1. 사실관계

○질의인 창업중소기업 등에 대한 세액감면이 적용(100%)되는 사업장과 적용되지 않는 사업장을 영위하고 있음

 - ’23년 보다 ’24년 상시근로자 수가 4명 증가하여 ’24년 귀속 종합소득세 신고 시 통합고용세액공제 및 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용할 예정

2. 질의내용

○통합고용증대 세액공제와 창업중소기업 등에 대한 세액감면 중복 적용 시 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 방법

- (1안) 산출세액에서 창업 세액감면 공제액 계산

- (2안) 산출세액에서 통합고용증대세액공제를 제외한 후 창업 세액감면 공제액 계산

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다

○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 3개 과세연도(2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외한다) 중 1개 이상 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업이 아닌 내국인은 해당 과세연도에 대통령령으로 정하는 고용증가 인원 수(이하 이 조에서 "최소고용증가인원수"라 한다)를 초과하여 상시근로자의 수가 증가한 경우에만 공제하며, 그 공제 금액은 제1호의 금액과 제2호의 금액을 더한 금액에서 제3호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제62조제4항, 제63조제1항, 제63조의2제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제99조의9제2항, 제99조의11제1항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항 및 제121조의33제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제8조의3, 제13조의2, 제24조, 제25조의6, 제25조의8, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의35, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7 또는 제29조의8을 동시에 적용하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 부칙 <제20617호,2024.12.31>

 제2조(창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제6조제7항ㆍ제13항 및 제127조제4항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용한다.

○ 소득세법 제55조 【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

○ 소득세법 제59조의5 【세액의 감면】

① 종합소득금액 중 다음 각 호의 어느 하나의 소득이 있을 때에는 종합소득 산출세액에서 그 세액에 해당 근로소득금액 또는 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 감면한다.

 1. 정부 간의 협약에 따라 우리나라에 파견된 외국인이 그 양쪽 또는 한쪽 당사국의 정부로부터 받는 급여

 2. 거주자 중 대한민국의 국적을 가지지 아니한 자가 대통령령으로 정하는 선박과 항공기의 외국항행사업으로부터 얻는 소득. 다만, 그 거주자의 국적지국(國籍地國)에서 대한민국 국민이 운용하는 선박과 항공기에 대해서도 동일한 면제를 하는 경우만 해당한다.

② 이 법 외의 법률에 따라 소득세가 감면되는 경우에도 그 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 제1항을 준용하여 계산한 소득세를 감면한다.

○ 소득세법 제60조 【세액감면 및 세액공제 시 적용순위 등】

① 조세에 관한 법률을 적용할 때 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 다음 각 호의 순서로 한다.

 1. 해당 과세기간의 소득에 대한 소득세의 감면

 2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 과세기간 중에 발생한 세액공제액과 이전 과세기간에서 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 "소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3제3항, 제10조, 제12조제2항, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제25조의8, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의3, 제122조의4제1항, 제126조의3제2항 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제63조, 제64조, 제96조, 제96조의2, 제99조의9, 제102조, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지, 제121조의33에 따른 소득세의 면제 및 감면. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

 가. 제6조제1항또는제6항, 제12조의2, 제99조의9, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지, 제121조의33에 따라 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.