주 문

   A세무서장이 2026. 2. 3. 청구법인에게 한 2021년 1기 과세기간 부가가치세 39,161,003원, 2021년 2기 과세기간 부가가치세 189,517,572원, 2022년 1기 과세기간 부가가치세 120,577,473원, 2022년 2기 과세기간 부가가치세 183,365,825원, 2023년 1기 과세기간 부가가치세 152,588,134원, 2023년 2기 과세기간 부가가치세 421,985,025원, 2024년 1기 부가가치세 660,676,677원, 총 1,767,871,709원의 부가가치세 부과처분은, 가공거래로 판단되어 부가가치세 부과처분의 대상이 된 매출 공급가액 총 32,387,109,362원 및 매입 공급가액 31,038,225,848원 중 실제 거래에 해당하는 공급가액이 있는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 부가가치세 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 주식회사 B(이하 ‘청구법인’이라 한다)는 2019. 4. 1. 개업한 의료연구장비 도소매업법인이며, 대표자는 F(’82년생, 남)이다.

나. 주식회사 C{前 대표자 D(’76년생, 남)^*, 이하 ‘C’이라 한다}은 최초에 컴퓨터 주변기기 도매업을 주업으로 하여 2003년 개업한 법인으로, 이후 주요 사업을 대학교 약학대학 등에 의료연구장비, 시약 등을 납품하는 것으로 변경하였으며, 2019. 6. 사업장을 E에서 G으로 이전하였다가 2026. 2. 다시 사업장을 E으로 이전한 바 있다.

* 세무조사 종결 이후인 2026. 2. 27. 대표자가 D에서 현재 대표자인 H(’72년생, 남)로 변경되었음

다. 대전지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2025. 9. 24. ∼ 2026. 1. 15. 기간 동안 주 조사자 C 및 C 관련업체의 2020. 1기 ∼ 2024. 2기 과세기간 대상 세무조사를 실시하여 C은 실제 연구장비 등 매출 없이 관련업체에게 세금계산서를 발행하였고, 관련업체로부터 실제 연구장비 등의 매입 없이 세금계산서 및 신용카드매출전표를 수취한 것으로 확인하고, 조사대상기간 내의 C과 C 관련업체 간의 거래를 가공거래로 보아 부인하였다.

<표 삽입을 위한 여백>

라. 청구법인은 조사청이 확인한 C 관련업체 중 하나로, 거래의 외관상 2021. 1기 ∼ 2024. 1기 과세기간 동안 C 관련업체 ㈜I, J, K, L, ㈜M, ㈜N로부터 연구장비 등을 매입하여(이하 6개 업체를 ‘쟁점매입처’라 하고, 청구법인과 쟁점매입처와의 거래를 ‘쟁점매입거래’라 한다), 매입한 연구장비 등을 C 및 관련업체 L, ㈜M에게 매출(이하 3개 업체를 ‘쟁점매출처’라 하고, 청구법인과 쟁점매출처와의 거래를 ‘쟁점매출거래’라 한다)한 업체이다(이하 쟁점매출처와 쟁점매입처를 통틀어 ‘쟁점거래처’라 하고, 쟁점매입거래와 쟁점매출거래를 통틀어 ‘쟁점거래’라 한다).

마. 조사청은 C과 마찬가지로 청구법인에 대한 2020. 1기 ∼ 2024. 2기 과세기간 대상 부가가치세 조사를 실시하여, 조사대상기간 중 2021. 1기 ∼ 2024. 1기 과세기간에 걸쳐 이루어진 쟁점매입거래 및 쟁점매출거래를 가공거래로 확정하고, 쟁점매출거래 관련 공급가액 총 32,387,109,362원(신용카드매출전표 총 1,927건, 세금계산서 총 82건) 및 쟁점매입거래 관련 공급가액 총 31,038,225,848원(세금계산서 총 1,526건)을 부인하여 청구법인의 부가가치세를 경정할 것을 A세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)에게 통지하였다.

바. 처분청은 조사청의 조사 결과에 따라 2026. 2. 3. 청구법인에게 2021. 1기 ∼ 2024. 1기 과세기간 부가가치세 총 1,767,870,680원을 부과하였다(송달일 2026. 2. 11.).

사. 청구법인은 이에 불복하여 2026. 5. 11. 이 건 이의신청을 청구하였다.

2. 청구법인 주장

가. 사실관계

1) 청구법인은 C의 대리점인 ㈜I 대표 O의 소개로 C이 대리점을 통해 공급하여 대학 및 연구기관에서 사용 중이던 연구장비를 렌탈기간 종료에 따라 회수하는 업무를 담당해 줄 것을 요청하여, 해당 업무가 바이오연구장비에 노하우를 가진 청구법인의 업무실적에 도움이 될 것으로 판단하고 ㈜I 등 대리점과 렌탈장비 매입계약을 맺었다. 청구법인은 장비분해 및 해체에 필요한 인원들을 추가 고용하여, 대학 및 연구기관에서 장비를 해체‧회수하여 C의 수요 시점에 맞춰 납품하였다.

2) C과 ㈜I 등 대리점이 직접 거래하지 않은 이유에 대해 C 대표 D은 C이 대리점을 통해 직접 재매입할 경우 자전거래로 거래질서 관련 혐의를 받을 수 있으니, 전문적인 장비(회수)업체를 통해 거래할 것을 컨설팅받아, 회계법인의 자문을 거쳐 2021년부터 장비를 회수할 사업자를 이용하게 되었다고 언급한 바 있다.

3) 청구법인은 2021. 1기 ∼ 2024. 1기 기간 동안 대리점에서 대학교 등에 렌탈 중인 연구장비를 회수하여 C에 공급하고 세금계산서를 발급 및 수취하였다.

4) 조사청은 세무조사 당시 청구법인이 거래한 장비의 실물존재여부 및 청구법인이 제시한 거래증빙의 진위 여부에 대한 직접적인 조사 없이, 청구법인과 쟁점거래처 간의 쟁점거래를 실물거래 없이 세금계산서를 주고받은 가공거래로 단정 짓고 매출 및 매입과표를 부인하는 처분을 하였다.

4) 청구법인은 세무조사 종결 후 2026. 3. 12. 종결보고서, 결정서 및 조사내용 사본 등 구체적인 조사 관련 자료를 요청하였고, 조사청은 최초 조사내용과 관련된 사항이라고 자료제공을 거부하였으며, 청구법인의 정보공개요청서 제출 이루 조사내용 관련 문서 사본과 거래내역 정리 전산파일 등을 2026. 4. 14. 청구법인에게 제공하였다.

가) 조사내용 사본을 통해 확인한바 조사청은 청구법인 자체는 정상사업자로 보고, C 관련 거래를 제외한 거래처와의 거래는 정상거래로 인정하였다.

나) 하지만 조사청은 계약 및 거래 주문의 주체, 가격결정권, 연구장비 검수 및 운송기록, 비정상적인 자금흐름, 가공거래의 배경을 검토한바 쟁점거래에 대해서는 청구법인이 연구장비의 실물을 확인하지 않고 중간에서 신용카드매출전표를 발급하고 세금계산서를 수수한 것으로 확인된다고 판단하였다.

다) 조사청의 판단근거는 가공거래 결정 시 간접적인 판단요소가 될 수는 있지만 실거래가 있음에도 가공으로 확정할 수 있는 요소는 될 수 없음에도, 세금계산서 거래내역을 건별로 확인하지 않고, 일부 거래 샘플을 근거로 쟁점거래 전체를 가공거래로 단정지어 세무조사결과통지를 하였고, 처분청은 이에 따라 이 건 처분을 하였다.

나. 과세처분의 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있음

1) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 세금계산서 등 수수의무 위반에 관한 거래질서 조사에서도 실물거래가 있었는지, 세금계산서가 재화나 용역의 공급 없이 발급된 것인지 등에 대한 입증책임은 당연히 과세관청에 있다.

2) 다만, 과세관청이 대금흐름과 청구법인의 사업자 성격 및 거래의 동기 등을 따져 거래의 형태를 정하고 실물거래가 없었다는 점을 과세관청이 판명한 경우 일응 그 입증책임을 다한 것으로 보고, 이에 반하는 입증책음은 납세의무자에게 전환될 수 있는 것이다(대법원 96누8192, 1997. 9. 26. 등).

3) 하지만 세무조사 당시 청구법인이 실물거래에 대한 입증자료를 제시하고 거래의 동기, 조사에 이르게 된 배경 등을 성실하게 설명하였음에도 조사청은 거래 전반에 대한 실질거래 여부 조사도 하지 않고 쟁점거래를 가공거래로 볼 구체적인 증거 제시 없이 자금흐름 등 실질거래를 입증하는 2차적인 요소, 그마저도 샘플 조사만으로 가공거래로 확정한 것은 과세처분의 입증책임을 다하지 못한 것이라고 판단된다.

다. 청구법인은 연구장비 및 시약, 소모품 등을 실제 공급하였으나, 조사청은 실거래품목의 확인 없이 전액을 가공으로 확정하였음

1) 청구법인은 쟁점거래처 관련 거래내역서, 금융증빙 및 증빙사진 등을 제출하였으나, 조사청은 쟁점거래 전체 거래금액을 부인하였다.

가) 청구법인에 대한 조사결과통지 후 청구법인은 쟁점거래 건에 대해 매입 기준으로 매입거래처의 매입, 매입에 대응되는 매출, 실제 C의 장비 위치 등을 확인하였다.

나) 조사청은 청구법인 등이 실물장비 없이 세금계산서 등만을 수수하였다고 판단하였으나, 해당 장비 중 일부는 C에서 제3자에게 매매가 확인되어, 가공거래가 아니었음이 명백하다.

2) 조사청은 P 유한회사 등 제3의 매입처로부터의 매입은 인정하였음에도, 매입한 시약 및 소모품의 공급은 부인한바 처분의 근거를 확인할 수 없다.

가) 청구법인은 굴지의 생명공학분석기기 도소매법인 P 유한회사의 대리점으로, 장비 및 시약 등을 매입하여 연구기관 등에 공급하고 있다. 시약 및 소모품은 연구장비에 사용되는 분자생물학에 사용되는 CDNA합성키트(DNA합성) 또는 셀컬처(소의 혈정) 등을 일컫는 것으로 연구장비 사용에 반드시 필요한 것이다.

