이 유

1. 처분개요

가. 사실관계

 1) 부부인 청구인 최○○, 박○○은 2009.2.23. 서울 서초구 반포동 2-1 소재 신반포1차아파트(이하 “구주택”이라 한다)를 공동(6:4)으로 취득하고 2019.8.30. 구주택의 재건축(2016.8.30. 사용승인)으로 분양받은 서울 서초구 반포동 2-12 소재 반포아크로리버파크(이하 “신주택”이라 한다)를 양도한 후, 구주택 취득일부터 신주택 양도일까지 10년간 장기보유한 것으로 보아 ‘1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제’의 공제율을 80%로 적용하여 2019.9.5. 2019년 과세연도 양도소득세를 신고·납부하였다.

 2) 부부인 청구인 김○○, 김○○(이하 최유진, 박경정과 함께 “청구인들”이라 한다)는 2009.10.8. 구주택을 공동(5:5)으로 취득하고 2019.6.28. 구주택의 재건축(2016.8.30. 사용승인)으로 분양받은 신주택을 양도한 후, 구주택 취득일부터 신주택 양도일까지 9년간 장기보유한 것으로 보아 ‘1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제’의 공제율을 72%로 적용하여 2019.8.31. 2019년 과세연도 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분내용

 1) 처분청은 구주택의 주택재건축정비사업은 2005.5.19. 사업시행인가를 받아 청구인들이 구주택을 취득할 당시에 구주택은 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었으므로 장기보유특별공제가 적용되는 보유 기간을 신주택의 사용승인일인 2016.8.30.부터 양도일인 2019.6.28. 및 2019.8.30.까지로 보아,

 2) 청구인들에게 2019년 과세연도 양도소득세 771,763,970원(최○○, 박○○) 및 778,830,500원(김○○, 김○○)을 각 경정·고지하였고, 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.11. 및 2025.6.13. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. (주위적) 2심 판례에 따른 부과처분은 과세관청의 공적 견해표명에 반하는 처분이므로 「국세기본법」제15조 신의성실의 원칙에 위배되어 취소되어야 한다.

 1) 재건축과 관련된 양도소득세 규정을 세 가지로 나누어 보면 다음과 같다.

  <Case1> 구축아파트 취득 → 조합원입주권 양도

  <Case2> 구축아파트 취득 → 조합원입주권 → 신축아파트 양도

  <Case3> 조합원입주권 취득 → 신축아파트 양도

 2) 위의 세 가지 경우는 “1세대 1주택 비과세 판단 시 보유 기간”, “장기보유특별공제 적용 시 보유 기간”을 산정하는 근거 법령이 모두 다르고 조합원입주권 기간을 보유 기간으로 인정하는지 여부도 <Case2>는 조합원입주권 기간을 보유 기간으로 인정하는 데 반해 <Case1,3>은 조합원입주권 기간을 보유 기간으로 인정하지 않는다.

 3) 2심 판례는 청구인들의 상황이 <Case2>라고 판단하였다. 즉 청구인들이 2009년에 취득한 것은 조합원입주권이 아니라 주택이라고 판결하였다. 그러나 청구인들의 상황이 <Case2>라고 하더라도 구「소득세법 시행령」제155조제16항(2005.5.31. 개정전) 괄호 안의 문구를 청구인들이 충족하지 못하였기 때문에, “사업시행인가일 현재” 「소득세법 시행령」제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유하지 않았기 때문에 장기보유특별공제를 적용할 때 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함할 수 없다고 판결하였다.

 4) 2심의 이러한 판단에 의문이 들기는 하나 법원의 판결은 당연히 존중되어야 하므로 청구인들이 이 사건 불복에서 주장하고 하는 것은 법원 판결 내용의 적법성 여부가 아니라,

  법원 판결내용이 과세관청의 공적 견해표명과 다른 상황에서 청구인들은 법원의 판단이 나오기 훨씬 이전에 과세관청의 공적 견해표명을 신뢰하고 양도소득세를 신고·납부하였는데 처분청이 이를 무시하고 법원 판결내용을 바탕으로 과세를 할 수 있는지이다.

