주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 3. 1. 원고에게 한 부가가치세(세금계산서 불성실가산세) 2015년 1기 2,315,260원, 2016년 1기 807,790원, 2016년 2기 3,578,470원, 법인세 2014 사업연도 130,516,590원(가산세 74,576,996원 포함), 2015 사업연도 40,690,380원(가산세 22,389,168원 포함), 2016 사업연도 45,266,160원(가산세 23,852,282원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 지위

원고는 2014. 5. 20. 설립되어 비철금속 도․소매업, 폐비철금석 도․소매업, 제조업 등을 목적으로 하는 회사이다.

나. 종전 처분의 내용

1) 원고는 2014년 제2기 ~ 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 AAA, BBB, ㈜CCC, ㈜DDD, EEE(이하 ‘이 사건 매입처들’이라 한다)로부터 아래와 같이 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받고 이를 매입세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부하고, 2014 ~ 2016 사업연도 법인세 신고 시 이를 손금산입 하여 신고․납부하였다.

2) @@지방국세청은 세무조서를 실시한 결과, 원고가 2014년 제2기 ~ 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중 이 사건 매입처들로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 내용의 과세자료를 A세무서 조사과에 통보하였다.

3) 피고는 아래와 같이 2024. 4. 16. 원고에게 2024년 제2기 ~ 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 본세, 과소신고 가산세, 납부불성실 가산세 합계 173,801,540원을 경정․고지(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다)하였다. 원고는 2024. 5. 30. 위 종전 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(조심 2024인####)를 하였다.

4) 피고는 조세심판 과정에서 조세특례제한법 제106조의9에 따라 구리스크랩전용계좌를 통해 국고에 납부된 매입세액이 있는 것을 확인하고, 아래와 같이 2024. 10. 30. 이를 부가가치세 매입세액 불공제액의 기납부세액으로 반영하여 부가가치세 본세, 과소신고 가산세, 납부불성실 가산세에 대해 직권으로 감액․경정하였으며, 원고에게 가공 세금계산서 수취를 이유로 세금계산서 불성실 가산세를 부과하는 경정을 하였다.

5) 조세심판원은 2014년 제2기 ~ 2016년 제2기 세금계산서 불성실 가산세 합계 15,642,660원 대상으로 심판을 진행하였고, 2024. 12. 9. 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 원고의 심판청구를 기각하였다.

6) 한편 피고는 아래와 같이 2024. 12. 17. 고지 절차상의 문제가 있어 아래와 같이 세금계산서 불성실 가산세를 감액하는 재경정 결정을 하였다.

다. 이 사건 각 처분의 내용

1) 피고는 아래와 같이 ① 2025. 1. 2. 2014년 제2기 부가가치세 세금계산서 불성실 가산세 8,941,110원을 경정・고지하였고, ② 2025. 3. 1. 2015년 제1기, 2016년 제1기, 2016년 제2기 부가가치세 세금계산서 불성실 가산세 합계 6,701,520원을, ③ 2025. 3. 1. 2014 ~ 2016 사업연도 법인세 합계 216,473,157원, ④ 대표자 상여처분 소득금액변동통지 합계 782,132,390원을 경정・고지하였다(이하 ②, ③ 기재 처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2) 원고는 2025. 6. 17. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(2025인####)를 하였으나, 조세심판원은 2026. 1. 26. 위 심판청구를 기각하였다.

라. 2026. 1. 2. 자 처분을 감액하는 재경정 결정

한편 피고는 2026. 7. 6. 위 2025. 1. 2. 자 2014년 제2기 부가가치세 세금계산서 불성실 가산세(8,941,110원)를 감액하는 재경정 결정을 하였다.

마. 종전 처분과 이 사건 각 처분의 주요 경과

종전 처분과 이 사건 각 처분의 주요 경과는 아래와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5 호증, 을 제1 내지 4호증, 제7 내지 11호증, 제31호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고는 실제로 이 사건 매입처들로부터 실제로 구리스크랩 등을 공급받고 그에 대한 대가를 지급하는 등 실질거래를 하였으므로, 이 사건 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’가 아니다.

나. 원고는 ‘사기나 기타 부정한 행위’를 하지 않았으므로, 이 사건 각 처분에는 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호에서 정한 10년의 부과 제척기간이 적용되지 않는다. 이 사건 각 처분에는 국세기본법 제26조의2 제1항에서 정한 5년의 부과 제척기간이 적용되고, 5년의 부과 제척기간은 이미 도과하였다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1) 관련 규정 내지 법리

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 “발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 제32조 제1항 제1호부터 제4호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일’을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 규정하고 있다.

