주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.

이 유

1.통지내용

가. A은 2019. 9. 5. 설립되어 부동산 개발업 및 공급업을 영위하고 있고 있으며, 2021.6.10. 서울 중랑구 묵동 8번지 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 함) 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 함)을 매입하고, 건물 취득관련 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 함)을 2021.1기 부가가치세 신고시 매출세액에서 차감하였다.

<쟁점건물 취득 관련 매입세금계산서 수취 내역>

나. 서울지방국세청 감사관은 2025. 4. 8.∼2025. 4. 25. 통지관서에 대한 종합감사에서 쟁점건물은 취득 당시부터 철거를 목적으로 취득한 건물이므로, 쟁점매입세액은 ‘토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액’에 해당하여 매입세액에서 불공제하도록 처분지시하였으며, 이에따라 통지관서는 2025.8.27. 0,000,000,000원을 과세예고통지하였다.

다. A은 이에 대해 2025.9.17. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

가. 사실관계

 1) A 개요

  A은 2019.9.5.에 설립되어 비주거용 건물 개발 및 공급업을 주요 목적사업으로 하고 있다. A은 본 건 건물에서 발생한 임대료 및 토지 매각 외에 다른 매출이 발생하지 아니하였다.

 2) 본 건 부동산의 취득 및 사업 개요

  A은 2019년 9월 20일 토지 소유주인 D(이하 “E”)으로부터 서울시 중랑구 묵동 8번지 토지에 대한 매매계약을 체결하였다.

  쟁점토지 매매계약 체결 당시, 본 건 토지에 소재하고 있는 본 건 건물은 주식회사 B(이하 “F” 또는 “B”)가 소유하고 사옥으로 사용하고 있었다. 이와 관련하여 2019년 9월 26일 F와 매매대금을 120억원으로 하는 건물 매매계약을 체결하였다.

  A은 쟁점 토지 및 건물에 대한 매매계약 체결 당시 본 건 부동산의 가치가 상승된 시점에 일괄 매각하여 차익을 실현하고자 계획하였다.

  향후에 매각을 보다 용이하게 하고 개발사업권 프리미엄을 고려한 가치상승을 통해 매각차익을 실현할 수 있는 방안중의 하나로서, A은 쟁점부동산 대하여 G에 ‘역세권 청년주택 사업’에 대한 사전검토를 요청하였다.

  A은 쟁점부동산 취득 이전에 부동산 개발업을 시행한 업력이 없고, 관련 경험이나 지식이 있는 임직원이 없는 소규모 가족법인으로 해당 사업을 영위할 사업시행능력이 없었기 때문에 개발사업권을 포함하여 매수자에게 부동산을 포괄적으로 양도하고자 하였으며, 쟁점부동산의 일괄 매각을 위하여 2020년 9월에 주식회사 H(이하 “I”)과 ‘사업부지 매각 관련 자문용역계약(이하 “매각자문용역계약”)’을 체결하였다.

  한편, 쟁점건물의 매매와 관련하여, 매매대금에 대한 상호간 조정사항을 반영하여 2021년 3월 변경된 매매대금인 90억원으로 다시 계약을 체결하고, 2021년 6월 10일 쟁점부동산에 대한 매매대금 잔금을 지급하여 부동산 취득을 완료하는 한편, 같은 날짜로 F인 B를 임차인으로 하는 임대차계약(이하 “쟁점 임대차계약”)을 체결하여 F가 계약기간동안 건물을 임차하여 사용할 수 있도록 하였다.

  I를 통해 진행된 일괄매각 관련 매수의향자별 주요 사항은 다음과 같다.

  (1) J : 쟁점 토지 및 건물과 대상 부동산에 대한 개발 사업권리 일체를 2021년 6월 1일 650억원(토지 560억원 및 건물 90억원)에 포괄 양도하는 것으로 상호 논의하였으나 계약 체결되지 아니함

  (2) K : 쟁점 토지 및 건물에 대하여 역세권 청년주택 개발사업 관련 개발사업권을 포괄하여 매매하는 것으로 2021년 6월 중 논의하였으며, 각 계약 당사자는 2021년 7월 7일 쟁점 부동산 및 개발사업권 일체를 650억원(토지 560억원 및 건물 90억원)에 매매하는 것으로 계약조건 합의가 완료된 최종 계약서 파일을 변호사를 통해 상호 교부하고, 7월 8일 이사회에서 의결하고 계약 체결 예정이었으나, COVID-19로 인한 사업의 불확실성 증대 및 개발사업 인․허가 불확실성 등 사유로 최종적으로 실제 매매계약이 체결되지 아니함

  위 K를 매수인으로 하는 일괄 매각 추진과 관련하여, 계약이 체결되었더라면 A을 임차인으로 하여 F에게 전대차하는 거래를 통해 임대차 계약을 유지하려고 하였으나, 실제 매매 계약이 체결되지 아니하여 쟁점 임대차계약이 유지되었다.

  A은 쟁점 임대차계약에 따라 쟁점 건물에서 부동산임대업을 영위하게 된 바, 임대료 금액에 대하여 세금계산서를 발급하고 이를 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하여 신고하였다.

  A은 위 K와의 쟁점 부동산에 대한 매매계약이 성사되지 아니한 이후에도 계속하여 일괄 매각을 시도하였으며, 임차인 B가 명도를 완료한 2021년 12월말 이후에도 중개업자를 통해 일괄 매각에 대한 매수의향자를 찾는 노력을 계속하였으나, COVID-19로 인한 불안정성 등으로 일괄 매각이 원활히 진행되지 아니하였다.

