이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.6.1. 설립된 법인으로 소방, 방염 전문공사업을 주업종으로 하여 사업을 영위하였으며, 2015.4.15. A에서 B로 대표이사를 변경하였고, 2016.1.7. B에서 A로 다시 대표이사를 변경한 후 2020.3.31. 폐업하였다.

나. C(이하 “조사청”이라 한다)은 D의 대표인 E의 개인통합조사를 실시한 결과, 경기도 F의 기계 소방 및 위생 배관 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 D가 G(대표 B)으로부터 수취한 매입세금계산서 000,000,000원 (이하 “쟁점공사금액”이라 한다)의 실공급자가 청구법인임을 확인하여 과세 자료를 통보하였다.

다. 처분청은 과세자료를 통보받아 쟁점공사금액을 청구법인의 매출 누락으로 보아 2025.4.3. 부가가치세 및 법인세 과세예고통지를 하였고, 이에 청구법인은 2025.5.7. 과세전적부심사를 청구하였으나 불채택 결정되어 처분청은 2025.6.16. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 00,000,000원, 2016사업연도 법인세 00,000,000원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.18. 이의신청을 제기하였고 2025.11.14. 재조사 결정되었다. 이에 따라 처분청은 재조사 종결 후 2025.12.18. 부외 인건비 00,000,000원을 추가 손금 인정하여 2016사업연도 법인세 00,000,000원을 감액 경정하는 내용의 재조사 결정통지를 하여 2025.12.24. 청구법인에게 송달되었다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.과세처분이 위법·부당한 이유

1) 청구법인 대표이사 A는 D의 E과 김포 현장과 관련된 공사를 계약한 사실도 알지 못한다.

2) H세무서는 청구법인 대표이사 A가 실질적으로 공사를 하였다고 주장하나 그 어디에도 입증자료가 없다. 청구법인의 이전 대표자 B가 관리하던 청구법인 법인통장에 입금된 사실이 청구법인이 공사를 하였다는 입증자료가 될 수 없다. 청구법인 대표이사 A가 관리를 소홀히 한 점은 인정하나 공사를 했다는 입증자료는 아니다.

3) 소방공사를 하려면 반드시 소방착공 신고를 하여야 하며, I소방서에 확인한바 착공 및 준공신고서를 제출한 곳은 “㈜J”였고, 소방공사를 완료하여 소방완공필증도 ㈜J로 발급되어 실제 공사한 업체는 ㈜J라는 사실이 확인되었다.

4) 청구법인 대표이사 B로 계약한 계약서는 D E이 대표이사가 변경된 사실을 모르고 임의로 작성하였고, B는 일할 욕심에 공사 현장과 공사금액만을 확인하고 계약에 도장을 찍었으며 이후 B는 청구법인 대표이사 A가 계약하지 말라고 하여 B가 대표인 G으로 구두 계약하고 공사를 시공하였다. 공사를 시공하는 과정에서 공사대금이 지불되지 않아 공사를 중단하게 되었다.

5) G이 발행한 매출세금계산서 000,000,000원과 관련해서 B는 “D E에게 매출세금계산서의 부가가치세를 주지 않으면 매출세금계산서를 취소하겠다”라고 하였고, 이행하지 않아 취소하였다.

“B는 공사대금도 받지 못한 상태에서 부가가치세 00,000,000원까지 감당할 수 없어 부득이 취소하였으며, 노임과 자재 대금을 지급하지 못하는 등 지금까지 공사대금을 받지 못해 금전적인 손실이 발생하였다.”라고 말하고 있다.

또한, G 대표 B도 청구법인 대표이사 A가 D E과 계약한 사실이 없다고 하였다.

나.결론

위와 같이 청구법인 대표이사 A는 “경기 김포시 한강신도시 근린생활시설 기계 소방 및 위생 배관 공사”를 계약 및 시공한 사실이 전혀 없다.

공사를 계약하거나 시공한 사실이 없음에도 D E의 일방적인 주장과 전임 대표이사 B가 관리한 법인통장의 거래내역을 근거로 하여 과세처분한 것은 위법, 부당한 사실로 처분청에서 결정한 2016사업연도 법인세 00,000,000원과 2016.2기 부가가치세 00,000,000원의 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

가.조사청의 D 대표 E의 개인통합조사 결과, 2016.12.12. D가 G(대표 B)으로부터 수취한 매입세금계산서의 실 매입처는 청구법인으로 확정하고, 실행위자는 B로 확인하여 과세자료를 파생하였다.

청구법인의 대표이사 A는 쟁점공사금액은 청구법인의 매출이 아니라고 주장하며 전임 대표이사 B의 사실확인서를 제출하였으나 청구법인의 매출이 아니라는 사실이 입증되지 않았기에 청구법인에게 부가가치세 및 법인세 과세처분하고, B의 사실확인서에서 실행위자는 B임이 확인되므로 전임 대표이사 B에게 상여 처분하였다.