부가가치세법 제9조 제1항에 의하면, 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도하거나 양도하는 것을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조).

한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거에 갑 제15, 16호증, 을 제5, 6호증, 제12 내지 27호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매입처들로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 실제 재화의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고와 이 사건 매입처들 사이에 폐동 등 재화의 공급이 실제로 있었음을 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

가) 폐동(구리 스크랩)은 이 사건 매입처들 조사 당시 1㎏당 5,000원 내지 7,000원에 거래되는 고가의 원자재로서 동 제품을 제조하는 공장의 부산물, 재건축․재개발 철거 현장에서 나오는 폐전선이나 폐동파이프, 통신회사에서 공사하고 남은 자재 등이 대량으로 공급되어 유통되는 것이 일반적이었다. 폐동이 가공의 세금계산서를 통해 무자료로 공급되는 경우 폐동을 최초로 수집하는 건설현장 철거용역사업자, 동제품 가공 공장 등이 비자금 조성 등의 목적으로 세금계산서 등 증빙자료를 남기지 않고 무자료로 거래를 하여 최종적으로 폐동 도매업체나 제련업체로 유통되는데, 그 과정에서 세금계산서 등 자료 양성화를 위하여 소위 ‘폭탄업체’(대부분 경제적 능력이 없고 탈세를 목적으로 설립되어, 단기간에 거액의 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고 후 거액의 세금을 납부하지 않은 상태에서 폐업하는 업체를 의미한다) 및 ‘간판업체’(외형상 사업장을 갖추고 있으며 폭탄업체로부터 매입세금계산서를 수취하고 또 다른 간판업체나 도매업체 등에 매출세금계산서를 교부하여 실거래로 위장하기 위하여 사용되는 업체를 의미한다)를 거쳐 순차적으로 세금계산서를 발행하는 유통구조를 형성하게 되는 바, 이를 도식화하면 아래와 같다.

나) 이 사건 매입처들의 주요 사항은 아래와 같다.

다) ① 이 사건 매입처들 중 AAA은, 과세관청의 조사 결과 2014년 제2기 과세기간 중 세금계산서 매출 신고액(12,353,739,070원), 2015년 제1기 과세기간 중 세금계산서 매출 신고액(21,250,218,340원)이 실물거래 없는 가공거래로 확정되었다.

② 과세관청의 조사 당시 AAA의 사업장 안쪽 나대지에는 고철․비철 등이 존재하지 않았고 상하차 작업에 필요한 지게차 등이 없었으며 구리스크랩 작업흔적 역시 발견되지 않았다.

③ AAA의 대표자 ○○○은 고향인 전북 익산(주민등록상 주소지)에서 고구마 작물재배업(5,000평)을 하던 전업 농업인으로 고철․비철 업종에 종사한 적이 없었다.

④ ○○○은 과세관청의 조사 과정에서 AAA의 사업자금 1억 원을 농업에 종사하여 번 돈을 현금으로 보관하고 있었다고 진술하였을 뿐 그 조성과정에 대해 명확히 진술하지 못하였다.

⑤ ○○○은 구리스크랩 전용계좌로 대금이 입금되면 불상의 인물을 은행에서 만나 1 내지 2% 정도의 수수료를 자신의 별도 계좌로 이체하고 나머지 금액을 현금으로 인출하여 위 불상의 인물에게 전달하는 등 구리스크랩 전용계좌에서 현금을 인출하여 이를 전달하는 역할을 담당한 것으로 보이며, 그 과정에서 위 불상의 인물이 실제 사업자인지 여부를 확인한 사실이 없다.

⑥ 과세관청은 AAA의 재활용 폐자원 매입처 12명에 대하여 AAA과의 거래사실을 확인하였는데, 그 중 10명은 회신하지 않았고 2명은 거래사실이 없다는 취지로 회신하였다.

⑦ 원고가 제출한 계량확인서에는 경기89사####

을 이용하여 구리스크랩 등을 운송하였다고 기재되어 있으나, 위 차량의 차주인 ●●●은 해당 과세기간에 원고 또는 AAA에 운송비에 대한 세금계산서를 발행한 사실이 없으며, 오히려 과세관청의 AAA에 대한 조사 과정에서 위 경기89사#### 차량은 AAA과 무관한 거래처에 화물을 운송한 것으로 확인되었다.

