주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.

이 유

1.통지내용

가. A은 1971.10.20. 설립되어 금융업을 영위하고 있는 내국법인으로서 자기자본이 500억원을 초과하여 2015년부터 미환류소득에 대한 법인세를 신고․납부하고 있다.

나. A은 ’15.6월까지 발생한 누적 결손금 1조 1,357억원을 2015～2022 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 미환류소득(기업소득)에서 차감해서 신고하였는데, 당초 신고시에는 「조세특례제한법 시행령」제100조의32 제4항 라목(이하 ‘쟁점조항’이라 한다)에 따라 ‘각 사업연도 과세표준 계산 시 공제한 결손금’을 기업소득에서 차감해 미환류소득 법인세를 신고․납부하였다.

다. A은 2021.8월 위 신고내용에 대해 ‘각 사업연도 과세표준에서 공제가능한 결손금’을 기업소득에서 차감하는 것으로 정정하여 2016～2020 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 경정청구를 하였고

 2021.10월 B세무서(이하 ‘통지관서’라 한다)는 A의 경정청구를 인용해 2017, 2019, 2020 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 환급통지 하였다.

* 환급세액 : (2017년) 338백만원, (2019년) 610백만원, (2020년) 958백만원

라. C은 2024.8.26.～9.11. 통지관서에 대한 종합감사에서 A의 2015년 이후 이월결손금 잔액은 1조 1,357억원이나 미환류소득 계산 시 공제한 이월결손금은 5조 6,074억원에 달하므로

 중복 공제된 이월결손금을 차감하여 미환류소득에 대한 법인세를 경정할 것을 처분지시하였으며, 이에따라 통지관서는 2020 사업연도 000,000,000원, 2021 사업연도 0,000,000,000원의 법인세를 과세예고통지하였다.

【미환류소득 계산 시 이월결손금 공제내역】

마. A은 이에 대해 2025.8.8. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

가. 이 사건의 쟁점

 구 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(이하 ‘쟁점조항’이라 한다)은 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금에 대해 “「법인세법」 제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”이라 규정하고 있다.

  기획재정부와 D은 쟁점 조항에 따른 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금의 의미에 대해 “해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 실제 공제된 결손금”이 아니라(즉, 법인세법상 공제 한도까지의 결손금이 아니라) “각 사업연도의 개시일 전 10년¹⁾ 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 해석하였다(E-312, 2016.3.30., 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7., 이하 ‘쟁점 유권해석’이라 한다). 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금으로 한정되지 않는다는 것이다.

이 사건 과세예고 통지는 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금이란 ‘해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 실제 공제한 결손금’이라는 전제에서 이루어졌다. 그러므로 이 사건의 쟁점은 ‘미환류소득 계산 시 차감하는 결손금이 해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 실제 공제한 결손금으로 제한되는지 여부’이다.

나. 이 사건 과세예고 통지의 위법성

 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 결손금의 의미에 대한 기획재정부와 D의 유권해석이 명확히 존재한다. 쟁점 유권해석에 따르면, 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금은 해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금으로 제한되지 않는다.

기획재정부의 유권해석(증 제1호증)은 법인세법에 미환류소득에 대한 법인세 과세 제도가 도입되고 얼마 지나지 않은 때 주무관청인 E가 검토하여 회신한 것으로 세무행정의 기준점이 되는 공식적인 세법 해석이다.

[증 제1호증 E-312, 2016.3.30.]

 해당 유권해석의 제목은 ‘기업의 미환류소득에 대한 법인세’ 계산방법이고, 제목에 걸맞게 제도를 운영하는 과정에서 해석의 차이가 발생할 수 있는 다양한 개념에 대해 도합 19개의 답변을 통해 명확한 지침을 내려주고 있다.

 그중 이 사건에 관한 것은 답변 2항의 ‘법인세법 시행령 제93조 제4항 제2호 라목의 해당 사업연도에 공제한 결손금’으로, “해당 사업연도에 공제한 결손금”이라는 문언은 쟁점 조항의 문언과 완전히 동일하므로 당초 기획재정부의 세법 해석이 달리 변경될 이유가 없다.

 더욱이, D은 법인세법에 규정되어 있던 제도가 조세특례제한법으로 이전된 뒤인 2020년 쟁점 조항에 관한 사전답변(증 제2호증)을 통해 위 기획재정부의 세법 해석이 타당하다는 점을 다시 한 번 확인하였다.

