주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.

이 유

1.통지내용

가. 청구법인은 1995.6.11. 설립되어 초․중․고등학교 참고서 및 교과서 등의 도서출판 제조 및 판매업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2022～2024 사업연도에 대표이사 A에게 총 138억원의 급여를 지급하고 이를 법인세 신고시 손금에 산입하였다.

다.B세무서장(이하 ‘통지관서’라 한다)은 2025.4.9.부터 2025.5.23.까지 청구법인에 대한 2023 사업연도 법인통합조사 및 2022,2024 사업연도 부분조사를 실시한 결과

2022～2024 사업연도에 A에게 지급한 급여 13,814,366,770원 중, 2021 사업연도에 A에게 지급한 1,668,791,051을 적정 급여 기준금액으로 판단하고 이를 초과하는 급여액 총 8,807,993,614원(이하 ‘쟁점보수’라 한다)을

사실상 이익처분에 의한 것으로 보아 손금불산입하고 2025.5.30. 청구법인에게 2022～2024 사업연도 법인세 총 2,226,407,010원을 부과처분하겠다는 세무조사 결과통지를 하였다.

<A 쟁점급여 손금불산입액>

(단위 : 백만원)

라. 청구법인은 이에 대해 2025.6.26. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

가. 쟁점급여는 매월 정기적․지속적으로 지급된 통상적인 인건비에 해당하며, 그 형식과 실질이 이익처분에 의한 상여에 해당하지 않으므로 손금불산입함은 부당하다.

1) A에 지급한 쟁점급여는 인건비로 원칙적으로 손금이다.

 가)「법인세법」제19조에 따르면 자본거래 외에 법인의 순자산을 감소시키는 비용의 지출은 원칙적으로 손금에 해당하며, 같은법 시행령 제19조 제3호는 인건비를 손비에 포함하도록 하고 있다.

  나) 쟁점급여는 주주총회 의결 및 임원 보수 규정 등에서 정하고 있는 지급조건 및 지급한도의 범위 내에서 적법하게 지급된 정당한 직무수행의 대가이며, 그 직무의 성격과 기여에 비해 지나치게 과다하다고 명백히 인정할 만한 정황이 없다면 원칙적으로 손금으로 인정되어야 한다.

  다) 청구법인의 대표이사는 단순한 명의상의 등기임원이 아니라, 법인의 실질적인 경영책임자로서 기획, 콘텐츠 개발사업 운영 전반에 직접 관여하여 왔으며, 쟁점급여는 그러한 실질적인 직무 수행에 대한 통상적인 대가이다.

2) 이익처분이라 함은「상법」제449조, 제462조에 따라 법인의 주주들이 정기 주주총회에 제출된 재무제표를 승인한 다음 이익잉여금이 있는 경우 주주총회 결의에 따라 이를 처분하는 것을 의미(대법원 2015.11.17.선고 2012두3491 참조)하는 것이다.

3) 쟁점급여는 주주총회 결의에 따른 이익잉여금의 처분을 통해 지급한 것이 아니므로 이익처분이 아니며, 거래형식이 「법인세법」상 이익처분에 의한 상여에 해당하지 않는다.

4) 대법원은 가장행위나 위법한 거래가 아닌 경우, 납세의무자가 선택한 거래형식을 함부로 부인하고 법 문언에 표현된 과세요건의 일반적 의미를 일탈하여 그 적용범위를 넓힐 수 없다(대법원 2012.1.19.선고 2008두8499 참조)고 판시하고 있는데

 쟁점급여가 가공급여에 해당하거나 위법하다는 사정이 없는 한 기본급의 형식을 함부로 부인하고 「법인세법」에 규정하는 이익처분에 의한 ‘상여’의 의미를 ‘기본급’으로 넓히게 되면 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 심각하게 침해하게 되는 것이다.

5) 쟁점급여는 형식상으로도, 실질적으로도 이익처분에 따른 일회성 상여금이나 성과 연봉형 보너스에 해당하지 않으며, 수년간 매월 정기적으로 지급된 고정 보수에 해당하므로 형식만 기본급에 불과한 실질적인 상여금에도 해당하지 않는다.

