주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구인은 1979.3.15. 인천 A 답 260㎡(이하 “쟁점토지① ”이라 한다)와 1983.4.18. 인천 B 전 155㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다), C 전 60㎡(이하 “쟁점토지③”이라 하고 쟁점토지①～③을 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 2022.3.21. D 외 2인에게 쟁점토지 전부를 000,000,000원(취득가액은 환산가액 적용)에 양도하고 2022.4.14. 양도소득세 예정신고 시 산출세액 000,000,000원에 대하여 자경농지 양도소득세 감면규정(감면세액 000,000,000원)을 적용하여 양도소득세 00,000,000원을 신고․납부하였다.

다. 처분청은 2024.8.12.부터 9.10.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 충족하지 못하는 것으로 보아 감면세액을 배제하고 비사업용토지 중과세율을 적용하여 2024.11.1. 청구인에게 2022년 과세연도 양도소득세 000,000,000원을 고지하였다.

라. 청구인은 위 처분에 대해 2025.2.3. 인천지방국세청에 이의신청(이의-인천청-2025-0011)을 제기하였으며 2025.4.16. 기각결정을 받았다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

(이 면 이하 여백)

2. 청구주장

가. 취득 경위 및 용수 사정

청구인은 1974.8.10. 용유 E학교에서 영농 교육을 이수한 이후(증 제1호증) 영농을 위하여 1979년과 1983년에 쟁점토지를 취득하였다. 취득 당시 쟁점토지① 일부에서 샘물이 나와 웅덩이를 파 용수를 받아쓰는 용도로 사용하였다.

나. 무허가건물과 농기계수리점, 농업용 전환

 쟁점토지② 일부에는 무허가 건물이 있었고, 청구인은 해당 건물에 농기계 수리점 사업자등록을 하여 1982.1.～1992.6. 동안 운영하였다. 다만, 해당 건물은 수리점만을 위한 공간이 아니라, 소작을 위한 경운기 보관․수리 장소, 소 사육을 위한 축사, 농작물 보관 창고 등 사실상 농막(농업용 건물)으로 사용되어 왔다(증 제2호증). 1992.6.경 수리점이 다른 장소로 이전한 후에도 농업용 건물로의 사용은 지속되었다.

다. 자경 입증자료(일기, 사진, 금융거래)

 처분청은 자경 입증 증빙이 없다고 하나 이는 사실과 다르다. 자경 주장 기간은 1979년～2000년으로 청구인은 쟁점토지에서 고추․배추 등 채소류를 장기간 재배하였고, 그 공정(파종-제초-수확)은 청구인 일기에 구체적인 일자와 함께 기재되어 있다. 1999년 일기(붙임 1)에는 못자리․이앙․멀칭․수확 등 세부 행위가 날짜별로 기재되어 있고, 1999년 소작용 농기계 구입 및 영농생산자금 관련 대출금 상환에 대한 거래내역확인서(증 제3호증)도 존재한다.

라. 오래된 시기의 증빙 한계와 대체증거의 허용

 일기장에 기재된 자경의 구체적인 내용은 자경 입증 증빙으로 볼 수 있고(조세심판원 심사양도2013-0030, 2013.4.30.), 입증해야 하는 시기가 오래전이라 모든 근거자료를 현재까지 보존하기 어려운 한계는 경험칙상 수긍된다.(서울고등법원 2017누59309, 2018.2.14.) 따라서 일기․사진․인우보증․거래내역 등 대체증거의 결합으로 자경을 인정해야 한다.

마. 자경기간의 법리 및 항공․로드뷰의 한계

 자경감면에서 요구되는 자경기간은 취득일부터 양도일까지 사이에 통산하여 8년 이상이면 족하고, 양도일부터 소급하여 8년 이거나 연속 8년만을 요구하는 것은 아니다. 처분청이 제시한 로드뷰는 2008년 이후의 외관에 불구하고 자경기간(1979년～1999년)과는 직접적인 관련이 없다. 항공사진 또한 촬영시기․계절․해상도․작물 특성 등에 따라 경작 여부 식별에 한계가 있을 수 있다.

바. 재산세 과세자료의 취지

 처분청은 E구청의 재산세 부과내역을 들어 자경을 부인하고 있으나, 1995년 이전 자료는 조회 불가이고, 1995년～2011년은 분리과세(농지)로 과세된 사실이 확인된다. 이는 처분청 자료 자체로도 동 기간 쟁점토지가 농지로 평가되어 왔음을 의미한다.

(이 면 이하 여백)

3. 처분청 의견

가. 사실관계 등

 1) 청구인은 쟁점토지를 ’22.03.21. 양도하고 8년자경 감면 세액 100백만원 적용하여 양도소득세 신고하였다.

 2) 조사관서는 양도물건 3필지 중 669-4, 670-8 2필지가 공부상 지목은 “전”이나 현황 지목이 대지로 별도합산과세대상 재산세가 부과된 내역이 확인되어 8년자경 감면 적정 여부를 확인하기 위해 ’24.8.12. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 착수하였다.

