주 문

이건 과세전적부심사청구는 채택한다.

이 유

1. 통지내용

가. LEE종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 세종대왕 이후 수백년간 이어온 후손들 중 1934년 청구종중 LEE 원로 만오공이 조상봉경 목적으로 소유 관리하며 선산으로 사용하던 KDN종산과 ***소재 등 10필지의 임야, 묘지 66,841㎡(이하 “쟁점토지” 또는 “SN종산”이라 한다)을 통합 관리하기 위하여 규약(이하 “종중규약”이라 한다)을 제정하고 1991년 1월 청구종중을 창립하였다.

나. 청구종중은 2004년 11월 종중 결의에 따라 쟁점토지 소유권을 개인 장손 명의에서 명의신탁 해지를 원인으로 청구종중 앞으로 등기 이전하였으며, 이후 종중규약 제4조에서 정한 고유목적사업을 수행하기 위하여 지속적으로 종중활동을 하여왔다. 이후 청구종중은 2020.12.10. 통지관서에 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 접수하여 2020.12.14. 법인으로 보는 단체로 승인되었다.

다. SN시장은 2007.12.24. 쟁점토지 일대를 공원으로 조성하기 위해 토지매입과 수용보상 절차 진행을 위한 실시계획인가를 고시하였다. 이에 따른 조치로 SN시장은 2008.10.9. 청구종중에 토지보상협의를 요청하였고, 2020.12.22. 쟁점토지는 18,287백만원에 SN시에 수용되었다.

라. 청구종중은 2021.2.26. 쟁점토지의 수용보상금에 대하여 양도소득세 등 2,852백만원을 예정신고‧납부하였다.

마. 이후 청구종중은 종중소유 임야, 묘지 양도에 대하여 종중을 1거주자로 보아 양도소득세를 신고‧납부하였으나 ‘법인으로 보는 단체’로 승인된 종중의 토지양도는 법인세법 적용대상에 해당한다고 보아 경정청구를 하였고, 처분청은 2024년 7월 쟁점토지의 양도는 법인세법 적용대상에 해당하는 것으로 판단하고 경정청구를 인용결정하였다.

바. 처분청은 청구종중의 쟁점토지가 2014년에 전부 이장되어 법인세 과세제외 요건인 “과세물건 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 계속 사용” 요건을 불충족한 것으로 보고 2025.11.27. 청구종중에 2020 사업연도 법인세 4,685백만원(가산세 1,571백만원 포함)을 과세하겠다는 예고통지를 하였다.

사. 이에 청구종중은 2026.1.9. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. SN시의 공원사업으로 인하여 분묘이장 촉구에 따라 쟁점토지의 묘지 이장 후의 묘역 터 등 종산 관리 업무도 청구종중의 고유목적사업에 해당하므로 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.

 1) 청구종중은 묘지 이장(2014년 5월)전까지 SN종산에 대하여 묘역의 벌초, 제사, 묘역 관리 등 고유목적 사업에 사용하였으며 묘지 이장 후에도 부속시설 및 묘역 터 관리업무, 종산관리 등을 통해 종중 고유목적사업에 직접 사용하였다.

 2) 청구종중 규약 제4조에서 종중의 고유목적사업으로 “조상봉경의 정신과 경로사상의 바탕 위에 조상분묘와 부속시설의 영구적 보존관리와 이에 부수된 사항”을 주목적으로 하고　있다.

 3) 청구종중 총회(2005.1.29.)에서 종중 고유업무를 “SN시 종산 관리와 산소 6대 15기(산신제 1상 포함) 시향 봉향”으로 규정하였으므로 종중의 고유목적사업을 전체 분묘 및 묘역 관리와 묘역 내 존재하는 기타 부속시설(제례도구, 비석, 철조망, 울타리 경계시설 등)관리로 볼 수 있어, 묘역 터 관리도 청구종중의 고유목적사업에 해당한다.

