부 산 고 등 법 원 제 1 행 정 부 판 결

사 건 2026누2065 법인세부과처분취소

원고, 항소인 주식회사 AA

피고, 피항소인 BB세무서장

제 1 심 판 결 부산지방법원 2026. 1. 29. 선고 2024구합22854 판결

변 론 종 결 2026. 5. 22.

판 결 선 고 2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 3. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 법인세

1,970,279,590원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고는 항소이유로, 이 사건 제1토지 및 제2토지는 비사업용 토지에 해당하지 않으므로 이 사건 처분은 취소되어야 하고, 그에 따라 가산세 역시 취소되어야 한다고 주장한다. 원고의 위 주장은 제1심법원에서 원고가 한 주장과 크게 다르지 않다. 이 사건 제1토지 및 제2토지 모두 법인세법 제55조의2 제2항이 정하는 비사업용 토지에 해당한다고 본 제1심법원의 사실인정과 판단은 정당하다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 일부 수정하는 외에는 약어와 별지 포함 제1심판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 2면 마지막 행의 “11,500,000,000원”을 “11,550,000,000원”으로 고친다.

○ 제1심판결문 6면 13행부터 7면 2행까지를 다음과 같이 고친다.

(3) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6, 제168조의14 제1항, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항의 입법 취지와 문언 내용 및 체계 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법 취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것인바, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등 참조). 이러한 법리는 비사업용 토지의 양도에 대해 중과세함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하려는 소득세법 소정의 비사업용 토지 관련 조항과 동일한 입법 목적 아래 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호의 규정과 사실상 동일한 내용을 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호의 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’의 해석에 관하여도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다.

○ 제1심판결문 10면 아래에서 4행부터 같은 면 아래에서 2행까지를 다음과 같이 고친다.

이에 대하여 원고는, 원고가 위 소송이 계속되기 전으로서 원고의 SS동 74-3토지 취득일인 2018. 2. 26.경에는 SS동 74-4 토지에 대한 실질적 지배권 또는 취득 권한 역시 확보하였으므로, SS동 74-4 토지에 관하여도 이 사건 규칙 제7호 사유가 존재한다고 주장한다.

법인세법 제55조의2 제7항의 위임에 따라 규정된 법인세법 시행령 제92조의2 제6항은 “제68조는 법 제55조의2 제1항에 따른 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다.”고 정하고 있고, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호는 “상품등 외의 자산의 양도 시, 그 대금을 청산한 날을 익금 및 손금의 귀속사업연도로 정하고, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.”고 정하고 있다. 위 규정에 따르면, 법인세 중과대상이 되는 비사업용 토지를 양도한 경우 그 양도시기는 대금 청산일, 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이다.

CC가 2018. 4. 12.부터 이 사건 제1토지에서 주차장 영업을 하며 이 사건 제1토지를 점유‧사용한 사실, 이 사건 제1토지 인도 소송의 제1심은 2020. 4. 16. CC로 하여금 원고, DD종합건설에 이 사건 제1토지를 인도하라는 판결을 선고하였고, CC는 이에 불복하여 항소를 제기하였으나 2020. 9. 2. 항소를 취하한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이에 비추어 CC는 2018. 4. 12.부터 적어도 2020. 9. 2.까지는 이 사건 제1토지를 점유‧사용하였다고 봄이 타당하므로, 원고가 SS동74-4 토지 1/2 지분에 대하여 소유권이전등기를 마친 2020. 6. 30. 이전에 위 토지를 인도받았다거나 사용수익하게 되었다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

○ 제1심판결문 11면 1행의 “73-3” 및 그 이하 “73-3”을 각 “74-3”으로, 13면 7행 및 그 이하 “73-4”을 “74-4”로 각 고친다.

○ 제1심판결문 12면 4행 다음에 아래 내용을 추가한다.

이에 대하여 원고는, 원고가 CC의 이 사건 제1토지 점유‧사용일인 2018. 4.12. 이전으로서 원고의 SS동 74-3 토지 지분 취득일인 2018. 2. 26.경에는 SS동 74-4 토지에 대한 실질적 지배권 또는 취득 권한 또한 확보하였다고 주장하나, 원고가 2018. 2. 26.경 SS동 74-4 토지를 인도받았다거나 사용수익하였다고 인정할 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

○ 제1심판결 12면 5행부터 15면 표까지를 다음과 같이 고친다.

(다) SS동 74-3 토지 지분에 관하여 살핀다.

원고는 이 사건 규칙 제13호의 ‘정당한 사유’에 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적 여유가 없던 내부적인 사유까지도 포함된다는 취지로 주장하며 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결을 원용하고 있다. 그러나 원고가 들고 있는 위 판결은 비업무용부동산에 대한 차입금의 지급이자 손금불산입 규정에서 비업무용부동산 해당 여부를 판단한 사안에 관한 것인 반면, 이 사건은 비사업용 토지의 양도소득에 관한 법인세 중과 규정에서 비사업용 토지 해당 여부가 쟁점인 사건으로 위 판결과는 문제되는 요건 및 사실관계가 다르다. 또한, 위 2002두11479 판결에 적용된 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전부개정되기 전의 것) 제18조 제2항은 “비업무용부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.”고만 규정하고 있었던 반면, 이 사건 처분 당시 시행 중이던 구 법인세법 시행규칙(2022. 3. 18. 기획재정부령 제896호로 일부개정되기 전의 것) 제26조 제5항은 “‘기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.”고 규정하면서 업무와 관련이 없는 부동산에 대하여 제30호까지 열거하여 그 요건을 구체화하고 있어, 위 2002두11479 판결에서 적용된 법령의 내용과는 다르다. 위와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건에 위 2002두11479 판결을 그대로 원용하기 어렵고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 규칙 제13호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란, 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다.