나. 청구법인은 쟁점공사는 ㈜J에서 I소방서에 ‘김포시 K’ 공사의 소방시설공사 착공 신고를 하고 준공까지 완료하였으므로 청구법인이 쟁점공사를 시공하지 않았다고 주장하나,

청구법인이 제출한 소방시설완공검사 증명서상의 소방시설공사업자인 ㈜J의 세금계산서 거래 내역을 확인한바 건축주나 시공사와의 거래는 없는 것으로 확인되었으며, 소방감리업자인 L도 건축주나 (유)M에 세금계산서를 발행한 내역이 확인되지 않는다.

다. 쟁점공사의 건축주 N은 책임준공사(공사시공자)로 (유)M을 지정하여 도급계약을 체결하였고, <표1>과 같이 (유)M은 D와 하도급계약을 체결한 사실이 세금계산서 수취내역으로 확인이 된다.

라. 또한 G(대표 B)은 해당 기간 동안 근로·사업소득 지급명세서 제출 내역이 없고 실제 공사수행 능력이 확인되지 않으며, 청구법인은 쟁점공사 관련 대금 입금계좌인 청구법인 명의 농협 계좌, 신한은행 계좌의 입·출금 내역을 제출하지 않아 쟁점공사금액의 확인이 어렵다.

마. A의 대표이사 재취임(2007.12.28.∼2015.4.15. 대표이사 역임) 후인 2016.5.4. 청구법인은 D를 공급받는 자로 하여 소방 설비공사 32백만원(공급가액)에 대한 매출세금계산서를 발행한 점, D에서 2016.5.5.∼2016.8.12. 총 15회에 걸쳐 청구법인의 계좌로 201백만원이 지급된 점, 건설업종 표준하도급 계약서, D의 공정별 대금지급 관련 정리내역, 이체확인증 등으로 보아 공사용역을 제공한 주체는 청구법인임이 확인되기에 과세처분은 정당하다.

바. 청구법인의 이의신청에 대한 재조사 결정으로 금융거래내역 제출받아 검토한바, 청구법인은 2016.8.12. ㈜M로부터 70백만원 수취, 2016.5.5.부터 2016.9.12.까지 E으로부터 수차례에 걸쳐 총 130백만원 수취하였으며 입금된 금액은 곧 주식회사 한성, 한남철물 등 매입처와 P 등 개인에게 급여로 지급된 것으로 보아 각각 매출에 대응하는 매입대금과 인건비인 것으로 판단하여 부외 인건비 00,000,000원 손금 산입하여 2016사업연도 법인세 00,000,000원 경정감 재결정하였으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사금액을 청구법인의 매출로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

3) 부가가치세법 제57조【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3.확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

4) 부가가치세법 제60조【가산세】

  ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액. 다만, 제32조제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트를 곱한 금액으로 한다.

가. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지잔 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하지 아니한 경우

다. 조사내용

1) 국세청 대내포털시스템에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

가) 처분청이 청구법인에 대한 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 경정·고지 내역은 다음과 같다.

* 전대표이사 B에게 000,000,000원 상여처분함

다) 청구법인의 기본사항 및 주주현황은 다음과 같다.

* 2007.12.28. R에서 A로 변경, 2015.4.15. A에서 B로 변경, 2016.1.7. B에서 A로 변경

라) 대표이사 A의 총사업내역은 다음과 같다.

마) 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 발행한 세금계산서 내역은 다음과 같다.

바) 청구법인에서 B에게 지급한 급여총액 내역은 다음과 같다.

사) B의 개인사업자 G의 기본사항은 다음과 같다.

아) 쟁점공사와 관련하여 G이 발행한 세금계산서 내역은 다음과 같다.

* 2016.12.12. 발행분에 대한 수정세금계산서(수정사유:계약의 해제)를 발행하였으나, 2018.09.30. 처분청에서는 2016.09.30. 000,000,000원에 대한 이중발급 및 금액오기로 확인하여 매출감 결정함

2) 청구법인은 과세전적부심사청구, 이의신청 당시 쟁점공사를 하지 않았다고 주장하며 다음과 같이 자료를 제출하였다.

가) 쟁점공사의 표준하도급 계약서를 제출하였다.

나) 청구법인은 2016.2.26. ㈜J가 I소방서에 소방시설공사 착공신고서를 제출하며 착공 신고하였고, ㈜J가 준공까지 공사를 완료하고 소방시설완공검사증명서를 발부받았으므로 청구법인이 대화이앤지와 계약할 이유가 없고, 청구법인이 공사에 참여한 사실이 없다는 취지로 다음 자료를 제출하였다.

다) 청구법인은 2025.6.30. 작성한 B의 사실확인서를 제출하였다.

3) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) 쟁점공사의 건축물대장 및 공급계약서 일부는 다음과 같다.

* 청구법인이 제출한 I소방서의 소방시설완공검사증명서상 소방시설공사업자 ㈜J가 소방시설감리업자 AA와 거래한 사실과 AA가 공사감리자인 주식회사AB와 거래한 사실이 세금계산서 수수내역에서 확인된다.

