1. 사실관계

○ 2025.12.10. 신청인은 농지를 교회에 매도하는 계약을 체결함

 - 매수인은 교회이며 농지전용 및 개발행위허가가 필요한 상황임

○ 신청인은 계약시점에 계약금 10%를 수령하였고 잔금은 가등기 및 근저당 설정과 동시에 지급하기로 함

 - 2026.6.30. 가등기 및 근저당 설정됨

○ 허가 불능 시 대금은 반환하지 않고 농지를 강제 처분하여 매수인이 매매대금을 회수하기로 하는 계약임

2. 질의내용

○ 「농지법」에 의한 농지전용허가 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 개발행위허가 절차가 「소득세법」 제105조제1항제1호 단서의 “토지거래계약허가”에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

〔1〕「소득세법」

□ 소득세법 제88조 【정의】

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

 가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

 나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

 다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

□ 소득세법 제105조 【양도소득 과세표준 예정신고】

① 제94조제1항 각 호(같은 항 제3호다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

2. 제94조제1항제3호가목 및 나목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월

3. 제1호 및 제2호에도 불구하고 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분으로서 양도로 보는 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 3개월

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다.

〔2〕「부동산 거래신고 등에 관한 법률」

□ 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조 【토지거래허가구역의 지정】

① 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 5년 이내의 기간을 정하여 제11조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 "허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 대통령령으로 정하는 바에 따라 허가대상자(외국인등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다), 허가대상 용도와 지목 등을 특정하여 허가구역을 지정할 수 있다. <개정 2023.4.18>

1. 허가구역이 둘 이상의 시ㆍ도의 관할 구역에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관이 지정

2. 허가구역이 동일한 시ㆍ도 안의 일부지역인 경우: 시ㆍ도지사가 지정. 다만, 국가가 시행하는 개발사업 등에 따라 투기적인 거래가 성행하거나 지가가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역 등 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관이 지정할 수 있다.

③ 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 허가구역으로 지정한 때에는 지체 없이 허가대상자, 허가대상 용도와 지목 등 대통령령으로 정하는 사항을 공고하고, 그 공고 내용을 국토교통부장관은 시ㆍ도지사를 거쳐 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 통지하고, 시ㆍ도지사는 국토교통부장관, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 통지하여야 한다.

□ 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제11조 【허가구역 내 토지거래에 대한 허가】

① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 "토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 허가가 필요하지 아니하다. <개정 2023.4.18>

1. 경제 및 지가의 동향과 거래단위면적 등을 종합적으로 고려하여 대통령령으로 정하는 용도별 면적 이하의 토지에 대한 토지거래계약을 체결하려는 경우

2. 토지거래계약을 체결하려는 당사자 또는 그 계약의 대상이 되는 토지가 제10조제3항에 따라 공고된 사항에 해당하지 아니하는 경우

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

〔3〕 「농지법」

□ 농지법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

7. "농지의 전용”이란 농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용(轉用)으로 보지 아니한다.

□ 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다(제2호 및 제3호는 제외한다).

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 사람이 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우

6. 제13조제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(「자산유동화에 관한 법률」제3조에 따른 유동화전문회사등이 제13조제1항제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

8. 제34조제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

□ 농지법 제8조 【농지취득자격증명의 발급】

① 농지를 취득하려는 자는 농지 소재지를 관할하는 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말하며, 도농 복합 형태의 시는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 구청장(도농 복합 형태의 시의 구에서는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 읍장 또는 면장(이하 "시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장”이라 한다)에게서 농지취득자격증명을 발급받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 농지취득자격증명을 발급받지 아니하고 농지를 취득할 수 있다. <개정 2009.5.27>

1. 제6조제2항제1호ㆍ제4호ㆍ제6호ㆍ제8호 또는 제10호(같은 호 바목은 제외한다)에 따라 농지를 취득하는 경우

2. 농업법인의 합병으로 농지를 취득하는 경우

3. 공유 농지의 분할이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 원인으로 농지를 취득하는 경우

□ 농지법 제34조 【농지의 전용허가ㆍ협의】

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다. 이하 같다)를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1. 삭제 <2023.8.16>

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우

3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우

4. 「산지관리법」제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우

5. 삭제 <2024.1.2.>

② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 지정하거나 같은 법에 따른 도시지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다.

1의2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」제12조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우

□ 농지법 제35조 【농지전용신고】

① 농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설의 부지로 전용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1. 농업인 주택, 어업인 주택, 농축산업용 시설(제2조제1호나목에 따른 개량시설과 농축산물 생산시설은 제외한다), 농수산물 유통ㆍ가공 시설

2. 어린이놀이터ㆍ마을회관 등 농업인의 공동생활 편의 시설

3. 농수산 관련 연구 시설과 양어장ㆍ양식장 등 어업용 시설

② 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제1항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.

③ 제1항에 따른 신고 대상 시설의 범위와 규모, 농업진흥지역에서의 설치 제한, 설치자의 범위 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

〔4〕 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」

□ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조 【개발행위의 허가】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하 "개발행위”라 한다)를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가(이하 "개발행위허가”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시ㆍ군계획사업(다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 의제한 사업을 포함한다)에 의한 행위는 그러하지 아니하다.

1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치

2. 토지의 형질 변경(경작을 위한 경우로서 대통령령으로 정하는 토지의 형질 변경은 제외한다)

3. 토석의 채취

4. 토지 분할(건축물이 있는 대지의 분할은 제외한다)

5. 녹지지역ㆍ관리지역 또는 자연환경보전지역에 물건을 1개월 이상 쌓아놓는 행위

② 개발행위허가를 받은 사항을 변경하는 경우에는 제1항을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항에도 불구하고 제1항제2호 및 제3호의 개발행위 중 도시지역과 계획관리지역의 산림에서의 임도(林道) 설치와 사방사업에 관하여는 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」과 「사방사업법」에 따르고, 보전관리지역ㆍ생산관리지역ㆍ농림지역 및 자연환경보전지역의 산림에서의 제1항제2호(농업ㆍ임업ㆍ어업을 목적으로 하는 토지의 형질 변경만 해당한다) 및 제3호의 개발행위에 관하여는 「산지관리법」에 따른다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제1항에도 불구하고 개발행위허가를 받지 아니하고 할 수 있다. 다만, 제1호의 응급조치를 한 경우에는 1개월 이내에 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수에게 신고하여야 한다.

1. 재해복구나 재난수습을 위한 응급조치

2. 「건축법」에 따라 신고하고 설치할 수 있는 건축물의 개축ㆍ증축 또는 재축과 이에 필요한 범위에서의 토지의 형질 변경(도시ㆍ군계획시설사업이 시행되지 아니하고 있는 도시ㆍ군계획시설의 부지인 경우만 가능하다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경미한 행위