1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 2023. 10. 6. 원고 주식회사 AAAAA에 대하여 한 2019년 귀속 법인세 764,117,783원(가산세 219,144,603원 포함)의 부과처분, 2023. 10. 10. 원고 BBB에 대하여 한 2020년 3월 귀속 증여세 404,578,300원(가산세 131,063,042원 포함) 및 404,561,640원(가산세 131,057,646원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고 주식회사 AAAAA(변경 전 상호: 주식회사 CC, 이하 ‘원고 회사’라 한다)은 주택공급 및 건축업 등을 영위하기 위하여 1983. 8. 16. 설립된 법인으로 원고 BBB의 아버지 DDD이 그 발행주식 전부를 소유하고 있고, 원고 BBB은 HHHH 주식회사(변경 전 상호: 주식회사 EEEE건설, 이하 ‘특정법인1’이라 한다) 및 주식회사 IIIIII(변경 전 상호: 주식회사 FFFF건설, 이하 ‘특정법인2’라 한다)의 각 발행주식 전부를 소유하고 있다(이하 ‘특정법인1’과 ‘특정법인2’를 통틀어 ‘특정 법인들’이라 한다).

나. 원고 회사는 2019. 3. 19.과 2019. 10. 17.에 걸쳐 특정법인들에게 GGGGGGG 주식회사(이하 ‘GGGGGGG’이라 한다)의 비상장주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 합계 391,500주를 1주당 13,800원에 아래와 같이 양도하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 거래‘라 한다).

다. JJ지방국세청장은 원고 회사에 대한 법인세 통합조사와 원고 BBB에 대한 증여세 조사를 실시한 결과, 원고 회사가 2017. 10. 20. KKKKKK 주식회사(이하 ‘KKKKKK’라 한다)로부터 이 사건 주식 91,300주를, 2018. 7. 12. 주식회사 LLLLLL(이하 ‘LLLLLL’이라 한다)로부터 이 사건 주식 40,600주를, 특정법인2가 2019. 6. 28. MMMM 주식회사(이하 ‘MMMM’라 한다)로부터 이 사건 주식 53,000주를 아래와 같이 1주당 20,000원으로 거래한 각 매매사례를 확인하였다(이하 아래 순번에 따라 ‘이 사건 제1 매매사례’ 등으로 특정하고, 각 매매사례를 통틀어 ‘이 사건 각 매매사례‘라 한다).

라. JJ지방국세청장은 이 사건 주식의 시가를 1주당 20,000원(이하 ‘쟁점 가액’이라 한다)으로 보아 이 사건 각 거래가 저가양도에 해당한다고 판단하였고, 원고 회사에게 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)를, 원고 BBB에게 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제)를 각 적용하여야 한다는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 이에 따라 2023. 10. 16. 원고 회사에 대하여 2019 사업연도 법인세 816,273,680원(가산세 포함)을, 2023. 10. 10. 원고 BBB에 대하여 2020년 3월 귀속 증여세 합계 809,139,940원(가산세 포함)을 각 결정·고지하였다.

바. 원고들은 이에 불복하여 2024. 1. 3. 이의신청을 제기하였고, 피고는 원고 회사의 주주이자 대표이사였던 DDD에게 지급한 급여를 손금으로 인정하여 원고 회사에 대한 2019 사업연도 법인세를 764,117,783원(가산세 219,144,603원 포함)으로 감액·경정하였다(이의신청 등으로 감액․경정되어 최종적으로 원고들에게 부과된 금액을 합쳐 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고들은 2024. 5. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. 6. 10. 원고들의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑1, 2, 6, 9, 12호증, 을1, 5, 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

쟁점 가액은 아래와 같은 이유로 이 사건 주식의 시가로 인정할 수 없으므로, 쟁점 가액을 이 사건 주식의 시가로 전제한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

