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예규·판례
양도계약서상의 특약사항으로 지급받은 ...
심사청구기각
양도계약서상의 특약사항으로 지급받은 금원이 토지의 양도대가인지 여부
심사-양도-2025-0092생산일자 2026.03.11.
AI 요약
요지
양도계약서상 특약사항으로 대금을 계약당사자가 아닌 청구인이 지급받기로 약정하였기에 양도대가에서 차감해달라고 주장하나 쟁점특약사항은 토지사용승낙에 대한 대가로 토지가치의 증가에 대한 금원을 포함한다는 내용이므로 토지 양도가액에 포함하여야함
상세내용

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

이 유

1.처분개요

가. 청구인은 2020.1.29. KK AA시 소재 토지 2,329㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 ㈜BB테크(대표자 CCC, 이하 ‘매수법인’이라 한다)에 양도한 후, 양도소득세를 신고하지 아니하여, 처분청은 2023.1.6. 등기부상 기재가액인 860,000,000원을 양도가액으로 하여 양도소득세 23,084,308원을 결정·고지하였다.

나. DD세무서장(조사과, 이하 ‘통지관서’라 한다)은 2022.5.17. BB산업(대표자 EEE:청구인의 兄, 이하 ‘쟁점업체’라 한다)에 대한 개인통합조사 등을 실시하여 쟁점업체가 2020년 제1기 과세기간에 매수법인에게 발행한 세금계산서190,000,000원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)은 청구인의 쟁점토지 매매계약서상 아래 특약사항(이하 ‘쟁점특약사항’이라 한다)에 의한 대가로 쟁점업체와 무관하기에 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점업체의 매출공급가액 차감하고, 2022.12.1. 처분청에 양도소득세 관련 혐의자료로 과세자료를 통보하였다.

【쟁점토지 매매계약서 특약사항 】

1. 위 매매목적 부동산에 대하여 매도인이 행한 건물신축허가와 그 건물신축허가를 위한 매도인의 토지사용승낙서(동의서)는 모두 유효하며 매수인은 매도인으로부터 건물신축허가와 토지사용승낙서에 따른 매도인의 모든 법적인 권리의무를 승계하기로 한다.

2. 위 매매토지상에 매수인이 공장을 신축할 경우 매도인 소유의 인근토지의 일부를 그 신축공장의 진입로 개설을 위하여 필요한 범위 내에서 사용하도록 허락하기로 한다.

3. 매도인은 위 1항, 2항에 대한 대가로 매수인으로부터 본 매매계약체결 때 금190,000,000원을 지급받았음을 확인한다.

다. 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 1,050,000,000원으로, 필요경비 67,000,000원을 추가로 차감 후, 2025.3.1. 2020년 과세연도 양도소득세 77,682,970원 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.1. 이의신청을 거쳐 2025.12.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점금액은 쟁점업체 대표 EEE 소유 토지의 토지사용승낙에 대한 대가로 지급받은 것이므로 EEE에게 귀속되어야 할 금원이기에 청구인의 쟁점토지 양도가액에 포함하는 것은 부당하다.

1) 쟁점토지 인근 앞쪽 진입로인 KK AA시 1234, 1234-3, 1231-8은 쟁점업체의 대표인 EEE 소유의 토지로 쟁점금액은 EEE이 본인 소유 토지의 점용 및 사용을 허락하고 지급 받은 대가이므로 이를 청구인 소유 쟁점토지의 양도가액에 포함하는 것은 잘못된 것이다.

  2) 쟁점업체는 쟁점토지 인근 EEE 소유 토지에 약 380백만원의 비용을 들여 도로를 개설하여 사용하고 있었는데, 매수법인이 청구인의 쟁점토지를 구입하여 건물을 신축하기를 원하였고, 쟁점토지의 지목이 답으로 되어 있어 건물을 신축하려면 용도 변경 및 진입로 확보가 반드시 필요하였기에 매수법인은 쟁점업체가 도로개설비용로 지급한 380백만원을 반반씩 부담하기로 하여 도로 영구 사용료로 190백만원을 지급하기로 계약하였다.

