주 문

세무서장이 2026.1.2. 청구법인에게 한 2015사업연도 65,106,367원, 2016사업연도 115,433,072원, 2017사업연도 220,791,106원, 2018사업연도 210,793,029원의 법인세 부과처분은 익금 및 손금에 산입할 구체적인 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. (주)AA종합건설(이하 “청구법인”이라 한다)은 2002.10.14. 개업하여 토목공사 건설업을 영위하는 법인으로 2014년 대표자는 AAA이었으며, 2024년 현재 대표자 BBB으로 변경되었다.

나. 청구법인은 2015년부터 2018년까지 ㈜CC개발, ㈜DD토건, 주식회사 DD산업으로부터 매입세금계산서 공급가액 합계 2,624,114,934원을 수취하였고, 2017년에는 ㈜DD토건과 주식회사 DD산업에게 공급가액 합계 1,250,000,000원의 세금계산서를 발행하였다. (이하 3개 거래처를 “쟁점거래처”라 하고 ㈜ 및 주식회사를 생략한다)

다. 청구법인은 쟁점거래처와의 거래와 관련한 세금계산서 총 25매 공급가액 합계 3,874,114,934원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 부가가치세 신고시 매출세액, 매입세액으로 신고하였고, 법인세 신고시 매출액은 익금에 산입하고 매입액은 손금에 산입하였다.

라. 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 2025.3.24.부터 2025.6.12.까지 실시한 결과, 청구법인이 발행 및 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하고 2025.7.15. 부가가치세 385,544,220원을 고지¹⁾하고, 세원관리과장에게 과세자료를 통보하였다.

마. 처분청(세원관리과)은 과세자료를 검토한 결과 2026.1.2. 2015사업연도 65,106,367원, 2016사업연도 115,433,072원, 2017사업연도 220,791,106원, 2018사업연도 210,793,029원의 법인세를 고지하였다. (대표자 상여처분, 고지서 공시송달)

바. 청구법인은 법인세 과세처분에 불복하여 2026.6.11. 이의신청을 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 쟁점세금계산서 사실관계

1) 청구법인은 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 중 DD토건으로부터 공급가액 29,200,909원과 21,774,025원의 매입세금계산서(이하 “쟁점거래1”이라 한다)를 수취하였다.

2) 청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 중 DD토건으로부터 공급가액 150,000,000원을 발급하고 주식회사 DD산업으로부터 공급가액 1억원(이하 “쟁점거래2”라 한다)를 수취하였다.

3) 청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 중 DD산업에 공급가액 6억원을, DD토건에 공급가액 3억원을 발급하였다. 주식회사 DD산업으로부터 공급가액 2억원과 3억원의 매입세금계산서(이하 “쟁점거래3”이라 한다)를 수취하였다.

4) 청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 중 DD토건에 공급가액 2억원을 발급하고, DD산업으로부터 공급가액 1억원(이하 “쟁점거래4”라 한다)을 수취하였다.

5) 청구법인은 2015년부터 2018년까지 군청, 시, 남도  교육지원청등으로부터 도급받아 CC개발에게 하도급 토목공사 15건으로 총 공급가액 1,873,140,000원(이하 “쟁점거래5”라 한다)의 매입세금계산서를 수취하였다. (이하 쟁점거래1,2,3,4,5를 합하여 “쟁점거래”라 한다)

나. 쟁점세금계산서는 실제거래하고 발급 및 수취한 것으로 정상세금계산서이다.

1) 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다.

2) 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘부가가치세법’ 제17조제2항제1호의2 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다( 대법원92누2431 판결 1992.9.22. 선고 등 다수).

3) 처분청은 쟁점거래 당시 대표이사인 AAA에게 직접적인 입증자료를 요청하지 아니한 상태에서 주식회사 EEE건설²⁾ 관할 세무서장의 전반적인 조사를 통해 매입세금계산서가 사실과 다르다는 혐의에 대해 구체적인 확인 없이 부가가치세와 법인세를 부과하였으므로 이건 과세처분은 위법·부당하다.

4) 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 처분청이 가공세금계산서라고 판단한 거래는 실제 계약 및 공사가 수반된 정상 거래이다. 청구법인의 전 대표이사는 이를 입증하는 증빙자료를 보유하고 있으며 아래와 같은 서류를 첨부하여 제출한다.

① 건축허가서 및 사용승인서 ② 공사도급계약서 및 하도급 계약서

③ 공사대금내역서 및 금융자료 ④ 공사실적명세서, 현장사진

다. 쟁점거래1 관련

DD토건이 읍 리 715-13 공사 현장 레미콘 사용 및 건축자재인 빔외를 공급받아 발급받은 세금계산서로 레미콘 공급은 주식회사 로 주식회사 DD토건이 직접 지불하기로 한 대금을 지불하지 못해 청구법인의 교육지원청 채권으로 대위변제하였다.

라. 쟁점거래2, 3, 4, 5 관련

1) DD빌라 1차 관련

(가) DD빌라 1차 공동주택 신축공사는 건축주가 이 외 2인이였다가 DD토건이 건축주이자 위탁자로서 KKK신탁에 부동산을 신탁하여 추진한 사업이다. 시공사는 ㈜종합건설에서 ㈜종합건설로 변경되었고 공사대금을 지불하지 못하자 청구법인을 시공사로 최종변경되었다.

(나) 청구법인은 DD토건으로부터 총 계약금액 16억원 공사를 수주를 받았으며, DD산업은 청구법인으로부터 해당 공사를 재수급받은 하도급업체이다. DD토건과 DD산업의 대표가 동일인으로 건축법상 건설업 등록증을 보유한 일정한 건설회사만 해당공사 도급을 받을 수 있기에 건축주이자 토지주인 DD토건은 청구법인을 시공사로 하고 DD산업에 재하도급을 준 것이다.

(다) 건물완공 후 2018.10.25. 군청의 지방세 세무조사 자료에 따르면 쟁점거래2의 경우 실제로 취등록세를 납부하고 건물이 완공되어 건축주 DD토건 시공사인 청구법인에 대한 공사비용 명세서를 확인할 수 있다.

(라) 본 공사는 최초 시공사인 ㈜종합건설 단계에서 ㈜, ㈜, 레미콘, 가설산업㈜, 건축사사무소 등이 참여하여 기초 및 골조 공사를 진행하였고, 이후 시공권을 승계한 ㈜종합건설에서 ㈜KKK신탁의 자금으로 미장, 석공사, 설비, 엘리베이터㈜, ㈜전력이엔지, 창호·금속, 외벽·단열, 내포씽크를 비롯하여 각종 장비 및 인력 업체들이 투입되어 내·외장 공정의 상당 부분을 완수하였다.

