주 문

1. 피고가 2025. 6. 11. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 317,238,020원의 부과처분 중 가산세 79,521,075원 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 6. 11. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 317,238,020원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 1. 31. ○○시 □□구 △△동 437 및 같은 동 437-1 양 지상 주택(이하 ‘이 사건 종전 주택’이라 한다)을 상속을 원인으로 취득하였고, 원고와 그 배우자인 AAA은 자녀들과 함께 거주하였다.

나. 한편 AAA은 2021. 5. 20. ●● ▲▲구 ■■동 564-36, 101동 402호 다세대주(이하 ‘이 사건 신규 주택’이라 한다)을 매매대금 2억 2,000만 원으로 하되 이 사건 신규 주택에 관한 기존 임대차계약(임대차기간 2021. 5. 20.부터 2023. 5. 20.까지)을 승계하는 조건으로 다른 이로부터 매수하였다. AAA은 2020. 11. 2. 매도인에게 매매대금(기존 임대차계약의 임대차보증금 제외)을 완납하고 이 사건 신규 주택에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2022. 2. 15. 이 사건 종전 주택을 11억 7,500만 원에 매도하고, 2022. 4. 20. 매수인에게 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

라. AAA이 위와 같이 이 사건 신규 주택을 취득할 당시 이 사건 신규 주택과 이 사건 종전 주택은 모두 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있었다. 원고는 이 사건 종전 주택의 양도에 관하여 일시적 1세대 2주택으로서 1세대 1주택으로 보는 특례에 따라 양도소득세 비과세에 해당한다는 내용으로 2022. 4. 22. 2022년 귀속 양도소득세 신고를 하였다.

마. 피고는 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제155조 제1항 제2호의 일시적 1세대 2주택 비과세 특례상 신규 주택 전입요건이 충족되지 않았다는 이유로 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 부인하여, 2025. 6. 11. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 317,238,020원(가산세 79,521,075원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. 8. 20. 심판청구를 제기하였으나 조세심판원으로부터 2025. 11. 27. 기각 결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라한다)은 1세대 1주택 비과세를 규정한 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 위임 범위를 일탈하였고, 헌법 제75조에 위배되어 무효이다. 이 사건 시행령 조항의 전입요건은 재산권 침해, 평등원칙 위반 등 위헌적 요소가 있어 반성적 고려에서 2022. 5. 31. 삭제되었으므로 이 사건 종전 주택의 양도에는 전입요건이 삭제되어 개정된 소득세법 시행령이 소급 적용되어야 한다.

2) 교사이던 원고의 배우자는 임대차 존속 중인 이 사건 신규 주택을 취득함으로써 임대인의 지위를 승계하였고, 원고 부부 자녀들의 건강과 학업을 위하여 원고의 배우자가 세대분리하여야 할 상황이 발생하여 배우자만 이 사건 신규 주택에 전입신고하였다가 가정사로 사정 변경하게 된 것인바, 원고로서는 이 사건 종전 주택을 팔고 이 사건 신규 주택을 취득하는 과정에서 사회통념상 일시적으로 주택을 중복소유하게 되었을 뿐 실질적으로 1주택을 소유한 것이고 투기 목적도 없는바, 일시적 1세대 2주택 특례의 입법 취지, 원고의 이 사건 종전 주택 매도 및 이 사건 신규 주택 매수 경위 등에 비추어 이 사건 종전 주택의 양도는 실질적으로 1세대 1주택의 양도로 보아야 한다. 원고에게 1세대 1주택 비과세 적용이 이루어져야 함에도 이를 배제한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 한편, 원고는 이 사건 신규 주택의 전 소유자와 기존 임차인 사이의 임대차계약이 이 사건 신규 주택 취득 1년 후까지도 종료되지 않아 이사 및 전입신고를 하지 못한 것이므로, 이 사건 시행령 조항의 내용에 비추어 볼 때, 위 임대차계약 종료일 다음날을 위 가산세의 기산일로 보는 것이 타당할 것인바, 적어도 위 임대차계약 종료일까지의 기간에 대한 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 법령 및 법리

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

2) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호는 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택과 주택부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다.’라고 규정하면서, 가목에서 ‘1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택’을, 나목에서 ‘1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하는 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택’을각각 들고 있다. 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문은 ‘법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다.’라고 규정하고 있고, 제11항은 ‘법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.’라고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 전문은 1세대 1주택의 특례에 관하여 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법

시행령 제155조 제1항 제2호 본문 및 각 목은, 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하는 경우에는 ’신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 주민등록법 제16조에 따라 전입신고를 마칠 것‘(가목)과, ’신규주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도할 것‘(나목)의 요건을 모두 충족하여야 한다고 규정하고 있고, 위 제2호 단서는 ’신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 위 가목 및 나목의 기간을 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.‘라고규정하고 있다.