나) 시약은 보관기간이 있어 실제 매입이 있었다면 이에 대응되는 매출은 필연적인 것이다. 조사청은 시약의 매입을 인정하면서 매출은 거래상대방이 C이라는 이유로 전액 부인하였는데, 시약이 폐기처분되었다고 보는 것인지 실제 거래가 없었다고 보는 것인지 처분의 근거를 제시해야 하나 아무런 설명 없이 거래를 부인하는 것은 근거과세원칙에 반하는 처분이다.

3) 청구법인이 쟁점거래처와 거래하였다는 이유만으로 거래를 전액 부인하는 것은 근거과세원칙에 명백히 위반되는 처분이다. 조사청은 거래 건별로 실거래 여부를 판단하였다기 보다는 해당 거래처의 매입 또는 매출이 부인되었으니 거래 건건의 사실관계를 살피지 않고 해당 거래처의 전체 거래내역을 부인한 것으로 보이는바 이는 부당한 과세에 해당한다.

라. 장부와 사실이 다른 경우 다른 부분에 한해 결정해야 함에도 조사청은 특정 건이 잘못되었다고 판단하여 해당 거래처와의 전체 거래건을 가공거래로 단정하였음

1) ‘국세기본법’ 제16조는 납세자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하고, 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있다.

2) 청구법인은 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있으나 조사청은 사업자의 지위에 대해 자의적으로 정의하고 청구법인이 거래 관련 계약서, 대금증빙 및 거래 관련 사진 등을 제출하였음에도 청구법인을 거래단계의 중간에 세금계산서 등을 발급하기 위해 끼워넣은 것으로 판단하였다. 이는 국세기본법 등이 정하고 있는 실질과세 및 근거과세 원칙에 반하는, 자의적이고 위법‧부당한 과세처분이다.

마. 조사청이 제시한 처분 근거는 통상적인 상거래에서 이루어지는 것을 비정상으로 단정한 것임

1) 조사청은 청구법인이 계약의 주체에 해당하지 않는다는 사유 등으로 쟁점거래를 가공거래라고 판단하였다. 조사청은 청구법인이 정보공개청구를 통해 조사내용 관련 서류를 요청했을 때 조사대상자, 사업장 조사 등 내용이 기재된 조사내용 사본을 우편으로 발송하였고, 이를 확인한바 조사청은 매출대금 회수, 매입대금 지급, 대출거래를 위해 실거래 없는 계약서 작성 및 연구장비 시리얼넘버 조작, 거래조건 결정 권한 없음 등의 이유로 쟁점거래를 가공거래로 단정하였다.

2) 하지만 조사청의 주장은 다음과 같이 일반적인 상거래에 반하는 주장으로, 받아들일 수 없다.

가) 쟁점거래는 거래구조상 중간유통업의 거래에 해당하기 때문에, 거래 관련 사항을 C이 결정하는 것은 일반적인 것이다.

(1) 쟁점거래는 거래구조 상 중간유통업의 거래구조에 해당하기 때문에 거래조건 결정에 있어 통상 C이 결정하는 것은 매우 일반적이고 청구법인은 제한적으로 참여할 것이고, 쟁점거래가 존재하기 위해 쟁점거래처 간 재매입 약정이 선행될 것이며 청구법인은 재매입 약정에 따라 중고장비 매입 및 재매입할 중고장비를 검수·분해·운반·조립 등 재화 공급 및 부수 용역을 제공하는 중간업체로서 역할을 수행하고 이에 상응하는 보상만 받으면 된다.

(2) 다만 계약서상 청구법인이 중고장비를 구입하여 재판매하는 계약 체결 주체이기에 세금계산서 등 수수 및 대금 집행이 청구법인을 통해 진행되고 있을 뿐, 청구법인은 실질적인 영업수익에 해당하는 마진만 보장된다면 쟁점거래를 수행할 것이므로 청구법인의 가격결정권은 마진 결정에 관하여만 있을 것이다.

(3) 재매입약정 하에 중고장비 매입 및 매출시기 등 실제 거래시기 및 단가 결정 등 거래조건은 청구법인이 독단적으로 결정할 사항이 아니고, 쟁점거래처와 협의 하에 결정되면 청구법인은 이에 수반되는 중간업체로서의 역할을 수행하는 것이 통상적인 거래관행임에도 조사청은 다양한 거래형태가 존재하는 시장원리를 무시하고 거래형태를 자의적으로 규정하여 청구법인의 거래형태가 이와 다르다는 이유로 쟁점거래를 가공거래라고 단정하였는데, 이는 다양한 거래행태에 대한 이해가 부족하고 거래를 이해하기 위한 노력이나 조사가 미흡했던 것으로 보인다.

(4) 또한 조사청은 청구법인이 쟁점거래를 통해 얻는 마진율이 5% 내외로 일정하기 때문에 정상거래가 아니라고 하고 있지만 오히려 이는 중간유통업 거래에서 통상적인 마진에 해당하며, 실제로 조사대상기간 청구법인의 마진은 5%보다 크거나 적은 경우도 다수 존재는 등 다양하다는 사실을 입증하였으나, 조사청은 이를 무시하고 특정 거래 마진을 샘플로 들어서 전체거래로 일반화한 것으로 이는 조사가 불충분했다는 반증이라고 볼 수 있다.

나) 중간유통업의 거래구조에서 통상 하청업체 또는 수탁업체는 자기자금이 아닌 원청업체 또는 위탁업체로부터 거래대금을 수취한 후 지급한다.

(1) 쟁점거래와 같이 중간유통업의 거래구조에서 통상 하청업체 또는 수탁업체는 자기자금으로 매입 또는 매출 대금을 지급하기 보다는 원청업체 또는 위탁업체로부터 거래대금을 수취한 후 하위업체에게 거래대금을 지불하는 것이 일반적인 자금집행 방식일 것이다.

(2) 청구법인이 C으로부터 매출대금을 수취한 후 ㈜I 등 대리점에 매입대금을 지급하는 대금흐름을 두고 이는 정상적인 자금흐름이 아니라는 이유로 조사청은 쟁점거래를 부인하고 있지만, 오히려 중간유통업의 거래구조인 쟁점거래에서 매출대금을 수취 후 매입대금을 지급하는 자금흐름이 일반적인데도 조사청은 자의적으로 매입대금 지급 후 매출대금을 지급하는 자금흐름이 정상적인 자금흐름이라고 보고 이에 반하는 샘플 자금흐름을 예로 들면서 쟁점거래를 가공거래로 보고 있다.

(3) 하지만, 쟁점거래 전체의 자금흐름을 보면 조사청이 비정상으로 보는 자금흐름 외에도 다양한 자금흐름 방식이 있다는 사실을 청구법인이 제시하고 있음에도 조사청은 샘플 자금흐름이 쟁점거래의 전체 자금흐름인 것처럼 보고 과세에 유리한 방향으로 해석하고 있다는 것을 확인할 수 있고, 이는 명백히 부실조사에 해당한다.

다) 청구법인은 거래상대방의 실제 사업여부를 최소한으로 확인할 의무가 있을 뿐 거래상대방의 IP주소까지 확인 후 거래할 수는 없다.

(1) 조사청은 쟁점매입처 중 일부가 사업장 구분 없이 동일장소에 등록되어 있고, 전자세금계산서 발급 IP가 동일하며, 실거래 증빙은 없다는 조사결과 및 쟁점매입처가 C과 밀접한 관련이 있다는 이유로 쟁점매입거래를 가공거래라고 보았다. 하지만 청구법인은 쟁점매입거래를 위해 거래처가 실제 사업을 하고 있는지 최소한으로 확인할 의무만 있을 뿐 거래처의 사업장 소재지 등 물리적 요건을 결정할 권한까지는 없을 것이다.

(2) 청구법인의 매입처와 매출처 간 특수관계 등이 있는지 여부는 청구법인과는 관련이 없는 것이고, 청구법인이 거래 당시 쟁점매입처의 사업장에 방문하여 실사업자 여부를 확인하였을 때에는 사업장이 구분되어 있었으며, 청구법인은 쟁점매입처 사업자등록증 상의 대표자가 실제 대표자인지 여부 등 실사업자 확인에 필요한 기본적인 의무는 성실히 이행한바 청구법인은 실거래를 통해 중고연구장비를 매입하고 관련하여 세금계산서를 수취하였으면 될 것으로, 전자세금계산서 발행 IP까지 확인할 의무는 없다고 판단된다.

(3) 쟁점거래와 관련하여 거래대상 재화의 실물이 존재하고, 계약에 의거하여 렌탈이 종료된 중고장비를 매입하여 재판매하는 거래에서 청구법인은 실제 계약당사자로서 재화의 공급 및 부수 용역을 제공하고 있는 실거래 당사자임에도 불구하고, 조사청은 쟁점매입거래를 가공거래로 단정하고 거래대상 재화(중고연구장비)의 실물 확인 없이 샘플 거래와 기 조사내용에 근거하여 쟁점거래 전체를 가공거래로 확대해석하는 결론을 내렸다.

(4) 이는 성실한 조사를 통해 거래 건건의 실거래 여부를 확인할 의무가 있는 조사청이 청구법인이 제시한 실거래 입증자료에 반박 가능한 증빙조차 제시하지 못하고, 잘못된 결정으로 청구법인의 권리를 침해하고 불이익 발생을 초래하게 한 것이다.

라) 조사청은 C의 금융대출 또는 코스닥 상장 목적으로 쟁점거래를 하였다고 주장하나 청구법인이 이에 협조할 이유가 없다.

(1) 조사청은 쟁점거래의 배경은 C이 금융대출을 받기 위한 것으로, 실거래 없이 대출계약서를 작성하고 연구장비 시리얼넘버를 조작한 것이라는 진술에 의존하여 쟁점거래를 가공거래로 보고 있으나, 청구법인은 정상적인 사업자로 자기의 이익을 위해 사업을 하는 것이지 거래처의 사정에 따라 거래를 조작하거나 이에 협력하는 비정상업체가 아님에도 조사청은 몇몇 진술만으로 쟁점거래를 가공거래라고 판단하면서 대출계약의 신빙성 및 대상 물건의 실제 존재 여부 등에 대한 조사는 전혀 실시하지 않았다. 이는 명백한 부실조사에 해당한다.

(2) 설령 C이 캐피탈회사와 협력하여 부실대출을 실행했다고 하더라도, 그것이 청구법인의 거래가 가공거래라는 증거로 볼 수는 없을뿐더러, 청구법인이 제시한 연구장비 사진들을 보면 청구법인이 회수한 중고장비들이 실제 존재함에도 불구하고 조사청은 진위여부 조사도 없이 거래를 가공이라고 단정하여 결론을 낸 것 자체가 청구법인에게 심각한 불이익을 초래할 부실조사에 해당한다.

