주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.4.16. 취득한 경기 A 남양읍 활초리 소재 임야 11,327㎡(이하 “해당토지”라 한다) 중 B 임야 591㎡, C 125㎡, D 임야 125㎡, E 임야 663㎡, 총 1,504㎡, (이하 “쟁점토지”라 한다)를 2023.7.31. 양도한 후 양도가액 000,000,000원, 취득가액 00,000,000원, 필요경비 000,000,000원(토목공사비 등000,000,000원, ㈜F에 지급한 도로사용료 000,000,000원, 양도소득세 신고수수료 0,000,000원의 합계)으로 하여 2023.10.30. 2023년 과세연도 양도소득세 00,000,000원을 기한후신고하였다.

   * 2019.12.10. 임야에서 도로로 지목변경

나. 처분청은 2025.3.4.부터 2025.3.23.까지의 기간 동안 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 적격증빙을 갖추지 아니한 토목공사비 등 000,000,000원(이하 “쟁점개발공사비”라 한다)과 ㈜F에 지급한 토지사용 000,000,000원 중 타토지 사용분(면적비율로 안분계산) 00,000,000원, 총합계 000,000,000원을 부인하고 신고외 조사 당시 추가 제출한 필요경비 00,000,000원을 반영하여 총 필요경비를 00,000,000원으로 하여 2025.7.18. 양도소득세 000,000,000원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 쟁점개발공사비 중 000,000,000원을 부인한 것에 대하여 불복^*하여 2025.9.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

  * 쟁점개발공사비 중 토목공사비 000,000,000원과 토지사용료 및 도로개설공사비 00,000,000원(공통사용분 00,000,000원을 제외)의 합계 000,000,000원의 필요경비 부인에 대하여 불복제기

2. 청구인 주장

  토목공사비 등 300백만원을 공사비용으로 지출하였으나 자금부족으로 공사비를 토지로 대물변제하였으므로 쟁점개발공사비를 자본적지출로 보아 필요경비에 산입하여야 한다.

가. 쟁점토지 개발 개요

  1) 청구인은 2009.4.16. 해당토지(경기 A 남양읍 활초리 소재 임야 11,327㎡)를 취득하여 전원주택지로 개발한 후 분양하고자 하였으나 자금부족으로 시공사 G 청구외 H^*과 협의하여 토지를 먼저 분양한 후 시공사가 토목공사를 진행하는 것으로 하여 토지분양을 추진하였다.

    * G의 대표는 I이나 부친 H이 실사업자임

  2) 그러나 토지분양이 부진하여 미분양 토지가 발생하였고 청구인은 미분양된 쟁점토지를 전원주택지로 개발한 후 분양하기로 하고 토목공사를 진행하였다. 시공업자 H과 쟁점개발공사비를 토목공사비 180백만원, 도로개설 및 하천정비공사비 120백만원으로 하여 총 300백만원으로 정하였다.

  3) 시공업자 H은 2018.6월 개발공사가 완료된 후 쟁점개발공사비 지급을 확보하기 위해 청구인의 미분양토지 J(이하 “쟁점①토지”라 한다), K(이하 “쟁점②토지”라 한다), L, E에 매매예약 가등기 설정을 요구하였고 청구인은 이에 시공사 G의 직원이었던 청구외 M를 가등기권자^*로 하여 2018.7.6. 매매예약 가등기를 설정하였다.

 * M 명의로 가등기한 토지는 4필지이며 2필지만이 대물변제됨

  4) 청구인이 토지개발 시공사 G에 개발공사비를 지급하지 못하게 되자 H의 요구로 가등기권자인 M에게 쟁점①·②토지의 소유권을 이전하게 되었다. 즉, 공사비 대신 부동산으로 변제하는 대물변제를 하게 된 것이다.

  5) 청구인은 대물변제된 쟁점①·②토지에 대하여 양도소득세 신고 의무가 있음을 인지하지 못하여 양도소득세 신고는 하지 않았고, 이후 처분청은 쟁점①·②토지의 양도가액을 각 90백만원으로 하여 양도소득세를 결정하였다.

  6) 쟁점개발공사비 300백만원 중 120백만원은 청구외 N에게 2019.1.23. O(이하 “쟁점③토지”라 한다)로 대물변제하였다. 쟁점③토지의 양도가액을 159.5백만원으로 하기로 하였고 양도대금 120백만원은 H이 N에 부담해야할 채무와 상계처리하였고 차액 39.5백만원은 고물상을 운영 중이던 N가 현금이 생길 때마다 청구인에게 연락하여 여러 차례에 걸쳐 현금으로 수령하였던 것으로 기억한다.

    이 건 양도세 조사 시 청구인이 N에게 연락하여 N와 H의 채권채무관계를 입증할 수 있는 계약서 등의 증빙을 요청하였으나 N는 100백만원에 대한 계좌이체 증빙만을 제출한 상태이다.

나. 청구인이 제출한 쟁점토지에 대한 개발행위허가통보서, 가등기권자의 확인서, 항공사진 등으로 공사범위, 공사기간, 공사금액 등이 확인가능하므로 쟁점개발공사비는 자본적지출로 인정되어야 한다.

  1) 공사범위 및 공사기간

  임야였던 쟁점토지는 토목공사, 도로개설공사, 하천정비공사 등을 통해 전원주택지로 개발되었다. 쟁점토지에 대한 개발행위(변경)허가통보서 및 공사 전·후 항공사진 등으로 실제 공사가 진행된 사실, 공사범위, 공사기간을 확인할 수 있다.

