이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. ㈜aa글로벌(이하 ‘청구법인’이라 한다)은 2023.5.10. 시 구 동에서 인력공급업을 목적으로 송석이 설립한 법인으로 2025.5.27. 시 구로 사업장 소재지를 변경하였다.

나. 청구법인은 2023년 1기부터 2024년 2기 과세기간 동안 ㈜bb물류, ㈜ccc, ㈜dd테크, ㈜ee(이하 각각 지칭할 때는 ㈜를 생략하고, 4개 업체를 모두 합하여 ‘쟁점매입처’라 한다)로부터 305매, 공급가액 합계 9,295,978,934원(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)을 수취하고 부가가치세 매입세액으로 공제하였다.

❖ 과세기간별 쟁점세금계산서 금액

(단위:백만원)

다. 지방국세청장(이하 ’조사청‘이라 한다)은 2025.7.16.부터 2025.11.4.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제 용역을 제공받지 않고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 부가가치세 매입세액에서 이를 부인한 뒤 세금계산서 불성실 가산세(3%)를 적용하여 2023년 1기부터 2024년 2기 부가가치세 결의안을 경정하여 세무서장(이하 ’처분청‘이라 한다)에게 통보하였다.

라. 처분청은 청구법인에게 2025.12.1. 2023년 1기 80,653,203원, 2023년 2기 620,388,290원, 2024년 1기 507,651,417원, 2024년 2기 478,013,501원의 부가가치세를 고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.6. 이의신청을 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 이 사안의 쟁점

본 사건의 쟁점은 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 발급된 ‘거짓 세금계산서’에 해당하는지 여부이다. 조사청은 이 사건 거래를 가공거래로 보았으나, 청구법인은 통상의 영업활동 과정에서 실제 인력공급 용역을 제공받고 그 대가를 지급한 후 정당하게 쟁점세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 처분은 위법·부당하다.

나. 청구법인과 쟁점매입처 간 거래의 실재성

1) 청구법인은 인력 도급업을 영위하는 법인으로서, 필요에 따라 복수의 매입처로부터 인력을 공급받아 원청 현장에 투입하는 방식으로 영업활동을 수행한다. 쟁점매입처와의 거래 역시 이러한 영업구조 내에서 이루어진 정상적인 상거래 행위이다. 청구법인과 쟁점매입처 간의 거래는 ‘계약 체결 → 실제 인력 투입 및 관리 → 대금 청구 및 정산 → 세금계산서 발급 → 대금 지급’이라는 명확한 업무 프로세스에 따라 진행되었으며, 청구법인은 세무조사 과정에서 거래의 각 단계를 입증하는 아래와 같은 객관적인 증빙자료를 모두 제출하였다.

 청구법인이 조사청에 제출한 서류 목록

① 계약 및 인력공급 : 각 매입처와 체결한 도급계약서, 매입처별 사업자등록증, 통장사본, 대표자 신분증, 법인인감 등

② 실제 업무수행 관련 : 각 현장의 관리소장이 참여하는 카카오톡 공지방 대화내용, 청구법인의 매출처 ㈜글로벌로지스(택배의 하청업체)가 관리하는 전자 출근시스템(Face One) 기록, 방대한 분량의 서면 출근부, 매입처별 현장 투입 인원 자료 등 실제 근로가 제공되었음을 입증하는 자료 일체

③ 대금 정산 및 지급 : 매입처가 발행한 청구서, 청구서와 세금계산서 금액의 일치 여부를 확인한 샘플링 자료, 매출처에 제출하는 단가표, 신청인의 계좌에서 각 매입처 계좌로 대금이 지급된 금융거래내역 등

2) 특히, 세무조사 담당공무원이 대금 지급 방식이 특이하다고 지적하였으나, 이는 업계 관행에 따른 것으로서 실제 대금 지급 사실 자체는 상호 확인된 바 있다. 이처럼 청구법인은 거래의 전 과정에 대한 증빙을 완벽하게 구비하고 있으며, 세무조사 당시 제출된 자료들의 신빙성(사후 작성, 대리 작성 등)에 대하여 조사청이 어떠한 문제도 제기한 바 없다. 이는 이 사건 거래가 서류상으로만 존재하는 가공거래가 아님을 명백히 보여준다.

3) 나아가 청구법인의 사업 구조상 쟁점매입처로부터 인력을 공급받지 않고서는 매출처에게 용역 제공 자체가 불가능하다. 즉, 청구법인의 정상적인 영업활동 및 매출의 존재 자체가 이 사건 매입 거래가 실질적으로 존재하였음을 방증하는 것이다. 그럼에도 조사청이 실물거래 없는 가공거래라고 판단한 것은 청구법인의 영업활동의 본질을 도외시한 결정에 해당한다.