 3) 청구인이 쟁점토지를 농지로 사용하였음을 확인할 수 없어 조사관서는 쟁점토지 8년자경 감면 제외, 비사업용 토지로 중과세율 적용하여 양도소득세 000,000,000원 경정․고지하였다.

  (1) 쟁점토지 중 인천 F, 670-8은 2012년부터 양도 직전인 2021년까지 669-4 건축물의 부속토지로 재산세 별도합산 과세되었음이 확인된다.

  (2) E구청에 확인한 바 인천 F 소재 건축물은 1982년 준공되어 청구인에게 재산세 부과(근린생활시설)된 사실을 확인하였다.

  (3) 로드뷰 등을 통해 확인 가능한 가장 오래된 시점인 2011년부터 2015년까지 해당 소재지에 음식점을 운영하였음이 확인되고 2015년 사진에서는 음식점 건물이 철거된 것으로 확인되나 이후 해당 토지는 나대지로 사용된 것으로 판단된다.

  (4) 청구인은 쟁점 토지 외 주거지 근방의 인천 G 답을 2006년부터 소유하고 있던 사실을 확인하였다.

 5) ’24.11.1. 조사관서는 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과 8년 자경 감면을 부인하고, 비사업용 토지로 중과세율 적용하여 양도소득세 000,000,000원 고지하였다.

나. 조사내용 및 과세근거

가. H, 670-8 공부상 지목 전에 대한 조사내용

 1) 해당 토지에 대한 재산세 부과내역 확인한 바 2011년까지 분리과세(농지)로 과세되었고 2012년부터 2021년까지 근린생활시설 건축물(66.3㎡)의 부속토지로 별도합산 과세되었음이 확인된다.

 2) 669-4번지에 대한 건축물 내역 조회한 바 준공일 1982.1.1., 양도인 I 취득일 1982.10.10.로 확인된다.

 3) 항공사진 등 확인한 바 2008년 해당 건물에 음식점이 운영되고 있음이 확인되고 해당 음식점 앞은 시멘트로 음식점의 주차장으로 이용된 것으로 판단되고 2015년 이후 사진에서 해당 건물은 멸실된 것으로 확인되나 토지는 시멘트로 덮여있는 등 해당 토지에서 농사를 지은 사실은 확인되지 않는다.

 4) 8년 자경 농지 감면은 양도당시 농지인 경우로서(조특령 제66조 4항) 양도인은 해당 번지에 대해 농지 변경 증빙으로 2021.9.20. 촬영된 사진을 제출하며 양도 당시 농지였음을 주장하나, 농지 회복을 의한 복토 내역, 재배 작물 내역 및 이후 농사 내역 등 자경 관련 증빙을 제출하지 않았고 항공사진 등을 검토한 바 2021.7.월까지도 해당 토지에서 농사를 지은 사실이 확인되지 않는 등 양도계약일 2022.1.21. 직전에 농지로 보이기 위해 토지정리작업을 한 것으로 판단된다.

 5) 현장확인 당시에도 해당 지번에 나무 일부와 잡초 방지를 위한 비닐 등이 씌워져 있어 농사를 짓는 땅으로 보이지 않는 등 양도 당시 농지에 해당하지 않고, 양도일 이전 농지로 이용하지 못한 부득이한 사유도 확인되지 않는 등 감면은 부적정하다.

나. J 지목 답에 대한 조사내용

 1) 현장확인 당시 펜스로 출입이 안되는 상태였으며 큰 나무들이 자라고 있는 등 농지로 이용되고 있지 않았고, 주변 탐문 결과 해당 번지는 물이 모이는 곳으로 농사가 어렵다는 사실을 확인하였다.

 2) 2008년부터 건물 철거된 2015년 직전까지 위성사진에서 나무로 덮여있어 경작 확인불가하고, 로드뷰를 통해 2015년 669-4 건물 철거 후 일부 사진등에서 668-6 지번에 오래된 듯한 잡목들만 확인 가능 등 농지로 사용된 사실 확인되지 않으며, 해당 지번에서 농사를 지었음을 주장하는 증빙 등 제출되지 않았다.

 3) 8년 자경 농지 감면은 양도당시 농지인 경우로서(조특령 제66조 5항) 해당 토지 양도 당시 농지로 볼 수 없고 8년 자경 확인되지 않는 등 감면 부적정한 것으로 판단된다.

다. 결론

 8년자경 감면에 대한 입증책임은 감면받고자 하는 납세자에게 있음에도(춘천지방법원-2016-구합-51298 외 다수) 청구인은 해당 소재지에서 자경하였음을 입증하는 증빙을 제출하고 못하고 있으며 과거 항공사진과 재산세 부과내역 등 확인한 바 해당 토지가 양도 당시 농지로 사용되지 않은 것으로 판단된다.

 따라서, 조사관서가 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과 8년 자경 감면 부인하여 ’24. 11. 1. 청구인에게 고지한 양도소득세 000,000,000원은 정당하다.