(마) 청구법인이 시공사로 변경된 이후에 DD산업이 재하도급로서 하도급업체의 세금계산서 수령하고 공사대금을 직접 지급하였다. 이처럼 전임 시공사들을 통해 핵심 공정들이 이미 완료 또는 마무리 단계에 이르렀기에, 최종적으로 시공권을 승계한 AAA는 잔여 공사의 완공 및 현장 관리용역을 수행하는 대가로 35,000,000원의 수수료를 받기로 하였고, 군 읍 리 726-5 DD에버빌 제1동 301호를 공사대금으로 대물변제받았다.

(바) 2017.12.31. 발행된 청구법인의 매출세금계산서 가액이 원도급 계약금액 16억 원에 미치지 못하는 150,000,000원으로 산정된 것 역시, 앞서 언급한 수많은 하도급 업체들이 기수행한 막대한 공정 기성분을 제외하고 청구법인이 승계 후 실질적으로 투입한 공사분과 관리 비용만을 엄격히 반영했기 때문이다.

(사) 즉, 쟁점세금계산서는 가공의 거래가 아니라 기진행된 공사 현황과 청구법이 실제 수행한 역무의 범위를 명확히 구분하여 산정된 실질 거래의 결과물로 가공세금계산서에 해당하지 않는다. 실제 정산 내역을 살펴보면, 청구법인은 2017.8.3. DD산업으로부터 66,000,000원을 수령하여 이 중 41,000,000원을 공사 비용으로 정산한 뒤 25,000,000원을 받았고, 8월 4일에는 30,000,000원을 수령하여 20,000,000원을 정산한 후 잔액 10,000,000원을 받았다. 이로써 청구법인은 당초 합의된 수수료 35,000,000원을 수령하였다. 한편 DD토건은 공사대금을 거래처에 모두 지급하지 못하여 발생한 차용증서 및 지불보증각서를 통해 실제 거래가 있었음을 추가로 뒷받침한다.

2) DD빌라 2차 관련

(가) 쟁점거래3은 쟁점거래2와 유사하지만 토지주 이이 주식회사 DD산업에 빌라건축을 의뢰한 것으로, 발주자인 이과 청구법인이 총공사비 12억원(부가세 제외)에 도급계약을 체결한 후 하도급으로 진행하였다. 이은 부동산 담보대출 및 가계대출로 2017.8.3. 각각 2억2천만원, 1억4천만원, 2억8천만원, 4억2천만원을 하도급업체에게 대금을 직접 지급하였다.

(나) 이러한 도급 구조는 건설 현장의 효율적인 공정 관리와 시공 전문성을 확보하기 위한 것으로서, 각 단계별 당사자들은 계약상의 권리와 의무를 바탕으로 용역을 제공하였다. DD산업의 내부자료인 공사대금내역서를 보면 공사별 하도급업체를 확인할 수 있으며, 이에 따른 공사대금은 하도급업체에게 직접 지급하였기 때문에 청구법인에게 지급한 것으로 반영하였다.

(다) 청구법인과 DD산업의 정산내역서를 보면 공사 전반에 대한 관리 및 운영 책임의 대가로 총 도급금액(12억)의 5%인 6천만원을 정산금으로 받기로 하였고, 아직 받지 못하였다.

3) DD사옥 (읍 리 802-1) 관련

DD사옥 신축공사는 도급계약 금액 620,000,000원을 바탕으로, 앞선 정산 방식과 동일하게 전체 계약 금액의 5%를 수수료로 책정하여 진행된 사업이다. 이전 사업지인 DD빌라 1차에서 발생한 미지급 공사 대금 채무가 본 공사로 승계 및 대물변제 과정에서 건축주가 기존 거래처인 서으로 변경되었다. 공사대금의 미지급으로 인하여 해당거래의 금융자료는 없고, DD사옥의 현장사진으로 보았을 때 건축물은 완공되지 못한 상태이다.

4) CC개발(구 KK토건)과의 거래

(가) 원수급인인 청구법인이 공사의 전문성 확보를 위해 CC개발과 하도급 계약을 체결하고, 그에 따른 실제 시공 대가를 지급하며 수취한 것이다. 청구법인은 종합건설사로 모든 기술자와 장비를 직접 보유하는 것은 비용 측면에서 비효율적이다. 그래서 세부적인 작업은 각 분야의 전문가들에게 맡긴다. 건설산업기본법상 종합건설업은 공사의 전체적인 관리와 조정을 담당하며, 실제 세부 공사는 해당 전문면허를 보유한 업체가 시공하도록 권장하고 있다.

(나) 종합건설사는 관리면허이고, 철근콘크리트 면허는 시공면허이다. 법적으로 직접 시공 의무가 없는 범위 내에서는 전문 면허를 가진 업체(CC개발 등)가 시공하는 것이 건설산업기본법상 전문성 확보에 부합한다. 실무적으로는 철근콘크리트 공사에는 수많은 형틀 목수, 철근공, 타설공 등 전문 숙련공과 대규모 장비가 필요하다. 종합건설사가 이 인력을 직접 상시 고용하는 것은 노무적으로 리스크와 비용이 크기 때문에 전문 업체에 맡기는 것이 실무적으로도 경제적이기 때문이다.

(다) CC개발은 청구법인의 철근콘크리트 공사부분의 하도급을 맡은 업체로 청구법인의 전 대표가 CC개발의 대표자는 아니지만 인건비 부분을 맡은 자로서 인건비는 AAA의 통장에서 먼저 지급하고 추후 정산한다. 인건비 외 재료비 등은 CC개발이 세금계산서를 수령하고 대금을 지급한다. 이 과정에서 AAA가 먼저 지급한 대금은 CC개발과 관계가 정리되었을 때 몇 년 뒤 정산하였다. 그 중 시와의 거래는 하도급업체에게 직접 지급하는 하도급대금 직불실적신고서를 작성하여 청구법인에게 지급되지 않고 CC개발에 직접 입금되었다.

(라) CC개발의 공사실적명세서는 건설 관련 협회에 실적 신고를 위해 제출하는 서류이다. 건설회사는 매년 전년도 공사 실적을 합산하여 대한건설협회, 전문건설협회 등 관련 협회에 신고해야 하며, 이 서류는 시공사인 CC개발이 해당 공사를 실제로 수행했음을 발주처인 아산교육지원청이 확인·증명하는 근거 자료로 활용된다.

마. 세무조사 과정에서 쟁점거래에 대한 사실관계파악이 불충분하였다.

1) 처분청은 2017년 제2기 부가가치세 조사를 시작으로 조사 범위를 확대하여 가공 세금계산서 수수 혐의로 부가가치세를 경정·고지하였다. 이 과정에서 처분청은 실질적인 귀속 주체인 전 대표이사 AAA를 배제하고, 사정을 알지 못하는 현 대표이사 BBB에게 형식적인 절차만을 요구하였다.

2) BBB은 2024.11.1.에 취임하였으며, 해당 과세기간(2015년~2018년) 당시의 대표이사는 AAA이다. 처분청은 2025.3.26. BBB에게 메시지로 국세 업무의 조율을 위해 처음 통보하고, 2025.4.3. 천안으로 찾아가 '납세자권리헌장' 등을 낭독하며 조사를 개시하였다. 당시 처분청은 서명날인이 반드시 필요하다는 점을 강조하며, 사정을 모르는 BBB에게 형식적인 절차 협조를 요구하였다.

