1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 ① 2023. 11. 16. 부과한 2021년도 종합부동산세 149,601,080원, 농어촌특별세 27,532,840원, ② 2023. 11. 16. 부과한 2022년도 종합부동산세11,986,321원, 2022년도 농어촌특별세 2,194,382원, ③ 2023. 11. 21. 부과한 2023년도 종합부동산세 2,396,117원, 2023년도 농어촌특별세의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고는 종중으로, ○○시 ○○읍 ○○리 00 대 330㎡ 및 같은 리 00 대 2,988㎡(이하 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하고 있다.

 나. 피고는 이 사건 토지 위에 서HH, 김BB, 장CC, 정DD(망 정EE의 상속인이다), 황FF, 망 손GG이 각 주택 건축물을 소유하고 있다는 이유로, 위 각 건축물의 부속토지를 원고 소유의 주택 수에 산입하여 원고에 2023. 11. 16. 2021년 귀속 종합부동산세 149,601,080원, 농어촌특별세 27,532,840원 및 2022년 귀속 종합부동산세 18,144,490원, 농어촌특별세 3,319,100원을, 2023. 11. 21. 2023년 귀속 종합부동산세 4,321,150원, 농어촌특별세 864,230원을 각각 부과하였다.

 다. 원고는 2024. 2. 2. 조세심판원에 위 각 부과처분에 대하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 12. 27. ‘망 손GG 소유의 주택 건축물이 2021. 12.경 철거되었으므로 위 건축물의 부속토지를 주택 수에 산입하여 2022년 및 2023년 각 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 것은 위법하다’는 취지로 위 심판청구 중 일부를 인용하였다.

 라. 피고는 위 심판청구 결정을 반영하여 2025. 1. 10. 원고에 위 각 부과처분 중 2022년 귀속 종합부동산세를 11,986,321원으로, 농어촌특별세를 2,194,382원으로, 2023년 귀속 종합부동산세를 2,396,117원으로, 농어촌특별세를 479,223원으로 변경하는 내용의 경정․고지를 하였다(이하 위와 같이 변경된 경정․고지가 반영된 위 각 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 종합부동산세법 제8조 제4항, 실질과세의 원칙 등에 비추어 볼 때 주택 건축물을 소유하지 않고 그 부속토지만을 소유하는 자는 주택을 소유한다고 볼 수 없으므로, 그 부속토지에 대하여 주택분 종합부동산세를 부과하여서는 안 된다(이하 ‘주장①’이라 한다).

2) 타인이 무단으로 건축한 주택 건축물의 부속토지를 주택으로 보아 주택분 종합부동산세를 부과하는 것은 종합부동산세법의 입법 취지 및 헌법상 자기책임의 원칙 등에 반하므로, 이 사건 토지 위에 무단 건축된 장CC, 정DD, 황FF, 망 손GG 소유의 주택 건축물의 부속토지를 원고의 주택 수로 산입하여서는 안 된다(이하 ‘주장②’라 한다).

나. 주장①에 대한 판단

1) 주택법 제2조 제1호는 주택에 ‘세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물’뿐만 아니라 ‘그 부속토지’가 포함되는 것으로 규정하고, 지방세법 제104조 제3호는 위 주택법 제2조 제1호에 따른 주택 개념을 원용하며, 지방세법 제107조 제1항 제2호는 ‘주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우, 그 주택에 대한 재산세 산출세액을 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산한 부분에 대하여 각 소유자는 각자 재산세를 납부할 의무가 있다’고 규정하여, 결국 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있다. 그리고 종합부동산세법에 의하면 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 주택에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있고(제7조 제1항),3) 여기서 ‘주택분 재산세’는 위 지방세법 규정에 따른 주택분 재산세와 동일하다(제2조 제3, 5호).

