1. 처분의 경위

가. 원고는 ‘아이***’이라는 상호로 광고대행업 등을 영위하는 개인사업자이고, 주식회사 우**엔터테인먼트(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 영화 수출ㆍ수입ㆍ제작ㆍ배급업 등을 영위하다 2019. 12. 31.경 폐업한 회사이다.

나. 원고는 2018년 1기부터 2019년 1기까지 기간 동안 이 사건 회사에 광고대행용역을 제공하고 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 457,796,120원의 세금계산서 20장(이하 통틀어 ‘이 사건 제1 세금계산서’라 한다)을 발급해 주었다.

다. 이 사건 회사는 2019. 6. 27.경 원고에게, 아래 표 기재와 같이 합계 464,561,800원의 미지급채무(이하 ‘이 사건 제1 금원’이라 한다)가 남아 있다는 내용의 ‘채무확인서’를 작성해 주었다(이하 ‘이 사건 채무확인서’라 한다).

라. 원고는 이 사건 제1 금원이 회수기일이 2년 이상 지난 중소기업의 외상매출금등으로서 소득세법 시행령 제55조 제2항, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9의2호에 따라 대손금으로 인정된다고 주장하면서, 2024. 1. 31. 및 2024. 2. 1. 피고에게 부가가치세법 제45조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제87조 제1항 제1호에 따른 대손세액 공제를 적용하여 아래 표 기재와 같이 2020년 1기분 내지 2021년 1기분 부가가치세 합계 42,232,890원을 환급하여 달라는 각 경정청구를 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

마. 피고는 이 사건 제1 금원의 미지급 여부가 객관적으로 확인되지 않는다는 이유로, 2024. 4. 19. 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 2017년 2기부터 2019년 1기까지 기간 동안 이 사건 회사에 ① 몬**패밀리, ② 허리** 하이스트, ③ 미드*** 선, ④ 헌터*** 영화의 광고대행용역을 제공하고 공급가액 합계 525,796,120원의 세금계산서 23장(= 이 사건 제1 세금계산서 20장의 공급가액 합계 457,796,120원 + ****패밀리 영화와 관련하여 2017. 12. 26. 및 2017. 12. 29. 발급한 세금계산서 3장의 공급가액 합계 68,000,000원, 이하 통틀어 ‘이 사건 제2 세금계산서’라 한다)을 발급해 주었으나, 부가가치세가 포함된 매출채권 합계 578,375,732원(= 525,796,120원 × 110%) 중 120,198,432원만을 회수하여 458,177,300원(= 578,375,732원 – 120,198,432원)의 대손금액(이하 ‘이 사건 제2 금원’ 이라 한다)이 발생하였다.

2) 이 사건 제2 금원 458,177,300원은 이 사건 채무확인서에 미지급채무 잔액으로 기재된 464,561,800원에서 원고가 이 사건 경정청구를 할 당시 원고가 대납한 비용에 불과하여 대손세액 공제 대상이 아님에도 대손세액 공제 대상으로 오인한 ‘헌터*** 유튜버 진행비 잔금 6,384,500원’을 차감한 금액이기도 하다(458,177,300원 = 464,561,800원 – 6,384,500원).

3) 따라서 이 사건 처분 중 아래 표 기재와 같이 2020년 1기분 내지 2021년 1기분 부가가치세 합계 41,652,481원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

가) 부가가치세법상 사업자는 재화 또는 용역(이하 ‘재화 등’이라 한다)을 공급하는 때에 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하고(부가가치세법 제31조) 거래징수한 부가가치세를 매출세액으로 납부하되, 그 거래징수한 세액(매출세액)에서 자신이 재화 등을 공급받을 때에 징수당한 부가가치세(매입세액)를 공제한 차액을 납부함으로써 거래 단계에서 창출한 부가가치에 해당하는 부분에 대해서만 부가가치세를 부담하게 된다(이른바 ‘전단계 세액공제방식’). 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 소득세ㆍ법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과된다(헌법재판소 2011. 2. 24. 선고 2009헌바11 결정 참조).

나) 부가가치세를 납부할 의무가 있는 사업자는 재화 등을 공급받는 자가 아니라 공급하는 자이고(부가가치세법 제3조 제1항 제1호, 제2조 제3호), 재화 등의 공급자는 실제 대가를 지급받는 시점이 아닌 재화 등의 공급시기가 속한 과세기간에 대한 신고ㆍ납부기한 내에 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하므로, 사업자가 재화 등을 외상으로 공급한 후 거래상대방의 부도 또는 파산 등의 사유로 대가를 지급받지 못한 경우 사업자는 재화 등의 공급가액뿐만 아니라 국가에 납부한 부가가치세액까지 경제적 손실을 입게 된다. 부가가치세법 제45조에서는 이러한 경우 사업자의 자금부담을 완화하고자 하는 목적에서, 사업자가 상대방으로부터 지급받지 못한 부가가치세 상당액, 즉 대손세액을 추후 납부해야 할 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제 제도를 규정하고 있는바(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조), 이는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 과세한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것으로 볼 수 있다(헌법재판소 2011. 12. 29. 선고 2011헌바33 결정 참조).