 6) 따라서, 쟁점급여를 이익처분에 의한 상여 규정을 근거로 손금불산입함은 쟁점급여의 형식을 부인하고 실질을 오인한 부당한 처분이다.

나. 쟁점급여는 A의 청구법인 내에서의 실질적 직무 역할, 경영 기여도 및 업종 특성을 종합적으로 고려할 때 정당하고 합리적인 수준이다.

1) 참고서 출판업의 특성과 저자 역량의 중요성

 가) 출판업은 창의성과 전문성 및 시장수요에 부합하는 기획 역량이 제품의 경쟁력을 좌우하는 산업으로, 독창적인 컨텐츠의 개발과 이를 구현할 구성력, 시장수요에 부합하는 기획이 핵심 경쟁력으로 작용하는 구조이며,

   특히 참고서 시장에서는 저자의 전문성과 구성 능력이 시장지배력으로 이어지며, 교육과정과 시험제도에 밀접하게 연동되어 있어 해당분야의 전문성과 교육 현장에 대한 통찰력을 갖춘 저자의 역할이 절대적으로, 저자의 기획력과 집필 역량은 제품의 완성도뿐만 아니라, 판매실적과 브랜드 신뢰도에 직결된다.

 나) 교재를 선택하는 학부모, 교사, 학생 등 수요자들은 콘텐츠의 완성도를 가장 중요한 기준으로 보며, 그 판단기준은 결국 ‘저자가 누구인가’에 집중되는 만큼 참고서 시장은 철저히 저자의 집필력을 중심으로 형성되며

   저자는 신제품의 구조를 설계, 개정 방향을 수립, 제품의 개선 사항을 판단하는 등 전방위적 역할을 수행함으로써 출판업의 기능을 사실상 주도하는 것이다.

 다) 출판업시장은 제품이 소비자에게 정착되는 것이 중요하며, 시장에서 신뢰를 얻은 저자의 이름은 곧 품질을 담보하는 기준으로 저자의 역량이 성패를 좌우하므로,

 저자가 가진 기획력과 전문성으로 탄생한 콘텐츠 하나가 시장 전체의 흐름을 좌우할 수 있으며, 그 콘텐츠를 만든 저자 자체가 브랜드가 되는 구조가 출판업의 핵심이다.

2) 청구법인은 대표이사인 A이 직접 기획하고 집필한 수학 참고서인 ‘C 시리즈’를 통해 큰 성과를 거두었으며, 참고서 시장의 기준이자 트렌드로 자리 잡았다.

 가) 청구법인은 ‘C 시리즈’ 출간 이후 중․고등 수학교재 시장에서 압도적인 인지도를 구축하며, 15년 연속 브랜드파워 1위를 기록하는 등 독보적인 시장지위를 확보하였다.

<청구법인 브랜드 파워 언론보도>

 나) 이는 출판업에서 저자의 역량이 회사의 성과로 직결된다는 점이 분명히 나타난 것으로, 대표이사인 A이 집필자로서의 역량이 안정적 수익구조에 절대적 역할을 하였다.

3) ‘C 시리즈’ 등 핵심 참고서의 저자 A의 기여 사항

 가) ‘C 시리즈’는 단순 문제집이나 교육콘텐츠를 넘어 시장 수요, 교육과정의 변화가 반영된 참고서 시장을 이끌었으며, A이 모든 도서의 기획을 주도하고, 근간이 되는 일부 도서는 직접 집필한 제품으로

  2005년 출간 이후 누적 5,500만부 이상 판매된 단일 교재로서 청구법인의 위상을 구축하는 데 결정적 역할을 하였다.

 나) A은 컨텐츠 기획과 집필에 그치지 않고, 광고문구 작성, 로고 직접 제작 등 제품의 브랜드 홍보와 마케팅에도 실질적이고 결정적 역할을 하였으며

  수학참고서의 시인성과 인쇄 품질을 극대화할 수 있는 인쇄설비 도입을 직접 결정하는 등, 지필부터 판매까지의 모든 과정에 관여하였다.

< A의 제품 브랜드 등 관여 사례 >

4) A은 외화자산 투자 등 자산관리 전반에도 관여하여 수백억 원 규모의 투자이익을 발생시키는 등 청구법인의 영업외 이익에도 기여하였다.

