주 문

이 건 심사청구는 인용합니다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구인은 2006.6.28. 제주시 A(이하 “쟁점지번”이라 한다) 토지 1,945㎡(취득당시 면적은 3,154㎡이나 취득 후 2012.8.2. 372-1 991㎡, 2017.7.25. 372-2 218㎡로 분할됨)를 청구인(공유지분 3,154분의 1,041), 배우자 B(공유지분 3,154분의 536), C(청구인의 시누이, 3,154분의 1,041), D(C의 지인, 공유지분 3,154분의 536) 등 4인이 공동명의로 000,000,000원에 취득하였다.

 1) 그 후 2008.12.15. 배우자 B에게서 공유지분 3,154분의 134, 2015.6.8. E에게서 공유지분 3,154분의 134를 취득하여 쟁점지번 토지의 총 공유지분 3,154분의 1,309, 토지면적 약 807.23㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 보유하게 되었다.

 2) 청구인을 포함한 공유자 전원은 2022.5.26. (주)E에 쟁점지번 토지 전면적 1,945㎡를 0,000,000,000원에 양도하였다.

 3) 청구인은 2022.6.30. 쟁점토지 양도에 대해 양도가액 0,000,000,000원, 취득가액 000,000,000원으로 하여 과세표준과 세액을 산정한 후, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면(「조세특례제한법」제69조제1항)을 적용하여 산출세액에서 000,000,000원을 공제한 양도소득세액 000,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2023.5.8.부터 5.22.까지 청구인에 대한 2022년 과세연도 양도소득세 조사를 실시하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용대상에 해당하지 않는 것으로 판단하고 동 감면을 적용배제한 후, 2023.5.30. 양도소득세 000,000,000원을 과세한다는 세무조사결과를 통지하였다. 이후 2023.6.2. 청구인의 조기결정신청에 따라 2023.6.7. 양도소득세 000,000,000원을 납부고지하였으며 청구인은 완납하였다.

다. 한편, F은 2024.10.7.～10.25. 동안 처분청 업무에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점토지는 청구인 본인이 직접 경작하지 아니한 농지이므로 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과(55% 세율 적용)하라는 처분지시를 하였으며,

 처분청은 위 처분지시에 따라 2025.2.12. 양도소득세 000,000,000원을 과세한다는 감사결과 과세예고 통지를 한 후, 2025.3월 청구인의 조기결정신청에 따라 2025.3.14. 양도소득세 000,000,000원을 고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구인은 쟁점토지를 2006.6.28. 취득하여 2022.5.26. 양도할 때까지 약 16년간 직접 경작하였다.

 1)청구인은 주소지(제주시 G)에서 주로 감귤을 소매하는 제주H을 운영하면서 직선거리 약 2㎞(차량이동 약 5분 거리)에 위치한 쟁점토지를 직접 경작하였다.

  가) 청구인은 2004.2.23. 쟁점외토지 제주시 도두이동 1060-1(전 1,812㎡)를 시누이 C와 공동(각 1/2지분)으로 매입하여 쟁점토지 취득 이전부터 농사를 짓고 있었고 농지가 소규모(취득 시 1,041㎡에서 양도 시 807㎡로 변동)라 일손이 필요할 때만 새벽 5～6시에 일어나 주로 오전에만 농사를 지었다.

  나) 취득당시 비닐하우스가 지어져 있어 상추, 쑥갓, 양배추, 호박 등 채소를 재배하였고, 2010년 비닐하우스를 철거한 후에는 채소와 고구마, 콩, 기장 등 작물을 번갈아 재배하였으며, 농협수매 이외의 수확물은 자가소비 및 이웃과 단골 고객들에게 나누어 주었다.

 2) 청구인은 양도소득세 예정신고 당시 8년 자경 감면 첨부서류로 농산물 출하 확인서와 거래자별매출상세내역(농약‧비료 등 구입)을 제출하여 직접 경작여부를 입증하였다. 그리고 2008.10.9. 최초 작성된 I 및 쟁점토지와 연접된 농지를 경작하는 J, K의 L 등에 따르면 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였음이 확인된다(“양도소득세 신고ㆍ감면신청 첨부서류, I, J․K의 L” 참조).