 아래 그림을 통해 확인할 수 있듯이, 납세자는 쟁점 조항에 관하여 ‘법인세법상 이월결손금 공제 한도를 적용해야 한다’는 갑설과 ‘적용하지 않는다’는 을설로 나누어 질의하였고,

 D은 을설이 타당하다고 답변함으로써 쟁점 조항의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”이란 ‘법인세 과세표준 계산 시 실제 공제된 결손금’이 아니라 ‘법인세법상 공제 한도를 적용하지 않은 이월결손금’이라고 명확하게 판단하였다.

 해당 사전답변은 그 내용이 법문의 해석에 관한 것으로서 향후 일선 과세관청들이 세법을 집행함에 있어 지침으로 활용하게 될 것이 명백히 예상되는 만큼, D이 신중하고 면밀한 검토를 거쳐 세법 해석에 관한 공식적인 입장을 발표한 것으로 볼 수 있다.

[증 제2호증 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7. 발췌]

 기획재정부와 D의 쟁점 유권해석은 담세력에 따라 부과하는 법인세와 정책 목적을 달성하기 위한 제재적 조세인 미환류소득 법인세의 차이를 반영하기 위한 합리적 해석의 결과로 이해된다.

 미환류소득 법인세는 이익을 사회에 환류하지 않았다는 이유로 세후소득에 대해 다시 세금을 부과하는 제도이다. 정책적 조세로서 담세력과 직접적인 관련성이 없기 때문에 (일반)법인세처럼 소득을 엄밀하게 측정할 필요가 없으며, 본질적으로 이중과세의 성격을 갖고 있기 때문에 납세자의 자유와 재산권을 침해하지 않도록 필요최소한 범위 내로 운영되어야 한다.

 기업의 실제 환류 여력은 현금 및 현금성 자산의 액수에 반영된다. 그러나 미환류소득 법인세는 회계상 당기순이익이 적립된 금액인 ‘사내유보’에 대해 과세하는 제도이다. 사내유보는 기업의 현금 지출과 무관하게 회계상 이익을 거두기만 하면 계속 증가하기만 한다. 예를 들어, 기업이 한 해에 100억원의 이익을 기록하면 장부상 사내유보가 100억원이 증가하나, 그 기업이 당기에 거둔 수익을 모두 신규 고용, 공장 증설 등에 투자했다면 남은 현금성 자산이 없으므로 환류 여력은 없다.

 F도 미환류소득 법인세에 대한 검토보고서에서 우리나라 30대 기업이 현금성자산의 형태로 보유하는 사내유보금의 비율은 17%밖에 되지 않기 때문에 제도가 도입되더라도 기업의 사내유보금을 투자 및 가계소득으로 환류시킬 여력이 크지 않다는 점, 사내유보는 해당 과세연도의 담세력과 관련성이 높지 않으므로 이를 기준으로 과세하는 경우 담세력에 따른 차등과세의 원칙이 훼손될 수 있다는 점을 지적하였다.

 이에 기획재정부와 D은 법인의 진정한 환류 여력을 반영할 수 있도록 법인세법상 공제 한도가 적용된 금액으로 한정하지 않고, 해당 법인에 발생한 누적 결손금을 모두 차감하도록 허용하는 취지로 해석하였던 것이다.

 국회가 지적한 것처럼 기업의 실제 환류 여력은 사내유보의 약 17%에 불과하기 때문에 차감할 이월결손금의 범위에 대한 법 해석․적용을 통해 사내유보와 실제 환류 여력 사이의 격차를 좁히려 한 것이다.

 기획재정부와 D은 조세법규의 타당성을 제고하기 위해 입법취지를 고려하여 합목적적 해석을 한 것이다. 합목적적 해석은 통상적으로 허용되는 법 해석의 방법이다(대법원2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 등).

 기획재정부가 제도의 최초 도입 당시부터 입법 목적을 고려하여 명확한 해석을 제시했고, D도 그 해석의 타당성을 재차 확인하였다. 또한, D 감사관이 점검 및 시정 지시한 사건을 비롯한 여러 사건들에서 쟁점 유권해석에 따라 미환류소득 계산 시 차감할 이월결손금에는 법인세법상 공제한도가 적용되지 않음을 전제로 ‘이월결손금의 재차 공제’가 가능한지 여부만 다투어졌다(조심2023서9356, 2024.8.28. 등).