(이 면 이하 여백)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 농지로 8년 이상 자경농지 감면규정이 적용된다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 1-1) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

   1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

   2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

   3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

  ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

  ⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

   2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

  ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

   1. 「소득세법」제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

   2. 「소득세법」제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

 1-2) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】

   ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

 2) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

  ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

   8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

(이 면 이하 여백)

 3) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

  ① 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

   1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

    가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.

 3-1) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

   1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

    가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

    나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

    다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

 3-2) 소득세법 시행령 제168조의8【농지의 범위 등】

  ② 법 제104조의3제1항제1호가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」제66조제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제66조제14항을 준용한다.

(이 면 이하 여백)

다. 사실관계

가. 쟁점토지 보유기간 중 청구인의 거주이력은 다음과 같다.

<청구인의 주민등록등(초)본 내역>

나. 쟁점토지 보유기간 동안 청구인의 사업이력 및 소득내역은 다음과 같다.

<청구인의 사업소득과 근로소득 내역>

(천원)

다. 네이버 지적도 상의 쟁점토지 위치는 다음과 같다.

라. 청구인이 쟁점토지는 농지에 해당하며 직접 경작하였다고 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 쟁점토지①의 주변 땅에서 자란 나무가 청구인의 토지를 덮은 것일 뿐이라고 주장하며, 1989년과 1992년의 항공사진을 제출하였다.(이의신청 시 제출)

2) 쟁점토지②, ③이 양도일 당시 농지였음을 주장하며 2021.9.20. 촬영한 사진을 제출하였다.(이의신청 시 제출)

 3) 쟁점토지를 직접 경작하였음을 확인하는 인근 주민 R 외 4인의 인우보증서를 제출하였다.(이의신청 시 제출)

 4) 청구인은 쟁점토지를 경작했다는 주장을 뒷받침하기 위해 1997년～1999년 작성한 일기장을 제출하였으며, 일부 발췌한 내용은 다음과 같다.

마. 처분청이 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 아니한 것으로 판단한 근거는 다음과 같다.

 1) 연도별 쟁점토지①의 항공사진 및 쟁점토지②, ③ 로드뷰

 2) 쟁점토지의 재산세 부과내역은 다음과 같다.

라. 판단

 1) 관련법리

  가) ｢조세특례제한법｣ 제69조제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항에 따르면 거주자가 농지소재지에서 8년 이상 거주하면서 당해 토지를 직접 경작하고, 그 토지가 양도일 현재 농지인 경우 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다라고 규정하고 있다.

  나) ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제27조는 농지는 전･답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막･퇴비사･양수장･지소･농소･수로 등을 포함하는 것으로 한다라고 규정하고 있다.

  다) 대법원은 양도한 토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니라고 판시하고 있다(대법원94누996. 1994.10.21. 등).

 2) 쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 농지로 8년 이상 자경농지 감면규정이 적용된다는 청구주장에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점토지는 양도 당시 농지인 경우로 보기 어려워 8년 이상 자경농지 감면규정이 적용되지 않는 것으로 판단된다.

   (1) 쟁점토지①은 청구인과 처분청 모두 물이 모이는 곳으로 작물 재배에 적합하지 않다는 사실을 인정하고 있으며, 항공사진을 통해서도 우거진 수목이 당해 토지 전체를 덮고 있는 것으로 보이는 등 농작물을 재배하는 토지로 보이지 않는다. 다만, 쟁점토지②,③이 농지에 해당할 경우에는 쟁점토지①도 농소 등으로서 농지에 해당할 수 있는 것으로 보여진다.

   (2) 이에 쟁점토지②,③이 농지에 해당하는지에 대해 살펴보면 ^①2012년부터 쟁점토지 양도 직전인 2021년까지 인천광역시 중구의 재산세 부과내역이 농지가 아닌 건물의 부속토지로서 재산세가 별도합산되어 과세되었고 ^②네이버 로드뷰 등을 통해서도 농지 외 용도로 사용되어 온 것이 명확히 확인되는 것으로 볼 때 최소 2012년부터 양도일 직전인 2021년까지 농지로 보이지 않는다.

   (3) 청구인은 장기간 농지 외 용도로 사용되어 온 쟁점토지②,③을 2021.9월 농지형태로 복구하였다고 주장하며 당시 촬영사진을 제출하였으나, 복구 이후 파종작물, 재배과정, 수확물 등 쟁점토지를 실지 농지로 이용하였다는 사실에 관한 증거는 제시하지 못하고 있으며 ^①복구직후인 ’22.1월 양도계약이 체결된 점 ^②처분청이 본 건 처분과 관련하여 ’24.8월 현장확인 당시에도 농지라고 보기 어렵다고 판단한 점 ^③양도이후인 ’22년도 재산세도 건물의 부속토지로서 별도합산되어 과세된 점과 로드뷰 사진이 이를 뒷받침 하는 점 등으로 볼 때 쟁점토지②,③은 양도일 당시 농지로 사용되었다고 보기 어렵다.

  나) 이상의 사실을 통해 볼 때, 쟁점토지가 양도일 현재 농지라고 보기 어려워 8년 자경농지 감면규정 적용을 배제한 처분청의 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유가 없으므로 「국세기본법」제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.