이 유

1. 처분내용

 가. A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2022.5.2. 개업하여 부동산컨설팅업을 영위하는 법인사업자로, 2022년부터 2023년까지 세종시 등 임야를 취득한 후 지분을 쪼개어 다수의 매수자에게 양도하였다.

 나. B지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인을 전형적인 기획부동산 업체로 보고 법인세 무신고 등의 사유로 2024.3.6.부터 2024.5.8.까지 쟁점법인에 대하여 2023 사업연도 법인세 세무조사를 실시한 결과 쟁점법인은 조세를 회피하기 위하여 고의적으로 타인의 명의를 대여하여 법인을 설립한 후 법인세 및 원천세 등을 신고하지 않는 방법으로 조세를 탈루한 사실을 확인하였다.

 다. 조사청은 쟁점법인의 장부 등을 확인할 수 없어 동업자권형방식에 의하여 법인세 과세표준을 추계결정하고 쟁점법인의 실질 대표자로 확인한 C(남, 70년생, 이하 “청구인”이라 한다)에게 인정상여 소득금액 변동통지를 하였으며, 2024.6.15. 청구인의 주소지를 관할하는 D세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 인정상여 과세자료를 통보하였다.

 라. 한편 쟁점법인을 관할하는 E세무서장은 2024.11.25. 쟁점법인의 2022 사업연도 비사업용토지 양도소득 과세자료를 처리하면서 확인한 토지 양도가액을 익금으로, 양도한 토지 면적에 해당하는 토지 취득가액을 손금으로 하여 2022 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 결정하고 익금에 산입한 토지 양도가액을 청구인에게 인정상여 소득금액 변동통지를 하였으며, 2024.11.30. 처분청에게 인정상여 과세자료를 통보하였다.

 마. 이에 처분청은 2025.12.8. 청구인에게 2022년 과세연도 종합소득세 91,629천원, 2023년 과세연도 종합소득세 491,752천원, 합계 583,381천원을 과세하겠다는 내용의 과세예고 통지를 하였다.

 바. 청구인은 이에 2026.1.6. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 불채택 결정되었고, 처분청은 2026.3.3. 청구인에게 2022년 과세연도 종합소득세 92,682천원, 2023년 과세연도 종합소득세 497,406천원, 합계 590,088천원을 결정․고지하였다.

 사. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.28. 이 건 이의신청을 하였다.

2. 청구인 주장

 가. 쟁점법인의 수입금액에 대하여 실질귀속자에게 과세자료를 파생하였음에도 불구하고 추계결정한 법인소득을 청구인에게 상여 처분하여 종합소득세를 과세하는 것은 이중과세이므로 처분청이 청구인에게 한 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

   1) 추계결정이라 함은 증빙서류가 없거나 그 내용이 미비 또는 허위일 때 예외적으로 인정하는 것으로 세무조사의 권한이 없는 세원에서 일반적인 세무공무원이 금융거래내역을 강제로 열람하거나 거래상대방이나 관련인을 질문조사 할 수 없는 제한된 업무처리 상황 속에서 납세자로부터 자료 제출 협조까지 되지 않는 때에 한하여 매우 엄격하고 제한적으로 행사되어야 하는 과세권임에도 불구하고 소득금액을 계산할 때 필요한 부동산 매출자료, 금융거래내역, 관련인 다수의 진술 및 인적사항 등 증명서류를 충분히 확보하였고 이에 대한 중요한 부분이 미비 또는 허위임이 명백하다고 볼 수 없는 추계결정 사유에 해당하지 않는 이 사건에 대해 조사청은 국세기본법 제14조(실질과세), 국세기본법 제16조(근거과세), 법인세법 제66조(결정 및 경정) 및 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정) 규정을 위반하는 추계결정 처분을 하였다.

   2) 조사청은 전산분석과 부동산 등기부등본 등을 확인하여 압류 등의 조치를 취하며 계속 자료를 수집하였고, 대표자 및 법인 관련인에게 질문검사권을 이용하여 출석요구, 질문조사를 한 점에 비추어 볼 때 강력한 공권력인 세무조사를 통해 쟁점법인의 금융거래내역을 전부 수집 및 분석하여 활용한 것으로 보인다.