  한편, 회사가 본 건 부동산 가치상승을 위해 추진한 역세권 청년주택 사업이 2021년 10월 21일 지구계획 승인되어, 본 건 부동산 필지가 공급촉진지구로 지정되었다.

  이러한 상황에서, 자체적인 사업시행능력이 없는 A은 C(주)(이하 “C”)의 제안으로 L(이하 “HUG”)에 민간제안사업 방식으로 진행하여 HUG가 출자하는 HUG임대리츠에 본 건 부동산을 매각하는 방안(이하 “HUG임대리츠 매각안”)을 차선책으로 함께 검토하고자 2021년 8월 3일 C과 HUG임대리츠 매각안 관련 자문용역 계약을 체결하였다.

  A은 2021년 10월 29일 HUG에 민간제안사업과 관련한 쟁점부동산의 임대시세 및 매매시세 조사를 의뢰함으로써 HUG임대리츠 매각안의 절차가 개시되었다. HUG임대리츠 매각안 진행과정에서 2022년 3월 C으로부터 “HUG기금투자심의위원회 심의를 통과하여 HUG임대리츠와 토지매매계약을 체결하기 위해서는 ‘본 건 토지가 나대지 상태로 있을 것’의 조건을 충족하여야 하며, 이로 인해 철거가 필요하다”는 사실을 안내받았다.

  A은 2022년 5월 18일 서울 M 공공지원 민간임대주택(역세권 청년주택) 사업의 공사비 검토결과 적정하다는 결과 공문을 HUG로부터 수령하였으며, 이에 따라 HUG임대리츠 매각안의 성사 가능성이 높아지게 되었다.

  A은 본 건 부동산 취득을 위하여 고금리상품(이자율 8%)인 브릿지론(Bridge Loan)을 통해 자금을 조달한 상황이었기 때문에 쟁점부동산에 대한 조속한 매각이 필요한 상황이었고, ’22년 상반기까지 지속적으로 일괄 매각에 대하여 노력하였으나 매수자를 찾기가 어려워짐에 따라, HUG임대리츠 매각안을 추진하는 것으로 2022년 5월 사업방향을 변경하고 HUG기금투자심의 승인 및 HUG임대리츠 매각 시기를 앞당기기 위하여 본 건 건물에 대한 철거를 결정하였다.

  이에 따라, A은 2022년 6월부터 철거공사를 진행하여 2022년 8월 G로부터 건축물 해체공사 완료(멸실) 신고확인증을 수령하였다.

  이후 2022년 12월 HUG기금투자심의가 승인되어 12월 20일 HUG임대리츠(㈜N)가 설립되었고, A은 HUG임대리츠와 2023년 3월 28일 본 건 토지를 792억4천5백만원에 매각하는 것으로 계약을 체결하였다.

  시점별 주요 발생사항을 정리하면 다음과 같다.

나. 청구이유

 1) 토지 관련 매입세액은 ① 취득 시점에 토지만을 사용할 목적과 ② 취득 이후의 사용현황을 모두 고려하여 매입세액 불공제 여부를 판단해야 하며 사후적으로 철거가 확정된 사실관계만을 가지고 토지 관련 매입세액으로 함부로 단정할 수 없는 것이다.

 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 동법 시행령 제80조 제2호에서 토지 관련 매입세액으로 규정하는 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에 해당하는지 여부는 관련 판례(서울행정법원2016구합68649, 2017.03.24.)를 고려해볼 때, ① 취득 시점에 토지만을 사용할 목적으로 취득 여부와 ② 취득 이후 토지 및 건물의 사용 현황을 모두 고려하여 매입세액 불공제여부를 판단하여야 한다.

  해당 판례(서울행정법원2016구합68649, 2017.03.24., 2심 소취하로 최종 확정 판결)에서는 부가가치세법 시행령 제80조 제2호에 따라 토지 관련 매입세액으로서 불공제 대상에 해당하는 경우는 사업자가 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 후, 그 지상 건축물을 사업상 용도로 사용하지 않은 채 곧 철거하는 경우를 의미하며, 토지만을 이용하려는 목적이 명백히 입증되어야 함을 강조하고 있다.

  이는 토지·건물 취득 후 건물을 철거하여 토지만을 사용하는 경우로서 매입세액 불공제 대상으로 적용하기 위해서는 판단 기준으로 취득 목적과 실제 사용 현황 두 가지를 모두 고려해야 함을 알 수 있다.

  판례에서 이와 같이 취득 목적의 판단을 강조하고 있는 것은 법인세법 및 소득세법 상 “토지만을 사용할 목적”으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 건축물을 철거하고 있는 경우를 토지에 대한 자본적 지출로 판단하고 있는 것과 동일한 취지의 해석으로서 타 법령과 조화로운 해석상 타당한 것이며, 대법원 2012두22447, 2016.2.18. 판례에서도 토지 관련 비용에 대한 판단은 지출 목적과 경위를 중요한 판단 요소로 고려하고 있다.