  2) 공사금액의 객관성

   가) 기분양된 토지의 토목공사는 청구외 P와 평당 37만원, 청구외 Q과 평당 45만원에 진행되었고, 이를 감안하여 쟁점토지의 토목공사비를 평당 39만원으로 하여 총 토목공사비는 180백만원으로 정하였는데 이는 동 지역의 공사단가를 적정하게 반영한 객관적이고 타당성 있는 금액이다.

  3) 대물변제가액의 적정성

 가) H에게 대물변제한 쟁점①②토지의 가액은 청구인이 양도소득세를 신고하지 않자 처분청에서 양도가액으로 결정한 가액이므로 적정가액으로 볼 수 있다.

   나) N에게 대물변제한 쟁점③토지의 가액은 청구인이 해당토지에서 분할하여 양도한 토지의 평당 양도가액 65만원을 기준으로 총 159.5백만원으로 산정한바 양도 당시의 시가라 할 수 있다.

  4) 대물변제에 대한 증빙

   가) 법원(서울행정법원 2014.7.11. 선고 2014구단4439 판결)은 “자산의 양도가 대물변제로 이루어진 경우에는 본래 채무액이 당해 자산의 실지거래가액(양도 또는 취득가액)으로 본다”고 판시하였고 국세청(심사양도-2022-0032, 2023.8.30.)도 “양도소득세신고서 상 기재된 매매가액을 대물변제상의 채무액 및 실지거래가액”으로 결정한바 있다.

나) 청구인은 쟁점토지 개발에 대한 토목공사비를 금전으로 지급할 여력이 없어 토지 쟁점①②③토지로 대물변제한바 이에 대한 금융거래 자체가 발생하지 않아 금융거래 증명서류가 있을 수 없으므로 금융증빙이 없어도 필요경비로 공제되어야 한다.

  5) 도급계약서 등 증빙누락 사유

   가) 처분청은 쟁점개발공사비가 시공사 G의 세금계산서 등 적격증빙 매출자료에서 확인되지 않고 그에 대응되는 매입도 확인되지 않아 쟁점개발공사비를 자본적지출액으로 인정할 수 없다는 의견이다.

   나) 청구인과 시공자 H은 애초에 청구인이 해당토지를 양도하면 토지의 양수자가 시공사와 직접 계약을 체결하여 공사를 진행하기로 하였으나, 미분양으로 차질이 생겨 쟁점토지는 청구인이 직접 개발 후에 분양하게 됨에 따라 청구인과 시공업자 H 간 계약서가 작성되지 않았던 것이다.

   다) 지역사회에서 소규모 건설업을 하는 사업자의 경우 공사도급자와 수급자가 이해관계가 맞을 경우 계약서 작성 누락, 세금계산서 미발행으로 무자료 거래를 하는 경우가 종종 있는데 시공업자 H이 그러한 경우에 해당되는 것으로 보인다.

 다. 진입로개설 공사비용 등 총 120백만원 발생하였으나 공통경비로 보아 안분계산하여 56백만원은 필요경비로 인정되어야 한다.

  1) 쟁점토지에 대한 진입로 약 80m 중 입구쪽에 사용승낙을 받아야 할 토지(R, 33.2㎡)가 있어 토지소유자 S의 사용승낙을 구하려고 하였으나 S은 사용대가로 본인 소유의 토지(답)를 복토해달라는 요청으로 복토비용 약 80백만원과 진입로개설비용 등 총 120백만원에 개발공사자인 H에게 위임하였다.

  2) 처분청은 진입로개설 공사비용 120백만원이 과하다는 의견이나 개발지에 도로가 확보되지 않은 상황에서 개발을 위해 타인 소유의 토지를 통과하기 위해서는 사용대가 과하더라도 응할 수밖에 없는데 복토에 들어간 토석비용만 그 당시 기억으로 약 80백만원^*에 달하는바 복토비용과 도로개설에 들어간 비용 총 120백만원은 결코 과한 비용이 아니다.

 * 총 2,321㎡ × 8m(복토높이) / 15㎥(25톤 1트럭당 15㎥) × 00,000원 = 약 74백만원

  3) 공사업자 H은 2020.5.9. 진입로개설 공사비용이 120백만원임을 확인할 수 있는 ‘공사대금 확약서’를 작성해 주었는데 공사개발완료일(2018.6월) 이후에 작성된 경위는 H에게 지급할 공사비용 총 300백만원 중 180백만원은 2018.7.6. 쟁점①②토지를 매매예약 가등기 한 후 등기이전되어 대물변제한 것이 입증되었으나,

     청구인이 N에게 2019.1.23. 대물변제한 쟁점③토지의 경우 청구인과 토지매수자 N와의 거래관계나 채권채무관계가 없어 청구인이 나중에 N에게 토지 양도대금을 청구하는 등 양도대금 정산 관련한 발생할 수 도 있는 다툼에 대비하기 위해 H의 요구로 쟁점③토지 대물변제일 이후에 확약서가 작성된 것이기 때문이다.

     공사대금확약서 제출 시 첨부된 인감증명서의 경우 청구인의 날인 인장이 인감증명서 상 인장과 동일한 것임을 나타낼 뿐 동확약서 작성시기와 직접 관련된 인감증명서라는 의미는 아니다.

  4) 토지개발 시 타인소유 토지를 사용(통과)하려면 토지사용승낙서가 필요해 당시 소유주 S으로부터 토지사용승낙서를 받았는데 현재 보관하고 있지 않아 승낙관서인 T읍사무소에 정보공개청구를 통해 받은 토지사용승낙서를 증빙으로 제출하였다.