 가) A은 청구법인의 지속 가능한 성장동력 마련을 위해 2021년부터 적극적 외환투자를 시행하면서, 정확한 시장 분석력과 시의적 판단으로 2022년부터 환율 급등세로 수백억 원의 규모의 외화환산손익 및 이자수익으로 핵심적 재무성과로 작용하였다.

< 영업이익 및 외화투자에 따른 외환관련 손익 현황 >

(단위 : 천원)

 나)이러한 투자결정은 외부 자문이나 내부조직의 지원 없이 A의 독자적인 판단과 기획, 실행력에 기반한 것이며, 청구법인내에는 외환 투자 관련 전문인력이나 경험이 있는 임직원이 없어, 투자 선정, 거래 실행까지의 모든 과정은 A 단독으로 수행하였다.

 다) A은 경영자로서 사업의 전략적 방향뿐만 아니라 원가절감, 건축, 제품 기획, 자산 운용, 운영 실무에 이르기까지 전 분야에 세밀하게 관여하며, 청구법인 경영을 전면에서 이끌고 있다.

  (1) 청구법인의 주요 사업 프로세스는 별도 부서나 중간관리자가 아닌, A의 직접적인 판단과 지시를 통해 결정되는 구조이며

   연간 사업계획, 제품출시 일정, 전반적 사업운영에 대한 결정은 물론, 제품의 네이밍과 디자인, 콘셉트, 상표 갱신 여부 등을 A이 직접 구상하여 실무자에게 시행을 지시하는 방식으로 운영된다.

  (2) A은 모든 주요 안건에 대해 관여하고 의사결정을 하고 있다.

   예를 들면, 제품 내지의 종이 재질, 인쇄 품질, 단가 등 세세한 부분까지 A이 최종 확인하고 있고, 건축 프로젝트 관련 설계, 시공업체 선정, 구조 결정 등 초기단계부터 끝까지 전과정을 A이 직접 관리하고 있어 경영자로서 단순히 회사를 총괄하는 수준을 넘어, 회사의 방향성과 이미지를 설계하고 구현하는 실질적 실행 주체인 것이다.

    이처럼 A은 단순히 최고경영자로서의 직책에 따른 책임을 넘어, 청구법인의 모든 사업영역을 독자적으로 기획하고 설계하며 운용한 실질적 운영자이다.

다. 처분청이 적정 급여 기준금액으로 삼은 2021년 대표이사 보수 16억원은 합리적 산출근거로 볼 수 없으므로 과세근거가 될 수 없다.

1) 과세처분의 적법성과 과세요건 사실의 존재에 관하여는 입증책임이 원칙적으로 과세관청에 있으며, 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급이 허위임이 상당한 정도로 증명을 하지 못한 경우에는 납세의무자가 신고한 비용을 함부로 부인할 수 없다(대법원 2015.6.23.선고 2012두7776 참조).

 가) 청구법인은 A의 직무상 공로와 경영에 대한 실질적인 영향력을 종합적으로 고려하여, 주주총회의 결의 등 적법한 절차를 거쳐 쟁점급여를 지급하였다.

 나) 그러나, 처분청은 쟁점급여에 이익처분에 의한 상여가 포함되어 있다고 보아 과다경비로 손금불산입할 경우에는 단순한 의심이나 자의적 기준이 아닌 구체적이고 합리적인 산출근거와 법적 판단 기준을 명확히 제시하여야 함에도

  이러한 제시 없이 2021년 대표이사 보수액을 기준금액으로 보아 이를 초과한 금액을 손금불산입하겠다는 것은 ‘근거과세의 원칙’에 반하는 위법한 과세처분에 해당한다.

< 청구법인 A 근로소득원천징수부 일부 >

2) 처분청은 2021년 A에 지급한 근로소득 16억원을 별다른 근거 없이 ‘적정수준의 급여’로 판단하였으나

 해당 금액은 2021년 사업연도에 한하여 청구법인의 재무상태, 경영성과, 사업계획 등을 고려하여 특정 시점의 경영상 판단에 기초하여 일시적으로 지급하기로 결정하고 지급한 급여 수준에 불과할 뿐, 대표이사에게 지급할 수 있는 보수의 절대적 기준이나 상한선으로 볼 수 없음에도,

 2021년 이후 정기주주총회를 통해 적법하게 승인한 급여에 대해 적정보수 기준금액의 산출근거나 구체적 사유 및 입증을 하지 못하면서 자의적으로 판단하여 설정한 것으로 위법하다.