다. 수사기관의 혐의없음 불송치 결정의 의미

1) 더욱이 이 사건과 동일한 사실관계에 대하여, 경찰서는 쟁점매입처 중 하나인 ccc의 대표 복수의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부 등) 혐의에 대해 면밀한 수사를 거쳐 ‘혐의없음’ 불송치 결정을 내린 바 있다. 불송치 결정의 요지는 ① 청구법인과 매입처 간 실제 도급계약이 체결된 사실, ② 매입처가 실제 근로자를 파견한 사실, ③ 이를 뒷받침하는 롯데택배 수수료 청구서, 출근부 등 객관적 자료가 존재하는 점 등을 종합할 때, 거래의 실질이 명백히 인정된다는 것이다. 또한 수사기관은 일부 자금 흐름의 불일치 등은 현장 근로자에 대한 현금 지급 관행 및 영세 사업자의 경영상 어려움에서 비롯된 것으로, 이를 가공거래의 증거로 삼을 수 없다고 명확히 판단하였다.

2) 비록 수사기관의 결정이 과세관청의 처분에 직접적인 기속력을 갖는 것은 아니나, 강제수사권을 보유한 국가기관이 압수·수색, 계좌추적, 관련자 소환조사 등 적법한 절차를 통해 이 사건 거래의 실재성을 인정한 이상, 처분의 부당성을 뒷받침하는 매우 유력한 증거라 할 것이다. 과세관청이 합리적인 이유 없이 이러한 수사 결과를 배척하고 그와 반대되는 사실을 인정하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.

라. 관련 법리 및 법원의 태도

1) ‘조세범 처벌법’ 제10조제3항제1호는 재화 또는 용역의 ‘실제 공급’ 없이 세금계산서를 발급하거나 발급받는 행위, 즉 실물거래 없는 자료상 행위를 처벌하기 위한 규정이다. 또한 ‘부가가치세법’ 제39조제1항제2호에서 사실과 다른 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 취지 역시 실질적인 거래관계 없이 세금계산서만 수수하는 경우를 제재하기 위함이다. 따라서 위 조항들이 적용되기 위해서는 재화 또는 용역의 공급이라는 실질적 거래관계가 부존재함이 전제되어야 한다.

2) 이 사건의 경우 앞서 누차 강조한 바와 같이 청구법인은 쟁점매입처로부터 ‘인력 공급’이라는 명백한 용역을 실제로 공급받았고, 그에 대한 대가를 지급하였으며, 이에 대한 증빙으로 쟁점세금계산서를 수취하였다. 이는 수사기관의 불송치 결정을 통해서도 객관적으로 확인되었다.

3) 법원 역시 세금계산서가 실물거래를 전제로 한 것인지 여부를 판단함에 있어, 거래 형태나 자금 흐름에 일부 비정상적인 사정이 존재하더라도 ① 대금 지급의 실제 존재, ② 재화 또는 용역의 실질적 귀속 여부를 핵심 기준으로 삼아 실질과세의 원칙에 따라 판단하고 있다. 인력공급업의 특성상 다단계 하도급 구조가 형성될 수 있으며, 이러한 구조 하에서 각 단계의 사업자가 자신의 역할을 수행하고 세금계산서를 수수하는 것은 정상적인 상거래 행위이다.

4) 행정법원 판결은 피고 세무서장은 2018년 원고에 대한 세무조사 결과, 2012년∼2017년 사이 관계사 등과의 거래가 실제 합판 공급 없는 허위 거래라고 판단하여 부가가치세 부과처분을 한 사안에서 관련 형사사건에서 원고에 대해 무죄가 확정되었고, 합판 거래의 특성상 실물 이동 없는 거래도 관행적으로 인정되며, 거래 의사 합치의 개연성이 있고 대금 결제 흔적이 존재하였던 사정을 고려하여 피고의 부가가치세 부과처분을 취소하였고,

행정법원 판결 또한 세금계산서 수취인에 대해 무죄가 확정되었고, 원고에 대해서도 제1심에서 무죄가 선고되고, 이 사건 거래는 '공급처→CC→EE→소비처'로 세금계산서가 순차 발급되고 실물은 공급처에서 소비처로 직송되는 구조로, 거래 참여 업체들 사이에 구속력 있는 합의가 존재했으므로, 재화나 용역의 공급 없는 허위 세금계산서로 볼 수 없다고 판단하여 피고의 부가가치세 부과처분을 취소하였다.

5) 즉, 법원은 과세관청이 실물거래가 없다는 이유로 부가가치세 및 가산세를 부과한 처분에 대하여, 실제 용역(재화) 공급이 있었다고 인정될 경우 해당 처분을 위법하다고 보아 취소하는 경향이 있다. 법원은 거래의 실재성 여부를 판단할 때, 단순히 실물의 물리적 이동이 있었는지 뿐만 아니라, ​관련 형사사건의 무죄 판결, 거래의 관행, 계약의 존재, 대금 지급 내역, 경제적 이익의 귀속​ 등 구체적인 증거와 사정을 종합적으로 고려하여 판단하고 있다.

