해당부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다(다만 제4항 결론 부분은 제외한다).

2. 고치거나 추가하는 부분

○ 제1심판결문 제5면 제4행의 “별지2”를 “별지3”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제8면 제4행의 “제원조달”을 “재원조달”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제11면 제8행의 “한다” 다음에 “(원고는 관련 민사사건 확정판결인 서울고등법원 2017. 4. 7. 선고 2016나2018966 판결이 이 사건 임대차계약상 차임이 골프장 용지로 사용될 것을 전제로 정한 것으로 보인다고 판시한 것에 대하여, 원고가 골프장 조성비용을 부담하였음을 전제로 판단한 것이라고 주장한다. 그러나 위 판결은 공모 당시 골프장용지의 임대공급가격을 원형지 상태임을 전제로 하여 ㎡당 3,400원으로 공고하였는데 입찰과정을 통해 원고가 이 사건 임대차계약상 차임을 ㎡당 5,060원으로 정하였기 때문에 이 사건 임대차계약상 차임이 골프장 용지로 사용될 것을 전제로 정한 것으로 보인다고 판시한 것이지 원고가 골프장 조성비용을 부담하였다고 판단하지는 않았는바, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다)”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제14면 제12행의 “없고” 다음에 “[이 사건 사업협약서는 임대기간 종료 시 원고가 이 사건 건축물 등의 귀속을 원하지 않는 경우에는 B의 철거 의무를 규정하고 있어, 원고가 이 사건 건축물 등의 소유권을 취득할 가능성이 불확실하다(이 사건 사업협약 체결 당시 원고의 사업 목적이나 제반사정 등을 고려할 때, 임대기간 종료 후 이 사건 건축물 등의 철거 가능성이 매우 낮다거나 원고에게 소유권이 귀속될 것이 확정되었다고 볼 수도 없다)]”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제14면 제15행의 “어려운 점”을 “어려우며(피고의 주장과 같이 BOT방식이 적용되기 위해서는 당해 제도의 취지를 고려할 때 이 사건 건축물 등의 준공과 동시에 원고가 그 사용이익을 바로 취득하는 점이 전제되어야 할 것인데, 이 사건 임대차계약상 원고는 B에게 이 사건 토지만을 임대하였을 뿐, 이 사건 건축물 등은 그 임대의 대상이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 건축물 등은 오로지 B의 고유한 사용목적과 필요에 따라 건축되어 활용되다가 이 사건 임대차 계약의 종료 이후에 B의 선별에 기초하여 철거되지 아니한 나머지만 원고에게 이전되는 것으로서 마치 사회기반시설과 같이 원고가 준공 시점에 이 사건 건축물 등의 설치가액에 상당하는 경제적 가치를 실질적으로 취득하였다고 볼 수 없다), 이 사건 골프장 사업은 그 성질상 대등한 입장의 당사자 간 합의에 따라 체결된 사적 계약에 기초한 것인 점”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제15면 제7행부터 제16행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결, 대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두33712 판결 등 참조).

을 제8호증의 1 내지 7, 피고가 이 법원에서 제출한 2026. 4. 1.자 참고서면을 바탕으로 이 사건 건축물 등의 귀속으로 인한 간주임대료를 이 사건 임대차계약 종료시점인 2027. 6. 29.을 기준으로 그 당시 감정평가액(27,668,104,600원)을 후불임대료로 받은 것으로 보아 각 과세기간별 부가가치세 과세표준을 재산정하면, 당초 과세표준에서 각 305,803,167원이 감소하므로, 이에 따라 정당한 과세표준 및 세액에 맞추어 산정한 원고의 2017년 2기부터 2022년 1기까지의 부가가치세 세액은 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 기재 금액과 같다.

그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 각 기재 금액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소하여야 한다.』

○ 제1심판결문 제17쪽 다음 쪽에 이 판결의 별지2를 추가한다.

○ 제1심판결문 제18쪽 ”별지2“를 ”별지3“으로 고쳐 쓴다.

3. 결 론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.