3) 쟁점급여는 대법원이 제시한 임원의 보수가 실질적인 이익처분에 해당하는 기준에도 부합하지 않는다.

 가) 대법원에서는 임원의 보수가 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상에 해당하는지 여부에 대하여 아래의 사실을 종합적으로 고려하여 판단(대법원 2017.9.21.선고 2015두60884 판결 참조)하였다.

< 이익처분에 의한 상여를 판단하기 위한 구체적 기준 요약 >

 나) 처분청은 청구법인의 대표이사와 그 친인척이 청구법인 지분의 과반이상을 차지하고 있어 보수를 결정할 수 있다는 사실에 주목하여 쟁점급여를 손금불산입 대상으로 보았으나

  대부분의 비상장법인은 대표이사 및 그 친인척이 주주로 구성된 가족회사 형태를 취하고, 대표이사는 보수결정에 관여할 수 밖에 없는 구조이므로

  대표이사가 보수를 결정하였다는 사유만으로 임원의 급여를 이익처분에 의한 상여로 볼 것이 아니라 대법원이 제시한 기준을 종합적으로 고려하여 실질적인 이익처분 해당 여부를 판단해야 한다

 다) 쟁점급여는 청구법인의 당기순이익 대비 과다하지 않다.

  (1) 대법원 판례에 의하면, 임원의 보수를 실질적인 이익처분에 해당하는 상여로 판단한 선례에서, 그 보수가 영업이익 또는 당기순이익의 38%～95%수준으로 나타난다.

< 유사쟁점 선행사건에서 임원 보수의 비중 >

  (2) 쟁점급여는 조사 대상기간 3개 사업연도 ‘영업이익+외화관련손익’ 대비 약 17% 수준이며 ‘당기순이익’ 대비 약 23% 수준으로 연도별 비중은 점차 낮아지고 있으며, A이 청구법인의 영업이익, 영업외이익에 기여한 내역을 고려하면 쟁점급여는 과다하게 지급한 것으로 볼 수 없다.

< 쟁점급여가 영업이익+외환관련손익, 당기순이익에서 차지하는 비중 >

 라. 쟁점급여는 정기적․계속적으로 지급되어 왔고, 앞으로도 지급될 예정이다.

 (1) 임원의 보수가 법인의 이익에 비례하여 일시적으로 대폭 인상되거나, 비용으로 계상한 시점과 실제 지급한 시점이 현저히 불일치하는 경우 해당 보수는 실질적 이익처분 성격으로 판단할 여지가 있으나,

청구법인은 쟁점급여가 2022년에 결정된 이후 현재까지 대표이사에게 정기적․계속적으로 지급하였고, 법인의 이익에 비례하여 금액을 변경하거나 지급하지 않고 미수금으로 처리한 사실이 없으므로 쟁점급여는 이에 해당하지 않는다.

  (2) 청구법인은 안정적 매출과 수익구조를 유지하여 왔으며 향후 쟁점급여를 정기적․계속적으로 지급하는 데에도 아무런 문제가 없으며, 특히 2024 사업연도 쟁점급여는 앞에서 보았듯이 당기순이익 대비 약 13% 수준에 불과하여 비중이 감소하고 있다.

 마. 청구법인은 주주에서 충분한 배당을 지급하였다.

  (1) 대법원은 지속적으로 영업이익이 증가했음에도 불구하고, 주주에게 단 한 차례도 배당을 실시하지 않은 점을 실질적으로 이익처분에 해당한다고 판단 근거를 제시하였는데,

   이와 달리, 청구법인은 2021 사업연도 까지 매년 꾸준히 배당을 실시하였으며, 쟁점급여는 배당 재원과 무관하게 업무 성과에 기반한 정당한 보수로 책정된 것이다.