6) 그렇다면 이 사건에 있어서도 경찰의 불송치 결정이 있었고, 세무조사 과정에서 청구법인과 쟁점매입처 간 계약관계 및 용역 공급이 실질적으로 이루어졌음을 입증하는 구체적인 자료들(계약서, 출근기록부, 카카오톡 대화 내역 등)과 대금 지급 사실이 모두 확인되는바, 그럼에도 불구하고 조사청이 이 사건 거래에 실물거래가 없다고 판단한 것은 아무런 객관적 근거에 기초하지 아니한 자의적 판단에 불과하다고 할 것이다. 설령 쟁점매입처의 내부적인 세무처리나 사업자등록 상태에 일부 문제가 존재한다고 하더라도청구법인이 실제로 인력을 공급받아 영업활동에 사용한 이상, 그 거래 자체를 허위로 평가할 수는 없다.

마. 결론

청구법인과 쟁점매입처 간의 거래는 ‘인력공급’이라는 실질적인 용역 제공을 바탕으로 한 정상적인 상거래이다. 이는 계약서, 전자·서면 출근기록, 청구서, 금융거래내역 등 거래 전 과정에 걸친 방대하고도 객관적인 증빙자료와, 이를 토대로 한 수사기관의 ‘혐의없음’ 불송치 결정을 통해 명백히 입증된다.

그럼에도 불구하고 조사청이 이러한 실질적 증거들을 도외시하고 단지 일부 자금 흐름의 외관상 특이점만을 근거로 이 사건 거래를 가공거래로 단정한 것은 실질과세의 원칙에 정면으로 반한다. 따라서 이를 전제로 이루어진 부가가치세 부과처분(가산세 포함)은 사실관계를 오인하고 관련 법리를 오해한 위법한 처분이므로 전부 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서의 부당성

1) 청구법인은 2023.6.1.부터 글로벌로지스㈜와 도급계약을 통해 ‘, , ,  소재 택배 터미널 집배센터’에 인력을 공급하기 시작하여 세무조사 당시 택배 터미널 및 터미널에 인력을 공급하고 있다. 청구법인의 세금계산서 수수흐름은 아래와 같다.

2) 쟁점매입처 중 aa물류와 ccc의 관할세무서장은 세무조사 결과 청구법인에게 가공세금계산서를 발급한 혐의로 자료상 확정하고 고발하였다.

가) 세무서의 조사 결과, aa물류의 사업장은 임대차계약 후 사람이 방문한 적 없고, 처음부터 공실상태였으며 미납한 월세를 보증금에서 차감하고 타 임차인이 사용중인 것으로 확인되었다.

나) 세무서의 조사 결과, ccc의 사업장은 주거용 원룸으로 사업장 소재지가 확인되지 않으며, 조사시 연락 불가상태인 것으로 확인되었다.

3) 쟁점매입처의 대표자들은 공통적으로 인력공급업 및 도급업으로 사업자 등록한 후 단기간에 고액의 매출을 발생시키고 고액의 체납이 누적되면 폐업하는 형태를 띠며 광고비, 렌탈비, 주유비 등 주요 사업 관련 매입내역은 확인되지 않는다. 또, 대표자들은 인력공급업을 영위한 경력이 없음에도 개업 직후 다수‧고액의 인력을 청구법인에게 공급한다는 것은 이치에 맞지 않는다. 쟁점매입처들은 매출에 대한 대응원가로 일용‧사업소득에 대한 원천세 신고를 하였으나, 원천징수세액을 전액 무납부하여 체납상태이다.

4) 쟁점매입처들 중 ccc, 테크, ee의 경우 대표자와 제3자가 각각 주식을 50%씩 보유하여 과점주주가 없어 제2차 납세의무자가 지정되지 않도록 설정함로써 국세 체납액 강제징수를 불가능하게 하였다.

5) 또, 청구법인은 쟁점매입처들에게 ‘인건비·수수료·부가세’를 구분하여 이체하고, 쟁점매입처는 인건비 대부분을 일용근무자에게 이체하고, 수수료와 부가세는 이체받는 즉시 전액 과 ,  지역의 금융기관에서 현금으로 출금되는 비정상적인 대금 흐름이 확인된다. 청구법인의 대표이사 송석의 개인계좌에는 현금인출기(ATM기계)를 통해 입금자를 특정지을 수 없는 현금 485백만원이 입금된 사실이 있어 자금출처소명을 수차례에 걸쳐 요청하였으나 조사종결일까지 제출하지 않았다.