5) 처분청은 2017년과 2018년 쟁점토지 지번의 사진을 보면 물건들이 적재되어 있어 실제 복토 공사가 진행되었다면 쟁점토지가 아닌 해당토지 공사라는 의견이나 2017년 이전 항공사진에서 복토를 한 230번지 토지에 물건들이 적재되어 있음이 확인되지 않는다.

    이 건 청구 시 제출한 공유수면 점용허가 준공통보서(2018.7.13.)에도 나타나듯이 복토비용 등 도로개설비용은 쟁점토지의 개발을 위해 지출된 비용이다.

  6) 다만, 청구인은 당초 진입로개설 공사비용 120백만원 중 100백만원을 필요경비로 산입하였으나 동 진입로가 쟁점토지(1,504㎡)와 연접한 4필지(1,721㎡)에 공동으로 사용될 수 있음을 인지하고 진입로개설 공사비를 토지면적으로 안분하여 64백만원^*은 필요경비에서 제외한바 56백만원을 필요경비로 인정함이 타당하다.

    * 120백만원 × 1,504㎡/(1,504㎡ + 1,721㎡) = 00,000,000원

라. 쟁점개발공사비는 해당토지 전체에 대한 공사비용이 아닌 쟁점토지만을 위해 소요된 공사비용이다.

  1) 청구인이 2009.4.16. 해당토지(경기 A 남양읍 활초리 소재 임야 11,327㎡)를 취득한 후 해당토지는 2012.1.2. 활초리 6필지로 분할되었고, 활초리 4개 필지로 분할되었고, 쟁점토지 등 15개 필지로 분할되었다.

  2) 해당토지에 대한 개발은 2011년경부터 이루어졌는데 필지별로 나누어 개발허가를 득한 후 개발 및 분양이 이루어졌다.

  3) 개발행위 허가통보서에서도 확인할 수 있듯이 쟁점토지는 2017.7.9. 개발허가를 받아 가장 늦게 개발된 토지이고 2018년 개발이 된 이후 분양을 위해 2019.11.20. 분할되었고 2023.7.30. 분양되었다.

  4) 쟁점토지의 토목공사기간이 2017.6월부터 2018.6월까지 진행되기는 하였으나 그 이전에 개발되어 분양된 토지는 모두 개발 당시 도로가 개설된 후 분양되어 전원주택, 근린생활시설이 들어선 상태였으므로 별도의 진입도로가 필요하지 않았기에 쟁점토지의 도로개설 공사비용 등은 쟁점토지만을 위해 소요된 것이다.

마. 처분청은 시공사가 아닌 제3자에게 매매예약 가등기 후 양도하여 시공사에 대한 대물변제로 볼 수 없다는 의견이나 채권자가 지정하는 다른 사람에게 이전되어 본래의 급부에 갈음한 것도 대물변제에 해당한다.

  1)「민법」제466조에서 대물변제란 채무자가 채권자의 승낙을 얻어 본래의 급부에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 함으로써 채권을 소멸시키는 것을 말한다고 규정되어 있다.

    매매예약 가등기는 채권을 담보할 목적으로 하는 경우가 대부분이며 가등기권자를 누구로 할 것인지는 채권자가 정하는 대로 따를 수밖에 없고, 채권자가 아닌 다른 자를 가등기권자로 하여 가등기하는 경우가 흔하다.

  2) 청구인은 공사비 채권자 H의 요구에 따라 G의 직원 M를 가등기권자로 하여 가등기를 하였다. 가등기권자 M는 본인 명의로 쟁점①②토지를 가등기할 경우 발생할 수 있는 법률상·세무상 책임을 면하기 위해 다음의 확인서를 작성하였다.

<가등기권자 M의 확인서(2022.5.11.)>

  3) H은 대물변제 받은 청구인의 쟁점①②토지를 2019.9.26. M 명의로 등기한 후, 2020.4.17. H에 대하여 채권을 가지고 있는 누이 U에게 쟁점①토지, H 지인의 아들 V에게 쟁점②토지를 명의이전하였다.

  4) 처분청은 M가 시공사 G의 직원인지 확인되지 않는다는 의견이나 M의 모친이 A에서 식당을 하고 있을 때 H의 사무실이 인근에 있어 M 모친의 식당을 이용하면서 알게 되어 H이 M를 G에 채용한 것으로 알고 있는데 시공사 G이 M에 대한 지급명세서를 제출했는지 여부는 청구인이 알 수 없는 것이다.

  5) 대물변제 이후 쟁점①②토지에 대한 M의 가등기를 해제하기 위해 청구인은 M의 모친에게 아래와 같은 문자를 보내기도 하였다.

  7) 위와 같은 증빙 및 사실들로 쟁점①②토지에 대한 실제 가등기권자는 M가 아니라 H이고, 청구인이 H에게 쟁점개발공사비로 쟁점①②토지를 대물변제한 것이 입증된 것으로 볼 수 있다.

바. 2017년, 2018년에 양도하고 사업소득으로 신고한 토지의 자본적지출액 각 301백만원, 45백만원은 2011년부터 개발된 토지에 대한 공사비로 그 당시 G이 시공하지 않았으므로 쟁점토지의 공사비용과는 별개이다.

