주 문

통지관서가 2026.2.11. 청구법인에 한 2022사업연도 법인세 9,591,833,430원 및 2023사업연도 법인세 997,740,751원의 세무조사결과통지는 청구법인이 수령한 코로나19손실보상금에 대응되는 공통손금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는「불채택」결정합니다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구법인은 1978년 설립된 비영리법인으로 B시 D구 D대로에 본점을 두고 있으며, B시 소재에 A대학R병원(이하 “R병원”이라 한다)을 운영하고 있다. R병원은 2020년 초 코로나19가 발생하자, 2020.2.11.「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」(이하 “감염병예방법”이라 한다) 제36조에 따라 BN광역시장에 의해 감염병관리기관(감염병 전담병원)으로 지정되었다.

나. 정부는 2020년 8월부터 코로나19 대응을 위한 감염병관리기관으로 지정된 의료기관, 약국, 일반영업장 등의 손실을 보상하기 위해 손실보상제도를 운영하였는데, 이에 따라 R병원은 2022년 41,291백만원, 2023년 3,876백만원의 손실보상금 합계 45,077백만원(이하 “쟁점손실보상금”이라 한다)을 수령하였다.

다. R병원은 쟁점손실보상금을 회계상 ‘의료외수익’ 중 하나인 ‘잡이익’으로 계상한 후, 2022년에는 손실보상금 41,291백만원을 손금산입하면서 대응하는 손금불산입 금액은 없는 것으로, 2023년에는 손실보상금 3,876백만원을 손금산입하면서 대응하는 금액 2,304백만원을 손금불산입하는 것으로 각 법인세 신고‧납부하였다.

라. 통지관서(이하 “조사청”이라고도 한다)은 2025.10.21.부터 2026.1.27.까지 R병원에 대한 법인통합조사를 실시하였고 그 결과 전체 의료비용(이하 “쟁점의료비용”이라 한다)이 의료수익 및 쟁점손실보상금에 대응하는 공통손금에 해당한다고 판단하고, 쟁점의료비용을 의료수익과 손실보상금(비의료수익) 비율에 따라 안분계산하여 2022년 35,128백만원, 2023년 1,234백만원 합계 36,372백만원을 각 손금불산입함과 아울러 확정급여형(DB) 퇴직연금 운용수익은 고유목적사업준비금 100% 설정대상이 아니라 50% 설정대상이므로 한도를 재계산하여 초과 금액을 각 손금불산입(2021년 535백만원, 2023년 1,944백만원, 2024년 2,341백만원 합계 5,466백만원)하였다. 조사청은 2026.2.12. 청구법인에 2020～2024 사업연도 법인세 등 총 11,645백만원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과 통지를 하였다.

마. 이에 청구법인은 2026.3.9. 본 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

(쟁점① 관련)

가. 코로나19 전담 병상 운영과 관련없는 ‘수익사업의 개별손금’까지도 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보아 안분하는 것은 수익·비용 대응의 원칙에 부합하지 않는다.

 1) 의료법인이 지급받는 코로나19 관련 손실보상금은 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 않으며(기획재정부 법인세제과-343, 2022.8.29.), 국가로부터 업무와 직접 관계없이 무상으로 받은 자산에 해당하여 비수익사업의 소득이다. 그리고 쟁점손실보상금은 의료행위나 용역 제공의 대가가 아니라, 병상확보 등 ‘미사용 병실’에 대한 보상, 즉 코로나19 대응을 위하여 병상을 확보하느라 발생한 손실을 조건이나 의무 없이 국가에서 보전해준 것이다.

 2) 이에 따라, 국세청은 코로나 손실보상금은 기회비용에 대한 보전 성격의 보상금으로서, 의료법인이 제공하는 의료용역과 대가성이 인정되지 아니하고, 관련하여 추가로 제공하는 용역 없이 국가로부터 무상으로 수취하는 것이라는 점을 종합하여 법인세법상 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다고 해석한 것이다(사전-2022-법규법인-0612, 2022.9.19.).

 3) 본건의 쟁점손실보상금의 경우도 의료활동의 제한(부작위)에 대한 보상으로 지급된 것이며, 보건복지부장관이 결정한『코로나19 치료의료기관 등 손실보상 정산 결정 통지서』상으로도 쟁점손실보상금은 ‘미사용 병상 손실’에 대하여만 구분되어 있으며 그 외 사용병상손실이나 일반환자 감소 손실, 회복기간 손실에 대해서는 모두 ‘0원’으로 산정하여 기본적으로 ‘기회비용’에 대한 보상으로 지급된 것임을 알 수 있다.

 4) 따라서 쟁점손실보상금은 실제 진료행위나 의료수익 감소와 무관하게 미사용 병상에서 발생한 손실에 한정하여 지급되었음이 명백한바, 그에 대응되는 손금, 즉 병상 미사용‧일반환자 감소 등에서 발생하는 그 기회비용에 대한 보전금에 대응하는 비용은 사실상 예정하기도 어렵다. 즉, 비수익사업에서 발생한 소득에 대응하는 개별 손금을 사실상 상정하기도 어려운 쟁점손실보상금에 대하여 조사청은 수익사업에서 발생한 소득에 대응하는 개별손금을 구분하기 어렵다는 이유를 들어 수익사업의 개별손금까지도 전부 공통손금으로 보았는바, 이는 엄연히 수익비용 대응의 원칙에 위반할 뿐만 아니라 조세심판원의 결정취지에도 정면으로 배치되는 무리한 과세에 해당한다.

나. 조세심판원은 이미 2020·2021 사업연도 코로나19 손실보상금과 관련하여, “코로나19 전담 병상 운영과 관련 없는 개별손금까지 손실보상금의 공통손금으로 보아 안분하는 것은 타당하지 아니하다”고 판단한 바 있다.

 1) 청구법인이 이미 2025.8.25. 조세심판원에 제기했던 2020, 2021 사업연도 코로나19 손실보상금 공통손금 쟁점과 관련하여 “코로나 병상운영과 관련없는 일반 의료사업(치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등)에 대응되는 개별손금 부분은 손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 불합리하다”고 명확하게 판단한 바 있다.

 2) 이는「법인세법 시행규칙」제76조제6항 및 제7항에서 비영리법인이 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분하는 경우 공통되는 익금과 손금을 구분계산하는 방법을 규정하면서, 구분계산이 되는 공통손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 정하고 있다. 따라서, 개별비용의 성격에 따라 수익사업의 개별손금인 것이 명확한 비용과 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용은 안분 대상이 되는 공통손금에서 제외되어야 하며, 이것이 조세심판원의 결정 취지라 사료된다.

