이 유

1.사실관계 및 세무조사결과통지 내용

가.사실관계

 1)청구법인은 2008.4.11. 설립되어 O 플랫폼을 통해 웹 컨텐츠 딜리버리 서비스 등을 국내 고객에게 제공하는 사업을 영위하는 회사로, 청구법인의 지분 100%를 네덜란드 법인인 O Technologies Netherlands BV.가 보유하고 있고, 이를 스위스 법인인 O Technologies InternSonal AG(이하 “S AG”라고 한다)가 100% 지배하고 있어 S AG는 청구법인을 간접적으로 100% 지배하고 있다.

 2)청구법인과 S AG가 속한 O 그룹의 최상위 지배회사는 미국 법인 O Technologies, Inc.(이하 “S”라고 한다)으로 S는 전세계에 콘텐츠 전송 네트워크(Content Delivery Network, 이하 “CDN”¹⁾이라고 한다) 서비스를 공급하는 다국적 기업으로 S 글로벌 사업 중 북미 외 지역에 대한 사업을 S AG가 주관하고, S와 그 관계사는 전 세계 1,300개의 네트워크 사업자와 함께 4,100곳 이상에 위치한 350,000개 이상의 서버를 확보하여 구축한 ‘O 플랫폼’을 통하여 CDN서비스 등을 공급하고 있으며, 특히 청구법인은 국내 고객에게 O 플랫폼 통해 CDN서비스 등을 제공한다.

 3)한편 청구법인은 2010.7.12. S AG와 ‘O AG Services Reseller Agreement(이하 “쟁점계약”이라고 한다)’를 체결하고 계약내용에 근거하여 CDN 서비스 등(이하 “O 서비스”라 한다)을 국내 고객에게 제공하였으며, 고객으로부터 실현한 매출에서 영업비용을 차감하여 구한 영업이익에서 매출액의 3%를 차감한 금액을 재판매대가로 하여 S AG에 2020년부터 2023년까지 202,277,818,633원(이 중 D 관련 매출액 비율에 해당하는 대가인 18,722,729,490원을 “쟁점수수료”라 한다)을 지급하였다.

나.세무조사결과 통지내용

 1)통지관서는 2024.8.29.부터 2025.7.5.까지 청구법인의 2020사업연도부터 2023 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, ①청구법인이 2020부터 2023년까지 각 사업연도 기간에 S AG에 지급한 쟁점수수료는 ｢법인세법｣ 제93조제8호 국내 원천 사용료소득에 해당한다고 보고, 법인(원천)세 936,136,464원 및 법인세 신고시 누락한 지급명세서 미제출가산세 187,227,293원을, ② 청구법인의 직원들 중 일부는 S AG와 실질적인 고용관계를 맺고 S AG의 업무를 수행하였다 보아, 이에 관련한 2020년부터 2023년 각 사업연도 인건비와 관련 임차료 등을 업무무관 비용으로 판단하여 손금불산입 및 기타소득 처분하고 관련 부가가치세 매입세액은 불공제하여 법인세 512,763,332원 및 부가가치세 14,963,931원을 결정·고지하겠다는 세무조사 결과를 2025.7.11. 통지(이하 “쟁점통지”라 한다)하였다.

 2)청구법인은 2025.7.15. 세무조사 결과통지서를 수령하였으며, 2025.8.8. 과세전적부심사를 청구하였다.

2.청구법인 주장

가.당사자의 지위와 쟁점계약 관련 사실관계

 1)S AG는 전 세계에 분산된 엣지 서버 및 네트워크를 운영하여 주로 기업고객을 대상으로 웹사이트·동영상·HTML 문서 등을 이용자에게 빠르게 전달하는 CDN서비스, 앱 및 API와 인프라등에 대한 보안 서비스(이하 “보안서비스”라 한다)와 데이터베이스 및 스토리지 등 클라우드 컴퓨팅 서비스(이하 “클라우드서비스”라 한다) 등 O 서비스를 운영·제공하는 회사로 O 서비스를 운영 및 제공하는 한편 북미를 제외한 각국 시장에서의 판매를 위해 청구법인을 포함하여 영국, 호주, 홍콩 등 약 13개 국가에 소재한 O 계열회사들과 O 서비스 재판매 계약을 체결하였다.

   청구법인은 2010.7.12. S AG와 체결한 쟁점계약 1.1항에 따라 약정된 지역에서 고객들을 대상으로 직접 O 서비스를 마케팅, 재판매하고 고객지원을 수행할 수 있는 권한을 부여받았고, 청구법인은 고객으로부터 실현한 매출에서 영업비용을 차감하여 구한 영업이익에서 매출액의 3%를 차감한 금액을 S AG에게 재판매 대가 수수료로 지급하기로 하였다.

 2)청구법인은 O 서비스를 재판매하고 고객에게 무상 고객지원을 제공하는 한편, O 서비스 재판매에 부수하여 D(이하 “쟁점유상 서비스”)를 함께 제공하였는데, 쟁점유상서비스는 ① O 서비스의 도입이나 환경설정 등 O 서비스를 사용하는 고객을 지원하는 기술지원 용역 및 ② CDN서비스를 통해 전송한 컨텐츠 사용량, 트래픽 모니터링 결과, 고객의 제품 사용 경향을 고려한 제품 추천, 루트 최적화 결과 등을 담은 주기적인 보고서 제공과 같은 사용지원 용역으로 구성된다.

  한편 청구법인의 일부 직원(E, F, G 3인, 이하 “쟁점직원”)은 청구법인이 해외 계열사로부터 위탁을 받은 O 서비스 제공과 관련된 업무를 수행하였다.

나.(쟁점➀)쟁점 수수료를 S AG의 국내원천 사용료 소득으로 보고 한 원천세 및 지급명세서 미제출가산세 관련 쟁점통지는 모두 위법·부당하다.

 1)S AG는 쟁점유상서비스 제공과 관련하여 청구법인에게 노하우 등을 제공하지 아니하였다.

가)통지관서는 각 사업연도별 청구법인의 고객에 대한 매출액 총액에서 쟁점유상서비스 매출액이 차지하는 비율을 쟁점 수수료에 곱한 금액을 쟁점유상서비스에 대한 부분으로 간주하여 S AG의 사용료 소득으로 판단하였는데, 이는 S AG가 쟁점유상서비스와 관련하여 청구법인에게 노하우를 제공하고 청구법인은 그 대가로 쟁점 수수료를 지급한 것이라 보고, S AG의 사용료 소득이라 판단하여 원천징수 대상이라 본 것으로 이해된다.

나)이와 관련하여 대법원은 사용료란 통상 노하우라고 일컫는 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 기술정보를 사용하는 대가를 의미한다고 판시하였고(대법원 2000. 1. 21. 선고 97누11065 판결 등 참조), 법인세법 집행기준 93-132-6은 노하우에 관하여 “지적재산권의 목적물이 될 수 있는지 여부와 관계없이 제품 또는 공정의 산업적 재생산을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보로서 해당 정보를 제공하기 전에 이미 존재하는 것”이라고 규정하고 있다.

다) 통지관서는 S AG가 청구법인의 종업원에게 제공하는 교육 프로그램을 통해 노하우를 이전하였다고 판단한 것으로 이해되나, S AG가 청구법인의 종업원에게 제공한 교육 프로그램은 신규입사자 교육, 세일즈 또는 리더십 교육 등 일반적인 임직원 교육에 해당할 뿐, ‘제품 또는 공정의 산업적 재생산을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보’에 해당하는 교육이라고 볼 여지는 전혀 없다.

라)한편 O 그룹은 프리미엄 서비스(쟁점유상서비스 중 하나)를 구매한 고객에게 1년에 2회 O 서비스에 대한 사용법과 기능에 대한 설명을 제공하는 O University 교육을 제공하는데, 이와 관련하여 청구법인은 O 그룹으로부터 영문으로 된 O University 교육자료를 제공받아 이를 국문으로 번역 및 한국에서 많이 문의하는 FAQ 등의 내용을 추가하여 청구법인의 고객에게 제공하였고 통지관서는 이를 S AG가 노하우 제공이라 본 것으로 이해되는데, 이러한 교육은 O 그룹과 유사한 제품을 취급하는 Q 등 다양한 기업들도 파트너사 또는 고객에게 일반적으로 Q University, R Academy 등 학습 포털을 제공하고 있고, 그 내용상으로도 ‘제품 또는 공정의 산업적 재생산을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보’가 포함되어 있지 않다.

     청구법인이 통지관서에 기제출한 O University 자료에 따르면 O 서비스에 대한 설명 및 이용자의 사용 편의를 위한 H에 불과한 것으로 이러한 수준의 교육은 I사가 제공하는 MS제품(엑셀 등)의 사용법에 대한 고객대상 교육과정과 다를 것이 없다.

    또한 O University 교육 프로그램으로 고객의 제품 이해도가 향상되어 제품 사용 역량이 증가하는 만큼 쟁점유상서비스에 포함되는 기술지원에 대한 고객의 수요는 감소하므로 쟁점유상서비스 매출에 기여하지 못하는 O University 교육 프로그램을 국내 고객에게 제공할 수 있도록 했다는 점에서 청구법인이 쟁점유상서비스에 관련한 노하우를 S AG로부터 제공받고 쟁점 수수료를 지급했다는 통지관서의 주장은 그 자체로 모순되어 성립할 수 없다.

2)쟁점유상서비스는 O 서비스의 재판매에 필수적으로 부수하여 제공되는 용역으로서 그 대가를 재판매대가와 구분되는 별도의 사용료소득으로 볼 수 없다.

쟁점유상서비스는 O 서비스를 재판매할 때 필수적으로 부수하여 발생하는 용역으로, 위 제품 재판매와 패키지로써만 제공되는 기술지원 용역에 해당되고, O 서비스 별개로 제공될 수 없는 용역이므로 쟁점유상서비스는 O 서비스 재판매시 고객에게 함께 제공되는 부수 서비스에 해당된다.

 청구법인이 세무조사 시 통지관서에 제출한 개별기업보고서(Local File)에 따르면, O 그룹은 동 그룹이 취급하는 ‘제품(Products)’에 대하여, “보안, 콘텐츠 전송(CDN), 컴퓨팅 세 가지 핵심 분야에서의 솔루션을 제공하고, 통신망 관련 솔루션도 제공하며, 핵심 솔루션을 이용하는 고객에게 특정 서비스와 지원을 제공”하는 것으로 설명하는 등 O 그룹은 제품의 범위에 솔루션 제공뿐만 아니라 그 솔루션 이용에 부수되는 특정 서비스 및 지원 용역을 포함하는 것으로 정의하고 있다.

이와 관련하여, 대법원은 물품이나 용역의 공급에 부수하여 노하우의 사용이 수반된 경우에는 그러한 공급계약의 대가로 지급된 금원을 사용료 소 득으로 판단할 수 없다고 판단하였는바, 설계대금으로 지급된 금액이 노하우의 대가로서 사용료소득인지 인적 용역의 대가로서 사업소득인지 문제된 사안에서 “이 사건 계약의 주된 목적은 원고가 J에게 특정한 사용의 이 사건 각 플랜트 설비를 공급하는 것이고, 이 사건 각 플랜트의 설비에 관한 설계 및 엔지니어링 용역은 이 사건 각 플랜트 설비를 공급하는데 필수적으로 수반되는 설계 및 도면 작성인 점 등을 이유로 설령 기술력 등의 지적재산 사용이 일부 수반되었다고 하더라도 설계대금의 주된 부분이 ‘인적용역의 대가’인 이상 위 대금을 사용료로 불 수는 없다고 판단한 바 있고(대법원 2015. 6. 24. 선고 2015두950판결), 국세청은 내국법인이 국내사업장이 없는 외국법인으로부터 기계장치를 도입함에 따라 필수적으로 부수되는 설치·조립·시운전 및 사용자 교육 등 용역대가가 당해 기계장치 도입가격에 포함되어 있는 경우에는 사업소득에 해당된다는 입장이다(서면인터넷방문상담2팀-350, 2007.03.02.).

   따라서 설령 통지관서의 주장대로 노하우의 이전이 일부 있었다고 하더라도, 이는 O 서비스 재판매에 부수되어 쟁점 O 서비스의 재판매 대가인 쟁점 수수료에 포함된 것이므로, 쟁점 수수료를 매출액 비율으로 임의 안분하여 O 서비스 재판매와 관련된 대가를 사업소득으로, 쟁점유상서비스 관련된 부분은 사용료소득으로 구분하는 전제에서 이루어진 쟁점통지는 위법·부당함을 면할 수 없다.

3)소결론

  쟁점 수수료를 S AG의 국내원천 사용료 소득으로 보고 한 원천세 및 지급명세서 미제출가산세 관련 쟁점통지는 모두 위법·부당하므로 이를 취소하여야 한다.

