1. 사실관계

○ ’16.05월 주택(A) 취득하여 준공공임대주택으로 등록

○ ’24.05월 임대기간 만료로 임대주택 자동말소

 ※ 조특법§97의3 따른 장기일반민간임대주택 요건을 갖춘 것으로 전제

○ ’26.05월 주택(A) 양도

 ※ 임대기간 마지막 날 및 양도일 기준시가는 취득(임대개시)일 기준시가 보다 낮지만 실거래가액은 높은 것을 전제

2. 질의내용

○ 舊조특법§97의3의 요건을 충족한 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서,

 -조특법§97의3 적용시 조특령§97의3⑤ 계산식의 분모와 분자가 모두 음수인 경우 임대기간 중에 발생한 양도차익 범위

3. 관련법령

□ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

①대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

□조세특례제한법(2026.02.27. 대통령령 제36127호로 개정된 것) 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

⑤ 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다. <개정 2026.2.27.>

□조세특례제한법(2021.02.17. 대통령령 제31444호로 개정된 것) 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

⑤ 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17.>

 ※ 개정취지 : 임대주택 특례 제도 정비 및 관련 조문 명확화