이들 규정의 문언 내용에 아울러 2005. 1. 5. 재산세 개편 및 종합부동산세 도입 이전에는 주택의 건축물과 부속토지를 구분하여 각각 재산세와 종합토지세의 과세대상으로 삼았던 점 등을 종합하여 보면, 주택 건축물의 부속토지만을 보유하더라도 부속토지 소유자는 주택에 대한 종합부동산세의 납세의무자가 되고, 과세표준 및 세율을 정함에 있어 부속토지가 주택 수로 산입된다고 봄이 타당하다.

2) 종합부동산세법은 2009. 5. 27. 법률 제9710호로 개정된 이후 현재에 이르기까지 제8조 제4항을 통하여 ‘주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 정함에 있어 1주택 (주택의 부속토지만을 소유한 경우는 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다’고 규정한다.

① 위 규정은 그 문언상 ‘주택의 부속토지만을 소유한 경우’도 1주택에 해당함을 전제하고 있고, 그 문언에 의하면 주택의 부속토지만을 소유한 1주택자는 다른 주택의 부속토지를 함께 소유하더라도 1세대 1주택에 해당하지 않는 점, ② 종합부동산세법이 2009. 5. 27. 법률 제9710호로 개정된 이유는 ‘하나의 주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우는 제외)과 다른 주택의 부속토지만을 함께 소유한 자에 대한 종합부동산세 부담을 완하하여 주기 위하여 1세대 1주택자로 간주하는 것’인 점(법제처 법률 개정 이유 참조), ③ 종합부동산세법은 고액의 부동산 소유자에 대하여 누진세율에 따른 종합부동산세를 부과함으로써 과도한 주택 보유 및 투기적 수요 등의 억제를 통하여 주택 가격 안정 및 국민경제의 건전한 발전이라는 정책 목적을 추구하고자 하는 데에 그 취지가 있는데(종합부동산세법 제1조 및 헌법재판소 2008. 11. 13. 선고 2006헌바112 결정 등 참조), 주택 건축물을 소유하지 않았다는 사정만으로 부속토지만을 보유하는 소유자에게 주택분 종합부동산세 납세의무가 면제될 경우 다수의 주택 부속토지만을 보유한 소유자를 주택분 종합부동산세 납세의무자에서 제외하는 결과에 이르게 되고, 이는 위 종합부동산세법 취지에 반하는 면이 상당한 점 등을 종합하여 보면, 위 규정은 주택의 부속토지만을 소유한 경우도 원칙적으로 주택을 소유한 경우에 해당한다는 전제 아래 1세대의 세대원들이 1주택과 함께 다른 주택의 부속토지만을 1개 소유하고 있는 경우에는 예외적으로 그 다른 주택의 부속토지를 주택으로 보지 않음으로써 그 1주택 소유자를 1세대 1주택자의 범위에 포함한다는 의미라고 봄이 타당하다.

3) 위와 같은 사정을 종합하여 보면, 주택 건축물을 소유하지 않고 그 부속토지만을 소유하는 자 역시 주택 소유자로서 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 되므로, 주장①은 이유 없다.

다. 주장②에 대한 판단

1) 종합부동산세법은 일정액 이상의 고가 주택 보유자에게만 누진세율에 따른 종합부동산세를 부과하여 주택에 대한 과도한 보유 및 투기적 수요 등의 억제를 통하여 가격의 안정이라는 정책 목적을 추구하고자 하는 데에 그 취지가 있으므로, 종합부동산세의 성립요건으로서 지방세법 제104조 등의 주택의 개념을 정함에 있어서는 위와 같은 정책 목적이 고려되어야 한다.