다.(쟁점➁)쟁점 직원에 대한 인건비 등을 손금불산입한 것은 부당하다.

1)쟁점 직원에 대한 인건비는 ｢법인세법｣ 제27조의 업무와 관련 없는 비용이 아니다.

   ｢법인세법｣ 제27조제2호는 ‘해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액’(이하 “업무무관비용”)을 손금에 산입할 수 없도록 규정하고 있고, 이에 위임을 받은 시행령 제50조 제1항은 각 호에 그 손금불산입 대상 지출금액을 열거하고 있고, 각 호를 살펴보면 제1호는 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(직원 제외)이 주로 사용하고 있는 자산 관련 지출금, 제2호는 해당 법인의 주주 등이 사용하는 사택 관련 지출금, 제3호는 업무무관 부동산·동산 취득 관련 차입 비용, 제4호는 해당 법인이 공여한 관련법상 뇌물에 해당하는 금전 등 그리고 제5호는 노동조합 업무 종사자에 대한 급여 중 법정 한도를 위반하여 지급한 급여로 규정하고 있는데, 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 각 호의 어느 것에도 해당하지 아니하므로 통지관서가 근거로 삼은 ｢법인세법｣ 제27조에 따른 손금불산입 대상이 아니다.

2)글로벌 기업 특성을 고려할 때 쟁점 직원이 해외관계사의 통제·지시·평가를 받았다고 하여 쟁점 직원이 청구법인의 직원이 아니라고 볼 수는 없다.

    O 그룹은 글로벌 기업으로서 전세계 O 계열사의 인적 자원을 효율적으로 활용하기 위해 매트릭스 형태의 조직을 운영하고 있는데, 매트릭스 조직이란 기능이나 프로젝트를 중심으로 인적자원을 배치함으로써 직원이 소속된 법인 중심에서 벗어나 동일한 기능 또는 프로젝트에 직접 소속되어 그 전문성을 강화하여 조직을 효율적으로 운영할 수 있도록 하는 것으로 주로 다국적 기업들이 선택하는 체계이다.

    매트릭스 조직 운영의 일환으로 쟁점 직원은 해외 O 계열사에 소속된 임직원에게 업무 보고를 하고 통제·지시·평가를 받는데, 이와 같은 매트릭스 조직은 원거리에서 협업이 용이한 IT 업계에서 널리 도입되어 운영되고 있으며 특히 각국에 24시간 인력 운영이 필요한 O의 사업 특성상 불가피한 것이다.

    그럼에도 불구하고 통지관서는 해외 관계사의 임직원에 의해 직무에 대한 보고 및 평가가 이루어진다는 점을 근거로 쟁점직원이 S AG와 실질적 고용관계를 맺었다고 판단하였는데, ｢파견근로자 보호 등에 관한 법률｣ 제2조제1호는, ‘근로자 파견’이란 파견사업주가 근로자를 고용한 후 그 고용관계를 유지하면서 근로자파견계약의 내용에 따라 사용사업주의 지휘ㆍ명령을 받아 사용사업주를 위한 근로에 종사하게 하는 것으로 정의하고 있어, 직무상 지휘ㆍ명령을 하는 사업주에도 불구하고 파견사업주와 근로자가 맺은 고용관계를 인정하고 있는바, 이에 따르면 근로자를 고용한 ‘파견사업주’는 법인세법에 따라 관련 인건비를 손금에 산입할 수 있는 것으로, 해외 계열사 임직원에 대한 직무 보고 및 평가만을 이유로 청구법인과의 고용관계를 부정하고 관련 인건비를 손금 부인할 수는 없다.

또한 쟁점 직원은 여러 해외 관계사의 임직원들과 업무를 수행하고 매트릭스 조직의 여러 중간 또는 최종 관리자에게 직무에 대한 보고를 수행하므로 S AG 간에만 쟁점직원이 실질적 고용관계가 있다고 할 근거는 없는데, 통지관서는 쟁점 직원의 지휘·명령을 하는 관계가 어떻게 구성되어 여러 해외 관계사 중 S AG 간에만 존재한 것으로 보는지에 대한 구체적인 근거를 밝히고 있지 못하고 있다.

  한편, 실체적인 법률관계로서의 고용계약은 청구법인과 쟁점 직원 간 체결되어 있다는 점은 명백하고 따라서 ｢법인세법 시행령｣ 제19조제3호에 따라 청구법인의 임직원인 쟁점 직원의 인건비는 손금산입 대상 손비에 해당한다고 보아야 할 것이다.

3)쟁점 직원이 수행한 업무 내용에 따르면 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 사업관련성과 통상성을 모두 갖춘 ｢법인세법｣ 제19조에 따른 손비에 해당한다.

  쟁점직원은 쟁점계약에 따라 재판매된 O 서비스과 관련한 지원 업무를 수행하였는데 쟁점직원 중 E은 파트너사들의 O 서비스에 대한 이해도를 높여 더 많은 고객들이 O 서비스과 접할 수 있도록 간접적으로 지원하는 것에 직무의 목적이 있는 직원이고, F은 O 서비스 중 보안서비스 제품 판매 후 발생하는 고객 지원서비스를 제공하는 직원으로, 보안 서비스제품과 직접적인 관련성이 있으며, G은 O 서비스를 사용하여 업로드된 컨텐츠가 웹사이트를 통해 이용될 때 필요한 디지털 인증서와 관련한 업무를 수행는 직원으로 CPS를 통해 웹사트 인증서를 자동으로 발급하고 관리하여 고객이 O 서비스를 이용하여 업로드한 컨텐츠가 소비될 수 있도록 하는 직원으로, 간접적인 고객지원 서비스를 제공하는 직원이다.

    위탁받은 업무를 수탁법인이 수행할 경우 해당 업무는 수탁법인의 업무로 볼 수 있는 것처럼, 쟁점직원은 O 서비스과 관련한 지원기능을 수행하고 있으므로 해당 업무는 청구법인의 사업활동과 직접 관련된 것으로 볼 수 있는 것이다.

    더구나 청구법인과 유사한 사업을 영위하는 기업들 역시 쟁점 직원이 제공하는 기능을 고객 및 파트너사에게 제공하고 있다는 점을 고려할 때 쟁점직원 인건비 등은 청구법인 사업과 관련된 통상적인 비용에 해당된다 할 것인데, O 서비스과 유사한 CDN 서비스, 보안 서비스 및 클라우드 서비스를 취급하는 Q, AWS, Google 등도 고객에게 솔루션을 판매하는 것에 그치지 않고, 해당 솔루션의 주기적인 업데이트, 오류에 대한 보수 및 다양한 지원 서비스를 제공하여 고객들에게 간접적인 지원서비스를 제공하고 Q Partner Program, AWS Partner Network 등²⁾의 프로그램을 파트너사에 제공하여, 파트너사가 고객에게 원활하게 판매할 수 있도록 돕고 있으므로, 쟁점 직원에 대한 인건비등은 법인세법 제19조 제2항에 따른 손금산입 대상 ‘손비(損費)’의 요건 즉, ‘사업관련성’ 및 ‘통상성’을 모두 갖춘 인건비에 해당하는 것이다.

다.(쟁점➁)통지관서 주장대로 쟁점직원이 해외 관계사를 위한 업무를 수행한 것으로 본다고 하더라도, 이는 국조법에 따른 정상가격 과세조정의 적용 대상이다.

  ｢국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다)｣ 제7조제1항에 따르면 과세당국은 거주자(내국법인 포함, 이하 같음)와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있으며, 같은 법 제4조 제1항에 따르면 국조법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용하여야 하는데, 청구법인은 S AG와 국조법에 따른 특수관계로서 S AG는 청구법인의 국외특수관계인이므로 쟁점직원이 청구법인의 피고용인으로서 수행하는 업무가 S AG 또는 다른 해외 계열사를 위해 제공되었다고 한다면 일종의 용역을 제공하고 대가를 지급받지 않음에 따라 국조법 제7조 제1항에 따른 정상가격 과세조정 대상인지 여부를 먼저 검토하여 이를 우선 적용하여야 하는 것이고 국조법의 시행령 제15조 제2항에 따르면 정상가격 산출방법을 적용할 때 개별 거래들이 서로 밀접하게 연관되거나 연속되어 있어 거래별로 구분하여 가격·이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 않을 경우에는 개별 거래들을 통합하여 평가할 수 있다.

    앞서 살펴본 것과 같이 청구법인이 쟁점계약에 따라 국내 고객에게 O 서비스 및 관련 서비스를 제공하여 매출을 일으키고 그 대가로 S AG에게 쟁점 수수료를 지급하는 거래와 쟁점 직원의 직무 수행은 밀접한 관계가 있으므로 이를 별도의 거래로 구분하여 정상가격을 산출하는 것은 타당하지 않는데, 한편 쟁점직원의 인건비 등은 수수료 계산 시 영업비용으로 차감된다.

     따라서 쟁점계약의 대가 산정시 쟁점직원에 대한 인건비 등이 늘어날수록 S AG에 대해 지급하는 수수료는 적어지게 되고, 쟁점 직원에 대한 인건비가 감소하면 반대로 지급하는 수수료는 늘어나게 되는 것으로 결국 청구법인은 쟁점거래 관련 매출액 중 일정한 수준의 이익을 보장받고 있는 것일 뿐만 아니라 특히 쟁점직원에 대한 인건비 등은 쟁점 수수료 산정시 차감되므로 이미 S AG로부터 모두 보전받은 것으로 볼 수 밖에 없는 것이다.

   그렇다면 쟁점 수수료를 계산할 때 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 이미 차감되었으므로, 처분청이 이를 업무무관비용으로 재차 손금불산입하는 것은 이중과세를 초래한다는 점에서도 쟁점통지는 위법·부당한 것이다.

라.(쟁점➁)쟁점직원에 대한 인건비 등 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하지 아니하므로, 매출세액에서 공제되어야 한다.

   ｢부가가치세법｣ 제39조제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 이에 위임을 받은 같은 법 시행령 제77조는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위를 ｢법인세법 시행령｣ 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따르도록 하고 있다.

  앞서 살펴본 바와 같이, 쟁점직원에 대한 인건비 등은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조의 업무와 관련이 없는 지출 중 어느 하나에도 해당하지 아니하므로, 관련 매입세액 역시 부가가치세법상 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하지 아니한다.

마. 통지관서의 의견에 대한 항변

 1)(쟁점➀)통지관서가 인용하는 판례, OECD 모델 조세조약 주석서 문단, 관련 예규³⁾는 소프트웨어의 도입과정에서 노하우 등이 함께 제공되었는지 여부가 문제가 된 사안으로, 본건과 전혀 무관하다.

    통지관서가 인용한 판례(대법원 2021. 5. 13. 선고 2021두32989 심리불속행 기각 판결), OECD 모델 주석서 문단 및 관련 예규는 ‘소프트웨어를 도입’하는 대가 중 일부가 노하우에 대한 대가인지 여부가 문제가 된 사안이나, 쟁점 통지는 청구법인이 국내 고객에 제공한 인적용역인 쟁점유상서비스에 대하여 S AG가 청구법인에게 ‘노하우 등’을 이전하였는지 여부가 쟁점이 되므로, 기본적인 사실관계 및 쟁점을 달리하여 본 건에 적용될 수 없다.

    위 판례는 소프트웨어의 판매, 유지보수, 자문, 교육서비스 대가를 모두 노하우의 도입으로 보고 사용료소득으로 과세한 사안인 반면, 본건 통지는 본체인 CDN 서비스의 제공을 인적용역 대가(비과세)로 보면서 본체의 설치 환경을 제공하기 위한 부수된 인적용역인 쟁점유상서비스를 별도로 노하우 제공으로 과세한 점에서 근본적인 문제가 있고 위 사안과 본질적인 차이가 있으며 더욱이 처분청이 인용한 판례는 후속 인터그래프 판결(서울고등법원 2022. 1. 20. 선고 2021누38088판결, 대법원 2022. 6. 16. 선고 2022두36155판결)에서 유사 소프트웨어 제공 및 일련의 대가가 모두 인적용역 대가에 해당한다고 판시한 점에서도 더 이상 유효한 선례로 볼 수 없다.

 2)(쟁점➀)쟁점유상서비스는 O 서비스의 사용을 위한 초기 설정 및 일반적인 H 제공을 위한 인적용역으로서 S AG로부터 노하우의 이전을 수반하지 않는다.