⑧ B세무서장은 2014년 제2기 공급가액 및 매출세액을, 2015년 제1기 공급가액 및 매출세액을 감액하는 내용의 부가가치세 감액경정결정을 하였고 AAA은 2016. 3. 23. B세무서장에게 가공거래가 있었음을 전제로 조세특례제한법 제106조의9 매입자납부특례규정에 의하여 2014년 제2기, 2015년 제1기 매출세액의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였다.

라) ① 이 사건 매입처들 중 BBB은 과세관청의 조사 결과 2014년 제2기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(3,951,726,310원)의 98.4%(3,890,913,410원)가 실물거래 없는 가공거래로 확정되었다.

② BBB 대표자 △△△는 2012년까지 택시운수업 회사에 근무하였고 2012. 11. 건강식품 도소매 사업자로 등록하였다가 사업실적 없이 폐업하였으며, 과세관청의 조사 당시 의류 제조업을 영위하는 등, 고철․비철과 관련된 업종을 영위하거나 종사한 이력은 없었다.

③ BBB이 판매한 상품의 매입내역이 대부분 존재하지 않아 실거래 증빙의 근거로 제시한 계근표 등은 신뢰하기 어렵다.

④ BBB은 원고로부터 입금 받은 매출대금을 즉시 타 계좌로 송금하였고 그 후 송금된 금원이 현금인출기 내지 은행창구를 이용하여 전액 현금으로 인출되는 등 통상적인 거래형태로 보기 어려운 자금흐름이 발견되었다.

⑤ 피고는 △△△에게 2014년 제2기 과세표준에서 가공 매출가액을 감액하면서 세금계산서 불성실 가산세를 부과하는 경정결정을 하였고 △△△는 가공거래임을 전제로 2015. 7. 3. 피고에게 기납부한 가공 매출세액 389,091,340원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마) ① 이 사건 매입처들 중 ㈜CCC은, 과세관청의 조사결과 2014년 제1기및 제2기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(12,365,559,510원) 전액이, 2014년 제1기 과세기간 중 세금계산서 매입가액 신고액의 99.8%(4,588,625,180원)가, 2014년 제2기 과세기간 중 세금계산서 매입가액 신고액의 99.8%(7,668,931,860원)가 각 실물거래 없는 가공거래로 확정되었다.

② ㈜CCC은 2014. 4. 30. 첫거래 후 2개월 만에 매출가액 4,546,131,610원의 매출 세금계산서를 발행하였고, 매입가액 4,592,025,160원의 매입세금계산서를 교부받았는데 이는 통상적인 신규업체의 거래액으로는 보기 어렵다.

③ ㈜CCC 대표자 ▲▲▲은 2008. 이후 건설 관련 회사에서 근무하였고, 2012. 12. 21. 도소매․골재업을 영위하는 사업자로 등록한 후 2013. 12. 31. 폐업하는 등 고철․비철 업종에 종사한 적이 없었다.

④ ㈜CCC은 과세관청에 매입과 관련하여 사진 등을 근거자료로 제출하였으나, ㈜CCC에서 매입한 실제 물품은 확인되지 않았고, 실제 하역 과정이 촬영된 사진은 제출되지 않았다.

⑤ CC세무서장은 2015. 6. 8. 2014년 제1기, 제2기 각 매출가액과 매출세액을 감액하는 내용의 부가가치세 경정결정을 하였으나 ㈜CCC은 위 처분의 취소를 구하는 불복 절차를 진행하지 아니하였다.

바) ① 이 사건 매입처들 중 ㈜DDD은, 과세관청의 조사 결과 2014년 제1기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(20,943,005,230원)의 98.8%(20,693,552,980원), 2014년 제1기 세금계산서 매입가액 신고액(20,856,701,432원)의 96.2%(20,083,045,390원), 2014년 제2기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(28,099,623,740원)의 99.9%(28,099,543,740원), 2014년 제2기 세금계산서 매입가액 신고액(27,717,090,503원)의 98.3%(27,255,673,565원)가 각 실물거래 없는 가공거래로 확정되었다.