  한편, 부가가치세는 거래단계별 징수·공제되는 소비세제로서 공급시점에 이미 발생된 매입세액의 공제 여부를 동일 시점에 확정하는 것이 재화·용역의 소비 시기와 과세 시점을 일치시킬 수 있어 합리적이기 때문에 법 체계상 매입세액 공제 여부는 거래가 발생한 과세기간의 신고·납부 단계에서 일단 완결적으로 확정되는 것이며(부가세법 제38조 제2항), 과·면세 비율 변동에 따른 매입세액 재계산 등의 별도 예외 규정을 둔 경우를 제외하면, 사후적 사실관계가 발생하였다는 이유만으로 과세기간이 경과한 거래에 대해 공제 또는 불공제 여부에 대한 판단을 합리적인 이유 없이 다시 변경하는 것은 법률상 허용되기 어려운 것으로 사료된다.

  관련 판례(서울행정법원2019구합70902, 2021.01.19.)에서도 부가가치세의 납세의무가 과세기간이 종료한 때에 성립됨에 따라, 과세사업과 관련하여 지출한 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이고, 과세기간 종료 이후 사정의 변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치는 것은 아니라고 판단하였다.

  따라서, 부가가치세법 시행령 제80조 제2항을 적용함에 있어서 납세자는 취득 시점이 포함된 과세기간의 확정된 사실관계와 취득 목적에 따라 매입세액 불공제 여부를 판단하여 신고하여야 한다. 취득 시점에 건물에 대한 매각이나 임대 등 과세사업에 사용하려는 목적이 매각 시도나 임대차계약 등 확정된 사실관계로 분명하게 확인되고, 이에 기반하여 매입세액공제를 적용하여 신고한 이후 실제 임대 등의 사용 현황으로 입증된다면, 납세자의 당초 신고내용은 적법한 신고에 해당하므로 토지만을 사용 목적으로 취득한 것이라는 명백한 증거가 없는 한, 향후 철거의 사실관계가 발생한 사유만으로 당초 취득 목적과 임대사업에 사용된 사실관계가 함부로 부인될 수 없을 것으로 판단된다.

  이와 관련하여 기획재정부 유권해석에서도 부동산개발업자가 철거 예정 건축물을 취득하여 개발사업 절차가 확정되기까지 임대사업에 건물을 사용 후 철거하였다면, 비록 궁극적인 목적은 토지만을 사용할 목적이었다 하더라도 이는 취득 당시에 확정되지 않은 사실관계에 불과한 반면, 임대사업으로 건물 사용 목적이 취득 당시 명확하게 확인되고, 취득 이후 임대 현황으로 이러한 목적이 입증되었기 때문에 토지 관련 매입세액으로 볼 수 없는 것으로 해석하고 있는 바, 사후적으로 철거라는 사실관계가 발생하였다고 하여 당초 매입세액공제 여부에 대한 판단에 영향을 미칠 수 없음을 분명히 하였다(기획재정부 부가가치세제과-610, 2018.10.01. 기획재정부 부가가치세제과-371, 2017.07.24.).

  아래에서는 상기 검토된 법리에 따라 A의 취득 목적과 사용 현황을 구체적으로 살펴봄으로써 토지 관련 매입세액으로 볼 수 없음을 입증하고자 한다.

 2) A은 쟁점부동산을 일괄 매각하는 것을 목적으로 취득하였고, 취득 이전 9개월부터 취득 이후 9개월까지 18개월간 일괄 매각을 위해 지속적으로 노력한 사실을 통해 취득 시점에는 철거가 예정되어 있지 않았음이 입증되며 취득일로부터 약 1년 경과 후 HUG 매각안으로 사업방향이 변경됨에 따라 철거가 확정되었다.

  (1) A은 본 건 부동산을 일괄 매각하는 방향으로 사업을 추진하였고 취득 시점의 매각 시도 사례를 통해 부동산 일괄 매수 후 일괄 매각 목적이 명확하게 확인되며 취득 이후에도 일괄 매각을 위해 지속적으로 노력하였다.

  이와 관련하여 A은 2020년 9월 매각자문용역계약을 통해 매수의향자를 물색하고, 매매계약 조건에 대한 구체적인 협상을 진행하였다. 그 결과로 매수의향자와 2021년 7월 7일 부동산 일괄매각에 대한 최종 계약조건을 협의한 매매계약서를 준비하여 각 당사자는 이사회 결의를 추진하였다. 다만, COVID-19로 인한 사업의 불안정성과 개발사업 인허가의 불확실성 등의 사유로 실제 계약이 체결되지는 아니하였다.

  I를 통한 일괄 매각을 시도한 이후에도 A은 계속하여 인근 공인중개사사무소를 통해 본 건 부동산을 일괄 매각하고자 하였으며 2021년 11월에 O을 통해 매수의향자와 커뮤니케이션한 사실이 확인되며, 2021년 12월말 임차인으로부터 명도를 완료한 이후에도 22년 2월까지 계속되었다. 만약 매수의향자가 있었다면 A은 J 및 K에 대한 매각 시도와 동일하게 당초 매수 시 부담한 건물의 경제적 가치 회수를 위해 일괄매각으로 계약하였을 것이다.

 (2) 개발 사업 시행능력과 당초 매수계약 형태, 사업추진과정을 고려해볼 때 건물을 철거하고 신축하여 토지만을 사용하는 형태로 개발사업을 시행할 계획이 없었으며, 철거는 취득일이 속한 과세기간 종료 이후 추진이 결정된 HUG임대리츠 매각안에 따라 취득 시점으로부터 약 1년이 경과하여 확정된 사안으로서 취득 당시에 합리적인 예측이 불가능하였다.