 5) 구「소득세법 시행령」제155조제16항 괄호 안의 문구를 충족하려면 재건축의 경우 2005.5.30.까지는 “사업시행인가일 현재” 「소득세법 시행령」제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유해야 하고 2005.5.31.부터는 “관리처분계획인가일 현재” 「소득세법 시행령」제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유해야 한다(다만 인가일 이전에 철거되면 철거일 / 재개발은 시점 무관하게 관리처분계획인가일).

 6) 즉, 구「소득세법 시행령」제155조제16항의 요건을 충족하려면 단순하게 인가일(or 철거일) 현재 「소득세법 시행령」제154조제1항에 해당하는 주택을 소유하고 있어야 한다.

 7) 「소득세법 시행령」제154조제1항은 여러 번 개정이 되었기 때문에 시기에 따라 정리하면,

  ① 1996.01.01.〜2003.09.30. : 보유 기간 3년 이상

  ② 2003.10.01.〜2003.12.31. : 보유 기간 3년 이상, 특정 지역은 보유 기간 3년 이상 & 거주기간 1년 이상

  ③ 2004.01.01.〜2011.06.02. : 보유 기간 3년 이상, 특정 지역은 보유 기간 3년 이상 & 거주기간 2년 이상

  ④ 2011.06.03.〜2012.06.28. : 보유 기간 3년 이상

  ⑤ 2012.06.29.〜2017.09.18. : 보유 기간 2년 이상

  ⑥ 2017.09.19. 이후 : 보유 기간 2년 이상, 취득 당시 조정지역이면 보유 기간 2년 이상 & 거주기간 2년 이상

 7) 결국 구「소득세법 시행령」제155조제16항 괄호 안의 문구 요건을 충족하려면 어떠한 경우에도 인가일(or 철거일)까지 2년 이상 보유가 필요하므로 보유 기간 2년 이상 기준으로 설명하면 다음과 같다.

  구「소득세법 시행령」제155조제16항은 1998.12.31.에 신설되어 1999.1.1.이후 양도분부터 적용하도록 하였는데 그 이후에 국세청이 납세자들에게 회신한 예규를 보면 <Case2>의 상황에서 장기보유특별공제를 적용할 때 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함하기 위해서는 구「소득세법 시행령」제155조제16항을 충족하여야 한다는 설명을 전혀 하지 않았고 오히려 구「소득세법 시행령」제155조제16항을 전혀 충족하지 못한 사례들에서 조합원입주권 기간을 장기보유특별공제 적용할 때 보유 기간에 포함한다고 답변하였다.

  가) 2006.11.21. 취득 〜 2008.1.24. 관리처분계획인가로 구「소득세법 시행령」제155조제16항 요건은 불충족(인가일까지 2년 미만 보유)하나 장기보유특별공제 적용 시 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함한다고 답변

  나) 1997.4.30. 취득 〜 1999.2.10. 사업계획승인으로 구「소득세법 시행령」제155조제16항 요건은 불충족(인가일까지 2년 미만 보유)하나, 장기보유특별공제 적용할 때 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함한다고 답변

  다) 1999.2.19. 취득 〜 2000.6.24. 사업계획승인으로 구「소득세법 시행령」 제155조제16항 요건은 불충족(인가일까지 2년 미만 보유)하나, 장기보유특별공제 적용할 때 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함한다고 답변

 8) 즉, 청구인들은 위의 사례들로 구「소득세법 시행령」제155조제16항 요건의 충족 여부와 상관없이 <Case2>의 상황에서는 “「소득세법 시행령」제166조제5항제2호에 따라” 장기보유특별공제를 적용할 때 조합원입주권 기간을 보유 기간에 포함한다고 인식하였는데,

  최근에 이에 상반되는 법원의 판단이 나왔다고 해서 이미 오래전에 과세관청의 공적견해 표명을 믿고 신고납부를 완료한 청구인들의 행위에 대해 법원의 판결내용에 따라 거액의 가산세까지 부과하는 것은 명백하게 「국세기본법」 제15조 신의성실의 원칙에 위배되기 때문에 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. (예비적) 「국세기본법」제48조 및 같은 법 시행령 제28조에 따라 가산세는 면제되어야 한다.

