1. 사실관계

○신청인은 AAA투자조합의 업무집행조합원이며 ’25.10.23. 3백만원을 출자하였음

○AAA투자조합(이하 “쟁점투자조합”)은 ‘25.10.30. 5천만원, ’25.10.31. 3천만원, 2천만원을 ㈜●●●벤처스가 발행한 전환사채를 인수하는 방법으로 투자함

 - 각 전환사채는 회차별로 구분하여 ㈜●●●제벤처스의 법인등기부등본에 발행등기 되었음

○ ’25.12.9. 중소벤처기업부로부터 아래와 같은 투자확인서를 발급받았음

2. 질의요지

AAA투자조합이 ’25.10.30.∼‘25.10.31. 3회에 걸쳐 동일한 벤처회사에 투자한 경우 투자자가 벤처투자조합 출자등에 대한 소득공제를 투자 건별로 공제시기를 달리하여 소득공제 가능 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제16조【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】

① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2028년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처투자조합, 민간재간접벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

  4. ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우

  5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우

  6. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우고 장기주택저당차입금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 연 800만원 대신 그 해당 각 호의 금액을 공제한도로 하여 제5항 본문을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제14조 【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제】

③ 법 제16조제1항제3호에서 "벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우"란 ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 이 조에서 "개인투자조합"이라 한다)이 거주자로부터 출자받은 금액을 해당 출자일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 이 조 및 제14조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 같은 법에 따라 투자하는 것을 말한다.

  1. 벤처기업

  2. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제2조의2제1항제2호다목에 따른 기업

  3. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 개인투자조합으로부터 투자받은 날(법 제16조의5의 경우에는 산업재산권을 출자받은 날을 말한다)이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 3천만원 이상 지출한 기업. 다만, 직전 과세연도의 기간이 6개월 이내인 경우에는 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 1천5백만원 이상 지출한 중소기업으로 한다.

  4. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 ｢신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률｣제2조제8호의3다목에 따른 기술신용평가업무를 하는 기업신용조회회사가 평가한 기술등급(같은 목에 따라 기업 및 법인의 기술과 관련된 기술성ㆍ시장성ㆍ사업성 등을 종합적으로 평가한 등급을 말한다)이 기술등급체계상 상위 100분의 50에 해당하는 기업

④ 제3항에 따라 벤처기업등에 투자한 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액은 개인투자조합이 벤처기업등에 투자한 날(해당 과세연도에 여러 번 투자한 경우에는 마지막으로 투자한 날)을 기준으로 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 재정경제부령이 정하는 소득공제신청서에 ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, ｢여신전문금융업법｣에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구의 업무집행사원 또는 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구를 취급하는 금융회사, ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 ｢소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법｣에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 "투자조합관리자등"이라 한다)로부터 재정경제부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 "출자 또는 투자확인서"라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

  1. ｢소득세법｣제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 2월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

  2. 제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

⑦ 법 제16조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 거주자가 제6항에 따라 출자 또는 투자확인서를 발급받을 때(법 제16조제1항제2호에 해당하는 투자의 경우에는 해당 수익증권에 투자하는 때를 말한다) 투자조합관리자등에게 재정경제부령으로 정하는 소득공제시기 변경신청서를 제출해야 한다.