 4) 청구종중의 1994년 개정되기 전의 규약 제4조에서 고유목적사업으로 “종중재산의 영구적 보전과 관리”가 규정되어 있었으나, SN시의 종중재산의 강제 수용으로 종중재산의 보전 자체가 힘들게 되어 규약이 개정되었으나 2005.1.29. 종종 고유업무를 “SN시 종산 관리”로 규정하였다. 특히, 산신제 상 등 일부 석물들이 이전되지 않았고, 이러한 석물 및 종산의 지속적인 관리 필요성에 따라 관리인(종중원 MM)을 두고 수용되기 전까지 울타리 및 옹벽의 붕괴 위험이 있는 묘지 및 묘역 터, 그 부대시설물 등을 지속적으로 관리하고 종중에 주기적으로 보고해 왔던바, 이 또한 고유목적사업에 해당한다.

나. 쟁점토지는 SN시의 공원조성 계획에 따라 부득이하게 이장된 후 다른 목적으로 임대되거나 다른 용도의 사용 없이 조상의 묘역터로 관리되었고, SN시의 수용절차가 길어져 이장 후 일정 기간 경과 후 보상금을 받았는바, 이는 서로 연결된 하나의 거래로 보아야 하므로 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.

 1) 쟁점부동산 처분일로부터 3년 동안 쟁점토지에 분묘가 없었더라도 쟁점법령에서 규정한 “사용”한 것으로 보아야 한다. 쟁점토지를 처분하기 위해서는 토지 수용 절차라는 일정한 기간이 필요하므로 일정기간 처분 과정을 거쳐서 처분한 경우도 “사용”의 범위에 포함하여야 한다. 쟁점토지는 일반적인 부동산과 달리, SN시의 강제적인 수용절차에 따라 매각되는 것으로 그 매각시기를 결정할 수 없다. 따라서, 부득이한 사유로 분묘를 먼저 이전하고 수용된 것으로 이는 서로 연결된 하나의 거래로 보아야 한다.

 2) 쟁점토지 처분 과정을 보면, 2008.1.30. SN시는 “묘지는 공원조성(시설물 설치 등)에 지장을 초래하므로 이장하라”는 공문을 보냈고, 청구종중은 2008.2.15. 쟁점토지 중 “산소” 매수 제외를 피력하였다. 그러나 2008.2.18. SN시는 산소를 포함하지 않고는 공원조성이 불가능하다는 공문을 보내와, 2010년에도 쟁점토지 중 산소 매수 제외를 요청하였으나 받아들여지지 않았다. 청구종중은 쟁점토지의 일부에 분묘를 유지하고 나머지 토지만 수용되기를 원하였으나 SN시에서 분묘 존치가 어렵다고 하여 공원 조성이라는 공익사업에 협조하기 위해 어쩔 수 없이 이장을 결정하였다. 청구중종은 2014년 이장한 이후 SN시측에서 쟁점토지를 바로 수용할 것으로 예상하였으나, 2014, 2018 및 2019년 세차례의 SN시측에서 공원결정 변경고시를 하는 등 SN시측의 수용시기가 계속적으로 연기되었고, 수용보상금 확정도 2020.10.9. 수용재결 시에 가서야 보상금이 확정되는 등 전반적인 수용 과정이 지체되면서 6년이라는 기간이 부득이하게 소요된 바, 2014년 이장시부터 2020년 수용시까지의 기간을 수용 과정의 절차로 보는 것이 합리적이다(심사법인 2024-0022, 2025.3.5. 참조).

 3) SN시가 2007.12.24. 및 2012.7.16. 쟁점토지가 포함된 공원의 실시계획인가고시(토지보상법 상 사업인정으로 의제)를 하여 본 쟁점토지를 강제로 수용할 수 있는 권원을 확보하였고, 향후 쟁점토지에 대하여 수용재결이 이루어진다면 수용의 개시일까지 청구종중이 분묘를 반드시 이장하여야 하고, 그렇지 않을 경우 SN시에서는 행정대집행을 진행할 수 있는데 이 경우 400여년을 모셔온 선조들의 분묘가 강제로 개장되므로 “조상분묘와 부속시설의 영구적 보존관리와 이에 부수된 사항”이라는 청구종중의 설립목적에 따라 불가피하게 수용 전에 이장을 할 수 밖에 없는 상황이었다.