3) 처분청은 중요 절차 때마다 실무를 모르는 BBB을 직접 찾아가 요식행위를 반복했다. 2025.5.9. 세무조사 연장을 위해 BBB이 있는 까지 직접 방문하여 서명을 받았으며, 2025.7.2. 조사 종결 시에도 역에서 BBB을 만나 짧은 시간 안에 결과 통지서 수령 확인을 마쳤다.

4) 이는 납세자에게 조사 결과를 충분히 설명하고 반론의 기회를 주어야 하는 세무조사의 본질을 뒤로한 채, 행정 편의를 위해 수령 확인이라는 형식적 절차만 성립시킨 것이다. 처분청은 AAA가 조사를 회피했다고 주장하나, 확인 결과 당시 통화는 본건 조사가 아닌 AAA의 별도 사업체(조합회사)에 대한 체납 안내 목적의 짧은 통화였을 뿐, 본건 조사를 위한 안내나 소명 요청은 단 한 차례도 없었다.

5) 한편, 처분청이 조사 착수 당시 AAA를 고발하여 진행된 경찰 조사 결과, 해당 혐의에 대해 최종 '무혐의' 처분을 받았다. AAA는 별개의 형사 절차에서도 성실히 출석하여 본인의 입장을 충분히 소명함으로써 무죄를 입증받았기에, 세무조사 역시 당연히 그와 같은 정당한 소명 기회가 보장될 것이라 믿고 기다려왔다. 세무 전문가가 아닌 일반납세자로서는 실질적 당사자인 본인에 대한 확인 절차도 없이 심지어 경찰에서 무혐의로 밝혀진 사안에 대해 가혹한 과세 결과를 통지할 것이라고는 전혀 예상하지 못하였다.

6) 따라서 처분청이 실제 거래 내용을 소명할 수 있는 전 대표이사에 대한 직접적인 조사나 확인 절차 없이, 단지 형식상 대표자라는 이유로 현 대표이사에게 고지서를 교부하고 공시송달을 통해 처분을 확정한 것은 실질과세의 원칙과 근거과세의 원칙에 위반한 조사 미진에 해당한다.

바. 처분청은 고지서 송달에 있어서도 청구법인의 전 대표이사의 주소지 파악을 위한 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 않았다.

1) 청구법인은 2024년에도 세무조사를 받은 이력이 있으며, AAA는 세무서에 직접 방문하여 사실관계를 소명한 바 있다. 처분청은 이미 내부 기록을 통해 AAA의 연락처와 거소 정보를 충분히 파악할 수 있는 상태였음에도 불구하고, 실제 거래 내용을 소명할 수 있는 AAA에게 단 한 차례의 연락조차 취하지 않았다.

2)　처분청의 행정 처리는 조사 단계와 고지 단계에서 사뭇 상이한 태도를 보였다. 조사 과정에서는 현 대표이사의 서명날인을 받기 위해 천안과 일산 사무실을 직접 방문하는 등 납세자의 소재를 적극적으로 파악하여 조사권을 행사하였다. 그러나 정작 납세자의 권리 구제에 직결되는 납부서 전달 시점에는 기존의 적극적인 송달 노력을 기울이지 않은 채 공시송달 절차를 밟았다.

3) 처분청은 고지서 전달을 위해 주소지 등을 방문하였다고 하나, 이는 실질적인 송달을 목적으로 한 노력이라기보다 공시송달을 위한 형식적인 요건(방문 횟수 등)을 충족하는 데 치중한 측면이 있다. 이로 인해 청국법인은 부과된 부가가치세에 대하여 불복 절차의 기산점이 되는 고지 사실을 적시에 인지하지 못하였고, 결과적으로 법이 보장하는 정당한 항변 기회를 충분히 보장받지 못하는 결과를 초래하였다.

사. 결론

1) 일정 규모 이상의 건축공사는 종합건설업 등록을 마친 건설업자만이 적법하게 도급받아 시공할 수 있고, 종합건설업 등록업체는 착공신고 단계에서 허가권자에게 등록증을 제출하여 시공 적격을 증명하고, 공사 완료 후에는 하자담보책임의 주체로서 발주자에게 하자보수보증서를 교부한다. 하자보수보증서는 단순한 서류가 아니라, 건설공제조합·서울보증보험 등 공적 보증기관이 등록된 종합건설업자의 신용과 책임이행능력을 심사한 결과물이다.

2) 미등록업체 또는 전문건설업체는 이 보증서를 원도급 지위에서 발급할 수 없으므로, 종합건설업자의 참여는 법령이 요구하는 건축 절차를 완결하기 위한 필수 요건이기에 쟁점거래2 관련 DD빌라1차 하자보수보증서는 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서가 아니라는 것을 증명한다.

3) 또한 대법원 판례 및 국세기본법상 부과제척기간의 입법취지를 고려하였을 때, 국세에 대한 부과제척기간 10년을 적용하기 위해서는 단순히 허위의 신고에 그치는 것으로는 부족하고, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하는 등의 적극적 행위가 있어야 한다(대법원2019다301623). 조세는 국민의 재산권을 중대하게 제한하는 것이므로, 국가의 과세권은 반드시 적정하고 민주적으로 행사되어야 한다. ‘국세기본법’ 제15조는 `세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 해야 한다`고 규정하고, 같은 법 제81조의16제1항은 `국세청장은 직무를 수행함에 있어 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 성실하게 노력하여야 한다`고 규정하고 있다.

4) 그러므로 처분청은 세무조사 과정에서 의견진술할 기회를 포함하여 납세자의 실체적·절차적 권리가 부당하게 침해되지 않도록 신속·적정·성실하게 담당 업무를 처리할 의무를 당연히 부담하는 것이다.

5) 이 사건에서 자금이 거래처를 통해 순환된 것은, 청구법인이 주장하는 바와 같이 쟁점거래처와의 정산 방식에 따른 이체 구조에서 비롯된 것으로서 실제 청구법인에게 반환된 것이 없다. 이러한 정산 구조를 '전형적인 가공거래 방식으로 단정한 처분청의 판단은 실물거래 존재를 부정하는 객관적 증거 없이 자금 흐름의 외형만을 근거로 한 것으로, ‘국세기본법’ 제16조 근거과세원칙에 위배되어 위법·부당하다.

6) 마지막으로 청구법인은 2015년 11월부터 회사를 인수한 이래 성실하게 납세의무를 이행했고 이행할 예정이며 여태껏 고의적으로 탈세를 하기 위한 꼼수를 부린다는 생각자체를 한번도 해본 적이 없다. 그런데 이번 세무조사결과 그동안 실제 거래한 내역을 전부 가공으로 부인당하여 고지된 것을 알고 너무나 억울할 따름이다. 세무조사에 대해서 소명도 하지 못한 채 불복을 진행하는 마음을 헤아려주시어 부디 쟁점거래에 대한 사실관계를 제대로 파악하여 억울함을 해소하여 주시길 간곡히 부탁드린다.

