이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. A주식회사(이하 ‘청구법인’이라 한다)는 1999. 12. 22. 개업한 화공약품, 전자재료 제조업을 영위하는 법인이며, 현재 충남 B시 C구에 소재하는 계속사업 법인이다.

나. D지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2025. 9. 18. ∼ 2026. 1. 15. 기간 동안 청구법인에 대하여 2021년 ∼ 2024년 과세연도 귀속 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 접대비 및 복리후생비로 손금 처리한 법인카드 사용액 2021년 4,110,000원, 2022년 209,806,166원, 2023년 320,173,435원, 2024년 457,408,874원과 청구법인이 리조트 및 레저보트 임차 명목으로 세금계산서를 수취하고 복리후생비로 손금 처리한 2022년, 2023년, 2024년 각 90,000,000원을 업무무관비용으로 확정하였다.

다. 조사청은 상기 조사 결과에 따라 청구법인 관할관서인 B세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)에게 상기 업무무관비용 총 1,261,498,475원을 손금불산입 경정하고, 이를 귀속불분명으로 보아 당시 청구법인의 실질적인 대표이사였던 E(’70년생, 남)에게 인정상여 처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지할 것을 통보하였다.

라. 처분청은 조사청의 통보 내용대로 청구법인의 법인세를 경정하고, 2026. 3. 12. 청구법인에게 E 인정상여 처분 관련 소득금액변동통지(원천징수 예상세액 500,301,478원)를 하였다(수령일 2026. 3. 17.).

마. 청구법인은 소득귀속자 E 관련 소득금액변동통지에 불복하여 2026. 4. 30. 이 건 이의신청을 청구하였다.

2. 청구인 주장

가. 사실관계

1) 청구법인의 현황

청구법인은 2025년 상반기 M&A에 의해 F로 최대주주가 변경되었고, 2025년 하반기 현재의 G 단독 대표이사 체제로 재편되었다. 그리고 2025. 10. 90% 무상감자를 단행하여 전 경영진인 E, H와 완전히 결별하고 새로운 이사회로 재편되었다. 하지만 이러한 회생 노력에도 불구하고 아직 전 경영진이 끼친 손해 약 700억 원이 누적결손금으로 남아 있어 이를 해소하기 위해 노력 중이다.

2) 전 경영진의 현황

전 경영진인 E과 H는 520억 원대 자금 유용 및 무자본 M&A 혐의로 D중앙지검 반부패수사3부의 수사를 받고 있으며, 그 중 H는 2025. 11. 검거되어 구속기소 되었고, 전 대표이사인 E은 검찰수사 착수 후 잠적하여 현재 도주 중인 상태이다. 검찰은 이들의 모든 재산에 대하여 추징보전(압류) 하였다.

나. 관련법률에 대한 의견

1) 직접부과대상의 사전 검토의무

‘소득세법’ 제80조제2항은 조항이 규정한 각 호에 해당하는 경우 과세관청이 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 직접 경정한다고 명시하고 있다. 이는 법인에 원천세를 부과하기 전에 원천징수가 불가능한 예외적인 상황에 해당하는지 여부를 사전에 먼저 판단하여야 한다는 의무조항이며, 실질과세의 원칙을 구현하기 위한 조항이다.

2) 과거 결정 관행

과거 과세관청은 원천징수의무자가 본래의 납세의무자로부터 현실적으로 세액을 징수하였는지 여부나 징수가 가능한지 여부를 불문하고 일괄적으로 법인에게 원천징수의무를 부여하여 왔다. 이러한 행정편의주의적인 관행은 헌법상 재산권 보호는 물론 국세기본법에 명시된 실질과세원칙에도 위배되고 피해자인 법인에게 가해자의 세금까지 대납하게 하는 불합리한 결과를 초래하여 왔다. 상기 처분청의 민원 답변 또한 검토의무를 무시한 관행에 따른 답변에 해당하는 것이다.

3) 국세청 결정례(적부-국세청-2023-0006, 2023. 4. 5.)의 새로운 의미

  하지만 최근의 국세청 과세전적부심사청구 결정례는 과거의 행정편의적인 원천징수 관행에서 벗어나 ‘실질과세’와 ‘납세자 권리보호’를 우선하여 원천징수의무자가 현실적으로 징수하기 어려운 객관적 상황이 인정된다면 국가가 직접 원 납세의무자에게 부과‧징수할 것을 지시하고 있다. 특히, 국세청 본청의 결정이라는 특수성은 본청에서 시달하는 업무처리지침의 성격을 가지므로 이 결정은 하위 관서에서 유사한 사례에 대한 처리과정에서 반드시 적용해야 하는 새로운 해석기준이자 실무지침이다.