3) 위 각 규정의 문언 내용과 체계, 입법 취지 등을 종합하면, 일시적 1세대 2주택 비과세 특례가 적용되기 위한 신규 주택 전입요건에 관하여 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 경우의 특칙을 규정한 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서에서 말하는 ’그 임대차기간이 끝나는 날‘은, 종전의 주택을 양도한 자가 신규 주택을 취득한 시점을 기준으로, 신규 주택의 양도인인 기존 임대인과 기존 임차인 사이에 적법하게 체결되어 존속하는 신규 주택 관련 임대차계약에서 정한 ’임대차기간 종료일‘을 의미한다. 따라서 종전의 주택을 양도한 자가 신규 주택을 취득한 이후에 기존 임차인과 사이에 임대차기간을 연장하거나 이를 갱신하기로 하는 약정을 체결한 데 따른 임대차기간의 종료일은 여기에 포함되지 않는다고 보아야 한다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서 중 ’신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.‘라는 부분은 위와 같은 취지를 확인하는 규정이다. 한편 종전의 주택을 양도한 자가 신규 주택을 취득하면서 주택임대차보호법 제3조 제4항에 따라 신규주택에 관한 기존 임대인의 지위를 승계하였는지 여부는, 구 소득세법 시행령 제155조제1항 제2호 단서의 법문언에 따라 그 전입요건의 충족 여부를 판단하는 데에 영향을미치지 않는다.

다. 판단

1) 이 사건 시행령 조항의 무효 여부

가) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호에서 1세대 1주택에 대하여 양도소득세 비과세를 규정한 취지는 국민의 주거생활 안정 및 거주이전의 자유를 보장하기 위한 것이고,주택 투기는 경제사정, 국민심리, 부동산정책 등 여러 사정에 영향을 받으므로 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 법률로 모두 규율하기 어려우며, 대통령령으로 정하여질 사항은 주택의 보유기간이나 일시적 다주택소유 등 투기적 목적의 인정 여부와 관련된 사항이 될 것임을 예측할 수 있어, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호가 포괄적 위임에 해당하여 조세법률주의에 반한다고 할 수 없다(헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바 27 결정 참조).

나) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 범위와 판단기준 등을 대통령령에 위임하였다. 조정대상지역 내 종전주택을 양도하기 전에 조정대상지역 내 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 소득세법시행령 제155조 제1항 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다.

이 사건 시행령 조항은 ’신규주택 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고‘까지 마칠 것을 요구하여, 조정대상지역 내 일시적 2주택자 비과세 요건을 강화하였다. 위 시행령 규정은 주택시장을 거주목적의 실수요 중심으로 개편하기 위해 실거주하지 않는 주택의 양도차익에 대한 과세를 강화해 나가기 위한 목적으로 추가되었다.

다) 전입신고는 실제 거주 이전 사실을 확인하기 위한 것이다. 비과세 요건으로 ’거주‘를 요구하는 것은 거주목적의 실수요 중심으로 비과세 요건을 강화하고자 하는 것이어서, 이는 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 구체화한 것으로 볼 수 있다.

이에 더하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 입법취지, 실제 주택 수요를확인하기 위해 거주 여부를 확인하는 것은 정책 목적을 달성하기 위한 합리적인 수단인 점 등을 고려하면, 이 사건 시행령 조항은 주택 투기 방지를 위한 법령 목적 범위내에 충분히 포함되고 법률의 위임 범위를 벗어나 명확성의 원칙이나 조세법률주의에위배되었다고 볼 수 없다.

라) 한편 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 소득세법 시행령(이하 ‘개정소득세법 시행령’이라 한다)에서 이 사건 시행령 조항은 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’로 개정되어 전입요건에서 종전주택 vs 신규주택 적용을 제외하고 있기는 하다.

그러나 위 개정규정의 소급적용에 관한 부칙 규정은 따로 마련되어 있지 않다. 더구나 국가의 조세정책은 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정규정이 입법의 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는, 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입

법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보아야 한다. 따라서 위 개정규정을 그 시행전에 있었던 이 사건 종전주택 양도에 소급하여 적용할 수는 없고, 위 신설규정을 두지 않았던 것이 입법의 흠결에 해당한다고도 볼 수 없다.

2) 이 사건 시행령 조항의 적용 여부

가) 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다(국세기본법 제14조 제2항).