가. 이 사건 제1 매매사례에 관하여

원고 회사는 2017. 10. 20. KKKKKK로부터 이 사건 주식 91,300주를 대금 1,826,000,000원(1주당 20,000원)으로 양수하는 내용의 계약(이하 ‘최초 양수도계약’이라 한다)을 체결하였으나, 최초 양수도계약은 KKKKKK의 계약 불이행으로 인하여 2018. 6. 8. KKKKKK로부터 이 사건 주식 91,300주, LLLLLL로부터 이 사건 주식 59,600주 합계 150,900주를 대금 1,826,000,000원(1주당 12,100원)으로 양수하는 내용으로 변경되었다(이하 ‘변경 양수도계약’이라 한다). 이 사건 제1 매매사례는 후속 계약으로 변경되었으므로 이 사건 주식의 시가 산정 기준이 되는 매매사례로 볼 수 없고, 변경 전 1주당 20,000원으로 산정되었던 거래가액은 주식의 객관적 평가 없이 NNNNNN 주식회사 보유지분 인수자금을 마련하고자 결정된 것이므로 시가라 할 수 없다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

나. 이 사건 제2 매매사례에 관하여

이 사건 제2 매매사례는 양도인인 KKKKKK가 선행 계약을 불이행한 이후에, 원고 회사로서는 KKKKKK에 대한 기존 대여금 회수를 목적으로 대물변제인 채권상계를 위하여, KKKKKK로서는 위약벌 규정에 따라 보유한 주식 전부를 무상으로 양도해야 할 궁박에 처한 상황에서 그 거래가액을 임의로 정하여 체결한 계약이므로 당사자들이 대등한 관계에서 자유로운 의사에 따라 체결한 일반적인 거래에 해당하지 않고, 그 거래가액을 시가라 할 수 없다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

다. 이 사건 제3 매매사례에 관하여

이 사건 제3 매매사례는, 그 거래가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있었고, 주주간 협약에 따라 거래당사자인 주주들에게 각기 다른 권리·의무가 내재된 주식거래라는 점에서 이 사건 거래와 유사한 거래로 볼 수도 없으므로, 그 거래가액을 시가로 보아 이 사건 거래에 적용해서는 안 된다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 규정 및 관련 법리

(1) 법인세법 제52조는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 사업연도의 소득금액을 계산하도록 하는 이른바 ‘부당행위계산의 부인’에 관한 규정(제1항)으로서, 같은 조 제2항에서 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ‘시가’라 한다)을 기준으로 하고, 제4항에서 시가 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 ‘법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다’고 규정하고 있다. 한편 상증세법 제45조의5는 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여로 의제하고 있고, 구 상증세법 시행령(2021. 10. 19. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것) 제34조의5 제7항과 제8항은 상증세법 제45조의5가 정한 현저히 낮은 대가 등을 시가를 기준으로 하도록 하면서 법인세법 시행령 제89조에 따른다고 정하고 있다.

(2) 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 거래 실례가 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 아니 된다고 할 것이나, 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 그와 같은 거래가액이 시가로 인정되기 위해서는 해당 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 평가기준일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결, 대법원 2016. 5. 12. 선고 2015두60167 판결 등 참조).

나. 인정사실

(1) 2017. 5. 2.자 대여금 약정

원고 회사는 GGGGGGG의 시행사업인 QQQQ선 (구)철도시설[OO-(구)PP역] 개발사업의 시공권을 확보할 목적으로, 2017. 5. 2. GGGGGGG의 주주이던 KKKKKK와 LLLLLL에 20억 원을 대여하면서, KKKKKK가 보유한 이 사건 주식 91,300주와 LLLLLL이 보유한 이 사건 주식 100,200주, 합계 191,500주를 담보로 하기로 약정하였다.

(2) 2017. 10. 20.자 주식 양수도계약

(가) 원고 회사는 2017. 10. 20. KKKKKK와 사이에 KKKKKK가 보유한 이 사건 주식 91,300주를 대금 1,826,000,000원(1주당 20,000원)에 양수하고, KKKKKK는 위 매매대금으로 NNNNNN 주식회사가 보유한 이 사건 주식 110,300주를 인수한 후 원고 회사에 담보로 제공하기로 하는 내용의 주식 양수도계약을 체결하였다.

(나) KKKKKK의 2017년 감사보고서(을2호증)에 기재된 ‘매도가능증권’의 내역은 아래와 같다.

(다) 원고 회사의 전표에는 아래와 같이 이 사건 주식 91,300주가 2018. 6. 29. 대금 1,826,000,000원(1주당 20,000원)에 매입된 투자유가증권으로 기재되어 있다.