   3) 조사청은 수집한 각종 부동산 거래정보, 금융거래내역 분석자료, 관련인 질문조사 문답서 등으로 소득의 귀속금액을 충분히 확인하였고 국세기본법 제14조에 의거한 실질과세원칙에 따라 이를 실질귀속자에게 각각 소득으로 과세하였음에도 불구하고 세무조사를 통해 확보한 수많은 자료에 대한 충분한 검토 없이 조사방법 등을 완전히 무시해 버리고 막연한 방법으로 추가로 추계결정한 세무조사 결정은 무효이므로, 추계에 의한 소득금액변동통지에 따라 처분청이 청구인에게 한 종합소득세 과세처분도 취소하여야 한다.

   4) 상기와 같은 이유들과 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) 규정에 의하여 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 세무조사로 확보한 자료를 통해 실질과세원칙에 따라 객관적이고 공정한 세무조사에 따른 합리적인 과세처분을 하여야 할 의무가 있기에 해당 부동산 조사유형의 경우 국세청은 과거부터 이러한 금융거래내역 등을 토대로 객관적인 자료에 근거하여 실질과세원칙에 따른 과세처분을 진행하여 왔음에도 불구하고, 이 사건 세무조사는 무리한 중복과세를 진행함에 따라 헌법상 과잉금지원칙을 심히 위배하였다.

   5) 세무조사를 하지 아니하고도 가능한 추계결정 처분을 굳이 세무조사를 통해 계좌를 강제로 열람하여 분석하고 이를 토대로 다수의 관련인에게 출석요구 및 질문조사를 하는 등 다양하고 넓은 공권력을 행사해가며 자료를 수집한 만큼 성실히 분석하여 조사하였어야 했고, 소득처분을 하더라도 추계처분이 아니라 금융자료 등 객관적인 증거자료에 입각하여 근거과세를 하는 것이 공정하고 정당한 원칙적인 과세인 것으로 보이나, 조사청은 무리한 이중과세를 진행하여 헌법의 지배를 받는 조세법에서 헌법상 과잉금지원칙을 위배하고 납세자의 권익을 심각하게 침해하는 결과에 이르게 되었으므로 처분청의 청구인에 대한 종합소득세 과세는 위법ㆍ부당한 처분이다.

   대법원도 이러한 세무조사권의 남용이나 오용을 막지 못한다면 납세자의 사생활의 평온이나 재산권을 침해하고 나아가 과세권의 중립성과 공공성 및 윤리성을 의심받는 결과가 발생할 것이며, 법치주의에서 국가권력의 행사가 공공선의 실현이 아닌 집단의 이익에 의하여 좌우된다면 권력의 남용과 오용이 발생하고 국민의 자유와 권리는 쉽사리 침해되어 힘에 의한 지배가 되고 말기에 법치주의는 국가권력의 중립성과 공공성 및 윤리성을 확보하기 위한 것이므로, 모든 국가기관과 공무원은 헌법과 법률에 위배되는 행위를 하여서는 아니 됨은 물론 헌법과 법률에 의하여 부여된 권한을 행사할 때에도 그 권한을 남용하여서는 아니 된다고 판시한 바 있다(대법원 2016두47659, 2016.12.15. 참조).

   6) 또한 소득실액의 반영과는 관계없이 오로지 불성실한 납세자에 대한 응징만을 목적으로 하는 추계과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 합리적 타당성에 대한 입증책임은 과세관청에 있고(대법원 81누244, 1983.2.8. 참조) 과세소득 확정의 기초가 되는 소득의 귀속에 관한 입증책임 또한 과세관청이 부담함이 원칙인바, 국세기본법 제16조에 따른 근거과세를 하지 아니하고 세무조사를 통해 수집한 수많은 자료에 대하여 자료파생 및 과세를 진행함과 동시에 소득의 실질귀속에 대한 입증도 없이 오직 추계결정으로 약 1,374백만원 상당의 소득을 추가적으로 청구인에게 떠넘긴 것은 무책임하고 부당한 결정이며, 추계결정한 것에 대한 합리성 또한 판단근거를 명확히 제시하지 않았으므로 이는 합리성과 타당성을 결여한 위법한 과세처분이며 아래와 같은 이유로 조사청은 어떤 사람에게 소득세를 부과하고자 할 때에는 조사한 사실에 따라 객관적인 금융거래내역 등의 자료를 통해 결정할 수 있으므로 실질조사를 통해 정확한 근거에 바탕을 두어 결과를 산출하여야 한다(대법원 86누357, 1987.5.26. 참조).