  A은 아래 [표1]과 같이 자본금 1억원을 출자하여 2019년 9월 5일에 설립되었으며, 가족구성원이 지분을 보유하고 있는 “가족법인”으로 쟁점부동산 취득 이전에 부동산 개발사업을 영위한 이력이 없으며, 임직원 모두 개발사업에 경험이 없어 개발사업을 주도적으로 영위할 인적 자원이 없다.

[표1] A의 주주 현황

  이에 따라, A은 개발사업을 직접 영위하는 대신 가치를 상승시켜 매도하여 차익을 얻고자 하는 사업 목적으로 쟁점부동산에 대한 매수계약을 체결하였다.

  또한, A은 자체적인 자금 조달 능력이 없었기 때문에 계약 시점에 고금리의 브릿지론으로 자금을 조달하여 잔금을 치르는 것이 불가능한 상황이었으며, 브릿지론 조달 자금(통상 부동산 가치의 70% 수준)을 최대한 확보하고 부동산 가치 상승 기간과 매수의향자를 탐색하는 기간을 충분히 갖기 위해 잔금 지급 일정을 매수계약 체결 시점인 2019년 9월로부터 약 21개월 이후인 2021년 6월로 설정하였다.

  통상적인 개발사업이 브릿지론으로 조기에 토지를 확보하여 1년 정도의 기간 내에 사업인허가를 획득하고 브릿지론을 PF 대출로 전환하여 착공을 진행하는 반면에 A은 본 건 부동산의 매수완료시점을 가능한 늦추어 A의 매도시점과의 기간을 최소화하고자 하였고, PF 대출로 전환하여 본격적인 개발사업을 시도하지 않고 일괄매각을 계속 시도하였다. 이러한 사실은 A의 사업 목적이 최초부터 쟁점부동산의 일괄 매각이며, 건물 철거 후 신축·분양 등의 부동산 개발사업에 있지 않음을 방증한다.

  상기와 같은 상황에서 일괄 매각이 원활하게 진행되지 아니하였고, 높은 금리의 브릿지론을 통해 매수대금(잔금)을 조달하게 되어, A은 이자비용을 포함한 부대비용 지출을 최소화하기 위하여 매도계약을 가능한 조속히 추진하여야 하는 상황에 직면하였다.

  이로 인해 A은 2021년 10월 시세조사를 의뢰하면서 HUG임대리츠 매각안을 차선책으로 함께 추진하게 되었으며, 동 방안의 경우 일괄 매각이 불가능하고 철거가 불가피하나, HUG기금투자심의 승인을 통과해야 하기 때문에 매각안 추진 당시에는 철거 여부가 확정된 사안이 아니었으며, 2022년 2월까지도 본래의 사업목적인 일괄 매각에 대한 노력을 계속 기울여왔다.

  2022년 5월 HUG의 공사비 검증 결과 적정함을 통보받아 동 방안의 성사 가능성이 높아짐에 따라 비로소 A은 취득 시점으로부터 약 1년이 경과한 후 HUG임대리츠 매각으로 사업방향을 변경하고 쟁점건물에 대한 철거를 결정하여 진행하게 되었다.

  즉, 건물 철거의 전제가 되는 HUG임대리츠 매각안은 2021년 제1기 과세기간에는 전혀 고려되지 아니하였으며, 2021년 2기에 개시된 HUG 임대리츠 매각안 추진 과정에서는 HUG의 사업 승인 여부가 불확실하므로 철거 여부가 확정된 사안이 아니었고, 2022년 1기에 일괄매각 추진 시도에 대한 계속적인 실패와 HUG 임대리츠 매각 가능성이 높아진 점을 고려하여 사업방향 변경 및 철거에 대한 의사결정이 이루어진 것이다.

[표2] 과세기간별 사실관계 및 철거 여부

 따라서 취득 당시에는 쟁점건물의 철거행위가 전혀 확정된 바 없으며, A이 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 해당할 것을 합리적으로 예측할 수 없는 상황이었고, 본 건 건물의 철거는 사후적인 사실관계의 발생에 따른 것인바, 과세기간이 경과한 거래에 대하여 매입세액 공제 여부를 소급하여 판단하는 것은 부가가치세제의 법리와 법적 안정성 관점에서 타당하지 않다.

(3) A은 쟁점건물 매수계약 체결시 토지와 구분되는 건물의 경제적 가치를 고려하여 매매가액을 산정하였고, 일괄 매각 시도시에 이를 고려한 매도가액을 산정하고자 하였는 바, 경제적 가치가 없는 철거 예정 건물로 취득한 것이 아님을 입증하는 것이다.

  관련 판례에서는 ‘건물 매매가액을 경제적 가치를 고려하여 산정’한 점을 건물 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다는 추가적인 근거로 고려하고 있다.

  A은 2019년 9월 26일 최초 매매계약 체결시 당시 주변 시세를 고려하여 120억원의 매매가액을 산정하였으나, 계약 체결 후 협상을 통해 가액을 인하하여 90억원으로 최종 매매하였으며, 이는 건물 자체의 경제적 가치를 반영한 것이다(상증세법상 기준시가의 7～8배 수준).

  이후 A의 일괄 매각 시도시에도 건물의 매도가액을 A의 매수가액과 동일하게 90억원으로 설정하고자 하였다. 이는 A이 매수시 부담한 건물의 경제적 가치를 매도시에도 동일하게 반영하고자 한 것으로, 당초 취득 당시부터 철거를 전제로 한 건물로 취득한 것이 아님을 입증하고 있다.