(라) 원고 회사가 KKKKKK와 LLLLLL에 보낸 2018. 5. 2.자 통보문(갑11호증)에는 ‘2017. 10. 20. GGGGGGG의 보통주식 91,300주를 매매하는 양수도계약 및 약정서를 체결하며, 당사에서 지급하는 양수도대금 1,826,000,000원은 NNNNNN 주식회사가 보유한 이 사건 주식 110,300주의 인수 용도로만 사용하여 그 주식 전부를 당사로 제출하기로 하였습니다’라고 기재되어 있다.

(마) LLLLLL의 2017년 감사보고서(을4호증 20면)에는 아래와 같이 ‘매도가능증권’ 항목에 이 사건 주식 100,200주가 ‘차입금과 관련하여 원고 회사에 담보제공되어 있다’고 기재되어 있다.

(바) KKKKKK가 보유하던 이 사건 주식 91,300주는 2018. 6. 29. 원고 회사 명의로 명의개서되었다.

(3) 2018. 7. 12.자 주식 양수도계약

원고 회사는 2018. 7. 12. LLLLLL로부터 이 사건 주식 40,600주를 대금 812,000,000원(1주당 20,000원)에 매수하기로 하는 주식 양수도계약을 체결하면서, 매매대금은 기존 대여금에서 상계하기로 약정하였다.

(4) 2019. 6. 28.자 주식 양수도계약

특정회사2는 2019. 6. 28. MMMM와 사이에 이 사건 주식 53,000주를 대금 1,060,000,000원(1주당 20,000원)에 매수하면서, 2019. 2. 28.에 기지급된 선급금 530,000,000원을 계약금으로 대체하고, 잔금 530,000,000원을 계약 당일인 2019. 6. 28. 지급하기로 하는 내용의 주식 양수도계약을 체결하였다.

(5) GGGGGGG의 주식 변동상황

GGGGGGG의 2018 사업연도와 2019 사업연도 각 주식등 변동상황 중 이 사건 관련 주요 내용은 아래와 같다.

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑4, 5, 7, 8, 10, 11, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21호증, 을2, 3, 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑3, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 매매사례는 처분문서인 각 주식 양수도계약서 등에 근거한 것으로 적절한 시가 판단의 자료로 볼 수 있고, 쟁점 가액을 이 사건 주식의 시가로 본 피고의 판단은 정당하다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 제1주장에 관한 판단

(가) 원고들은, 원고 회사가 2017. 10. 20. 이 사건 주식 91,300주를 대금 1,826,000,000원(1주당 20,000원)에 양수하기로 한 최초 양수도계약이 2018. 6. 8. 이 사건 주식 150,900주(KKKKKK 보유 91,300주, LLLLLL 보유 59,600주)를 같은 대금(1주당 12,100원)으로 양수하는 계약으로 변경되었다고 주장하면서 ‘2018. 6. 8.자 합의 약정서’(갑7호증)와 ‘2017. 10. 20.자 변경 양수도계약서’(갑8호증)를 각 제출하였다.

(나) 그러나 ① 2018. 6. 8. 작성되었다는 위 변경 양수도계약서의 작성날짜가 2017. 10. 20.인 점, ② ‘2018. 6. 8.자 합의 약정서’(갑7호증)에는 LLLLLL과 RRR의 이름 옆에 RRR가 서명한 반면, 같은 날 작성되었다는 ‘2017. 10. 20.자 변경 양수도계약서’에는 LLLLLL과 RRR의 각 인장이 날인된 점, ③ KKKKKK로부터 이 사건 91,300주, LLLLLL로부터 이 사건 주식 59,600주를 각 양수한다고 하면서 그 매매대금 전액을 KKKKKK에 지급한다고 기재되어 있어 정상적인 계약의 내용으로 보기 어려운 점, ④ 더욱이 같은 날에 각기 작성날짜를 달리하여 ‘2018. 6. 8.자 합의 약정서’, ‘2017. 10. 20.자 변경 양수도계약서’뿐 아니라 ‘2018. 7. 12.자 신규 양수도계약서’까지 작성한다는 것은 이례적인 점 등을 종합하여 볼 때, 위 ‘2017. 10. 20.자 변경 양수도계약서’는 진정한 것으로 믿기 어렵다.