    가) 조사청에서 보유중인 전산자료 및 부동산 등기부등본 자료를 통해 정확한 매출금액 산정이 가능하고 이에 대한 다수의 소득 귀속자가 쟁점법인의 계좌거래내역에 자세하게 나타나 있어, 조사청은 해당 자료를 근거로 해당 사업과 관련된 소득의 실질 귀속자인 영업자들에 대한 지급금액을 객관적인 자료로 충분히 파악하였다는 점

    나) 조사청은 실제로 금융계좌 분석 및 조회 등을 통하여 관련인 다수에게 연락하고 접촉하여 질문조사를 진행한바, 영업자들에 대한 연락처, 주민등록번호, 국내 거주지 등 인적사항을 확인할 수 있으므로 표본을 선정해서 거래상대방인 소득의 실질귀속자에게 금융내역 등 증명자료를 제시하며 확인 검증하거나, 영업자별로 출금된 금액과 입금된 금액을 상계한 금액을 귀속소득으로 보아 과세자료를 파생하여 실질귀속자 여부를 충분히 확인하였다는 점

    다) 위 두 가지 사실에 따라 법인의 토지양도 수입금액에 대하여 조사청은 실질귀속자들의 관할세무서로 다수의 과세자료를 파생하여 실제 과세까지 진행하였는바, 이미 금융거래내역 등 근거자료에 의하여 과세자료 파생 및 과세까지 진행한 법인의 수입금액에 대하여 추가로 청구인에게 추계 상여처분까지 한 행위는 중복과세(이중과세)에 해당한다는 점

    라) 대법원에서도 추계결정은 실액조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한함은 물론 그 추계의 방법과 내용이 가장 진실에 가까운 소득실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 한다고 판시한바(대법원 81누244, 1983.2.8. 참조), 수많은 부동산 거래내역에 대해 다수의 이해관계인이 얽혀있어 현실적으로 청구인이 모든 업무를 단독으로 진행할 수 없고, 따라서 이에 대한 매출 대부분의 업무대가인 1,374백만원 상당액을 1년이 조금 넘는 기간 동안 청구인이 단독으로 실질귀속자로서 이익으로 향유한다는 것은 사회통념상 납득하기 어려운 점

   7) 이와 같이 조사청은 강력한 공권력인 세무조사를 이용하여 확보한 객관적인 증명서류를 통해 쟁점법인의 매출에 대한 실질귀속자를 확인하고 과세하고 있으므로 청구인에 대한 소득금액변동통지 처분은 위법ㆍ부당한 것으로 무효이며 그 소득금액 변동통지에 따라 처분청이 청구인에게 한 2022년 ~ 2023년 종합소득세 부과 처분은 취소되어야 한다.

3. 조사청 의견

 가. 청구인에 대한 대표자 상여처분은 법인세법에 따른 적법한 처분으로 그에 따른 종합소득세 부과 처분은 적법하다.

   1) 법인세법 시행령 제104조에 의하면 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에는 추계결정할 수 있고, 같은 법 시행령 제106조 제1항에서는 익금에 산입된 금액은 그 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타사외유출, 사내유보 등으로 소득처분하되, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 의제하고 있으며, 제2항에서는 제104조 제2항에 따른 추계결정 또는 경정에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표 상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다고 규정하고 있다.

   2) 조사청은 쟁점법인에 대한 조사를 착수할 당시 쟁점법인의 사업장 소재지에 방문하였으나 다른 사업자가 사업을 운영 중이었으며 명의상 대표자와 통화하여 사업 운영 여부를 확인한바, 쟁점법인은 사실상 폐업상태이었다.

   3) 쟁점법인의 주주와 관련 직원들에게 실사업자를 확인한 결과 청구인이 타인의 명의를 빌려 실제 운영을 하고 있는 것으로 확인되어, 쟁점법인의 대표자 및 주주를 청구인으로 변경한 후 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하였다.