  3) 청구인은 매수법인에게 쟁점토지를 매도하기 위하여 2020.1.14. 쟁점토지 매매계약서 (이하 ‘원본계약서’라 한다)를 작성하였으나, 매수법인이 약 1시간이 지난 후 쟁점특약사항이 추가된 2차 부동산 매매계약서 (이하 ‘수정계약서’라 한다)를 다시 작성하여 청구인에게 제시하여 청구인이 추가로 서명 날인하였다.

  4) 이는 쟁점업체 대표자 EEE이 고령과 질병으로 의사결정 능력이 떨어져 EEE의 동생인 청구인이 쟁점업체 대부분 업무를 대리하여 의사결정을 하고 있었기에 매수법인은 앞쪽 진입로는 청구인 소유가 아님을 알고 있음에도 불구하고 청구인에게 전체적인 거래 및 사후관리를 책임지도록 하기 위하여 편의상 청구인과 매매계약서에 쟁점특약사항을 추가로 작성한 것일 뿐이다.

나. 쟁점특약사항 내용에 대하여

 1) [특약 3-1] 위 매매목적 부동산에 대하여 매도인이 행한 건물신축 허가와 그 건물신축 허가를 위한 매도인의 토지사용 승낙서(동의서)는 모두 유효하며 매수인은 매도인으로부터 건물 신축허가와 토지사용 승낙에 따른 매도인의 모든 법적인 권리 의무를 승계하기로 한다.

   ① 진입로 토지 사용권은 청구인 소유가 아닌 쟁점업체 EEE 소유의 진입로로서 매수법인은 쟁점업체로 부터 세금계산서를 수취하고 별도로 구입한 것이다.

 ② 청구인은 토지 판매를 용이하게 하기 위해서 공장 신축에 따른 허가 절차 등을 청구인 본인의 소유 토지에 직접 처리하여 건축허가통지를 받았기에 그 허가 사항과 토지 승낙에 따른 법적인 사항을 매수법인에게 승계한다라는 내용이다.

   ③ 이를 처분청은 청구인이 쟁점토지 판매를 용이하게 하기 위해서 공장 신축에 따른 허가 절차 등을 청구인이 직접 처리하여 쟁점토지 매매계약 이전에 2019.10.24. 건축허가 통지를 받았고 그 허가 사항과 토지 승낙에 따른 법적인 사항을 매수법인에게 승계하였으므로 쟁점금액이 승계의 대가라고 보았으나,

    단지 청구인은 매수예정자의 건축허가를 진행시켰고 허가 과정상 청구인은 진입로 소유자인 쟁점업체와 매수법인간에 쟁점업체의 토지사용 승낙서가 작성되도록 업무를 도와준 것에 불과하다.

   ④ 또한 수익비용 대응의 원칙에서 보더라도 쟁점금액을 청구인의 양도금액에 더한다면 청구인은 그에 대한 진입로 조성비용을 부담하지 않았기에 수익만 있고 필요경비가 없는 상황이 되고, 쟁점업체 EEE은 190백만원의 수익이 없고 비용만 부담하게 되는 결과를 초래한다.

2) [특약 3-2] 위 매매 토지 상에 매수법인이 공장을 신축할 경우 매도인 소유의 인근 토지의 일부를 그 신축공장의 진입로 개설을 위하여 필요한 범위내에서 사용하도록 허락하기로 한다.

① 청구인 소유의 토지는 쟁점토지 이외에는 없으며 매수법인은 쟁점업체 대표 EEE이 청구인의 형이기도 하고 의사표시가 불가한 상태에서 청구인이 이 거래의 모든 책임을 끝까지 지라는 뜻에서 소유의 구분 없이 매도인 소유라고 특약 내용에 추가한 것이다.

② 매수법인은 청구인과 쟁점업체 EEE을 공동체로 인식하고 있어서 쟁점특약사항 작성시 건축허가에 반드시 필요한 쟁점토지 인근 토지의 소유자를 청구인 소유로 오류로 표시한 것이다. 즉 진입로가 쟁점업체 EEE의 소유의 도로인데 이를 청구인과 계약서 작성 후 건축허가 등 모든 총괄 의무를 업무 주관자로서 총괄 책임지라는 의미에 불과하다.

  3) [특약 3-3] 매도인은 제1항, 2항에 대한 대가로 매수인으로부터 본 매매계약 체결 때 금 190,000,000원을 지급받았음을 확인한다.