1) 개발행위허가통보서에 나타나듯이 쟁점토지는 2017.7월 개발허가를 받아 2018년 상반기 공사를 완료하고 2023.7.30. 양도한 토지로 2017년, 2018년 양도하고 사업소득으로 신고한 토지와는 별개의 토지이다.

  2) 따라서 쟁점토지의 토목공사비가 청구인의 기존 사업장의 사업소득 신고 시 필요경비로 반영되었을 것이라는 처분청 의견은 타당하지 않다.

마. 결론

  1) 청구인이 세법에 무지하여 쟁점개발공사비와 관련한 공사계약서, 세금계산서 등 적격증빙 등을 갖추지 못하였으나 실제 개발공사를 진행한 것은 사실이다. 실제 공사에 소용된 비용을 필요경비로 인정받지 못한다면 실제 소득이 없음에도 소득세를 부담해야하는 불합리한 결과가 발생하고 이는 응능과세의 원칙에 어긋나고 청구인의 재산권을 침해하는 결과를 초래하게 된다.

  2) 따라서 쟁점토지의 양도에 대한 자본적지출액 000,000,000원을 필요경비로 인정하여 주기를 바란다.

3. 처분청 의견

 공사계약서 등 증빙이 제출되지 않아 쟁점비용을 필요경비로 인정할 수 없다.

가. 공사범위, 공사기간, 공사금액 등에 대한 확인이 불가하다.

  1) 토목공사비 000,000,000원

   가) 토목공사비 000,000,000원은 동 비용이 자산의 가치를 현실적으로 증가하는데 기여한 비용인지 확인하기 위해서는 공사내용(시공자, 공사범위, 공사기간, 공사가액의 산정기준 및 적정여부 등)에 대하여 구체적으로 확인이 가능하여야 하나, 청구인은 공사계약서, 견적서 등 공사내용에 대하여 확인할 수 있는 일체의 증명서류를 제출하지 못하고 있다.

   나) 청구인은 당초 부동산개발업을 운영하며 기분양한 토지의 건설공사 표준도급 계약서를 토대로 쟁점토지의 토목공사비용 및 시공자를 추정할 수 있으므로 인정해달라고 주장하나, 제출한 쟁점토지 외 토지에 대한 건설공사 표준도급 계약서에 따른 세금계산서 등 적격증빙이 확인되지 않고, 시공자의 매출자료 및 공사매출을 발생하기 위해서 필요한 매입자료 등이 확인되지 않아¹⁾ 동 계약서를 신뢰할 수 없다. 또한 동 계약서가 실제 계약서라 하더라도 시공자가 다른 공사에서는 공사에 따른 계약서를 작성하였으나, 쟁점토지에 대해서는 계약서를 작성하지 않았다는 점에서도 청구인의 주장을 신뢰하기 어렵다.

   다) 청구인은 2009.4.16. A 남양읍 활초리임야 11,327㎡를 취득한 후 분할하여 2019.8월까지 토지 분양사업을 하였다. 쟁점토지의 분할은 2019.11.20.에 완료되었고, 쟁점토지의 토목공사기간은 2017.6월부터 2018.6월까지라고 진술하고 있다. 따라서 분양사업 종료 및 쟁점토지 분할 전 토목공사를 실시한 것이므로 쟁점개발공사비가 쟁점토지를 위한 것인지, 아니면 다른 토지 또는 해당토지(분할 전 전체토지)를 위한 것인지 확인하기 위해서는 공사계약서 등이 필수적으로 필요하나 청구인은 이를 제출하지 않고 진술과 추정으로만 필요경비를 인정해달라고 주장하고 있다.

   라) 더욱이「건설산업기본법」제22조에 의거 건설공사에 관한 도급계약은 도급계약서를 작성하여 주고받은 후 보관하는 것을 의무로 하고 있음에도 별다른 사유 없이 구두로만 계약을 하고 주변시세에 맞게 필요경비를 인정해달라는 주장하고 있다. 시공자, 공사범위, 공사기간, 공사가액 등을 납세자의 주장만으로 인정하여 필요경비로 양도소득세 계산 시 공제하는 것은 적정하지 아니한바 청구주장을 받아들이기 어렵다.

  2) 진입로 개설비용 000,000,000원

   가) 청구인은 쟁점토지 토목공사 시 지출한 A 남양읍 R 토지 사용대가 등으로 지출한 비용이라고 주장하였으나, 토지소유자 S과의 토지사용승락서 등은 제출되지 않았다. 청구인은 2020.5.9. 청구인 본인이 작성한 공사대금확약서를 제출하였는데, 청구인이 주장하는 공사개발완료일(2018.06월) 및 대금지급일(가등기일자:2018.07.06.) 이후에 확약서가 작성되어 이미 공사 및 대금지급이 완료된 상황에서 대금지급 약속을 하는 것은 이치에 맞지 않고, 첨부된 인감증명서의 발급일자는 2019.9.2.로 확약서 작성 시 인감증명서를 발급받은 것이 아닌 것으로 확인되며, 시공자가 세금계산서 발행을 하기로 되어있으나 발행되지 아니하여 사실관계도 맞지 않다. 또한, 청구인이 주장한 토목공사비용(180백만원)이나 양도가액에 비해 진입로 개설비용이 상식적인 범위를 벗어나고 논리에 맞지 않아 청구주장을 신뢰할 수 없다.

   나) 청구인이 복토공사 및 진입로 개설공사를 했다고 주장하는 토지는 해당토지(구 AA, 11,327㎡)의 초입에 위치하고 있다. 공사가 이루어진 2017∼2018년 기간 동안의 항공사진에서 인접 토지 전체가 공사 중인 사실이 확인되므로 진입로 공사 및 사용은 쟁점토지 뿐만 아니라 해당토지 전체에 대한 것으로 볼 수 있다.

