주 문

  AD세무서장이 2025.11.1. 청구인에게 고지한 2021년 과세연도 양도소득세 280,591,690원의 부과처분은 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.10.7. 경기도 마을 A동 A호(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 183,928,000원에 취득한 후, 2021.3.25. 매매를 원인으로 550,000,000원에 양도하였다.

나. 청구인은 위 양도 당시 양도주택 이외에 ‘경기도 B동 B호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다), ‘경기도 C동 C호’ 주택을 보유한 상태였으나, 쟁점오피스텔을 장기임대주택으로 보아 주택 수에서 제외하고 일시적 1세대 2주택 특례에 따른 비과세로 2021.5.13. 양도소득세를 신고하였다.

다.처분청은 청구인이 쟁점오피스텔에 대하여 세무서에 임대사업자 등록한 사실이 없어 쟁점양도주택에 대한 비과세 신고를 부인하고, 청구인을 쟁점양도주택 양도당시 3주택 소유자로 보아 2025.8.6. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세에 대한 과세예고 통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 국세심사 위원회 심의 결과 2025.10.27. 청구인의 주장을 받아들이지 않는 불채택결정이 있었다.

마.처분청은 청구인을 1세대 3주택자로 보아 다주택자 양도세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2025.11.1. 2021년 과세연도 양도소득세 280,591,690원 (가산세 87,848,495원 포함)을 결정고지 하였다.

바.청구인은 이에 불복하여 2025.12.22. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 주택 임대사업자로 변경하기로 결정 및 착오에 의한 오류

청구인은 자발적으로 오피스텔 취득시부터 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하여 매입세액 공제를 받아 오다가 오피스텔을 주택으로 임대하기로 결정하고 기 환급세액을 추가로 납부함과 동시에 폐업하였음을 볼 때 임대주택으로 각종 의무를 이행하기로 결정한 것이다. 즉, 이 과정에서 청구인은 일반사업자등록을 폐업할 것이 아니라 면세사업자로 전환하여야 하는 것에 대한 착오로 오류를 범하였다.

청구인은 상가를 분양 받음과 동시에 부가가치세 과세 사업으로 사업자 등록을 하였고 추후 주택 임대로 전환하고자 기존 사업자를 폐업하고 기 부가가치세 환급세액을 추가 납부하면서 면세사업자 현황 신고를 한 사실로 보아 청구인은 부동산임대사업자 폐업 당시에 주택 면세사업자로 전환하려는 의도가 충분히 있는 것으로 보여지므로 당연히 면세 사업자 과세 전환 신고를 했어야 하는데 착오로 폐업 신고를 한 것이다. 이 사실은 지자체 등록 및 세무서의 각종 신고 내용을 살펴 보면 충분히 뒷받침하여 판단 가능하다.

나. 성실한 사업자로 납세 의무 자진 이행

2018년 부터 2021년까지 집값 상승 억제와 투기 방지 및 다주택자 중과세를 목적으로 여러 차례의 세법 개정하여 전문가들도 상담을 회피할 정도로 혼란스런 시기에 청구인은 최선을 다하여 지자체에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 의한 임대사업자 등록을 하였고 소득세법 제78조에 의한 사업자 현황 신고를 하였다.

청구인은 납세의무를 성실히 이행하기 위하여 2020.2.10. 임대사업자 현황 신고를 하였다(사업자미등록 상태에서 주민등록번호로 신고임대주택 등록). 즉, 청구인은 실질적인 사업자로서 세법에 따른 의무를 성실히 이행하려고 최선의 노력을 했다.

다. 국가의 임대사업자 관리 취지 부합 및 신의. 성실 의무 이행

소득세법 제168조의 규정에 따른 사업자 등록을 누락한 것은 사실이나 이는 복잡한 세법 규정을 정확히 파악하지 못하였기 때문이다. 그러나, 청구인은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 지자체에 임대사업자로 등록하고 세무서에 임대 현황을 성실히 신고하여 왔다.

청구인은 「소득세법」 제168조에 의하여 사업자등록을 하였어야 하나, 비록 청구인이 사업자 등록을 누락하였으나 임대사업 현황 신고를 자진해서 하는 등 납세의무를 충실히 이행하였다. 이는 국가가 임대주택을 파악하고 관리하려는 사업자등록제도의 취지를 실질적으로 이행한 것으로 볼 수 있다. 이와 같이 청구인은 탈세 목적없이 순수하게 「국세기본법」 제15조에 의한 신의 성실 의무를 이행하였다.