 이처럼 과세당국에 의해 정립된 명확한 법 해석이 존재하고 이를 신뢰한 납세자들이 10년에 걸쳐 그에 따라 세무처리를 해왔다. 그럼에도 불구하고 본건의 개별적인 과세를 유지하기 위해 신중한 검토와 논의 없이 확립된 법 해석을 정면으로 뒤집는 것은 심히 부당하다.

다. 결론

 이 사건 과세예고 통지는 쟁점 조항을 자의적으로 해석하여 이루어진 것으로 취소되어야 함이 마땅하므로 청구인은 그 취소를 구하기 위하여 과세전적부심사를 청구한다.

3. C 의견

가. 사실관계

 1)서울특별시 G빌딩 H에 본점을 둔 ㈜I(이하 “A”이라 한다)은 1971.10.20. 설립되어 금융업을 영위 중인 내국법인으로서 자기자본이 500억원을 초과하여 2015년부터 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하여 왔다.

 A은 ’15.6월까지의 누적 결손금 1조 1,357억원을 2015∼2022사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 미환류소득(기업소득)에서 차감해 신고하였는데

 당초 2016∼2020사업연도에 대한 미환류소득 계산 시, 조특령 §100조의32④2.라.(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 당해 각 사업연도 과세표준(이하 “과표”라 한다)에서 “공제한 결손금”을 기업소득에서 차감해 미환류소득 법인세를 신고·납부하였다가

 D 유권해석(사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7.)을 이유로 2021.8.13. 당해 연도 과표에서 공제 가능한 전체 결손금(이월결손금 한도 미적용)을 기업소득에서 차감하는 것으로 정정하여 2016∼2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 경정청구 하였고

 2021.10. J은 A의 경정청구를 인용해 2017, 2019, 2020 사업연도 미환류소득 법인세를 환급통지^* 하였다.

 * 환급세액 : (2017년)000,000,000원, (2019년)000,000,000원, (2020년)000,000,000원

 A은 이후 2021 사업연도부터 계속해서 미환류소득 계산 시 직전 각 사업연도 소득의 이월결손금 잔액 전체를 차감하여 신고하였던 바 A의 자본금과 적립금조정명세서(갑) 상 이월결손금 잔액은 [표1]과 같다.

[표1] 자본금과 적립금조정명세서(갑)

(단위:원)

 * 당기 발생한 결손금 000,000,000,000원이 포함된 금액임

 2016～2020 사업연도 미환류소득에 대한 경정청구 내용 및 2015, 2021 및 2022 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고내용은 아래 [표2]와 같다.

[표2] 각 사업연도별 미환류소득에 대한 법인세 내용

(단위:백만원)

 A은 2016년 이후에는 결손금이 발생하지 아니하였으며 2015년 당기 발생분을 포함한 결손금 잔액은 1조 1,357억원이나, 위 [표2]와 같이, 미환류소득 계산 시 매 사업연도마다 [표1]의 직전 각 사업연도소득 이월결손금 잔액 전체를 차감함으로써 이월결손금 공제 누계액은 5조 6,074억원에 이르며,

 2021 사업연도까지는 초과환류액이 발생하도록 신고하였고 2022사업연도에는 미환류소득이 13.8억원이나 직전 사업연도에 초과환류액이 발생한 것으로 보아 62억원을 공제함으로써 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다.

 이와 같이, A이 2015～2022 사업연도 미환류소득에 대해 납부한 법인세는 전혀 없다.

 쟁점조항은 2022.2.15. 「조세특례제한법 시행령」이 제32413호로 개정되면서 [표3]과 같이 개정되었으며, 2022년 개정세법해설에서 그 개정 취지를 다음과 같이 명시하였다.

[표3] 조특법 시행령(§100조의32④2.라.) 개정 전·후 비교

 감사관은 조세법률주의 원칙(헌법 제59조)에 입각하여 2022 사업연도에 대해서는 개정 후 쟁점조항의 문언대로 “공제할 수 있는 이월결손금(한도 미적용)^*”을, 2020 및 2021 사업연도에 대해서는 개정 전 쟁점조항의 문언대로 “공제한 이월결손금(한도 적용)󰡓을 문리해석·적용하여 [표4]와 같이 미환류소득 계산 시 차감하도록 통지관서에 처분 요청하였다.

* 이미 공제된 이월결손금은 제외(재차 차감 불인정)

[표4] 미환류소득 과세예고 통지 내용

(단위:백만원)

* 2022 사업연도에 이월되는 초과환류액 없음

나. 이 건 과세예고통지는 정당하다.