 3) 또한, 공동소유자 C는 쟁점토지 보유기간 동안 줄이나 고랑 등을 경계로 1/2씩 구분하여 각자가 농사를 지었다고 확인하고 있고, 청구인과 C의 배우자 M의 농산물 출하확인서를 보면 2017～2020년 출하량이 동일한 점 등으로 청구인과 공동소유자 C가 각자의 지분면적을 직접 경작하였다는 사실이 확인된다(“C L, M 농산물 출하 확인서” 참조)

<제주시농협 농산물 출하 확인서>

(㎏, 원)

나. 처분청은 양도소득세 조사 시 쟁점토지에 대한 8년 자경여부를 검토할 때, 취득한 해인 2006년이 아닌 2012년부터 검토하였고, 경작기간에서 제외하는 총수입금액 기준에 대한 규정도 잘못 적용하였다.

<연도별 수입ㆍ소득금액 및 감면요건 검토>

(원)

 1)처분청은 청구인이 2014년, 2018년, 2019년, 2021년 총수입금액 요건을 초과하였다고 판단하였으나, 2020.2.11. 개정 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항 및 부칙은 복식부기의무자 수입금액 기준 이상의 수입금액이 있는 과세기간은 경작기간에서 제외하지만, 동 규정의 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 따라서 2020년 전인 2014년, 2018년, 2019년은 종전 규정 적용 대상이므로 경작기간에서 제외할 수 없다.

 2) 그리고 청구인은 양도소득세 조사 당시 소득금액 초과로 8년 자경에 해당되지 않는다는 설명을 듣고 수긍하였으나, 소득금액 기준 37백만원 이상인 2011년, 2012년, 2013년, 2015년, 2016년, 2017년과 총수입금액 기준 2021년, 2022년을 제외하더라도 보유기간 15년 11개월 중 경작기간이 8년 6개월로 쟁점토지는 8년 이상 자기가 직접 경작한 토지에 해당됨을 알 수 있다.

다. 처분청이 쟁점토지 취득(2006년) 이후인 2012년부터 시행된 밭작물 직불금을 공동소유자(C)의 배우자 M이 수령한 것을 근거로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 사실을 부인하는 것은 부당하다.

<공동소유 농지 밭작물 직불금 수령 내역(정보공개 청구로 회신받은 내용)>

(㎡, 원)

 1) 처분청은 수령한 밭작물 직불금 대상이 쟁점토지 전체 면적인지 공동소유자 지분에 따라 미지급 면적이 있는지, 지급액은 얼마인지, 연도별로 다른 내용이 있는지 등에 대한 구체적인 검토 없이 단순히 쟁점토지의 직불금 수령여부만으로 청구인의 직접 경작여부를 판단하였다(“밭작물 직불금 정보공개청구 공개자료, 밭작물 직불금 수령내역” 참조)

 2) 공유자 C의 배우자 M이 청구한 2011～2021년 밭작물 직불금 수령내역 정보공개 내용을 보면, 2011～2013년 자료는 전산상 확인 불가하고, 2014년은 2,163㎡ 중 청구인 지분 807㎡(1175/3154)를 제외한 1,356㎡이다.

  2019～2021년은 C 본인 지분 807㎡에 대해서만 밭작물 직불금을 수령하였다. 즉 M은 청구인 소유지분에 대한 밭작물 직불금을 수령한 사실이 없으므로 M의 직불금 수령사실은 청구인의 직접 경작사실을 부인할 명백한 근거가 될 수 없다.

 3) 2015～2018년은 쟁점지번 토지 전체면적이 지급면적이나 CㆍM 부부는 청구인의 지분면적을 포함한 전체면적으로 직불금 신청을 하지 않았다. 또한 C 부부는 농지임대차계약을 체결한 사실이 없음을 직불금 신청서 원본으로 확인하고자 하였으나 제주시와 국립농산물품질관리원에서 보존기간이 지나 원시 서류를 찾을 수 없다는 답변을 받았다고 청구인에게 진술하고 있다.

 4) 밭작물 직불금은 2012.4.30.부터 40만원/ha으로 시행되어, 2015년 모든 밭작물로 확대되었고, 2019.12.27. 전부개정으로 2020년부터는 공익직불제로 개편되면서 120만원 정액으로 지급되는 소농직불금(0.1～0.5ha)이 시행되어 지급요건도 강화되었다.

  농지 1,000㎡미만 및 전년도 소득금액 37백만원 이상은 지급대상 제외자로 규정하고 있어 청구인은 소득금액 초과로 직불금 신청을 하지 아니하였고 M도 쟁점지번 토지를 양도한 2022년부터는 경작농지 1,000㎡미만으로 직불금을 신청하지 않았다[「농업ㆍ농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률」제6조(농업소득보전 직접 지불금 지급대상자) 참조].