마) 조사청이 근거로 삼은 진술자 C 전 대표 Q는 횡령 및 배임 혐의로 수사 중으로 해당 진술에 의한 처분은 취소되어야 한다.

(1) 조사청의 조사 배경 중 하나는 C의 전 대표이사 Q가 C 관련 거래는 허위거래라고 진술한 것임으로 파악되는데, 이는 사실과 다르며 오히려 현재 Q의 비위행위가 경찰조사 등을 통해 입증되고 있다.

(2) Q는 법인자금 유출 등의 악의적 목적으로 C 관련 거래를 실거래 없는 가공거래라고 진술하였고, 재고(장비)를 사적으로 유용하는 등 C에 많은 불이익을 끼쳤으며, 이에 C은 수십 년간 정직하게 일궈온 사업이 전면 부인당하였고 그 파급효과로 청구법인과 같은 거래처들까지 거래를 부인당하는 등 여러 불이익을 받고 있는 상황이다.

(3) 현재는 Q의 비위행위가 밝혀지고 있고, 악의적으로 유출된 쟁점거래 장비들(조사청이 실물이 존재하지 않는 것으로 본)도 조금씩 회수하고 있으며, 실제 장비를 사용했던 대학교수들도 조사과정에서 거래를 부인한 당초 진술을 번복하는 등 실거래 정황이 드러나는 만큼 쟁점거래의 진실성 여부를 재검토해볼 필요가 있다.

바) 조사청은 청구법인이 실물거래 없이 소위 ‘카드깡’ 한 것으로 보고 청구법인의 신용카드 매출을 가공매출로 보았으나, 경찰에서 이미 혐의없음으로 종결한 사안이다. 조사청은 청구법인이 연구장비의 실물을 확인하지 않고 신용카드매출전표만 발행한 것으로 보았으나, 청구법인 세무조사 개시 전 경찰은 2025. 5. 26. 관련사항 증거불충분으로 ‘혐의없음’ 종결한 바 있고, 조사청은 이에 대한 설명 없이 가공거래 확정하여 부당한 과세처분을 하였다.

라. 결론

1) 세금계산서 관련 가공거래 여부는 거래 건별로 거래사실을 확인하고 실질거래 여부를 판단해야 함에도 조사청은 특정 거래처와의 거래 전체를 가공거래로 결정하였다. 이는 명백히 조사가 정상적으로 이루어진 것으로 볼 수 없다.

2) 과세처분을 함에 있어 과세관청은 장부 및 증빙자료에 근거해야 하는 것이고, 청구법인의 실거래를 입증할 증빙사진, 거래명세 및 금융증빙 등에도 불구하고, 조사청은 거래 동기를 추정하여 가공거래로 단정하고 이 건 처분을 하였다. 이는 명백히 근거과세에 위반되어 실질에 따라 확인 후 처분해야 하는 것이다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점거래를 가공거래로 본 처분의 적법성

1) 개요

가) 청구법인은 2019년 설립되어 시약판매 및 기초의학관련장비를 매입하여 (제3의)거래처에게 공급하던 법인으로, 2020년 약 20억 원이던 매출이 2021년 5월 C과 거래를 시작한 후 2021년 약 74억 원, 2022년 약 97억 원, 2023년 약 146억 원, 2024년 1기까지 130억 원으로 급증하다가, C의 사기대출문제가 불거진 2024년 하반기부터 매출이 급감하여 2025년에는 매출 약 28억 원으로 C과의 거래 이전의 매출규모로 돌아온 상태이다.

나) C 상대 고액의 신용카드 매출이 발생하기 시작한 2021. 1기부터 2024. 1기까지의 기간 동안 청구법인은 C, 관련인 L 등 쟁점매출처 상대로 총 309억 원의 매출을 발생시켰으며, 동 기간 C 관련업체(대리점) ㈜I, J 등 쟁점매입처로부터 310억 원 상당의 매입이 발생하였다. 청구법인 대표 F, ㈜R S, C D의 진술과 관련인 전체의 세금계산서 흐름을 보면, 청구법인이 C을 비롯한 관련인들과의 중고연구장비거래는 C이 2019년까지 당시 C의 대리점이었던 ㈜I 등을 통해 교수들에게 렌탈 판매한 연구장비가 렌탈기간이 종료된 후 청구법인의 재매입약정에 따라 C이 비특수관계법인인 청구법인과 ㈜R를 통해 매입한 것으로 보이나,

다) 조사청은 청구법인을 비롯하여 연구장비 제조사인 C과 C의 대리점인 ㈜I 등, 청구법인과 거래유형이 동일한 ㈜R를 포함한 C의 연구장비 판매거래에 대한 전반적인 세무조사를 실시하여, 관련인들 간의 거래가 실제 연구장비의 공급 없이 이루어진 가공거래라는 사실을 확인하였다. 조사청이 청구법인과 관련인들이 거래한 중고연구장비거래를 가공거래로 본 근거는 후술하는 바와 같다.

2) 거래규모의 물리적 불가능성

가) 청구법인은 2021. 5. 27. ㈜I로부터 10,109,780원의 매입세금계산서를 수취하는 것을 시작으로 쟁점매입처로부터 2021년 40억 원, 2022년 53억 원, 2023년 103억 원, 2024년 1기 113억 원, 총 310억 원의 매입세금계산서를 3년 6개월여의 기간 동안 수취한 사실이 확인된다. 청구법인과 동일한 거래구조인 ㈜R의 매입액은 약 251억 원으로 조사대상기간 동안 C의 관련인(대리점) ㈜I 등이 청구법인 및 ㈜R에게 판매한 렌탈 종료된 중고연구장비는 약 560억 원이 넘는 규모인 것으로 확인된다. 청구법인의 주장대로 이 거래가 정상적인 중고연구장비 거래라면 이는 C이 조사대상기간 이전 렌탈판매하여 렌탈기간이 종료된 연구장비이므로 C의 당초 연구장비 매출액은 이 이상이어야 할 것이다.

나) 하지만 C의 감사보고서에 따르면, 2014년부터 2019년까지 C의 매출액은 477억 원으로 청구법인 등이 매입했다고 주장하는 중고연구장비의 총 매입금액보다 작다. 이는 중고가격이 신품가격을 초월하는 것으로 정상적인 거래라 할 수 없다. 청구법인은 매입 중고장비의 실물을 다 확인하였다고 주장하나, 조사청은 매입처 ㈜I 등은 그 규모에 해당하는 실질 장비가 없음을 확인하여 오류를 지적하였고 청구법인은 조사기간을 비롯하여 이 건 이의신청서에서도 이에 대한 대답 및 반박을 하지 못하고 있다.

3) 매출처 C의 자산 부재

가) C이 청구법인과 거래를 시작한 2021년 5월 이후부터 C의 주 매입처는 중고연구장비를 C에 판매하였다는 청구법인과 ㈜R인 것으로 확인된다. C의 재무제표를 보면 ‘주문제작’이라는 사업 구조와는 반대로 매년 재고자산이 증가하여, 그 금액이 2022년 72억 원, 2023년에는 104억 원에 달함에도 계속해서 신용카드로 청구법인 등으로부터 쟁점중고자산을 매입하는 것은 정상적인 매입이라 할 수 없다.

나) 특히 C의 2023년 사업연도 재고수불부에 따르면 99억 원이 타처 보관 재고, 즉 교수실에 있어 원재료(중고매입자산)인지 조사대상기간 중 판매한 렌탈연구장비인지 회계감사 시 구분이 불가능했을 것이며, 조사청의 세무조사 이전에 진행된 경찰의 현장조사 시 연구장비는 조사대상기간 중에 C이 새로 렌탈 판매하여 그를 담보로 대출 중인 장부상 장비 대비 11%만이 실제 확인되는 등 대다수 연구장비의 실물이 확인되지 않아, 타처 보관 재고라는 C의 중고매입자산의 실물 또한 존재하지 않는 상황이다.

4) 매출처 C 가공거래 확정

가) 조사대상기간 C의 주 매입처는 청구법인과 ㈜B, I 등 관련인으로 제3의 거래처로부터의 매입, 특히 외부 제조 연구장비의 매입은 극히 적다. C의 주 매입처 및 C의 대표자 D의 진술과 원가매칭자료 등에 따르면 외관상 C은 중고연구장비를 원재료로 활용하여 연구장비를 제조한 후 다시 ㈜I 등 대리점을 통해 최종사용자들인 교수들에게 판매한 것으로 확인된다.

나) 즉, 조사대상기간 C이 판매한 연구장비의 흐름은 ‘청구법인(중고연구장비)→C→㈜I 등 대리점→교수(최종사용자)’인 것으로 확인되는데, C이 외부제작 연구장비를 분해‧조립하여 재판매하는 것은 기술적으로나 실무상으로 불가능한 것은 물론 2020년 이전에 렌탈판매하여 렌탈기간이 종료된 중고자산을 다시 새 제품 이상의 가격으로 판매하는 것도 정상적이라 할 수 없고, C의 감사로 재직하며 가공거래를 시인한 Q, 대리점 ㈜N의 대표자 T 대리점 ㈜U의 대표자 V 모두 조사대상기간 C은 새 연구장비를 판매하였다고 진술한바 이러한 진술과 상기 거래구조는 완벽히 모순된다.

다) C의 직원들은 경찰수사 과정에서 시리얼넘버 위조 및 명판교체사실, 교수실 간 무의미한 연구장비의 이동을 시인하였으며, 해당 연구장비의 최종사용자인 교수들도 실제 연구장비의 매입이 없었음을 시인한 사실에 따르면, 실제 연구장비의 판매가 아니라 명판 교체 등을 통해 새 제품을 공급한 것처럼 가장한 ‘뺑뺑이 거래’로 보는 것이 합리적이다. 또한 C은 2023년 회계감사 시 가공매출을 시인하여 부가가치세 환급 경정청구를 제기한 적이 있는바, 청구법인의 거래상대방인 셀젠택이 가공매출을 자체적으로 인정한 이상 청구법인이 해당 거래를 실거래라고 주장하는 것은 거래의 기본 전제부터 성립되지 않는다.