라. 처분청의 소극적인 행정 행위 및 행정 지도 미흡

청구인은 2019.01.22. 사업자 폐업과 동시에 기 환급세액을 추가 납부하면서 폐업 신고를 하였음을 볼 때 분명 면세사업자인 주택 임대사업을 영위하고자 하는 의지가 있었고 세무당국에서도 이에 대한 적극적인 행정지도가 필요하였으나 이를 방치한 것으로 판단되므로 「국세기본법」제48조를 적용해 가산세가 면제되어야 할 것이다.

청구인이 임대 사업자 폐업 당시에 잔존 재화 등을 검토하면서 적극적인 행정 지도를 하였더라면 면세사업자 전환 신고가 가능할 수 있었다는 아쉬움이 있다.

마. 장기임대주택에 해당하므로 당초 결정을 취소해야 한다

청구인은 비록 소득세법 제168조의 의하여 명시적으로 사업자등록을 하지는 못하였더라도 사업자등록 입법 취지에 맞는 납세의무를 실질적인 사업자로서 이행하였다.

착오에 의한 폐업임이 명백하므로 사업자등록을 한 것으로 보아야 하고, 그럴 경우 소득세법 시행령 제155조 20항에 의한 장기임대주택에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로, 쟁점오피스텔을 주택수에서 제외하고 일시적인 1세대2주택으로 보아 가산세 및 당초 결정을 취소해야 한다.

바. 처분청 의견에 대한 항변

1) 청구인의 적극적인 행정행위

청구인은 업무 흐름도에서 알 수 있듯이, 상가를 분양받음과 동시에 부가가치세 과세사업자로 사업자 등록을 하였다. 이후 주택 임대업으로 전환하기 위해 기존 과세사업자를 폐업하고, 기환급받은 부가가치세액을 추가로 납부하며 면세사업자 현황 신고를 마쳤다.

이러한 일련의 과정을 볼 때, 청구인은 부동산 임대사업자 폐업 당시 주택 면세사업자로 전환하려는 의도가 충분했던 것으로 판단된다. 따라서 당연히 면세사업자 과세 전환 신고를 했어야 함에도 불구하고, 단순한 착오로 인해 폐업 신고를 하게 된 것이다.

이 사실은 지자체 등록 내역 및 세무서의 각종 신고 내용을 살펴봄으로써 충분히 뒷받침되며 판단이 가능하다.

2) 처분청의 소극적인 행정 행위 및 행정 지도 미흡

청구인이 임대사업자 폐업 당시 잔존 재화 등을 검토하는 과정에서 처분청이 적극적인 행정 지도를 하였더라면, 면세사업자 전환 신고가 충분히 가능했을 것이라는 아쉬움이 남는다.

청구인이 2021년 3월에 주택을 양도한 후 4년이 경과한 2025년 12월에야 세액을 고지한 사실로 미루어 볼 때, 그동안의 업무 방치로 인해 청구인에게 막대한 손실이 발생하였다는 점 또한 간과할 수 없다.

면세사업자 현황 신고 당시, 청구인은 면세사업자 등록번호가 없어 부득이하게 주민등록번호를 기재하여 신고하였다. 이러한 사실이 있음에도 불구하고 처분청은 전산 입력 및 사후 관리 시 사업자 등록을 직권으로 등록하거나, 사업자 등록을 권고하는 등의 행정 지도를 소홀히 하였다.

이와 같은 사항을 종합해 볼 때, 처분청은 모든 행정 행위를 소극적으로 처리하여 청구인에게 치명적인 손실을 유발하였다.

3. 처분청 의견

가. 청구인은 쟁점양도주택을 2002.10.7. 184백만원에 취득하였고, 양도당시 조정지역에 소재한 쟁점양도주택을 2021.3.25. 550백만원에 양도한 후 이를 비과세에 해당하는 것으로 양도소득세 신고서를 제출하였다.

나. 처분청은 국세청 대내포털시스템에서 청구인의 세대별주택보유현황을 확인하였고, 청구인은 아래 표와 같이 쟁점양도주택 양도당시 1세대 3주택자에 해당하므로, 다주택자의 양도세율(경기도 부천시는 2020.6.19.〜2022.11.14. 기간 동안 조정대상지역)을 적용하여 20% 중과하였고, 장기보유특별공제를 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

다. 청구인은 쟁점오피스텔이 장기임대주택에 해당하므로 주택 수에 산입하지 않아야 한다고 주장하나, 장기임대주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3에서 정하고 있는 바와 같이「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하고, 민간매입임대주택의 경우 임대기간, 임대개시일 당시 기준시가, 임대보증금 또는 임대료의 증가율 제한 등의 요건을 갖추어야 한다.