다) 앞서 본 바와 같이 대손세액 공제 제도는 부가가치세 납세자의 경제적 손실을 방지하기 위한 예외적인 제도이므로 대손세액 공제를 신청하여 부가가치세를 환급 받기 위해서는 공급자인 납세자에게 대손세액이 있다는 점에 대한 주장․증명책임이 있다고 봄이 타당하다(과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 판단한 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 부가가치세법 제45조 제1항 본문은 ‘사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 등을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손금액의 100분의 10(이하 ’대손세액‘이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제87조 제1호, 소득세법 시행령 제55조 제2항, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9의2호는 대손세액 공제사유로 ’중소기업의 외상매출금 및 미수금(이하 ‘외상매출금등’이라 한다)으로서 회수기일이 2년 이상 지난 외상매출금등‘을 규정하고 있다.

나) 앞서 든 증거, 갑 제5 내지 8, 14 내지 16, 18 내지 27호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 이 법원의 ***회계법인에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 회사에 대하여 이 사건 제2 금원에 상당하는 외상매출금등 채권을 가지고 있다고 봄이 타당하다.

① 원고가 2023. 10.경 세무대리인을 변경하기 전까지 ㉠ 광고대행용역을 제공하고 세금계산서를 발급한 시점에 공급가액에 상당하는 매출을 인식함과 동시에 ㉡ 1월부터 11월까지는 부가가치세가 포함된 대금 전액을 ’외상매출금‘으로 계상하는 대신 ’현금‘으로 회수한 것으로 회계처리하고 ㉢ 12월의 경우 부가가치세가 포함된 대금 전액을 ’외상매출금‘으로 계상하였다가 그다음 해 3월 31일에 ’현금‘으로 회수한 것으로 회계처리한 것으로 보이기는 한다.

그러나 ㉠ 원고는 개인사업자로서 종합소득세 등을 신고함에 있어 총수입금액과 필요경비를 적정하게 계상하여 사업소득금액을 누락하지 않는 것이 무엇보다 중요하다고 보이고, 현금으로 회수하였는지에 따라 신고ㆍ납부하여야 하는 종합소득세액 및 부가가치세액이 달라지지는 않는 점, ㉡ 세무대리인의 입장에서는 원고로부터 지급받은 세무기장료가 약 10만 원에 불과하였음을 고려할 때, 거래 상대방에게 부도 또는 파산 등의 위험이 있음을 알거나 알 수 있었다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 ’외상매출금‘으로 계상한 다음 계좌 거래내역 등을 하나하나 확인하여 실제로 회수될 때마다 ’현금‘으로 계상하기보다는 향후 회수될 것으로 전제하고 미리 ’현금‘으로 계상하고자 하는 유인이 없지 않고, 실제로 원고의 현금출납장 입ㆍ출금 내역과 사업자계좌 입ㆍ출금 내역이 일치하지 않는 것으로 보이는 점, ㉢ 외부감사인인 하나회계법인이 2018. 3. 27. 및 2019. 3. 15. 이 사건 회사의 2017, 2018 사업연도 재무제표에 대하여 ’한정의견‘을 제시하기는 하였으나, 이 사건 제2 금원에 상당하는 미지급금이 ’현금‘으로 계상된 시점은 대부분 2019. 3. 15. 이전이고, ****회계법인이 2018. 3. 27. 이 사건 회사의 2017 사업연도 재무제표에 대하여 ’한정의견‘을 제시한 이유는 이 사건 회사의 경영진이 2017. 12. 31.로부터 6개월까지 기간 동안의 정보만을 제공하였기 때문이며, 이 사건 회사는 2018 사업연도(2018. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지)에 미지급금 잔액이 이 사건 제2 금원보다 적은 218,568,752원만큼 증가하였을 뿐이므로, 위와 같은 사정만으로 원고가 이 사건 회사에게 부도 또는 파산 등의 위험이 있음을 알거나 알 수 있었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 위와 같은 회계처리는 당시 선임된 세무대리인의 사무처리 편의를 위한 것으로 실제로 현금으로 회수되었는지를 반영하지 않고 있다고 볼 여지가 크다.