라) 조사청이 세무조사과정에서 파악한 C의 가공거래 동기는 코스닥 이전상장을 위한 매출 부풀리기로, 청구법인과의 거래는 가공매출에 대응하는 매입 증빙 확보를 위한 것으로 판단된다. 특히 고액의 대출금 상환을 위해 단기간에 현금화가 가능한 신용카드 거래를 악용한 것으로 이 건 중고연구장비의 거래는 셀젠택의 주도하에 중고연구장비를 실제 거래한 것처럼 가장한 것일 뿐이다.

5) 청구법인 대표 F의 진술 번복

가) 대표자 F은 선행된 세종경찰청의 수사 중 진행한 피의자 신문에서 변호인 입회하에 “처음에는 결제대금의 2 ∼ 3%의 수수료, 나중에는 5% 이상의 수수료를 받고 중간유통처가 되어달라는 {㈜I}O의 권유에 응하였다.”라고 진술하였다. F은 “C과의 모든 매출거래가 수수료만 받고 실제로는 ㈜I에서 장비가 가는 것이었나요?”라는 경찰 수사관의 질문에는 “모든 거래가 그런 것은 아니었다. 몇 건은 실제 장비가 간 것이 있다.”라고 진술하였으며, “본인은 I 등 매입처에서 C으로 납품이 잘 되었다는 이야기만 들었고, C으로부터는 설치가 잘 되었다는 이야기만 들었고, C으로부터 수수료 5% 가량이 더해져 결제가 잘 이루어지니 이 사실을 듣고 납품이 정상적으로 이루어졌다고 생각한 것이죠?”라는 질문에 “네. 그렇습니다.”라고 답하였으나, 조사청의 세무조사 과정에서는 중고연구장비의 실물을 본인이 다 확인하였다며 경찰조사 때와는 정반대의 주장을 하고 있는바, F의 주장은 신빙성이 없다.

나) 또한 청구법인은 이 건 중고연구장비 매매거래가 실거래라고 주장하며 구매계약서, 운송내역, 대학교수의 확인서, 중고장비 검수내역 등 수많은 거래 증빙이 존재한다고 주장하나, 거래 규모에 해당하는 자산이 실제 존재하지 않는 상황에서 오히려 경찰수사 당시 진술한 “실물자산을 확인하지 못했다.”라는 내용이 더 신빙성이 있으며, 사후적으로 작성할 수 있는 구매계약서, C이 사기대출을 위해 시리얼넘버 위조 등을 통해 캐피탈사에 제출한 연구장비사진, 추후 연구장비의 매입이 없었음을 시인한 대학교수들의 확인서 등으로 청구법인이 주장하는 실거래를 뒷받침할 수는 없다.

6) 비정상적인 신용카드 거래

가) 청구법인이 제출한 거래처별 카드 내역을 보면 2021. 5. 28. C 상대 73,780,000원의 카드매출을 시작으로 C 및 관련인들 상대 2021년 36억 원, 2022년 51억 원, 2023년 109억 원, 2024년 111억 원, 총 309억 원이라는 고액의 카드매출이 약 3년 6개월의 기간 동안 발생했으며, 이 중 284억 원이 C 상태 매출인 것으로 보이나 C의 청구법인으로부터의 매입액은 약 154억 원으로 훨씬 작은 사실이 확인된다. 이는 C이 교수사업자, 관련인사업자 등 타인의 카드를 사용하여 결제한 것으로, 이에 대해 D은 C의 미수금을 대신 결제한 것으로서 회계상 매입으로 계상되어 있다고 진술한 바 있으나, 동 자산이 C의 장부상 원재료, 재고자산 등 매입내역에 반영되어 있지 않으며, 카드 명의자인 교수들은 경찰 수사 시 D에게 카드를 빌려주었고 카드대금을 D이 상환한 사실을 시인한 것으로 볼 때, 이는 실제 연구장비를 매입한 것이 아니라 당장의 신용카드 대금을 유용하기 위한 가공거래(결제)인 것으로 판단된다. 신용카드 결제 시 카드의 명의자를 확인하는 것은 당연한 절차로, 청구법인은 C이 타인의 카드로 고액의 대금을 결제함에도 아무런 확인 없이 이를 C 상대 매출로 인식한 것은 결코 정상적이라고 할 수 없다.

나) 또한 청구법인의 주장대로 카드매출이 실제 C을 상대로 한 연구장비 매출이라면 C의 장부상 재고자산 금액인 104억 원이 아닌 청구법인과 ㈜R 거래분의 합계 약 500억 원 이상에 상당하는 중고연구장비가 실제로 존재하여야 할 것이나, 그에 상응하는 연구장비가 장부상‧회계상으로도, 실질적으로도 존재하지 않음에도 청구법인은 이에 대한 아무런 반증을 제기하지 못하고 있다.

7) 매입처(대리점)의 실체 부존재 및 동일인의 통제

가) 쟁점매입처 중 J(매입액 73억 원)은 인적‧물적 시설이 전무한 단순 명의를 대여한 사업자임이 Y세무서장의 세무조사를 통해 확인되었으며, K(매입액 57억 원)의 경우 사무실이 L의 사업장 내에 위치하고 있어 L의 사업장과 별도 구분되지 않고, K 대표 W은 C의 전 직원으로서 D의 지시에 따라 업무를 수행한 것으로 세무조사를 통해 확인되었다. D의 배우자 X가 대표자인 L(매입액 28억 원)은 Y세무서장의 조사를 통해 실사업자가 C 대표 D인 것으로 확인되었으며 역시 X가 대표자인 ㈜M(매입액 10억 원) 또한 실사업자는 D임을 시인한바, D은 “M는 시약만 취급하고 소모품은 취급하지 아니하였다.”라고 진술한 바 있으나 청구법인은 ㈜N로부터 소모품 매입세금계산서를 수취하였다. ㈜N(매입액 5억 원)는 사업개시 후 렌탈기간을 고려할 때 물리적으로 중고장비를 보유할 수 없었음에도 청구법인은 ㈜N로부터 매입세금계산서를 수취하였으며 조사청이 ㈜N 대표 T에게 청구법인과의 거래에 대해 문의한 것에 대한 답변은 “판매내역에 대해 확인이 필요하다.”로 T는 거래의 실체조차 인지하지 못하고 있는 것으로 확인되었다.

나) 청구법인의 쟁점매입처와의 거래는 형식상 독립 사업자 간 거래이나 그 실질은 C의 통제하에 있는 거래로 이 건 중고연구장비거래는 청구법인 대표 F과 각 매입처와의 주도적인 의사결정에 의한 것이 아니라 D에 의사에 따라 매입처와 매입품목, 대응하는 매출, 더 나아가 결제 시기까지 결정되는 것으로 청구법인이 아무리 중간유통법인이라고 하더라도 거래에 대해 아무런 통제‧결정권이 없는 것을 정상적인 거래라고 볼 수는 없다.

8) 카드깡 및 돌려막기의 자금흐름

가) 청구법인이 중고연구장비의 매출대금, 즉 카드대금이 입금되는 즉시 매입처에 송금하는 패턴이 일괄적으로 확인되고 있다. 특히 청구법인은 C과의 거래 전에는 카드매출보다 세금계산서 매출의 비중이 더 컸으나, C과의 중고연구장비 거래는 금액이 300억 원 이상의 고액임에도 대부분 신용카드로 이루어져 매출 직후 2 ∼ 3일 내 매출대금이 현금화되었으며, 반면에 이에 대응하는 고액의 매입은 모두 세금계산서 거래로 신용카드 매출대금이 입금되는 즉시 매입처로 이체되는 전형적인 카드깡 거래의 양상을 띠고 있다.

나) 거래내역 중 2023년 9월 청구법인이 K(W)에게 송금한 매입대금은 K과 ㈜I과는 거래가 없었음에도 W 계좌→(주)I 대표 O 계좌→(주)I 계좌를 거쳐 결국 ‘보증금반환’ 명목으로 캐피탈 대출금 상환에 사용되었으며, O은 동 자금이 ‘D이 준 대출상환용 자금’이라고 조사과정에서 진술한 바 있다. 청구법인 대표 F도 경찰의 피의자 신문 시 “C 미수금이 2 ∼ 3억 원 있어 도망갈까봐 C 구사옥에 입주해 있다.”라고 진술한바 이는 정상적인 매출채권 관계라면 발생할 수 없는 비정상적인 상태에 해당한다. 청구법인이 매입처에 이체한 자금이 이후 관련인 간 이체를 거쳐 결국은 ‘보증금반환’의 명목으로 캐피탈 대출금 상환에 사용된 것을 볼 때, 결국 이 건 중고연구장비 거래의 실질은 실제 연구장비 거래가 아닌 신용카드 거래를 악용하여 자금을 단기간에 현금화한 후 캐피탈 대출금을 상환하기 위한 것임이 확인된다.

다) 조사청은 청구법인을 포함한 C과 C 관련인(대리점 등)에 대한 세무조사를 실시하여 이 건 연구장비거래는 C의 주도하에 대리점 및 교수들을 이용하여 매출 규모를 부풀리고 이에 대응하는 거짓 매입을 위해 청구법인과 같은 업체를 악용한 조직적인 대규모 가공거래임을 상당한 정도로 입증하였다. 특히 관련인 간 거래구조 및 그 규모상 청구법인 거래의 가공 여부는 개별 거래 건의 흠결이 아니라 ‘전체 거래구조의 비실재성’으로 입증되어야 하고, 이 건은 조사 과정을 통해 청구법인, C, 기타 관련인 간 전체 거래에 대해 구조적인 입증이 확보된 사안에 해당한다.

나. 청구주장에 대한 의견

이상 조사청은 청구법인이 C의 가공매출에 대응하는 가공매입 증빙의 확보 및 신용카드대금 유용 등 모종의 목적을 위해 허위의 거래를 한 것으로 판단하였고, 이에 중고연구장비거래의 전반적인 흐름, 거래대상 재화의 부존재, 거래규모의 불가능성, 관련인 간 자전거래, 비정상적인 신용카드거래 정황 및 전형적인 카드깡 형태의 자금 흐름 등을 근거로 청구법인과 C, 관련인에 이르기까지 대규모의 거짓 연구장비 거래에 대한 ‘상당한 정도의 입증’을 완료하였으므로, 이제 이 건 거래가 정상거래임을 입증할 책임은 청구법인에게 있다.

1) 일부 샘플 거래를 근거로 전체 거래를 부인하였음으로 부당다는 주장 관련

가) 법원은 과세관청이 거래의 가공성을 의심할 만한 상당한 자료를 제시한 경우 실제 거래의 입증책임은 납세의무자에게 전환된다고 판시한 바 있다{대법원 96누8192(1997. 9. 26.), 대법원 2022두6392(2002. 11. 13.), 대법원 2010두28076(2011. 4. 28.) 등}.