    쟁점유상서비스와 무상서비스는 원천적으로 담당 부서가 다르며, 고객에게 제공하는 서비스 내용도 다음과 같이 다른데 쟁점유상서비스의 경우 고객과 체결한 계약서상 O 서비스의 효율적 사용과 관련된 Q&A와 교육 및 조언을 제공하고 O 서비스 사용 관련 설정을 업데이트하여 제품 사용법에 대한 H를 제공하는 자문 용역에 해당하는 “Professional Services”으로, 쟁점유상서비스에 대해서는 일정 기간 동안(아래 예시의 경우 연 1,740시간) 관련 인력(Professional Service(이하 “PS부서”라 한다), Customer success(이하 “CS부서”라 한다)의 투입시간을 기준으로 청구금액이 설정된다.

    쟁점유상서비스의 작업명세서상 ‘Break-fix support’는 통상적으로 업계에서 ‘Troubleshooting(문제해결)’이라고 지칭하는 것으로 업무 범위에서 제외(Out of Scope)되는데, 이는 제품 사용 중 발생하는 에러 및 장애 처리 등에 대한 것이고 무상서비스 팀(‘Customer Care Department’에서 제공한다는 점이 ‘Out of Scope’에서 명시됨)이 제공하기 때문에 쟁점유상서비스 작업명세서상 업무범위에서 제외되는 것으로 이처럼 청구법인의 쟁점유상서비스를 제공하는 팀은 ‘CS부서, PS부서’이고, 무상서비스를 제공하는 팀은 ‘AkaTec’ 부서로 명확하게 업무가 분장된다.

    통지관서는 O 서비스 사용 중 발생하는 에러현상에 대한 확인, 장애처리 등 ‘문제 해결(Break-fix support, Troubleshooting)’ 서비스(이하 “무상문제해결 서비스”)를 제공하는 것이 쟁점유상서비스에 해당한다는 전제에서, 이와 관련하여 청구법인이 S AG로부터 받은 대가가 사용료소득인지 여부를 판단하고 있으나, 무상서비스는 쟁점유상서비스 업무범위에서 제외되는 것으로 명시되어 있고, 쟁점유상서비스를 제공하는 PS부서 및 CS부서가 아니라 AkaTec부서가 제공하는 서비스라는 점은 명백하다.

    PS부서는 제품의 설정 유지와 구현을 중심으로 업무를 수행하며, CS부서는 고객과의 계약 및 리뉴얼 등 총괄적인 고객 관리업무를 수행하는 반면, AkaTec부서가 제공하는 무상문제해결서비스는 O 서비스를 사용하는 모든 고객에게 무상으로 제공되는 에러현상 확인 및 장애처리등에 해당하고, 쟁점유상서비스와 관련하여 고객에게 청구될 서비스 수수료와 관련되지 않는다.

    고객이 제품을 구매하면서 쟁점유상서비스를 구매하는 경우 해당 고객에 대한 프로젝트 팀을 구성하는데, PS부서 및 CS부서 직원 중에서 그 역할에 따라 EM, TPM, SA의 직책으로 조합하여 구성되고 이때 AkaTec부서의 직원은 SDM직책으로 고객 대응팀 구성을 위해 단순히 배치될 뿐, 쟁점유상서비스 청구비용에서 AkaTec부서 인원의 투입시간은 일체 제외된다.

    이처럼 쟁점유상서비스는 PS부서 및 CS부서 인원의 투입시간에 대해서만 그 대가가 산정되고 AkaTec부서의 인원의 업무와 관련하여서는 대가를 전혀 수취하지 않으며, 통지관서에서 제출한 “PS부서 질문서에 대한 답변서” 1면에도 기재되어 있듯이 PS부서에서 담당하는 쟁점유상서비스 업무의 범위에 대한 진술, 문제 해결에 대해서는 별도 담당부서(AkaTec)으로 전달하는 것으로 양자의 업무 분장이 명확하게 구분될 뿐만 아니라 통지관서에 제출한 ‘고객에게 제공하는 기술지원 설명자료’에도 무상서비스는 장애 대응에 해당하고 쟁점유상서비스는 고객 대응, 분기별 등 제품 사용법 및 운영방안 H 제공하는 것이라는 점 등이 명확하게 기재되어 있다.

  한편, 통지관서는 쟁점계약 제5.2항에 따라 티어2 지원으로 에스컬레이션하여 S AG가 이에 대해 지원해주는 것을 쟁점유상서비스에 관련한 것이라고 주장하나, 티어1 지원 및 티어2 에스컬레이션은 모두 청구법인 AkaTec 부서와 관련한 무상서비스인 것으로 거듭 밝힌 바와 같이 문제해결은 AkaTec부서의 무상서비스 제공과 관련되는 것으로서 티어2 해외 지원도 무상서비스에 관련된 것이다.

    청구법인은 통지관서에 이미 2022년 한 해 동안 발생한 티어2 지원에 대하여 자료를 제출하였고, 각 문제해결 담당자로 기재된 청구법인의 직원들은 전원 AkaTec부서 소속인 점이 확인된다.

    또한 CS부서 직원과 인터뷰한 후 통지관서가 내부적으로 정리한 것으로 보이는 K(CS) 인터뷰에서, ‘CS부서, PS부서가 문제 해결을 ‘처리’한다’고 하는 표현은, 고객이 CS부서에 문제해결을 요청하면 AkaTec 부서로 해당 문제를 이전하고, AkaTec에서 필요한 경우 글로벌팀에 ‘에스컬레이션’한다는 의미에 불과하나, 통지관서는 직접 CS, PS팀이 문제 해결을 수행한다는 취지로 인용하고 있는데 이 부분은 위에서 밝힌 사실관계에 비추어 명백하게 잘못 기재·인용 되었으므로 정정되어야 한다.

    통지관서가 주장하는 ‘기술지원서비스’는 AkaTec부서에서 제공하는 무상서비스에 대한 것으로, 이는 2025.4.30. 통지관서에 제출한 ‘PS 부서 질문서에 대한 답변서’에서 명확히 정정한 바 있음에도 통지관서는 이를 PS부서 및 CS부서가 제공하는 쟁점유상서비스인 것으로 오인하여 쟁점수수료가 노하우 이전에 대한 대가를 포함하여 사용료소득에 해당한다고 주장하고 있다.

 3)(쟁점➀)통지관서는 쟁점유상서비스 관련하여 어떤 노하우가 구체적으로 어떻게 청구법인에게 이전되었는지 전혀 밝히지 못하고 있다.

    통지관서가 ‘PS부서 질문서에 대한 답변서’를 인용하여 노하우 이전의 근거로 삼는 ‘Knowledge Base’는 PS팀, CS팀 및 AkaTec의 각 부서별로 사용하는 사내 및 사외 포털을 통칭한 것이고, PS부서와 CS부서는 X, Product Central, O Tech Docs을, AkaTec부서는 AkaPedia를 각 사용하는데 AkaPedia는 고객응대 매뉴얼 및 FAQ 성격의 정보에 불과하여 청구법인이 그러한 정보를 S AG로부터 제공받더라도 노하우 이전이 있었다고 볼 수는 없는 것이고, AkaTec 부서에서는 매출이 전혀 발생하지 아니하여 S AG에 관련 수수료를 지급하지도 아니하므로 이에 관련하여 노하우 이전과 관련되는 것으로 볼 수 있는 S AG의 소득이 존재하지 않는다.

    PS부서 및 CS부서가 Knowledge Base로 사용하는 포털들은 O 그룹 내 직원간의 업무 관련 포럼을 통한 소통을 위한 포털(X), 제품 매뉴얼, 사양, 업그레이드를 위한 자료등 또는 신제품 출시 뉴스 등을 제공하는 포털(Product Central) 및 누구나 접근 가능하도록 열어둔 제품관련 기술 정보 포털(O Tech Docs)로 구성되는데 O 그룹사 임직원간 정보 공유를 통해 S AG가 청구법인에 노하우 등을 제공하였다고 볼 수 없으며, 임직원 간 공개적으로 주고 받는 해당 시스템 등을 통해 비공개된 노하우가 공유된다고 보기는 더욱 어려울 뿐만 아니라 특히, O Tech Docs는 임직원 또는 고객이 아닌 외부의 제3자도 누구나 접근 가능한 포털로, 비공개성이 인정되지 않다는 점은 명백하다.

    대법원은 ‘국내원천 사용료소득’과 관련하여, ‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’에 대하여 일관되게 ‘비공개성’이 있는 것이라 판시하고 있는바(대법원 2000. 1. 21. 선고 97누11065 판결, 대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결등 다수), ‘청구법인이 S AG로부터 Knowledge Base를 통해 축적된 노하우를 받는 것으로 보인다’는 통지관서의 주장은 성립할 수 없다.

    다음으로 통지관서의 주장과 달리 PS부서 임직원들이 S AG로부터 제공받는 기술교육 역시 PS직원만을 위한 비공개 교육에 해당하지 않으며, PS부서 임직원에 대한 기술교육이 주로 제공되는 webinar는 O 공식 홈페이지에 임직원 또는 고객 여부와 상관없이 공개적으로 공개되어 있고, O 기술 워크숍이라는 섹션 또한 임직원 또는 고객 여부와 상관없이 공개적으로 제공되는 바 이를 통해 노하우 이전이 있었다고 볼 수 없다.

    OECD 모델 조세조약 주석서 11.4 문단에 따르면 ‘순수한 기술적 지원’, ‘기술자가 하는 자문’, ‘비밀 아닌 정보를 소프트웨어 사용자에게 제공하는 데이터베이스 같은 컴퓨터 망을 통한 문제해결 데이터 베이스에 접속하는데 대한’ 지급대가는 노하우의 공급대가가 아닌 용역의 공급대가로 간주되는 것으로 예시되므로, 쟁점유상서비스 관련 시스템에서 제공되는 정보에 대한 대가는 OECD 모델조세조약 사용료소득 규정 주석서상 노하우 이전이 아니라 용역의 공급대가(사업소득)로 간주되는 것에 해당한다.

    통지관서는 대법원 2021. 5. 13. 선고 2021두32989 판결(심리불속행, 원심: 서울고등법원2020누30681, 2020.12.23.)⁴⁾을 인용하여 사용료소득과 관련하여 이전된 노하우 또는 기술이 구체적으로 어떠한 것인지 주장·증명하여야 한다고는 볼 수 없다며 인터뷰 내용 등 정황적인 근거만을 제시하고 있으나 해당 판례는 ‘노하우 또는 기술의 구체적인 내용이 일반적으로 영업비밀로 분류되어 과세관청이 이를 정확히 밝히는 것이 어렵다’고 본 것이지, ‘노하우 또는 기술의 도입이 있었는지 여부를 구체적으로 밝히지 않아도 된다’고 판시한 것이 아니므로, 통지관서가 본 사안에 있어서, 최소한 간접적으로 어떤 경로로 쟁점유상서비스에 대한 노하우 또는 기술의 도입이 있었고, 그것이 어떻게 쟁점 수수료와 직접 관련되는지를 밝히지 못하는 한 쟁점 통지는 위법하여 취소하여야 한다.

 4)(쟁점➀)선례에 따르더라도 쟁점유상서비스 관련 지급수수료 산정 방법은 적정하지 않으며 통지관서가 합리적인 계산방법을 제시하지 못하고 있다.

    통지관서는 조심 2023서10674(2024.12.30. 결정)에 근거하여 쟁점 수수료를 산정한 매출액 비율 안분 방법이 합리적으로 산출한 것으로 주장하나, 해당 심판례는 매출액의 일정 비율을 상표권 사용료소득으로 산정한 처분에 대하여 청구법인이 주장한 영업비용에 대한 매출총이익의 비율 변동에 따른 정상가격 산출방식 등을 종합적으로 고려하여 상표권 사용료의 정상가격을 재조사하여 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다는 취지의 결정례에 불과한 것이다.

    또한, 통지관서는 과세관청에 의해 추계의 합리성이 일응 입증된 경우 더 사실과 근접한 추계방법에 대한 납세의무자 입증책임(대법원 1988.5.24. 선고 86누121 판결)을 주장하며 청구법인이 더 합리적인 계산방법을 제시하지 않는다는 주장을 하나, ｢법인세법｣ 제66조제3항 및 동법 시행령 제104조 제1항 각호에 따른 요건 즉, 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 등이 없거나 미비·허위인 경우 등에 해당하여야만 추계의 방법을 적용할 수 있을 뿐, 쟁점 수수료에 대해서는 추계의 방법을 적용할 사유가 있다는 점을 입증하지 않는 한 통지관서의 추계방법에 따른 소득금액 계산은 위법·부당하며 청구법인에게 입증책임을 전환할 수는 없다.

 5)(쟁점➁)청구법인과 쟁점 직원은 고용관계를 맺고 있으며 해외 관계사 소속 관리자의 직무상 지휘·명령을 근거로 실질적 고용관계를 부정할 수 없다.