   4) 실운영자가 청구인이라는 것을 확인하고 실지 조사를 하기 위하여 청구인에게 수차례 연락을 하였으나 연락이 되지 않았고 사업장도 파악되지 않아 장부에 의한 실지 조사가 불가하였다.

   5) 이에 따라 조사청은 법인세법 제66조 제3항, 같은 법 시행령 제104조 제1항에 따라 장부나 그밖에 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우로 판단하여 추계결정 및 대표자상여로 소득처분하고 조세포탈로 고발하였으므로, 실질 대표자로 확인된 청구인에게 상여처분하고 종합소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없다.

   6) 청구인이 추가로 제시한 자료는 장부가 아니라 인사기록카드 등 일부 서류에 불과하고 조사 당시에 제출되었던 자료가 아니다.

 나. 조사청에서 쟁점법인의 조사대상 기간의 금융거래내역을 조회한바, 사용처가 확인되지 않는 현금 출금액이 상여처분 금액보다 훨씬 더 큰 것으로 확인되는 등, 장부 없이 금융조사만으로 실질 귀속자별로 소득금액을 특정할 수 없었다.

   1) 추계결정ㆍ경정은 장부나 증빙이 불성실하거나 무신고 등으로 실지 소득을 특정하기 어려운 상황에서 하는 것이므로, 법인 외부로 유출된 이익이 존재하며 사외유출 이익의 실질 귀속자는 법인세법 시행령 제106조 제2항에 따라 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다.

   2) 조사청은 쟁점법인에 대하여 추계결정․경정을 할 때 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호에 의하여 동업자 권형에 따라 17.15%의 소득률을 적용하여 2022년, 2023년의 과세표준을 산정하였는데, 결국 납세자가 장부를 제출하지 않았어도 각 연도에 수입금액의 82.85%만큼은 손금으로 인정한 것이며 청구인이 주장하는 영업직원에 대한 판매수당은 이미 추계결정에 따른 손금에 포함된 것으로 봄이 타당하다.

(표 생략)

   3) 조사청은 2022.5.4.부터 2023.12.31.까지 쟁점법인의 계좌에 대하여 금융조사를 실시하여 조회된 쟁점법인 명의 계좌는 수협은행 9개 계좌로 이들 계좌에서 출금된 금액은 2022년 7,945백만원, 2023년 16,351백만원, 합계 24,296백만원이고, 쟁점법인이 CD기 등으로 현금 출금한 금액은 2022년 1,072건 852백만원, 2023년 2,713건 2,198백만원, 합계 3,785건 3,050백만원으로 확인되고 있어 법인자금이 외부로 유출되었으나 사용처가 확인되지 않는 금액이 상여처분한 금액(2022년 280백만원, 2023년 1,093백만원, 합계 1,373백만원)보다 훨씬 더 큰 것으로 확인된다.

   4) 쟁점법인의 사업자등록을 신청한 N은 청구인이 실질적으로 쟁점법인을 운영하고 있음에도 본인 계좌를 사용하지 않고 경리직원의 계좌와 체크카드를 사용하였다고 진술하였고, 쟁점법인의 계좌 적요란에서 청구인 관련 지출액은 19건 7.6백만원에 불과한 것으로 확인되는데, 추계결정․경정된 소득을 사용처가 확인되지 않는 현금 출금의 방법 등으로 인출된 것으로 보아 대표자에게 한 상여처분은 정당한 것으로 확인된다.

(표 생략)

 다. 조사청은 장부나 증명서류가 없어서 추계결정․경정을 하면서 법인세법 시행령 제106조 제2항에 따라 대표자에게 상여 처분을 한 것이며, 금융조사를 통해 판매수당 등으로 의심되는 건에 대하여 자료파생한 것은 별개의 건으로 이중과세가 아니다.

   1) 쟁점법인은 2022.5.2. 개업하여 부동산을 취득한 후 다수의 매수자들에게 부동산을 양도하였으나 2022~2023년 귀속 법인세 및 토지 등 양도차익에 대한 법인세를 무신고 하였다.