6) 쟁점매입처들은 법인계좌로 거래대금을 수령한 뒤 인건비는 근로자들의 개인계좌로 이체하였지만 ‘수수료·부가세’와 4대보험료 항목(매출액-근로자지급=잔액[4대보험료 누적금액 포함])은 거래처에서 별도로 입금받는 즉시 현금으로 출금하는 금융거래 형태가 확인되며 이러한 거래는 ‘세금 미납→폐업→체납’으로 연결되는 전형적인 자료상의 실물거래 없는 순환거래이다.

7) 쟁점매입처에서 신고한 일용‧사업 근로자들은 총 766명으로 이 중 4개 업체에서 중복으로 신고된 근로자는 241명으로 확인되며, 청구법인이 쟁점매입처들로부터 수급받은 인원 중 근무처가 중복되는 근로자들에게 ‘일용·사업소득 사실여부 확인 안내문’을 발송하여 회신받은 내역을 검토한바, 구직 당시 지원한 회사와 실제 근무한 회사 그리고, 일당을 지급한 회사가 일치하지 않는 것으로 확인된다.

청구법인은 쟁점매입처와 1년 단기의 도급계약을 체결하고, 부가가치세 등이 체납되면, 이를 이어받을 다른 매입처와 동일한 도급계약을 다시 체결하여 세금계산서를 수취한 것으로, 쟁점매입처에서 신고한 지급명세서를 보면 인력을 공급한 법인만 바뀔 뿐 근로자 대부분이 중복되며, 회신받은 ‘일용·사업소득 사실여부 확인 안내문’을 보면 근태관리를 일당을 지급한 쟁점매입처에서 직접 하지 않은 것으로 확인된다.

8) 청구법인의 대표이사 송석은 2025.9.9. 문답서 작성시 물류 관련 업무를 할 근로자를 직접 모집하지 않고 쟁점매입처들이 인력을 모집하여 청구법인에게 제공하였다고 진술하였으나, 일반적인 인력공급업은 인력공급업체가 인터넷 광고, 직업소개소 등을 통해 구직자를 직접 모집하여 제조업체에 근로자를 파견하여야 하나, 인력모집 광고 주체는 청구법인뿐이며, 쟁점매입처에서 실시한 구인 활동은 확인되지 않는다.

가) 청구법인 및 쟁점매입처들에 대하여 조사대상기간 내 에 구인공고내역을 요청한 결과, 청구법인은 매달 수십 차례씩 2023.5월부터 2024.12월까지 총 1,216회에 걸쳐 꾸준하게 인력모집광고를 게시하였으나, 쟁점매입처들 중 3곳(aa물류, ccc, dd테크)은 회원가입 및 구인공고내역 없는 것으로 회신하였다.

나) 쟁점매입처들 중 ee만 에 인력모집광고 게시내역이 확인되는 것은 세무서에서 aa물류에 대한 범칙 조사를 2024년 8월에 종결한 이후 경각심을 가져 2024.11월 ee이 설립된 후 이전과 다른 양상을 보이는 것으로 판단되며 ee의 공고내역에서는 담당자명에 청구법인의 직원이 확인되고, 청구법인의 공고내역과 일치하는 다수의 공고연락처 및 공고이메일이 확인된다.

나. 수사기관의 수사 결과를 인용하지 않은 과세처분의 당부

1) 청구법인은 ccc에 대한 고발이 수사기관의 판단에 따라 불송치되었으므로 이건 처분도 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나 세무조사 및 과세처분은 과세관청이 독립적으로 조사한 내용에 따라 조세를 부과 징수하기 위한 것이며, 조세범죄 고발은 수사 개시를 위한 직무상 조치이지 이미 과세관청 고유권한으로 조사된 사실관계에 대한 형사법적 판단을 받아 기존 입증을 보강하기 위한 것은 아니다.

2) 청구법인은 수사기관의 불송치 처분 사실 및 관련 수사결과를 이유로 이의신청을 하지만, 조사청의 과세사실 판단에 대하여는 다른 반증을 제시하지 못하고 있으며 조세행정절차가 수사기관의 기소 여부에 기속된다고 볼 근거가 없으므로 청구이유의 근거가 된 수사결과와 조사청의 사실판단이 상이하더라도 세무조사 결과에 따른 과세처분은 정당하다

다. 결론

청구법인이 쟁점매입처들로부터 수취한 쟁점세금계산서는 실물 거래 없는 가공세금계산서로 부가가치세를 부과한 처분은 적법·타당하고, 청구법인의 주장은 이유가 없으므로 기각하여 주시기 바란다.

<<처분청 의견에 대한 청구법인의 항변>>

가. 객관적 증거에 의하여 명백히 입증되는 거래의 실재성

1) 청구법인은 세무조사 과정에서 이 사건 거래의 실재성을 입증할 수 있는 다수의 객관적인 증빙자료를 제출하였다. 우선, 청구법인은 쟁점매입처와 인력공급에 관한 도급계약을 체결하였고, 이에 따라 실제로 용역을 제공받았다. 청구법인의 매출처인 롯데택배의 하청업체가 관리하는 전자 출근관리시스템(FaceOne) 기록, 방대한 분량의 서면 출근부, 현장 관리소장이 참여한 카카오톡 대화 내역 등은 이 사건 각 매입처를 통하여 공급된 인력이 실제로 각 현장에 투입되어 근로를 제공하였음을 명백히 보여준다.