   다) 2017∼2018년 해당지번의 항공사진을 살펴보면 물건들이 적재되어 있고 공사를 하는 등 사용을 한 것이 확인되므로, 해당 공사에서 실제 복토공사를 하였다면, A 남양읍 활초리 일대의 개발을 위해 해당토지를 사용 후, 복토공사를 한 것으로 추정되므로 실제 진입로 사용료를 지출하였다고 하더라도 양도소득이 아닌 사업소득²⁾에서 공제하는 것이 타당하다.

나. 쟁점개발공사비를 대물변제하였음에 대한 증빙이 제출되지 않았다.

  1) 청구인은 쟁점토지의 토목공사비와 진입로 개설비용 300백만원을 시공자에게 토지로 대물변제하였으므로 법정 증명서류나 금융거래 증명서류가 없더라도 필요경비로 인정할 수 있다고 주장하고 있다.

  2) 공사비용을 대물변제한 경우 금융거래 증명서류를 갈음할 수 있음은 별론으로 하더라도, 동 부동산 거래가 시공자에게 한 대물변제라고 증명하는 대물변제계약서 또는 양도계약서 등을 제출하여야 함에도 이를 제출하지 않아 대물변제하였다는 청구주장을 신뢰할 수 없다.

  3) 청구인이 시공자에게 공사대금을 변제하기 위해서는 시공자인 G 대표 I이나 G의 실질대표라 주장하는 H에게 부동산 소유권 이전했어야 하나 청구인은 제3자에게 이전하였다.

가) 2018.6.5. N에게 쟁점③토지(A 남양읍 O)를 000,000,000원에 소유권이전하였고, 2019.9.26. M에게 쟁점 ①②토지(J, 230-44)를 각 90백만원에 가등기 후 소유권 이전하였다.

   나) 청구인은 N가 H과 채권채무가 있는 자이고, M는 G 직원이라고 주장하면서 N와의 증빙서류로는 2017.10.19. 100백만원의 금융거래내역, M와의 증빙서류로는 확인서만을 제출하였다.

   다) N의 경우 금융거래금액은 100백만원이며, 변제금액은 120백만원으로 모두 매매대금과 상이한데 청구인은 차액은 별도로 정리하였다고 구두 진술만 할 뿐, 이에 대한 증빙은 제출하지 못하고 있다.

   라) M의 경우 G의 직원으로 G 대표의 지시에 의해 M 명의로 가등기하였다고 주장하나, 지급명세서 등에서 M가 G 직원임이 확인되지 아니하고, H이 쟁점①②부동산을 M에게 명의신탁하였음을 입증할 수 있는 부동산 명의신탁계약서, 명의신탁자(시공자) H의 확인서 등은 제출되지 않았다.

   마) M의 확인서는 작성시기를 보면 이미 가등기 및 소유권 이전이 한참 지난 시기에 작성(2022.05.11.) 되어 확인서 내용에 신뢰가 가지 않으며 확인서 내용을 보면, 개발행위허가를 받아 토목공사를 진행한 토지는 A 남양읍 J, -44, -45, -53번지³⁾로 기재되어 있어 쟁점토지(A 남양읍 B, -52, -53, -31)의 토목공사 대금이라는 청구인의 진술과는 일치하지 않아 청구인의 주장은 맞지 않다.

다. 청구인은 부동산매매업체인 AB의 운영자로 2017년과 2018년 각 301백만원과 45백만원을 사업소득 필요경비로 인정받은 내역이 확인되는바 이 건 쟁점개발공사비가 기존 사업의 필요경비에 포함되지 않았다고 단정 짓기 어렵다.

  1) 청구인은 조사과정에서 소명 시 개발공사를 할 수 있는 자금의 여유가 없어 토지를 선분양하였으며, 토지의 수분양자들이 시공자에게 대금을 지급하고 토지개발을 하였다고 진술하였다.

  2) 쟁점토지는 2019.11월에 분양사업을 하는 타토지로부터 분할이 완료되었고 2018.6월에 이미 토목공사를 완료하였다고 진술한바, 토목공사는 분할하기 전 실시하였으므로 토목공사비 등이 발생하였다면 이미 기존 청구인의 사업소득금액에 필요경비로 포함되었으리라 판단된다.

  3) 청구인이 신고한 종합소득세 토지 등 매매차익 계산명세서에서는 청구인이 2017년 000,000,000원, 2018년 00,000,000원을 자본적지출액으로 하여 필요경비 공제받은 내역이 나타난다.

라. 청구인은 무자료 거래, 부동산 명의신탁 등 불법적 거래에 따른 필요경비 지출내역이 정황증거로 확인이 되니 인정하여 주기를 청구하나 청구인의 주장에 맞는 직접적인 증빙서류 없고 정황증거만 있을 뿐 사실관계도 맞지 않는바 합리성이 결여되어 받아들일 수 없다.

  1) 청구인은 쟁점금액과 관련한 계약서나 세금계산서 등의 제출 없이 단지 부동산을 소유권 이전한 내역과 확인서 등만 제출하면서 필요경비를 인정해달라고 주장하나, 시공자, 공사내용, 쟁점토지의 자본적지출 해당 여부 등이 명확하지 않고, 대금지급내역 또한 신뢰성이 없는데 이를 필요경비로 공제해준다면, 법에 따라 성실하게 신고하는 납세의무자가 상대적 불이익을 받게 되어 조세정의 및 조세공평에도 부합되지 않다.