이와 같은 법리 아래에서 살펴보건대, 원고가 2018. 2. 28. SS동 74-3 토지 중 100분의 35 지분을 취득하였고, CC가 2018. 4. 12.경부터 SS동 74-3 토지가 포함된 이 사건 제1토지의 적법한 임차권자라는 등의 주장을 하며 불법점유한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 단지 사인에 불과한 CC가 이 사건 제1토지를 불법점유하였다는 사정은 원고가 SS동 74-3 토지 지분과 관련된 사업을 진행하기 곤란한 사실상의 어려움에 불과할 뿐, CC의 점유 및 인도 지연으로 인하여 SS동 74-3 토지가 그 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지가 되었다고 보기 어렵다. 더구나 CC는 2018. 1. 12. 서울중앙지방법원 2018카합20065호로 SS동 74-3 토지에 관하여 사해행위취소에 의한 원물반환청구권을 피보전권리로 주장하며 처분금지가처분을 신청하여 2018. 2. 22. 인용결정을 받는 등 원고가 SS동 74-3 토지 지분을 취득하기 전부터 SS동 74-3 토지에 관한 권리를 주장하고 있었다. 따라서 원고가 주장하는 위 사유는 이 사건 규칙 제13호가 정하는 사유에 해당하지 않는다고 봄이 타당하므로, 원고의 SS동 74-3 토지지분도 이 사건 규칙 제13호의 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’로 볼 수 없다.

○ 제1심판결문 16면 아래에서 3행의 “(이하 ’EE동 산37번지 토지‘라 함)”을 삭제한다.

○ 제1심판결문 17면 10행의 “EE동 산37 토지”를 “부산 부산진구 EE동 산37 임야 5,058㎡(이하 ’EE동 산37 토지‘라 한다)”로 고친다.

○ 제1심판결문 18면 아래에서 2행부터 19면 2행까지 “살피건대, 원고가 2020. 5.경이 사건 제2토지 중 EE동 산37 토지 위에 있던 무허가건축물을 철거한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 원고는 이 사건 제2토지 사업을 위해 위 건물을 취득한 것이 아니라 단지 토지만을 사용할 목적으로 위 건물이 있는 토지를 취득하여 이를 철거한 것으로 보일 뿐이다.”를 다음과 같이 고친다.

먼저 이 사건 제2토지 중 EE동 산36-1 토지에 관하여 본다. 갑 제23호증의 1,2 및 을 4호증의 1 내지 3의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 제2토지 중 EE동 산36-1 지상 건물을 철거한 사실을 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 설령 원고가 이 사건 제2토지 중 EE동 산36-1 지상 건물을 철거한 사실이 있다고 하더라도, 위 지상 건물은 미등기 무허가건물로 보이고, 갑 제10호증에 의하면, 원고가 위 건물을 철거하였다고 주장한 2020. 5.경으로부터 불과 4개월이 채 지나기도 전인 2020. 9. 2. 산36-1 토지를 주식회사 FF개발에 매도하는 매매계약을 체결한 사실이 인정되는바, 이에 비추어 원고는 건물을 사용하기 위하여 산36-1 토지를 취득한 것이 아니라 토지만을 사용할 목적으로 산36-1 토지를 취득한 것이라고 봄이 타당하다.

다음으로 이 사건 제2토지 중 EE동 산37 토지에 관하여 본다. 원고가 2020. 5. 경 이 사건 제2토지 중 EE동 산37 토지 위에 있던 건물을 철거한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 위 지상 건물은 미등기 무허가건물로 보이고, 갑 제10, 23호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 2020. 5.경 EE동 산37 토지 지상의 무허가건물을 철거하고 그로부터 4개월이 채 지나기도 전인 2020. 9. 2. 이 사건 제2토지를 주식회사 FF개발에 매도하는 매매계약을 체결한 점, 원고는 이 사건 제2토지를 매도한 후인 2020. 9. 18. EE동 산37 토지의 50580분의 640 지분을 취득하여 그때 비로소 EE동 산37 토지 전체를 취득한 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고는 건물을 사용하기 위하여 EE동 산37 토지를 취득한 것이 아니라 단지 토지만을 사용할 목적으로 EE동 산37 토지를 취득한 것이라고 봄이 타당하다

○ 제1심판결문 19면 6행부터 같은 면 아래에서 3행까지를 다음과 같이 고친다.

(3) 이 사건 규칙 제13호 사유 인정 여부

이 사건 규칙 제13호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란, 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미함은 앞서 본 바와 같다. 원고가 주장하는 이 사건 제2토지와 관련한 공유물분할소송, 민원 제기, 불법점유 등의 사정은 단지 원고가 추진하던 이 사건 제2토지와 관련된 사업을 진행하기 곤란한 어려움에 불과할 뿐, 그로 인하여 이 사건 제2토지가 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지가 되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고가 주장하는 위 사유는 이 사건 규칙 제13호가 정하는 사유에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 제2토지를 이 사건 규칙 제13호의 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’로 볼 수 없다.

○ 제1심판결문 20면 첫 번째 표 “취득일”란의 “315-10”을 “315-110”으로 고친다.

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.