주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 10. 20. 원고에게 한 2014년 귀속 법인세 xx,xxx,xxx원과 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 소득처분 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유 주장은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심에 제출된 증거를 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 6쪽 13행 아래에 다음과 같은 내용(관련 법리)을 추가하고, 14행 첫 머리에 “3)”을 추가한다.

【1) 과세예고통지는 주로 과세전적부심사의 선행 절차로서의 의미를 가진다. 즉, 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다. 그러나 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개

정되기 전의 것) 제81조의15 제3항 제3호 규정의 예외사유가 있어 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 경우에도 과세예고통지를 받은 납세자는 과세처분 전에 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있고, 조기결정신청권을 행사함으로써 가산세를 줄이는 이익을 누릴 수도 있는 등 과세전적부심사 외에도 과세예고통지에 관한 일정한 절차적 이익을 가진다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 등 참조).

2) 과세처분 이후에 행하여지는 심사․심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다(대법원 2025. 6. 12. 선고 2025두31960 판결 등 참조).】

○ 제1심판결문 8쪽 7행부터 9쪽 7행까지의 내용을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

【5) 다만, 앞서 든 증거에 의해 인정되는 아래 사정들을 종합하면, 피고가 원고의 파산관재인에게 이 사건 세무조사 참여의 기회를 부여하지 않고 세무조사결과통지 및 과세예고통지를 하지 않은 채 이 사건 처분을 한 것이 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙상 납세자의 절차적 권리를 침해하여 그 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자에 해당한다거나 그 하자가 객

관적으로 명백하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 원고는 피고가 1차 세무조사 사전통지(2016. 7. 26.)를 한 이후에 세무조사 연기 신청(2016. 8. 8.)을 하였고, 이에 피고는 2016. 9. 21. 원고에게 세무조사 기간을 ‘2016. 9. 22.부터 2016. 10. 21.’까지로 정하여 2차 세무조사 사전통지를 하였는데, 이 사건 파산선고는 이 사건 세무조사가 개시된 이후인 2016. 9. 23. 이루어졌다. 피고는 이 사건 세무조사 당시 원고의 대표이사 AAA을 상대로 세무조사를 실시하였고 원고의 파산관재인이 위 세무조사 절차에 참여하지는 않았으나, 원고의 경영사정을 잘 알고 있는 AAA을 세무조사에 참여하도록 하여 소명의 기회를 부여한 것은 오히려 원고에게 유리한 사정으로 보이고 특별히 원고에게 불리하다고는 볼 수 없다(특히 위 세무조사가 개시된 후에서야 원고의 파산관재인이 선임되었다는 점을 고려한다면 더욱 그러하다)¹⁾.

② AAA(파산 선고 당시 원고 대표이사)은 이 사건 세무조사 과정에서 소명의기회를 부여받고도 ‘서류를 찾을 수 없고 거래내용이 무엇인지 알 수 없어 소명자료 제출이 불가능하다’, ‘소명을 하고 싶지만 그러지 못하여 죄송하고 선처를 바란다’는 취지의 진술서(2016. 10. 11. 을 제9호증)만을 제출하였을 뿐, 달리 이 사건 매입세금계산서가 가공의 것이 아님을 적극적으로 다투지는 아니하였다.

③ 과세예고통지는 납세자로 하여금 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사에서 자신의 권익을 보호하고 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 수 있도록 할 뿐만 아니라 조기결정신청권을 행사하여 가산세를 줄이는 등 이익을 누릴 수도 있게 하는 기능을 가진다. 이 사건 파산선고 전에 이미 세무조사가 개시된 상황에서 AAA(원고 대표이사)에 대한 세무조사결과통지 및 과세예고통지로 파산채무자인 원고는 이 사건 세무조사 결과와 과세예고의 내용을 충분히 알 수 있었고, 그 대표이사 AAA은 과세전적부심사를 포기하고 이 사건 조기결정신청을 함으로써 과세예고된 내용에 대한 이의가 없다는 의사표시를 하였다. 즉, 원고는 이 사건 처분이 이뤄지는 과정에서 과세예고통지 등을 통해 보호하고자 하는 권리나 이익을 사실상 보장받았다고 볼 수 있고, 이와 별도로 원고의 파산관재인에게 세무조사결과통지 및 과세예고통지가 이루어지지 않았다고 하더라도 이로 인해 납세자에 대하여 중대한 절차적 권리가 침해되었다고 단정하기 어렵다(특히 이 사건 소득처분과 관련해서는 원고의 파산관재인보다는 원고 대표이사 AAA의 절차적 참여 기회가 보장될 필요가 있었음은 앞서 본 바와 같다).