3. 처분청(세원관리과) 의견

가. 쟁점거래는 가공거래에 해당한다.

1) 청구법인은 건축허가서 및 사용승인서, 계약서, 공사대금내역서, 레미콘 공급업체주식회사 ZZ의 채권가압류통지서 등을 근거로 매출거래가 정상 거래임을 주장하나, 매출처인 DD토건과 DD산업은 대표자(장, 1967년생)가 동일하고 사업장 소재지(군 읍 로 150번지)를 공유하는 사실상 동일한 업체이다.

가) 청구법인과 DD산업 및 DD토건의 금융거래내역을 살펴보면 ZZZ의 계좌를 도관삼아 자전거래한 내역이 확인될 뿐만 아니라, DD토건과 DD산업의 세무조사 당시 청구법인과의 거래에 대해 자료상 확정되어 수보된 거래이다. 조사 당시 DD산업의 거래처 주식회사 종합건설의 대표이사인 이호승과의 문답서에서도 ZZZ의 계좌를 도관삼아 자전거래 하였음이 밝혀진바 있다.

나) 청구법인은 DD토건과의 거래에 대하여 레미콘 공급업체인 주식회사 ZZ의 채권가압류통지서를 근거로 실제 거래를 주장하나, DD토건은 거래사실 확인 요청 당시 미회신하였고 실제 거래임을 입증할 금융증빙 또한 확인되지 아니하여 주식회사 ZZ이 청구법인에 가압류한 채권이 존재한다는 사실만으로 정상적인 거래임을 입증할 수 없다.

다) 장경진이 운영하는 DD토건과 DD산업이 타 사업체와의 거래 이력 및 금융 증빙 등이 적절치 않은 점에 미루어 가공거래로 이미 확정한 매출에 대하여 청구법인이 이의신청서에 첨부된 증빙만으로 실물거래가 있었음을 알 수 없다.

2) CC개발은 청구법인과 동일한 사업장에 있는 법인으로 청구법인의 가공매출처로 확정된 DD산업과도 거짓매입거래가 존재한다. 세금계산서 수취에 해당하는 금액이 상당 기간 청구법인의 외상매입금으로 존재하다가 세금계산서 발행 시기에 맞춰 CC개발로 송금 즉시 AAA 개인계좌를 경유해 다시 청구법인으로 입금되는 행태를 보인바 전형적인 실물거래없는 자전거래의 형태를 띄고 있는 점으로 미루어 가공거래로 판단된다.

3) 청구법인은 조사 당시 입증할 기회를 충분히 부여받지 못하였다고 주장하나 청구법인의 조사 당시 대표자는 BBB으로 세무조사 관련 증빙 요청 등의 공문을 수령하였고, 세무조사 결과통지 역시 BBB에게 정상적으로 송달되었다. 청구법인에서 증빙 제출이 지연되자 청구법인이 2025.5.14.부터 2025.6.12.까지 조사기간을 연장신청한 사실도 확인된다. 따라서 처분청이 청구법인이 보관하고 있는 거래증빙 등의 자료를 제출할 수 있는 충분한 기간을 부여하였음을 알 수 있다.

4) 청구법인은 처분청이 고지서 전달에 있어 청구법인의 전 대표이사의 주소지 파악을 위한 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 않았다고 주장하지만, 청구법인을 대리하여 조사에 임하고 납부할 권리는 현 대표인 BBB에게 있다.

처분청은 고지서를 송달하기 위하여 사업장 소재지 및 BBB의 주민등록상 주소지로 등기우편을 2회 이상 송달 시도하였으나 반송되었고, 고지서가 반송되었음을 문자로 안내하였으나 무응답으로 대응하였다. 이후 교부송달을 위해 사업장 소재지와 법인 대표의 주소지를 각각 방문하여 방문 안내문을 부착하는 등 송달을 위해 노력하였으나 수취인이 장기간 부재로 납부기한까지 송달이 곤란하다고 판단되어 ‘국세기본법’ 제11조에 따라 공시송달한 처분은 적법하다.

나. 결론

상기 내용과 같이 청구법인은 관급공사 도급 등의 이유로 매출 부풀리기 목적으로 한 가공거래를 부인한 처분청의 당초 과세처분은 적법하며 청구법인의 주장은 이유없으므로 본 이의신청을 기각하여 주시기 바란다.

< 처분청 의견에 대한 항변 >

가. 'ZZZ' 계좌 관련 자전거래 주장에 대하여

1) 종합건설 대표이사 조세범칙조사 심문조서는 어디까지나 DD산업과 종합건설 사이의 2017년 거래(매입세금계산서 4건, 858,000,000원)에 관한 것으로, 이 사건 청구법인과 DD토건·DD산업 간의 거래와는 거래 당사자, 거래 시기, 거래 내용을 전혀 달리하는 별개의 사안이다. 동일인의 계좌가 사용되었다는 사정만으로 그 계좌를 경유한 모든 거래가 자동으로 가공거래로 추정될 수는 없으며, 각 거래는 개별적·구체적으로 그 실질을 심리·판단하여야 한다.

2) ZZZ은 DD빌라 2차의 건축주로 DD산업 등은 시공사이다. 본인의 토지를 담보로 건축물의 대금을 지급하는 입장이다. 'ZZZ' 명의 계좌는 본인 소유 토지 위에 DD빌라를 신축하기 위하여 실행된 부동산담보대출의 개설계좌로, 대출 실행 당시 대출금이 건설목적에 한하여 사용되도록 입금계좌가 지정되어 있었던 것이다. (담보대출계약서를 통해 확인 가능)

3) ZZZ의 대출계좌는 DD빌라 2차 건설사업을 위한 자금관리 목적의 정상적인 계좌였으며, 이 사건 거래대금 역시 그러한 건설목적 자금 흐름의 일환으로 지급·수수된 것이지, 실물거래 없이 자금을 순환시키기 위한 도관으로 사용된 것이 아니다.

4) 과세관청이 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 주장하려면 그 거래가 가공임을 구체적으로 증명하여야 하고 단순히 동일 계좌가 다른 사건에서 도관으로 지목되었다는 사정만으로 이 사건 거래의 실물성까지 부인하는 것은 증명책임을 청구법인에게 전가하는 것으로서 부당하다.

나. 처분청은 청구법인 제출 증빙을 자의적으로 평가한 것에 대하여

1) 청구법인이 이의신청에 제출한 증빙은 다층적이고 구체적이다.

① 건축허가서 및 사용승인서 : 쟁점 공사가 실제로 착공되어 완공·사용승인에 이르렀다는 객관적 행정기록으로서, 공사 자체의 존재와 완성 사실을 증명

② 공사도급계약서 및 하도급계약서 : 청구법인과 DD토건, DD산업, CC개발 각 상대방 간의 계약상 권리·의무 관계 및 공사범위, 대금조건을 특정한 문서이다.