이러한 점에서 보았을 때 ① 해당 토지를 불법으로 점유하는 자가 토지 소유자의 의사에 기하지 아니하고 그 지상에 무단으로 주택을 건축하여 사용한 경우로서, ② 토지 소유자에게 주택을 보유할 의도나 투기적인 목적이 전혀 없고, ③ 제3자가 토지 지상에 주택을 건축하는 과정에서 토지 소유자가 관여하거나 이를 승낙하였다는 사정 또는 토지 소유자가 이를 추인하거나 그 주택을 그대로 유지함으로써 주택 소유자로부터 토지의 사용 대가를 받는 등 주택의 부속토지로서의 사용을 용인하였다고 볼 만한 사정이 없다면, 해당 토지를 주택의 부속토지로 간주하지 아니함으로써 토지 소유자를 주택분 종합부동산세의 납세의무자에서 제외할 여지가 있다. 그러나 종합부동산세법에 의하면 위 나. 1)에서 본 것과 같이 주택 부속토지만을 보유한 소유자는 원칙적으로 주택분 종합부동산세 납세의무를 부담하므로, 이에 대한 예외에 해당하는 ‘토지를 주택의 부속토지로 볼 수 없는 특별한 사정’에 관하여는 그와 관련한 증빙자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 그에 대하여 합리적인 정도로 증명할 필요가 있다.

2) 그런데 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 각 사정, 즉 ① 원고는 2005년경에 이르기까지 장CC, 망 정EE, 황FF에 대하여 원고 측 종손의 의사를 존중하여 매년 이들이 소유하는 주택 건축물 부속토지에 대한 공시지가의 0.75% 정도의 금액을 임대료 명목으로 지급받아 온 것으로 보이고(갑 제8호증의3, 9호증의3, 10호증의3 각 참조), 이후에도 일정 금액을 지급받아 온 것으로 보이는 점, ② 원고가 2021. 8.경 장CC, 망 정EE, 황FF 측에 보낸 ‘측량결과 및 토지임대차계약 체결안내’에는, 2011. 8.경 장CC, 망 정EE, 황FF과 토지임대차계약을 체결하였다는 기재가 있기도 한 점(갑 제8호증의2, 갑제9호증의2, 갑 제10호증의2 각 1면 4.항 참조), ③ 위와 같이 지급받은 금액이 협의되었거나 협의하려던 차임에 미치지 못하였던 것으로 보이기는 하나, 원고는 수령한 금액을 계속 보유하면서, 2006 내지 2008년경 및 2021년경 장래 지급될 임료를 증액한다는 내용의 문서를 장CC, 정DD 내지 망 정EE, 황FF에게 보낸 것으로 보이는 점, ④ 원고가 장CC, 정DD, 황FF에 대하여 주택 건축물 철거 및 부속토지 인도 등을 청구하는 조정신청을 하여 장CC, 정DD과 사이에 조정이 성립되었고(PP지방법원 QQ지원 2024머0000), 황FF에 대하여는 조정이 성립되지 아니하여 진행된 소송에서 원고의 청구를 인용하는 판결이 선고되기는 하였으나[PP지방법원 QQ지원 2024가단0000, 이에 불복하여 황FF이 항소하였으나 항소심은 그 항소를 기각하였고(RR고등법원 2025나0000), 이에 불복한 황FF이 상고하여 현재 상고심 계속 중이다(2026다0000)], 위 조정신청 및 소송 진행은 이 사건 부과처분 이후에 이루어진 점, ⑤ 원고가 2020. 7.경 망 손GG의 상속인들에 대하여 주택 건축물 철거 및 부속토지 인도 등을 구하는 소송을 제기하였다가, 위 상속인들의 2021. 12.경 위 건축물 철거 및 부속토지 인도 이후 위 소를 취하하기는 하였으나, 위 소송 경과 외에 망 손GG의 부속토지 사용대가 지급 여부에 관한 자료 등 망 손*동의 부속토지 사용 경위에 관한 객관적인 자료를 찾아볼 수 없고, 앞서 본 사정들에 의하면 망 손*동에 대하여도 일정 금액을 지급받았을 가능성이 큰 점 등을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사정들과 현재까지 제출한 증거들만으로는 예외적으로 장CC, 정DD, 황FF, 망 손GG 각 소유 주택 건축물의 부속토지를 주택분 종합부동산세 산정의 기초가 되는 주택에서 배제할 수 있는 특별한 사정이 있다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 주장②도 이유 없다.

4. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.