 3) 그렇다면, 쟁점손실보상금에 대응하는 공통손금은 코로나19 전담 병동 운영과 관련된 비용에 국한되어야 하고, 코로나19 전담 병동의 운영과 관련이 없는 비용은 모두 수익사업의 개별손금이 되어야 하는 것이다. 그럼에도 불구하고, 본건 과세예고통지는, 위와 같은 조세심판원의 재조사 결정의 취지를 완전히 몰각하고, 코로나 병상운영과 관련없는 일반 의료사업에 대응되는 개별손금까지 전부 공통손금 범위에 포함시켜 결국 수익사업에 대응하는 개별손금까지 전부 공통손금 범위에 포함되었는바, 본건 과세예고통지는 재조사결정에 정면으로 배치되는 처분이 아닐 수 없다.

다. BN지방국세청 법인세과(이하 “처분청”이라 한다)는 상기 조세심판원 결정의 취지에 부합되도록 공통손금을 재구분하여 재경정(환급)한 사실도 있다.

 1) 처분청은, 위 나.항에서 상술한 바와 같이 조세심판원이 재조사결정을 내린 그 취지에 부합하도록, 전면 재검토를 실시한 뒤, 2025.10.27.경 추가 환급(2020년 9억, 2021년 29억 등 합계 38억)을 내어주는 후속 재경정까지 마친 사실이 있다.

 2) 구체적으로, 당시 처분청은, 재조사를 통해, 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용은 공통손금에서 제외하고 그 나머지 “코로나19 전담 병동 의료진 인건비(코로나19 진료를 담당하는 감염내과 인건비, 코로나19 병동 전담 간호사 인건비, 위 인원 관련 4대 보험료, 감염내과 관련 의료용역비, 코로나19 병동 운영 지원 병동보조원 인건비), 코로나19 병상 운영과 관련한 관리운영비(코로나19 전담 병동이 위치하였던 본관 건물에서 발생한 건물, 건물부속설비, 구축물, 기계장치 감가상각비, 전기수도료, 수선비, 연료비, 급식재료비, 피복침구비)”를 공통손금으로 판단하고, 이를 의료수익과 쟁점손실보상금으로 안분하여 과세표준 및 세액을 일부 감액하는 경정처분을 하였다.

 3) 위와 같은 처분청의 재경정은, 조세심판원의 재조사 결정에서 제시한 기준에 따라, 쟁점손실보상금 공통손금의 범위를 사실상 종국적으로 확정한 것이다. 그렇다면, 이미 조세심판원이 판시한 결정문의 취지에 맞도록 후속 재경정까지 마무리된 코로나 손실보상금의 공통손금 범위를, 그 기초적 사실관계가 완전하게 동일한 2022·2023 사업연도 조사에서 또다시 문제 삼고 종전과 같은 잘못된 과세시도를 하는 것은, 청구법인으로 하여금 다시 같은 주장을 반복하게 하고, 조사청으로서도 과거 조세심판 단계에서 배척된 논거를 재차 관철하려는 것에 다름 아니므로, 결코 타당하지 않다.

라. 본건 과세예고통지는 외형상 2022‧2023 사업연도 과세를 표방하나, 실질적으로는 2020‧2021 사업연도 쟁점을 우회적으로 재가동하는 것으로서 사실상 쟁점손실보상금의 공통손금 범위에 대한 조세심판원의 재조사결정을 잠탈하는 결과까지 초래되었다.

 1) 상기 후속 재경정 이후에도, 조사청은 청구법인의 2021～2023 사업연도 정기조사에 착수하여 후속 재경정 대상 사업연도였던 2020, 2021년도까지 포함된 코로나 손실보상금 공통손금의 범위에 관하여 전면적으로 다시 문제삼는 방향으로 접근하였다. 그러나, 위와 같은 조사청의 행위는, 적어도 2020, 2021 사업연도 귀속 손실보상금에 있어서는, 실질적인 세무조사에 준하는 “위법한 중복조사”에 해당하기 때문에, 청구법인은 국세청장에 권리보호심의를 요청하여 그 위법·부당함을 토로하고 즉시 위법한 행위를 중단하여 줄 것을 요청하였다. 이에 국세청장은 2026.1.20. 청구법인의 주장대로 조사청이 행한 조사의 실질은 위법한 중복조사에 해당한다는 취지로 ‘시정’ 결정을 내렸다.

 2) 위와 같은 국세청장의 “시정” 결정으로 인해, 처분청은 본 과세예고통지는 해당 쟁점에 관하여는 2020·2021 사업연도 부분을 제외하였으나, 그 외형만 2022·2023 사업연도 과세라 특정할 뿐, 실질적으로는 2020·2021 사업연도와 동일한 쟁점인 손실보상금의 성격, 공통손금 해당 여부, 공통손금 범위 및 안분기준에 관한 결론 자체를 다시 전부 번복하기 위하여 전제 사실을 재구성하였으며, 종전에 제출·검토되었던 자료까지 재요구·재평가하는 방식으로 이루어졌다.

 3) 청구법인으로서는 수년간 다투어 온 쟁점손실보상금의 공통손금 범위에 관하여, 조세심판원의 재조사 결정 및 그에 따른 후속 재경정까지 일련의 절차가 모두 완료됨에 따라, 동일한 기초사실관계에 대해서는 더 이상 전면 재검토가 이루어져 종전 결론이 뒤집히는 결과가 발생하리라고는 전혀 예상할 수 없었고, 그에 대한 정당한 신뢰를 형성하였다. 그럼에도 조사청은, 조세심판원의 재조사 결정은 물론 권리보호요청 결과의 취지까지 사실상 무의미하게 만들면서, 2020년부터 2024년 사업연도 전체에 걸쳐 동일한 쟁점을 반복하여 문제 삼아 청구법인에게 중복적이고 과도한 소명 부담을 재차 지우고 있어, 사실상 쟁점손실보상금의 공통손금 범위에 대한 조세심판원의 재조사 결정이 무력하게 잠탈되는 결과까지 초래된 것이다.

마. 조사청이 ‘개별손금이 명확한 비용’ 또는 ‘쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용’ 등을 재계산하기 어렵다는 사정만으로, 조세심판원의 판단 취지에 다시 정면으로 배치되는 과세시도는 결코 타당하지 않다.

 1) 조세심판원은 2020·2021사업연도 쟁점 손실보상금의 공통손금 범위에 관하여 분명하게 “수익사업 개별손금이 명확한 비용” 또는 “쟁점 손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용” 등을 쟁점 손실보상금과 관련된 공통손금 범위에서 제외하는 것이 타당하다고 판단하였다.

 2) 그런데도 불구하고, 조사청은, 본건 과세예고통지를 함에 있어, 감염내과 외 진료과목 소속 의사들인 타 진료과목 소속 교수들의 인건비나 해당 의료진의 코로나19 환자에 대한 진료수익 개별 집계 내역을 청구법인으로부터 전달받고, “해당 자료들만으로는 공통손금 여부를 정확하게 구분짓지 못하겠다”며, 진료비를 포함한 전체 의료비용을 쟁점손실보상금의 공통손금으로 결정 하에 통지하였다.