③ 공사대금내역서 및 금융자료 : 실제 대금이 각 단계별로 수수된 자금흐름을 보여주는 자료

④ 공사실적명세서 및 현장사진 : 실제 시공이 이루어진 물리적 흔적을 담은 자료로서, 명목상 거래가 아닌 현실의 공사 진행 상황을 직접적으로 뒷받침

2) 이처럼 청구법인이 제출한 증빙은 단순히 제3자(ZZ)의 채권가압류통지서 한 건에 그치는 것이 아니라, 행정적 증빙(①), 계약상 증빙(②), 자금흐름 증빙(③), 시공사실 증빙(④)이 유기적으로 결합되어 있다. 그럼에도 처분청은 의견서에서 오직 채권가압류통지서만을 거론하며 "그 사실만으로 정상적인 거래임을 입증할 수 없다"고 서술함으로써, 청구법인이 제출한 나머지 핵심 증빙들에 대하여는 아무런 개별적 평가나 배척 이유를 설시하지 아니한 채 이를 사실상 도외시하였다.

3) 그럼에도 처분청은 ①~④의 증빙에 대한 구체적인 반박이나 그 신빙성을 부인할 만한 개별적 근거를 전혀 제시하지 아니한 채, 단지 DD토건과 DD산업이 동일 대표자·동일 사업장이라는 정황과 종합건설 사건에서의 자백조서만으로 쟁점거래 전체를 가공거래로 단정하였다. 이는 청구법인이 제출한 실물거래의 객관적 증빙을 충분히 심리하지 아니한 채 별개 사건의 정황증거에만 의존한 처분이다.

라. CC개발로부터 수취한 거래 관련

1) 자금흐름의 성격에 대한 처분청의 증명 부족

AAA 개인계좌를 경유하여 청구법인으로 자금이 입금된 사실 자체는 인정하더라도, 그 입금이 ‘실물거래 없이 대금을 그대로 되돌려받는 자전거래’에 해당하는지, 아니면 CC개발이 신고한 인건비를 AAA 개인계좌를 통해 지급한 정상적인 자금흐름인지는 전혀 별개의 문제이다. AAA는 청구법인의 대표이사로 현장 인력을 관리하는 위치에 있었고, CC개발의 인건비가 AAA 개인계좌를 경유하여 실제 근로자들에게 지급되는 구조는 건설현장에서 드물지 않은 자금집행 방식이다. 단순히 자금 이동의 외형만으로 그 실질을 가공거래로 단정하는 것은 자금흐름의 목적과 용도에 대한 구체적 심리를 결여한 판단이다.

따라서 AAA 개인계좌를 경유한 자금이 인건비 지급 목적이 아니라 실물거래 없이 대금을 되돌려받기 위한 것이었다는 점은 처분청이 구체적으로 증명하여야 할 사항이지, 자금 이동의 외형만으로 추정할 수 있는 것이 아니다.

2) 10년 전 거래에 대한 소명자료 확보의 현실적 한계

쟁점거래는 2015년~2018년 귀속분으로, 항변 시점을 기준으로 이미 8년 내지 10년이 경과하였다. 청구법인은 이러한 시간적 제약에도 불구하고 DD토건과 관련한 거래사실을 뒷받침하기 위하여 상당한 노력 끝에 겨우 관련 자료를 확보하여 소명하였다. 그러나 CC개발은 이미 수년 전 폐업하여 폐업한 법인이 신고한 인건비의 지급 내역까지 청구법인이 현시점에서 완전하게 재구성하여 소명하는 것은 현실적으로 상당한 어려움이 있다.

이러한 사정에 비추어 볼 때, AAA 개인계좌를 경유한 자금이 인건비 지급 목적이었는지 여부에 관하여는 오히려 과세관청이 세무조사 과정에서 확보할 수 있었던 CC개발의 인건비 신고자료, AAA 개인계좌의 구체적 입출금 상대방 및 명목 등을 통하여 그 실질을 명확히 규명하고, 이를 근거로 가공거래 여부를 판단하였어야 할 것이다.

마. 청구법인은 송달의 적법성 자체를 다투는 것이 아니라, 처분청의 형식적인 대응으로 인하여 청구법인이 쟁점거래가 가공거래가 아님을 실질적으로 소명기회 자체를 상실하게 된 경위를 이야기하고자 한다.

BBB은 조사 당시 청구법인의 명목상 대표자였을 뿐, 쟁점세금계산서 거래 당시실질적인 거래 경위를 알고 있는 지위에 있지 아니하였다. 그럼에도 처분청은 공문을 수령하는 과정에서 BBB에게 "본인과는 관계없는 사안이니 서명만 하면 된다"는 취지로 안내함으로써, 정작 쟁점거래의 실질을 소명할 수 있는 AAA에게 연락하거나 소명 기회를 부여하려는 노력을 전혀 기울이지 아니하였다. 과세관청은 과세처분에 앞서 납세의무자가 실질적으로 방어권을 행사할 수 있도록 적절한 대상자에게 소명 기회를 부여하여야 할 주의의무가 있음에도, 처분청은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 아니한 채 형식적인 서류 수령 절차로만 조사를 진행하였다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(쟁점1) 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

(쟁점2) 부과제척기간 10년 적용 및 부정과소신고가산세 처분의 당부

나. 관계법령

1) 국세기본법 제11조 【공시송달】

① 서류를 송달받아야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 서류의 주요 내용을 공고한 날부터 14일이 지나면 제8조에 따른 서류 송달이 된 것으로 본다.

1. 주소 또는 영업소가 국외에 있고 송달하기 곤란한 경우

2. 주소 또는 영업소가 분명하지 아니한 경우

3. 제10조제4항에서 규정한 자가 송달할 장소에 없는 경우로서 등기우편으로 송달하였으나 수취인 부재로 반송되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

② 제1항에 따른 공고는 다음 각 호의 어느 하나에 게시하거나 게재하여야 한다. 이 경우 국세정보통신망을 이용하여 공시송달을 할 때에는 다른 공시송달 방법과 함께 하여야 한다. <개정 2013.1.1>

1. 국세정보통신망

2. 세무서의 게시판이나 그 밖의 적절한 장소

3. 해당 서류의 송달 장소를 관할하는 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 같다)의 홈페이지, 게시판이나 그 밖의 적절한 장소

4. 관보 또는 일간신문

2) 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】(법률 제14382호, 2016.12.20. 개정전)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.6.7, 2014.12.23>

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

3) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

4) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

5) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

6) 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ ‘조세특례제한법’ 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

7) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

8) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

9) 건축산업기본법 제41조 【건설공사 시공자의 제한】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 건축 또는 대수선(大修繕)에 관한 건설공사(제9조제1항 단서에 따른 경미한 건설공사는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)는 건설사업자가 하여야 한다. 다만, 다음 각 호 외의 건설공사와 농업용, 축산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 건축물의 건설공사는 건축주가 직접 시공하거나 건설사업자에게 도급하여야 한다. <개정 2011. 8. 4., 2016. 2. 3., 2017. 12. 26., 2019. 4. 30.>