라.청구인은 2016.3.31. 쟁점오피스텔을 소재지로 비주거용 건물임대업(업종코드: 701201)을 영위하는 것으로 사업자등록을 신청(상호: 홍화선 1426호, 사업자등록번호: 512-20*)하고, 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 부가가치세를 신고하여 오다가 2019.1.22. 폐업하였다. 이후 청구인은 소득세법에 따른 사업자등록 없이 2020.2.10. 홈택스를 통해 쟁점오피스텔에 대한 사업장현황신고서를 1회 제출하였다.

마.청구인이 2018.12.24. 김포시청에 쟁점오피스텔을 단기민간임대 주택(4년)으로 등록한 사실은 확인되나,「소득세법」제168조에 따른 사업자등록 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점오피스텔은「소득세법 시행령」제167의3에서 정하고 있는 주택수에 산입하지 않는 장기임대주택에 해당하지 아니한다.

바.조세법률주의와 조세공평의 개념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결등 참조).

따라서 쟁점양도주택을 일시적 1세대 2주택 비과세에 해당하는 것으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 않고, 쟁점양도주택은 1세대 3주택자가 양도하는 주택에 해당하므로 이 건 양도세 부과처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

｢민간임대주택법｣상 임대사업자등록은 하였으나 ｢소득세법｣상 사업자등록을 하지 않은 쟁점오피스텔을 장기임대주택으로 보아 1세대1주택 비과세 판단 시 보유주택 수에서 제외해 달라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) (2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정 되기 전의 것)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31., 2020.8.18>

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

2) 소득세법 제104조(양도소득세의 비율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017. 12. 19., 2020. 8. 18.>

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

3) 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 2018. 12. 31.>

4) 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례) (2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부 개정되기 전의 것)

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2015.12.28, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2020.2.11, 2020.10.7, 2021.2.17>

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택 으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건" 이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간 요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. <개정 2018.2.13>

5) 소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) (2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부 개정되기 전의 것)

①법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대 주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

6)민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의)(2024.12.3. 법률 제20550호로 일부 개정되기 전의 것)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7."임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를말한다.

6-1) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 (2021.8.10. 대통령령 제31942호로 일부개정되기 전의 것)

민간임대주택에 관한 특별법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호에서 "오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 오피스텔(이하 "준주택"이라 한다)을 말한다. <개정 2017.9.19>

1. 전용면적이 85제곱미터 이하일 것

2. 상하수도 시설이 갖추어진 전용 입식 부엌, 전용 수세식 화장실 및 목욕시설(전용 수세식 화장실에 목욕시설을 갖춘 경우를 포함한다)을 갖출 것

7)민간임대주택에 관한 특별법 제5조(임대사업자의 등록)(2023.3.28. 법률 제19313호로 일부개정 되기 전의 것)

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ 구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

7-1) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙 (2023.10.6. 국토교통부령 재1257호로 일부개정되기 전의 것)

① 법 제5조제1항 및 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제4조제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. 이 경우 「재외국민등록법」 제2조에 따른 재외국민(이하 "재외국민"이라 한다)이나 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제2조제4호의 외국인등(이하 "외국인"이라 한다)인 경우에는 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. <개정 2018.4.2, 2018.7.17, 2019.3.20>

② 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 「소득세법」 제168조제1항에 따른 사업자등록을 같이 하려는 경우에는 제1항에 따른 등록신청서에 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제4호서식의 사업자등록 신청서를 함께 제출하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 함께 제출받은 사업자등록 신청서를 지체 없이 관할 세무서장에게 송부(정보통신망을 이용한 송부를 포함한다)하여야 한다. <신설 2018.4.2>

다. 사실관계

1)청구인은 2002.10.7. 취득한 쟁점양도주택을 2021.3.25. 양도한 후, 2021.5.13. 쟁점오피스텔을 장기임대주택으로 보아 주택 수에서 제외하고, 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하여 관련 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 쟁점양도주택 양도당시 청구인을 1세대 3주택자로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였다.

2)국토교통부 공고 제202-828호에 의하면 쟁점양토주택의 소재지는 양도일 (2021.3.25.) 현재 조정대상지역에 해당하는 것으로 확인된다. 조정대상지역 지정현황은 다음과 같다.