    통지관서는 쟁점 직원에 대한 인건비등과 관련하여 직원 3인이 S AG와 실질적 고용관계를 맺고 업무를 수행하였다는 점을 쟁점 통지에 경정 사유로 제시하였으나, 쟁점 직원이 해외 관계사 소속 관리자의 지시를 받으며, S AG의 기능과 관련된 직무를 수행한 사실 외에 S AG와 실질적 고용관계가 성립된다고 볼 수 있는 확실한 근거를 제시하지 못하고 있다.

    쟁점 직원은 청구법인과 법률상 고용관계를 맺고 청구법인 사업과 관련된 직무를 수행하였으며 청구법인의 대표자 등의 지휘체계에 속하여 통지관서에 제출된 바 있는 청구법인의 조직도에도 모두 포함되어 있으므로 쟁점 직원과 청구법인간 실질적 고용관계가 부정될 수 있다는 판단은 납득하기 어렵고 명확한 근거가 없다.

    또한, 파견사업주는 파견근로자에 대한 사용사업주의 직무상 지휘·명령에도 불구하고 근로자와 맺은 고용관계를 인정하고 관련 인건비는 손금에 산입한다. 이처럼 근로자 파견의 예시는 직무상 지휘·명령을 하는 관리자가 소속된 사업주와의 실질적 고용관계를 주장하는 통지관서의 경정 사유에 대한 명확한 반례에 해당하는 것으로 인정된다.

 6)(쟁점➁)쟁점직원의 지휘·명령 체계는 다국적기업에서 나타나는 매트릭스 조직구조에 따른 이중적 구조로서 일반적인 것이다.

    매트릭스 조직구조 전통적 조직설계의 원칙인 명령일원화의 원칙을 위반한 이중지휘체계로서 2017년 갤럽 조사에 따르면 미국 종업원들의 84%가 매트릭스와 이중적 구조 하에서 일하고 있는 것으로 나타났다.

    쟁점 직원과 같이 청구법인과 고용관계를 맺고 국내 조직도 하에서의 지휘체계에도 놓이고, 동시에 기능적으로는 O 그룹 조직의 지휘체계에도 속하는 매트릭스 조직구조는 다국적 기업에 일반적인 운영방식이며, 특히 O 그룹과 같은 미국계 기업에서는 널리 받아들여지는 것이므로 이에 따른 인건비 등 부담은 통상성이 있음에도 불구하고 통지관서는 별다른 근거 없이 ‘글로벌 기업의 특성과는 무관’하다는 주장으로 일축할 뿐 반박하지 못하고 있다.

 7)(쟁점➁)국외특수관계인과의 거래는 포괄적으로 정상가격 과세조정 대상이 되는 국제거래에 해당하며 업무위탁의 형식은 필수적인 요건이 아니다.

    정상가격 과세조정의 적용대상이 되는 국외특수관계인과의 국제거래는 ‘거래 당사자 중 어느 한쪽이나 거래 당사자 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대차(貸借), 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래’(국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호)이며, 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용(｢국세기본법｣ 제14조 제2항)한다.

    따라서 S AG와 같은 해외 계열사로부터의 지휘·명령에 따른 업무 수행에 대해 계약의 형식을 갖추지 아니하였더라도 실질적으로는 S AG와의 업무협약 등 위수탁 계약의 실질에 따라 재판매 관련 국제거래의 일부로서 S AG에 대한 쟁점 수수료 정상가격 산정에 포함되어 보전받은 것으로 인정되어야 하는 것이다.

3.통지관서 의견

가.(쟁점➀)쟁점 수수료를 S AG의 국내원천 사용료 소득으로 보고 한 원천세 및 지급명세서 미제출가산세 관련 쟁점통지는 적법하다.

 1)청구법인은 기술지원서비스와 관련하여 S AG로부터 산업상·상업상· 과학상 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 제공받았다.

  가)쟁점계약에 따라 청구법인은 CDN서비스와 유상으로 기술지원서비스를 국내 고객에게 제공하고, 고객으로부터 실현한 매출에서 영업비용을 차감한 영업이익에서 매출액의 3%를 차감한 금액을 재판매대가로 하여 S AG에 2020년부터 2023년까지 202,277,818,633원을 지급하였는데, 쟁점계약상 청구법인은 고객에게 판매하는 서비스는 S AG로부터 구매하여 O AG 포털⁵⁾에 명시된 모든 서비스를 재판매하도록 하고 S AG에게 서비스 매입대가 명목으로 대가를 지급하도록 하고 있는데 ‘부록B. 가격책정’의 기재에 따르면 그 대가는 CDN서비스 매출과 기술지원서비스 매출을 합산한 총액에 대하여 매입대가를 계산한 금액이다.

 기술지원서비스는 CDN서비스를 이용하는 고객이 요청하는 경우 별도 계약에 의하여 유상으로 제공되며, 고객 중 일부만이 이용하는데, 기술지원 서비스를 제공받은 대표적인 고객은 L, M, 쿠팡 등이다.

  나)｢법인세법｣ 제93조제8호나목의 “산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우”를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가는 국내원천 사용료소득에 해당하고, 한-스위스 조세조약 제12조제3호는 “산업상, 상업상이나 학술상의 경험에 관한 정보에 대한 대가로 받는 모든 종류의 지급금”이 사용료에 해당한다고 규정하고 있으며, 대법원은 ‘과세관청으로서는 소프트웨어의 도입이 단순한 상품의 수입과는 구별되는 노하우 또는 그 기술의 도입에 해당한다는 점을 주장․증명하면 충분하고, 해당 노하우 또는 기술이 구체적으로 어떠한 것인지 주장․증명하여야 한다고는 볼 수 없다(그와 같은 노하우 또는 기술의 구체적인 내용은 일반적으로 영업비밀로 분류되어 과세관청이 이를 정확히 밝히는 것은 매우 어려워 보인다)’고 하면서 ‘이 사건 소프트웨어의 각 특성 및 기능, 개발과정과 함께 가격 결정구조 및 판매방식, 컨설팅, 유지보수, 교육용역 등 기술지원 내용 등을 상세히 밝히면서 단순히 하나의 상품으로서 이 사건 소프트웨어를 수입하여 국내 판매를 대행한 것이 아니라, 소프트웨어의 기능 구현 및 판매, 기술지원 등에 관한 노하우 또는 기술을 도입한 것임을 충분히 주장, 증명하였다고 보아야 한다’고 판시하였다(대법원 2021.5.13.선고 2021두32989 판결 참조).

  이와 같이 법인세법, 조세조약 규정 및 대법원 판례에 비추어 판단컨대, 아래 항에서 설명하는 바와 같이 청구법인은 S AG로부터 공개되지 않은 특별한 지식이나 축적된 경험, 노하우 및 기술이전을 받았으므로 쟁점대가는 사용료에 해당한다.

  다)청구법인이 고객에게 제공하는 기술지원서비스는 청구법인 소속 기술 인력이 개별 고객에게 CDN서비스를 이용하면서 발생하는 수많은 문제에 대한 해결책을 제시하는 것으로, 청구법인은 고객에게 기술지원서비스를 제공하는 과정에서 기술상의 문제를 해결하지 못하는 경우 해결방법을 제공받는 등 “다양한 지원”을 통해 S AG로부터 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 제공받았다.

  청구법인도 2025.3.6. 제출한 “D⁶⁾ 거래에 대한 의견서”에서도 기술지원서비스는 S AG로부터 “다양한 지원”을 받아 공급하는 재판매활동의 일환이기 때문에 S AG에 지급한 서비스 대가가 적정하다는 취지로 답변하였고 나아가 통지관서가 청구법인의 기술지원 부서인 Professional Services(이하 ‘PS’라고 한다)팀에 질의한 질문서에 대한 답변에 의하면 청구법인은 본사(S AG를 뜻함)에서 운영하는 Knowledge base를 통해 문제 해결방법과 기술을 습득한다고 답변하여 S AG는 PS직원들에게 기술교육도 진행 청구법인은 S AG로부터 O 그룹의 전 세계 이용자들의 사용과정에서 특별한 지식이나 축적된 경험이 담긴 교육자료 제공 및 직접적인 인력교육을 제공받았다는 사실이 확인되는데 이 때 청구법인이 S AG로부터 제공받는 Knowledge base는 S AG에 축적된 노하우 저장소에 해당하는 것으로 보이고 기술인력인 청구법인의 PS직원들이 S AG로부터 제공받는 기술교육은 노하우에 해당한다 할 것이다.

그 외에 쟁점계약 제5조에 의하면 재판매법인(청구법인을 뜻함)은 고객의 문제를 자체적으로 해결할 수 없는 경우 티어2 지원으로 에스컬레이션⁷⁾하고, S AG는 문제 해결을 위한 일련의 툴과 교육을 제공함으로써 지원기술지원을 하는 것으로 규정되어 있고,청구법인이 2025.5.29. 제출한 ‘티어2 서비스 지원내역’에 의하면 청구법인이 2022년 한 해 동안 S AG로부터 제공받은 티어2 지원건수는 총 133건이며, 주된 문제 내용은 에러현상에 대한 확인요청, 장애처리, 트래픽증가 원인 및 방안 확인 등의 내용으로 확인되는데, 청구법인의 기술지원 조직인 Customer Success (이하 ‘CS’라고 합니다) 팀에 소속되어 “N”를 고객으로 담당하는 직원인 K의 인터뷰 내용에 따르면, CDN서비스를 사용하는 고객이 네트워크 상의 문제가 발생할 경우 1차적으로 조사대상법인 내 기술조직인 CS팀, PS팀이 처리하지만, 처리가 안 될 경우 2차로 글로벌팀에 문제를 전달하여 해결방법을 제공받는다고 진술한 점들을 고려하면 쟁점계약 제5조의 “티어2 지원”과 청구법인 직원 K이 인터뷰에서 밝힌 S AG와 Global team의 지원은 노하우의 제공에 해당한다.

 2)기술지원서비스는 CDN서비스에 필수적으로 부수하여 제공되는 용역이 아니라 독립된 별개의 용역이다.

가)기술지원서비스는 CDN서비스와는 별도로 판매되는 서비스이다.

    청구법인과 S AG는 쟁점계약에서 청구법인의 거래상 지위를 재판매업자로 규정하였고, 청구법인이 제출한 ‘D 거래에 대한 의견서’에서는 기술지원서비스도 재판매되는 상품(또는 서비스)의 일종이라고 주장하였는데 위 의견서에 따르면 쟁점계약에 의해 재판매하는 서비스에는 CDN서비스 뿐만 아니라 기술지원서비스도 포함된다고 하며, 그 이유는 쟁점계약 1.1조에서 재판매업자가 O AG 포털에 명시된 독점서비스 모두를 재판매하는 자로 규정하고 있고 기술지원서비스도 O AG 포털에 별도로 명시되어 있기 때문이라고 하는 등청구법인의 주장에 따르더라도 기술지원서비스는 O AG포털에 별도의 상품(서비스)으로 명시하여 CDN서비스와는 별도로 판매되고 있고 CDN서비스를 이용 중인 일부 고객만이 선택적으로 구매하고 있으므로 CDN서비스의 부수 제공용역에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

나)유상인 기술지원서비스는 CDN서비스에 부수되는 부수 기술지원과는 구별되는 독립적인 서비스이다.

      청구법인이 2024.12.9. 통지관서에 제출한 ‘고객에게 제공하는 기술지원 설명자료’에 따르면 CDN서비스만을 구매한 고객도 청구법인으로부터 별도의 대가없이 일정한 기술지원(이하 “부수 기술지원”이라 한다)을 받을 수 있는데, 이는 기술지원서비스와는 달리 CDN서비스에 부수하여 제공되는 것으로 부수 기술지원은 CDN서비스를 구매한 고객의 기본적으로 발생하는 문제에 대하여 청구법인의 Akatec 조직이 대응하여 해결하는 무상 A/S개념의 지원이며, 별도의 대가 없이 CDN서비스 구매대가에 포함되어 제공하는 용역이므로 CDN서비스의 부수용역에 해당한다.

      반면, 기술지원서비스는 CDN서비스를 구매한 고객 중 일부가 더 전문적이고 개별적인 기술서비스를 받고자 할 경우 필요에 의해서 구매하는 고객 맞춤형 기술서비스이므로 CDN서비스에 필수적으로 부수되는 서비스에 해당하지 않고 별도로 제공되는 독립된 서비스이고, 만약 CDN서비스를 구매하는 모든 고객이 기술지원서비스를 구매하여야 하거나, 기술지원서비스를 구매하지 않으면 CDN서비스를 정상적으로 이용할 수 없다면 기술지원서비스가 필수적으로 부수된다고 볼 수 있을 여지가 있으나, 청구법인은 기술지원서비스와 부수 기술지원을 구분하지 않고 모두 부수용역이라고 잘못된 주장을 하고 있다.