라. 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

 1)처분청은 청구인의 토지 보유기간 중 2012～2021년 동안에 대해 연도별 총수입금액(2014년, 2018년, 2019년, 2021년) 및 소득금액(2015년, 2016년, 2017년)이 감면 기준금액을 초과하였고 직불금을 타인이 수령하는 등의 사정으로 쟁점토지를 청구인이 직접 경작하지 아니하였다고 보아, 비사업용 토지로 봄이 상당하다는 O의 감사지적에 따라 비사업용 토지에 따른 중과세율을 적용하였다.

 2) 그러나 살펴보면 쟁점토지를 경작한 기간에서 소득금액 및 총수입금액을 초과하는 과세기간을 제외하더라도 2018～2020년은 청구인이 직접 경작한 기간에 해당되고 타인 수령 직불금의 대상은 공동양도자인 C의 토지지분에 대한 것인 점

  공동양도자 C와 쟁점토지에 연접한 농지소유주 J․K의 L, I, P, Q 등으로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였음이 확인되는 점을 고려할 때, 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 동안 자기가 경작하지 아니하는 농지로 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

 3) 따라서, 청구인은 양도일 직전 5년 중 2년, 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 쟁점토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하여 쟁점토지를 직접 경작하지 않았다고 볼 수 없는바 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다.

바. 결론

이상에서 살펴본 바와 같이 청구인은 쟁점토지의 보유기간(약 16년) 동안 직접 경작하였다는 것이 제반 증거 등에 의해 확인되는 바, 처분청이 밭작물 직불금의 대상면적 및 보유기간 전체에 대한 자경여부 검토를 소홀히 하여 8년 이상 자경농지 감면신청을 배제하고, 이를 기반으로 O도 쟁점토지를 비사업용 토지라고 지적하였는 바, 이는 시정되어야 함이 타당하다고 사료된다.

3. 처분청 의견

가. O은 2024년 처분청에 대한 업무 종합감사에서 ‘쟁점토지는 청구인 본인이 직접 경작한 농지에 해당하지 아니하여 비사업용 토지로 봄이 상당함에도 이에 대한 검토를 누락한 잘못이 있다’라고 지적한 사실이 있고 이에 대하여 당시 처분청에서는 비사업용 토지에 대한 검토소홀을 인정한 사실이 있다.

나. 대법원 판례와 청구인이 직접 자경에 대한 증빙자료의 제시가 부족한 점 등을 고려할 때, 쟁점토지를 직접 자경한 농지에 해당하지 않는다는 사유로 비사업용 토지로 본 이 건 양도소득세 중과처분은 정당하다.

 1) 양도한 토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도인이 적극적으로 입증하여야 하고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도인이 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원 1994.10.21. 선고 94누996 판결 참조).

 2) 위 대법원 판례에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 1,945㎡로 가족이나 제3자의 노동력이 아닌 청구인 자신의 노동력이 2분의 1 이상 투입되었음이 입증되어야 할 것인데, 이를 인정할 만한 자료가 부족하다.

 3) 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 ‘자기’의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원2010.9.30. 선고 2010두8423, 대법원 2012.12.27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).

 4) 청구인이 쟁점토지를 경작하였다고 주장하는 기간 중, 특히 2014년부터 2021년까지 총수입금액이 약 4,336백만원에 달하는 점 등을 참고하여 보면 농작물을 직접 경작하면서 부수적으로 얻은 소득이라고 볼 수 없을 정도의 상당한 금액이다.

 5) 양도소득세 조사내용에 따르면 쟁점토지에 대하여 공유자인 C는 자경감면을 인정받은 점과 C의 배우자인 M이 직불금을 수령한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점토지는 공유자인 C가 경작하였다고 봄이 타당하다.

 6) 따라서 「조세특례제한법」제69조제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제13항에 따라 직접 경작한 것으로 볼 수 없는 이상, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과한 이 건 과세처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 농지로 비사업용토지에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

  ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

   8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 2) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

  ① 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

   1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

    가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.

 2-1) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

   1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

    가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

    나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

    다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

 2-2) 소득세법 시행령 제168조의8【농지의 범위 등】

  ② 법 제104조의3제1항제1호가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」제66조제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제66조제14항을 준용한다.

 3) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 3-1) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

   2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

  ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

   1. 「소득세법」제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

   2. 「소득세법」제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

 3-2) 소득세법 시행령 제208조【장부의 비치ㆍ기록】

  ⑤ 법 제160조제2항및제3항에서 "대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 「부가가치세법 시행령」제109조제2항제7호에 따른 사업자는 제외한다.

   2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조제1항제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.

    가. 농업ㆍ임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업(상품중개업을 제외한다), 제122조제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당되지 아니하는 사업: 3억원

다. 사실관계

1) 청구인의 주소지와 쟁점토지 위치는 다음과 같다.