   2) 조사청은 부동산 실거래가 신고자료에서 확인된 매출액으로 수입금액을 확인하였고, 매출원가에 대하여 장부 등 객관적인 증빙을 토대로 검토하여 결정하여야 하나 쟁점법인은 사업장도 없고 실제 운영자인 청구인도 연락이 되지 않아 사실상 확인이 불가한 상태였다.

   3) 조사청은 쟁점법인의 2022년부터 2023년 기간 동안 금융거래 내역을 조회하여 판매수당 등으로 의심되는 건에 대하여 과세자료로 파생하였으나 이는 소득처분에 의한 것이 아니며, 판매수당 등으로 의심되는 자료를 추출하여 자료파생을 한 것으로 일부는 입금액과 출금액이 동시에 있는 자도 있어 실제 소명내용에 따라 자금차입과 관련된 거래 등 법인 손금과 관련이 없는 것으로 판명될 수도 있으므로 확정된 판매수당이라 할 수 없다.

   4) 즉, 조사청은 장부나 증명자료가 없어서 추계결정․경정을 하면서 법인세법 시행령 제106조 제2항에 따라 대표자에게 상여처분을 한 것이며, 금융조사를 통해 판매수당 등으로 의심되는 건을 추출하여 대상자에게 자료파생한 것은 상여처분과는 별개의 건이다.

 라. 결론

   위와 같이 쟁점법인이 추계결정ㆍ경정사유에 해당하여 조사청이 법인세법에 따라 청구인에게 대표자 상여처분한 것은 적법하며, 영업사원들에게 지급한 수당에 대한 과세자료 통보는 법인세 결정에 따른 소득처분이 아니라 이들의 판매수당에 대한 종합소득 무ㆍ과소신고 혐의에 대한 것으로 별개의 건으로 봄이 타당하므로 ‘22년, ‘23년 귀속 종합소득세 과세를 취소해달라는 청구인의 주장은 기각되어야 한다.

4. 조사청 의견에 대한 청구인 항변

 가. 현금 출금액의 대부분은 영업자들에게 일비로 지급한 것으로 처분청은 실질과세 원칙에 따라 귀속자별로 과세하여야 한다.

   1) 조사청은 실지소득을 특정하기 어려운 상황으로 법인 외부로 유출된 이익이 존재하고 현금 출금액보다 적은 금액을 상여처분 하였다고 주장하나 현금 출금된 금액 대부분은 수많은 영업자들에게 일비로 지급된 것이고, 조사청은 동업자 권형에 따라 17.15% 소득률을 적용하여 5,307백만원 상당의 손금을 인정하였다고 하나 실제 영업자들에게 지급한 인건비 또는 수당, 건물 임차료 등을 확인하여 보면 쟁점법인의 이익은 거의 없는 것이 확인된다.

   2) 조사청이 제시한 판례 등은 심판례 혹은 하급심 판례에 불과한바, 청구인이 제출한 대법원 판례에 따르면 불가피하게 추계처분을 할 수밖에 없는 경우라도 그 추계의 방법과 내용은 가장 진실에 가까운 소득실액을 반영할 수 있어야 하는 것이나 조사청은 쟁점법인에서 청구인이 단독으로 약 1년 동안 전체이익의 대부분인 약 1,373백만원 상당의 대가를 독점했다는 전제 하에 사회통념상 납득하기 어렵고 실질 귀속자별 과세원칙에 반하는 부당한 추계처분을 하였다.

   3) 청구인에게 한 추계과세 소득처분은 비슷한 상황의 다른 납세자들과 비교해 불공정하게 높은 세금을 부과받은 경우 또는 특정 납세자에게 차별적으로 과세가 이루어진 경우로서 조사청은 헌법 제38조에서 규정하고 있는 조세법의 2대 대원칙 중 하나인 조세평등주의와 그에 대한 하부원칙이자 구체적 실현규정인 실질과세원칙에 어긋나는 위법․부당한 처분을 한 것이다.