1. 연면적이 200제곱미터를 초과하는 건축물

2. 연면적이 200제곱미터 이하인 건축물로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 「건축법」에 따른 공동주택

나. 「건축법」에 따른 단독주택 중 다중주택, 다가구주택, 공관, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

10) 건설산업기본법 제28조 【건설공사 수급인 등의 하자담보책임】

① 수급인은 발주자에 대하여 건설공사의 완공일과 목적물의 관리ㆍ사용을 개시한 날 중에서 먼저 도래한 날부터 다음 각 호의 범위에서 공사의 종류별로 대통령령으로 정하는 기간에 발생한 하자에 대하여 담보책임이 있다. <개정 2015. 8. 11., 2020. 6. 9., 2024. 1. 9.>

다. 사실관계

1) 청구법인 및 쟁점거래처 기본사항

가) 청구법인은 2002.10.14. 시에서 개업한 법인으로 최초 대표자는 김이었다. 2014.11.1. AAA가 대표자를 역임하면서 사업장은 군 읍 내포읍으로 이전하였으며 2024.11.8. 현 대표자인 BBB으로 변경된 것으로 국세통합전산망에서 조회된다. 처분청의 종결보고서 내용에는 BBB은 AAA의 자료상 행위에 대하여 인지하지 못한 상태에서 청구법인을 인수하였고, 사업장이 폐문상태라는 내용이 확인된다. (현체납액: 19억원)

 청구법인의 법인세 신고 내용

(백만원)

나) 쟁점거래처에 관한 기본사항은 아래와 같다. 쟁점거래처 조사이력을 확인한바, 처분청에서 2023년에 DD산업과 DD토건에 대한 조사를 먼저 실시하고 청구법인과의 거래를 가공거래로 확정한 후 과세자료가 파생되었고, 이후 2025년에 청구법인과 CC개발에 대한 세무조사가 진행된 것으로 확인된다. 청구법인 외에 쟁점거래처가 과세처분에 대하여 불복을 제기한 이력은 없는 것으로 조회된다.

2) 청구법인에 대한 처분청의 세무조사 내용

가) 처분청은 청구법인의 거짓세금계산서 수수 혐의에 대하여 2025.3.24.부터 2025.6.12.까지 2015년 1기, 2기, 2016년 2기, 2017년 1기, 2기, 2018년 2기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하였다. 세무조사 결과 청구법인은 관급공사 비중³⁾이 높은 종합건설업체로 원활한 도급을 위해 외형을 크게 보이도록 쟁점거래처를 이용하여 통정에 의한 자전거래를 한 것으로 보아 처분청은 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세를 경정하였다. 쟁점거래처와 거래 외에는 실제 공사 능력을 보유한 업체로 다른 매출은 정상거래로 확인하였다.

나) 세무조사 착수 당시 청구법인의 사업장 소재지는 폐문상태로 우편물이 쌓여있어 처분청 조사팀은 장기간 사업중단으로 판단하였으며, 사업장 소재지가 동일한 CC개발 역시 사실상 AAA가 운영하고 자료상 행위에 동원된 법인으로 추정된다는 종결보고서 내용이 나타난다.

다) 처분청의 종결보고서에는 세무서장이 2024년에 실시한 북도 에 소재한 주식회사 EEE건설에 대한 세무조사과정에서 명의상 대표자 대신 AAA가 공인인증서 및 관련서류를 관리하였다는 내용이 확인된다. 세무서장은 세금계산서 수수행위에 대하여 AAA를 기고발한 이력이 있다. 그리고 처분청의 세무조사 당시 AAA의 주민등록상 주소지가 주택이 아닌 사무실이었고 우편물이 오랜기간 방치된 폐문상태인 것으로 확인하였고, 처분청은 쟁점세금계산서 수수행위에 관하여 AAA를 추가로 고발 조치하였다. 심리담당자는 처분청에 세무조사 당시 AAA에게 연락한 증빙을 보관하고 있는지 문의하였으나 제출된 서류는 없었다.

라) DD토건과의 매출(650백만원)매입(51백만원)에 대한 처분청의 종결보고서 내용

DD토건은 세무조사 결과 부분자료상으로 판명되었고 거래사실을 요청에 대한 회신이 없고, 금융조회결과에서 출금된 후 다음날 다시 입금되는 현상이 발생하고 세금계산서와 금융거래내역이 불일치하여 청구법인과의 거래를 전액 가공거래로 확정하였다.

마) DD산업과의 매출(600백만원)매입(700백만원)에 대한 처분청의 종결보고서 내용

가) DD산업은 세무조사 결과 부분자료상으로 판명되었으며 거래사실을 요청하였으나 회신내역이 없고, DD산업의 매출처 주식회사 종합건설에 대한 세무조사과정에서 대표이사가 DD산업으로부터 수취한 매입세금계산서를 XXX명의 계좌를 통해 회수한 내역이 있어 가공거래라고 인정한 사실을 확인하였다.

나) 청구법인과 DD산업의 거래 역시 금융거래내역을 신뢰할 수 없고 ZZZ의 계좌를 도관으로 사용하여 형식상 금융증빙 맞추기용으로 조작된 거래로 보아 전부 가공거래로 판단하였다.

바) CC개발(구 KK토건)과의 매입(1,873백만원)에 대한 처분청의 종결보고서 내용

CC개발은 이미 DD산업으로부터 가공매입 과세자료(DD산업 직원계좌로 자금을 되돌려준 혐의)가 존재하였고, 청구법인과 CC개발의 금융거래내역을 조사한바, 청구법인과의 세금계산서 금액과 상응하는 금융거래내역이 부족하고 CC개발에 송금한 즉시 AAA 개인계좌를 경유해 일부가 청구법인 계좌로 입금된 금융거래가 확인되어 가공매출에 상응하는 가공매입처로 역할을 한 것으로 보았다.

3) 청구법인이 제출한 증빙자료

가) 청구법인은 쟁점거래1과 관련하여 DD토건이 ZZ산업 등에 주문한 레미콘 약정서와 청구법인의 교육지원청 채권 가압류 결정문(지방법원 지원)을 대금증빙근거서류로 제출하였다. 쟁점거래1의 공급대가는 56백만원이고, 주문약정서 금액은 단가 64,000원만 기재되어 있어 총 금액은 알 수 없다.

나) DD빌라 1차 관련

(가) DD빌라 1차(다세대주택)는 읍 리 726-1, 726-5에 소재한 공동주택 2동으로 건축물 대장을 열람한바, 토지소유주는 박 외 2인에서 2016.6.27. DD토건(KKK신탁)으로 변경된 이력이 확인되고 건축주는 KKK신탁, 공사시공자는 청구법인으로 나타난다.

(나) 청구법인은 건축허가 및 착공신고필증, 최초시공사인 ㈜QQ종합건설의 공사대금포기각서, DD토건과 청구법인간의 공사계약서(16억원)를 제출하였다.