다. 국세청 결정례와 청구법인의 상황 비교

1) 인적관계의 단절 및 경제적 절연 상황

국세청 결정례의 판단은 근로자가 이미 퇴직하여 법인과 일체의 고용관계가 존재하지 않는다는 점을 직접과세의 근거로 보았다. 청구법인의 경우 M&A로 인한 주주‧경영진 교체 및 90% 무상감자(주식소각)를 통해 전 경영진과의 경제적‧법률적 이해관계가 완전히 소멸되었으며, 지급해야 할 퇴직금이나 급여 등 ‘원천징수할 재원’ 역시 전무하다.

2) 원천징수의무 이행의 물리적‧적대적 불능 상태

결정례의 판단은 법인이 수정신고 협조요청을 했으나 거부당했고, 손해배상 소송이 진행 중인 적대적인 관계에서 징수 이행이 어렵다고 인정하였다. 청구법인의 경우 당사자들이 현재 배임 및 횡령 혐의로 지명수배 및 도주 중인 피의자 신분이며, 수사기관조차 신병을 확보하지 못한 자에게 법인이 세무상 협조를 얻는다는 것은 물리적으로 불가능하다. 이는 단순 소송 관계보다 훨씬 극단적인 적대관계에 해당한다.

3) 국가기관에 의한 소득귀속의 객관적 확정

  결정례의 판단은 소득귀속자가 기한후 신고서를 제출하여 해당 소득이 본인에게 귀속되는 것임을 스스로 인지하였다는 점을 중요하게 보았다. 청구법인의 경우 도주 중인 자가 스스로 제세를 신고하는 것은 헌법상 자기부죄금지원칙에 비추어 기대할 수 없는 것이며, 이미 검찰이 구속영장을 발부하고 재산을 압류한 사실로 공신력 있는 국가기관에 의해 그 소득이 법인자금의 사적 유출로 인한 ‘상여’임이 객관적으로 확정된 것이고, 당사자 역시 도주라는 행위로 이를 인정한 것이므로 자발적인 제세 신고보다도 훨씬 더 확실하게 소득이 자신의 귀속임을 인지한 것이다. 더구나 사안의 긴급성으로 볼 때도 이러한 경우 즉시 귀속자에게 과세하여 조세채권을 확보하는 것이 타당하다.

라. 실질과세원칙 위배 및 행정편의주의적 과세의 부당성

1) 원천징수 재원의 부존재와 강제징수의 모순

가) 원천징수는 ‘지급할 금원’이나 ‘유보된 금원’이 있을 때 성립하는 개념이다. 이러한 재원이 없는 상황에서 법인에게 원천세를 과세하는 것은 ‘원천’이 없는 ‘징수’를 강요하는 것이다.

나) 지급해야 할 퇴직금이나 급여 등 ‘원천징수할 재원’이 전무한 상태이고 전 경영진이 끼친 막대한 규모의 손해액을 무상감자 등을 통하여 최대한 보전하였음에도 아직 700억 원이 넘는 결손금이 남아 있어 회사의 존립이 위태로운 상황에서 청구법인에게 원천징수의 책임까지 지우는 것은 국가가 공권력을 동원하여 횡령의 피해자인 법인(주주 및 채권자)의 재산을 강제로 빼앗아 가해자인 전 경영진의 세금빛을 대신 갚아주도록 강요하는 것이며, 이는 조세정의에 정면으로 배치되는 모순적인 행태이다.

2) 사적 구제수단(구상권)의 허구성과 국가의 징수의무

  과세관청은 통상적으로 “법인이 우선 대납한 후 귀속자에게 구상권을 행사하여 회수할 수 있다.”라는 입장을 견지해 왔으나, 이는 아래와 같은 이유로 실질과세의 원칙을 정면으로 위배하는 행정편의주의적 발상에 불과하다.