 3)쟁점대가는 S AG에 지급하는 매입대가를 CDN 등 재판매 매출과 기술지원서비스 매출로 구분한 비율로 안분하여 합리적으로 산출한 것이다.

조심 2023서10674(2024.12.30. 결정) 심판 결정에 따르면, 조세심판원은 ‘청구법인이 네덜란드법인 등에 지급한 글로벌소싱상품대가에 로컬소싱제품의 상표권 사용료가 포함되었는지 여부는 관련 거래의 계약 및 실질 내용, 상표권 사용료의 지급체계의 변화 및 그 경위 등을 종합적으로 고려하여 판단할 것으로, 네덜란드법인이 영국법인에 지급할 상표권사용료 계산 시 청구법인의 로컬소싱 매출액이 포함된 전체 매출액을 기준으로 하여 산정한 것으로 나타나는바, 네덜란드법인이 로컬소싱제품에 대한 상표권 사용료를 청구법인으로부터 지급받지 않았다면 전체매출액을 기준으로 상표권 사용료를 산정할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 네덜란드법인에 지급한 글로벌소싱상품매입대가에 로컬소싱제품에 대한 상표권 사용료가 포함되어 있다고 보는 것이 타당하다’고 결정하였으며, 로컬소싱제품의 매출액을 바탕으로 상표권 사용료금액을 안분 계산한 처분청의 주장에 대한 다툼은 없었다.

  이 사건 청구법인은 통지관서의 자료요구에 따라 2020년부터 2023년 각 사업연도의 매출을 CDN 등 재판매 매출과 기술지원서비스 계약에 따른 매출로 구분하여 제출하였고, 통지관서는 CDN서비스 대가에 S AG의 노하우 이전에 따른 사용료소득이 포함되었다고 보고 이에 대한 대가를 합리적으로 산출하기 위해 연간 총 매출액 대비 기술지원서비스 매출 비율을 적용하여 쟁점대가를 산출한 것인데 S AG의 노하우 제공은 청구법인의 기술지원서비스 관련 매출로 이어지므로 S AG에 지급한 서비스 대가 중 기술지원서비스 관련 매출액 비율에 해당하는 금액을 사용료로 산출한 것은 적정하다.

 4)청구주장에 대한 반박

가)청구법인은 S AG가 종업원에게 제공하는 교육프로그램을 통한 노하우의 이전은 없었다고 주장하며, 해당 교육은 신규입사자 교육, 세일즈 또는 리더십교육 등 일반적인 임직원 교육에 해당한다고 주장하나, 통지관서가 주장하는 S AG의 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 이전에 대한 근거는 재판매 계약서에 명시되고 청구법인 기술지원 부서 직원의 인터뷰 및 기술지원서비스 거래에 대한 의견서 등에서 확인된 S AG의 자문 및 교육내역이며, 이는 S AG의 노하우가 이전되었다고 봄이 상당할 뿐만 아니라, 대법원 역시 ‘통상 노하우란 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 기술정보를 사용하는 대가를 의미하며, 소프트웨어의 기능, 도입가격, 특약내용 기타 제반사정에 비추어 종합적으로 판단해야 한다’고 판시하였으며, ‘노하우 또는 그 기술이 프로그램의 제작기법에만 한정되는 것은 아니므로 반드시 소스코드의 제공이 있어야만 사용료소득에 해당하는 것은 아니다’고 판단하고 있는바(대법원 2000.1.21.선고 97누11065 판결 참조), S AG가 제공하는 기술지원, 교육자료 등은 제품 또는 공정의 산업적 재산상을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보의 제공의 일환으로 볼 수 있으므로, 통지관서가 S AG에 지급하는 쟁점대가를 노하우 이전에 따른 사용료로 보아 한 원천세 및 지급명세서 미제출가산세 관련 결과통지는 적법하다.

나)청구법인은 기술지원서비스는 CDN서비스 재판매에 필수적으로 부수하여 제공되는 용역으로 별개 제공이 불가하다고 주장하며, 외국법인으로부터 기계장치를 도입함에 따라 필수적으로 부수되는 설치·조립·시운전 및 사용자 교육 등 용역대가를 예를 들며 쟁점대가도 사업소득에 해당한다고 주장하나, 재판매 계약서상 청구법인이 S AG로부터 매입하여 재판매하는 CDN서비스 재판매 거래에서 그 지급대가는 여러 가지 성격의 원가로 구성되어 있으며, 그 가운데 S AG의 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 이전대가가 포함되어 있음에도 불구하고, 사용료가 포함되지 않았다고 하는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

다)통지관서는 청구법인이 S AG에 지급하는 매입대가를 CDN서비스 재판매 매출과 기술지원서비스 매출로 구분한 비율로 안분하여 합리적으로 쟁점대가를 산출하였는데, 그럼에도 불구하고 청구법인은 쟁점대가를 매출액 비율로 임의 안분하였다고 주장하고 있을 뿐 CDN서비스 대가 중 어느 정도가 노하우 이전에 따른 대가에 해당하는지 제시하지 않았다.

     대법원은 과세관청에 의해 추계의 합리성이 일응 입증되었을 때에는 좀 더 사실과 근접한 추계방법이 존재한다는 것에 대하여 납세의무자에게 입증책임을 부담 지우고 있는바(대법원 1988.5.24.선고 86누121판결). 통지관서는 청구법인에 S AG에 지급하는 CDN서비스 대가 중 S AG가 제공하는 노하우에 해당하는 대가에 대하여 구분 요청하였으나 제출되지 않았으며, 가장 합리적인 방법으로 총 매출 대비 기술지원서비스 매출 비율을 적용하여 사용료소득을 산정하므로, 만약 통지관서의 사용료소득 산정방법보다 더 합리적인 산출방법이 있다면 이러한 합리적 산출방법은 청구법인이 제시해야 할 문제라 할 것이다.

 5)소결

  청구법인이 2020년부터 2023년까지 각 사업연도에 스위스 국외특수관계법인 S AG에 지급한 CDN서비스 대가에는 S AG가 제공하는 산업상·상업상· 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 관련 사용료가 포함되었다고 보는 것이 타당하며, CDN서비스 대가에 포함된 쟁점대가를 구분하기 위한 가장 합리적인 방법은 기술지원서비스 관련 매출액 비율로 안분하는 것이다.

나.(쟁점➁)쟁점 직원이 수행한 업무에 따르면 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 사업관련성과 통상성을 갖추지 못한 업무와 관련 없는 비용에 해당한다.

 1)｢법인세법｣ 제19조제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비 금액으로 한다고 규정하고 같은 조 제2항은 위 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 법인에 소속된 직원에게 지급한 인건비의 경우에 있어서도 무조건 전부 손금에 산입될 수 있는 것은 아니라고 할 것이고, 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것에 한하여 손금에 산입될 수 있다.

 2)청구법인이 2024.11.27. 제출한 직무기술서 및 2025.5.8. 제출한 국외관계사 업무 수행직원 관련 설명자료에 따르면, 쟁짐직원인 F은 글로벌 고객사를 대상으로 한 보안공격 이슈 및 컴플레인 대응, G은 글로벌 고객사를 대상으로 한 디지털 인증서 발급·관리, O은 한국, 중국, 일본 등 O APAC 지역의 파트너사 기술지원 교육이 주요 담당업무이고, 쟁점 직원이 수행한 업무는 청구법인 매출 증대에 직접적으로 기여하지 않는 업무이다.

가)F의 2025.4.23. 통지관서 인터뷰 내용에 따르면, F은 O 글로벌 고객사가 보안 문제(디도스 공격 등)에 노출된 경우 실시간으로 보안 공격에 대한 취약점을 확인하고 이에 대응하는 업무를 수행하였다고 진술하였고 그 소속 조직은 글로벌 SOCC⁸⁾로 진술하였는데, 글로벌 SOCC가 상대하는 고객사는 국내 고객사가 아닌 글로벌 고객사로 확인되었다.

나)G의 2025.4.28. 통지관서 인터뷰 내용에 따르면, G은 O 글로벌 고객사의 인증서를 발급·관리하는 업무를 수행하였는데 인증서의 경우 고객사가 직접 인증기관(DigiCert, GlobalSign 등)에 발급을 신청할 수 있지만 O 고객사를 대신하여 G이 인증서 발급 신청을 대행하고 관리하는 업무를 수행한 것으로, O 글로벌 고객사의 인증서를 관리하는 업무는 총 4인으로 구성된 CPS⁹⁾ 운영팀을 통해 수행되며 팀장은 G이고 팀원은 3명으로 각각 미국, 호주, 폴란드에 거주하나 지역과 관계없이 모두 글로벌 업무를 수행하는 것이 확인되었다.

다)E의 2025.5.7. 통지관서 인터뷰 내용에 따르면, 파트너사를 통해 고객에게 제공하도록 하여 유통채널의 다변화 및 저비용으로 다수 고객을 확보하는 사업전략에 따라, E은 APAC(Asia-Pacific, 인도, 아세안, 홍콩, 대만, 한국, 중국, 일본, 호주, 뉴질랜드) 지역 내 O 그룹 계열사와 관계를 맺고 있는 파트너사에 대한 교육활동 및 기술지원 업무를 수행하였는데, 파트너사에 서비스의 구조, 기능, 장점, 사용법, 문제 시 해결 방법 등에 관하여 교육활동 및 기술지원을 함으로써 파트너사가 최종 고객에게 원활하게 O 서비스를 제공하였고 APJ(Asia Pacific&Japan) Pre-Sales 팀 소속이다.

 3) ｢법인세법｣ 제19조제2항에서 말하는 ‘사업과 관련하여 발생한 비용’은 해당 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여 사업상 필요성이 인정되는 비용을 의미하는 것으로 직원에게 지급한 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 사업관련성과 통상성을 갖추지 못하였으므로 법인세법 제19조에 따른 손금에 해당하지 않는다.

가)청구법인의 주요 사업 내용은 S AG로부터 O서비스를 제공받아 국내 고객(N 등) 및 파트너사 등에 판매하는 과정에서 영업과 계약을 수행하는 업무인데 쟁점 직원의 업무는 앞서 본 것과 같이 O APAC 지역의 파트너사 또는 글로벌 고객사를 대상으로 한 교육, 보안, 인증서 관리 등 지원 업무로 확인된다.

    청구법인은 쟁점 직원은 O 서비스과 관련한 지원기능을 수행하고 있으므로 해당 업무는 청구법인의 사업활동과 직접 관련된 것이라고 주장하나, 모회사·자회사·관계사의 법인격은 엄연히 독립적인 것으로 전세계 글로벌 O 관계사가 모두 O서비스와 관련한 사업활동을 수행한다고 하여 O 서비스과 관련한 지원기능을 수행한다는 이유만으로 모회사 또는 관계사가 부담해야 할 비용을 청구법인이 대신 부담할 수는 없는 것이다.

나)한편 ｢법인세법｣ 제19조제2항에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하는데, 청구법인은 청구법인과 유사한 사업을 영위하는 기업들 역시 쟁점 직원이 제공하는 기능을 고객 및 파트너사에게 제공하고 있다는 점을 들어 쟁점 직원에 대한 인건비 등이 청구법인의 사업과 관련한 통상적인 비용에 해당한다고 주장하나, 청구법인 매출증대에 기여하는 당사의 국내 고객이 아닌 글로벌 관계사의 고객을 위해 업무를 수행한 직원에게 지급한 인건비는 동일한 상황에 다른 회사들은 지출하지 않았을 비용에 해당한다고 할 것이다.

다)쟁점 직원은 법적으로는 청구법인과 고용관계에 있지만 업무 수행에 있어 청구법인 소속 임직원의 지시와 통제를 받지 않는다는 점에서 실질적으로는 청구법인과 종속적인 관계에서 청구법인에게 근로를 제공하였다고 볼 수 없다.

   쟁점 직원이 청구법인과 근로계약서를 체결하였다는 사실만으로는 쟁점 직원이 청구법인을 위해 근로를 제공하였다고 단정할 수 없는 것으로, 대법원 역시 근로기준법상의 근로자에 해당하는지 여부는 계약의 형식이 고용계약인지 도급계약인지보다 그 실질에 있어 근로자가 사업 또는 사업장에 임금을 목적으로 종속적인 관계에서 사용자에게 근로를 제공하였는지 여부에 따라 판단하여야 하고, 위에서 말하는 종속적인 관계가 있는지 여부는 업무 내용을 사용자가 정하고 취업규칙 또는 복무(인사)규정 등의 적용을 받으며 업무 수행 과정에서 사용자가 상당한 지휘·감독을 하는지 등 여러 조건을 종합하여 판단하여야 한다고 판시하는바(대법원 2007.9.7. 선고 2006도777 판결), 근로자의 수행업무와 고용주가 영위하는 사업 활동과의 연관성을 파악하기 위해서는 근로자가 수행한 업무와 관련한 작업 결과에 대해서 어느 기업이 위험과 책임을 부담하는지 고려하여야 한다 할 것이다.