   ① 쟁점특약사항이 추가된 수정계약서는 ㉠청구인 소유의 토지 구입비 860백만원의 부동산 매매계약서와 ㉡쟁점업체 소유의 진입로 190백만원은 세금계산서 매입의 각각 분리된 계약으로 보아야 한다.

    ② 즉 매수법인이 쟁점토지 구입시 들어간 총 비용은 토지 구입비 860백만원+인근도로 사용료 190백만원 합계 1,050백만원으로 전체 금액 중 860백만원은 쟁점토지 소유자 청구인 귀속이고, 쟁점금액 190백만원은 진입로의 소유자 및 사용자인 쟁점업체 EEE에게 귀속되어야 하는 것이다. 그리하여 매수인과 계약한 순수한 토지대금 860백만원만 양도 계약에 반영되어야 하기에 부동산등기부 등본에도 2020.1.29. 소유권 이전 사항에 표시된 거래가액은 860백만원만 기재된 것이다.

다. 쟁점업체에 대한 통지관서의 조사내용 관련

  1) 쟁점업체 EEE은 통지관서의 조사시 본 양도 거래 발생과 관련하여 이 거래의 귀속, 실질 등을 정확히 구분하지 않고 이 거래를 “양도인 전찬열의 토지 양도시점에 발생하였고 전찬열의 부동산 매도와 관련이 있다”라고 추상적으로 진술하였다.

  2) 조사대상자인 쟁점업체 EEE 뿐만 아니라 업무 대리로 대신 답변한 청구인도 고령으로 부가가치세 공급이나 양도금액의 대가를 구분 하지 못하고 상기와 같이 진술한 것에 불과한데 통지관서 조사자는 여러 건의 공급 거래 중 이를 허위의 세금계산서 발행으로 보고 당초 부가가치세 신고 납부한 이 거래를 부가가치세 공급이 아닌 것으로 매출 차감하고, 190백만원를 쟁점토지 양도와 관련인 것으로 오해하고 재산세과로 자료를 통보한 것이다.

  3) 해당 자료에도 불구하고 진술자가 고령이고 세무에 무지하여 진술한 점을 감안하여 처분청에서는 거래의 실질, 귀속을 따져 정확히 부과처분을 하였어야 했다.

라. 매수법인 대표 CCC의 각서

  1) 쟁점토지 거래 계약 이후 청구인과 매수법인 사이의 별도 소송관련 서류에 첨부된 2021.7.7. 매수법인 대표 CCC가 자필 작성한 각서를 보면 ‘EEE이 가변차로를 내는데 동의 사용 승낙을 해주었다는 내용이 확인되고, 모든 권한은 쟁점업체 EEE에게 있음을 증서한다’고 확인하고 있으므로 매수법인도 계약서 작성 당시에 이미 해당 가변차로는 청구인 소유가 아님을 인지하고 있었다는 것을 보여준다.

  이는 즉 쟁점업체와 청구인을 공동체로 보고 편의상 같이 책임지라는 의미에서 부동산 매매계약서에 한번 더 쟁점특약사항을 삽입한 것이라는 것을 의미하는 것이다.

  2) 따라서 쟁점금액은 당연히 쟁점업체 EEE에 귀속되어야 하는 것임에도 불구하고 처분청은 단순히 쟁점특약사항에 매도인이 지급받았다고 확인한다는 내용만으로 매도인이 토지 양도대금 외로 추가로 받았다고 보는 것은 잘못된 오류이므로 시정되어야 한다.

마. 대금의 흐름과 지불방법

  1) 이 부동산 취득대금의 원천은 청구인이 JJ주유소 KKK에게서 차용한 대금으로 구입하였고 양도시 매수인은 은행 부채 인수한 530백만원을 제외한 나머지 금액은 청구인과 쟁점업체의 EEE의 채권자인 JJ주유소 KKK이 매수법인에 가등기 등을 하여 양도대금을 직접 회수해 가져갔고 나머지 차액 2백만원 정도는 채무자인 청구인이 KKK에게 정산하였다.

  2) 나머지 진입로 사용 용역의 공급자인 쟁점업체 EEE은 용역의 공급을 하고 2020년 제1기에 공급가액 190백만원, 세액 19백만원의 세금계산서를 발급한 것이다.