(2) 청구법인은 대표이사와 그 친인척으로 구성된 가족회사 형태로 일반적 주식회사처럼 영업이익 증가에 비례하여 배당을 실시하는 구조가 아니며

   대표이사에게 쟁점급여를 지급한 이후에도 배당가능 재원이 충분함에도 불구하고 배당 재원이 대표이사 및 친인척에게 귀속되는 구조임을 고려하여, 배당 대신 미래 성장을 위한 투자에 활용하는 것이 합리적이라 판단하여 2022년부터 일시적으로 배당을 중단한 상태이다.

 바. 청구법인은 소득을 부당하게 감소시키려는 의도가 없다.

  (1) 대법원은 판례에서 ① ‘세금절약을 위해 미지급이 가능한 사장의 급료를 높인다’는 취지의 내부문건이 존재하고 ② 본래의 당기순이익에 따른 법인세와 대표이사 보수금 수준별로 차감된 당기순이익에 따른 법인세를 비교․검토한 사실과 ③ 인건비가 실제로 지급된 것의 사례를 ‘법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도’로 보았다.

  (2) 청구법인은 쟁점급여를 정상적으로 지급하여 소득을 부당하게 감소시키려는 의도가 없었고, 통지관서에서도 부당한 의도에서 비롯되었다는 어떠한 증빙도 제시한 사실이 없어 비용계상만 하고 실제 지급없이 미수금으로 처리한 사건과는 전혀 다른 경우에 해당한다.

사. 결론

 가) 쟁점급여는 상여금이 아닌 매월 정기적․지속적으로 지급된 통상적인 기본급에 해당하고, 그 형식과 실질이 이익처분에 의한 상여에 해당하지 않므로 손금에 범위에 포함된다.

 나) A의 실질적인 직무범위, 법인내 독보적 역할, 경영 기여도, 업종의 특수성 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점급여는 정당하고 합리적인 수준이다.

 다) 통지관서는 쟁점급여 중 약 16억원을 적정 기준금액으로 삼고 이를 초과하는 금액을 손금불산입 대상으로 보았으나, 이 기준금액은 합리적인 산출근거가 없는 임의적인 금액에 불과하다.

 라) 쟁점급여는 대법원 판례에서 제시한 임원의 보수가 실질적인 이익처분에 해당하는 기준에도 부합하지 않는다.

 마) 따라서 쟁점급여는 손금에 해당한다.

3. 통지관서 의견

가. 청구법인의 주주 현황은 다음과 같다.

 A은 청구법인의 설립일(1995. 6. 11.)부터 현재까지 청구법인의 대표이사로 재직하며 청구법인의 주식 59.71%를 소유하고 있다.

【청구법인 주주현황】

(단위 : 주, %)

* 조ㅇㅇ은 2021.10월 A과 혼인관계 소멸로 지배주주 집단에서 제외

나. 청구법인의 임원 보수규정은 다음과 같다.

 1) 청구법인의 정관 제33조 제①항 및 제②항은 ‘이사와 감사의 보수한도는 주주총회의 보통결의로 정하며 이사와 감사의 보수의 지급은 주주총회에서 승인한 규정에 따른다’고 규정하고 있다.

【청구법인의 정관상 보수와 퇴직금 지급규정】

 2) 또한, 청구법인이 2020. 12. 14. 작성한 ‘임원 보수 지급 규정’ 제5조 제①항에 의하면 ‘등기임원의 보수는 주주총회에서 정한 보수한도 내에서 대표이사가 그 금액을 정한다’고 기재되어 있다.

【임원보수 지급규정】

 3) 청구법인은 2022. 5. 11. 대표이사 A의 보수 변경에 관하여 ‘대표이사 결정서’를 작성하고 대표이사 급여를 연봉 오십억원으로 하여 2022년 6월 1일부로 변경 적용하고 A이 단독으로 기명 날인한 것으로 확인된다.

【대표이사 결정서】

 4) 청구법인이 대표이사 A에게 2019년부터 2024년까지 지급한 보수는 아래 표와 같으며 2022년부터 보수를 대폭 인상하여 지급하였다.

【대표이사 A 보수내역】

(단위 : 백만원)

 5) 2019 내지 2024 사업연도에 대표이사 이외 임원에게 지급한 보수는 아래와 같다.

【임원 보수내역】

(단위 : 원)

 다. 청구법인의 손익 및 배당금 지급내역은 다음과 같다.

