1. 사실관계

○질의법인은 2021년 3월 설립되어 온라인·모바일 게임개발 및 서비스업(한국표준산업분류상 정보통신업에 해당)을 영위하는 법인으로, 창업 후 3년 내인 2022년 6월 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣에 따라 벤처기업임을 확인받음

○질의법인은 위 벤처기업 확인 후 소득이 최초로 발생한 2023년부터 5년간 ｢조세특례제한법｣ 제6조제2항에 따른 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 적용되나, 2023년 관계기업과의 합산매출액이 중소기업 매출액 기준을 초과하여 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 2023년부터 2026년까지 중소기업 유예기간이 적용되고, 2027년부터는 중견기업에 해당될 것으로 예상됨

2. 질의요지

○｢조세특례제한법｣ 제6조제2항에 따른 창업벤처중소기업 세액감면 적용 시, 관계기업과의 합산 매출액 증가로 같은 법 시행령 제2조제2항의 중소기업 유예기간 적용받는 벤처기업이 유예기간 종료 후 도래하는 잔여 감면대상 과세연도에 중소기업에 해당하지 않는 경우, 해당 잔여 감면대상 과세연도에 대하여 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 적용되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

② ｢벤처기업육성에 관한 특별법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2027년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

 1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

 2. ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제25조제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

  8. 정보통신업. 다만 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다.

  가. 비디오물 감상실 운영업

  나. 뉴스제공업

  다. 가상자산 매매 및 중개업

⑤ 제1항, 제2항 및 제4항에도 불구하고 2024년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업 및 2024년 12월 31일까지 에너지신기술중소기업에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 최초로 세액을 감면받는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑪ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정에 따라 감면을 적용받은 기업이 「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

 2. 삭제 <2000.12.29>

 3. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

 4. 부동산 임대업 또는 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

 5. ｢법인세법 시행령｣ 제42조제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인이 아닐 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

 1. ｢중소기업기본법｣의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

 2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

 3.제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

④ 법 제6조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

 1. ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

 2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업

㉔ 법 제6조제11항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 제2조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

① ｢중소기업기본법｣ (이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

  나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  가. 삭제 <2020.6.9>

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조제3항을 준용한다.

   1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

   2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

  라. 삭제 <2017.12.29.>

○ 벤처기업육성에 관한 특별법 제2조【정의】

① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별법 제2조의2【벤처기업의 요건】

① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

 1. ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

  가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 해당 요건을 갖춘 것으로 평가받은 기업

   (1) ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조제10호에 따른 벤처투자회사(이하 "벤처투자회사"라 한다)

   (2) ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

   (3) ｢여신전문금융업법｣에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

   (4) ｢여신전문금융업법｣에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

   (5) 삭제 <2020.2.11>

   (6) ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제66조에 따른 한국벤처투자

   (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자

   (8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

  나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 벤처기업확인기관으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.

   1) ｢기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률｣ 제7조제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

   2) ｢문화산업진흥 기본법｣ 제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

  다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

② 제1항제2호나목 및 다목에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.