2) 아울러 청구법인은 쟁점매입처가 발행한 청구서에 따라 청구법인의 계좌에서 각 쟁점매입처의 계좌로 거래대금을 지급한 금융거래 내역을 모두 제출하였다. 이와 같은 계약서, 실제 업무 수행 기록, 대금 지급 내역 등은 회계장부의 기초가 되는 핵심적인 회계 증빙자료로서, ‘계약 체결 → 실제 인력 투입 → 대금 정산 및 지급 → 세금계산서 발급’으로 이어지는 일련의 거래 과정이 단순히 서류상으로만 존재하는 가공거래가 아님을 명백히 입증한다. 더 나아가 청구법인의 정상적인 매출 발생 자체가 쟁점매입처로부터의 인력 공급 없이는 구조적으로 불가능하다는 점 역시 이 사건 매입 거래의 실재성을 강하게 뒷받침한다.

3) 한편, 인력공급업은 제조 설비나 대규모 사무 공간을 필요로 하지 않는 전형적인 인적 용역 기반 사업으로, 현장 관리는 물류 터미널 현장에서 이루어지고 사무실은 단순한 행정·서류 관리 기능을 수행하는 경우가 대부분이다. 따라서 사업장이 원룸이거나 소규모라는 사정만으로 사업 실체의 부재를 단정할 수 없으며, 인력공급업에 있어 물리적 사업장의 규모는 거래의 실재성을 판단하는 결정적 기준이 될 수 없다.

나. 조사청이 제시하는 자료상 정황은 거래의 실질을 부정할 수 없다.

조사청은 이 사건 각 매입처의 사업장 실체, 대표자 경력, 체납 및 폐업 사실, 주주 구성, 자금 인출 방식 등을 근거로 이들을 이른바 ‘자료상’으로 단정하고 있으나, 이는 모두 거래 상대방의 내부적 사정에 불과할 뿐, 청구인이 실제로 용역을 제공받았다는 거래의 실질을 부정할 수 있는 근거가 될 수 없다.

1) (대표자 경력 관련) 인력공급업은 특별한 전문 자격이나 경력이 요구되는 업종이 아니며, 일용직 근로에 대한 일정한 사회 경험만으로도 충분히 영위가 가능하다. 대표자의 과거 경력을 이유로 법인 간 거래의 실질을 부인하는 것은 자의적인 판단에 불과하다.

2) (각 매입처 개업 및 폐업 관련) 또한 인력시장은 원청 계약 기간이나 계절적 수요 변동에 따라 개업과 폐업이 빈번하게 이루어지는 구조를 가지고 있어, 영세 인력업체의 폐업이나 체납은 업계 전반에서 흔히 발생하는 현상이다. 청구법인은 거래 당시 유효한 사업자등록 여부를 확인하고 적법하게 계약을 체결하였으며, 거래 상대방의 사후적인 경영상 실패나 조세 체납의 책임까지 청구법인에게 전가하는 것은 부당하다.

3) (중복 근로자 관련) 물류 일용직 시장은 이직이 매우 잦은 특성을 가지고 있어, 근로자들이 일당 조건이나 현장 여건에 따라 여러 업체를 오가는 것이 일반적이다. 특정 기간 동안 여러 업체에 소속된 것으로 나타나는 근로자나 쟁점 거래처 간 인력 이동 현상은 인력풀이 공유되는 업계의 특성을 반영하는 것일 뿐, 가공 인력임을 의미하지 않는다.

4) (현금 인출 관련) 나아가 물류 현장의 일용직 근로자 상당수는 신용 상태, 국적, 연령 등의 사정으로 계좌이체보다 현금 지급을 선호하거나 요구하는 경우가 많다. 쟁점매입처가 거래대금을 현금으로 인출한 사정 역시 하부 팀장이나 일용직 근로자에게 급여를 현금으로 지급하기 위한 경우가 존재하며, 단순한 현금 인출 사실만으로 가공거래를 단정할 수는 없다. 특히 이 사건과 같이 대금 지급 사실과 더불어 실제 용역 제공 사실을 객관적으로 입증할 수 있는 출근 기록 등 다수의 자료가 존재하는 경우에는 그 판단을 달리하여야 한다.

5) 설령 조사청의 주장과 같이 쟁점매입처가 이른바 ‘폭탄업체’에 해당한다 하더라도, 청구법인이 실제로 쟁점매입처로부터 인력을 공급받아 영업활동에 사용한 이상 그 거래 자체를 허위로 평가할 수는 없다. 사업자가 모든 거래 상대방의 내부 세무 상태나 사업 운영의 진정성까지 완벽하게 검증할 주의의무를 부담한다고 볼 수 없기 때문이다.