 1) 「국세기본법」제48조에서는 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 또는 이와 유사한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있고 「국세기본법 시행령」제28조에서는 이와 유사한 사유에 대해 세법해석에 관한 질의회신 등에 따라 신고납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우를 규정하고 있다.

 2) 청구인들은 세법해석에 관한 질의회신에 따라 <Case2>인 상황에서 구「소득세법 시행령」제155조제16항 요건 충족 여부는 조합원입주권 기간에 대해 장기보유특별공제를 적용하는데 아무런 문제가 되지 않는다고 인식하였다.

  따라서 설사 주위적 청구가 받아들여지지 않는다고 하더라도 「국세기본법」 제48조 및 같은 법 시행령 제28조에 따라 가산세는 당연히 면제되어야 한다.

다. 청구인들은 처분청 의견에 대해 다음과 같은 항변을 제출하였다.

 1) 당초 처분청이 청구인들에게 주장하였던 것은 청구인들이 취득한 구주택이 조합원입주권이라는 것이었다. 그러나 청구인들이 여러 판례를 제시하면서 모든 판례에서 청구인들이 취득한 것은 조합원입주권이 아닌 주택이라고 판단하였고 현재 진행 중인 동일 쟁점 다른 사건의 대법원 상고심에서는 국세청은 청구인이 취득한 것이 조합원입주권이라는 주장 자체를 하지 않고 있다고 반박하였으며 이에 처분청은 청구인들이 취득한 것은 주택이라고 인정하였다.

  그럼에도 2심의 논리, 즉 청구인이 구「소득세법 시행령」제155조제16항 괄호 안의 문구 요건을 충족하지 않은 것을 이유로 이 사건 처분을 하였다.

 2) 법원의 판결내용 자체는 부정할 수 없다. 다만 법원의 판결이 나오기 한참 이전에 청구인들은 국세청 예규를 확인했고 그 내용에 따라 “구「소득세법 시행령」제155조제16항 괄호 안의 문구 요건 충족 여부”는 <Case2>인 청구인들의 사례에서 조합원입주권 기간에 대한 장기보유특별공제를 받는데 아무런 문제가 되지 않는다고 인식하였다.

 3) 그런데 처분청은 국세청 예규에 반하는 과세처분을 하면서도 이에 대해 납득할 만한 설명을 하지 않았고 이 사건 이의신청에 대한 처분청의 의견서에도 이에 대한 해명은 전혀 없다.

 4) 이 사건 과세처분은 「국세기본법」제15조 신의성실의 원칙에 위배되어 당연히 취소되어야 한다. 만약 이 사건 과세처분이 취소되지 않는다면 청구인들은 국세청 예규를 전혀 믿을 수 없게 되고 이는 국세청 스스로가 납세자의 신뢰를 배반하는 것이다.

3. 처분청 의견

가. 사실관계

 1) 재건축아파트의 조합원입주권으로의 전환 시기에 대해서는 구「소득세법 시행령」(2005.5.31. 개정전 제18850호로 재정된 것) 제155조제16항에서 아래와 같이 규정하고 있다.

 2) 조합원입주권으로의 전환 시기가 2005.5.31. 이후 양도분부터 관리처분계획인가일로 통일되었으나, 「소득세법 시행령」 부칙 제4조에 따라 2005.5.31. 이전 사업시행인가를 받은 재건축아파트는 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다는 경과조치가 있다.