나) 조사청은 연구장비의 제조사인 C이 조사대상기간에 연구장비를 제조‧판매한 것으로 가장하여 발급한 세금계산서를 건별로 최종사용자를 확인하여 거래사실확인을 요청하고 대다수로부터 실물거래가 없었음을 확인받았으며, 해당 연구장비를 담보로 실행한 대출자료, C 직원의 시리얼넘버 중복 및 위조사실, 경찰이 현장조사를 통해 확인한 장비 실물의 부존재를 근거로 연구장비 거래가 소위 ‘뺑뺑이’ 수법을 악용하여 외관상 연구장비의 이동이 있던 것처럼 가정한 가공거래임을 확인하였다.

다) 이에 조사청은 ① 청구법인 대표 F의 경찰 피의자심문조서 진술과 세무조사 과정에서 그 진술을 번복한 것, ② 매출처 C의 가공매출 사실, ③ 거래 규모의 물리적 불가능성, ④ 신용카드 매출대금 입금 즉시 매입대금이 이체되는 폐쇄적인 자금 순환, ⑤ 매입처의 인적‧물적 시설 부존재 등 명의대여, ⑥ 연구장비 시리얼넘버 위조 등 가공거래의 단순 추정을 넘어서는 합리적인 근거를 확보하였다. 반면 청구법인이 제시한 거래명세서, 하이패스 내역은 차량의 이동만을 입증할 뿐 특정 ‘장비’의 이동을 입증하지는 못하며, F은 경찰조사 시 “매입처와 매출처에서 정상적으로 납품‧설치되었다는 이야기만 듣고 정상이라 생각하였다.”라고 진술하였다가 조사청의 세무조사 시에는 이른 번복한 것으로 보아 신빙성 없는 자료로서, 이는 실물 확인 없이 작성된 형식적인 외관에 불과하다.

2) 이 건 거래는 통상적인 상거래에서 발생하는 유형의 거래로 정상거래라는 주장 관련

가) 경찰 심문 및 조사 과정에서 S는 중고연구장비의 거래대상 자산 여부, 거래 가격, 결제 모두 C D에 따라 결정되는 것으로 청구법인이 이 건 중고장비거래를 시작하게 된 것도 C과 청구법인의 매입처가 직접 거래를 할 수 없기 때문이었다고 시인한바, 조사청은 계약 및 주문의 주체, 가격결정권, 장비검수 및 운송기록, (비정상적인)자금흐름, 거래의 배경 등을 종합 판단하여 가공거래 확정하였다. 조사청이 판단한 위 요소들은 가공거래 확정의 종합적인 근거이다.

나) 통상의 중간유통업은 자기 명의의 재고 보유, 가격과 물량 협상 재량, 신용‧재고 위험 부담을 특징으로 하는 반면, 청구법인은 ① 재고의 위험을 부담하지 아니하고, ② 거래 가격 및 거래 일정 등에 대한 결정권이 없으며, ③ (카드)매출대금 입금 즉시 매입대금을 송금하여 신용‧자금 위험도 부담하지 아니하고, ④ 일정 마진을 고정적으로 수취하는바, 조사청은 거래의 경제적 실질이 ‘재화의 공급’이 아니라 ‘가공거래를 위한 세금계산서 수수 등’에 있음을 명백히 확인하였다. 이는 청구법인의 거래가 정상적인 중간유통업이 아니라 일반적인 자료상(도관) 거래임이 인정된 것으로, 관련 판례(서울행정법원 2012구합13450, 2012. 10. 19. 등)에 따라 청구법인이 거래조건의 결정에 관여하지 않은 점, 판매마진은 거래의 외형 창출에 협조한 대가로 보이는 점 등을 바탕으로 이 건 거래를 가공거래라고 판단하였다.

다) 청구법인의 자금 흐름이 비정상적인 것으로 판단되는 이유는 단순히 매출 후 매입 송금의 순서 때문이 아니라 ① 수 시간 내지 수 일 내 즉시 송금되어 자금 사용의 여지 자체가 없다는 점, ② 매출대금이 매입처를 거쳐 다시 C과 대리점의 캐피탈 대출 상환에 사용되는 폐쇄적인 자금흐름 구조에 해당하는 점, ③ 청구법인의 마진을 제외한 잔액에 거의 그대로 송금된다는 점에 있다. 이는 정상적인 중간유통업의 자금 흐름이 아닌 전형적인 카드깡‧돌려막기 행태에 해당한다.

3) 경찰의 무혐의 처분 관련

가) 세종경찰청의 무혐의 처분은 ‘증거불충분’에 있는 것으로, “실제 거래임이 확인되었다.”라는 의미가 아니며, 특히 청구법인 계좌에서 자금이 최종적으로 외부로 유출된 바 없이 관련인인 매입처로 즉시 송금된 점, 즉 자금흐름 구조상 청구법인의 형사적 영득의사 입증이 어렵다는 점이 처분의 주된 사유로 보인다.

나) 그러나 가공거래의 본질은 자금의 최종 영득 여부가 아니라 ‘실거래 없는 세금계산서 수수’ 행위 그 자체에 있는 것이므로, 경찰의 혐의없음 처분은 부가가가치세 가공거래 여부 판단과는 무관하다. 형사책임의 입증은 ‘합리적 의심을 배제할 정도’이고 과세처분은 ‘상당한 정도의 개연성’을 근거로 한다. 양자의 입증범위가 다른 이상 형사(횡령) 무혐의가 곧 세무상 실거래 인정을 의미한다고 볼 수는 없다. 청구법인은 형사처분을 근거로 하여 단편적‧왜곡적으로 정상거래라고 주장하고 있다.

다. 결어

1) 청구법인은 C 등과 실제 연구장비를 판매한 것이 아니라 634억 원이라는 거대한 규모의 가공거래를 통해 조직적으로 C과 관련인의 매출을 부풀리고 대출 사기를 조력한 범칙행위자이다.

2) 조사청은 이 연구장비거래 흐름의 중심인 C이 발급한 방대한 양의 세금계산서를 분석하였으며, 청구법인 등과의 가공신용카드매출전표와 그에 따른 금융흐름으로 카드깡거래 행태를 확인했으며, 경찰 수사 자료 등을 통해 가공거래에 대한 과세요건을 충분히 입증하였음에도 불구하고, 청구법인은 이를 반박할 실물 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있다.

3) 이 건은 수백억 원 대의 가공거래로 조세질서를 훼손하고 대출 사기에 가담한 중대 범칙사건으로, 청구법인의 주장은 이유가 없으므로 기각되어야 한다. 따라서 범죄행위를 부인하고 회피하기 위한 청구인의 주장에 대하여 엄정한 판단을 내려 조세정의가 확립되도록 청구법인 및 대표자의 경제질서 문란 행위를 엄벌할 수 있도록 요청하는 바이다.

(조사청 의견에 대한 청구법인 항변)

가. 조사청 의견의 요지 및 청구법인의 항변 요지

1) 조사청 의견의 요지

조사청은 청구법인 및 C 관련 거래처에 대한 전반적인 세무조사를 실시한 결과 C 관련인 간 거래가 실제 연구장비의 공급 없이 이루어진 가공거래라는 사실을 확인하였다고 주장하면서 가공거래 판단의 근거로 ① 거래규모의 물리적 불가능성, ② 매출처 C의 자산 부재, ③ 매출처 C의 가공거래 확정, ④ 청구법인 대표 F의 진술 번복, ⑤ 비정상적인 신용카드 거래, ⑥ 관련인 간 자전거래 및 동일인의 통제, ⑦ 카드깡 및 돌려막기의 자금 흐름을 거론하였다.

2) 조사청 의견에 대한 반박(항변) 요지

가) ‘거래규모의 물리적 불가능성’ 관련

(1) 청구법인은 중고 연구장비 및 시약 등을 ㈜I 등으로부터 매입하여 C 등에 판매한 실제 거래당사자이고, 실제 연구장비가 존재한다는 근거로 거래대상 중고 연구장비에 대한 증거사진 등을 제시하였음에도, 조사청이 근거로 제시한 청구법인 및 B의 중고장비 매입액 560억 원(청구법인의 매입액은 309억 원)을 C의 매출액 477억 원과 단순 비교는 거래의 실질과 맞지 않는다.

(2) C의 매출은 제품매출(477억 원), 상품매출(80억 원), 용역(소프트웨어)매출(37억 원)으로 구분되며, 청구법인의 매입액에는 시약 등 매입액 42억 원도 포함되는 것이다.

(3) 조사청은 청구법인의 매입거래에 대응하는 매출거래를 확인조차 하지 않고 거래규모의 증가 및 거래당사자간 신고금액이 불일치한다는 이유로 가공거래 판단을 하였는바, 이는 조사를 성실히 이행하지 않은 명백한 부실조사이다.

나) ‘매출처 C의 자산 부재’ 관련

  C의 자산 부재가 청구법인의 거래를 가공거래로 판단할 직접적인 근거가 될 수는 없으며, 실제로 아무런 관련이 없고, 현실적으로 청구법인에게 거래처의 자산 부재 여부를 확인 또는 감독할 권한은 없다는 것은 별론으로 하더라도, C은 상장사로 회계감사 시 감사의견 적정이었던 것으로 확인된바 조사청은 C의 자산 부재를 주장하면서 사실 여부에 대한 조사 없이 신고서상의 총액을 비교하는 것만으로 청구법인 관련 거래를 가공거래로 판단한바, 이는 명백한 부실조사이다.

다) ‘매출처 C의 가공거래 확정’ 관련

청구법인은 중고연구장비를 매입하여 재판매하는 것 외에도 시약 등을 구입하여 판매하고 있으며, 중고연구장비 매매거래의 경우 매입가격에 일정 마진을 가산하여 매출하는 정상 거래임에도 조사청은 청구법인의 거래는 확인하지 않고 매출처 C의 신고내용 등을 이유로 청구법인의 거래를 가공거래로 판단한바, 이는 정당하지 않다.