 4) 2014.7.20. 청구종중 이사회에서 몇 백년 된 우리 조상이 있는 터로 SN시가 소유권을 강제로 가져가기 전까지는 조상의 얼과 혼이 남아있는 SN종산의 관리함에 소홀이 없도록 지시하여 MM을 통해 쟁점토지 분묘터를 관리하게 하였고, SN시내 중심부에 위치하여 고물상이나 버섯 재배하는 사람들에게 임대할 수 있었으나 다른 목적으로 임대하거나 다른 용도로 사용하지 아니하였고 지상권이나 저당권 등을 전혀 설정하지 아니하였다. 즉, 이장한 이후 종중의 묘역 터 관리를 수행하였으므로 이장한 날부터 수용일까지 기간은 고유목적에 사용된 기간에 해당한다.

 5) 국세청 질의회신(법인 46012-3594, 1995.9.21.)에 의하면 ‘고유목적사업에 사용하던 고정자산의 처분 전에 이전함으로써 이전일로부터 처분일까지 일시적으로 고유목적사업에 사용하지 못한 경우에는 처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보는 것’이라고 회신하였는데, 청구종중도 쟁점토지의 이전일로부터 처분일까지 분묘에는 사용하지 못한 경우이므로 쟁점법령이 적용되어야 한다.

다. 처분청의 과세 논리가 일부 타당하다고 가정하더라도 가산세 면제의 “정당한 사유”가 존재하므로 취소되어야 한다.

 1) 대법원 판례에 의할 때 가산세는 과세의 적정을 꾀하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부 의무를 부과하고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재이고, 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때에는 이를 부과할 수 없다고 판시하고 있는바, 청구종중도 양도소득세를 신고·납부한 상태에서 법인세를 신고·납부할 것을 기대하는 것은 무리이고, 법인세와 유사한 금액의 양도소득세를 납부하여 신고·납부의무를 게을리 하였다고 보기 어렵고, 양도소득세 환급 신고서를 제출받은 세무관청에서는 잘못 신고·납부된 양도소득세를 환급하여 청구종중으로서는 종중선산으로 오랫동안 사용되어 당연히 법인세도 감면받는 것으로 알았으므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

 2) 비영리법인에 대한 자산처분이익에 대한 과세 여부는 법리적인 해석이 요구되는 전문적인 영역으로 청구종중으로서는 위 법률의 부지나 오해에서 비롯된 것인데, 이에 위반의 제재를 가하는 것은 부당하고, 비영리법인의 고유목적사업에 대하여 과세 요건에 해당하는지에 해석상 견해 대립의 여지가 충분하므로 정당한 사유가 인정되어야 한다.

 3) 또한, 조세심판원의 결정(조심2021전3161, 2021.11.30.)에서 수익사업을 영위하는 청구법인이 관련 조문을 오인하여「법인세법」제60조가 아닌 제62조의2에 따른 신고납부를 하였으나, 청구법인이 쟁점토지 양도차익에 대한 납부의무를 성실하게 이행하기 위하여 법인세법 규정에 따른 양도소득과세표준 예정신고의 방법을 선택하여 신고한 것으로 보이는 점, 청구법인의 쟁점토지 양도차익에 대하여 법인세가 아닌 양도소득 신고를 함으로써 법인세 신고를 하였을 경우보다 더 많은 세액을 신고납부한 것으로 나타나는 점 등을 종합할 때 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 결정하였는바, 청구종중도 2021년 쟁점토지 양도 후 양도소득세를 신고납부하였다. 이는 법령에 따른 무지로 인한 것으로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

3. 통지관서 의견

가. 쟁점토지는 묘지 이장(2014년 5월) 이후 종중의 고유목적사업에 직접 사용되지 않은 토지이다.

 1)「법인세법」제4조 및 같은 법 시행령 제3조에서 규정하는 “고유목적사업에 직접 사용”이란 고정자산의 사용 용도가 법령 또는 정관에서 정한 비영리법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용되는 경우만 해당되는 것이고 간접 사용되는 경우와 사용되지 않고 보유만 하고 있는 경우 과세제외소득에 해당 되지 않다(조심2020광7940, 2021.4.5.).