5. 심리 및 판단

 가. 쟁점

   실질귀속자들에게 자료파생을 하였음에도 불구하고 추계결정한 법인의 과세표준을 대표자에게 상여 처분하여 소득세를 과세하는 것은 이중과세에 해당하는지 여부

 나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

    ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

    ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

   2) 국세기본법 제16조【근거과세】

    ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

    ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

   3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】

    ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

    ④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

   4) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

    ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

    ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

   4-1) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

    ① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

     1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

    ② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

     1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

      가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

      나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

      다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

     2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. (단서생략)

    ③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

     1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

      가. 사업외수익에 직접 대응되고 증명서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액

      나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액

      다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

     2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

     3. 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금

   5) 법인세법 제67조【소득처분】

    다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

     2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   5-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

    ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. (후단 생략)

    1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

     가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

     나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

     다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

     라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

    ② 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. (단서생략)

   6) 법인세법 제68조【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】(2023.12.31. 법률 제19930호로 개정되기 전의 것)

    제66조 제3항 단서에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1항 제1호 및 제57조를 적용하지 아니한다. (단서생략)

   7) 법인세법 제69조【수시부과결정】

    ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 그 사업연도 중에 대통령령으로 정하는 사유(이하 이 조에서 "수시부과사유"라 한다)로 법인세를 포탈(逋脫)할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 수시로 그 법인에 대한 법인세를 부과(이하 "수시부과"라 한다)할 수 있다. 이 경우에도 각 사업연도의 소득에 대하여 제60조에 따른 신고를 하여야 한다.

    ② 제1항은 그 사업연도 개시일부터 수시부과사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 하여 적용한다. 다만, 직전 사업연도에 대한 제60조에 따른 과세표준 등의 신고기한 이전에 수시부과사유가 발생한 경우(직전 사업연도에 대한 과세표준신고를 한 경우는 제외한다)에는 직전 사업연도 개시일부터 수시부과사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 한다.

    ③ 제1항에 따른 수시부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   7-1) 법인세법 시행령 제108조【수시부과결정】(2026.2.27. 시행령 제36130호로 개정되기 전의 것)

    ① 법 제69조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

     1. 신고를 하지 아니하고 본점등을 이전한 경우

     2. 사업부진 기타의 사유로 인하여 휴업 또는 폐업상태에 있는 경우

     3. 기타 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우

    ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 제1항 각 호의 사유가 발생한 법인에 대하여 법 제69조 제1항에 따른 수시부과를 하는 경우에는 제103조 제2항 및 제104조 제2항과 법 제55조 제2항을 준용하여 그 과세표준 및 세액을 결정한다. 이 경우 법 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정은 적용하지 않는다.

 다. 사실관계

   1) 처분청의 청구인에 대한 2022년 ~ 2023년 과세연도 종합소득세 결정 주요 내용은 아래와 같다.

(표 생략)

   2) 쟁점법인의 2022 ~ 2023 사업연도 법인세 결정 내역은 아래와 같다.

(표 생략)

   3) 국세청 전산자료에 의하여 확인되는 쟁점법인의 사업자등록사항에 따르면 쟁점법인은 2022.5.2. 대전광역시 F건물, G층에서 부동산컨설팅을 주업으로 개업하였고, 대표자는 H, 주주명부상 주주는 H(지분율 40%), C(지분율 30%), I(지분율 30%)로 확인되며, 쟁점법인의 사업자등록신청 당시 제출된 서류는 아래와 같다.

(그림 생략)

   4) 쟁점법인의 법인등기사항일부증명서는 아래와 같다.

(그림 생략)

   5) 쟁점법인을 관할하는 E세무서장은 2024.3.22. 쟁점법인 개업당시 대표자를 H에서 청구인으로, 주주현황을 청구인 600주(60%), H 400주(40%)로 변경하고, 2024.5.31. 쟁점법인의 사업자등록을 2023.12.31.자로 직권 폐업처리 하였다.

   6) 국세청 전산자료에 의하여 쟁점법인의 법인세, 원천세 등 신고․납부내역이나 지급명세서 제출 내역은 없는 것으로 확인된다.

   7) 국세청 전산자료에 의하여 청구인은 부당하게 타인의 명의로 쟁점법인 사업자등록을 하여 조세를 포탈한 혐의로 2024.5.16. B지방국세청장에 의하여 고발된 것으로 확인되고, J 주식회사, K 주식회사, L 주식회사와 관련하여 조세포탈 실행위자로 2025.6.5., 2025.6.5., 2026.4.16. M지방국세청장에 의하여 각 고발된 것으로 확인된다.