(다) 청구법인은 최초 시공사 ㈜QQ종합건설에서 기초 및 골조공사를 진행하고 이후 시공권을 승계한 ㈜WW종합건설에서는 내외장 공사를 완수하였고, 청구법인이 시공사가 된 이후에는 DD산업에 재하도급을 주어 DD산업이 공사대금을 지급하고, 청구법인은 관리용역 수행 대가로 35백만원의 수수료(계좌거래내역 첨부)와 DD빌라 1차 중 301호(등기부등본 제출)를 대물변제 받았다고 주장하고 있다.

(라) 청구법인은 DD토건이 작성한 공사실적명세서와 청구법인의 하자보증서를 제출하며, 실제 공사용역이 있었다고 주장한다.

다) DD빌라 2차 관련

(가) DD빌라 2차는 군 읍 리 464-32 외 1에 소재한 공동주택으로 토지주, 이과 청구법인이 2018.1.31. 공사계약서(도급금액: 1,320,000,000원, vat 포함)를 체결하였으며 XXX명의 신협 대출금 220,000,000원으로 하도급 업체들에게 공사대금을 직접 지급하였다고 주장하며, ZZZ의 대출거래약정서(금융거래 포함), 공사실적 명세서 등을 제출하였다.

(나) 청구법인은 DD빌라 2차 공사대금내역서 (비목별 공사대금내역서 등 총 33페이지 내부자료)와 DD토건과 청구법인 간 정산(작성일, 서명날인 없음)을 증빙자료로 제출하였다. DD토건정산내역은 DD빌라 2차 외에 다른 현장도 함께 기재되어 있어 쟁점거래3 관련 세금계산서 금액과는 일치하지 않는다.

라) DD사옥 관련

청구법인은 DD토건과 체결한 도급계약서와 용도변경허가서 및 현장사진을 제출하였고, 공사대금 미지급으로 해당거래에 대한 금융자료는 없다고 소명하였다. 청구법인이 쟁점거래4로 인해 DD토건에 발행한 세금계산서는 공급가액은 2억원으로 도급계약서 금액과는 일치하지 않고 금액산정기준은 불분명하다.

마) CC개발 관련

CC개발과 청구법인은 공사 전문성 확보를 위해 하도급계약을 체결하는 관계로 CC개발이 청구법인의 철근콘크리트 공사 하도급을 맡은 업체이며 하도급관계도와 쟁점세금계산서 관련 거래내역을 아래와 같이 제출하였다.

4) 심리담당자는 최초 공사계약서 외에 청구법인과 쟁점거래처들간 체결한 계약서, 기성청구 내역 및 쟁점세금계산서 발급 및 수취금액에 대한 산정 근거와 정산서류 등이 있는지를 문의하였고 2026.7.21. 청구법인은 아래내용을 작성한 2차 항변서와 추가제출자료를 제출하였다.

가) 가공세금계산서는 실제 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서만 발급·수취한 경우를 의미하나, 청구법인은 종합건설업 등록업체로서 DD빌라 1,2차 및 DD사옥 신축공사와 공기업의 건설용역 등 실제 시공용역을 수행하였다.

(가) DD토건과의 거래 배경

DD빌라 1차 공사에는 타일공사를 담당한 오뚜기타일이 하도급업체로 참여하였는데, 공사대금이 지급되지 못하는 상황이 발생하여 관련 업체들 간에 정산 경위에 관한 내역이 오간 사실이 확인된다. 아래 DD토건이 발송한 내용증명을 보면, 청구법인은 오뚜기타일로부터 타일공사에 관한 견적서를 직접 접수하고, 그 공사내역에 따라 보증보험을 발행하는 등 하도급공사 관리업무를 실제로 수행하였다.

(나) 또한 DD토건·DD산업의 내부자료에 나타난 공사별 하도급업체 미지급금액을 살펴보면, 이는 실제 건설공사에 투입된 비용 내역을 그대로 반영하고 있어 이 사건 쟁점거래가 실물거래에 기초한 것임을 알 수 있다.

(다) 특히 하도급업체별 미지급금액의 합계는 청구법인에게 발급된 세금계산서상의 공급가액과 상당 부분 상응하는 수준을 보이고 있는바, 앞서 제출한 DD빌라 공사실적명세서 상 당년도 기성액 660백만원이 실제 공사에 소요된 비용을 근거로 산정된 것임을 뒷받침한다. 만약 실물거래 없는 가공거래에 불과하였다면, 애초에 하도급업체별 미지급금액이라는 실제 공사비용 내역 자체가 DD 측 내부자료에 존재할 수가 없다. 더욱이 그 미지급금액이 청구법인에게 발급된 세금계산서상 금액과 상응하는 수준으로 나타난다는 것은, 사후적으로 만들었다고 하기에는 어렵다. 이는 세금계산서상 공급가액이 실제 시공비용을 기초로 산정되었음을 근거하는 유력한 정황이다.

나) 청구법인이 실제거래대금을 정산받지 못하여 내용증명까지 발송하였다.

청구법인은 쟁점거래3,4와 관련하여 거래대금을 지급받지 못하자, 2019.10.21. DD토건에게 미정산 대금의 지급을 촉구하는 내용증명을 발송하였고, DD토건은 2019.10.24. 회신을 통하여 위 채권의 존재 자체를 인지·인정하였다. 만약 실물거래 없는 가공거래에 불과하였다면, 청구법인이 애초에 존재하지도 않는 채권을 회수하기 위하여 내용증명까지 발송할 이유가 없고, DD토건 역시 존재하지 않는 채무를 스스로 인정하는 회신을 보낼 이유가 없다. 실물거래 없이 형식적으로만 세금계산서를 주고받는 관계였다면 대금을 둘러싼 이와 같은 분쟁과 채권 확인 과정이 발생할 수 없다는 점에서 이는 이 사건 거래가 실제 공사이행에 따른 정상거래였음을 보여준다.

다) 설령 가공세금계산서로 본다 하더라도 10년이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. '가공세금계산서 수취'만으로는 부족하고 별도의 적극적 부정행위가 증명되어야 한다. 즉 법인세에 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 단순히 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 이를 증빙자료로 법인세를 신고하였다는 사정만으로는 부족하고, 그 거래의 목적과 구조, 거래가 계속된 기간, 부과된 세액의 규모 등에 비추어 수입·매출을 장부에 고의로 누락하는 등의 적극적 은닉행위가 별도로 인정되어야 한다.

(가) 한편, 부가가치세에 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제·환급을 받는다는 인식 외에, 세금계산서를 발급한 자가 그 매출세액을 신고·납부하지 아니하거나 경정청구를 통해 환급받는 등으로 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있어야 한다.