 3) 그러나, 청구법인으로서는, 전세계적으로 유례없던 코로나 전담병원으로 운영되면서, 코로나 진료가 아닌, 치과나 산부인과와 같은 일반 진료를 목적으로 내원한 환자가 코로나19 간이검사를 실시한 경우에도 코로나 환자 코드로 분류되고, 타 진료과목 소속 교수들의 주된 의료행위가 일반 환자를 대상으로 하고 있더라도 코로나 환자를 진료한 것으로 집계되는 것과 같이, 의료행위의 실질을 반영하기 어려운, 처방 전달 시스템(OCS, Order Communication System) 조회·집계 내역을 제출할 수 밖에 없었던 것이지, 이에 대하여는, 본건 세무조사를 실시하였던 조사청은 수익사업인 의료사업의 수익 중에서도 ‘코로나 수익(전체 의료수익 중 코로나 환자 진료 수익)’을 별도로 구분하여, 공통손금을 ‘코로나 수익’과 쟁점 손실보상금의 비율로 안분해야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나, 법인세법은 공통손금을 수익사업 전체의 수입금액과 기타의 사업(비수익사업) 전체의 수입금액을 기준으로 안분계산하도록 정하고 있으므로, 위와 같은 안분 방식은 법 문언에 부합하지 않는다.

 4) 즉,「법인세법 시행규칙」제76조 제6항은 공통손금(예, 코로나19 전담 병동 간호사의 인건비)을 수익사업(의료사업)의 전체 수입금액과 비수익사업(쟁점 손실보상금)의 전체 수입금액으로 안분하여 쟁점 손실보상금에 대응되는 금액을 계산하라고 정하고 있을 뿐이다. 수익사업(의료사업)의 수입금액 중에서도 일부 의료행위에서 발생한 수익을 별도로 계산하고 해당 수익만을 분모에 넣어 공통손금을 안분할 법적 근거는 존재하지 않으며, 이러한 계산 방법을 적용해야 하는 합리적인 이유도 찾기 어렵다.

바. 결론적으로, 쟁점손실보상금의 공통손금의 범위는 아래와 같이 제한되어야 한다.

  쟁점손실보상금의 성격이 ‘미사용 병상 손실’ 즉, 의료활동의 제한(부작위)에 대한 보상이므로, 코로나 전담 병상 운영과 관련 없이 수익사업의 개별손금까지도 쟁점손실 보상금의 공통손금으로 보아 안분하는 것은 타당하지 아니하며, 조세심판원이 이미 수익사업 개별손금이 명확한 비용 및 “쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용 등은 공통손금에서 제외되어야 한다”는 기준을 명확히 설시한 바 있고, 처분청 또한, 조세심판원의 재조사 결정 취지에 따라 후속 재경정까지 완료한 바 있으며, 행정상 곤란을 납세자에게 그대로 전가하여 납세자에게 불리하게 과세되는 것은 결코 허용되어서는 아니되는 바, 본건 과세예고통지는 조세심판원의 재조사 결정에 명백히 배치되어 위법·부당하다고 판단된다.

(쟁점② 관련)

 사. 퇴직연금 적립금의 운용수익은 실질적으로 자금 제공(금전 사용)을 전제로 그 대가로 지급되는 성격을 지니므로, 「소득세법」제16조제1항제12호의 이자소득으로 포섭될 수 있다.

 1)「국세기본법」제14조제2항은 과세표준 계산시 “소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용”하도록 정하고 있다. 따라서, ‘운용수익’이라는 포괄적 명칭이나 ‘퇴직연금 계정에서 발생한 수익’이라는 관리 형태만으로 일률적으로 소득구분을 정할 것이 아니라, 해당 금액이 어떤 법률관계에서 어떤 대가로 발생하였는지, 즉 금전 사용의 대가인지 여부 등 그 실질에 따라 분류되어야 한다. 그리고「소득세법」제16조제1항제12호 유형(포괄적 이자소득)에 해당하기 위하여는, ⅰ) 선행 열거된 이자소득과의 유사성, 그리고 ⅱ) 금전사용에 대한 대가로서의 성격이라는 요건이 충족되어야 한다.

 2) 그런데, 청구법인의 퇴직연금 적립금 운용에서 발생한 쟁점 운용수익은, 금융기관 예치에 따른 이자나 채권투자에서 발생하는 이자상당액 등과 같이 실질적으로 자금 제공(금전 사용)을 전제로 그 대가로 지급되는 성격을 지니므로, 명칭과 무관하게「소득세법」제16조제1항제12호의 이자소득에 해당될 수 있다.

아. 법인세과 예규를 근거로 퇴직연금 운용수익을 이자소득에서 배제하는 것은, 예규의 제도적 취지에도 부합하지 않는다.

 1) 조사청은 법인세과 예규(법인세과-983,2010.10.26.)를 근거로, “퇴직연금 적립금 운용수익은 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득에 해당하지 않는다”고 주장하나, 해당 예규의 취지는, 퇴직연금 적립금의 운용수익을 곧바로 법인의 고유소득(이자소득)에서 배제하려는 데에 있다기보다는, 퇴직연금의 법적 구조상 적립금이 신탁 등으로 운용되는 경우 그 운용수익이 원칙적으로 신탁재산에 귀속되는 소득으로서 수익자(근로자)에게 귀속된다는 점을 전제로, 그에 수반되는 과세 및 원천징수 실무를 정리하고 납세협력비용을 완화하려는 제도적·실무적 필요에서 비롯된 것이다.

 2) 따라서, 조사청이 해당 법인세과 예규만을 근거로 본 퇴직연금 적립금의 운용수익을 곧바로 이자소득에서 배제하는 것은, 본래 해당 예규의 취지에도 부합하지 않는 것이다.

자. 결론

 1) 본 건 손실보상금 관련 세무처리는 청구법인이 2022년경 경정청구를 제기한 이후, 일부 거부처분, 조세심판청구, 재조사 결정, 그리고 이에 따른 후속 재경정(환급) 처분에 이르기까지 약 3년에 걸친 모든 법정 절차를 성실히 이행한 끝에 종국적으로 확정되고 이미 권리구제를 받은 사안이다.

 2) 특히 본 건에서는 조세심판원의 재조사 결정에 따라 처분청(BN지방국세청 법인세과)이 공통손금의 범위 및 안분 방식에 관하여 관련 증빙을 제출받고 총 17회의 미팅 및 1회의 현장방문을 하는 등 실질적인 사실관계 확인과 판단을 모두 마친 후 이를 수용하여 2025.10.27. 환급이라는 후속 재경정 처분까지 완료하였으므로, 해당 쟁점은 더 이상 조사청이 임의로 번복될 수는 없는 것이다.

 3) 조세심판원의 “재조사 결정”은 그에 따른 후속 재경정 처분이 이루어짐으로써 하나의 완결된 행정결정으로서의 효력을 가지며, 해당 결정 및 후속 처분은 처분청을 기속함에도 불구하고, 현재 조사청은 사실관계의 변경이나 감사원 등 외부기관으로부터의 법령 적용 오류 지적이라는 예외 사유가 전혀 없음에도, 과거 처분청이 재조사 결정에 따라 수용하였던 공통손금의 범위 및 안분 방식을 부인하고, 나아가 조세심판청구 단계에서 이미 판단의 대상이 되어 배척되었던 과세 논리를 다시 주장하면서 다시금 동일한 쟁점을 대상으로 문제 삼는 것은 형성된 납세자의 정당한 신뢰와 법적안정성을 현저히 훼손되는 처분이 아닐 수 없다.