 (1) 청구인의 주소지(거주지)

 2) 거주지와 쟁점토지 간 거리 및 이동 소요시간

2) 청구인의 사업내역 및 연도별 수입금액․소득금액은 다음과 같다.

 (1) 사업내역

 (2) 연도별 총수입금액 및 소득금액

(원)

3) 청구인이 직접 경작하였다는 근거로 제시하는 자료는 다음과 같다.

 (1) 청구인 및 M(쟁점토지 공유자의 배우자)의 농산물 출하확인서

<제주시농협 농산물 출하내역>

 (2) 거래자별매출상세내역(농약,비료,농자재 등 구입내역)

 (3) M(공유자의 배우자) 농업직불금 수령내역

(㎡, 원)

* 종합소득금액이 37백만원 이상이거나 재배면적의 합이 1천제곱미터 미만인 자는 밭농업보조금 지급대상에서 제외(농산물의 생산자를 위한 직접직불제도 시행규정 제40조의4)

 (4) I

 (5) 이웃주민 등 L

(일부 예시)

4) 처분청이 청구인이 직접 경작하지 아니한 것으로 판단한 내용은 다음과 같다.

 (1) T세무서 양도소득세 조사내용(2023.5.8.～5.22. 동안 실시)

 (2) F의 처분지시 내용

5) (직접 경작하였다는 청구인 주장이 인정되는 경우) 비사업용토지 기간요건 판정을 위한 총수입금액 및 소득금액 요건 관련 내용은 다음과 같다.

* 해당 금액 이상인 과세기간은 경작한 기간에서 제외

 1) 위 내용에 따라 비사업용토지 판정과 관련하여 경작한 기간에서 제외되는 기간은 다음과 같다.

  가) 양도일 직전 5년(2017.5.26.～2022.5.26.) 중 2017.5.26.～2017.12.31., 2021.1.1.～2022.5.26.(2년 이하)

나) 양도일 직전 3년(2019.5.26.～2022.5.26.) 중 2021.1.1.～2022.5.26.(1년 초과)

  다) 토지의 소유기간 중 40% 상당하는 기간을 초과하는 기간 : 40% 초과

  * 쟁점토지는 2006년부터 2015까지 3차례에 걸쳐 지분 취득하여 지분별 보유기간의 40%는 각각 6년 5개월, 5년 5개월, 2년 8개월되며, 경작기간에서 제외되는 기간이 40%를 초과함

  2) 가)～다) 요건을 모두 충족해야 비사업용토지에 해당하는데 나), 다) 요건에만 해당

라. 판단

1) 관련 법리

 가) ｢소득세법｣제104조의3제1항은 “비사업용토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다라고 규정하면서 농지의 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지라고 규정하고 있다.

 나) ｢소득세법 시행령｣ 제168조의6은 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 기간이란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간을 말한다라고 규정하고 있다.

 다) ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제13항제2호는 직접 경작이란 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의해 경작 또는 재배하는 것이라고 규정하고 있으며

 같은 법 제14항은 ｢소득세법｣ 제19조제2항에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상이거나 ｢소득세법｣제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액이 일정금액(소매업 3억원) 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외한다라고 규정하고 있다.

2) 쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 농지로 비사업용토지에 해당하지 않는다는 청구주장에 대한 판단

가. 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점토지는 비사업용토지에 해당되지 않는 것으로 보인다.

(1) 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부에 대해 살펴보면, 청구인은 1998.8.5.부터 2023.11.29.까지 제주시 G에서 거주하였으며 청구인의 거주지와 쟁점토지 사이의 거리는 약 2㎞로 확인되고

청구인이 직접 경작한 근거로 제주시 농협에 판매한 P, 농약․비료 등 구입내역, 2008년도에 최초 작성된 I, 인근주민의 L 등을 제시한 점으로 볼 때 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 보는 것이 타당해 보인다.

  (2) 다만, 청구인은 H이라는 별도 사업체를 운영하면서 2021년, 2022년 총수입금액이 3억원 이상 발생하여, 해당 기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣제66조제14항에 따라 경작기간에서 제외되는데

  이를 감안하여도 청구인이 5년 이상 보유한 쟁점토지의 경우 양도일 직전 5년 중 경작한 기간에서 제외되는 기간이 2년 이하에 해당하여 비사업용토지 기간기준에 해당되지 않는다.

 나. 따라서, 쟁점부동산이 비사업용토지에 해당 된다고 보아 양도소득세 중과세율을 적용한 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있다고 인정되므로 「국세기본법」제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.