라) ‘청구법인 대표 F의 진술 번복’ 관련

  세무조사 시 F은 세무조사 전 경찰조사 시의 진술을 번복한 것이 아니고, 경찰의 수사 대상기간(2024년)과 조사청의 조사대상기간(2021. 1기 ∼ 2024. 1기)에 차이가 있어 사실관계를 명확히 한 것이며, 경찰의 수사는 ‘무혐의’ 종결이 되었음에도 조사청은 이러한 수사결과를 무시한 채 전체 내용 중 일부 진술을 인용하여 조사청에 유리하게 해석한 것으로, 이는 명백히 잘못된 판단이다.

마) ‘비정상적인 신용카드 거래’ 관련

(1) 청구법인의 매출액과 C 등이 계상한 매입액이 일치하지 않는다는 이유를 근거로 삼아 거래를 가공으로 볼 수는 없다.

(2) 청구법인은 매출내역에 대응한 매입내역을 상세하게 정리한 내역을 제출하였는데도 조사청은 이에 대한 실거래 여부를 조사한 사실이 없고, 매출처 C이 회계처리를 어떤 식(추가 혹은 누락)으로 하는지는 청구법인과는 아무 관련이 없는 일인데도 조사청은 C의 회계처리를 문제삼아 이를 청구법인 거래의 실거래 여부 판단 근거로 삼는 것은 잘못된 조사행위에 해당한다.

바) ‘관련인 간 자전거래 및 동일인의 통제’ 관련

(1) 청구법인이 제출한 거래 상세내역을 보면 거래 건별로 매입‧매출 상황을 자세하게 관리하고 있음을 알 수 있고, 거래별로 마진율이 다르다는 것을 확인할 수 있다.

(2) 조사청이 가공거래로 본 거래에서 청구법인은 연평균 마진 5％를 기준으로 거래 건별 마진율을 달리하고 있다는 사실만으로 청구법인이 거래 관련 가격결정 등을 직접 하고 있다는 사실을 알 수 있는데도, 조사청은 아무런 근거 없이 모든 거래를 C 대표 D이 전적으로 관리한다고 주장하고 있다.

사) ‘카드깡 및 돌려막기의 자금 흐름’ 관련

(1) 상거래에서 매출대금이 입금되면 매입대금(미수금)을 지급하는 것은 지극히 자연스러운 일이고, 매출거래는 신용카드 결제지만 매입거래는 세금계산서를 발급한 행위 자체가 부정한 행위가 아닌데도 조사청이 아무런 근거 없이 청구법인의 거래를 ‘전형적인 카드깡의 거래 양상’이라고 단정지은 것은 다양한 형태의 상거래행위를 무시한 것에 해당하며, 실제로 청구법인의 거래 건별 자금흐름을 살펴보면 조사청이 주장하는 바와는 달리 매입대금을 선지급하는 거래도 다수 존재한다는 것을 알 수 있다.

(2) 설령 청구법인의 거래가 가공거래라는 혐의가 있더라도 소위 부분자료상 거래라는 것도 엄연히 존재함에도 조사청은 C 및 관련인 간의 거래는 거래구조 및 그 규모상 가공거래이기에 청구법인의 거래도 구조적으로 가공거래일 수밖에 없다는 식의 결론을 냈는데, 이는 조사권을 성실히 행사하여야 하는 조사청이 조사대상기간 동안의 청구법인의 수천 건의 거래에 대한 실거래 여부 조사 없이 구조적인 모순 아래 무조건 가공거래라는 결론을 낸 것으로, 조사행위를 게을리한 부실조사에 해당한다.

2) 조사청은 청구법인의 거래를 거래 건별로 조사하지 않고 쟁점거래처와의 거래 전부를 가공거래로 확정하였다.

가) 조사청은 C 등과의 거래는 구조적으로 가공거래일 수밖에 없다는 전제하에 가공거래로 볼만한 근거 없이 청구법인과 C 등과의 거래를 가공거래로 확정하면서, 그 입증책임을 청구법인에게 전가하고 있다.

나) 조사청은 가공거래 판단 관련 상당한 입증책임을 다한 것처럼 이야기하고 있으나 이는 사실과 다르다. 조사청은 거래에 대한 구체적인 조사 없이 거래사실을 입증하기 위해 청구법인이 제출한 서류 등의 증거능력을 무시하면서 지속적으로 청구법인에게 입증책임을 다하라고만 한다. 청구법인 외 C의 거래처(관련인)들도 조사가 제대로 이루어지지 않은 채 가공거래로 확정된 부분에 대하여 불복을 제기한 상태로, 조사청이 과세의 근거로 들고 있는 C 등 청구법인의 거래처가 가공업체라는 조사결과도 아직 확정적이지 않다.

3) 조사청이 청구법인의 거래를 거래 건별 조사 없이 전체를 가공거래로 부인한 결과, 부인된 거래에서 논리적 모순이 발생한다.

가) 청구법인의 거래흐름을 자세히 살펴보면, 중고연구장비 거래가 아닌 시약 등의 거래가 있고, C 등이 아닌 제3자와의 거래도 존재한다.

나) 조사청은 청구법인의 C 등 상대 중고연구장비거래를 가공거래로 보았지만, 실제로는 시약 등 매입거래(42억 원)도 상당히 존재하고 있다.

다) 조사청이 가공매입으로 부인한 매입거래에 대응하는 매출거래를 살펴보면 C 등 외의 거래처에 판매한 것으로 실제 매출로 인정된 거래가 존재하고, 실제 매입으로 인정된 매입거래에 대응하는 매출거래를 살펴보면 조사청에 의하여 가공매출로 확정된 거래유형이 존재하는 등 논리적 모순이 존재하는데도 조사청은 거래 건별로 조사한 사실이 없기 때문에 과세의 정당성을 입증할 수 있는 논리나 근거를 제시하지 못하는데, 이는 명백히 부실조사에 해당한다.

4) 조사청은 청구법인이 제시하거나 보관 중인 거래증빙 등을 조사하여 청구법인의 가공거래 여부를 따져야 함에도, C의 회계상 신고내역 등을 가지고 청구법인의 거래를 가공거래로 확정하였다.

가) C은 매년 회계감사를 통해 회계처리 등의 적정성을 검증받는 상장법인으로 독립 거래주체에 해당하고, 설령 C이 어떠한 이유로 회계상 문제가 있다고 하더라도 그 부분이 청구법인 거래의 진실성에 대한 판단요소가 되지는 않는다.

나) 조사청이 주장하는 C의 2023년도 회계처리는 회계감사를 통해 정상으로 인정받았다.

다) 청구법인은 C 등에 판매한 거래금액을 정상적으로 장부계상하면 되는 것이지 C이 회계상 매입규모 및 재고규모를 어떻게 신고하고 있는지 관리할 권한은 없는 것이며, 설령 양 당사자간 신고금액의 차이가 확인된다면 조사청은 조사 등을 통해 그 차이를 규명하여 필요한 처분을 하면 되는 것인데, 차이가 발생했으니 거래가 가공거래일 수밖에 없다는 조사청의 논리를 이해할 수가 없다.

라) 또한 청구법인은 실거래 여부를 확인할수 있는 상세 매입내역 및 매출내역을 제출한 바 있으며, 중고연구장비 거래 관련 실물 존재를 입증하는 사진 일체도 제출한 바 있다.

마) 이 건 처분에 있어 조사대상자는 청구법인이지 C 등 거래처가 아니므로 청구법인을 대상으로 정상적인 조사가 실시되었어야 했다. 조사청은 C의 회계상 문제 및 조사 결과를 통해 청구법인의 거래를 판단하고 있는데, 조사대상자는 C 등이 아닌 청구법인이고, 청구법인은 정당하게 조사받을 권리가 있다. 이제라도 청구법인이 바라는 바는 청구법인이 제출한 각종 입증자료 및 보관 중인 거래증빙에 입각하여 거래 건별로 성실하고 정상적으로 판단하여 억울함이 없는 과세를 해 달라는 것이다.

5) F의 진술은 거래사실에 근거하여 사실관계를 명확하게 하고 있는 것이지 당초 진술을 번복하거나 입장을 바꾼 것이 아님에도, 조사청은 진술의 신빙성을 의심하며 거래를 가공으로 확정하였다.

가) 조사청은 F이 경찰조사에서 한 진술과 세무조사에서 한 진술이 다르다는 점을 들어 F이 진술을 번복하고 있기 때문에 신빙성이 없다고 주장하나 이는 사실과 다르다.

나) 경찰조사에서 진술한 대상 기간(2024년) 및 거래내용(C 상대 매출거래)과 세무조사에서 진술한 대상기간(2022. 2기 ∼ 2024. 1기) 및 거래내용(C 및 ㈜I 등 C 관련인들과의 매출‧매입거래)은 서로 다르기 때문에 세무조사 시 진술한 내용이 경찰조사 시 진술한 내용을 번복한 것은 아니다.

다) 청구법인은 중고연구장비를 회수하여 판매하는 과정에서 업무경험이 있는 직원을 통해 정상작동 여부 등 장비상태를 점검하고 C 등에게 판매한 것이다. 이러한 거래에 있어 청구법인은 중간유통업체가 맞고, 경찰조사에서 진술한 마진율 5%는 평균마진을 의미하는 것이지 모든 거래의 마진이 5%라는 것은 아니며 실제 거래 건별 마진율을 확인해 보면 다양하다는 사실을 알 수 있다.

라) 카드깡 관련 경찰조사에서 청구법인은 최종 무혐의 처분을 받았는데도 조사청은 경찰 조사결과는 인정하지 않으면서 조사결과에 대한 판단근거로 사용된 진술내용을 부분적으로 발췌하여 과세논리로 삼아 청구법인의 거래를 카드깡을 위한 가공거래라는 경찰조사 결과와 반하는 결론을 내고 있는데, 이는 조사청 스스로가 조사내용에 논리적 모순을 가지고 잘못된 결과를 내고 있음을 시인한 것이다.

다. 청구법인은 실거래 여부 입증을 위해 매입‧매출내역, 운송기록, 장비 실물사진 등 거래증빙을 성실히 제출하였으나, 조사청은 제출 자료에 근거하여 조사하지 않았는데, 이는 명백한 부실조사에 해당함

1) 청구법인은 조사청이 가공거래로 본 매입거래에 대응하는 매출거래를 거래 건별로 정리하여 제출하였지만 조사청은 이에 대해 조사하지 않았다.

가) 청구법인은 조사대상기간 동안 ㈜I 등과 906건의 매입거래를 하였고 이에 대응하는 C 등 및 제3자 거래처에 대한 매출내역을 정리한 거래증빙을 제출하였으나 지금까지 조사청으로부터 동 자료에 대한 질문이나 추가 자료요청을 받은 사실은 없다.