3)청구인은 2016.3.31. 쟁점오피스텔을 소재지로 비주거용 건물임대업을 영위하는 것으로 일반과세자 사업자등록을 신청(상호: 홍화선 1426호, 사업자등록번호: 512-20*)하였으며, 2019.1.31. 매매를 원인(등기원인일 2016.3.31.)으로 하여 소유권이전등기한 사실이 확인되며, 해당 사업장에 대하여 부가가치세를 신고한 내역은 다음과 같고, 2019.1.22. 폐업한 사실이 확인된다.

4) 청구인은 2018.12.24. <그림1>과 같이 김포시청에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록[매입임대,단기민간임대주택(4년)]을 하였고, 소득세법에 따른 사업자등록 없이 2020.2.10. 홈택스를 통해 쟁점오피스텔에 대한 2019년 과세연도 사업장현황신고서를 <그림2-1>, <그림2-2>와 같이 1회 제출하였고, 그 이후에는 제출하지 않은 것으로 확인된다.

5)청구인은 임대기간 종료에 따라 단기임대등록이 2023.1.4. 말소된 것으로 확인되며, 등록사항 변경현황 등 말소와 관련된 내용은 <그림3>, <그림4>와 같다.

6)2018.4.2.국토교통부령 제506호로 개정되어 같은 날 시행된「민간임대 주택법 시행규칙」제2조제2항은 임대사업자로 등록하려는 자가 「소득세법」 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 같이 하려는 경우에는 ‘임대사업자 등록신청서’에「부가가치세법 시행규칙」별지 제4호 서식의 사업자등록 신청서를 함께 제출하여야 한다. 이 경우 시장·군수·구청장은 함께 제출받은 사업자등록 신청서를 지체 없이 관할 세무서장에게 송부(정보통신망을 이용한 송부를 포함한다)하여야 한다’고 규정하고 있는바,

 이에 따라 ‘임대사업자 등록신청서’ 서식도 개정되어 <그림5>와 같이 사업자등록 신청서가 추가¹⁾된 내용이 확인된다.

(이 면 이하 여백)

7) 임대주택 보유자에 대한 1세대 1주택 과세특례 시행

임대주택 보유자에 대한 1세대 1주택 특례는 「소득세법 시행령」 (2011.10.14. 대통령령 제23218호로 개정된 것) 제155조제19항에 따라 2011.10.14. 이후 양도분부터 적용되기 시작하였으며, 당시 해당 법령의 내용은 다음과 같다.

<임대주택 보유자에 대한 1세대1주택 특례 법령>                       

8)청구인은 국세심사위원회에 출석하여 2019년 과세연도 사업장 현황신고서를 제출한 이후 쟁점오피스텔을 전세로 임대하고 있으므로 월세수입금액이 없어 사업장현황신고를 하지 않아도 괜찮다는 안내를 받아 그 후 과세연도에 대해서는 사업장현황신고서를 제출하지 않았다고 진술하였다.

9) 처분청은 국세심사위원회에서 청구인이 쟁점오피스텔과 관련해 민간임대 주택법상 의무(임대료 5% 내 증액 제한, 임대차 신고 등) 모두 이행한 것은 확인된다고 진술하였다.

라. 판단

앞서 살펴본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①청구인은 쟁점오피스텔 취득 시 부가가치세 과세사업자로 등록하였다가, 주택임대로 전환하기 위하여 기존 사업을 페업하고 환급받은 세액을 추가 납부한 사실로 미루어 면세사업자로 전환하고자 하였던 것으로 보이는 점, ②청구인이 「소득세법」상 사업자등록 신청을 누락하기는 하였으나, 지방자치단체에 임대사업자등록을 하고, 홈택스를 통해 2019년 과세연도 사업장현황신고서를 제출하는 등 국가가 임대주택을 관리하려는 사업자등록제도의 실질적인 취지에 부합하게 납세협력의무를 충실히 이행한 점, ③청구인은 쟁점오피스텔과 관련해 민간임대주택법상 의무를 모두 이행한 것으로 확인되는 점, ④청구인이 쟁점오피스텔에 대한 과세사업 폐업신고 및 면세사업장현황신고서를 제출하는 과정에서 청구인이 면세사업자 등록만 이행하였다면 쟁점오피스텔의 장기임대주택 요건을 충족할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 쟁점오피스텔을 주택 수에서 제외하여 쟁점양도주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용할 여지가 있다고 판단된다.

따라서 통지관서가 쟁점오피스텔을 주택 수에 포함하여 쟁점양도주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용을 배제한 이 건 과세예고통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.