가) (구상권 행사의 실질적 불능) 청구법인의 전 경영진은 현재 520억 원대의 법인자금 유용 혐의로 수사를 받고 있으며, 검찰에 의해 그들의 재산 전체에 대하여 이미 추징보전(압류) 절차가 완료된 상태이다. 더구나 E은 현재까지 도주 중이다. 이러한 상황에서 과세관청이 “대납 후 구상권을 행사하라.”라고 주장하는 것은 회수가 불가능함이 명백한 실체 없는 권리를 강요하는 것이며, 결과적으로 가해자의 세금을 피해자의 재산으로 납부하게 하는 가혹한 처사이다.

나) (국가기관 간의 모순적 행정) 이미 국가기관(검찰)이 범죄수익 환수를 위해 귀속자의 재산을 확보하고 있고 확정판결까지는 충분한 시간이 있다. 따라서 동일한 국가기관인 과세관청은 국세징수법상의 확정전 보전압류나 참가압류, 교부청구 등을 통해 해당 재산에서 조세채권을 선제적으로 충분히 확보할 수 있다. 사정이 이러함에도 징수의 편의만을 위해 피해자인 청구법인에게 대납을 강요하는 것은 모순이다.

다) (행정적 직무유기를 통한 피해법인으로의 책임전가) 과세관청이 스스로의 강력한 징수 권한을 행사하지 않은 채 징수가 용이하다는 이유만으로 피해자인 청구법인에게 원천징수 의무를 지우는 것은 명백한 행정편의주의적인 발상이다. 국가가 직접 당사자의 재산에서 세금을 걷는 것은 당연한 행정적 의무임에도 그 징수 리스크를 구상권 행사가 불가능한 피해 법인에게 전가하는 것은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 위법한 처분이다.

라) (결정례에 따른 직접부과의 타당성) 국세청 결정례(적부-국세청-2023-0006)에서도 원천징수의무자가 현실적으로 징수하기 어려운 객관적인 상황이 인정된다면, 국가가 직접 납세의무자에게 부과‧징수하는 것이 타당함을 명시하고 있다. 따라서 법인에 대한 실현 불가능한 구상권 행사를 종용하기보다는, 국가가 가진 강력한 징수 및 체납처분 권한을 발동하여 귀속자로부터 직접 징수하는 것이 조세정의에 부합한다.

3) 유사한 법률의 존재로 인한 법률적용의 형평성 문제

가) ‘소득세법’ 제155조의4는 법인이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 다른 법인에 합병되는 등 지배주주가 변경된 이후 회생절차 개시 전에 발생한 사유로 인수된 법인의 대표자 등에 대하여 ‘법인세법’ 제67조에 따라 상여로 처분되는 소득에 대해서는 소득세를 원천징수하지 아니한다고 규정하고 있다. 물론 이는 회생절차라는 예외적인 상황을 규정하고 있는 것이지만 기본 내용에 있어서 청구법인의 경우와 비교해 보면 ① M&A에 의한 인수 및 주주변경 ② 인수 전 사유로 인한 전 대표자에 대한 상여처분 등 모든 상황이 일치한다.

나) ‘소득세법’ 제155조의4의 취지는 ‘부실기업의 정상화’와 ‘선의의 인수자 보호’이다. 청구법인 역시 90% 무상감자와 지배주주 변경을 통해 ‘실질적 회생’에 준하는 구조조정을 단행한 바 있으므로, 법 형식(회생절차 개시 여부)보다는 실질적인 상황에 근거해 ‘소득세법’ 제80조제2항의 적극적인 적용이 필요하다고 생각한다.

마. 결론

1) 상기 살펴본 바와 같이, 이 건은 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호의 요건을 완벽하게 충족하며, 국세청 결정례(적부-국세청-2023-0006)의 결정내용과도 부합한다.

2) 당초 검찰의 수사를 이유로 하여 청구법인에 대한 세무조사가 실시된 것인바 당연히 주도적 행위자에 대한 세무조사도 병행되었어야 하는 것이나, 그러하지 못하였기에 조사 종결 즉시 세액을 확정하여 당사자에 대한 조세채권을 확보함이 타당하다.

3) 또한 현재 검찰에서 E의 모든 재산에 대한 추징보전(압류) 조치를 완료하였고 확정판결까지는 충분한 시간이 있으므로 과세관청은 국세징수법상의 여러 조치를 통해 해당 재산에서 조세채권을 선제적으로 충분히 확보할 수 있다. 반면 청구법인은 국세기본법에 의거 국세우선권이 있는 국세와 달리 민사에 의한 후순위자가 될 수밖에 없고, 한 푼도 보전받지 못할 것이 명확하다.