3. 처분청 의견

 가. 쟁점금액은 청구인이 건물신축허가를 받아 쟁점토지의 사용가치를 증가시킨 대가로 지급받은 것이므로 양도가액에 포함하여야 한다.

1) 「소득세법」제94조제1항제4호에 의하면 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권(사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가․허가․면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)은 기타자산에 해당하므로 양도소득에 해당한다고 규정하고 있다.

  2) 쟁점토지의 수정매매계약서의 쟁점특약사항에는 매도인이 행한 건물신축허가와 토지사용승낙에 따른 모든 법적인 권리의무를 승계하고, 그에 대한 대가로 쟁점금액을 매도인인 청구인이 지급받았음을 확인한다고 명시되어 있다.

  3) 쟁점토지는 맹지에 해당하여 건물을 신축하여 사용하기 위해서는 인접한 쟁점업체의 토지를 이용하여야 하였고, 아래와 같이 청구인은 매수법인의 사내이사이자 쟁점토지의 소유자로 공장 신축을 위한 허가가 나올 수 있도록 쟁점업체의 토지 사용승낙 등 제반 사항을 정리하여 건축허가 통보를 받았고, 그 이후 쟁점토지 매매계약을 진행하였다.

【매수법인과 쟁점토지 양도 관련 진행 상황】

이력발생일

이력구분

이력사항

2019.8.19.

신규등록

매수법인의 사내이사인 청구인의

토지를 임대하여 매수법인 사업자 등록

2019.10.24

건축허가 통지

매수법인의 공장 신축 허가 통지

2020.1.13.

사내이사 취임

CCC 사내이사 취임

2020.1.14.

토지매매계약

전찬열과 매수법인 토지 매매계약

2020.1.21.

부동산등기

매수법인로 토지 이전 등기 완료

2021.12.21.

상호변경

㈜성도테크를 매수법인로 상호변경

  4) 쟁점토지 거래 당시 청구인은 이미 매수법인이 건축 허가에 필요한 토지사용승낙을 쟁점업체와 체결하여 매매거래 3개월 전 건축허가를 통보받았으므로 쟁점세금계산서를 토지사용승낙 등의 대가와 관련된 거래 증빙으로 보기 어렵다.

  5) 따라서 청구인은 쟁점토지 양도전 진출입로 확보 등의 건축허가 요건을 완비해 건축허가를 받아 쟁점토지의 사용가치를 증가시킨 후 이와 관련한 모든 법적인 권리의무를 승계하는 대가로 쟁점금액을 쟁점특약사항에 포함하여 양도계약서를 직접 작성하고 이를 별도로 지급받은 것으로 보아야 하므로 쟁점금액은 청구인의 쟁점토지 양도가액에 포함되어야 한다.

나. 매수법인은 쟁점금액에 대하여 쟁점업체와 무관한 것을 시인하고 매입세액불공제되었고 이를 납부하였다.

  1) 쟁점업체의 조사 당시 청구인은 쟁점금액에 대하여 쟁점토지 매매 거래시 수령한 대금이라고 진술하여 통지관서는 이를 사실과 다른세금 계산서를 발행한 것으로 확정짓고 2020년 제1기 부가가치세 매출감 경정을 하였다.

 2) 매수법인은 청구인의 은행 부채 550백만원과 개인 부채 500백만원의 인수하는 방식으로 쟁점토지 대금을 청산하였으며, 청구인의 별도 요청에 따라 세금계산서를 발행한 쟁점업체에는 쟁점금액의 부가가치세 상당액인 19백만원을 입금하였다.

3) 매수법인의 경우 통지관서의 조사당시 쟁점세금계산서의 매입세액공제를 부인하여 2020년 제1기 부가가치세를 매수법인에 고지하였고, 매수법인은 이에 대하여 불복 없이 해당 세액을 완납하였다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점금액은 인접토지의 점용 및 사용허가에 대한 대가이기에 쟁점토지의 양도가액에 포함하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련법령

가) 1)국세기본법 제14조 【실질과세】(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

   ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

   ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

나) 2)소득세법 제94조【양도소득의 범위】(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

   ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

    1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

    4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

     가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가․허가․면허 등을 받음으로써 얻는경제적 이익을 포함한다)