 3) 신주택 양도 건을 검토한 결과, 구주택의 주택재건축정비사업은 2005.5.16. 사업시행인가를 받아 청구인들이 구주택를 취득할 당시에는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었으므로 조합원입주권 상태에서 취득한 경우, 신주택의 취득 시기는 사용승인일(2016.8.30.)로 보아야 한다.

 4) 따라서 구주택의 취득일〜신주택 준공 사용승인일(이하 “쟁점보유기간”이라 한다)을 장기보유특별공제가 적용되는 보유 기간에서 제외하여야 하나 청구인들은 쟁점보유기간을 포함하여 공제하였으므로 양도소득세 과소신고한 혐의가 있어 조사대상으로 선정하였다.

 5) 신주택의 입주민 중 신주택을 양도한 사람(이하 “소송청구인”이라 한다)들은 청구인들과 유사한 사례에 대해 서울청 관할 세무서장의 경정·고지를 받았으며, 해당 건에 대해 조세심판원 및 행정심판 1,2심을 거쳐 현재 대법원 소송 진행 중이다.

 6) 당초 국세청의 과세 논리(당초 청구인들이 취득한 것은 조합원입주권에 해당함)가 법원의 판결에 의해 달리 결정이 났으므로 추가 과세할 수 없다는 주장이 있어 해당 쟁점에 대해 과세사실판단자문 신청하였으며, 그 결과 동일쟁점으로 진행되는 소송에 의해 과세 여부 등을 명확히 판단 할 수 있는 사안에 해당한다는 이유로 심의 제외한다는 결정을 받았다.

 7) 현재 반포 아크로리버파크 단지의 조합원입주권 기간의 장기보유특별공제 보유 기간 계산 시 인정 여부 관련하여서는 유효한 과세기준으로서 법원의 2심 판례가 존재하므로 2심의 판결에 따라 고지 결정하였다.

나. 처분청 의견

  현재 청구인들 외 소송청구인들은 반포 아크로리버파크 아파트를 양도하고 조합원입주권 기간의 장기보유특별공제 보유 기간 계산 시 인정 여부와 관련하여서 동일 상황 동일쟁점으로 유효한 과세기준으로서 법원의 2심 판례가 존재하므로 청구인들만 과세제외 할 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 주위적) 2심 판례에 따른 부과처분이 국세기본법 제15조 신의성실의 원칙에 위배 되어 이 건 처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

 예비적) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 [시행 2019.1.1.][제16097호, 2018.12.31.]

  제15조 【신의·성실】

  납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

  제48조 【가산세 감면 등】

  ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31>

   1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

   2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

   3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 2) 국세기본법 시행령 [시행 2019.2.12.][제29534호, 2019.2.12.]

  제28조 【가산세의 감면 등】

  ① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2019.2.12>

   1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

 3) 국세기본법 집행기준 15-0-2【신의성실 원칙의 요건】

  ① 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대해 신의성실원칙이 적용되기 위한 요건은 다음과 같다.(대법원 87누156, 1988.3.8.)

   4. 과세관청이 예전의 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것

 4) 소득세법 시행령 [시행 2019.1.1.][제28637호, 2018.2.13.]

  제154조 【1세대1주택의 범위】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)

  ①법 제89조제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

  제155조 【1세대1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)

  ⑯「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. <신설 1998.12.31, 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.30., 2005.2.19.>

  제155조 【1세대1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)

  ⑯「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. <신설 1998.12.31, 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.30, 2005.2.19., 2005.5.31.>

  부 칙 <대통령령 제18850, 2005.5.31.>

  ④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

  제166조 【양도차익의 산정 등】

  ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. <신설 2007.2.28., 2018.2.9>

   1. 청산금을 납부한 경우

  ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항및제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28, 2013.2.15, 2018.2.9>

   2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

    가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

    나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

다. 사실관계

 1) 청구인들의 이 건 양도소득세 신고 및 결정 내역은 다음과 같다.