4) 이처럼 추징보전 된 재산에서 즉시 조세채권 확보가 가능하고, 따라서 징수가능성이 명확함에도 700억 원의 결손금으로 존립이 위태로운 피해자인 청구법인에게 대납을 강요하는 것은 국가 스스로가 가진 강력한 징수 권한을 방치하는 것이자 조세정의에도 부합하지 않는 것이다.

5) 이 건 원천징수액은 결국 소득귀속자의 종합소득세 결정 과정에서 ‘기납부세액’으로 공제될 항목에 불과하다. 조세채권 확보가 시급한 현 상황에서 ‘청구법인에 대한 고지→청구법인의 대납(실질적 불능)→귀속자에 대한 최종 결정’으로 이어지는 우회적인 이중 절차는 명백한 행정력 낭비이자 실질과세 원칙에 위배되는 것이다.

6) 국세청 결정례(적부-국세청-2023-0006)에서도 원천징수의무자가 현실적으로 징수하기 어려운 객관적 상황이 인정된다면, 국가가 직접 납세의무자에게 부과‧징수하도록 하고 있다.

7) 사정이 이러하니, 이 건 소득금액변동통지금액에 대하여 피해자인 청구법인에게 소득금액변동통지하여 청구법인으로부터 징수할 것이 아니라 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호 및 같은 법 제85조제3항 단서 제2호에 의거 소득귀속자의 주소지 관할 세무서에 통보하여 소득귀속자로부터 직접 징수하도록 하는 것이 타당하다는 결정을 구한다.

3. 조사청 의견

가. 이 건 상여처분 및 해당 근로소득세 원천징수는 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호 적용대상이 아님

1) ‘소득세법’ 제80조제2항제2호가 규정하고 있는 내용은 ‘같은 법 제137조(근로소득세액의 연말정산), 제137조의2(2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람에 대한 근로소득세액의 연말정산), 제143조의4(공적연금소득세액의 연말정산), 제144조의2(과세표준확정신고 예외 사업소득세액의 연말정산), 제145조의3(연말정산 사업소득의 원천징수시기에 대한 특례), 제146조(퇴직소득에 대한 원천징수 시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급 등)에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업‧행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우’에 관한 것이다.

2) 하지만 이 건 상여처분의 소득 성격은 ‘소득세법’ 제136조(상여 등에 대한 징수세액)와 관련되는 것으로, ‘소득세법’ 제80조제2항제2호의 적용 대상이 아니다.

3) 또한 이 건은 폐업이나 행방불명 등에 해당하지 않는바 원천징수의무자로부터 원천징수하기 어려운 상황이라고 볼 수도 없다.

나. 소득금액변동통지를 받은 시점에 현실적으로 상여처분에 대한 원천징수가 불가능하였더라도, 이러한 사정이 법인에 대한 원천징수의무를 소멸시키는 것은 아님

1) 청구법인은 계속사업 중인 법인으로, E에게 처분된 상여 등은 청구법인에게 소득금액변동내용을 통지하여야 하는 것이고, 청구법인은 통지를 받은 소득금액변동내용에 따라 통지를 받은 익월 10일까지 원천징수세액을 납부하여야 한다.

2) ‘소득세법’ 시행령 제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지)는 법인세법에 의하여 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어 처분되는 상여 등은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 등이 그 결정일 또는 경정일로부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다고 규정하면서, 다만 당해 법인의 소재지가 분명하지 않거나 통지서를 송달할 수 없는 경우 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

3) 법령에 명확하게 규정되어 있고, 단순히 E이 도주 중이거나 퇴직하여 현실적으로는 상여처분에 대해 원천징수의무자인 법인으로부터 원천징수가 어렵다고 하더라도, 이러한 사정이 법인에 대한 원천징수의무 자체를 소멸시키는 것은 아니다.

다. 결론

  청구법인의 전 대표자 E에게 처분된 상여는 청구법인에게 소득금액변동통지 하여야 하는 것이고, 청구법인은 소득금액변동내용에 따라 통지를 받은 익월 10일까지 원천징수세액을 납부하여야 하는 것인바, 이 건 소득금액변동통지는 정당한 처분에 해당한다.

(조사청 의견에 대한 청구법인 항변)

가. 인정상여는 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호 적용대상이 아니라는 의견 관련

1) 이는 세법의 유기적 체계를 완전히 오해한 형식적인 해석이다. ‘소득세법’ 제136조는 상여 지급 시 원천징수세액을 ‘계산하는 방법’을 규정한 조항일 뿐이다. 그리고 ‘소득세법’ 제136조제1항은 ‘근로소득에 해당하는 상여 또는 상여의 성질이 있는 급여’라고 규정하여 상여가 근로소득임을 명확히 하고 있다.