  (4) 소결

  ① 쟁점건물의 취득 목적은 일괄 매각 관련 과세사업(건물 매각)에 사용할 목적이었으며, ② 쟁점건물에 대한 매입세액 공제 여부를 판단하는 시점에는 A의 사업 계획상 건물 철거를 계획하고 있지 아니하였고 건물 철거에 대한 결정 및 철거공사는 과세기간 이후 추진된 HUG임대리츠 매각안으로 인하여 취득 시점으로부터 약 1년이 경과하여 발생한 것이므로 당초 매입세액 공제에 영향을 미치지 아니한다.

 3) A은 쟁점건물 취득 후 과세사업인 부동산임대업을 영위하였고, 다수의 관련 사례들에서는 단기간의 임대 후 철거한 경우에도 과세사업에 사용한 것을 인정하였다.

(1) A은 쟁점건물을 통해 2과세기간 동안 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 영위하였으므로 과세사업에 건물을 사용하였으며 토지만을 사용한 경우에 해당하지 않는다.

  A은 일반적인 사무용 건물 및 창고로 이루어진 쟁점건물의 매매계약에 대하여 2021년 6월 10일 잔금을 지급하고, F인 매도인 B와 같은 날 계약기간(2021.6.10.~2021.12.9., 2과세기간) 중 월 4천만원의 임대료를 지급받는 것으로 임대차계약을 체결하였다.

  본 건 임대차계약과 관련하여 당초 계약기간보다 약간 연장되어 A은 12월말까지 약 7개월에 해당하는 임대료 수입 2.6억원에 대한 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하였다.

  월 4천만원의 임대료 수준은 건물 매수금액인 90억원의 약 5.3% 수준으로서 건물의 사용가치와 별도의 영업활동이 없는 A의 사정을 고려한다면 매수의향자를 찾기까지 높은 금리의 이자비용을 포함한 추가적인 부대비용의 지출을 충당하기 위해서 이러한 임대수익은 사업상 반드시 필요한 수익이었고, 매각 방안을 결정하기까지 건물의 사용가치를 최대한 활용하여 건물을 사용한 것으로 볼 수 있다.

  만약 매수의향자를 찾기까지 추가적인 시간을 더 갖고자 했다면 신규 임차인을 찾아 임대사업이 연장되었을 것이나, A은 부동산 매각의 방안을 HUG임대리츠 매각으로 방향을 결정함에 따라 비로소 철거가 결정된 것이며, 건물 취득 당시에 임대차 계약은 확정된 사실관계인 반면, 매각 방안과 철거 여부는 확정되지 않았으므로, A이 과세사업에 건물을 사용하였고, 토지만을 사용한 것이 아님은 명백하다고 볼 수 있다.

(2) 다수의 판례, 심판례, 유권해석에서는 단기간의 부동산임대업을 영위한 후 건물을 철거한 경우에도 기존 건물의 취득 매입세액을 공제하는 매입세액으로 판단하고 있다.

  관련 판례, 심판례, 유권해석에서는 부동산 개발을 사유로 토지를 취득하였으나 부동산임대업에 제공한 경우 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액은 매입세액 공제가 가능한 것으로 해석하고 있으며, 이는 궁극적으로 철거가 예정된 부동산 개발업을 목적으로 취득한 경우라고 하더라도 그 조건이 충족되는데에 상당한 기간동안 부동산임대 등 과세사업에 사용할 목적과 계획이 있었고 실제로 과세사업수익이 발생하였다면, 위 두 목적은 양립가능하다고 판단한 것이다.

  또한, 이 경우 부동산임대업에 제공한 기간과 관련하여 세법상 명시적인 기준이 없는바, 조심2018서1596, 2018.12.24. 심판례는 1년 미만의 임대기간에 대해 과세사업에 사용한 사실을 부인하는 것은 세법상 근거가 없으므로 과세관청이 임의로 이와 같은 과세를 할 수는 없음을 강조하고 있으며, 관련 사례들은 7∼11개월의 단기간의 임대수익이 발생한 경우에도 토지만을 사용한 것에 해당하지 않기 때문에 건물 취득가액 관련 매입세액을 불공제되는 토지 조성 매입세액으로 볼 수 없는 것으로 해석하고 있다.

  관련 사례들의 사실관계와 A의 사실관계를 비교해보면 다음의 [표3]과 같으며, 동 사례들과 비교를 통해 다음과 같은 결론을 도출할 수 있다.

[표3] 관련 유사 사례 및 청구법인 사례의 사실관계

(이 면 이하 여백)

(3) 매각 여부의 불확실성과 건물의 사용가치, 고금리의 이자비용을 고려하면 매각 전까지 상당기간 임대사업에 사용하려는 목적이 취득 당시 존재하였으며, HUG임대리츠 매각안의 성사 가능성이 낮았다면 쟁점건물을 철거하지 않고 추가적인 임대차계약을 통해 부동산임대업에 사용하였을 것으로 보는 것이 합리적이다.

  쟁점건물은 일반적인 사무용 건물 및 창고로 이루어져 있으며 업종 제한없이 범용적으로 사용이 가능한 건물로, 임차인으로부터 명도 완료 당시에도 별도의 추가공사 등을 요하지 않는 즉시 입주가 가능한 상태를 보존하고 있었다.

  다만, 명도가 완료된 부동산이 권리관계 상 매각에 유리한 점을 고려하여 쟁점건물을 일시적 공실 상태로 두었으며, HUG임대리츠 매각안의 성사 가능성이 높아짐에 따라 철거를 결정하면서 추가적인 임대차 거래가 발생하지 않았다.