 2) 또한, 고유목적사업에 직접 사용이란 고정자산의 사용 용도가 법령 또는 정관에서 정한 비영리법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용되는 경우만 해당하는 것으로, 비영리법인인 종중의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 선조 묘역의 관리, 제사 봉행 등을 수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지로 한정되어야 한다(광주지방법원 2022.4.7. 선고 2021구합12565 판결)

 3) 청구종중은 2014년에 묘지를 KDN군 소재 선산으로 이장하였고, 이후 KDN종산에서 통합 제사를 지내고 있으며, 카카오맵으로 확인한 쟁점토지의 항공사진을 확인한 결과, 묘지 이장 이후 제례 도구를 보관하기 위한 관리사나 제사 봉행 등을 수행하기 위해 설치된 재실 등의 존재가 확인되지 않는다.

 4) 따라서 쟁점토지상의 묘지와 제사의 봉행이 KDN 종산으로 이전되면서 종중 선산으로써의 기능은 상실된 것으로 판단되며, 비영리법인이 고정자산을 사용하지 않고 보유만 하고 있는 경우, 과세제외소득에 해당하지 않는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 토지를 수익을 목적으로 하는 임대업 등 다른 목적으로 사용한 사실이 없다는 사정으로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다.

나. 묘지 이장(2014년 5월) 후의 활동은 법인세 과세대상에서 제외되는 종중의 고유목적사업에 해당하지 아니하므로 법인세 과세대상에서 제외되지 않는다.

 1) 청구종중 규약 제4조에서 종중의 고유목적사업으로 “조상분묘와 부속시설의 영구적 보존관리와 이에 부수된 사항”으로 규정하고 있고, 종중 총회에서의 종중 고유목적사업을 “SN시 종산 관리와 산소 6대 15기(산신제 1상 포함) 시향 봉향”으로 규정하였으므로 묘역 터 관리업무가 종중 고유목적사업에 해당한다고 주장하나, 2014년 이후 묘지와 제사의 봉행이 KDN 종산으로 이전되어 쟁점토지와 부속시설은 종중 선산으로써의 기능을 상실하였다.

 2) 묘역 터 관리업무로 제시한 울타리 시설 보존관리, 묘역 내 청소년·불량배·취객 출입 통제, 인근 주민 경작 통제, 가묘 설치 금지, 쓰레기 투기 방지 등은 종중의 고유목적사업을 위한 것이 아닌 재산권 보호를 위한 것에 불과하여 묘지 이장 이후의 활동이 종중의 고유목적사업에 해당하지 아니한다.

다. 비영리법인이 토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지와는 무관하다.

 1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하다.

 2) 법인세법은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정함에 있어 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 이를 따질 필요가 없다(대법원 2017.7.11. 선고 2016두64722 판결)

라. 청구종중이 쟁점토지에 대한 법인세 신고에 대한 가산세 면제의 정당한 사유가 존재하지 않는다.

 1) 과세관청은 조세행정절차를 집행하는 경우, 조세법정주의 및 엄격해석원칙에 따라 법률에 규정된 문언을 엄격히 해석해야 하는데,「국세기본법」제47조 제1항에서는 “정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.”라고 규정하고 있고,「국세기본법」제48조 제1항에서는 “세법에 따라 가산세를 부과하는 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있다.

 2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의나 과실은 고려 대상이 아니고, 이러한 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하며(대법원 2011.4.28. 선고 2010두16622 판결), 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결)

 3) 청구종중은 경정청구 사유서에 “부족한 세법지식으로 종중을 법인이 아닌 개인으로 판단”하였다고 기재하였는바, 청구종중이 쟁점토지의 처분이익과 관련하여 세법에 대한 부지로 법인세가 아닌 양도소득세로 착오신고 하였음을 스스로 인정하고 있는 것으로 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

 4) 또한, 청구종중이 법인으로 보는 단체로 승인받은 날은 2020.12.14.로 쟁점토지의 소유권 이전 등기 접수일 및 양도소득세 신고서상 양도일자는 2020.12.22.이고 수용보상금 지급 계약서의 계약일은 2020.12.16.로 확인되므로, 양도소득세 신고·납부일 현재 법인으로 보는 단체 승인 및 토지 처분일이 모두 경과한 상태였으므로 양도소득세 신고 당시 토지의 양도차익에 관하여 법인세법의 적용 여부가 명확하지 않았다고 판단할 이유가 없다.