(나) 이 사건에서는 실제 건축물 건설을 위한 재화와 용역의 대가로 거래가 이루어져 있고 청구법인의 견적서 내용을 기반으로 도급비가 산정되었으며, 원수급자가 하도급의 직접 지급하는 형태로 거래대금을 실제 지급하였다. 따라서 쟁점세금계산서는 실물거래가 없는 가공세금계산서가 아니다. 설령 세금계산서상 공급자와 실제 공급자가 다르다고 보더라도, 이는 공급자 명의가 사실과 다르게 기재된 이른바 위장거래 세금계산서에 해당할 수 있을 뿐이다.

(다) 청구법인에게 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받는다거나 조세수입 감소에 관한 인식이 없었다. 청구법인은 DD토건이 세금계산서에 기재된 매출세액을 정상적으로 신고·납부할 것으로 신뢰하였으며, 해당 부가가치세의 납부의무를 면탈할 것이라고 의심할 만한 사정은 전혀 없었다.

(라) 또한 청구법인은 주식회사 DD산업의 거래처매입자료에 따라 수동적으로 세금계산서를 수취하였을 뿐, 주식회사 DD산업의 조세 면탈에 협조하거나 이를 통해 별도의 경제적 이익을 취득한 사실도 없다.

(마) 따라서 청구법인에게는 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제 받는다는 인식은 물론 DD토건의 부가가치세 납부의무 면탈로 국가의 조세수입이 감소하게 된다는 인식도 없었다.

라) 결론

쟁점거래는 DD토건, DD산업, CC개발에 대한 실제 하도급계약에 기초하여 시공이 이루어지고 그 대금이 정상적으로 지급된 거래이므로, 실물거래가 없는 가공거래로 볼 수 없다. 또한 청구법인은 위 각 업체와의 실제 시공 및 용역 제공 사실, 대금 지급 사실을 객관적 자료로 충분히 입증하였으므로 ‘법인세법’ 제19조에 따른 손금에 해당하여 손금산입되어야 한다.

쟁점세금계산서가 가공거래에 해당하여 손금불산입이 유지되더라도, 청구인에게 실물거래 없이 세금계산서만을 수수한다는 인식이 있었다거나 조세를 부당하게 감소시킬 목적이 있었다고 볼 수 없다. 따라서 부당과소신고가산세율 40%를 적용할 수 없고, 일반과소신고가산세율 10%만 적용하여야 한다.

5) 심리자료 사전열람 후 청구법인은 3차 항변서를 아래와 같이 제출하였다.

가) 청구법인과 별개인 주식회사 종합건설 조세범칙혐의자 심문조서를 참고하여 ZZZ의 계좌를 도관으로 사용했다는 처분청 주장에 대해서,

(가) 쟁점거래3은 건축주 ZZZ(토지주로 등기등본제출), 시공사 DD토건, 수급업체 청구법인, 재수급업체 주식회사DD산업으로 이루어진 공사거래로 1차 항변서에 XXX부동산담보대출약정서를 제출하였고, 건설목적으로 청구법인으로 직접 지급⁴⁾되었다.

(나) 청구법인과 DD산업, 청구법인과 ZZZ의 금융거래내역에 대해 당시 청구법인의 거래처원장을 추가로 제출한다.

나) CC개발은 이미 DD산업으로부터 가공매입과세자료로 DD산업 직원계좌로 자금을 되돌려준 혐의에 대하여

당시 공사현장은 현장에 자재대금을 직원이 대금을 지급하면 DD토건 또는 DD산업에서 정산한 내역으로 거래처원장이 있다. 현장 소액결제정산으로 인하여 직원에게 자금을 되돌려준 혐의로 보이는 거래가 존재하는 것처럼 보일 수 있으나 첨부하는 자료처럼 소액으로 추정되어 가공매입과세자료로 보기 어려울 것으로 보인다.

다) 세금계산서 거래흐름 외형부풀리기 위한 자전거래에 대하여

(가) 청구법인 - DD토건은 쟁점거래1로 리 715-13 공사현장에 레미콘사용에 따른 발급받은 세금계산서이며, DD토건- 화성종합건설- DD산업은 쟁점거래 2,3,4로 DD빌라1차, 2차 DD사옥에 대한 공사에 대한 보증보험을 발행하는 역할을 하였다. CC개발은 청구법인의 하도급으로 매출처인적이 없고 매출세금계산서를 발행했어도 취소되었다. EEE건설에 대해서는 자전거래로 인정하여 세무조사당시 인정하여 제출한 서류가 없었다.

(나) 각 현장별로 시공사와 원도급자와 수급업체를 구분하지 아니하고 전체를 하나의 거래로 보아 자전거래로 본 것은 처분청 종결보고서의 잘못된 판단이다. 참고로 위 거래와 관련하여 DD토건이 보유하고 있는 세금계산서 내역을 함께 첨부한다.

라. 판단

 처분청은 쟁점세금계산서를 가공거래로 확정한 청구법인의 부가가치세 세무조사 결과에 따라 파생된 과세자료에 대하여 쟁점세금계산서를 법인세 익금과 손금에서 제외하여 법인세를 과세하였으나,

 ‘법인세법’ 제66조제2항은 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하여야 하며, 제3항은 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다.

 대법원은 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 판시한바 (대법원2005두16406, 2006.4.14.),

   청구법인은 2017년 3월에 DD토건과 DD빌라 건설 도급계약서를 체결하였고, 2018년 1월에는 토지주 ZZZ과 DD빌라 2차 도급계약을 직접 체결한 사실이 있으며, 건축물대장상 공사시공자도 청구법인이며 청구법인이 DD빌라에 대한 하자보수보증서도 확인된다. 또한, 청구법인은 쟁점세금계산서를 공사현장별로 구분하여 쟁점거래처들과 하도급 관계, 대금정산내역 등을 상세하게 소명하였고, 이러한 과정에서 청구법인이 공사현장에 개입한 정황들이 다수 나타난다.

   그런데 처분청은 2025.3.24.부터 2025.6.12.까지 실시된 청구법인의 부가가치세 세목별 조사결과에 따라 쟁점세금계산서가 가공거래로 확정된 과세자료를 수보하고, 쟁점세금계산서 거래 당시 대표자에게 거래관계에 대한 소명자료를 요구하거나 청구법인과 쟁점거래처들 간에 계약내용 및 공사현장별 발급 및 수취된 세금계산서에 대한 상세한 검토를 하지 않고 일률적으로 쟁점거래처와의 거래를 모두 가공거래로 확정하여 법인세를 고지한 잘못이 있어 보인다.

   다만, 청구법인이 제출한 증빙자료들만으로는 청구법인이 발급수취한 쟁점세금계산서의 금액과 정확히 일치한다고 볼 수 없고, 구체적인 건설용역의 실제 공급자와 금액을 특정하기에는 부족한 것으로 보이므로 각 공사현장별로 공급자를 확인하여 쟁점세금계산서 거래 건별로 가공거래인지 위장거래인지를 먼저 판단한 후 실제 청구법인의 법인세 과세표준과 세액을 재조사하고, 그 결과에 따라 제척기간 적용여부를 검토하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 ’국세기본법‘ 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.