② ㈜DDD의 대표자였던 □□□는 일용근로 및 소액의 사업소득이 소득의 전부였고 그 외 □□□에게 고․비철 도매업 운영에 필요한 자금이나 재산은 확인되지 않았다.

③ ㈜DDD의 경우 매출세금계산서 발행시각보다 매입세금계산서 수취시각이 더 늦은 경우가 발견되었는데, 이는 매입처로부터 폐동을 매입한 후 매출처에게 폐동을 공급하는 통상적인 거래형태로 보기 어렵다.

④ ㈜DDD이 작성한 계량확인서에는 2014. 7. 17. 경기89사####호로 16시38분 파동 9,990kg을 상차 후 계근한 것으로 되어 있으나, 그보다 앞선 같은 날 16시 5분 원고에게 당해 계량확인서가 팩스로 전송되었고, 원고가 작성한 계량확인서에는 같은 날 18시 9분에 9,990kg을 계근한 것으로 기재되어 있는 등 위 계량확인서의 내용은 그대로 신뢰하기 어렵다.

⑤ D세무서장은 2015. 1. 19. 2014년 제1기 매출 공급가액 및 매출세액 중 가공세금계산서 부분을 감액하고 가산세를 부과하는 내용의 경정고지를, 2017. 1. 11. 2014년 제2기 매출 공급가액 및 매출세액 중 가공세금계산서 부분을 감액하고 가산세를 부과하는 내용의 경정고지를 하였고, ㈜DDD은 2018. 12. 11. 대한민국을 상대로 가공거래를 하였음을 인정하고 대한민국을 상대로 조세과오납반환등청구의 소(수원지방법원 2018구합73318)를 제기하였다.

사) ① 이 사건 매입처들 중 EEE은 과세관청의 조사 결과 2016년 제1기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(1,145,984,210원)이, 2016년 제2기 과세기간 중 세금계산서 매출가액 신고액(7,206,732,610원)이 각 실물거래 없는 가공거래로 확정되었다.

② 과세관청 조사 당시 EEE의 사업장은 대규모 폐동 거래가 가능한 시설 규모가 아니었으며, 조사기간 중 사업장에서 폐동 등의 재고는 확인되지 않았다.

③ EEE의 대표자 ■■■의 경우 근저당권이 설정된 창원 소재 주택과 월 200만 원 상당의 근로소득이 재산과 소득의 전부였으며 그 외 ■■■에게 고․비철 도매업 운영에 필요한 자금이나 재산은 확인되지 않았다.

④ EEE 구리전용계좌의 거래내역에 의하면, 매출처로부터 부가가치세를 제외한 공급가액이 입금되는 즉시 전액 현금으로 인출되는 등 통상적인 거래형태로 보기 어려운 자금흐름이 있었다.

⑤ 원고의 대표자 KKK은 2016년 1기 ~ 2016년 2기 매입거래분에 대하여 EEE로부터 고철을 매입하였다고 주장하며 거래에 사용된 81로#### 차량 사진과 매매중량이 3~4톤으로 기재된 계량확인서를 제출하였으나, 위 81로#### 차량의 화물적재량은 1.5톤으로 계량확인서에 기재된 매매중량 3~4톤을 적재하는 것은 불가능하였던 것으로 보이는 등 위 계량확인서의 내용을 그대로 신뢰하기 어렵다.

⑥ 2016. 8. 22. 자 거래의 경우 원고에게 고철이 도착하여 계량한 시간은 같은 날 18시 46분 ~ 18시 50분이나 세금계산서를 수취한 시간은 같은 날 9시 55분, 대금이 입금된 시기는 당일 10시 7분으로 매입한 고철을 확인하기도 전에 대금을 결제하고 매출세금계산서를 발급하였는데 이는 통상적인 거래형태로 보기 어렵다.

⑦ E세무서장은 2016년 제1기 매출 공급가액 및 매출세액을, 2016년 제 2기 매출 공급가액 및 매출세액을 감액하는 내용의 부가가치세 경정결정을 하였으나 EEE은 위 처분의 취소를 구하는 불복 절차를 진행하지 아니하였다.

아) ○○○, △△△, ■■■이 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의와 관련하여, ▲▲▲이 조세범처벌법위반 혐의와 관련하여 각 증거불충분을 이유로 ‘혐의없음’ 처분을 받은 사실은 인정되나, 이는 단지 피의자들에 대한 범죄사실을 인정할 증거가 충분하지 않다는 것에 불과하며, 검찰의 혐의없음 처분에 대해 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없고, 행정재판은 반드시 불기소처분사실에 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다고 할 것인데(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결, 대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 이러한 사정만으로 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라고 단정할 수 없다.