  만약 동 매각안의 성사 가능성이 낮았다면, W는 별도의 수익원이 없는 상황에서 사업에 소요되는 이자비용 등의 지출이 기약없이 계속될 것이므로 새로운 임차인을 물색하여 임대사업을 영위하였을 것이다.

  즉, A은 인허가 이후 구체적인 사업계획을 마련할 수 있는 일반적인 개발사업과 달리 사업 종료 시기를 예측하기 어려운 매각 사업을 추진했기 때문에 매각 전까지 임대수익이 반드시 필요했으며, 상당 기간 임대사업에 사용하려는 목적이 취득 당시 존재했다.

  관련 조심례(조심2018서1596, 2018.12.24.)에서도 임대수익이 발생하는 건물을 장기간 공실로 두는 것은 합리적인 경제인의 관점에서 정상적이지 아니하여, 건물을 임대업에 사용할 의도를 가지고 있다는 판단의 근거로 보았다.

(이 면 이하 여백)

  (4) 소결

 A은 과세사업(건물 매각)에 사용할 목적으로 취득한 본 건 건물을 통해 약 7개월간 임대차 계약을 통한 과세사업(임대업)을 영위하였다.

 다수의 판례, 심판례 및 유권해석에서 취득 시점에 궁극적으로 철거를 목적으로 하거나 철거할 것이 예견되어있는 상황에서 쟁점 건물을 1년 미만의 단기간 동안 부동산임대업에 사용한 경우에도 건물에 대한 매입세액 공제를 인정하고 있고 A의 사실관계와 매우 유사한바, A은 취득 당초부터 과세사업에 사용하려는 목적 하에서 쟁점건물을 부동산임대업에 사용한 것이므로 쟁점건물의 취득과 관련한 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 않으며, 사후적으로 취득 이후 약 1년이 경과하여 철거 여부가 확정된 사실을 가지고 당초 취득목적을 실제와 다르게 토지만을 사용 목적으로 판단할 수 없을 것으로 사료된다.

  4) 개발사업의 추진은 원활한 부동산 매각을 위한 수단에 불과하며, 개발사업 추진 자체가 A의 본래 사업목적인 부동산 일괄 매각에 반대되는 정황에 해당하지 않는다.

 (1) 쟁점 사업은 사업주체의 변경이 가능하고, A의 제반사정을 고려하면 본래의 사업목적인 부동산 일괄 매각을 달성하기 위한 ‘수단’으로서 추진된 것이다.

  A은 향후에 매각을 보다 용이하게 하고 사업권 프리미엄 관련 가치상승을 통해 매각차익을 실현할 수 있는 방안으로 역세권 청년주택 개발 사업의 인허가를 신청하였으며, 동 사업은 주택법에 따라 사업계획승인 규정을 적용받아 주택법상 사업계획 승인 이후에도 적법한 절차에 따라 사업주체 변경이 가능하다.

  관련하여 쟁점부동산의 매매 희망가액은 개발사업계획이 승인된 이후 추가적으로 상승한바, 개발사업의 추진은 A의 본래의 사업목적의 달성과 반대되는 정황에 해당하지 않는다.

  즉, 역세권 청년주택 사업의 추진으로 A이 개발사업의 주체로 보여지는 문서들이 생성되었으나, 앞서 설명한 A 및 경영진의 사정과 일괄 매각을 지속적으로 시도한 사실관계를 고려하면 개발사업은 A 본래의 사업목적인 쟁점부동산의 일괄 매각을 달성하기 위한 ‘수단’에 불과하다.

  처분청은 A이 개발사업을 추진했기 때문에 철거 예정인 건물을 취득한 것이라고 주장하여 사실관계를 왜곡하고 있으나, 개발사업 인허가는 사업권을 부동산과 함께 양도하기 위해 추진된 것으로 A이 직접 건물을 신축 및 분양하는 개발사업을 추진한 적이 없기 때문에 이러한 주장은 타당하지 않다.

  즉, 건물의 철거는 역세권 청년주택 개발사업 추진의 결과가 아니라 일괄매각이 실패한 후 매각 거래의 상대방을 HUG 임대리츠로 하는 매각안이 추진된 결과로서 발생한 것이므로 개발사업 추진 정황은 쟁점 매입세액을 불공제해야 한다는 근거가 될 수 없다.

  (2) 소결

  A은 역세권 청년주택 개발사업을 추진하였으나, 주주 및 A이 조속히 본 건 부동산을 매각하여야 하는 사정, 지속적으로 일괄 매각을 추진한 사실관계, 개발사업 인허가가 일괄 매각에 미치는 영향, HUG 임대리츠 매각안에 따라 건물 철거를 결정하게 된 사유 등을 종합적으로 고려할 경우, 개발사업 추진은 A의 본래 사업목적인 부동산 일괄 매각을 달성하기 위한 ‘수단’에 불과하며, A이 본 건 건물을 철거하게 된 사유에 해당하지 않는바, 개발사업을 추진하였다는 사실이 쟁점 매입세액을 불공제해야한다는 근거가 될 수 없다.

다. 결어

 결론적으로 본 건 건물에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2항에 따른 불공제 매입세액에 해당하지 아니하는바 쟁점 과세예고통지는 취소되어야 함이 타당하다.

3. 감사관 의견

가. 사실관계

1) 국세청 전산시스템에서 확인되는 A의 사업자등록 내역은 아래와 같다.