다) 3) 소득세법 제96조【양도가액】

   ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

4) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】(2021.1.5. 법령 제31380호로 개정되기 전의 것)

   ③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

    4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서기획재정부령이 정하는 것

라) 4-1)소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】(2021.3.16. 제848호로 개정되기 전의 것)

   ① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

    3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

    6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

 5) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】(2021.1.1. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것)

   ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

    1. 역무의 제공이 완료되는 때

    2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

다.사실관계

  1) 국세통합전산망에 의하면 청구인 및 EEE의 사업이력은 아래와 같다

  2)매수법인 기본사항

  매수법인의 법인등기사항증명서에 따르면 매수법인은 2019.8.19. KK AA시 1237-7 소재에 설립되어, 설립당시 청구인이 사내이사로 재직하다 2019.12.11. 사임한 것으로 나타나며, 2020.1.13. CCC가 대표이사로 취임하였고, 2020.2.20. KK AA시 1235-2 소재로 사업장 이전하였으며, 2021.12.21. 주식회사 BB테크로 상호를 정정하였다.

  3) 청구인은 2020.1.14. 매수법인과 아래와 같이 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서를 작성하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 청구인은 쟁점계약서에 기재된 190,000,000원은 쟁점토지의 매매대금과는 별개로 매수법인이 쟁점업체 EEE에게 지급한 대가이며 청구인의 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하면서 아래의 수정계약서를 제출하였다.

【그림1】 부동산매매계약서

4) 쟁점토지의 등기사항 전부증명서에 따르면 청구인은 2018.4.19. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득하여, 2020.1.29. 매수법인에게 860백만원에 양도한 것으로 나타난다.

【그림2】 쟁점토지 등기사항 전부증명서

 5) 통지관서가 쟁점업체로부터 세금계산서를 수취한 거래처인 매수법인에 대한 문답서, 청구인 및 EEE에 대한 심문조서에 따르면 청구인은 쟁점토지를 판매하면서 공장용지로 개발하는 토지조성공사비로 쟁점금원을 지급 받은 것으로 진술한 것으로 확인된다.

【그림3】 매수법인 사내이사 CCC 문답서

【그림4】 청구인 및 EEE의 심문조서 발췌

【그림5】 통지관서의 조사내용

  6)처분청의 청구인에 대한 양도소득세 결정 및 경정내용은 아래와 같다.

【표3】 처분청의 결정 및 경정내용 (단위 : 원)

구분

무신고(2023.1.6.)

경정(2025.3.1.)

증감

양도가액

860,000,000

1,050,000,000

190,000,000

취득가액

819,962,000

819,962,000

0

기타 필요경비

67,000,000*

67,000,000

양도차익

40,038,000

163,038,000

장기보유특별공제

0

0

양도소득금액

40,038,000

163,038,000

123,000,000

기본공제

2,500,000

세율

40%

40%

결정세액

16,015,200

64,215,200

48,200,000

가산세

7,069,109

36,552,085

29,482,976

총 결정세액

23,084,309

100,767,285

77,682,976

기결정,기고지세액

23,084,309

차감고지세액

23,084,309

77,682,976

*청구인의 과세전적부심사청구에서 청구인이 EEE에게 지급한 비용 67,000천원 필요경비를 추가로 인정해달라고 청구하여 이를 반영하여 경정함

  7) 청구인 제출 자료

 가) 청구인은 쟁점토지 인근 토지가 쟁점업체 대표 EEE 소유이므로 쟁점금원은 쟁점업체가 매수법인에게 용역을 제공한 것이라고 주장하면서 제출한 아래 등기사항 전부증명서에 따르면, EEE은 2014.4.3. 쟁점토지 인근토지인 KK AA시 1234, 1234-3, 1231-8를 취득하여 보유하고 있었던 것이 확인된다.

【그림6】 인근토지 부동산 등기사항 전부증명서

   나) 청구인은 쟁점토지 진입로에 대한 수기도면 및 지적도를 아래와 같이 제출하였다.

【그림7】 쟁점토지 수기도면

【그림7-1】 쟁점토지 및 인근토지의 지적도

   다) 청구인이 제출한 국토교통부 부산지방국토관리청 김해국토관리사무소의 토지대여료 수납현황에 따르면 EEE은 2015.1.1.~2021.12.31.까지 경남 양산시 하북면 3필지, 545㎡에 대한 토지대여료를 납부한 사실이 확인된다.