  2) 2016년과 2018년에「소득세법 시행령」제163조의 개정을 통해 자본적 지출액의 필요경비 인정 요건을 법정 증명서류와 금융거래증명서류로 한정하는 것으로 명확화된바, 세원양성화 등 거래투명성을 제고하기 위해 적격증빙 등이 확인되지 않는 쟁점개발공사비를 필요경비에서 부인하여 이 건 양도소득세를 부과하는 것이 세법개정의 취지에도 부합하는 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   ① 토목공사비 180백만원을 대물변제하였으므로 양도소득세 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

   ② 토지사용료 등 120백만원은 양도소득세 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】(2022.12.31. 법률 제19196호로 일부개정된 것)

   ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

    1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

     가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

     나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

     3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  2) 소득세법 시행령 제89조【자산의 취득가액등】(2022.12.31. 대통령령 제33207호로 개정된 것, 이하 같다)

  ① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

    2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

  3) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

   ③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

     1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

     2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

     3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

  4) 소득세법 시행령 제67조【즉시상각의 의제】

   ② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

    1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

    5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

다. 사실 관계

  1) 해당토지 분할 등 내역

 가) 해당토지 AA는 2012.1.2. AF 11,327㎡로 등록되었다.

   나) 2012.1.2. AG 11,327㎡는 230-25 991㎡, 230-26 991㎡, 230-27 991㎡, 230-28 589㎡, 230-29 6,774㎡, 230-24 991㎡로 분할되었다.

   다) 2017.5.25. B 6,774㎡는 230-29 2,855㎡, 230-31 695㎡, 230-32 3,224㎡로 분할되었다.

   라) 2017.10.17. AH 3,224㎡는 230-32 992㎡, 230-33 2,232㎡로 분할되었다.

  마) 2017.12.12. 230-32 992㎡는 230-32 496㎡, 230-35 496㎡로 분할되었다.

   바) 2018.4.5. 230-33 2,232㎡는 230-37 242㎡, 230-38 242㎡, 230-39 325㎡, 230-40 393㎡, 230-41 63㎡, 230-42 50㎡, 230-43 330㎡, 230-33 587㎡로 분할되었다.

   사) 2018.4.5. 230-29 2,855㎡는 230-29 2,427㎡, 230-36 428㎡로 분할되었다.

   아) 2018.5.16. 230-27 991㎡는 230-27 240㎡, 230-44 240㎡, 230-45 240㎡, 230-46 271㎡로 분할되었다.

 자) 2018.7.23. 230-29 2,427㎡는 230-29 1,616㎡, 230-47 811㎡로 분할되었다.

   차) 2018.9.21. 230-40 393㎡는 230-40 325㎡, 230-48 68㎡로 분할되었다.

   카) 2019.11.20. 230-29 1,616㎡는 230-29 591㎡, 230-52 362㎡, 230-53 663㎡로 분할되었다.

  2) 양도소득세 신고내역 및 조사결정내역

   가) 2023.7.31. 쟁점토지 양도분 양도세 신고(2023.10.30.)

      청구인은 2023.7.31. 쟁점토지(B 임야 591㎡, AI 도로 125㎡, D 임야 125㎡, E 임야 663㎡, 총 1,504㎡)를 양도한 후 양도가액 000,000,000원, 취득가액 00,000,000원, 필요경비 000,000,000원(토목공사비 등000,000,000원, ㈜F에 지급한 도로사용료 000,000,000원, 양도소득세 신고수수료 0,000,000원의 합계)으로 하여 2023.10.30. 2023년 과세연도 양도소득세 00,000,000원을 기한후신고한 내역이 나타난다.

   나) 조사청의 양도세 조사결정내역

       조사청은 2025.3.4.부터 2024.3.23.까지의 기간 동안 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 적격증빙을 갖추지 아니한 토목공사비 등 000,000,000원(쟁점개발공사비)과 ㈜F에 지급한 토지사용료 000,000,000원 중 타토지 사용분00,000,000원(면적비율로 안분계산), 총합계 000,000,000원을 부인하고 신고외 조사 당시 추가 제출한 필요경비 00,000,000원을 반영하여 총 필요경비를 00,000,000원으로 하여 양도소득세 000,000,000원을 경정·고지한 내역이 나타난다.

  3) 청구주장 관련 증빙 검토

   가) 공사내용 검토

    (1) 개발행위허가통보서(2018년)[붙임1. 개발행위변경 허가통보(2018년)]

       A는 청구인에게 남양읍 AJ 2,855㎡중 1,474㎡에 대한 개발행위를 허가일에서 2019.7.9.까지 변경허가한 내역이 확인된다.

    (2) 타인 토지사용 및 도로개설공사비 120백만원 검토

       청구인은 쟁점토지에 진입하기 위해 타인 소유토지 AK를 사용하여야 하며 토지 소유자와 협의하에 타인 소유토지에 복토 공사를 하였고 진입로 개설공사 등을 하였다고 주장하면서 ① 도로사용승낙서, ② 남양읍의 공유수면 점용허가 준공통보(타인소유토지 사용승낙서), ③ 공유수면 점용 허가증, ④ 타인소유 토지 복토 사진, ⑤ 타인소유 및 쟁점토지 진입로 지적도를 제출하였다.