2) A이 역세권 청년주택 개발사업을 위해 부동산 매매계약 체결 및 건설사업승인 주요 진행 과정은 다음과 같다.

 ○ (2019.09.) 토지 매매계약 및 사용승낙

 ○ (2021.03.) 쟁점부동산 소재지에 지점설치 이사회 결의

    * (내용) Z가 추진하는 도시형 생활주택을 건설하여 장기임대 후 분양

 ○ (2021.04.) 역세권 청년주택 건설사업계획 승인 협의 검토

 ○ (2021.10.) Z 청년주택 건설사업계획 승인

 3) A이 부동산 매매계약 이후 개발사업 승인일이 속한 과세기간까지 청년주택을 신축할 목적으로 수취한 매입세금계산서 및 계산서 내역은 아래와 같다.

(이 면 이하 여백)

 4) A이 지점법인을 설립하여 매도인 ㈜B에게 부동산 임대용역을 공급한 내역은 다음과 같다.

나. 감사관실 의견

A은 부동산의 가치를 상승시켜 쟁점건물 및 토지를 일괄매각하는 것을 목적으로 취득하였으며, 취득시점에는 철거가 예정되어 있지 않았고, 쟁점건물을 통하여 7개월간 임대업을 영위하였으므로 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액이 아니라고 주장하나,

A은 부동산 개발 및 공급업을 영위하는 법인으로서,
① 토지·건물 일괄 매각 목적으로 취득하였기에 A의 사업계획상 건물 철거를 계획하고 있지 아니하였다고 주장하나, 2019.9.20. 부동산개발(주택건설사업) 목적으로 체결한 부동산매매계약에 따른 매도자의 ‘토지사용승낙서’를 토대로 Z에 ‘역세권 청년주택 건설사업’을 신청, 건축경관 통합심의, 사전자문, 사업승인접수 등의 과정을 통해 2021.6.10. 해당 부동산의 매매계약이 완료된 이후 최종적으로 Z는 2021.10.21. 주택건설사업계획 승인 고시하였고, 2022.8.10. 쟁점건물을 멸실한 점을 미루어볼 때 취득시점에 철거가 예정되어 있지 않았다는 주장은 수긍하기 어려운 점

 ② 역세권 청년주택 건설사업을 위해 2019.9월 부동산매매계약 체결 후 곧바로 영향평가, 설계용역, 풍동실험, 청년주택 건립 지구단위계획 수립 및 구역지정 용역 등에 대한 계약이 이루어졌으며, 그에 따른 매입세금계산서 및 계산서를 수취, 이에 대한 비용으로 사업승인일이 속하는 과세기간까지 1,353백만원이 지출된 점

 ③ A은 ‘일괄매각을 목적으로 취득’ 하였다라고 주장하나, 2021.3.8. 작성된 A의 이사회 의사록에 따르면 본 건 부동산매매계약이 ‘Z가 추진하는 도시형생활주택(국민주택규모 공동주택)을 건설’한다고 명시되어 있는 점

 ④ A은 쟁점건물을 통해 7개월간 임대업을 영위하였으므로 과세사업에 건물을 사용하였다고 주장하나, 해당 임대용역은 ’21년 6월 건물 취득 후 ’21년 12월 임차인인 매도자의 사업장 퇴거시까지 일시적으로 이루어진 것으로서, 매도자가 작성한 확약서에 따르면 ‘사옥을 건설하여 소재지 이전을 진행하고 있으며 임대차계약만료일까지 명도를 완료할 것을 확약한다’라는 내용으로, 이는 매도자의 사업장 이전을 위한 불가피한 일시적 임대사실에 불과하고, 쟁점건물을 부동산임대사업에 사용할 목적이 있었다고 보거나 임대업을 지속할 의도가 있다고 보기 어려운 점

 ⑤ A이 해당 사업부지에 대한 일괄매각을 추진하였다고 제출한 사업부지 매각 관련 자문용역 및 매수의향자별 계약내용을 살펴보면 본 건 토지 및 건물과 개발사업권리 일체를 매각하겠다는 내용으로, 330억에 취득한 토지를 560억원에 매도를 추진한 바, 이는 결국 개발사업을 위한 쟁점건물의 철거가 필수적으로 이행이 되어야 하는 사항이고, 그마저도 실제 매매계약으로 이루어지지 않았으며, 일괄매각 추진은 부동산개발업을 영위하는 A이 건설사업을 진행하면서 상황에 맞게 선택할 수 있는 사업방향의 하나일 뿐이며, 당초 주택건설사업계획에 따라 ‘역세권 청년주택 건설사업’을 신청, 건축경관 통합심의, 사전자문, 사업승인접수, 사업승인, 쟁점건물 멸실, 공사도급계약 등의 과정이 진행되고 있었던 점

 ⑥ 주택건설사업 승인이 나고, 건물 멸실 이후 2023.3.30. ㈜N에 해당 토지를 79,245백만원에 양도한 바, 결국 쟁점건물 취득 후 철거행위가 토지의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 밖에 볼 수 없으며 이는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’로 볼 수 밖에 없는 점 등을 종합하여 볼 때,

 당초부터 과세사업에 사용할 목적 없이, 청년주택을 신축하기 위해 쟁점 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 쟁점건물과 토지를 매수한 것이었음이 명백해 보이고, 부가가치세법 시행령 제80조 제2호는 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’을 ‘토지에 관련된 매입세액’으로 보아 ‘공제하지 아니하는 매입세액’으로 규정하고 있는 바, A은 쟁점건물을 일시적으로 임대 후 철거하고 쟁점토지만을 양도하였으므로 쟁점매입세액은 부가가치세법 시행령 제80조 제2호에 따라 ‘공제하지 아니하는 매입세액’에 해당하고, 설령 A이 해당 사업부지에 대한 토지·건물의 일괄매각을 추진하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 쟁점매입세액을 ‘공제하는 매입세액’으로 볼 이유는 없다고 판단된다.