【그림8】 토지점용료 수납현황

   라) 청구인은 쟁점금액은 쟁점업체의 채권자인 KKK에게 지급하였다면서 아래와 같이 쟁점업체와 KKK의 대금 거래내역을 제출하였다.

  8) 처분청 제시 자료

   가) 매수법인은 2019.10.24. 건축허가 통지를 받았고, 건축허가를 받는 과정에서 KK AA시 1040-1 번지 외 3필지에 대해 진출입로 등의 공동사용을 위해 매수법인은 EEE 간에 합의서 및 동의서 등을 아래와 같이 제출하였으며, EEE 소유의 토지( KK AA시 1234, 1234-3, 1231-8)의 사용을 허락하는 승낙서를 작성한 것으로 나타난다.

<표4> 매수법인의 건축허가 통지서

   나) 진영국토관리사무소가 2019.10.16. 매수법인에 보낸 「도로점용 및 연결 허가」공문에 따르면 도로점용 허가기간은 2019.10.16.∼2028.12.31.까지로 경남 양산시 하북면3필지, 545㎡이며 신규 피허가자인 매수법인이 기존 피허가자인 EEE과 국도 35호선의 국유지 도로를 진출입로로 공동 사용하는 것에 대해 허가받은 사실이 나타난다.

  9) 매수법인은 청구인 및 EEE을 상대로 소송을 제기한바, 해당 사건 판결문(부산고등법원(울산) 2026.1.28. 선고 2025나10198호, 대법원2026다 201554호로 계류중)의 주요내용은 아래와 같다.

  10) 쟁점토지와 관련하여 항공사진 및 로드뷰 사진에 따르면, 2019년 항공사진에는 쟁점업체의 부속토지를 지나야 쟁점토지에 진출입이 가능한 것으로 확인되나, 공사기간 중인(착공일 2020.9.15., 사용승인일 2021.7.13.)중인 2021년 항공사진에는 쟁점토지에서 대로로 직접 연결된 진입로가 확인된다.

라.판단

청구인은 쟁점특약사항에 기재된 쟁점금액 190백만원이 쟁점토지의 매매대금과는 별개로 쟁점업체 EEE토지에 대한 진출입로 사용에 대한 대가로 지급받은 금원이므로 쟁점토지의 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하기에 살피건대,

  앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때 청구인이 제출한 증빙만으로는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  ① 쟁점계약서 상 매도인은 청구인으로 확인되고, 쟁점특약사항은 매도인이 행한 건물신축허가와 그 건물신축허가를 위한 매도인의 토지사용승낙서(동의서)가 유효하다는 사실과, 매도인으로부터 건물신축허가와 토지사용승낙서에 따른 매도인의 모든 법적인 권리의무를 승계하기로 한 대가로 매도인이 쟁점금액을 지급받았음을 확인한다는 내용인바 청구인이 쟁점토지에 대한 가치를 증대시키기 위해 EEE으로부터 토지사용승낙 및 도로공동사용합의서를 받아 건물신축허가를 완료하고 이를 매수법인에게 승계한 후 쟁점금액을 받은 것으로 보는 것이 타당한 점,

  ② 인근토지가 EEE 소유임에도 불구하고 쟁점특약사항 2항에 의하면 매도인 소유의 인근토지의 일부를 신축공장의 진입로 개설을 위하여 필요한 범위 내에서 사용하도록 허락한다고 기재하여 인근토지의 사용을 허락한 사람이 청구인으로 보여지고, 쟁점특약사항 3항에 따르면 매도인이 1,2항에 의한 대가를 직접 지급받은 것을 확인한 점에 비추어 보면 청구인에게 쟁점금액이 귀속된 것으로 볼 수 있는 점,

  ③ 청구인은 쟁점업체 조사시 쟁점업체를 사실상 청구인이 운영한 것으로 진술하였으며, 쟁점금액에 대하여 매수법인에 땅값 860백만원, 공장용지로 개발하는 토지조성공사비(공장용지허가 및 가변차선 허가 등) 190백만원으로 거래하였다고 진술한 점 등으로 보건대 처분청이 쟁점금액을 쟁점토지의 양도가액에 포함하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.