6) 즉, 가공거래의 핵심적인 징표는 매입자가 지급한 대금이 다시 매입자 또는 그 특수관계인에게 사적 목적으로 이전되었는지 여부이다. 그러나 조사청은 쟁점매입처의 현금 인출 사실만을 지적할 뿐, 해당 자금이 청구법인 또는 대표자에게 반환되었다는 금융 추적 결과나 객관적 증거를 전혀 제시하지 못하고 있다. 조사청이 문제 삼는 대표이사 개인 계좌의 자금 흐름 역시 법인 자금과 무관한 사적인 채권 채무 관련 자금으로 쟁점매입처와는 아무런 관련이 없다. 이를 무리하게 연결 짓는 것은 명백한 논리적 비약이다.

다. 청구법인이 인력을 직접 모집하였다는 조사청의 주장은 사실과 다르다.

1) 조사청은 청구법인이 직접 구인광고를 게시한 사실을 들어 청구법인이 실질적인 인력 모집의 주체라고 주장하나, 이는 인력 도급업계의 다단계 하도급 구조에 대한 이해 부족에서 비롯된 오해이다.

2) 원청으로부터 대규모 인력 공급을 도급받은 상위 업체가 안정적인 인력 수급을 위하여 통합적으로 구인광고를 진행하고, 하위 도급업체가 해당 광고를 통해 모집된 인력을 채용하여 현장에 투입하는 방식은 업계에서 빈번하게 이루어지는 인력 채용 구조이다. 즉, 상위 업체가 구인공고를 게시하되, 실제 면접 및 채용, 근로자 관리와 임금 지급은 하위 업체가 담당하는 형태이다.

3) 오히려 조사청 스스로 제시한 쟁점매입처가 소속 근로자들에 대하여 원천세 신고를 하였다는 사실은 각 매입처가 근로자들에 대한 고용 및 임금 지급의 주체였음을 명백히 입증한다. 쟁점매입처의 원천세 체납 여부는 그들의 조세법상 의무 위반에 해당할 뿐, 청구법인과의 거래가 가공거래라는 증거가 될 수는 없다.

라. 관련 형사사건의 ‘혐의없음’ 결정은 거래의 실재성을 뒷받침하는 유력한 증거이다.

1) 조사청은 수사기관의 불송치 결정이 과세관청을 기속하지 않는다고 주장하나, 이는 관련 법원의 일관된 태도와 부합하지 않는다. 법원은 행정소송에 있어 관련 형사사건의 판결이나 수사결과에서 인정된 사실은 중요한 증거자료로서, 특별한 사정이 없는 한 이에 반하는 사실을 인정하기 어렵다는 입장을 지속적으로 취하고 있다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결, 대법원 1983. 9. 13. 선고 81누324 판결 등 참조).

2) 비록 형사재판에서 무죄가 선고되었다 하더라도 행정소송에서 반드시 동일한 결론에 구속되는 것은 아니나(서울행정법원 2017. 9. 22. 선고 2016구합70550 판결 참조), 이는 처분청이 형사절차에서 현출되지 아니한 새로운 결정적 증거를 제시하는 등 예외적인 ‘특별한 사정’이 존재하는 경우에 한정된다.

3) 이 사건에서 경찰서는 압수·수색, 계좌추적, 관련자 소환조사 등 강제수사권을 행사하여 면밀한 조사를 실시한 결과, ① 실제 도급계약이 체결된 사실, ② 이에 따라 근로자가 실제로 현장에 파견되어 근로를 제공한 사실, ③ 이를 뒷받침하는 다수의 객관적 자료가 존재한다는 점 등을 종합적으로 고려하여, 이 사건 거래의 실질이 명백히 인정된다고 보아 ‘혐의없음’ 불송치 결정을 하였다.

그럼에도 불구하고 조사청은 위와 같은 수사기관의 판단을 번복할 만한 새로운 증거나 객관적 자료를 전혀 제시하지 못한 채, 이미 형사절차에서 검토·배척된 기존의 정황사정만을 반복적으로 원용하고 있을 뿐이다. 따라서 이 사건 수사기관의 불송치 결정은 이 사건 거래의 실재성을 인정하는 매우 유력한 증거로서 충분히 존중되어야 한다.

마. 이 사건 처분은 부가가치세법 및 조세범처벌법의 입법취지에 정면으로 반한다.

1) 조세범처벌법 제10조는 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 수수하는 행위, 즉 국가의 조세수입을 부당하게 감소시키고 거래질서를 심각하게 교란하는 이른바 ‘자료상 행위’를 처벌하기 위한 규정입니다. 부가가치세법 제39조에서 사실과 다른 세금계산서에 대한 매입세액 공제를 배제하는 취지 또한 이러한 입법 목적과 궤를 같이합니다.