  1) 청구법인의 2019 내지 2024 사업연도의 매출액, 영업이익, 당기순이익 및 미처분이익잉여금은 아래 표 기재와 같다.

【사업연도별 손익 및 재무내역】

(단위 : 백만원)

  2) 청구법인의 2019 내지 2024 사업연도의 배당금 지급내역은 다음과 같다.

 라. 구체적인 조사내용 및 과세근거는 다음과 같다.

  (1) 쟁점보수의 급격한 인상은 A의 단독적인 의사결정으로 이루어졌으며 합리적인 이유가 없다.

  1) 조사관서는 2023년 청구법인이 대표이사에게 지급한 보수가 2019년 내지 2021년 보수에 비해 현저하게 높게 지급하고 그 증가율도 매우 높아 이례적인 보수 인상 사유에 대하여 구체적인 산정 근거 등 소명을 요구하였으나 청구법인은 세무조사 종료시까지 어떠한 소명자료도 제출하지 않았다.

 2) 청구법인이 세무조사시 제출한 서류는 정관, 임원 보수지급 규정, 대표이사 결정서 등으로

 ‘이사와 감사의 보수한도 및 보수의 지급은 주주총회의 보통결의와 주주총회에서 승인한 규정에 따른다’ 라고 규정하고 있으나 주주총회의 개최일시, 주주총회 참석자 명단 및 회의록 등 관련된 서류 제출이 없어 실제 주주총회가 개최되었는지 불분명하다.

 3) 주주총회를 통해 의결되어야 할 사항 등이 대표이사의 단독적인 의사에 의해 작성된 ‘대표이사 결정서’에 따라 대표이사의 보수를 ‘연봉 오십억원(￦5,000,000,000)으로 그 변경적용 일시를 2022년 6월 1일부로 하여 시행된 것으로써 대표이사 보수가 2019∼2021년 평균보수 1,200,871,527원 대비 316%, 2022년 보수 3,816,666,690원 대비 31% 인상되었음에도 어떠한 합리적 근거 제시가 없다.

(2) 주주들에 대한 배당을 회피하고 유보된 잉여금을 지급받기 위한 목적으로 보수를 인상한 것으로 사실상 이익처분에 의한 상여 등에 해당한다.

   1) 청구법인은 2021 사업연도까지 주주에게 현금배당을 실시하여 오다가 2022 사업연도부터는 현금배당을 실시하지 않았으며 이로 인해 2022년부터 청구법인의 주주들은 배당금을 받지 못하였다.

 특히, 주주 G은 청구법인으로부터 매년 배당금으로 2019년 500백만원, 2020년 2,000백만원, 2021년 2,000백만원을 지급받아 오다 2022년부터 전혀 배당금을 받지 못하고 있다.

 2) 반면, 대표이사 A은 배당을 중단한 2022년 5월부터 자신의 보수를 50억원으로 인상 결정하여 현재까지 청구법인으로부터 매년 보수를 50억원을 지급받고 있는 것은 청구법인의 유보된 잉여금을 보수의 형태로 가장하여 지급받음으로서 법인세를 부당하게 탈루하고 있는 것이 너무나 자명한 사실이다.

 3) 청구법인은 2022년 대표이사의 보수를 크게 인상하여 지급하는 대신 2021년까지 청구법인의 주주들에게 지급해 온 현금배당을 미실시하여 주주들이 보유한 주식수에 따라 가져야 할 배당받을 권리는 훼손되었다 할 것이며

 이러한 대표이사의 단독적인 결정으로 주주들에게 분여되어야 할 정당한 배당금이 대표이사의 과다한 보수를 지급하는 데 사용되어 향후 청구법인의 유보된 이익이 주주의 몫이 아닌 대표이사 보수의 형태로 지급될 것이라는 의심을 배제하기 어렵다.

  4) 청구법인의 주주는 대표이사를 포함한 특수관계인으로 구성되었으며주주 G은 대표이사의 前 배우자로 청구법인 설립 때부터 계속하여 지분 20%를 소유하고 있으나, 2021년 중 대표이사와의 특수관계가 소멸되어 청구법인의 지배주주 집단에서 탈퇴되었으며 G은 2022년부터 청구법인으로부터 어떠한 배당도 받지 못하고 있다.