 4) 아울러 본 과세예고 통지에 더하여, 최근 처분청은 2020 사업연도 코로나19 손실보상금에 대하여도 다시 직권경정을 실시하여, 이미 환급된 세액 중 867백만원을 기환급분까지 포함하여 직권으로 감액(환급 취소)하는 처분을 하였다. 이는 2025.10.27. 조세심판원의 재조사결정 취지에 따라 후속 재경정으로 환급을 완료한 지 불과 얼마 지나지 않은 시점에, 사실상 분쟁을 원점으로 되돌려, 재조사결정 및 그에 따른 후속 처분의 기속력과 법적 안정성을 정면으로 침해한 것으로 결코 허용될 수 없는 것이다.

 5) 더구나, 국세부과제척기간 만료까지 3개월 이하로 임박한 상황에서 이루어진 직권경정으로 인하여, 청구법인은 과세전적부심사 청구 등 사전적 권리구제 절차를 실질적으로 보장받지도 못하고 방어권 행사의 기회 마저 박탈 당하였다. 이러한 일련의 조치는 행정권의 예측가능성과 신뢰보호를 근본으로 훼손하는 것으로서, 납세자에게 과도하고 부당한 부담을 전가하는 행정권의 일탈·남용에 해당한다고 볼 여지가 크다 판단된다.

 6) 부디, 쟁점손실보상금의 공통손금 범위에 관하여는 이미 조세심판원 재조사 결정 및 그 후속 재경정을 통하여 종국적으로 해결된 사안이라는 점과, 그 이후 세무조사결과통지를 받기 전까지 모든 전 과정에서 청구법인이 겪은 심각한 시간적·정신적 부담을 충분히 고려하시어, 본 세무조사결과통지 내용 중 위법·부당한 부분을 시정하여 예정된 과세처분을 취소하여 주시기를 간곡히 요청드리는 바이다.

3. 통지관서 의견

(쟁점①관련)

가. 쟁점의료비용을 공통손금으로 보아 의료수익과 손실보상금 비율로 안분계산하여 쟁점손실보상금 비율에 해당하는 금액을 손금불산입하는 것이 타당하다.

 1) 청구법인은 2020·2021 사업연도 코로나19 손실보상금 관련 심판청구(조심2025인1130, 2025.8.25.)에서 쟁점손실보상금이 코로나19 전담 병상을 다른 일반환자들이 사용하지 못하게 되어 발생한 손실을 국가가 정책적인 목적에서 보상한 것으로 쟁점의료비용을 공통손금으로 보아 의료수익과 쟁점 손실보상금 비율로 안분계산하여 쟁점손실보상금 비율에 해당하는 금액을 손금불산입한 것은 부당하다고 이미 주장한 바 있다.

 2) 쟁점손실보상금은 의료수익에서 발생한 기회비용을 보전하기 위하여 지급된 손실보상금으로서 특정 진료 분야가 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실보전 차원에서 지급된 것인 점, 미사용 병상 손실보상금의 산정산식 중 1일당 병상단가는 급여진료비(건강보험이 적용되는 진료비), 비급여진료비, 진료비 산출연도의 연평균 신고 병상 수, 연평균 영업일수, 종별 환산지수[의료기관 종류(의원, 병원, 종합병원, 대학병원)에 따른 진료비 책정 지수] 증가율을 반영하여 산정되는 것으로 의료기관의 인건비, 관리비 등이 포함된 전체적인 의료비용이 고려되어 지급된 것으로 보이므로 청구법인이 지출한 손금이 쟁점손실보상금 금액과 무관하다고 보기 어려운 점, 청구법인이 법인세 신고시「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입으로 세무조정한 쟁점손실보상금의 경우, 이에 대응하는 개별손금은 직접 손금불산입하여야 하나, 특정한 비용이 수익사업 또는 쟁점손실보상금 중 어디에서 발생하였는지가 불분명하므로 공통손금으로 볼 수 있다(조심 2024전2610, 2024.6.29., 같은 뜻임).

 3) 또한, 청구법인은 조사청이 당초 조세심판원의 판단 취지에 정면으로 배치되는 과세시도가 타당하지 않다는 등의 주장을 하고 있으나, 이는 당해 과세전적부심사 청구 대상인 2022·2023 사업연도와 직접 관련 없는 주장이거나, 손실보상금은 특정 의료분야 수입이 아닌 전체 의료수입에 대한 손실보전 차원에서 지급된 것으로 이에 대응하는 개별손금을 특정하지 못하면 공통손금으로 안분계산하여야 한다는 심판례(조심2024광5171, 2025.10.16.)의 판단 요지에도 어긋나는 주장에 불과하다.

 4)「법인세법 시행규칙」제76조제6항은 비영리법인이 법 제113조제1항에 의해 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금을 구분 계산함에 있어서, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산(2호)하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 개별 손금액에 비례하여 안분계산(3호) 하도록 정하고 있는바,

  청구법인은 의료업을 운영하면서 감염병예방법에 따른 감염병관리기관으로 지정되었고, 그에 따라 쟁점손실보상금을 수령하였으므로, 쟁점손실보상금을 청구법인의 수익사업(의료수입)과 다른 업종을 운영함에 따른 수입으로 보기 어렵고, 기획재정부 역시 이와 동일한 취지에서 코로나19 손실보상금 관련 공통손금은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 제2호에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례 안분하여 소득금액을 계산하는 것이라고 해석(법인세제과-586, 2023.10.12.)하고 있다.

나. 공통손금을 수입금액으로 안분계산하는 방법은 수익‧비용대응원칙에도 명확하게 부합한다.

 1) 개별‧공통손금에 대한 기획재정부의 입장은 ⅰ)코로나 손실보상금(비수익사업)을 의료업(수익사업)과 동일한 업종으로 보아 공통손금으로 안분 계산하고, ⅱ) 코로나 손실보상금에 직접 귀속되는 비용은 개별손금으로 귀속이 불분명한 공통손금은 수입금액으로 안분하여 손금불산입한다고 해석하고 있다(기획재정부 법인세제과-282, 2023.5.8., 기획재정부 법인세제과-586, 2023.10.12.)

 2) R병원은 의료기관 회계기준에 따라 손익계산서 작성‧제출하고 있다. 2022 사업연도 의료수익 560,511백만원, 의료비용 511,988백만원이며, 손실보상금은 41,291백만원(비수익사업)이다. 쟁점손실보상금은 특정 의료분야의 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대하여, 인건비, 관리비 등이 포함된 전체 의료비용을 고려하여 지급한 금액이므로, 수익·비용 대응 원칙에 따라 전체 의료비용을 공통손금으로 보는 것이 합리적이다. 따라서, 전체 의료비용을 수익사업과 비수익사업 수입금액 비율로 안분계산한 금액 35,128백만원을 손금불산입하여야 한다.