 조세법률주의 下 엄격해석 원칙에 따라 2021사업연도 이전 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금은 법인세법의 문언대로 해당 사업연도에 “공제한 이월결손금(한도 적용)”으로 보는 것이 타당한바 2020 사업연도 000,000,000원, 2021 사업연도 0,000,000,000원(가산세 0,000,000,000원 포함), 합계 0,000,000,000원 과세예고통지는 정당한 처분이다.

4. 판단

가. 쟁점

  미환류소득 계산시 차감하는 결손금을 ‘해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금’으로 제한하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 「조세특례제한법 시행령」제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】(2018.2.13. 법률 제28636호로 일부 개정된 것)

 ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.

 ② 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말한다.

 ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 보고, 3천억원을 초과하는 경우 3천억원으로 본다)으로 한다.

  2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

   라. 「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

2) 「조세특례제한법 시행령」제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정된 것)

 ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.(중략)

  2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

   라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다.

3) 「법인세법」제13조【과세표준】
(2017.12.219. 법률 제15222호로 일부 개정된 것)

 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다. <개정 2015.12.15., 2017.12.19>

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

4) 「법인세법」제14조【각사업연도소득】
(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정된 것)

 ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. <신설 2018.12.24.>

다. 사실관계

 1). A의 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금 공제내용은 다음과 같다.

  (1) 최초 법인세 신고 시

   ○ 각 사업연도소득 과세표준 계산시 “공제한 결손금”을 차감

          (단위:백만원)

* 경정청구 이후 신고분인 2021, 2022 사업연도는 공제할 수 있는 결손금 차감

  (2) 2021년 경정청구 시

   ○ 당해 연도에 “공제할 수 있는 결손금”을 차감

(단위:백만원)

  (3) K 처분지시(이 건 과세예고통지와 관련)

   ○ 각 사업연도소득 과세표준 계산시 “공제한 결손금”을 차감하였으며, 이는 A이 최초 신고 시 적용한 것과 같은 방법으로 계산한 것임

(단위:백만원)

* 2016∼2017사업연도 세무조사 시 일부 경정되어 최초신고와 차이발생

 2) 2022년 쟁점조항의 개정 전․후 내용은 다음과 같다.

  (1) 개정전

  (2) 개정후

(이 면 이하 여백)

 3) 쟁점조항과 관련한 기획재정부․D의 유권해석은 다음과 같다.

라. 판단

 1) 관련 법리

 ｢조세특례제한법 시행령｣제100조의32【투자․상생협력 촉진을 위한 과세특례】제4항제2호라목은 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금은 각 사업연도 소득에서 ｢법인세법｣제13조제1항1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금이라고 규정하고 있고

  기획재정부(법인세제과-333, 2022.8.24.)와 D(적부-D-2022-0102, 2023.1.18.)은 한번 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에 재차 차감할 수 없다고 밝히고 있다.

2) 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금을 ‘해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금’으로 제한하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

 가. 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, A의 주장은 타당하지 않은 것으로 보인다.

  (1) A은 2016～2020 사업연도에 대한 당초 법인세 신고시에는 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’을 차감하였다가, 2021.10. ‘해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금을 이후 사업연도에도 계속하여(재차) 차감’하는 방법으로 L세무서에 경정청구를 신청, 인용결정되어 0,000,000,000원의 법인세를 환급받았다.

  (2) C은 통지관서에 대한 종합감사에서 A의 2015년 이후 이월결손금 잔액은 1조 1,357억원이나 미환류소득 계산 시 공제한 이월결손금은 5조 6,074억원에 달하여 이 건 처분지시 한 바, ① A이 미환류소득 계산 시 경정청구와 같은 방법으로 이월결손금을 차감하여 실제 2,890억원의 재차 공제가 발생한 점, ② 2022년 쟁점조항 개정 이후에도 기획재정부에서 재차 공제는 허용되지 않는다고 밝힌 점으로 볼 때, 쟁점조항 개정과 무관하게 미환류소득 계산 시 이월결손금 재차 공제는 허용되지 않는 것으로 보이고 이러한 취지에 따라 미환류소득을 재계산하여 법인세를 과세하도록 한 감사관의 처분지시는 타당해 보인다.

 나. 따라서, 감사관의 처분지시에 따른 통지관서의 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1)쟁점 유권해석 당시 적용되는 법인세법 제13조 제1항 제1호는 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금”이라고 규정하였으나, 2020. 12. 22. 개정된 법인세법 제13조 제1항 제1호 가목은 “각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금”이라고 규정하므로 2020 사업연도부터는 ‘15년’으로 적용해야 함.