세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다(국세기본법 제18조 제1항).‘1세대 1주택’의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 참조). 나아가 대체취득을 위한 일시적 1세대 2주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세하는 특례를 둔 취지는 1주택을 보유한 1세대가 다른 주택으로 거주를 이전하는 과정에서 과도기에 일시적으로 2주택을 보유하게 되는 경우 장기적으로 보면 계속 1주택만을 보유한 것으로 볼 수 있고, 이러한 특례가 없을 경우 종전 주택 처분 후 신규 주택 취득 전까지 무주택의 상태를 요구하게 되어 주거생활의 안정을 해치고 거주이전의 자유를 침해하게 될 우려가 있기 때문이다

나) 앞서 본 증거들과 갑 제1~10, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 아래와 같은 사실들 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 ‘신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대 전원이 이사’한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 1세대 1주택의 특례 규정을 적용할 수 없다고 판단된다.

① 원고가 종전주택을 양도하고 매수인에게 소유권이전등기를 마쳐 준 2021. 4. 1. 원고, AAA은 함께 **시 ##구 @@로15, 106동 1202호(@@동, **역푸르지오자이, 이하 ‘소외 주택’이라 한다)에 전입신고를 하였다.

② 전입신고의 요건인 ‘거주지를 이동한 때’라 함은 30일 이상 생활의 근거로서 거주할 목적으로 거주지를 실질적으로 옮기는 것을 의미하는데, AAA만 이 사건 종전주택에서 전출하여 2021. 5. 24. 여전히 종전 임차인이 거주하고 있을 이 사건 신규 주택에 전입신고를 하였다가 2021. 12. 9. 다시 이 사건 종전 주택으로 전출한다. 이 사건 신규 주택에 관한 원고 배우자의 취득시기 및 취득경위, 이 사건 신규 주택에 관하여 이루어진 임대차계약의 승계 경위와 내용, 이 사건 신규 주택에 원고의 실제 거주여부 등을 종합하여 보면, 원고로서는 이 사건 신규 주택을 취득할 당시 실거주 의사가 없었고, 원고 배우자만의 이 사건 신규 주택에 대한 짧은 기간 동안의 전입신고는 오로지 위 특례규정의 적용을 받기 위하여 형식적으로 이루어진 것에 불과한 것으로 보이는바, 이와 같은 해석이 조세법률주의에 반한다고 보기도 어렵다.

③ 원고 부부 장남의 질병 치료와 대학생인 차남의 학업 계속 및 이 사건 신규 주택에 관한 경매절차 진행 등 사정 등은 이 사건 시행령 조항이 위임한 소득세법 시행규칙 제72조 제7항이 정하는 ‘부득이한 사유’에 해당하지 아니한다.

3) 가산세에 관한 주장에 대한 판단

가) 납세의무자는, 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호에 따라 국세를 과소신고한경우, 과소신고납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 과소신고가산세로 부담하고, 국세기본법 제47조의4 제1항 제1호에 따라 법정납부기한까지 국세를 과소납부한 경우, 과소납부세액에 대해 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간 동안 납부지연가산세를 부담하며, 소득세법 제105조 제1항 제1호에 따라 부동산을 양도한 경우, 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월까지 양도소득세를 예정신고․납부하여야 한다.

한편, 정부는 국세기본법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 등에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다(국세기본법 제48조 제1항 제2호).

나) 이 사건 시행령 조항의 경우 비과세 특례 여부가 사후적으로 밝혀짐으로써 피고가 원고에 대한 과소신고 및 납부지연 가산세 산정을 위한 기산일을 이 사건 양도에 대한 양도소득세의 예정신고․납부기한의 다음 날로 할지 아니면 이 사건 신규 주택의 전 소유자와 기존 임차인 사이의 임대차계약이 종료일 다음 날로 보아야 할지는 해석상 충분히 다툼이 있을 수 있는 점, 따라서 원고로서는 양도소득세 예정신고․납부 당시 이 사건 신규 주택으로의 이사․전입 요건이 충족되지 않는 경우에 비과세 특례 규정이 적용되지 아니함을 미리 인지하거나 충분히 알 수 있었다고 보기 어려운 점, 이 사건 시행령 조항에 기한 1세대 1주택 비과세 특례 적용에 이 사건 신규 주택에 관한 기존 임대차계약이 법률상 사실상 주요 장애사항이었는데 이 사건 신규 주택이 경매 결과 2025. 3. 13.에서야 기존 임차인에 낙찰되어 결국 원고 가족은 조금도 거주할 수 없었던 점 등을 고려하면, 원고가 불가피한 사정으로 이 사건 신규 주택에 관한 종전 임대차계약 만료일까지 이사 및 전입신고를 할 수 없었다고 보아 위 사정이 국세기본법 제48조 제1항의 가산세 면제 사유에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 가산세 부분은 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.