 3) 공통손금을 수입금액비율 외 다른 방법으로 안분해 볼 수도 있겠으나, 어떠한 방법으로 안분하더라도 수익‧비용대응원칙에 부합하는 방법이라면 이론상으로 손금불산입 금액은 위에서 계산한 금액과 큰 차이가 나지 않는다. 차이가 크게 발생한다면 이는 수익‧비용이 대응하지 않기 때문이다.

 4) 특정 지출항목을 안분하는 것이라면 수입금액 외에 작업시간·사용시간·사용면적 등의 방법을 적용할 수도 있을 것이나, 본건의 경우에는, 전체 의료비용을 수익사업과 비수익사업으로 구분하여야 하므로 개별적 지출 건별 또는 계정과목별로 기준을 달리 적용하는 것은 적절하지 않다. 따라서,「법인세법 시행규칙」제76조제6항의 규정에 따라 수입금액 비율로 안분하는 것이 가장 합리적이다. 만약 적용 가능한 다른 방법이 있다면 이는 주장하는 쪽에서 합리적으로 입증하고 증명해야 한다.

 5) 법인세제과-282(2023.5.8.)에 따르면, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 감염병예방법 제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금불산입 대상으로 명확하게 해석하고 있다. 따라서, 2022년 쟁점의료비용 중에서 코로나 손실보상금이 차지하는 수입금액 비율만큼에 해당하는 351억원은 손금불산입 대상으로 보는 것이 타당하다.

 6) 청구법인은 단순히 쟁점손실보상금이 실제 진료행위나 의료수익 감소와 무관하게 ‘미사용한 병상’에서 발생한 손실에 한정하여 지급되었으므로 그에 대응되는 손금, 즉 병상 미사용 등에서 발생하는 기회비용에 대한 보전금에 대응하는 비용은 없는 것이라고 주장하나, 이는 기획재정부 해석의 취지와 정반대로 코로나 손실보상금을 원천으로 지출한 비용을 전부 손금산입하겠다는 주장이므로 결코 받아들일 수 없다.

다. 공통손금을 수입금액으로 안분계산하는 방법은 법인세법 시행규칙에서 규정한 비영리법인 구분경리 조항에 따른 것이다.

 1)「법인세법 시행규칙」제76조(비영리법인의 구분경리) 제6항제2호에서 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있으며, 제7항에서는 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 규정하여 수익·비용 대응 원칙이 법인세법에도 그대로 적용되는 것임을 분명히 밝히고 있다.

 2) 2022년 손금불산입 금액 계산내용을 예시로 수익·비용 대응 또는 익금·손금 대응 방법에 대하여 살펴보면 아래와 같다.

 3) 다수 심판사건(조심 2025인1130, 2025.8.25. 외)의 판단 내용을 보면, 치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등 수익사업 개별손금임이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금에 대응되지 않는 비용 등을 재계산하여 공통손금에서 제외하는 방법으로 재조사하여야 한다고 결정하였다.

  위 판단의 방법대로 재계산하려면, 청구법인의 의료수익과 의료비용을 진료과목별로 모두 구분하여야 한다. R병원에는 치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등 약 30여 개의 진료과목이 있다. 특정 진료과목 비용이 수익사업 개별손금이 명확하다고 가정해보면, 해당 진료과목 의료비용을 전체 의료비용(a)에서 차감하면서 동시에 해당 진료과목 의료수익을 전체 의료수익(b)에서 차감하는 것이 수익·비용 및 익금·손금 대응 원칙에 부합하다. 특정 의료비용을 공통손금에서 제외하려는 경우에도 마찬가지로 그 비용에 대응하는 의료수익 역시 차감하여야 한다.

 4) 청구법인의 경우, 진료과목별 의료수익과 의료비용이 명확하게 구분되지 아니하여 관련 자료를 제출할 수 없다고 소명하고 있으므로, 상기 방법으로 쟁점손실보상금 대응 경비를 계산할 수 없다. 또한, 청구법인은 구체적 근거 없이 쟁점손실보상금 대응 경비는 없다는 주장만을 반복하고 있어, 법인세법 시행규칙의 규정대로 전체 의료비용을 수익사업(의료)과 비수익사업(손실보상금) 수입금액 비율로 안분하여 쟁점손실보상금 대응 경비를 산출하는 것이 가장 합리적인 것으로 판단된다.

(쟁점②관련)

라. 퇴직연금 운용수익은 고유목적사업준비금 전액 손금산입 대상인 이자소득이 아니라 수익사업의 소득에 해당한다.

 1) 법인세법은 고유목적사업준비금 100% 한도 적용 대상을 법률상 열거한 이자소득·배당소득 등으로 규정하고 있다.「법인세법」제29조제1항은 고유목적사업준비금 한도액을 산정함에 있어, 제1호에서「소득세법」제16조제1항 각호에 따른 이자소득의 금액 등 일정한 소득을 별도로 규정하고, 제2호에서 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 일정률을 곱한 금액을 구분하여 규정하고 있다. 따라서 어떤 소득이 제1호의 전액 손금산입 대상에 해당하는지는 엄격하게 법문에 따라 판단하여야 한다.

  이에 따라 소득세법을 확인해보면 퇴직연금 운용수익금은 명확히 이자소득과는 다른 소득으로 규정하고 있는 것을 알 수 있다. 「소득세법 시행령」제51조 제3항 제4의2 다목에 따르면 확정급여형 퇴직연금제도의 보험차익과 신탁계약의 이익 또는 분배금은 그 소득의 성격에도 불구하고 총수입금액에 산입한다고 규정되어 있다. 이는 퇴직연금 운용수익을 일반적인 이자소득과 동일하게 취급하지 않겠다는 법체계를 보여주는 것으로 이를 이자소득으로 보아 고유목적사업준비금 100% 한도를 적용할 수는 없다.

 2) 퇴직연금 운용수익은 통상의 예금이자나 금전 사용에 대한 대가와 같은 성질로 보기 어렵다. 청구법인은 퇴직연금 운용수익이 자금 제공을 전제로 그 대가로 지급되는 성격을 지니므로「소득세법」제16조제1항제12호 규정에 따라 유사 이자소득에 해당한다고 주장하나, 확정급여형 퇴직연금의 적립금은 사용자가 근로자의 퇴직급여 지급 재원을 확보하기 위하여 법령에 따라 사외 적립·관리하는 자금으로서 사용자는 매 사업연도 말 적립금 수준을 확인하고, 최소적립금 이상을 적립해야 하는 것으로 일반적인 금전 대여로부터 발생하는 사용 대가와는 제도적·경제적 성격이 현저히 다르다. 따라서 퇴직연금 운용수익을 금융기관을 통하여 운용되었다는 사정만으로 소득세법에 따른 유사 이자소득에 해당한다고 할 수 없다.