나) 청구법인의 거래는 중고연구장비 거래 외에도 시약거래, 소모품 거래가 혼재하여 존재하는데 조사청은 거래유형을 조사하지 않고 전체 거래를 중고연구장비 거래로 보고 가공거래로 부인하고 있다.

다) 청구법인의 거래에는 C 등 외에 제3자 거래처에 대한 매출거래가 존재하는데 조사청은 ㈜I 등 상대 매입거래에 대응하는 매출거래에 대한 조사 없이 해당 매입거래 전부를 부인한바 정상매출에 대응하는 매입거래가 가공으로 확정되어 매입거래 없는 매출거래가 발생하게 된다.

라) 청구법인의 거래에는 ㈜I 등 외에 제3자 거래처와의 매입거래가 존재하는데 조사청은 C 등 상대 매출거래에 대응하는 매입거래에 대한 조사 없이 해당 매출거래 전부를 부인한바 정상매입에 대응하는 매출거래가 가공으로 확정되어 매출거래 없는 매입거래가 발생하게 된다.

2) 가공거래로 확정된 거래 중 제3자에게 매출되어 거래 실물이 존재하는 거래 및 제3자 상대 매입거래가 있음에도 조사청은 이를 실거래 없는 가공거래로 확정하였다.

가) 거래 건별로 확인해 보면 조사청이 가공거래로 확정한 거래에 실물거래가 존재한다는 사실을 확인할 수 있다.

나) 청구법인의 C 상대 매출거래를 조사청은 전부 가공거래로 보았는데, 거래 건별로 보면 C이 제3자에게 매출하여 실물이 존재한 거래가 있다.

다) 조사청이 가공거래로 부인한 거래에는 ㈜I 등이 제3자로부터 매입한 연구장비를 청구법인이 중고로 재매입하여 C에 판매한 거래가 존재하는데도 조사청은 거래 건별로 조사하지 실제 거래도 가공으로 확정하였다.

3) 조사청은 청구법인의 거래자금 흐름을 근거로 전형적인 카드깡이라고 보고 청구법인의 거래를 실물거래 없는 가공거래로 확정하였지만, 거래 건별로 보면 조사청의 주장은 사실과 다르다.

가) 청구법인은 매출대금이 회수되면 매입대금을 지급한 것으로, 이는 외상매입금을 상환하는 과정이지 카드깡을 한 것이 아니다.

나) 거래 건별로 보면 카드매출대금을 회수하여 외상매입금을 상환하는 거래 외에도 청구법인 자기자금으로 외상매입금을 상환하는 거래도 상당수 존재한다.

다) 또한 C, ㈜I 등 거래처 외 제3자 거래처인 연구장비 최종사용처(대학)으로부터 수취한 인수증, 출입확인증빙 등으로 실제 거래가 입증되는 건도 상당수 존재한다.

라. 결론

1) 과세처분의 입증책임은 과세관청에 있고, 거래 건별로 실거래 여부를 입증해야 함에도 조사청은 청구법인이 제출한 거래증빙을 통한 조사 없이 입증책임을 청구법인에게 전가하고 있다.

2) 이는 명백한 근거과세를 위반한 처분이고 부실조사에 해당하는바 이 건 처분은 취소되어야 마땅하며, 취소하지 못한다 하더라도 청구법인이 제출한 증빙자료 및 보유하고 있는 거래내역 등을 성실히 검토하여 청구법인에 억울함이 없도록 조사해 줄 것을 요청한다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

(이하 생략)

2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

(이하 생략)

3) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 및 제57조의2에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

(이하 생략)

4) 부가가치세법 제60조 【가산세】(부칙 제21218호, 2025. 12. 23. 개정 이전의 것)

① ∼ ② (생략)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

(이하 생략)

5) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① (생략)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(이하 생략)

6) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

(이하 생략)

7) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(이하 생략)

다. 조사내용

1) 2022. 2기 ∼ 2024. 1기 과세기간 청구법인이 신고한 매출액 및 매입액과 조사청이 경정(가공 부인)한 내역은 다음과 같다. 경정 후 매출액 및 매입액은 C 관련인 상대 거래분이 아닌 제3자와의 거래분에 해당한다.

가) 조사청은 청구법인의 매출‧매입 신고내역 중 C 관련 업체와의 거래는 전액 가공거래로 보아 경정(부인)하였고, 그 외 거래처와의 거래분은 정상거래로 보아 경정하지 않았다.

<표 삽입을 위한 여백>

나) 조사청이 경정감한 매입액 총 310억 원은 전부 세금계산서 관련 매입액이고, 경정감한 매출액 총 323억 원의 대부분이 신용카드 매출이다(세금계산서 매출 15억 원^*, 신용카드 매출 308억 원).

* 2024. 1기까지의 금액이며, 청구법인은 C에게 2024. 7. 22.자 매출세금계산서 34매, 공급가액 2,261백만 원을 발급하였다가 전부를 취소한 사실이 있음

2) 국세통합전산망을 통해 확인된 쟁점거래처 대표자 관련 사항은 다음과 같다.

가) L와 ㈜M의 대표자 X(’82년생, 여)는 D의 배우자이다.

나) ㈜I의 대표자 O(’73년생, 남)은 2012년까지 C의 직원이었으며, 2022년 ∼ 2024년 기간 동안 ㈜U으로부터 급여를 수령한 사실이 있음이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다.

다) K의 대표자 W은 2021년 C의 직원이었던 사실이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다.

라) AB의 대표자 AC은 2019년 ∼ 2022년 기간 동안 L의 직원이었던 사실이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다.

마) ㈜U의 대표자 AD은 2014년 ∼ 2020년 기간 동안 C의 직원이었던 사실이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다.

3) 조사청의 C 및 청구법인을 대상으로 한 세무조사 내용은 다음과 같다.

가) C 관련

(1) 매출거래의 구조상 C은 연구장비 제조 및 판매업체로, 조사청이 확인한 표면화된 거래 형태는 연구장비를 대리점(㈜I, ㈜U, ㈜N 등)을 통해 최종사용자인 교수들에게 납품하거나, C이 직접 교수들에게 납품하는 형식이다. 교수들은 연구장비를 일시불로 납품받는 것이 아닌 리스(렌탈)의 형태로 제공받으며, 이 과정에서 연구장비를 담보로 하여 캐피탈 대출이 실행된다. 조사청이 확인한 조사대상기간 동안 C이 최종적으로 교수 16인에게 연구장비 매출한 금액은 총 762억 원이며, 연구장비를 담보로 하여 실행된 대출액은 총 2,090억 원이다.

(2) 조사청은 C 대표 D 등의 대출사기 관련 경찰조사 결과 등을 근거로 하여 C이 연구장비의 시리얼넘버를 위조‧중복하는 방식으로 가공의 매출을 발생시켜 이를 바탕으로 코스닥 상장 등 목적을 위해 C의 외형을 부풀리고, 거액의 대출을 실행한 것으로 판단하여 C의 ㈜I 등 대리점 및 교수들 상대 연구장비 매출을 부인하였다.

(3) C에 대한 조사청의 세무조사 착수 전 시점 D은 고가 연구장비의 시리얼넘버를 위조하거나 동일 장비를 중복 담보로 활용하는 방식으로 약학대 교수들과 공모해 사기대출을 일으킨 혐의 및 법인자금 횡령, 배임 혐의로 경찰수사를 받는 중이었고, 경찰은 2025. 5. 수사 결과에 따라 D을 함께 연루된 교수, 대출중개인 등과 함께 검찰에 송치한 바 있다(경찰은 횡령, 배임 혐의에 대한 수사는 무혐의 종결하였고 사기대출 혐의에 대하여 검찰에 송치하였으며, 현재 검찰 수사가 진행 중임).

(4) 조사청은 C과 C의 관련인(청구법인 포함) 간의 매출‧매입 거래는 실질적으로 D이 지휘한 것으로 판단하였다.

나) 청구법인 관련

(1) C 기준 청구법인은 C의 매입처에 해당한다. 조사청이 확인한 표면적인 거래 형태는 청구법인이 과거 C이 ㈜I 등 대리점을 통해 교수들에게 렌탈 매출한 연구장비 중 렌탈 기간이 끝난 연구장비를 ㈜I 등 대리점으로부터 매입(세금계산서)하여 C 등에게 다시 매출(신용카드)하는 형식이다.

(2) 조사청은 청구법인이 ㈜I 등 대리점으로부터 중고연구장비를 매입하여 C 등에게 매출한 거래의 실질을 C이 발생시킨 연구장비 가공매출에 대응하는 매입자료를 만들기 위한 목적과 신용카드 매출대금을 대출 상환에 사용하기 위한 목적(카드깡)의 가공거래로 보아 청구법인의 매출 및 매입액 중 C과 C의 관련인을 상대로 한 금액을 부인하였다.

<그림 삽입을 위한 여백>

4) 청구법인이 세무조사 및 이의신청 시 쟁점거래 관련 실거래가 있었다는 주장의 근거로 제시한 자료는 다음과 같다.

가) C 관련 거래구조에서 동일한 유형의 거래를 한 청구법인과 ㈜R, 두 법인이 세무조사 및 이의신청 과정에서 제시한 자료의 유형은 유사하다.

나) 청구법인은 쟁점거래를 거래 건별로 정리한 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 제시하였다.

(1) 제시된 자료는 거래에 건별로 연번(1 ∼1723)을 부여하고, 거래 건별 거래처명, 세금계산서 발급일, 거래가액, 결제일, 매입매출 장소, 운송차량 및 운송자명 등이 기재되어 있으며, 각 매입거래과 관련된 매출거래가 매칭되어 있고, 거래 관련 연구장비 촬영 사진 및 증빙자료가 일부 색인되어 있다. 자료의 매입 공급가액 총계는 31,197,593,296원이고 매출 공급가액 총계는 32,395,291,180원이다.

(2) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여, 청구법인이 쟁점거래를 통해 일정 비율의 수수료만을 수취한 것이라는 조사청의 의견에 반박하는, 쟁점거래 중 마진율이 10%를 초과하는 거래 33건을 분류하였다. 청구법인이 분류한 해당 거래 건의 마진율은 11%부터 20%까지 다양하다.

(3) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여, 쟁점매입거래 중 중고연구장비가 아닌 시약 및 소모품 매입에 해당하는 거래 242건을 분류하였다. 해당 건의 공급가액 합계액은 4,218,724,342원이다.