2) ‘소득세법’ 제137조(연말정산)는 해당 과세기간의 근로소득금액에 대해 연말정산을 하라고 규정하고 있다. 같은 법 제136조의 상여 또한 해당 과세기간의 근로소득이므로 당연히 제137조의 연말정산 대상인 것이다.

3) 인정상여 처분금액은 새로이 창출되어 증액되는 금액이 아니다. 정상적인 회계처리와 결산 과정을 거쳐 법인세가 신고되었다면 연말정산 과정을 거쳤을 사안이지만 이를 은폐하고 누락하였다가 사후적인 세무조사 등 결과에 따라 적출된 것일 뿐이다. 이러한 사후적인 처분이 되었다는 것은 과거 해당 귀속연도에 실시되었던 연말정산 당시 총급여액이 과소신고 및 누락되었다는 사실을 확정하는 것이다.

4) 즉, 인정상여의 발생 자체가 ‘소득세법’ 제137조 원천징수 내용에 명백한 ‘탈루 또는 오류’가 있었음을 입증하는 것으로, 이는 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호의 적용 요건을 완벽하게 충족하는 것이다. 법인세법상 모든 적출사항에 대해서는 ‘소득처분’의 과정을 거치게 되어 있다. 이러한 ‘처분’ 외에 어떠한 사항을 ‘탈루 또는 오류’로 볼 수 있는 것인지 조사청에 묻고 싶다.

나. 청구법인이 폐업하지 않아 징수가 어렵지 않다는 의견 관련

1) 조사청은 법문의 절반만 발췌하여 유리하게 해석하고 있다. ‘소득세법’ 제80조제2항제2호는 “원천징수의무자의 폐업‧행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우”를 규정하고 있다. 이는 ① 원천징수의무자의 폐업뿐만 아니라 ② 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우를 독립적인 적용 사유로 명문으로 규정하고 있는 것이다.

2) 이 건은 단순히 법인이 존속하느냐 폐업했느냐의 문제가 아니라. 소득귀속자가 ‘퇴사’ 및 ’도주‘ 상태이므로 법 조항에 명시된 ’근로소득자의 퇴사로 원천징수 이행이 어려운 경우‘에 정확히 부합한다.

다. 도주‧퇴직 시에도 원천징수의무가 소멸하지 않는다는 의견 관련

1) 조사청은 이 건 이의신청의 취지를 ’의무의 소멸 요구‘로 왜곡하고 있다. 그러나 이 건의 핵심은 의무의 소멸이 아니라 의무 이행이 어렵게 되었을 경우의 ’집행 방법의 전환‘에 있다.

2) 청구법인이 주장하는 것은 원천징수의무의 정상적인 이행이 불가능하니 그에 따른 해결방법으로 규정되어 있는 법령을 적용시켜 달라는 것이다. ‘소득세법’ 제80조제2항제2호는 원천징수의무자가 존속하더라도 ‘근로소득자의 퇴사로 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우’에는 과세관청이 소득귀속자에게 직접 결정 또는 경정해야 한다고 명문으로 규정하고 있다.

3) 조사청의 의견대로 “어떠한 경우에도 의무가 소멸하지 않으니 법인이 원천징수 납부하는 것은 당연하다.”라고만 해석한다면, ‘소득세법’ 제80조제2항제2호라는 조항은 존재할 이유가 없는 사문구(死文句)가 된다. 이 조항은 바로 이 건과 같이 법인이 원천징수를 하고 싶어도 소득자의 퇴사나 도주로 인해 원천징수할 대상(급여 등)이 존재하지 않는 ‘물리적 불능 상태’를 해결하기 위해 존재하는 것이다. 즉, 원천징수의무의 이행을 무조건 강제하는 것이 아니라 이행이 어려운 경우 해결방안을 제시해주는 것이다. 따라서 ‘물리적 불능 상태’는 해결해 주지만 의무를 이행하지 못한 것은 사실이므로 ‘소득세법’ 제85조제3항제2호에 따라 가산세를 부과하여 불이행에 대한 책임을 지게 하고 있는 것이다.