 3) 퇴직연금 적립금은 이미 별도로 손금 산입 대상으로 규정하고 있다. 「법인세법 시행령」제44조의2는 퇴직연금 적립금 중 일정한 금액을 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 즉, 본래 퇴직급여 지급을 위한 것으로 이미 세법상 손금산입 대상 금액에 해당한다.

  퇴직연금 운용수익은 이미 청구법인이 퇴직급여 지급을 위하여 손금으로 산입한 퇴직연금 적립금으로부터 발생하는 수익이고, 손금으로 산입한 금액의 운용수익까지 이자소득으로 보아 고유목적사업준비금에서 전액 손금 산입을 하게 된다면, 일반적인 금전 대여에 따른 이자소득과 달리 원금과 이자 모두에 대한 세제상 혜택을 중복하여 받게 되는 것으로 볼 수 있다. 이는「법인세법」제29조가 이자·배당소득과 그 밖의 수익사업 소득을 구분하여 한도를 다르게 정한 체계와도 부합하지 않는다.

마. 국세청 예규도 쟁점운용수익이 고유목적사업준비금 전액 손금산입 대상 이자소득이 아님을 전제로 하고 있다.

 1) 법인세과-983호(2010.10.26.)를 보면 비영리내국법인이 확정급여형 퇴직연금제도에 가입하고 퇴직연금 운용사업자와 신탁계약을 체결하여 퇴직연금 적립금의 운용을 위탁함에 따라 발생한 운용수익은 고유목적사업준비금을 설정함에 있어「법인세법」제29조제1항제1호 및 제2호의 이자소득 및 배당소득에 해당하지 않는 것으로 분명하게 해석하고 있다.

 2) 청구법인은 상기 예규가 납세 협력 비용을 완화하려는 제도적·실무적 필요에서 비롯된 것이라고 주장하나, 위 예규는 퇴직연금 운용수익과 동일한 운용수익에 대해 고유목적사업준비금 설정 대상 이자 또는 배당소득으로 보지 아니하고, 손금산입한 퇴직연금 부담금에 대응하는 익금으로 처리한다는 취지를 밝힌 것으로 이해된다. 위 예규는 조사청 해석 방향과 일치하며, 청구주장에 부합하는 근거로 볼 수는 없다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 1) 쟁점의료비용을 청구법인의 수익사업과 비수익사업(쟁점손실보상금)의 공통손금으로 보아 이를 안분하여 손금불산입한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

 2) 퇴직연금적립금 운용수익이 고유목적사업준비금 설정 대상 이자소득 또는 배당소득에 해당한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

 1) 법인세법 제4조【과세소득】

  ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 1-1) 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

  ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

   4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

 2) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

  ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은대통령령으로 정한다.

 3) 법인세법 제113조【구분경리】

  ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 3-1) 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

  ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분 경리하여야 한다.

 3-2) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

  ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분 계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용 항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

   1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

  ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

 4) 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

  ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

   1. 다음 각 목의 금액

    가.「소득세법」제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 5) 법인세법 시행령 제44조의2【퇴직보험료 등의 손금불산입】

  ② 내국법인이 임원 또는 직원의 퇴직을 퇴직급여의 지급 사유로 하고 임원 또는 직원을 수급자로 하는 연금으로서 재정경제부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "퇴직연금등"이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

 5-1) 법인세법 시행규칙 제23조【퇴직연금등의 범위】

  영 제44조의2제2항에서 "재정경제부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취급하는 퇴직연금을 말한다.

   1. 「보험업법」에 따른 보험회사

   3. 「은행법」에 따른 은행

 6) 소득세법 제16조【이자소득】

  ① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   3. 국내에서 받는 예금(적금ㆍ부금ㆍ예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

   9. 대통령령으로 정하는 저축성보험의 보험차익. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험의 보험차익은 제외한다.

    가. 최초로 보험료를 납입한 날부터 만기일 또는 중도해지일까지의 기간이 10년 이상으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 보험

    나. 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 종신형 연금보험

   12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것

 7) 소득세법 시행령 제51조【총수입금액의 계산】

  ③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다.

   4의2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 이익, 분배금 또는 보험차익은 그 소득의 성격에도 불구하고 총수입금액에 산입한다.

    다. 확정급여형퇴직연금제도의 보험차익과 신탁계약의 이익 또는 분배금

 8) 근로자퇴직급여 보장법 제16조【급여 지급능력 확보 등】

  ① 확정급여형퇴직연금제도를 설정한 사용자는 급여 지급능력을 확보하기 위하여 매 사업연도 말 다음 각 호에 해당하는 금액 중 더 큰 금액(이하 "기준책임준비금"이라 한다)에 100분의 60 이상으로 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액(이하 "최소적립금"이라 한다) 이상을 적립금으로 적립하여야 한다. 다만, 제14조 제2항에 따라 해당 퇴직연금제도 설정 이전에 해당 사업에서 근로한 기간을 가입 기간에 포함시키는 경우 대통령령으로 정하는 비율에 따른다.

 9) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조【감염병관리기관의 지정 등】

  ① 보건복지부장관, 질병관리청장 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」 제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.

  ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다. <개정 2010. 1.18, 2020.3.4>

  ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병 관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병 환자 등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정 규모 이상의 감염병 관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.

  ④ 보건복지부장관, 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.

 10) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】

  ① 보건 복지부 장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상 심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.

   1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

 10-1) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】

  ① 법 제70조 제1항에 따른 손실 보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.

         [별표 2의2] 손실보상의 대상 및 범위(제28조 제1항 관련)

   1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병 관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실

    가. 감염병 관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용(법 제36조 제4항에 따라 감염병 관리시설을 설치ㆍ운영하는 경우는 제외한다)

    나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

다. 사실관계

 1) 조사청의 과세예고통지 내용

  가) 청구법인은 쟁점손실보상금에 대하여 2022.10.6. 경정청구를 하였고 그 결과 재료비를 제외한 의료비용 전체를 공통손금으로 보아 일부 환급처분을 하는 등 쟁점손실보상금에 대한 공통손금 관련 경정청구 등의 진행 경위는 다음과 같이 확인된다.

  나) 조사청의 쟁점손실보상금 관련 손금불산입 산출 근거

  다) 본 건 과세예고통지에 대한 항목별 경정금액

 2) 청구법인의 수입금액 신고 내용

 3) 감염병 관리기관 지정 등 내용

  가) BN광역시장은 2020.2.11. 청구법인을 감염병 전담병원으로 지정하였고, 2020.8.18. 100병상을 확보하는 등 감염병 전담병원으로 운영하는 것으로 결정한 내용이 다음과 같이 확인된다.

  나) BN광역시장은 2020.10.19. 청구법인에게 “코로나19 대응 중증환자 전담치료병상 지정 안내” 공문을 통지하였고, 이후 보건복지부장관(코로나바이러스감염증-19중앙사고수습본부)은 2020.12.23. 청구법인을 “코로나19 거점전담병원”으로 지정 통보한 사실이 확인된다.