   8) 청구인은 항변서 제출 이후 청구주장을 뒷받침할 증빙자료로 쟁점법인의 영업부서 직원관리카드 224장, 2023.1.2. ~ 2023.12.27. 기간 동안의 출근부, 일비 지급현황을 제출하였으며, 직원관리카드는 아래와 같다.

(그림 생략)

   9) 청구인이 제출한 출근부는 아래와 같다.

(그림 생략)

   10) 청구인이 제출한 일비 지급현황은 아래와 같다.

(그림 생략)

   11) 조사청이 제출한 쟁점법인에 대한 부동산거래 범칙조사 종결보고서 내용을 일부 발췌하면 아래와 같다.

   12) 조사청이 제출한 청구인, 쟁점법인, H에 대한 고발서 주요 내용은 아래와 같다.

   13) 조사청이 제출한 쟁점법인의 명의상 대표자 H 문답서 내용 일부를 발췌하면 아래와 같다.

   14) 국세청전산자료에 의하여 확인되는 쟁점법인의 부동산실거래가신고자료에 따르면 쟁점법인은 2022 ~ 2023년 동안 세종시 U 등 12건의 토지를 합계 1,713,400천원에 양수하여 2022.12.27. ~ 2024.3.6. 기간 동안 토지의 지분을 분할하여 313회에 걸쳐 합계 7,504,860천원에 양도한 것으로 확인된다.

   15) 2023년 귀속 기준경비율은 2024.3.29. 국세청고시 제2024-9호로 고시되었으므로, 조사청이 쟁점법인에 대한 법인세 결의서를 작성한 2024.3.21.에는 기준경비율이 결정되지 아니하여 동업자 권형 방법에 따라 법인의 소득금액을 추계결정하는 경우에 해당한다.

 라. 판 단

  법인세법 제67조 및 법인세법 시행령 제106조에서는 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자 등에게 배당ㆍ이익처분에 의한 상여ㆍ기타소득ㆍ기타사외유출로 처분하고, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다)에게 귀속된 것으로 보며, 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다고 규정하고 있다.

   청구인은 쟁점법인의 소득 중 사외유출된 금액을 그 귀속자에게 과세자료로 파생하였음에도 불구하고 쟁점법인의 과세표준을 결정하면서 익금에 산입한 금액을 청구인에게 상여로 처분하여 종합소득세를 부과함으로써 이중과세를 초래하게 되어 부당하다고 주장하나,

쟁점법인은 사업자가 작성ㆍ비치하여야 할 의무가 있는 장부 등 관련 자료를 제출한 적이 없어 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 해당하여 조사청이 2023 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 추계결정하고 결정된 과세표준과 당기순이익과의 차액을 대표자에 대한 상여로 처분한 것은 타당해 보이는 점, E세무서장이 쟁점법인의 부동산 취득․양도 과세자료에 근거하여 2022 사업연도 법인세 과세표준을 결정하고 익금에 산입한 금액을 귀속이 불분명한 경우로 보아 대표자에 대한 상여로 처분한 것 또한 타당해 보이는 점, 청구인은 심리과정에서 직원관리카드, 출근부, 일비지급현황을 증빙으로 제출하였으나 쟁점법인 계좌에서 출금된 현금이 쟁점법인의 손금으로 지출된 것인지, 누구에게 얼마나 귀속된 것인지 확인되었다고 보기 어려운 점, 법인세법상의 대표자에의 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 점(대법원 92누3120, 1992.7.14. 참조), 추계결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액이 사외에 유출되었는지의 여부나 사외에 유출되었다면 실제로 누구에게 귀속되었는지를 따지지 아니하고 그 차액이 사외에 유출되어 대표자에게 귀속된 것으로 의제하여 그 차액을 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 소득처분을 함으로써 법인세의 과세표준을 신고할 의무나 법인세의 소득금액을 계산하는데 필요한 장부ㆍ기타 증빙서류 등을 비치ㆍ기장할 의무를 제대로 이행하지 아니한 법인의 대표자에게 그에 따르는 책임을 물으려는 제도인 점(대법원 89누8231, 1990.9.28. 참조) 등으로 보아, 처분청이 청구인에게 2022년 ~ 2023년 과세연도 종합소득세를 결정․고지한 당초 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

6. 결 론

 이 건 이의신청은 청구인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.