 2) 청구인 최○○, 박○○은 2009.2.20. 구주택을 1,290,000,000원에 공동으로 매수하는 계약을 하고, 2019.7.14. 신주택을 4,200,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였다. 청구인 김○○, 김○○은 2009.9.9. 구주택을 1,778,000,000원에 공동으로 매수하는 계약을 하고, 2019.4.12. 신주택을 3,730,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였다.

 3) 구주택의 재건축사업 진행과정은 다음과 같다.

 4) 구주택의 1차 사업시행변경인가고시(서울특별시서초구고시 제2013-100호, 2013.8.26.)에 의하면, 쟁점아파트의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)와 관련하여 조합으로부터 사업시행변경인가 신청(변경사유 : 특별건축구역지정 및 법적상한용적률 확정에 따른 건축계획 변경)이 있어 인가하고 고시한다는 내용이 나타난다.

  구주택의 주택재건축정비사업공사완료고시(서울특별시서초구고시 제2016-84호, 2016.9.1.)에 의하면, 구주택의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)로 고시된 주택재건축정비사업이 준공(준공인가일 2016.8.30.)되어 고시한다는 내용이 나타난다.

 5) 이 사건 관련한 서울고등법원 2023누58345(양도소득세등부과처분취소)의 판결 내용 중 일부는 다음과 같다. 현재 대법원(2024두61025) 소송 진행중인 것으로 확인된다.

1) 장기보유특별공제액이란 제94조제1항제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

라. 판단

【주위적】

  청구인들은 서울고등법원 판결에 따른 부과처분은 과세관청의 공적 견해표명에 반하는 처분으로 ｢국세기본법｣ 제15조 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

  일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

  이 사건에서, 서울고등법원은 “기존주택의 취득 시부터 신축주택의 양도 시까지의 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받기 위해서는 기존주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제되는 것이고, 주택 의제 여부는 소득세법 시행령 제155조제16항에 의해 결정된다”라고 하면서, 구주택 취득일이 사업시행인가일(2005.5.16.) 이후여서 2005년 개정 전 ｢소득세법 시행령｣제155조제16항의 특례적용을 받지 못하게 되어, 조합원입주권 보유 기간에는 1세대 1주택으로 인정될 수 없어 기존주택 취득 시부터 신축주택 양도 시까지의 보유 기간을 통산할 수 없다고 판결하였고,

  청구인들이 제출한 질의회신 역시 사업시행인가일 내지는 관리처분계획인가일 이전에 기존주택을 취득하여 양도한 경우로, 장기보유특별공제 및 비과세 판단 시 보유 기간은 기존주택 취득 시부터 신축주택 양도 시까지 기간을 합산한다고 하였으므로, 서울고등법원 판결과 국세청의 회신이 다르다 할 수 없을 뿐 아니라,

  질의회신은 재건축주택을 양도한 경우 장기보유특별공제 및 비과세 판단 시 보유 기간 계산에 대한 일반적인 해설로 과세관청의 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 없으므로, 이 건 양도소득세 부과처분이 신의성실원칙에 위배 된다는 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.

【예비적】

  청구인들은 이 사건과 유사한 과세관청의 세법해석에 관한 질의․회신에 따라 양도소득세를 신고하였으므로 이후 새로운 판례에 따라 과세관청이 과세하는 경우에는 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

  세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는 것이다.

  그러나 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2003두13632, 20045.1.27. 판결 등 참조).

  청구인들이 양도소득세 신고 시 참고한 질의·회신은 사업시행인가일 또는 관리처분계획인가일 이전에 기존주택을 취득하여 양도한 경우에 장기보유특별공제 및 비과세 판단 시 보유 기간 계산에 관한 내용으로, 사업시행인가일 이후 기존주택을 취득한 경우인 이 사건 부과처분의 사실관계와 같다고 할 수 없고,

  ｢국세기본법 시행령｣ 제28조제1항 제2호의 “질의·회신”이 청구인들이 직접 국세청에 질의를 한 것이 아닌, 유사한 내용의 질의·회신까지 포함한다고 보기는 어려우므로 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.