  다) 쟁점손실보상금에 대한 정산 결정통지서

  보건복지부장관이 결정한 통지서에 따르면 쟁점손실보상금은 ‘미사용 병상 손실’에 대하여만 구분되어 있으며, 그 외 사용병상손실이나 일반환자 감소 손실, 회복기간 손실에 대해서는 모두 ‘0원’으로 산정한 것으로 확인된다.

 4) 청구법인의 2020 사업연도 심판청구 재조사결정 주요 내용 등

  가) 청구법인은 2022.10.6. 처분청에 쟁점손실보상금(2020, 2021 사업연도 해당분)은 대응되는 손금이 없음을 사유로 경정청구를 하였고, 처분청은 재료비를 제외한 의료비용 전체를 공통손금으로 보아 일부 거부처분을 하였다. 이에 청구법인은 2025.2.13. 심판청구를 제기하여 2025.8.25. 재조사결정(조심 2025인1130, 2025.8.25.)을 받았다.

  나) 조심 2025인1130 결정문 중 “사실관계 및 판단”은 다음과 같다.

  다) 조세심판원의 재조사결정에 따른 BN지방국세청 법인세과의 후속처분

  처분청은 위 재조사결정의 취지에 부합되도록 공통손금을 재구분하여 재경정(추가 환급액 2020년 9억, 2021년 29억, 합계 38억) 결정(2025.10.27.)하였고 주요 검토내용은 다음과 같이 확인된다.

※ 처분청의 후속재경정시 안분대상 공통손금 재구분(2020, 2021사업연도)

(*1) 의료용역비 : A대학학교 전임교원인 의사의 경우, 청구법인으로부터도 급여를 받고, A대학학교로부터도 급여를 받고 있는데, A대학학교로부터 받는 급여는 청구법인이 외주용역비(의료용역비)로 A대학학교에 지급하고 있다.

  라) 기획재정부 유권해석 및 국세청 처리지침 등 내용

   (1) 기획재정부는 3차에 걸쳐 의료법인의 코로나19 손실보상금의 익금‧손금 산입 등에 대한 유권해석을 하였고 그 내용은 아래와 같다.

   (2) 국세청은 위 기재부 유권해석의 취지를 반영한 일관된 처리기준을 2023.12월 시달하였고 그 주요내용은 다음과 같이 확인된다.

.

(3) 국세청은 2025.9월 코로나 손실보상금 관련 검토요령을 마련한 사실이 확인된다.

 5) 조사청의 법인세 통합조사 실시

  가) 조사청은 청구법인에 대하여 2025.10.21.부터 2026.1.27.까지 2022, 2023 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였다.

  나) 조사청의 조사과정 중에 2020, 2021 사업연도의 손실보상금에 대하여는 실질적인 세무조사에 준하는 “위법한 중복조사”에 해당한다고 보고 국세청장에 권리보호심의를 요청하였고, 국세청장은 2026.1.20. 청구법인의 주장대로 조사청이 행한 조사의 실질은 위법한 중복조사에 해당한다는 취지로 ‘시정’ 결정을 한 사실이 아래에서 확인된다.

  다) 청구법인이 의료기관 회계기준에 따라 작성한 2022‧2023사업연도의 손익계산서는 다음과 같이 확인된다.

  라) 조사청은 청구법인에 심판재조사결정 취지대로 “개별손금임이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금에 대응되지 않는 비용”에 대한 자료제출 요구를 하였고, 청구법인은 “진료과목별 의료수익과 의료비용이 명확하게 구분되지 아니하여 관련자료를 제출할 수 없다”고 소명(전산상 추출 불가)하면서 그 사유에 대하여 아래와 같이 소명한 것으로 확인된다.

  마) 조사청은 청구법인이 위와 같이 쟁점손실보상금 대응 경비를 계산할 수 없다고 소명하고 있어 법인세법 시행규칙에 따라 청구법인이 신고한 의료비용 전체를 공통손금으로 보았으며 그에 대한 구체적인 이유는 ‘쟁점손실보상금은 특정 의료분의 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대하여 인건비, 관리비 등이 포함된 전체 의료비용을 고려하여 지급한 금액이므로 전체의료비용을 공통손금으로 보아야 한다“고 설명하고 있다. 2022 사업연도 공통손금 안분계산한 방법은 아래와 같이 확인된다.

  바) 한편,「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령」제28조에서 쟁점손실보상금의 대상과 범위에 대하여 규정하고 있고, 그 대상은 감염병 관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치 및 운영으로 발생한 손실이며, 구체적인 범위는 ① 감염병 관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치 및 운영으로 발생한 비용과 ② 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료‧진료‧격리로 시설‧장비‧인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용이라고 규정하고 있는 것으로 확인된다.

  사) 청구법인이 코로나19 전담의료진에 대하여 다음과 같이 운영하였다고 주장하고 있다.

  코로나 지정병동에는 ‘간호사’만 전담으로 배치되었으며, 전문의 등 기타인력은 입원한 코로나 환자를 진료할 때에는 코로나병동으로 이동하여 진료를 보았다.

   (1) 2022～2023년 코로나 지정병상

  전국적으로 코로나 환자 발생 증감에 따라 코로나 지정병동은 유동적이었다. 당시 코로나 지정병동은 ‘본관’ 건물에만 지정되었다.

   (2) 코로나19전담 병상 간호직

  코로나19 지정병동에는 간호사(병동보조)만 일부 전담인력으로 배치하였다.

   (3) 전문의, 전공의, 방사선사 등 기타인력

  전문의/전공의/방사선사 등 기타인력이 코로나19 전담병동 의료진으로 배치된 적 없으며, 일반 외래 진료실에서 외래진료를 보았다. 다만, 코로나환자는 코로나전담 병동에 입원해 있기 때문에, 담당의료진이 병동 출입 전 감염 노출이 되지 않도록 안전보호구, 마스크, 일회용 가운 및 장갑 등을 착용하고, 퇴실시에는 소독을 하는 방식으로, 직접 코로나병동에 출입해서 진료를 보았을 뿐이다.

 6) 처분청의 환급취소 후 재고지(부과제척 기간 임박 2020 사업연도분)

  처분청은 당초 2020, 2021 사업연도에 대한 조세심판원의 재조사결정에 따라 재경정 후속처분(환급결정)에 대하여 환급결정을 취소하고 조사청의 과세논리를 그대로 적용하여 부과제척기간이 임박한 2020사업연도에 대하여 2026.2.23. 예상고지세액 867백만원에 대하여 과세예고통지를 하였고, 2026년 3월말 납기로 고지서를 발부하였고, 청구법인은 2026.3.31. 법인세 867백만원을 납부한 사실이 확인된다.