  (3) 기준급여 산정은 청구법인에게 가장 유리한 방법을 적용하였다.

1) 세무조사 과정에서 청구법인과 유사한 업종을 영위하는 6개 법인의 대표이사 급여가 매출액 및 영업손익에서 차지하는 비율을 조사하였으며 다음과 같다.

【표9. 동종업체의 대표이사 보수 지급내역】

 2) 2022년～2024년 동종업체의 평균비율은 2022년 0.80% 및 7.64%, 2023년 0.74% 및 8.14%, 2024년 0.73% 및 12.10%로 확인되나

  청구법인의 경우 2022년 5.99% 및 71.60%, 2023년 7.93% 및 18.97%, 2024년 9.00% 및 28.34%로 동종업체 평균에 비해 월등히 높은 것을 알 수 있다.

  3) 조사관서는 2022∼2024 사업연도에 청구법인이 대표이사에게 지급한 보수 중 이익처분에 의한 상여금액을 계산함에 있어 아래의 ①～③의 방법으로 검토하였으며, 청구법인에게 가장 유리한 방법③을 적용하였다.

  ① 2019년부터 2020년 평균보수 금액을 초과한 금액

  ② 2019년부터 현금배당을 실시한 최종 사업연도인 2021년까지 평균보수 금액을 초과한 금액

  ③현금배당이 최종 실시된 2021년 보수 금액을 초과한 금액

 마. 결론

 이와 같은 사실관계를 종합해 볼 때, 대표이사 A은 청구법인의 지배주주 겸 임원으로 기업경영을 사실상 지배하고 배당정책을 절대적으로 결정할 지위에 있다 할 것으로, 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 점 등 제반 사정을 이용하여

 2022 사업연도부터 청구법인의 매출액과 영업이익 등이 감소하였음에도 청구법인 주주에게 배당금은 지급하지 않은 반면 대표이사의 사실상 단독적인 결정으로 자신의 보수를 현저히 높게 인상하여 지급하였다.

 이는 쟁점보수가 직무집행에 대한 정상적인 대가라기 보다 청구법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취하여 지급된 것에 불과하며 이는 사실상 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하다 할 것으로, 쟁점보수를 손금불산입하여 세무조사 결과통지한 처분은 정당하다.

4. 판단

가. 쟁점

  청구법인이 대표이사 A에게 지급한 쟁점보수를 사실상 이익처분에 의한 것으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 법인세법 제19조【손금의 범위】

 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

 ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2) 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

  다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계산한 금액

3) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】

  다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 인건비

3-1) 법인세법시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

 ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다

 ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ③ 법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

 ⑦ 제3항에서 "지배주주 등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우의 해당 주주 등(이하 "지배주주 등"이라 한다)을 말한다.

4) 상법 제449조 【재무제표 등의 승인ㆍ공고】

 ① 이사는 제447조의 각 서류를 정기총회에 제출하여 그 승인을 요구하여야 한다.

 ② 이사는 제447조의2의 서류를 정기총회에 제출하여 그 내용을 보고하여야 한다.

 ③ 이사는 제1항의 서류에 대한 총회의 승인을 얻은 때에는 지체없이 대차대조표를 공고하여야 한다.

5) 상법 제449조의2 【재무제표 등의 승인에 대한 특칙】

 ① 제449조에도 불구하고 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제447조의 각 서류를 이사회의 결의로 승인할 수 있다. 다만, 이 경우에는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

  1. 제447조의 각 서류가 법령 및 정관에 따라 회사의 재무상태 및 경영성과를 적정하게 표시하고 있다는 외부감사인의 의견이 있을 것

  2. 감사(감사위원회 설치회사의 경우에는 감사위원을 말한다) 전원의 동의가 있을 것

  ② 제1항에 따라 이사회가 승인한 경우에는 이사는 제447조의 각 서류의 내용을 주주총회에 보고하여야 한다.

5) 상법 제462조【이익의 배당】

 ① 회사는 대차대조표의 순자산액으로부터 다음의 금액을 공제한 액을 한도로 하여 이익배당을 할 수 있다.