4) 상급기관인 국세청 본청이 과세전적부심사청구(적부-국세청-2023-0006) 판단에서 청구법인과 유사한 상황에 대해 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호를 적용하여 귀속자에게 직접 과세하도록 결정한 이유 역시, 이것이 의무의 소멸을 인정한 것이 아니라 법령이 정한 ‘징수 불능 상황’에 따른 정당한 법 적용이기 때문이다.

5) 따라서 조사청이 “청구법인이 원천징수의무의 소멸을 요구했다.”라는 프레임으로 이 건 사안을 왜곡하는 것은 ‘소득세법’ 제80조제2항제2호의 명문 규정을 무시하는 자의적인 법 해석이고, ‘소득세법’ 제85조제3항제2호 규정을 간과하는 것이다. 전 대표이사의 도주로 인해 원천징수 이행이 객관적으로 불가능한 이 건은 마땅히 소득세법에 의거하여 소득귀속자에게 직접 과세되어야 한다.

라. 기타 이 건의 특수성

1) 물론 청구법인 역시 지금까지의 일반적인 원천세 과세 경향을 모르는 것은 아니다. 하지만 최근 국세청 과세전적부심사청구의 예와 같이 기존의 징수편의적 성향의 행정에서 벗어나 점차 납세자의 권리를 보호하고 실질과세의 원칙을 중시하는 새로운 결정이 나오고 있다.

2) 소득귀속자인 전 대표이사는 단순한 퇴사자가 아니라, 거액의 횡령 등 범죄행위로 검찰수사 중 잠적하여 현재까지 행방이 묘연한 상태이다. 청구법인은 소득금액변동내용을 통지하거나 세액을 징수할 물리적 접점 자체가 원천적으로 상실되었다.

3) 현재 전 대표이사의 전재산은 검찰에 의해 추징보전(압류)되어 있다. 횡령액은 520억 원인데 비해 추징보전재산은 51억 원에 불과하다. 이는 청구법인이 원천세를 대납하더라도 향후 전 대표이사에게 구상권을 행사할 수 있는 가능성이 법률적‧현실적으로 완전히 차단되었음을 의미한다. 즉 청구법인이 징수를 안하는 것이 아니라 국가가 먼저 재산을 묶어버림으로써 징수를 못 하게 된 상황이다.

4) 검찰은 수사가 종결되고 재판이 종료되어야만 추징보전된 재산을 처분할 수 있으나 과세관청은 압류 등의 수단을 통해 즉시, 그리고 가장 확실하게 조세채권을 확보할 수 있는 우월적인 위치에 있다. 임시 동결 조치인 검찰의 추징보전과는 달리 과세관청의 압류는 강제 행정 처분이다. 예금의 즉시 추심은 물론 부동산의 공매도 가능하다. 전 대표이사에 대한 결정시한 지연으로 세수 일실 가능성을 높이는 효과밖에 없는, 거액의 결손이 누적되어 있는 피해자인 청구법인에게 의무를 지우는 것보다는 이미 확보된 재산이 향후 추징금으로 몰수되기 전에 조세채권으로 우선 징수하는 것이 조세행정의 효율성과 조세정의에 부합한다.

5) 이미 이 사건은 여러 차례 언론보도된 바 있다. 자칫하면 한 쪽의 국가기관(검찰)은 피해자의 피해 복구를 위해 노력하는데, 다른 쪽의 국가기관(국세청)은 피해자의 자금을 강제로 인출하여 범죄자의 개인적 세금 채무를 탕감해 주고 있다는 부정적인 인식이 형성될 우려가 있다.

마. 결론

1) 조사청의 의견은 법령의 체계적 해석이 결여되었고, 유리한 부분을 발췌하고 불리한 부분은 거론하지 않고 있으며, 상급기관인 국세청 본청의 실질과세에 입각한 최신 판단 기준을 부당하게 배척하고 있다.

2) 이 건은 소득귀속자의 수사 중 도주 및 전 재산 압류로 인해 청구법인의 원천징수 이행이 객관적으로 불가능해진 매우 특수한 사안이다. 이러한 상황에서 피해자인 법인에게 범죄자의 세금까지 대납하도록 강요하는 것은 국가 행정의 자기모순이자, 국세기본법상의 실질과세 및 납세자보호 원칙을 정면으로 위배하는 가혹한 처분이다.

3) 더구나 이러한 처분은 국민의 기본권 보장과 실용 중심의 국정운영을 강조하고 있는 현행 국정 기조와도 맞지 않는다.