 7) 확정급여형 퇴직연금 운용관리계약 체결

  청구법인은 신한은행과 확정급여형(DB) 퇴직연금 운용관리계약을 체결한 것으로 확인되며, 청구법인은 퇴직연금 운용수익을 이자소득 등으로 볼 수 있다고 주장하면서 그 근거로 퇴직연금 운용관리계약서상 2개의 조항을 제시하고 있다

  가) 제7조 제2항에서 적립금의 운용방법으로 ”예/적금“, ”최저보증이율 등의 형태로 원리금의 지급을 보장하는 보험계약“등을 명시하고 있으며,

  나) 제13조에서는 재정건전성 확보를 규정하고 있는데, “사용자는 제1항에 따른 확인 결과 적립금이 기준책임준비금을 초과한 경우 그 초과분을 향후 납입할 부담금에서 상계할 수 있으며, 적립금이 기준책임준비금의 100분의 150을 초과하고 사용자가 반환을 요구하는 경우 은행은 그 초과분을 사용자에게 반환할 수 있다”는 조항을 제시하고 있고, 퇴직연금 운용수익은 명칭과 관계없이 경제적 실질에 있어 ‘금전 사용의 대가’ 즉, 이자 또는 이자상당액으로 평가될 수 있다고 주장하고 있다.

라. 판단

 1) 공통손금 범위에 대한 판단

  가) 관련 법령

 「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 및 제7항은 비영리법인의 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분하는 경우 공통되는 익금과 손금을 일정 기준에 따라 구분 계산하도록 규정하면서 그 구분계산의 대상이 되는 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 규정하고 있다.

  나) 위 법령과 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 쟁점의료비용 중 수익사업의 개별손금임이 명확한 비용과 쟁점손실보상금과 관련 없는 개별손금까지 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보아 안분하는 것은 수익․비용 대응원칙에 부합하지 아니하여 위 개별손금들을 공통손금의 범위에서 제외하고 안분계산하는 것이 타당해 보인다.

  첫째,청구법인이 받은 쟁점손실보상금 중 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업(치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등)에 대응되는 개별손금 부분을 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 불합리해 보이는 점,

  둘째, 청구법인의 경우 코로나19 전담 병동 의료진이 따로 지정되어 있었으므로, 코로나19 전담 병동을 전담한 의료진을 제외한 일반환자 진료를 수행한 의료진 등의 인건비, 코로나19 병상 운영과 무관하게 발생한 비용과 일반환자가 감소함에도 불구하고 발생하는 전반적인 병원 운영 및 관리에 따라 수반되는 비용인 관리운영비, 감가상각비, 여비교통비, 접대비, 의료분쟁비용 등은 구분계산의 대상이 되는 공통손금의 범위에서 제외되는 것이 타당해 보이는 점,

  셋째, 구체적으로 청구법인에 대한 2020사업연도와 2021사업연도의 조세심판원 재조사결정에 의거 BN지방국세청 법인세과가 행한 후속처분의 내용을 살펴보면 청구법인이 지급받은 쟁점손실보상금에 대하여 국세청 시달 지침에서 이와 대응되는 비용은 ‘내과 의사 인건비, 코로나 병상 간호사 인건비, 급식재료비, 전기수도료, 연료비 병상 설치 건물 임차료, 피복침구비, 통신비’로 구분하였으며, 이에 따라 BN지방국세청 법인세과는 청구법인이 당초 제출한 의료비용 중 코로나19 병상 운영과 관련있는 내과의사 인건비, 코로나19 전담 병동 간호사 인건비, 복리후생비, 외주 용역비, 급식재료비, 피복 침구비, 감가상각비 계정에 대하여 공통손금으로 구분하여 후속처분을 하였으므로, 통지관서는 위 후속처분 방식 등을 참고해 공통손금을 구분하여 안분계산하는 것이 타당해 보이는 점,

  한편, 통지관서는 수익사업 개별손금임이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금에 대응되지 않는 비용 등을 재계산하여 공통손금에서 제외하는 경우, 그 비용에 대응하는 의료수익도 분모인 전체 의료수익에서 차감하여야 한다고 주장하나, 「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 제2호는 공통손금의 안분기준을 “수입금액 또는 매출액”으로만 안분하도록 정하고 있을 뿐, 특정 비용에 대응하는 수익을 차감한 순액을 기준으로 안분비율을 산정하도록 규정하고 있지 않는바, 단지 해당 비용이 의료수익에 대응한다는 사정만으로 전체 의료수익을 비용 상당액만큼 차감하여 순액 지표로 재계산하는 방식은 법문언상 예정되지 않는 새로운 안분기준을 시도하는 것이어서 조세법률주의에 부합하지 않는 점,

  다) 따라서 통지관서가 청구법인에 한 세무조사결과통지는 청구법인의 손익계산서상 의료비용 중 위 공통손금을 제외한 일반 의료사업에 대응하는 수익사업 개별손금이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용 등을 재계산하여 이 비용 상당액을 청구법인이 신고한 의료비용 범위에서 제외하고, 이렇게 ‘구분된 의료비용’을 청구법인이 신고한 쟁점손실보상금과 관련된 공통손금으로 보아 안분계산하는 방식(조심 2025인1130, 2025.8.25.과 BN지방국세청 법인세과의 2025.10.27. 후속처분 참고)으로 손금불산입액을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 2) 퇴직연금적립금 운용수익의 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득 해당 여부에 대한 판단

  가) 관련 법령

 「법인세법」제29조 제1항은 고유목적사업준비금 한도액을 산정함에 있어, 제1호에서「소득세법」제16조 제1항 각호에 따른 이자소득의 금액 등 일정한 소득을 별도로 규정하고, 제2호에서 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 일정률을 곱한 금액을 구분하여 규정하고 있다.

  나) 위 법령과 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 퇴직연금적립금 운용수익이 고유목적사업준비금 설정 대상 이자소득에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

  첫째, 국세청 해석례(법인세과-983, 2010.10.26.)에 따르면 비영리내국법인이 ｢근로자퇴직급여보장법｣ 제12조에 따른 확정급여형 퇴직연금제도에 가입하고, 퇴직연금 운용사업자와 같은 법 제16조의 신탁계약을 체결하여 퇴직연금 적립금의 운용을 위탁함에 따라 발생한 운용수익은 ｢법인세법｣ 제29조 제1항 제1호 및 제2호의 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득 또는 배당소득에 해당하지 않는다고 해석하고 있는 점,

  둘째, 청구법인은 퇴직연금 운용수익이 자금 제공을 전제로 그 대가로 지급되는 성격을 지니므로「소득세법」제16조 제1항 제12호 규정에 따라 유사 이자소득에 해당한다고 주장하나, 확정급여형 퇴직연금의 적립금은 사용자가 근로자의 퇴직급여 지급 재원을 확보하기 위하여 법령에 따라 사외 적립·관리하는 자금으로서 사용자는 매 사업연도 말 적립금 수준을 확인하고, 최소적립금 이상을 적립해야 하는 것으로 일반적인 금전 대여로부터 발생하는 사용 대가와는 제도적·경제적 성격이 현저히 다른 점,

  다) 따라서 통지관서가 퇴직연금적립금 운용수익을 고유목적사업준비금 설정 대상 이자소득 또는 배당소득에 해당하지 않는다고 보아 통지한 세무조사결과는 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15 제5항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.