2) 청구법인이 명백한 실물, 즉 인력공급이라는 용역을 실제로 제공받고 그에 대한 대가를 지급한 후 세금계산서를 수취한 사안으로서, 위 법률들이 규율하고자 하는 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고’ 세금계산서를 수수한 경우에 해당하지 않는다. 그럼에도 불구하고 실질적인 용역 공급이 분명히 존재함에도 거래상대방의 사후적 문제만을 이유로 매입세액 공제를 부인한다면, 이는 사업자로 하여금 자신이 창출하지도 않은 부가가치에 대해서까지 부가가치세를 부담하게 하는 결과를 초래하게 된다. 이는 거래 각 단계에서 새롭게 창출된 부가가치에 대해서만 과세한다는 부가가치세의 기본 원리에 정면으로 반하는 해석이라 할 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액을 부인한 처분의 당부

나. 관계법령

1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

2) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3) 부가가치세법 제60조 【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31>

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

4) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <개정 2020.6.9>

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다

5) 조세범처벌법 제10조 【세금계산서의 발급의무 위반 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. <개정 2018.12.31>

1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. <개정 2012.1.26, 2018.12.31>

1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

다. 사실관계

1) 청구법인의 기본사항

가) 청구법인은 2023.5.10. 시 구에서 개업하여 사업 지원서비스업을 영위하다 (‘23.5.18., 주업종을 기타도급업으로 변경) 2025.5.27. 시 구로 사업장을 이전하였다. 현재 대표자는 송석이며 법인 설립시부터 송석이 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있는 것으로 국세통합전산망에서 조회된다. 2026년 2월 기준 청구법인의 체납액은 17억원이다. 송석은 청구법인 외에도 과거 인력도급 업종을 2차례 영위한 사업이력이 확인된다.

나) 청구법인은 시 사업장(보증금 1천만원, 월세 60만원) 월세 계약서를 첨부하여 2023.5.10. 사업자 등록 신청하였고, 2025년 4월 시로 사업장을 이전할 시 보증금 20,000,000원에 월세 1,000,000원의 상가 월세계약서를 제출한 것으로 확인된다.

2) 청구법인의 부가가치세 신고내용과 쟁점매입처 기본사항

가) 청구법인은 택배 물류센터 내에서 상품 상하차 등의 업무를 담당하는 ㈜글로벌로지스의 전속 하위인력업체로 청구법인의 매출 100%는 모두 ㈜글로벌로지스에게 발행한 세금계산서이다. 그리고 청구법인이 수취한 매입세금계산서 중 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서 비율이 대부분을 차지하고 있는 것으로 확인된다.

 부가가치세 신고내용 및 쟁점매입처의 비율

(단위:백만원,%)

나) 청구법인은 2023년과 2024년 아래와 같이 근로소득 지급명세서를 신고하였으며, 일용근로소득지급명세서는 제출되지 않았다.

다) 쟁점매입처 4곳의 기본사항은 아래와 같고, aa물류와 ccc는 세무조사 결과 매출금액 전체를 가공거래로 보아 조사를 종결한 것으로 확인된다.

3) 청구법인이 세무조사시 조사청에 제출한 자료

가) 청구법인은 조사청의 세무조사과정에서 쟁점매입처와 체결한 도급계약서, 근로자 채용 대행계약서 및 출근부 등 관련증빙을 제출하였고, 쟁점세금계산서에 대한 공급대가를 쟁점매입처에게 모두 지급하였으며 이에 대해서는 조사청도 인정하고 있는 사실관계이다.

나) 청구법인은 ccc에 대한 세무조사를 실시한 세무서장의 고발 결과 대표이사 복수에 대한 고발 결과, 경찰서에서 불송치(혐의없음) 처분한 결과 통지서를 증빙자료로 제출하였다.

다) 심리담당자는 ccc 외에 세무조사가 종결된 aa물류의 고발 결과에 관하여 확인한바 경찰서에서 aa물류에 대하여 불송치한 것으로 확인되었다.

4) 조사청의 세무조사 내용 및 가공거래 주장 근거

가) 조사청은 청구법인의 2023년 1기부터 2024년 2기 과세기간 동안 인력도급관련 쟁점매입처로부터 무자료, 위장, 가공거래 등 사실과 다른 세금계산서 거래혐의를 확인하기 위하여 부가가치세 세목별 조사를 실시하였고, 거짓세금계산서를 수취한 것으로 보아 조세범칙 조사로 전환하여 조사를 진행하였다.

나) 조사청에서 시 사업장을 현장확인한 결과 사업장에 지속적으로 상주하여 사무업무를 보는 직원을 확인할 수 없었다는 조사종결보고서 내용이 확인된다. 조사청은 쟁점매입처에 대한 거짓세금계산서 수취에 대하여 조사한바, 쟁점매입처 모두 사업장이 불분명하고 각 대표자들이 인력공급 관련 사업이력이 전무하며 관련 세금을 무납부하여 고액 체납한 상태에서 폐업하는 비정상적인 사업자로 판단하여 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서 모두를 가공세금계산서로 보아 부가가치세를 경정하였다.