     (가) 도로사용승낙서(2017년)

     (나) 공유수면 점용허가 준공통보서(2018.7.13.) 및 공유수면 점용 허가증(2017.3.10.)에서 청구인이 제1종근리 진출입로 목적으로 남양읍으로부터 AK 사용을 허가받은 내용이 나타난다[붙임2. 공유수면 점용허가 준공 통보(2018.7.13.)],[붙임3. 공유수면 점용허가증(2017.3.10.)].

     (다) 타인 소유 및 쟁점토지 진입로 지적도

         진입로 지번내역에서 AK 앞 공유수면과 쟁점토지(230-29)가 연접하고 있음이 나타난다.

     (라) 타인 소유 토지에 복토하였음을 나타내는 사진

    (3) 주변시세 검토

       청구인은 AL, 230-33이 각 평당 37만원, 평당 45만원 상당 공사가 진행되었다고 주장하면서 정리한 내용 및 도급계약서를 제출하였으나 계약서가 흐릿해서 공사내용 및 금액 등이 확인되지는 않는다.

   나) G H의 공사비 3억원 대물변제내역 검토

    (1) 180백만원 쟁점①②토지로 대물변제

     (가) 매매예약 가등기권자 M 확인서 (2022.5.11.)[붙임4. 가등기권자 M 확인서(2022.5.11.)]

      ① M는 2022.5.11. G에서 토목공사를 진행한 후 공사비를 받지 못해 J(쟁점①토지), 230-44(쟁점②토지)를 대물변제하기로 하고 가등기하였음을 확인하는 내용의 확인서를 작성하였다.

      ② M의 확인서에서 G이 어떤 토지지번에 대한 공사를 진행하였는지에 대한 내용이 나타나지 않는다.

     (나) 등기사항전부증명서(쟁점①,②토지)

      ① 쟁점①토지의 등기사항전부증명서에서 M가 2018.7.6. 매매예약 가등기 후, 2019.9.26. M에게 소유권 이전되었고, 2020.4.17. U에게 다시 소유권이 이전된 내역이 나타난다.

      ② 쟁점②토지의 등기사항전부증명서에서 M가 2018.7.6. 매매예약 가등기 후, 2019.9.26. M에게 소유권 이전되었고, 2020.4.17. V에게 다시 소유권이 이전된 내역이 나타난다.

      ③ 청구인이 쟁점①②토지를 2019.9.26. M에게 양도하고 양도소득세 무신고하여 처분청에 각 양도가액을 90백만원으로 결정한 내역이 확인된다.

      ④ G의 지급명세서에서 M에게 급여 등을 지급한 내역은 나타나지 않는다.

    (2) 120백만원 쟁점③토지로 대물변제

     (가) 공사대금확약서(2020.5.9.)

      ① 청구인은 활초리 230-25번지 상의 진출입 도로로 허가용역부터 공사 및 준공까지의 비용으로 지급할 것을 확약하는 내용의 확약서를 작성하였음이 확인된다.

      ② 활초리 230-25는 쟁점토지에 포함되지 않는 지번으로 지번도(p.30)에서 쟁점토지(230-29) 아랫부분에 위치하며, 청구인이 2023.1.11. 활초리 230-25 주택 144.21㎡와 토지 991㎡를 각 2억원과 4억원으로 총 6억원에 양도하고 1세대 1주택으로 보아 비과세 받은 내역이 나타난다.

     (나) 등기사항전부증명서(쟁점③토지)

      ① 쟁점③토지(O)의 등기사항전부증명서에서 청구인이 2018.6.5. N에게 쟁점③토지 지분 2,427분의 811, 2019.1.23. 쟁점③토지의 잔여 지분 2,427분의 1,616을 소유권 이전한 내역이 나타나고 거래가액은 000,000,000원으로 확인된다.

     ② 공사자 H과 N의 채권채무 관련 증빙

        청구인은 입금통장표시내용에 N로 기재되어 I(H의 아들, 시공사 G의 대표)의 계좌로 1억원이 이체된 이체확인증을 제출하였다.

   (3) 공사업자 H의 권리행사 위임장(붙임5. “공사업자 H의 권리행사 위임장” 참조)

       공사업자 H이 쟁점①,②토지가 포함된 토지에 대하여 M의 가등기권을 해지하고 신헌주에게 권리행사를 위임한다는 내용의 위임장을 작성한 내용이 나타난다.

  4) 처분청 의견 관련 증빙 검토

     조사청은 쟁점토지 양도에 대하여 쟁점개발공사비(토목공사 등) 3억원 전부를 부인하였고, 청구외 ㈜F에 지급한 토지사용료 1억원^*은 해당토지의 공통사용으로 보아 82백만원을 부인한 내용이 확인된다.

  * 청구인이 ㈜F에 지급한 토지사용료 1억원 중 부인액 82백만원에 대하여는 불복을 제기하지 아니하여 이 건에서 검토하지 않음

   나) 공사업체 G 적격증빙 검토

    (1) 공사업체 G의 기본사항은 다음과 같다.

       * 2021.10.19. 상호가 G에서 Z로 변경됨

    (2) G은 2017.1.10. 청구인이 대표로 있는 부동산개발업 법인사업장 AP에 품목명 ‘공사대금’으로 공급가액 80백만원의 매출세금계산서를 발급하였다가 2017.1.20. 수정세금계산서 △80백만원을 발급한 내역이 확인된다.

    (3) 위 수정세금계산서 발급 외 G이 청구인이 운영하는 사업장에 세금계산서 등을 발급한 내역은 확인되지 않는다.