④ 관련 규정에 따라 조기결정신청을 하였다고 하여 이후 이루어지는 과세처분에 대한 불복권이 제한되는 것은 아니다. 납세자는 조기결정에 따른 과세처분을 받은 이후에도 해당 처분이 위법․부당하다고 판단되면 불복절차를 통해 이를 다툴 수 있다.

그런데 원고의 파산관재인은 이 사건 처분을 통지받고도 불복기간 내에 과세처분의 위법을 다투지도 아니하였다.

⑤ 무엇보다도 이 사건 처분의 당연무효를 주장하고 있는 원고 측이 이를 적극적으로 증명해야 하는 이 사건에서, 위 과세처분 후 이미 상당한 시간(약 10년)이 경과하여 증거자료의 확보가 용이하지 않고²⁾, 이 사건 처분에 원고가 주장하는 절차적 하자가 있다고 하더라도, 당심까지 제출된 증거들 및 원고의 증명활동(파산관재인에 대한 사실조회신청 포함) 등에 비추어 볼 때, 제1심 판단과 달리 이 사건 처분이 당연무효라고 판단하기에는 여전히 증거가 부족하다고 할 것이다. 】

2. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 나아가 법인에 대한 세무조사는 법인 자체를 대상으로 하는 것이고 다만 파산재단에 속하는 재산의 관리처분권이 법인의 파산관재인에게 전속될 뿐이므로(채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제384조 참조), 이 사건에서 법인에 대한 세무조사가 반드시 원고의 “파산관재인”만을 상대로 이루어져야 하는 것도 아니다. 예컨대 파산재단에 속하지 않는 재산에 대한 관리처분권은 채무자가 그대로 보유할 수 있고, 따라서 파산선고 후에 발생한 조세채권 중 일부분(재단채권에 해당하지 않는 조세채권, 즉 ‘파산채권도 아니고 재단채권도 아닌 조세채권’)에 대한 납세의무자는 파산관재인이 아니라 파산채무자인 경우도 있다(대법원 2017. 11. 29. 선고 2015다216444 판결 참조).

  이 사건 세무조사에서 원고 대표이사 AAA이 특히 소명하고자 하였던 ‘2014년 2기 확정 부가가치세 신고 시 원고가 거래처 W회사로부터 수취한 공급가액 2억 원의 매입세금계산서’ 부분(가공 매입세금계산서 여부), 특히 대표자 AAA에 대한 소득금액 변동에 따른 소득금액(220,000,000원), 원천징수 예상세액(xx,xxx,xxx원) 부분(갑 제1호증 참조)과 관련해서는 파산관재인보다는 원고 법인 대표자 AAA의 절차적 참여 기회가 더 보장될 필요가 있었다. 이 점은 AAA이 국민권익위원회에 제기한 고충민원의 내용을 보더라도 그러하다(갑 제4호증 1, 2쪽 참조).

  법인세 및 부가가치세 결정(경정) 과세표준 부분과 관련해서는 여전히 원고 법인이 아니라 파산관재인의 절차적 참여가 보장될 필요가 있다고 하더라도, 앞서 본 여러 사정들[특히 세무조사 개시 전에 이미 1차 및 2차 세무조사 개시 통보가 원고법인에게 이뤄졌고 원고 법인 대표자 AAA이 세무조사에 관여하였던 점, 세무조사 개시 후 연이어 선임된 파산관재인도 파산선고 전에 이뤄진 세무조사 개시 통보 및 세무조사 등에 관하여 전혀 몰랐다고 보기 어려운 점(원고 주장에 의하더라도 파산관재인이 원고 법인과 관련된 서류 일체를 확보하였다는 것이고, 그 중 세무조사 관련 서류는 재단채권의 내용과 범위에 영향을 줄 수 있는 중요한 서류이기 때문임), 파산관재인의 절차적 참여가 인정될 경우에 보장될 수 있는 ‘조기결정신청권’ 등이 원고 법인 대표자 AAA에 의해 실제로 행사되었던 점(갑 제2호증), 그 후 이 사건 납세고지서는 파산관재인에게 적법하게 송달되었고 그 후 파산관재인으로부터 별다른 이의제기, 조세심판 청구, 조세소송 제기 등이 없었던 점] 등에 비추어 세무조사결과통지, 과세예고통지 등에 일부 하자가 있었다고 하더라도, 이로 인하여 원고의 파산관재인의 절차적 권리를 침해하여 이 사건 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자에 해당한다거나 그 하자가 객관적으로 명백하다고 볼 수 없다.