(다) 반면 처분문서인 ‘2017. 10. 20.자 최초 양수도계약서’(갑6호증)의 증명력에 더하여, ① ‘KKKKKK의 2017년 감사보고서’의 ‘매도가능증권’ 항목이 전년도인 2016년에는 이 사건 주식 91,300주가 기재되어 있다가 2017년에는 공란으로 되어 있어 KKKKKK가 보유하던 이 사건 주식 91,300주가 2017년 매도된 것으로 보이는 점, ② 원고 회사의 전표(을3호증)에 이 사건 주식 91,300주가 대금 1,826,000,000원에 매입된 투자유가증권으로 기재되어 있어 1주당 20,000원에 거래된 것으로 판단되는 점, ③ ‘2018. 5. 2.자 통보문’(갑11호증)에도 이 사건 주식 91,300주가 대금 1,826,000,000원에 매매되었다는 취지로 기재된 점, ④ ‘2017년 LLLLLL 감사보고서’(을4호증)에는 ‘이 사건 주식 100,200주가 차입금과 관련하여 원고 회사에 담보제공되어 있다’고 기재되어 있어 LLLLLL이 보유하던 이 사건 주식은 2017년 당시 담보로 제공되었을 뿐 양도되기 이전으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고 회사는 KKKKKK와 사이에 2017. 10. 20. 이 사건 주식 91,300주를 대금 1,826,000,000원(1주당 20,000원)에 매수하였고, 위 매매대금에 LLLLLL이 보유하던 이 사건 주식은 포함되지 않았던 것으로 판단된다.

(라) 원고들은 2017. 10. 20. 최초 양수도계약 당시 NNNNNN 주식회사 보유 지분 인수자금을 마련하고자 이 사건 주식을 1주당 20,000원으로 결정한 것이고 주식의 객관적 평가가 없었다고 주장하면서 ‘2017. 10. 27.자 각서’(갑10호증)를 제출하였으나, 주식 양수도계약서를 작성하고 7일 이후 ‘주식의 가치를 평가하거나 주식 양수도대금에 대하여 협의하지 않았다’는 내용의 각서를 작성할 이유가 납득되지 않을뿐더러, 원고들이 주장하는 사유만으로 쟁점 가액을 이 사건 주식의 시가로 본 것에 위법이 있다고 보기도 어렵다.

(마) 원고들이 ‘GGGGGGG 주식등 변동상황 명세서’(갑15호증의 2, 갑15호증의 3)를 들어 ‘KKKKKK가 보유하던 이 사건 주식 91,300주와 LLLLLL이 보유하던 이 사건 주식 59,600주가 모두 2017년이 아닌 2018년 중 원고 회사에 양도된 것’이라고 한 주장 또한 주식등 변동상황명세서는 주식양수도계약이 아닌 명의개서를 기준으로 작성된다는 점에서 받아들이기 어렵다.

(2) 제2주장에 관한 판단

원고들은 이 사건 제2 매매사례의 경우 KKKKKK가 궁박에 처한 상태로 체결되어 당사자가 대등한 관계에서 자유로운 의사에 따라 체결된 계약이 아니고 기존 대여금을 회수하고자 채권상계를 목적으로 결정된 가액을 시가라 할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 원고들의 위 주장은, 원고 회사가 위약벌 규정에 의하여 기존에 담보로 제공된 이 사건 주식 191,500주와 NNNNNN 주식회사 보유분 이 사건 주식 110,300주를 모두 무상으로 취득할 수 있는 우월한 상황에서 굳이 시가보다 높은 가액으로 주식 양수도계약을 체결하였다는 것으로 도무지 이해하기 어렵고, 달리 KKKKKK가 궁박에 처하였거나 비정상적인 거래에 해당한다는 특별한 사정이 보이지도 않는다.

(3) 제3주장에 관한 판단

원고들은 이 사건 제3 매매사례는 그 거래가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있었고 이 사건 거래와 유사한 거래도 아니므로 그 거래가액이 시가로 인정되어서는 안된다는 취지로 주장하나, 이를 뒷받침할만한 객관적인 증거가 제출되지 않았을 뿐만 아니라 달리 이 사건 제3 매매사례가 정상적인 거래가 아니라거나 쟁점 가액이 거래 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하지 못하는 사정을 인정할 수도 없다.

(4) 소결론

피고가 쟁점 가액을 이 사건 각 거래 당시 이 사건 주식의 시가로 보아 이 사건 처분을 한 것에 위법이 있다고 보기 어렵고, 이를 다투는 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다.