      청구법인이 2024.11.27. 제출한 직무기술서에 따르면 쟁점 직원은 글로벌 매트릭스 조직의 관리자에게 직무에 대한 보고를 수행하고 담당업무와 관련하여 청구법인 소속 임직원의 지시와 통제를 받지 않고, 이에 따라 쟁점 직원 중 1인인 G이 O 인도법인의 고객사가 요청한 인증서 발급 업무를 처리하지 않았다 하여 청구법인이 G의 작업결과에 대하여 위험과 책임을 부담하지는 않는 것이다.

      또한 청구법인은 2025.5.8. 조사과정에서 통지관서에게 쟁점 직원에 대한 설명자료를 제출하였는데, 해당 자료에 따르면 쟁점 직원은 법적으로는 당사와 고용관계에 있지만 사실상으로는 당사의 사업과 무관한 업무를 수행하고 있다고 설명하였다.

 4)청구주장에 대한 반박

  청구법인은 쟁점 직원이 수행한 업무 내용에 따르면 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 사업관련성과 통상성을 모두 갖춘 ｢법인세법｣ 제19조에 따른 손비에 해당한다고 주장하며, 위탁받은 업무를 수탁법인이 수행할 경우 수탁법인의 업무로 볼 수 있으므로 쟁점 직원의 업무는 청구법인의 수탁업무로 보아 청구법인의 사업활동과 직접 관련이 있는 것이라고 주장하나, 청구법인은 S AG 또는 다른 O 그룹 관계사로부터 쟁점 직원의 업무를 위탁받았다는 관련 근거자료를 제출한 사실이 없고 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 상기 검토한 바와 같이 사업관련성과 통상성이 충분히 입증되지 않은 비용이므로 ｢법인세법｣ 제19조에서 규정하는 손비의 범위에 해당하지 않는다.

다.(쟁점➁) 쟁점 직원이 수행한 업무 활동은 S AG에게 근로를 제공한 것일 뿐, 법인과 법인 간 지위에서 청구법인이 해외 관계사에게 위탁받은 용역을 제공한 것이 아니므로 정상가격 과세조정 대상이 아니다.

  청구법인은 쟁점 직원이 해외 관계사를 위한 업무를 수행한 것으로 본다면 이는 국조법에 따른 정상가격 과세조정의 적용 대상이라고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인과 쟁점 직원 사이에 실질적 고용관계가 없고 쟁점 직원이 수행한 업무 활동은 S AG에게 근로를 제공한 것이므로 법인과 법인 간 지위에서 청구법인이 해외 관계사에게 위탁받은 용역을 제공한 것이 아니다.

    한편, 청구법인은 O서비스 재판매 거래와 관련하여 청구법인은 S AG로부터 매출액 중 일정한 수준의 이익을 보장 받고 있어 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 S AG로부터 모두 보전 받았다고 주장하나, 쟁점직원 업무 수행과 관련하여 업무협약 등 구체적인 형태의 약정이 체결되지 않았을 뿐 아니라 이익을 가산한 대가의 산정방법, 쟁점 직원에 대한 인건비 등에 대응되는 구체적인 수익창출의 수준 등에 대해서도 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 S AG와의 재판매 거래와 쟁점 직원 업무 수행의 대가 수취 사이의 관련성을 인정할 수 없다.

라.쟁점 직원에 대한 인건비 등 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다.

 가) ｢부가가치세법｣ 제39조제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령 으로 정하는 것에 대한 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 이에 위임을 받은 동법 시행령 제77조는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위를 ‘｢법인세법 시행령｣ 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바’에 따르도록 하고 있다.

    청구법인은 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조의 업무와 관련이 없는 지출 중 어느 하나에도 해당하지 아니하므로 부가가치세 매입세액불공제 대상이 아니라고 주장하나, 쟁점 직원과 관련한 임차료 및 관리비는 법인세법 시행령 제50조 제1항 제1호에 따라 ‘해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금에 해당하므로 부가가치세 매입세액불공제 대상에 해당한다.

 나)청구법인은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조제1항제1호의 ‘다른 사람’에 대해 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다는 단서 규정을 들어 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조의 업무와 관련이 없는 지출에 해당하지 않는다고 주장하나, 상기 검토한 바와 같이 쟁점 직원은 법적으로는 청구법인과 고용관계에 있지만 업무 수행에 있어 청구법인 소속 임직원의 지시와 통제를 받지 않는다는 점에서 실질적으로 청구법인과 종속적인 관계에서 청구법인에게 근로를 제공하였다고 볼 수 없으므로 쟁점 직원이 사용하는 회사 공간에 대한 임차료 등 관련 매입세액 역시 부가가치세법상 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다.

 다)쟁점 직원이 수행한 업무가 청구법인의 사업과 관련한 고유 업무와 직접적인 연관이 없는 점, 쟁점 직원은 청구법인 소속 임직원의 지시와 통제를 받지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 부담한 쟁점 직원에 대한 인건비 등은 손금불산입 대상에 해당한다.

마. 청구법인의 항변에 대한 의견

 1) 쟁점① 항변에 대한 처분청의 반박 의견

가)통지관서가 인용한 대법원 및 하급심 법원 판례, OECD 모델 주석서 문단, 관련 예규는 소프트웨어 도입과정에서 노하우 등이 함께 제공되었는지 여부가 문제된 사안으로 본 건과 무관하다는 청구법인의 주장에 관하여, 서울고등법원 은 ‘과세관청으로서는 소프트웨어의 도입이 단순한 상품의 수입과는 구별되는 노하우 또는 그 기술의 도입에 해당한다는 점을 주장·증명하면 충분하고, 해당 노하우 또는 기술이 구체적으로 어떠한 것인지 주장·증명하여야 한다고는 볼 수 없다(그와 같은 노하우 또는 기술의 구체적인 내용은 일반적으로 영업비밀로 분류되어 과세관청이 이를 정확히 밝히는 것은 매우 어려워 보인다.)’고 판시하였고(서울고등법원 2021.3.8. 선고 2020누30681 판결, 대법원 2021.5.13. 선고 2021두32989 심리불속행 판결) 이는 ‘노하우’를 이전받은 대가에 대하여 사용료 소득으로 과세할 때 과세관청의 입증책임이 완화된다는 취지이다.

   법원이 노하우가 구체적으로 어떤 것인지 증명할 필요가 없다고 한 것은 “노하우”가 영업비밀이라는 특성에 기인한 것이므로, 노하우의 이전이 소프트웨어를 도입하는 거래에서 이루어진 것인지 조사법인의 경우와 같이 기술지원서비스를 공급하는 과정에서 해외관계사로부터 노하우를 전달받았는지에 따라 차이가 있을 수 없고 따라서 위 판례에 따르면 통지관서로서는 노하우를 조사법인이 이전 받았다는 점을 입증하면 충분하고 노하우·기술의 구체적인 내용까지 일일이 밝히고 증명할 필요는 없다할 것인데 이는 노하우의 구체적인 내용은 영업비밀에 속하므로, 과세관청이 외부에서 확인·증명하기 어려운 영역이기 때문이다.

   통지관서가 제시한 예규 서이46017-11635, 2003.9.15.는 내국법인이 국내 고정사업장이 없는 미국법인으로부터 기술서비스의 하나로 볼 수 있는 전산정보서비스 계약(Management InformSon Service Agreement)을 체결하고 전산처리용역을 제공받은 경우에 있어서, 용역의 제공내용이 동 분야에 대한 공개되지 아니한 특별한 지식이나 축적된 경험·노하우 및 기술이전이 내포되어 있는 경우에는 그 지급하는 대가가 인적용역소득에 해당하지 않고 사용료소득으로 보아 과세한다는 내용이고 위 예규는 그 용역의 제공내용에 노하우가 내포되어 있는 경우에는 사업소득이 아닌 노하우의 제공으로 보아 사용료 소득으로 과세됨을 명확하게 하고 있으므로, S AG로부터 제공된 정보에 대한 대가가 용역의 공급대가(사업소득) 라고 주장하는 이 사건 청구 주장 당부를 판단시 적용될 중요한 예규이다.

 나)청구법인은 S AG로부터 지원받는 모든 문제해결에 대해 일반적인 단순 오류에 대한 문제해결로 보아 이는 Akatec 업무에 해당하며, 이를 통한 노하우 이전은 없었다고 주장하지만 이는 사실관계를 오인하여 비롯된 주장이다.

   청구법인은 작업명세서(SoW)를 제시하면서, 작업명세서에 기술되어있는 문제해결(Break-fix surpport)은 무상 A/S 부서인 Akatec의 업무이므로 D 업무 범위에서 제외된다고 주장하나, 작업명세서(SoW)는 청구법인으로부터 Professional Services 등 D를 구매한 고객사와 청구법인이 D에 대한 작업 범위 등을 규정하기 위해 맺은 별도의 계약으로 D의 업무 범위를 기술해 놓은 계약서이며, D 업무 범위는 ①O 서비스를 극대화하기 위한 매일 일어나는 Q&A 및 교육, 자문제공, ② 하이터치 관리형 구현을 통해 입증되고 재현 가능한 방법론을 활용한 업데이트 등 기술통합 및 수정으로 기재되어 있고, 해당 업무 기술 역시 D 부서인 PS, CS팀이 수행하는 문제해결에 대한 설명이다.

   청구법인의 기술지원부서인 PS, CS팀이 수행하는 기술적인 문제해결과 A/S 부서인 Akatec에서 처리하는 문제해결은 다른 차원이다.

   또한 청구법인은 기술지원서비스 담당 직책별 역할에서 기재된 SDM (Support Delivery Manager)에 대하여 무상 A/S 부서인 Akatec이라고 주장하지만, 청구법인이 제출한 직무기술서(Job Description¹⁰⁾)와 조직 연락망(O Korea Contacts)¹¹⁾에서 SDM은 CS팀의 인원으로 확인되고, 청구법인 CS팀의 SDM을 담당하는 R의 담당업무는 O Premium 3.0 등 기술지원서비스를 구매한 고객들의 이슈를 대응하면서 에스컬레이션 하는 업무로 기재되어 있으며, 청구법인이 제출한 기술지원서비스 담당 직책별 역할 문서에서도 SDM의 역할이 ‘심각도가 높은 문제에 대해 글로벌팀(S AG를 뜻함)에 에스컬레이션을 요청’이라 기재되어 있는데 그럼에도 불구하고 청구법인은 이를 무상 A/S 부서인 Akatec 업무의 일부분이라고 근거 없는 주장을 하였다.

   청구법인은 당초 PS팀에서 수행하는 기술지원에 대해 기술적인 문의나 신규 구현에 해당할 경우 PS팀에서 수행하며 그 외 일반적인 오류에 해당할 경우 A/S 부서인 Akatec에서 처리한다고 설명하였으므로, 청구법인 기술지원부서인 PS, CS팀은 Akatec과 구별된 고차원적인 기술문제에 대해 해결하는 부서가 명확한 것으로, D를 수행하는 PS, CS팀 인력은 고도의 기술을 사용하는 기술지원부서이며, S AG로부터 지원받는 교육 및 별도자료는 청구법인 기술지원부서를 대상으로 한다.

   청구법인 쿠팡 고객사 영업 담당 U 이사는 청구법인 기술지원 조직에서 수행하는 기술지원에 대해 설명하면서 ‘파트너사가 할 수 있는 기술 설정 및 구현은 O 포털에서 원클릭으로 할 수 있는 영역이지만, 청구법인 기술지원 조직인 CS팀이 하는 기술 설정 및 구현은 코딩 레벨로 설정해야하는 부분이 있다’고 인터뷰 하였는데, 이처럼 청구법인 기술지원 인력은 고도의 기술을 사용하는 기술지원 부서이고 이들이 해결하지 못하는 문제인 tier 2의 문제는 글로벌의 기술적인 지원이 필요하며 쟁점계약 5.2항에서 티어2 지원에는 관련 정보를 수집하는 데 사용할 수 있는 디버깅 기법 및 절차가 포함될 수 있다고 명시되어있으며, 실제로 청구법인이 S AG로부터 지원받은 내역은 기제출한 근거 자료인 ‘티어2 서비스부서 지원내역’에서 확인된다.

 다)통지관서가 기술지원서비스 관련 노하우가 구체적으로 어떻게 이전되었는지 밝히지 못하였다는 주장은 사실과 다르다.