 5) 청구종중이 법인세 신고 당시 토지 등 양도차익을 유형자산 처분이익으로 손익계산서에 계상한 사실로 볼 때, 양도차익을 청구법인의 수익으로 인식해야 된다는 사실을 알고 있었다고 판단되는 등 양도소득세와 법인세는 별개의 세목으로 청구법인이 양도소득세를 신고·납부한 것으로써 법인세 신고납부의무를 이행한 것으로 보기 어려우므로 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 없다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 ①쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 사용하였으므로 쟁점토지 양도차익이 법인세 비과세대상에 해당한다는 청구주장의 당부

 ②가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

 1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것)

  ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

   1. 각 사업연도의 소득

   2. 청산소득(淸算所得)

   3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

  ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 1-1) 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)

  ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제25조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.

 2) 국세기본법 제47조【가산세 부과】

  ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

  ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

   1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

   2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

   3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(이 면 이하 여백)

다. 사실관계

 1) 통지관서의 과세예고 통지경위

  가) 청구종중은 1거주자로 보는 단체 명의로 쟁점토지의 양도차익(증액보상금 포함)에 대하여 양도소득세 총 3,002백만원을 납부하였으나, 2024년 7월 쟁점토지에 대한 납세의무자는 당초 신고한 개인으로 보는 단체가 아닌 법인으로 보는 단체라고 주장하며 양도소득세 환급경정청구를 하였고 대전지방국세청장(성실납세지원국)은 청구종중을 법인으로 보는 단체로 보아 경정청구를 인용하였다.

  나) 청구종중은 쟁점토지 양도차익 15,674백만원에 대하여 양도소득세 신고 사유로 익금불산입 세무조정하여 법인세 신고한 사실이 확인된다.

  다) 한편, 통지관서는 쟁점토지상의 분묘가 2014년 전부 이장되어 법인세 과세제외 요건인 고유목적사업에 계속 사용하지 않은 것으로 판단하고 다음과 같이 과세예고통지한 사실이 확인된다.

 2) 쟁점토지(SN종산)의 취득, 보유 및 양도과정

   가) 쟁점토지 내 묘지에 대하여 청구종중의 묘지보전의 노력과 SN시의 근린공원 조성계획 변경 및 쟁점토지의 보상과정이 다음과 같이 확인된다.

  나) 쟁점토지의 양도내역은 다음과 같다.

 * 당초 보상금 18,287백만원이나, 보상금 증액되어 최종 19,201백만원 확정

  다) 쟁점토지 중 일부 토지의 등기사항전부증명서는 다음과 같다.

 3) 청구종중이 제출한 증빙자료 검토

  가) 청구종중의 종중규약은 1994.3.5. 일부 개정되어 현재에 이르고 있는바, 제4조는 조상봉경의 정신과 경로사상을 앙양하며 장학사업을 실시하며, 조상분묘와 부속시설의 영구적 보전관리와 이에 부수된 사항을 주목적으로 설립된 사실이 확인된다.

  나) 청구종중은 2005.1.29. 개최한 종중 총회에서 종중 고유업무를 “SN시 종산 관리와 산소 6대 15기(산신제 1상 포함) 시향 봉향”으로 명확히 아래와 같이 규정하고 있다.

  다) 청구종중의 2017～2018년 임원회의록상 쟁점토지의 묘지가 이장된 후에도 관리하였다는 내용과 그 필요성이 있다고 진술한 내용이 아래와 같이 확인된다.

  라) 청구종중은 2014.5월경 쟁점토지상의 묘지 이장을 하였다고 하면서 당시 현장 사진을 제출하였다.

  마) 쟁점토지 처분 전 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였다고 기간별 사용내역을 다음과 같다고 주장하고 있다.

   (1) 분묘위치도와 연도별 항공사진에 의할 때 종중 선산의 분묘 등이 지속적으로 관리 보수되어 종중 고유목적사업에 직접 이용되었다.