(4) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여, 조사청이 부인한 쟁점매출거래 중 대응하는 매입거래가 정상거래로 인정된 거래 21건을 분류하였다. 해당 건의 공급가액 합계액은 3,109,854,377원이다.

(5) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여, 조사청이 부인한 쟁점매입거래 중 대응하는 매출거래가 정상거래로 인정된 거래 31건을 분류하였다. 해당 건의 공급가액 합계액은 2,529,767,037원이다.

(6) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여 쟁점매출거래를 통해 C으로 공급된 연구장비가 대학교수가 아닌 제3의 업체에 공급된 것이라는 내역 195건(청구법인의 관련 매입공급가액 1,889,096,783원, 매출공급가액 2,009,308,434원) 및 청구법인의 C 상대 매출과 관련된 ㈜I 등 쟁점매입거래 거래처가 제3자로부터 매입하여 청구법인에게 공급한 내역 241건(청구법인의 관련 매입공급가액 2,943,016,377원, 매출공급가액 3,056,449,149원)을 분류하였다.

(7) 청구법인은 ‘매입거래 대응 매출거래 정리내역’ 엑셀자료를 기반으로 하여 매출대금이 입금되기 전 매입대금을 지급한 거래(매입대금 선지급거래) 159건을 분류하였다. 해당 건의 매입 공급가액 합계액은 10,165,636,684원이다.

다) 청구법인은 쟁점매입거래 및 쟁점매출거래 건마다 거래상대방과 계약서를 작성하였다.

<그림 삽입을 위한 여백>

라) 청구법인은 쟁점거래 관련 연구장비의 실물을 직접 확인하였다는 주장의 근거로 거래대상 연구장비들을 촬영한 것이라는 사진을 제시하였다(㈜I 관련 689매, J 관련 80매, K 관련 49매, L 관련 45매).

마) 청구법인은 세무조사 중 쟁점거래 관련 실제 연구장비 운송이 있었다고 주장하며 조사청에게 2023년 ∼ 2024년 기간의 하이패스 이용내역(2023년 596건, 2024년 808건)과 2023. 12. ∼ 2024. 11. 기간의 신용카드 사용내역 97건을 제시한 바 있다.

(1) 하이패스 이용내역 상의 주요 이용 위치는 AE, AF, Y, AG, AH 등이며, 신용카드 사용내역은 주로 음식점 관련으로 C의 사업장이 있던 G에서 사용된 내역이다.

(2) 조사청은 청구법인이 제시한 하이패스 사용내역을 쟁점거래의 실거래 여부를 판단하는 자료로 인정하지 않았다.

바) 청구법인은 청구법인의 직원 4인이 2026. 6. 17. 각각 작성한 것이라는 탄원서 4부를 제시하였다. 탄원서에는 자신(직원)들은 직접 쟁점거래 관련 맡은 업무(업무협의, 계약 진행, 장비 확인/운송/납품/설치 및 검수, 대금결제 등)를 실제 수행하였고, 관련 증빙을 작성 및 보관하였다는 내용이 담겨 있으며, 탄원서의 내용이 허위일 경우 법적 책임을 질 것이라고 기재되어 있다.

사) 청구법인은 대표자 F에 대한 경찰수사(횡령 주범 D과 C 자금 횡령을 공모한 혐의 확인)가 불송치(혐의없음) 종결되었다는 내용의 경찰 수사결과통지서를 제시하였다(사건 접수일시 2024. 6. 24., 종결일 2025. 5. 26.).

5) 조사청은 청구법인 매입처 K 대표자 W, ㈜I 및 O 명의의 계좌의 2023. 9. 21.자 거래내역을 제시하였다.

가) 제시된 거래내역을 보면 ‘① 청구법인이 카드매출금액 중 청구법인이 K으로부터 수취한 2023. 9. 21.자 매입세금계산서 공급대가 101,457,830원을 K 대표자 W의 계좌로 이체 → ② W은 청구법인으부터 이체받은 금액 중 100,000,000원을 O의 계좌로 이체 → ③ O은 100,000,000원을 ㈜I의 계좌로 이체 → ④ ㈜I 계좌에서 ’보증금반환‘ 적요로 캐피탈 대출상환계좌로 이체’의 자금흐름이 확인된다. 이러한 자금흐름은 1시간이 안 되는 시간 동안 이루어졌다.

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나) 위 계좌거래내역 관련 조사청의 조사내용은 다음과 같다.

다) 조사청은 경찰의 포렌식 조사 결과 다수의 C 관련업체의 계좌를 통한 캐피탈대출 상환 관련 자금흐름이 파악되며, 그 재원은 청구법인 및 ㈜R의 신용카드 매출대금에서 출발하는 것이 확인된다고 언급하였다.

6) 조사청은 청구법인이 조사대상기간의 C 상대 신용카드 매출액이라고 제출한 금액(28,460,077,037원)과 동 기간 C의 매입장을 통해 청구법인 상대 카드매입액으로 확인된 금액(15,441,060,369원)이 차이가 있음을 확인하였다. 조사청은 확인된 차액분은 C이 법인 명의 신용카드가 아닌 교수 및 관련인 명의의 신용카드를 사용한 것으로 판단하였다.

7) 청구법인 대표자 F이 세무조사 중 조사청과의 심문에서 진술한 내용은 다음과 같다.

가) F은 ㈜I O의 소개로 C 등 관련업체와 거래를 시작하였다고 진술하였다. C 관련 거래의 유형은 ㈜I 등 C 협력업체로부터 렌탈기간이 종료된 중고연구장비를 매입하여 C에 매출하는 구조라고 진술하였다.

나) F은 ㈜I 등으로부터 중고연구장비를 매입하여 C에게 매출한 거래 관련하여, 중고연구장비를 C에 매입하겠다고 청구법인에게 요청하면 청구법인은 ㈜I 등 C의 협력업체와 연락 후 장비를 매입하고 세금계산서를 수취한다고 진술하였다. 구매 일정은 C에서 정해준다고도 언급하였다.

다) F은 거래가격 관련하여, 매입가는 매입처인 ㈜I 등이 제시하고, 매출가는 매출처인 C이 먼저 제안을 하면 청구법인이 매입가에 마진을 붙여 다시 제안하고 양측의 협의를 거쳐 결정된다고 진술하였다.

라) F은 이 같은 거래에서 청구법인이 얻는 마진은 장비 상태에 따라 다르지만 통상 5~10% 정도라고 진술하였다.

마) F은 세무조사 이전 시점의 경찰조사 과정에서 C 등 관련 거래에 대해서 다음과 같이 진술하였다. F은 경찰조사 시에는 물건은 ㈜I 등에서 C으로 직접 이동하였고 청구법인은 유통업체로서 유통수수료를 받은 것이라 생각한다고 진술하였다(F은 청구법인에서 실제 장비가 유통된 것은 4건 있다고 최초 진술하였고, 진술 후 ‘2024년에’ 유통된 장비가 4개라고 진술을 수정하였으며, 그럼 거래기간 전체의 실제 유통 장비 수는 몇 개냐는 경찰 수사관의 질문에는 확인해봐야 알 것 같다고 진술하였음).

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8) 청구법인은 이 건 이의신청 심리 중인 2026. 7. 6. ㈜I 대표 O 및 직원 AL, 연구장비 배송업체 직원 2인, AM대학교 AN 교수 및 AO 교수, D 이후 현 C의 대표이사 H 및 임원 2인 등이 작성한 것이라는 확인서를 제시하였다. 각각의 확인서에는 확인자의 신분증 사본이 첨부되어 있으며, 확인서의 내용은 쟁점거래 관련 연구장비 실거래가 있었다는 내용으로 그 내용을 요약하면 다음과 같다.

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9) 청구법인은 이 건 이의신청 중 청구주장(쟁점거래의 실거래 여부)을 입증할 수 있는 추가 자료를 제시하여 달라는 심리담당의 요청(보정요구)에 다음과 같은 보정자료를 제시하였다. 보정자료는 청구법인의 거래유형을 3가지로 분류하고 있으며, 설명을 위해 각 거래유형별 거래 예시 및 관련 증빙이 기재되어 있다.

10) 조사청은 청구법인이 제시한 연구장비 촬영사진에 대하여, 해당 사진 제출은 C과 청구법인 등 관련인들이 사기대출 시 사용한 설치사진을 다시 제출하며 조사청을 기망하는 행위에 불과한 것이라고 언급하며 사진 중 16건에 대한 반박내용(총 3매)를 제시하였다. 청구법인은 조사청의 반박근거는 ‘청구법인이 제시한 증빙자료의 신뢰성을 훼손하고 사실관계를 고의적으로 왜곡한 명백한 허위 주장’이라고 언급하며 조사청의 반박내용 16건을 건건이 반박하는 반박의견(총 195매)을 제시하였다.

라. 판단

 조사청은 C과 C 관련업체 간 이루어진 거래는 실제 연구장비 등의 공급이 없는 순환거래 형태의 가공거래에 해당하여 청구법인과 C 및 C 관련업체 간의 거래(쟁점거래) 전체를 가공거래로 보아 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분은 정당하다는 의견이나,

 청구법인은 세무조사 및 이 건 이의신청 진행 중에 쟁점거래 건별의 거래대상 품목(신규 연구장비, 중고 연구장비, 시약 등)을 구분하고, 매입부터 매출 이후의 거래 전체 흐름을 정리한 후 관련 거래명세서, 거래대상 장비 사진 및 설치 사진 등을 제시하며 쟁점거래가 실거래임을 주장하고 있는바, 이에 대한 명확한 확인 없이 쟁점거래 전체를 일괄적으로 가공거래라고 단정하기는 어려워 보인다.

  또한 조사청은 주 조사자인 C에 대한 세무조사 결과, D 등에 대한 경찰수사 결과 등을 토대로 하여 청구법인의 전체 거래 중 쟁점거래 전부를 가공거래로 부인한 것으로 보이나(조사청은 청구법인과 C 및 관련업체가 아닌 제3자 간의 거래는 실거래로 인정하였다), 쟁점거래 거래 건별로 해당 거래가 가공거래에 해당하는지 여부를 명백히 입증하지는 못하고 있는 것으로 판단된다.

 이상의 사실관계를 종합해볼 때 조사청이 쟁점거래 전부를 가공거래로 판단하여 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분은, 가공거래로 보아 경정감한 공급가액 중 실거래에 해당하는 공급가액이 있는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 부가가치세 등을 경정해야 할 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요하므로, ‘국세기본법’ 제65조제1항제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.