   다) 청구인이 운영하는 사업장 AB의 중복비용 산입여부 검토

    (1) AB은 청구인이 운영하는 부동산매매업 법인사업장으로 사업장소재지는 B외 3필지로 나타난다.

    (2) 2017년 사업소득 필요경비 검토

     AB은 2017.9.29. B, 31, 32번지를 000,000,000원에 양도하고 2017.11.30. 토지등 매매차익 예정신고하였으며 자본적지출액을 000,000,000원으로 하여 필요경비 계상한 내역이 나타나며 별도로 증빙은 첨부하지 않았음이 확인된다.

    (3) 2018년 사업소득 필요경비 검토

    AB은 2018.4.27. AJ를 00,000,000원에 양도하고 2018.7.19. 토지등 매매차익 예정신고(기한후신고)하였으며 자본적지출액을 00,000,000원으로 하여 필요경비 계상한 내역이 나타나며 별도로 증빙은 첨부하지 않았음이 확인된다.

라. 판단

 1) 토목공사비 180백만원을 대물변제하였으므로 양도소득세 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

   가) 관련 법리

 (1)「소득세법」제97조제1항제2호에서 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조제3항에서 같은 법 제97조제1항제2호의 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다고 규정하고 있으며 그 중 제1호에 자본적 지출액을 규정하고 있다.

    (2) 한편, 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

   나) 토목공사비 180백만원을 대물변제한 것으로 보아 양도소득세 필요경비에 산입할 수 있는지에 대한 판단

    (1) 청구인은 공사업체 G을 통해 300백만원 상당의 쟁점토지에 대한 개발공사를 진행하였고 공사비 180백만원은 쟁점①토지(AS)와 쟁점②토지(AT, 각 평가액 90백만원)를 2018.7.6. 매매예약 가등기 후 2019.9.26. M에게 소유권 이전하는 방법으로 대물변제하였고, 공사비 120백만원은 쟁점③토지(O)를 2018.6.5. 등 2회에 걸쳐 시공자 H에 대하여 채권을 가지고 있는 N에게 소유권 이전하는 방법으로 대물변제하였으므로 법정 증명서류나 금융거래 증명서류가 없더라도 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하고 있다.

    (2) 그러나 공사비용을 대물변제한 경우 금융거래 증명서류를 갈음하는 것은 별론으로 하더라도 공사비가 대물변제된 것임을 입증할 수 있는 대물변제계약서가 제출되지 않은 점, 대물변제하였다고 주장하는 쟁점①②③토지는 시공업체 G 또는 시공자 H이 아닌 제3자 M와 N에게 소유권이 이전된 점, 쟁점①②토지 가등기한 M는 G로부터 근로소득 지급명서세가 제출된 내역이 없는 자로 G의 직원인지 확인되지 않는 점, 청구인은 H이 M에게 쟁점①②토지를 명의신탁하였다고 주장하나 명의신탁을 입증할 수 있는 계약서 등의 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 또한 쟁점③토지를 N에게 대물변제하였다고 주장하나 시공자 H과 N의 채권채무 관련 계약서가 제출되지 않은 점 등에 비추어 쟁점토지에 대한 토목공사비 180백만원을 쟁점①②③토지로 대물변제하였다는 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

    (3) 청구인이 제출한 쟁점토지에 대한 개발행위변경통보서(2018년)에서 A가 쟁점토지(230-29번지)에 대한 부지조성 등 개발공사를 허가한 내역이 나타나 실제 공사는 있었던 것으로 보이나, 쟁점토지의 토목개발공사 관련 공사도급계약서, 세금계산서 등 적격증빙을 갖추고 있지 않아 공사내용, 공사기간, 공사대금 등이 확인되지 않는 점, 2017년과 2018년 청구인이 운영하는 부동산 매매업체 AB이 양도한 B, 31, 32번지에 대한 자본적지출액 각 301백만원, 45백만원과 중복비용일 가능성이 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때 쟁점토지 양도에 대한 토목공사비라고 주장하는 180백만원을 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

   2) 토지사용료 등 56백만원은 양도소득세 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

 가) 관련 법리

   (1)「소득세법 시행령」제163조제3항제3호에서 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)을 필요경비로 규정하고 있다.

     (2) 한편, 진입로부지의 사용약정은 토지 자체의 내용연수를 연장시키기 위한 것이 아니라 토지 출입을 위하여 사용하는 대가에 불과하므로 자본적 지출액에 해당하지 아니하고 토지의 이용편의를 위하여 지출한 비용이나 이에 준하는 비용에도 해당하지 아니하므로 필요경비로 공제할 수 없다(대법원 2013.11.14. 선고 2013두14146 판결 참조).

 나) 토지사용료 등 56백만원은 양도소득세 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

     (1) 청구인은 당초 도로진입공사비 120백만원을 전액 필요경비로 산입하였으나 도로진입공사비를 청구인 소유 타토지와 공동으로 사용하는 비용으로 보아 면적으로 안분계산하였으므로 최소한 56백만원은 필요경비로 인정해달라고 주장한다.

     (2) 그러나 진입로부지의 토지사용료는 토지 자체의 내용연수를 연장시키기 위한 것이 아니라 토지 출입을 위하여 사용하는 대가에 불과하므로 자본적 지출액에 해당하지 아니하므로 필요경비로 공제할 수 없다고 판단된다.

  3) 따라서 쟁점토지에 대한 자본적지출액이라고 주장하는 토목공사비 등 236백만원을 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.