   (2) 청구종중은 SN종산 묘지 13기를 KDN종산 묘역에 이장하였고 이장된 SN종산 묘지는 KDN종산에서 통합제사를 지내고 있으며, 제사 후 귀경길에 차량을 임차하여 SN 묘역 터를 방문하여 제일 윗대의 묘역이 위치한 곳에 존치되어 있는 산신제 상에서 예를 갖추고 SN종산 보존 상태를 확인하고 필요한 조치를 취해 왔으며, 그에 대한 증빙으로는 금전출납부를 제출하였다.

   (3) 분묘이전 후에도 보상절차 지연(SN시의 공원조성 지연)으로 인하여 소유권이 종중으로 남아 있는 상태였다. 400여 년간 조상의 혼백과 얼이 깃들어 있는 종산을 방치할 수 없어 묘역 터, 종산 관리 업무를 지속적으로 수행해 왔으며

  본래 ‘SN종산’ 묘역은 SN 도심에 위치하여 평소 불법행위의 취약지점으로 지적되어 왔으며 이에 종중 이사회 의결을 통해 선조묘지 수호를 위해 오래전에 종중 자비 부담으로 분묘가 소재하는 경계에 설치한 경계 울타리를 유지 관리하여 왔고 또한, 인근(SN시) 거주 종원(MM)이 수시로 순찰하며, 종중 자산관리 차원에서 묘지 보호와 묘역 출입을 감시통제 해왔으며, 그에 대한 증빙으로 SN종산의 사진을 제출하였다.

 또한, 분묘 이장 후에 별도의 관리인(종중원 )을 두고 관리를 해 왔으며 관리인에게 지급한 송금영수증과 관리상태 등이 양호한 상태임을 증빙하는 사진과 위성사진을 제출하였다.

   (4) 산신제¹⁾ 상이 있는 위치는 SN선산에 모시고 있는 선조 중 가장 윗대인 4세(휘 교남)의 분묘이다. 종중이 시제를 지내기 위해서 가장 먼저 산신제를 지냈다. 종중소유로 남아있는 한, 위 장소도 조상의 얼을 받드는 장소인 만큼 2014년 종중 분묘 이장 당시에도 산신제 상은 이전하지 아니하였다. 종중의 선산을 지키는 산신에 대한 예를 다하였고 종중 선산을 보전하여 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 하면서 산신제 상의 사진을 제출하였다.

라. 판단

 1) 고유목적사업 사용여부에 대한 판단

  가) 관련 법리

「법인세법 시행령」제3조제2항에 따르면 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다. 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 사용되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있다(대구지방법원 2016.6.3. 선고 2016구합20182 판결 등 참조).

 나) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였다는 청구주장은 이유 있어 보인다.

   (1) 쟁점토지가 비록 SN시의 공원계획에 따라 수용되었으나 SN시와 보상금액 문제로 묘지 이장 완료 후 5년 후 보상금액을 수령하였더라도 묘지이장의 원인이 SN시의 공원조성의 수용에 따른 결과이므로 묘지이장과 수용은 별개의 거래가 아닌 하나의 연속된 거래로 볼 수 있는바, 쟁점토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였다고 봄이 타당하다.

   (2) 청구종중의 규약 제4조에서 조상분묘와 부속시설의 영구적 보존관리를 고유목적사업으로 규정하고 있고, 그에 따라 청구종중은 묘지 이장 후에도 쟁점토지상 묘지의 부속시설(비석, 산신제 1상, 울타리 경계시설 등) 및 묘역 터 관리업무 수행하였고, 또한 청구종중의 임원회의록에서 청구종중이 산신제 1상을 처분일 현재까지 관리한 사실이 확인되므로 쟁점토지를 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있다.

   (3) 청구종중이 묘지 이장 후, 쟁점토지를 임대 또는 다른 용도로 사용하였다는 정황이 보이지 아니하므로 보상금 수령 시까지 쟁점토지는 청구종중의 선산으로서 기능을 유지하였고 볼 수 있으므로 쟁점토지를 종중의 고유목적사업에 부합하게 사용하였다고 보는 것이 타당하다.

 다) 따라서 통지관서가 쟁점토지를 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 과세 예고한 통지는 잘못이 있다고 판단된다.

 2) 가산세 감면의 정당한 사유에 대한 판단

  쟁점①의 채택 결정으로 심의 제외한다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.