     S AG로부터 이전받은 노하우 중 첫 번째는 ‘Knowledge Base’로 이는 O 그룹의 전세계 전문가들이 CDN서비스의 제공과정에서 습득한 경험과 전문적 기술의 저장소에 해당한다.

   청구법인은 O 그룹사가 X라고 명칭한 Knowledge Base를 청구법인의 기술지원서비스 제공부서인 PS팀, CS팀에서 이용한다고 하고, 항변서의 ‘부서별 Knowledge Base’에서는 X에서 제공되는 정보를 ‘전세계 O 임직원이 업로드 가능한 그룹 내 포털로, 주로 임직원이 제품 구현시 접한 Case 등을 포스팅(블로그 형식)한다’고 기재되어 있다.

     청구법인 PS팀에 질의한 질문서에 대한 답변에서도 청구법인은 본사(S AG를 뜻함)에서 운영하는 Knowledge base를 통해 문제 해결방법과 기술을 습득하고, S AG는 PS 직원들에게 의무교육과 Live Session을 진행한다고 설명하였으므로, 이러한 Knowledge base의 한 예로 X가 사용되고 있는 것으로 판단된다.

   이는 한-스위스 조세조약 제12조 3호에서는 ‘산업상, 상업상이나 학술상의 경험에 관한 정보에 대한 대가로 받는 모든 종류의 지급금’이 사용료 소득 대상인 바, 청구법인이 항변서에 직접 기재한 X나 포털 내 제공되는 정보는 ‘산업상, 상업상이나 학술상의 경험에 관한 정보’라는 정의에 부합되고, W기술협회에서 제공하는 정보통신용어사전에 의하면 Knowledge Base란 특정 분야의 전문가가 지적 활동과 경험을 통해서 축적한 전문지식이나 문제해결에 필요한 사실과 규칙 등이 저장되어 있는 데이터베이스를 뜻하므로, 위 사실관계와 종합하여 판단하면 청구법인은 S AG와 그 관계사가 해외에서 운영하는 노하우 저장소인 X를 통하여 노하우를 이전받았음이 명확하다.

  S AG로부터 이전받은 노하우 중 두 번째는 교육으로 이전받는 노하우로, 청구법인의 기술지원서비스부서의 직원들은 O 그룹으로부터 교육을 받고 있으며 비정기적으로는 직접 시연(Live session)을 통한 교육도 진행된다.

     청구법인의 기술지원서비스부서인 PS, CS팀의 직원들은 해당 분야의 전문적이고 숙련된 기술자로 청구법인의 PS, CS팀의 전문기술자들이 S AG로부터 받는 교육과 기술 시연(Live session)은 고객에게도 제공되는 통상 정보일 수 없고 고급기술이나 O그룹사의 경험에 해당하고 이처럼 청구법인은 S AG로부터 교육이라는 방법으로 산업적, 상업적 경험을 전수받았으므로 이는 사용료 소득 과세대상인 노하우에 해당한다.

     S AG로부터 이전받은 노하우 중 세번째는 S AG의 글로벌팀으로부터 국내에서 해결되지 않는 문제의 해결방법을 전달받는 것으로, 청구법인이 기술지원서비스의 제공시에 글로벌팀의 문제해결방법 지원이 있었다는 사실은 기술지원서비스 의견서 및 PS팀 질문에 대한 답변서, PS팀 직원의 인터뷰에서 확인된다.

     청구법인은 항변서에서 S AG의 글로벌 팀으로부터 부수 기술지원 부서인 Akatec이 문제해결 방법을 제공받은 사실은 있다고 시인하고, 제공받은 정보를 부수기술 지원에만 사용하였는데 이는 무상이므로 제공받은 문제해결방법은 노하우로 과세할 대상이 아니라는 기괴한 주장을 하고 있는데,

   기술지원은 무상이 아니고 유상인 사실은 위에서 본 바와 같고, 통지관서가 과세대상으로 삼은 것은 S AG로부터 이전받은 노하우이므로 이를 기술지원 서비스가 아닌 CDN서비스 제공시 이용하였다고 하여도 국내원천 사용료 소득에 해당할 것이며 다만 이 사건 조사에서는 CDN서비스에 부수되어 별도의 대가의 산정이 곤란함에 따라 과세대상으로 삼지 않은 것이다.

 처분청은, 청구법인이 S AG로부터의 기술지원서비스와 관련하여 문제해결 방법을 제공받은 사실이 있고, 문제해결 외에 다른 노하우도 제공받았음을 구체적으로 특정하였기에 쟁점통지를 한 것임을 명확하게 언급하고자 한다.

 라)모델조세조약 사용료소득 규정 주석서상 노하우 이전이 아니라 용역의 공급대가(사업소득)로 간주된다는 주장에 대하여, 청구법인의 유상서비스인 기술지원서비스는 CDN 서비스에 부수되는 기술지원과는 구분되는 것으로 유상으로 제공되는 기술지원서비스는 CDN서비스를 구매한 고객 중 일부가 더 전문적이고 개별적인 기술서비스를 받고자 할 경우 필요에 의해서 구매하는 고객 맞춤형 기술서비스이고 PS, CS 직원은 자주 질문되거나 자주 일어나는 일반적 문제에 대해 지원하는 성격의 업무를 수행에 대해 S AG로부터 지원받기 보다는, 자체 해결하기 어려운 전문적이고 개별적인 문제에 대해 지원 받는다.

     통지관서는 청구법인의 기술지원부서에서 해결하지 못하는 문제에 대한 내용과 이에 대한 S AG의 지원에 대한 내용을 확인하고자 하였으나, 고객사의 정보로서 기밀사항이라고 하며 고객사의 문제 해결을 위한 설정 구현에 관한 업무자료에 대하여 제시하지 않았고 실제로 통지관서가 청구법인에게 설정구현 과업수행에 대한 자료를 요구하였을 때도 청구법인은 고객사의 비밀이라고 하여 거의 모든 내용을 음영처리한 자료를 제시하기도 하였다.

 마)기술지원서비스 관련 지급수수료 산정 방법은 적정하지 않는다는 주장에 대하여, 이는 외관상 하나의 상품매매 계약일지라도 소득의 성격 구분에 따라 상품매매 대가는 얼마든지 사업소득과 사용료소득으로 나누어질 수 있다는 점을 간과한 주장이다.

   2010 OECD 이전가격가이드라인 제6.17 문단에서는 ‘이전가격이 제품 및 무형자산에 대한 일괄가격인 경우에는 구체적인 사실관계 및 상황에 달려 있기는 하지만 구입자가 제공된 기술에 대하여 사용료를 추가적으로 지급할 필요는 없을 것이다. 사용료에 대해 원천징수하는 국가에서는 별도의 독립거래 사용료를 계산하기 위하여 이러한 일괄가격책정을 분리할 필요가 있을 수 있다’라고 규정하고 있어, 일괄가격정책을 분리하여 과세권을 행사할 수 있도록 하였다.

   또한 2017 OECD 이전가격가이드라인 제3.12항 문단에서는 ‘제3자간 거래에서도 일괄거래에는 국내법 혹은 소득에 대한 조세조약상 다른 세무처리를 해야하는 요소들이 포함될 수 있는데 예를 들면 사용료 지급은 원천징수 대상이나 리스 대가는 순이익 부분만 과세대상일 수 있다. 그런 경우에도 일괄적으로 이전가격을 결정하는 것이 적절할 수 있다. 그리고 과세당국은 그러한 다른 세무적인 이유로 가격을 패키지의 각 요소에 할당하는 것이 필요한지 여부를 판단할 수 있을 것이다.’라고 규정하고 있어 국내법 혹은 조약상 다르게 세무처리해야 하는 요소에 대해 가격을 각 요소에 할당하여 과세권을 행사할 수 있음을 명시하였다.

   이처럼 청구법인이 S AG에 지급하는 CDN 매입대가에는 S AG로부터 노하우를 제공받고 지급한 사용료가 포함되어 있으므로 일괄가격책정을 분리하여야 하는데, S AG의 노하우 제공은 청구법인의 기술지원서비스 매출로 이어지므로 관련 매출액 비율에 해당하는 금액을 사용료로 산출한 것은 적정하다.

 바) 소결

   위와 같이, 청구법인이 스위스 S AG에 지급한 쟁점대가는 S AG가 제공하는 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우에 대한 대가로 지급한 사용료에 해당한다.

 2)쟁점② 항변에 대한 처분청의 반박 의견

  청구법인의 항변에 대하여는 이미 본 답변서에서 충분히 진술하였으므로, 별도의 추가 답변 없이 종전 답변의 취지로 갈음하며, 아울러 본 답변서의 기재 내용 전반이 청구법인의 항변에 대한 반박 취지를 충분히 포함하고 있음을 다시 한 번 밝히고자 한다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 1)쟁점유상서비스는 S AG의 노하우 이전을 수반하지 않는다는 청구주장의 당부

2)쟁점직원에 대한 인건비 등을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1)법인세법 제19조【손금의 범위】(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부 개정 되기 전의 것)

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

1-1)법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】(2022.2.15. 대통령령 제32418호로 일부 개정되기 전의 것)

  법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

 3. 인건비[내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비로서 ｢소득세법｣ 제127조제1항에 따라 근로소득세가 원천징수된 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]

2)법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 불산입】

  내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

   1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

   2.제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액 으로서 대통령령으로 정하는 금액

2-1)법인세법 시행령 제50조【업무와 관련이 없는 지출】

  ① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

   1.해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소· 건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 ｢대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률｣ 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

 3)법인세법 제93조【외국법인의 국내원천소득】

  외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

  8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상·상업상·과학상의 기계·설비·장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

    나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

4)법인세법 제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】

➀외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호및제4호부터제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 따른 국내원천 부동산 등 양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서 등에 납부하여야 한다.

   6.제93조 제8호에 따른 국내원천 사용료소득: 지급금액의 100분의 20

5)부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】(2022.12.31. 법률 제19194호로 일부 개정되기 전의 것)

➀제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5-1)부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】(2024.1.1. 대통령령 제33271호로 일부 개정되기 전의 것)

  법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 ｢소득세법 시행령｣ 제78조 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

6)한국-스위스 조세조약 제12조 【사용료】(2012.07.25.)

 1. 일방체약국에서 발생하여 타방체약국의 거주자에게 지급되는 사용료에 대하여는 동 타방국에서 과세할 수 있다.

 2. 그러나 그러한 사용료는 그 사용료가 발생하는 체약국에서도 그 체약국의 법에 따라 과세할 수 있다. 다만, 그 수취인이 그 사용료의 수익적 소유자인 경우, 그렇게 부과되는 조세는 사용료 총액의 5퍼센트를 초과하지 아니한다.

  3. 이 조에서 사용되는 “사용료”란 영화필름을 포함한 문학적, 예술적 또는 과학적 작품에 관한 모든 저작권, 특허권, 상표권, 디자인이나 신안, 도면, 비밀 공식 또는 공정의 사용 또는 사용권, 또는 산업적, 상업적 또는 과학적 경험에 관한 정보에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금을 말한다.”

7)법인세법 통칙

   93-132…7 【노하우와 독립적인 인적용역의 구분 】

    ① 법 제93조 제8호 나목의 ¨정보 또는 노하우¨란 지적재산권의 목적물이 될 수 있는 지 여부와 관계없이 제품 또는 공정의 산업적 재생산을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보로서 동 정보를 제공하기 전에 이미 존재하는 것을 말한다.

  ② 기술자(엔지니어)가 정형화된 전문직업적 용역이나 정형화되지는 않았으나 그 용역의 성질이 동종의 용역수행자가 통상적으로 보유하는 전문지식이나 기능을 활용하여 수행하는 용역(이하 ‘기술지원용역’이라 한다)은 영 제132조 제6항 제4호에 정하는 인적용역에 해당된다.

  ③ 제1항에서 말하는 정보 또는 노하우 해당 여부는 특히 다음 각호의 요소를 고려하여 결정한다.

   1. 비밀보호규정이 있거나 제3자에게 공개되지 못하게 하는 특별한 장치가 있는지 여부

   2. 기술용역제공대가가 당해 용역 수행에 투입되는 비용에 통상이윤을 가산한 금액을 상당히 초과하는지 여부

   3. 사용자가 제공된 정보 또는 노하우를 적용함에 있어서, 제공자가 특별한 역할을 수행하도록 요구되는지 또는 제공자가 그 적용결과를 보증하는지 여부

  ④ 내국법인이 외국법인과 체결한 기술도입계약상 도입대상이 제1항의 정보 또는 노하우와 제2항의 기술지원용역으로 혼합되어 있는 경우에도 다음 각호에 따라 소득을 계산한다.