4) 사정이 이러하니, 청구법인에게 소득금액변동통지하여 청구법인으로부터 원천세를 징수하는 것이 아닌 실제 소득귀속자의 주소지 관할세무서로 과세자료를 통보하는 등의 조치를 하여 실제 귀속자에게 종합소득세를 직접 부과‧징수할 수 있도록 해주길 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구법인에게 소득금액변동통지하여 원천징수의무를 부여하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 법인세법 제67조 【소득처분】

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(이하 생략)

2) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

(이하 생략)

3) 소득세법 시행령 제192조 【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】

①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제49조에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다. 다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야 한다.

② 삭제

③ 삭제

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.

4) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호및제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우

(이하 생략)

5) 소득세법 제85조 【징수와 환급】

① ∼ ② (생략)

③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」제47조의5제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국세기본법」제47조의5제1항에 따른 가산세액만을 징수한다.

1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우

(이하 생략)

6) 소득세법 제135조 【근로소득 원천징수시기에 대한 특례】

① 근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 근로소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 12월 31일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

② 원천징수의무자가 12월분의 근로소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

③ 법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 따라 지급하여야 할 상여를 그 처분을 결정한 날부터 3개월이 되는 날까지 지급하지 아니한 경우에는 그 3개월이 되는 날에 그 상여를 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다. 다만, 그 처분이 11월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 결정된 경우에 다음 연도 2월 말일까지 그 상여를 지급하지 아니한 경우에는 그 상여를 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

④ 「법인세법」제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조제2항을 준용한다.

참고) 소득세법 제131조 【이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례】

② 「법인세법」제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우: 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우: 그 신고일 또는 수정신고일

7) 소득세법 제136조 【상여 등에 대한 징수세액】

① 원천징수의무자가 근로소득에 해당하는 상여 또는 상여의 성질이 있는 급여(이하 "상여 등"이라 한다)를 지급할 때에 원천징수하는 소득세는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 종합소득공제를 적용함으로써 근로소득에 대한 소득세가 과세되지 아니한 사람이 받는 상여 등에 대해서도 또한 같다.

1. 지급대상기간이 있는 상여 등

　그 상여등의 금액을 지급대상기간의 월수로 나누어 계산한 금액과 그 지급대상기간의 상여 등 외의 월평균 급여액을 합산한 금액에 대하여 간이세액표에 따라 계산한 금액을 지급대상기간의 월수로 곱하여 계산한 금액에서 그 지급대상기간의 근로소득에 대해서 이미 원천징수하여 납부한 세액(가산세액은 제외한다)을 공제한 것을 그 세액으로 한다.

2. 지급대상기간이 없는 상여 등

　그 상여 등을 받은 과세기간의 1월 1일부터 그 상여 등의 지급일이 속하는 달까지를 지급대상기간으로 하여 제1호에 따라 계산한 것을 그 세액으로 한다. 이 경우 그 과세기간에 2회 이상의 상여 등을 받았을 때에는 직전에 상여 등을 받은 날이 속하는 달의 다음 달부터 그 후에 상여 등을 받은 날이 속하는 달까지를 지급대상기간으로 하여 세액을 계산한다.

(이하 생략)

8) 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】

① ∼ ② (생략)

③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

(이하 생략)

9) 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① ∼ ③ (생략)

④ 다음 각 호의 국세는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

1. 인지세

2. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

(이하 생략)

다. 조사내용

1) 청구법인 관련 확인된 사항은 다음과 같다.

가) 청구법인은 1999. 12. 12. D 강남구에서 개업한 화공약품, 전자재료 제조업법인으로, 현재는 충남 B시에 소재하고 있는 계속사업법인이다. 청구법인의 2025년 법인세 신고서(신고일 2026. 3. 30.)를 통해 확인되는 2025년의 당기순손실은 23,006,837,453원이고, 2025년말 기준 차기이월미처리결손금은 50,779,018,264원이다.

나) 청구법인은 개업 이후 총 9회의 대표자 변경이 있었으며 2025. 4. 9. 대표이사가 I(’77년생, 남)에서 현재 대표이사인 G으로 변경되었음이 국세통합전산망을 통해 확인되고, 2025. 3. 10. 청구법인의 최대주주가 E이 대표이사로 재직 중인 기타금융업 법인 ㈜J에서 G이 대표이사로 재직 중인 지능형로봇제조업 법인 ㈜K로 변경된 사실이 공시된 청구법인의 반기보고서(2026. 5. 15.)를 통해 확인된다.