② 한편 원고가 2018년, 2019년 귀속 종합소득세 신고 당시 제출한 각 표준재무상태표에 의하면 당시 선임된 세무대리인이 이 사건 제2 금원을 ’현금‘으로 회수하였다고 처리하였음에도 ’현금 및 현금성 자산‘의 잔액이 각각 24,732,064원, 17,659,113원에 불과함을 알 수 있고, 이에 대하여 원고는 당시 선임된 세무대리인이 장부상 현금 잔액이 실제 현금 잔액과 일치하도록 그 차액을 원고에 대한 ’인출금‘으로 처리하였기 때문이라고 설명하고 있다. 피고의 주장에 따르면 원고가 이 사건 회사로부터 이 사건 제2 금원에 상당하는 현금을 실제로 회수하였다는 것이므로 각 표준재무상태표상 ’현금 및 현금성 자산‘의 잔액으로 남아 있거나 원고에 대한 ’인출금‘ 명목으로 사업자계좌에서 개인계좌로 이체된 내역이 있어야 할 것인데, ’현금 및 현금성 자산‘의 잔액이 이 사건 제2 금원에 현저히 미달함은 앞서 본 바와 같고, 원고의 사업자계좌에서 위와 같은 거래 내역을 찾을 수 없다.

또한 외부감사인인 ***회계법인은 이 사건 회사의 거래처 원장을 확인한 다음 2019. 2. 7.경 원고에게, 2018. 12. 31. 기준으로 변제기가 도래한 미지급채무 잔액이 452,531,000원(= 이 사건 제2 금원 458,177,300원 – 지급시기가 2019. 1. 31.인 헌터*** 인플루언서 진행비 4,840,000원 - 지급시기가 2019. 1. 31.인 헌터**** 진행비 806,300원)인지 확인하는 ’채권채무조회서‘를 보낸 바 있으므로, 이 사건 회사가 부외자금으로 원고에게 452,531,000원에 달하는 현금을 교부하였다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 원고는 2018. 12. 31. 기준으로 이 사건 회사에 대하여 452,531,000원의 매출채권을 가지고 있었다고 볼 것인데, 당시 이 사건 회사가 452,531,000원에 달하는 부외 자금을 보유하고 있었다고 볼 만한 아무런 사정이 없다.

③ 이 사건 채무확인서에 ’미드**** 선‘ 영화와 관련된 미지급채무 잔액으로 기재된 합계 113,531,000원(= 미드*** 선 광고비 102,531,000원 + 미드***선 직거래 광고비 11,000,000원)이 이 사건 제2 세금계산서에 ’미드*** 선‘ 영화와 관련된 공급가액과 부가가치세액으로 기재된 합계 34,086,618원(= 2018년 1기 7,700,000원 + 2018년 2기 26,386,618원)을 초과하기는 한다.

그러나 이 사건 회사의 대표이사였던 이**은 2025. 12.경 내부적인 사정으로 ’허리*** 하이스트‘ 영화와 관련된 미지급채무 일부를 ’미드**** 선‘ 영화와 관련된 미지급채무로 기재하였을 뿐 미지급채무 잔액 합계는 맞는다는 취지의 진술서를 작성하여 준 바 있고, 원고로서도 미지급채무 잔액 합계가 맞는 이상 이 사건 채무확인서의 내용에 이의를 제기할 유인이 크지 않았을 것으로 보이며, 이 사건 채무확인서에 기재된 미지급채무 잔액 합계 464,561,800원에서 원고가 대손세액 공제 대상에 해당하지 않는다고 인정한 금액 6,384,500원을 차감한 금액은 이 사건 제2 세금계산서에 기재된 공급가액과 부가가치세액의 합계 578,375,732원에서 이 사건 회사가 원고의 사업자계좌로 입금한 금액 합계 120,198,432원을 차감한 금액과 일치하기도 한다(464,561,800원 – 6,384,500원 = 578,375,732원 – 120,198,432원 = 이 사건 제2 금원 458,177,300원).

다) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 회사에 대하여 이 사건 제2 금원에 상당하는 외상매출금등 채권을 가지고 있다고 봄이 타당하고, 현재 그 회수기일이 2년 이상 지났음은 역수상 명백하므로, 원고의 주장과 같이 대손세액 공제가 적용되어 아래표 기재와 같이 2020년 1기분 내지 2021년 1기분 부가가치세 합계 41,652,481원의 환급이 이루어져야 할 것이다. 따라서 피고가 2024. 4. 19. 원고에게 한 2020년 1기분 부가가치세 39,440,581원의 경정거부처분 중 38,118,181원 부분, 2020년 2기분 부가가치세 2,398,600원, 2021년 1기분 부가가치세 393,709원의 각 경정거부처분은 위법하여취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위와 같이 인정된 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.