4. 판단

가. 쟁점

 쟁점부동산을 처음부터 토지만을 사용할 목적으로 취득한 것으로 보아 건물 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

   2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

  ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

  ③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 2) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7.면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 2-1) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1.토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   2.건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

   3.토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계

 1) 쟁점부동산 취득부터 양도까지 일자별 진행과정은 다음과 같다.

○ (2019.09.) 토지소유자 D과 매매계약 체결 및 토지사용승낙서^* 발급

    * (제2조) 계약의 목적: ㈜AJ가 D의 토지를 매입하여 부동산개발을 하고 분양을 하여 수익을 얻기 위한 목적으로 매매

      (제6조) 상호협조: 계약과 동시에 건축사업승인에 필요한 토지사용승낙서 발급(건축 인,허가 및 개발행위 인,허가용도)

  ○ (2020.06.) 역세권 청년주택 사업계획 추진

  ○ (2020.08.) Z 건축경관 통합심의 접수

  ○ (2020.09.) Z 통합심의 위원회 사전자문

  ○ (2020.09.) 일괄매각 자문용역 체결(주식회사H)

  ○ (2020.10.) AK 승인 접수

  ○ (2021.03.) 쟁점부동산 소재지에 지점설치 이사회 의결

    * Z가 추진하는 도시형 생활주택을 건설하여 장기임대 후 분양

  ○ (2021.03.) 건물소유주 ㈜B와 건물 매매계약 체결

  ○ (2021.04.) Z 청년주택 건설사업계획 승인협의 검토

  ○ (2021.06.) 토지․건물 소유권 취득 및 임대차계약 체결

  ○ (2021.06.) 매수의향자와 일괄매각 논의(㈜AL)

  ○ (2021.07.) 매수의향자와 일괄매각 논의(㈜AM)

  ○ (2021.08.) HUG임대리츠 매각 자문용역 체결

  ○ (2021.10.) AN 승인고시(시행자: ㈜AJ)

  ○ (2021.12.) 쟁점건물 임대차계약 종료

  ○ (2022.05.) 사업방향 변경(HUG에 매각)

  ○ (2022.08.) 건물 멸실

  ○ (2023.03.) ㈜N에 토지 매도

 2) 쟁점부동산 취득계약서 및 토지사용승낙서의 주요 내용은 다음과 같다.

  (1) 토지매매계약서(2019.9.20.)

  (2) 토지사용승낙서(2019.9.20.)

  (3) 건물취득계약서(2021.3.23.)

 3) 쟁점건물의 임대차계약 주요 내용은 다음과 같다(2021.6.10.)

 4) A이 쟁점부동산 일괄매각을 시도한 근거는 다음과 같다.

  (1) 사업부지 매각관련 용역계약 주요 내용(2020.9.)

2) ㈜고덕종합개발과 부동산매매 및 사업권 양수도 양해각서 주요 내용(2021.6.)

3) ㈜AM와의 부동산매매 계약서 주요 내용(2021.7.9.)

라. 판단

 1) 관련 법리

 ｢부가가치세법｣ 제38조는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세는 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고

  같은 법 제39조 및 같은 법 시행령 제80조는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 매입세액이라고 규정하고 있다.

  법원은 ‘토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하거나, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등은 토지의 취득가액에 포함된다고’라고 판시하고 있다(대법원 1990.1.25. 선고 89누53 판결 참조).

2) 쟁점부동산을 처음부터 토지만을 사용할 목적으로 취득한 것으로 보아 건물 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 청구주장에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점매입세액은 토지에 대한 지본적 지출 관련 매입세액으로 불공제대상으로 보인다.

   (1) 쟁점부동산은 계약시점(2019.9.20.)부터 ‘부동산개발을 하고 분양을 하여 수익을 얻기 위한 목적’이라고 매매계약서가 작성되었으며, 실제 A이 쟁점부동산의 소유권 취득일(2021.6.10.) 이전부터 서울시 AV주택 AF을 추진한 사실이 Z 공문과 A 이사회의사록 등을 통해 확인되고, 지하안전영향평가, 구역지정 관련 용역의뢰, 풍동실험 등 개발사업과 관련한 일련의 행위들이 지속적으로 진행되었음이 확인된다.

   (2) A은 쟁점부동산을 대상으로 한 이익실현을 위해 토지･건물 전부의 일괄매각을 수차례 시도하였다고 주장하나 실제 계약으로는 이어지지 않았고, 일괄매각 시도 관련 계약서의 계약 목적에도 청년주택 개발사업권을 포괄 양도한다는 내용이 기재되어 있으며, 결과적으로 쟁점건물을 멸실한 이후 ㈜N에 쟁점토지만을 양도하였다.

   (3) 한편, A이 쟁점건물을 2021.6.～2021.12.까지의 기간에 전 소유자인 ㈜B에 임대한 것은 ㈜B가 새로운 사옥을 마련하는 기간동안 일시적으로 이루어진 임대라는 사실이 취득계약서 특약사항으로 확인된다.

   나) 따라서, 통지관서가 쟁점매입세액를 불공제한 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.