 조사청의 부가가치세 결정내역

(단위:백만원,%)

다) 조사청은 쟁점매입처가 개업 직후부터 고액의 세금계산서를 발행하였으며 각 대표자 경력에 인력공급업이 전무하며, 쟁점매입처에서 일용 및 사업소득자에 대한 원천세를 신고한 후 모두 체납(부가가치세도 체납)하였으나, 쟁점매입처 중 aa물류를 제외한 3곳은 과점주주가 없어 2차 납세의무자 또한 지정되지 않았다고 주장하고 있다.

 쟁점매입처별 개업 직후 매출세금계산서 발급내역 및 대표자 경력

 쟁점매입처 원천세 신고 및 납부현황

 (단위: 백만원)

라) 조사청은 청구법인과 쟁점매입처들의 금융거래내역을 확인한바, 쟁점매입처들은 거래대금을 받은 뒤 근로자들에게 인건비를 이체하였지만 이와 별도로 받은 수수료, 부가가치세 등은 입금되는 즉시 현금으로 출금하는 거래형태가 확인되므로 실물없는 자료상의 순환거래라고 주장하고 있다. 그리고 청구법인의 대표이사 송석의 계좌에 2023년 6월부터 2024년 12월까지 약 4억원의 현금이 입금되었는데 이에 대해 송석에게 확인한바 자금출처 소명을 하지 않았다며 문답서를 증빙으로 제출하였다.

마) 또한, 쟁점매입처에서 신고한 근로자들 중 중복된 근로자 수가 241명으로 확인되고, 이들에게 사실 여부 확인 안내문을 발송하여 확인한 결과 지원한 회사와 실제 근무한 회사가 일치하지 않다고 주장하면서 아래 6번째 근로자로부터 회신받은 안내문을 증빙으로 제출하였다. 출근부를 담당한 최 은 청구법인의 직원으로 확인된다.

 쟁점매입처들 간 중복되는 일용‧사업근로자 발췌

바) 그리고 조사청은 청구법인이 인력 구인 모집을 직접 하였고, 쟁점매입처에서는 구인활동을 하지 않았다는 알바몬의 회신 내용을 증빙자료로 제출하였다.

라. 판단

청구법인은 쟁점매입처와 도급계약을 체결하고 실제 인력을 공급하였으므로 쟁점세금계산서는 정상거래라고 주장하나,

  ‘부가가치세법’ 제32조제1항은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 받는 자에게 발급하여야 하며, ‘부가가치세법’ 제60조제3항제1호는 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다고 규정하고 있다.

 대법원은 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다고 판시하고 있는바(대법원2002두2277, 2002.6.28.),

청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행한 각 쟁점매입처 대표자들은 동종업종에 종사한 이력이 전혀 없는 자들로 모두 개업한지 얼마 되지 않아 고액의 매출을 발생한 뒤 원천세 및 부가가치세 신고를 이행만 하고 무납부한 뒤 체납상태에서 폐업한 것으로 볼 때 전형적인 자료상 업체로 의심되는 정황이 충분하다.

또한, 쟁점매입처 간에 서로 중복되게 신고한 사업·일용근로자 수가 총 241명에 달하며 쟁점매입처에서 직접 근로자들을 채용하기 위한 공고모집, 근태 관리 자료를 확인할 수 있는 자료가 확인되지 않을 뿐 아니라 쟁점매입처는 거래대금 중 수수료 명목 등으로 수령한 대금을 받은 즉시 현금으로 인출하였고, 청구법인의 대표이사 계좌에 입금된 현금의 출처를 세무조사 당시 객관적으로 소명하지 못하는 점으로 볼 때 일부 금액이 회수되었을 가능성 역시 배제하기 어렵다.

  쟁점매입처에서 고용한 근로자들을 채용공고를 쟁점매입처가 아닌 청구법인이 직접 하였으며, 이들에 대한 관리감독 역시 청구법인의 직원이 한 것으로 작성된 확인서가 제출된 것으로 볼 때 실질적으로 청구법인이 매출처인 글로벌로지스㈜에게 직접 인력을 공급한 것으로도 보인다. 청구법인은 쟁점매입처와 인력공급계약서를 체결하고 근로자들을 현장에 파견하는 거래형태를 형식적으로 취하였을 뿐 결국 공급된 인력들은 청구법인이 직접 근태관리를 한 것으로 보이므로 청구법인과 쟁점매입처 간 체결한 계약서 내용대로 거래가 있었다고 그대로 인정하기 어렵다.

이상의 사실관계를 종합해 볼 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세를 결정한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로 ’국세기본법‘ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.