나) 처분청의 과세자료 해명 안내 시 청구법인이 제출한 B의 사실확인서는 다음과 같다. 그 내용은 “당시 사용된 법인사용인감과 법인 계좌는 전임 대표 B가 관리한 것으로 대표자 변경 후 돌려줄 것을 요구하였으나 분실하였다고 하였고, 이는 전적으로 전임 대표가 청구법인의 법인 도장 및 통장을 무단으로 사용하여 계약한 것으로 청구법인과는 전혀 관련이 없습니다”라고 기재되어 있다.

다) D(대표 E)의 조사청의 세무조사 과정에서 제출한 확인서는 다음과 같다.

라) D(대표 E)가 조사청의 세무조사 과정에서 제출한 쟁점공사의 정산내역서와 이체확인증은 다음과 같다.

마) 처분청이 재조사 결정에 따라 청구법인으로부터 제출받은 금융거래내역을 검토한 후 법 법인명의 계좌로 입금된 공사대금이 법인의 매입거래처 매입대금, 기 제출한 인건비, 부외 급여 등으로 사용된 것으로 확인되어 부외 인건비 00,000,000원을 추가 손금 인정해 주었다면서 제출한 금융거래 내역은 다음과 같다.

라. 판단

1) 국세기본법 제14조에 따라 과세표준은 형식과 관계없이 실질 내용에 따라 적용해야 한다. 한편, 조세심판원은 직원이 사업자등록증 및 예금계좌 등을 제공하여 외관을 형성한 경우 해당 사업장의 거래로 보아 과세한 처분이 정당하다고 판단하였고(조심 2011부2401, 2011.10.25. 참조), 대표자가 거래 사실을 몰랐다고 주장하더라도 해당 업무를 주도한 직원이 거래를 진행한 점이 확인된다면 해당 법인의 책임을 인정한 바 있다(조심 2012전4206, 2013.1.24. 참조)

2) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점을 종합하여 볼 때, 쟁점공사를 청구법인의 매출로 볼 수 없다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

가) 청구법인의 현 대표이사 A가 2016.1.7. 취임한 후인 2016.5.4. 청구법인이 D를 공급받는 자로 하여 00,000,000원의 소방설비공사 매출세금계산서를 정상적으로 발행한 사실이 확인되는 점

나) D(대표 E)가 조사청의 세무조사 과정에서 제출한 쟁점공사 정산내역서 등에 따르면, 2016.5.5.부터 2016.11.1.까지 총 15회에 걸쳐 합계 201백만원이라는 대금이 청구법인 명의의 계좌(신한은행, 농협)로 입금된 것으로 확인되고, 전임 대표이사 B로부터 통장과 인감 반환을 거부당했다는 청구주장은 법인의 예금계좌 및 인감에 대한 통상적인 보관‧관리 책임에 비추어 이해하기 어려우며, 거액의 자금이 장기간 청구법인 계좌로 유입된 이상 경제적 이익의 실질은 청구법인에 귀속되었다고 판단함이 타당한 점

다) 전임 대표이사 B는 2016.1.6. 대표이사에서 사임한 이후에도 2016.1.1.부터 2017.4.30.까지 청구법인에 근무하며 총 00,000,000원(2016년 00,000,000원, 2017년 0,000,000원)의 급여를 수령한 내부 직원이었던 점, 단순히 퇴사한 제3자가 아니라 현직 직원이 법인 명의와 사업자등록증을 제시하고 법인 계좌로 대금을 수취하였다면, 선의의 거래 상대방으로서는 이를 청구법인의 정상적인 영업 행위로 믿을 수밖에 없고 이는 곧 법인의 포괄적 묵인이나 관리 책임하에 이루어진 거래로 귀속시키는 것이 실질과세원칙에 부합하는 점

라) 청구법인이 쟁점공사의 실제 시공자라고 주장하는 ㈜J는 소방관서 서류에 공사업자로 등재되어 있으나, 정작 건축주나 원도급사인 (유)M은 물론 하도급사인 D와 세금계산서를 수수한 내역이 확인되지 않는 점

마) G(대표 B)은 해당 과세기간 동안 근로·사업소득 지급명세서를 제출한 내역이 없어 2억 원대에 달하는 소방공사를 단독으로 수행할 인적·물적 능력이 없었던 것으로 확인되는 점

바) 거래상대방인 D의 대표 E은 세무조사 과정에서 청구법인과 000,000,000원의 하도급 공사계약을 체결하고 공사를 진행하였다는 내용의 자필 확인서를 제출하였으며, 2015.4.15. 자로 발급된 청구법인의 사업자등록증 사본을 수취하여 보관한 사실이 확인되는 점, 거래상대방이 청구법인이 제공한 외관(계약서, 계좌, 사업자등록증)을 믿고 거래를 한 이상, 청구법인 내부의 인감 관리 소홀 등을 이유로 대외적인 매출 누락 책임을 회피하는 것은 조세 형평에 어긋나는 점

3) 따라서 쟁점공사금액을 청구법인의 매출 누락으로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.