자) 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실제로 존재하였다면 앞서 본 바와 같은 원고의 거래 기간, 거래 규모 및 거래 구조 등에 비추어 실물거래의 이동을 확인할 수 있는 일련의 거래순서에 의한 자료들, 즉 각 거래에 관한 공급계약서, 일자별 화물차입․출고 및 물품 계량 내역 관련 자료, 재고 관리 자료, 주문서, 물품 수령확인서, 거래명세표, 거래 장부 등의 서류가 작성되고 각 거래의 개시 경위 및 구체적인 가격결정 합의경과 등에 관한 자료가 존재하여야 할 것으로 보임에도 그러한 자료는 보이지 않는다.

차) 원고는 조세특례제한법에 따라 구리스크랩전용계좌에 송금한 매입세액은 부가가치세법상 공제되는 매입세액이고, 매입세액 공제가 인정된다면 이 사건 세금계산서는 정상적인 세금계산서이므로, 피고는 세금계산서 불성실 가산세를 부과할 수 없다는 취지로도 주장한다.

그러나 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서임은 앞서 본 바와 같고 구리스크랩전용계좌로 이체된 금액이 있다고 하더라도 이로 인해 이 사건 세금계산서가 정상적인 세금계산서가 되는 것은 아니므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다[피고가 조세심판 과정에서 조세특례제한법 제106조의9에 따라 구리스크랩전용계좌를 통해 국고에 납부된 매입세액이 있는 것을 확인하고, 2024. 10. 30. 이를 부가가치세 매입세액 불공제액의 기납부세액으로 반영하여 부가가치세 본세, 과소신고 가산세, 납부불성실 가산세에 대해 직권으로 감액․경정하였으며, 원고에게 가공 세금계산서 수취를 이유로 세금계산서 불성실 가산세를 부과하는 경정을 하였음은 앞서 본 바와 같다].

나. 부과 제척기간 경과 여부

1) 관련 규정 내지 법리

조세범 처벌법 제3조 제6항에서는 “사기나 기타 부정한 행위”란 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 고의적으로 세금계산서 또는 세금계산서합계표의 조작, 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 말한다고 규정하고 있다. 장기부과제척기간 입법 취지에 대하여 조세 법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로 해당 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는데 있고(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 참조), 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 부정행위라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧 붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조). 이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고 납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는 여부에 따라 판단하여야 하며(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 참조) 한편, 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘부정행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’나 제47조의3 제1항 제1호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우‘에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 본 사실과 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 세금계산서와 관련한 부가가치세를 면탈하였고, 이로 인하여 원고는 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 사건 세금계산서를 이용한 매입세액 공제행위에 대하여는 10년의 부과제척기간이 적용되고, 이 사건 각 처분이 위 부과제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것임이 기간의 역수상 명백하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 세금계산서가 가공 세금계산서라는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항 제2호 및 제5호에서 규정하는 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’ 또는 ‘세금계산서의 조작’에 해당한다고 볼 수 있으므로 원고의 이러한 행위는 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다.

나) 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기가 매우 어렵다. 또한 자료상과 같이 매출에 상응하는 매입 없이 매출세금계산서만을 발급한 후 그에 따른 부가가치세를 납부하지 않고 단기간 내에 폐업하거나, 가공의 매출세금계산서를 발행하고 비슷한 금액의 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고․납부하였다가 추후 이러한 사실이 밝혀져 정당하게 부과된 부가가치세를 체납하는 경우에는 부가가치세가 채택하고 있는 전 단계 세액공제 방식이 제대로 작동하지 않게 됨으로써 필연적으로 국가의 조세수입에 누수를 가져온다.

다) 원고는 이 사건 세금계산서의 공급가액을 해당 과세기간의 부가가치세 과세표준에서 공제받음으로써 부가가치세를 과소신고하였고, 자료상으로 보이는 이 사건 매입처들로부터 이 사건 세금계산서를 수취하였으며, 그 과정에서 이 사건 매입세금계산서 발급에 따른 거래가 진정한 거래인 것처럼 금융거래 외관을 꾸미기도 하였는데 이러한 원고의 행위는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 볼 수 있다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.