2) 조사청은 청구법인에 대한 세무조사를 통해 청구법인이 접대비 및 복리후생비로 계상한 법인카드 등 사용액 중 일부와 레저보트 등 임차료를 법인 업무와 무관한 귀속불분명 사적경비로 확정하여 손금불산입하고, 사업자등록상 대표자가 아닌 E을 청구법인의 실질적인 대표자로 보아 E에게 인정상여 소득처분하였다.

3) 처분청은 2026. 3. 13. 조사청이 통보한 대로 청구법인에게 E 인정상여 관련 소득금액변동통지서를 발송하였다. 통지서는 2026. 3. 17. 청구법인에 송달된 사실이 우체국 등기우편 배송내역을 통해 확인된다.

4) E은 2024. 3. 29. ∼ 2024. 10. 11. 기간 동안 청구법인의 사내이사로 등재되었음이 청구법인의 법인등기사항증명서를 통해 확인되며, E이 2022년 6월부터 2025년 3월까지 청구법인으로부터 급여를 지급받았던 사실이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다.

5) E은 D 강남구 소재 조선기자재 플랜트 제조업법인 주식회사 L 등의 회사를 무자본으로 인수하여 회삿돈을 유용한 혐의(소위 ‘기업 사냥꾼’)로 검찰 수사대상이 되었고 현재 도주 중인 것으로 확인된다. 검찰은 E의 재산을 추징보전(압류)한 것으로 확인된다. 청구법인은 E에 대한 검찰의 수사기록 등 자료는 당사자 관련성이 없어 확보하지 못했다고 언급하였다.

6) 청구법인은 E 등의 범죄행위로 인해 청구법인 역시 치명적인 피해를 입은 어려운 상태에 있다고 언급하였다.

7) 청구법인은 2026년 초 처분청에 소득귀속자 E에 대한 인정상여 소득처분 관련하여 청구법인에게 원천징수하는 것이 아닌 E에게 종합소득세를 직접 부과할 것을 요청하는 민원신청을 하였고, 처분청은 2026. 4. 17. 청구법인의 민원신청은 처리 불가하다고 회신한 바 있다.

8) 청구법인은 국세청 과세전적부심사청구 결정례(적부-국세청-2023-0006)와 청구법인과의 상황을 비교한 표를 작성‧제시하였다.

라. 판단

판단에 앞서 우선 청구주장을 살펴본다. 청구법인은 도주‧잠적 중이고 재산이 수사기관에 의해 추징보전된 전(前) 대표이사에 대한 상여처분 관련 소득세를 청구법인이 원천징수하는 것은 불가능하므로, 청구법인에게 소득금액변동통지하여 원천징수의무를 부여하는 것이 아닌 소득귀속자인 전(前) 대표이사에게 직접 통지하여 곧바로 소득세를 징수하여야 한다고 주장한다.

판단을 위해 먼저 관련 법령을 살펴본다. ‘소득세법 시행령’ 제192조제1항은 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분되는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 재정경제부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다고 규정하고 있으며, ‘소득세법’ 제135조제4항은 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보는 것이라고 규정하고 있고, ‘국세기본법’ 제21조 및 제22조는 법인이 원천징수하는 소득세는 소득금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립함과 동시에 확정되는 것이라고 규정하고 있다.

  한편 ‘소득세법 시행령’ 제192조제1항 단서는 법인에게 소득금액통지를 함에 있어 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 당해 법인에 송달할 수 없는 경우에 한하여 소득귀속자에게 직접 통지하도록 규정하고 있고, 청구법인은 이 건 소득금액변동통지 시점 계속사업법인이며 실제 소득금액변동통지서가 청구법인에게 송달 완료된 사실도 있는바, 전(前) 대표이사가 청구법인에서 퇴사한 상태이고 횡령 등 사건에 대한 수사과정에서 도주‧잠적 중이며 재산이 추징보전 된 사정은 청구법인에게 소득금액변동통지하여 원천징수의무를 부여하지 않고 소득귀속자에게 직접 통지하여야 할 사정에 해당하지는 않는 것으로 판단된다.

이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합할 때, 청구법인에게 법인세법에 따라 처분한 상여 관련 소득금액변동통지를 하여 소득귀속자의 소득세 원천징수의무를 부여한 것은 정당한 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 ‘국세기본법’ 제65조제1항제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.