  1. 자본금의 액

  2. 그 결산기까지 적립된 자본준비금과 이익준비금의 합계액

  3. 그 결산기에 적립하여야 할 이익준비금의 액

  4. 대통령령으로 정하는 미실현이익

 ② 이익배당은 주주총회의 결의로 정한다. 다만, 제449조의2제1항에 따라 재무제표를 이사회가 승인하는 경우에는 이사회의 결의로 정한다.

다. 사실관계

 1) ’19년부터 ’24년까지 청구법인의 주주현황은 다음과 같으며 주식변동 사항은 없다.

【청구법인 주주현황】

(단위 : 주, %)

* 대표이사 A과 특수관계자(친족)들은 「법인세법 시행령」제43조제7항에 따른 지배주주에 해당하며, 조ㅇㅇ은 ’21.10월 혼인관계 소멸로 지배주주에서 제외

 2) 청구법인의 임원현황은 다음과 같다.

【청구법인 임원현황】

 3) 청구법인이 임원에게 지급한 보수는 다음과 같다.

【임원 보수 지급현황】

 4) 쟁점보수 인상과 관련한 청구법인 내 의사결정 내용은 다음과 같다.

【정기주주총회 의사록(과세전적부심사 청구 시 제출)】

【대표이사 결정서】

 5) 청구법인의 배당금 지급내역은 다음과 같다.

 6) 동종업체 6개 법인 및 청구법인의 대표이사 급여가 매출액 및 영업이익에서 차지하는 비율은 다음과 같다.

【동종업체 대표이사 보수 비율】

라. 판단

 1) 관련 법리

 ｢법인세법｣ 제26조는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 인건비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다라고 하고 있고, 같은법 시행령 제43조는 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다라고 규정하고 있다.

  법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되나, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적･계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연동성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당보수가 임원의 집무집행에 대한 정상적인 대가라기 보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원2015두60884, 2017.9.21.).

 2) 청구법인이 대표이사 A에게 지급한 쟁점보수를 사실상 이익처분에 의한 것으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

 가. 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점보수는 사실상 이익처분의 성격으로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금불산입 대상으로 판단된다.

  (1) 대표이사 A이 청구법인의 경영과 이익창출에 지대한 공헌을 한 점을 인정하더라도 ① 청구법인의 매출액과 이익은 ’21년 781억에서 ’22년 636억으로, 영업이익은 305억에서 53억으로 전년에 비해 오히려 감소하였음에도 급여를 급격히 인상(’21년 16억원→’22년 38억원)한 점, ② ’22～’24년 매출액 대비 급여 비율은 6～9%로 동종업체 평균 0.7～0.8%와 비교할 때 비정상적으로 높은 점, ③ 청구법인은 쟁점 보수의 인상이 정기주주총회 의결 등 정상적인 의사결정 절차를 거쳤다고 주장하나, 실제 주주총회가 개최되었는지 여부가 불분명하고 사실상 대표이사 1인의 단독결정으로 이루어진 것으로 보이는 점, ④ 대표이사에 대한 급여를 급격히 인상한 ’22년부터 현재까지 배당이 중단된 점 등으로 볼 때 ’22년～’24년 청구법인이 대표이사에게 지급한 급여 전부를 대표이사의 집무집행에 대한 정상적인 대가로 보기는 어렵고 법인에 유보된 이익을 분여하기 위해 보수의 형식을 취한 것으로 사실상 이익처분에 의한 상여에 해당하는 것으로 판단된다.

  (2) 그리고 대표이사에게 지급한 급여 중 이익처분의 성격에 해당하는 부분을 특정하기 어려운 측면이 있으나, 통지관서에서 적정보수 기준금액을 2021년도 급여 1,668,791,051원으로 정한 것은 ① 2019년부터 2020년 평균보수 금액을 초과한 금액, ② 2019년부터 현금배당을 실시한 최종 사업연도인 2021년까지 평균보수 금액을 초과한 금액, ③ 현금배당이 최종 실시된 2021년 보수 금액을 초과한 금액 중 가장 유리한 방법을 택한 것으로 청구법인의 입장을 고려할 때에도 부당한 과세로 보이지 않는다.

 나. 따라서, 통지관서에서 쟁점보수를 손금불산입하여 과세예고통지한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.