   1. 계약상 제공하는 정보 또는 노하우와 기술지원용역 중 어느 부분은 당해 계약의 주된 부분을 구성하고 있고, 다른 부분은 부수적이며 보조적인 부분으로 구성되어 있는 경우에는 당해 계약상의 전체 지급대가를 그 계약의 주된 부분의 소득으로 한다.

   2. 상기 1호 이외의 경우에는 전체 지급대가를 계약상 제공하는 정보 또는 노하우의 대가의 크기, 작업시간, 주당임금 등을 기초로 하거나 기타 합리적인 기준에 의하여 정보 또는 노하우의 대가와 기술지원 용역의 대가를 구분하여 계산한다.

다. 사실관계

1)청구법인 기본사항

가)청구법인은 서비스업을 목적으로 2008.4.11. 서울 강남구에 개업한 법인으로, 외국인투자법인인 유한회사이며 감사보고서 기재에 따르면 웹 컨텐츠 딜리버리 서비스를 한국고객에게 판매하는 사업을 영위한다고 기재되어 있다.

❙청구법인 주요내용❙

나)청구법인 감사보고서 및 통지관서의 이전가격조사 보고서에 따르면, 청구법인은 미국 소재 O Technologies,Inc^*의 국내 자회사로 국내 N, 네이버클라우드 등에 콘텐츠 전송 네트워크(CDN)서비스, 클라우드 서비스, 보안 서비스 등을 제공하고 있고, 스위스 법인인 S AG가 네덜란드 법인인 O Technologies Netherlands B.V.를 통해 청구법인을 간접 지배하고 있는 것으로 확인된다.

❙청구법인 출자관계^* 및 역할❙

 * 청구법인의 Y은 O Technologies,Inc로, CDN 서비스, 클라우드 서비스, 보안 서비스를 제공하며 나스닥에 상장된 법인으로 S&P 지수에 포함

다)통지관서가 제출한 청구법인 연락망 등 기재에 따르면 청구법인은 Sales, Pre-Sales, CS, PS 등으로 부서가 구분되어 있고, 한국매니저 Z을 포함하여 63명의 임직원이 있는 것으로 기재되어 있으며 감사보고서 손익계산서에 따르면 2020 사업연도 급여는 5,304백만원, 2021 사업연도 급여는 5,407백만원, 2022 사업연도 급여는 5,942백만원, 2023 사업연도 급여는 6,595백만원으로 기재되어 있다.

❙청구법인 부서 구성(2024년 기준)❙

❙청구법인 손익계산서 일부 발췌 ❙

(단위 : 원)

라)2020년부터 2023년까지 각 감사보고서 및 법인세 신고내역을 발췌하여 정리하면 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

2)세무조사 결과통지 내용

    통지관서는 청구법인이 S AG에게 지급한 대가 중 일부는 국내 원천 사용료소득에 해당한다고 보았고, 쟁점직원은 S AG와 실질적인 고용관계를 맺고 S AG의 업무를 수행한 자라고 보아 쟁점 직원에 대한 인건비 등을 업무무관 비용으로 손금불산입(기타소득)하고 관련 부가가치세 매입세액은 불공제하였다.

❙세무조사 결과통지 일부 발췌❙

(단위 : 원)

3)S AG와 청구법인의 계약 내용 및 회계처리

가)통지관서가 제출한 ‘Akami AG Service Reseller Agreement’ 기재에 따르면 청구법인은 2010.7.1. S AG와 쟁점계약을 체결하였고, 청구법인은 O AG의 포털에 명시된 독점 서비스를 마케팅하고 재판매하며 지원할 권한을 갖는 비독점 리셀러로서 ‘(a) 리셀러가 해당 연도 동안 고객에게 재판매한 O AG 서비스로부터 발생한 수익’에서 ‘(ⅰ) 시장 요율 퍼센트(3%) × 리셀러가 해당 연도 동안 고객에게 재판매한 O AG 서비스로부터 발생한 수익’과 ‘(ⅱ) 리셀러의 운영 비용을 뺀 금액’을 O AG에게 지급하기로 한 것으로 확인된다.

  쟁점계약서는 임명, 고객, 마케팅, 교육 및 고객 지원 등의 항으로 구성되어 있고 각 항 주요내용은 아래와 같은데 이 외에 서비스의 구체적인 내용은 기재되어 있지 않다.

나)2020년부터 2023년까지 청구법인 감사보고서 ‘11. 특수관계자와의 거래’ 중 ‘(2) 특수관계자와의 주요 계약’에 쟁점계약 내용이, ‘(3) 특수관계자와의 주요 거래 내용’이 각 기재되어 있는데 이를 일부 발췌하여 정리하면 다음과 같다.

❙청구법인 감사보고서 11항 일부 발췌❙

4)쟁점계약 대상인 D 관련 청구법인과 통지관서의 주장

가)청구법인이 쟁점계약에 따라 S AG로부터 O 서비스 재판매 권한을 받아 국내 고객사들에게 CDN 서비스 등을 제공하는데 이를 도식화하면 다음과 같다.

나)통지관서가 심리 중 제출한 청구법인에 대한 ‘이전가격 조사보고서’에 청구법인의 부서 구분이 기재되어 있고, 청구법인이 고객사 사업 환경에 맞추어 CDN 서비스 등을 원활히 사용할 수 있도록 별도로 판매한 기술지원 상품을 D로 구별하여 조사한 사실이 확인된다.

❙‘이전가격 조사보고서’ 일부 발췌❙

다)청구법인이 이전가격을 조사받을 당시 통지관서에 제출한 것으로 보이는 ‘#13. 고객에게 판매하는 Service & Support 내역 및 매출처별 판매 내역’에 따르면 서비스 내역이 프리미엄, 어드밴스, 플러스 등으로 구별하여 기재되어 있다.

❙‘#13. 고객에게 판매하는 Service & Support 내역 및 매출처별 판매’ 일부 발췌❙

    통지관서가 파악한 청구법인의 매출 중 D 관련 매출을 정리하면 다음과 같은데, 이는 청구법인이 제출한 2022년 인보이스를 취합하여 D 매출을 검토하여 산출한 것이고, 2022년 인보이스 외에 상세 인보이스 및 업체별 매출현황 자료는 제출되지 않았다고 하였다.

(단위 : 백만원)

라)청구법인은 쟁점계약 대상인 서비스에 관하여 표로 정리하여 제출하였고, CDN서비스, 클라우드 서비스, 보완 서비스와 구분되는 판매전·후 서비스의 아래와 같은 구분에 관하여 통지관서는 이견은 없으나 S AG의 지원을 받게 되는 티어2 서비스에 대하여 이견이 있다고 주장한다.

5)D 관련 제출 증빙 자료 검토

가)통지관서는 쟁점계약 1.1을 근거로 청구법인이 판매하는 서비스는 O AG 포털에 명시된 모든 서비스를 재판매 하는 것이고, O 서비스의 가격 H에도 CDN서비스 및 유상의 기술지원서비스가 별도 표시되어 있으므로 청구법인이 S AG에 지급하는 매입대가에는 CDN서비스 및 유상의 기술지원서비스에 대한 대가가 모두 포함되어 있다고 주장하는 한편, O 플랫폼 화면 캡쳐본을 제출하였다.

    ‘Price & Discount Guide’ 화면상 판매하는 제품 중 Global Traffic Management- Standard, Premier 서비스 등이 별도로 나열되어 있다.

(이면 이 하 여백)

    CDN 상품의 ‘Price & Discount Guide’ 화면상 용량별(GB)로 구별되어 있다.

    D 상품 가격 H 화면에는 해당 서비스 사용료가 기재되어 있는데, ‘Enterprise’와 ‘Security’로 항목이 나뉘어 있으며, ‘Enterprise’의 경우 ‘370,000’ 외에 Custom이라 기재되어 있다.

나)청구법인에게 부서별 역할을 문의하자, 2025.4.15. 통지관서에 기제출한 ‘D 담당 직책별 역할 및 해외 지원 절차’와 동일한 파일을 제출하였다.

    이 중 SDM에 대하여, 청구법인은 무상서비스를 제공하는 AkaTec 부서라고 표시하였고, 통지관서는 청구법인이 기제출한 직무기술서를 근거로 CS라고 주장하였는데 연락망 기재에 따르면 CS-SDM으로 기재되어 있다.

다)청구법인은 서비스 주문서와 작업명세서를 제출하면서, 서비스 주문서상 ‘Professional Service’가 D로 O 서비스의 효율적 사용 관련 교육과 조언을 제공하는 자문 용역이고 이는 PS와 CS의 투입시간 기준으로 청구금액이 설정되는 것으로 S AG가 지원하는 티어2 서비스와 별개인 것이며, 작업명세서상 ‘Out of Scope’로 업무 범위에서 제외하고 있는 것이 제품 사용 중 발생하는 에러 처리에 관한 것으로 이는 무상서비스팀인 AkaTec 부서가 제공하는 서비스로 ‘24/7 Customer Care department’가 ‘AkaTec’부서라고 하였다.

    이에 대하여 통지관서는 문제해결, 즉 기술지원 서비스는 그 종류와 난이도에 따라 SP, CP팀 또는 AkaTec팀이 담당하게 되는 것으로, 작업명세서 (SoW)에 기술지원서비스의 업무범위(In Scope)에 기술된 매일의 Q&A 및 교육, 자문제공과 하이터치 관리형 구현을 통해 입증되고 재현 가능한 방법론을 활용한 업데이트 등 기술통합 및 수정 업무는 유상서비스인 기술지원서비스 부서가 수행하는 문제해결이고, 이는 청구법인이 AkaTec팀 담당이라고 주장하는 ‘Out of Scope’에 기재된 지원서비스와 별개라는 주장이다.

라)청구법인은 2022년 티어2 업무지원 관리 파일이라며 ‘2022 Korea_ER_LOE_ InfomSon’라는 제목의 엑셀파일 출력본(이하 “티어2 서비스 지원 내역”이라 한다)을 제출하였고, 이는 AkaTec 부서에서 해결이 안 되는 경우 티어2 업무지원으로 해외에 도움을 청한 사례 전부(All case)로로 해당 파일에 기재된 직원인 AA 등은 모두 AkaTec 부서에 근무하는 자들이라고 주장하는데, 청구법인 연락망 기재에 따르면 청구법인 주장대로 AA, AB, AC, AD, AE은 AkaTec 부서에 속하는 것으로 확인된다.

*이에 따르면 청구법인이 2022년 S AG로부터 제공받은 티어2 업무지원건수는 총 133건이며, 주된 문제 내용은 에러 현상에 대한 확인요청, 장애처리, 트래픽증가 원인 및 방안 확인 등의 내용으로 확인됨

마)통지관서는 쟁점계약 관련 이전가격 조사 시 청구법인이 2025.3.6. 제출한 ‘D 거래에 대한 의견서’를 제출하였고, 청구법인 스스로 ‘쟁점 D는 S AG로부터 다양한 지원을 받아 공급하는 재판매활동의 일환이므로 청구법인이 S AG에 지급한 서비스 대가가 적정하다’고 주장했다는 취지이다.

❙D 거래에 대한 의견서 일부 발췌❙

바)통지관서는 청구법인의 PS부서에 보낸 질문서에 대한 답변서를 제출하였고, PS팀 직원들이 사용하는 Knowledge base 중 X가 노하우에 해당한다는 취지이다.

  이에 청구법인은 Knowledge base에 관하여, 청구법인이 2025.5.28.경 통지관서에 제출한 ‘D 담당 직책별 역할 및 해외 지원 절차’ 답변서상에 언급된 ‘내부 플랫폼’에 대한 것이고, 이는 구현 중인 제품의 효율성을 높이기 위한 것으로 고도의 기술적 판단이나 전문적인 노하우가 수반되는 지원에 해당하지 않는다는 점에 대하여 통지관서와 대면 미팅에서 설명한 바 있다고 주장한다.

❙‘D 담당 직책별 역할 및 해외 지원 절차’ 발췌❙

    청구법인은 Knowledge Base에 관하여 아래와 같이 정리하여 제출하면서 해당 화면을 캡쳐하여 설명과 함께 제출하였다.

  (1)청구법인은 X에 관하여 청구법인 PS부서에서 관련 사례를 찾아보고 싶을 때 또는 사례를 포스팅하고자 할 때 접속하고 아래 예시는 Article 포스팅으로, O 그룹 소속 해외 임직원이 보안/접근 관리 제품(KSD, AAP, ASM)간의 제품 변경, 다운그레이드 하는 업무를 수행하면서 경험한 과정에서 총 소요시간이 몇 시간 정도 걸렸는지 설명한다고 주장한다.

  (2)청구법인은 Product Central에 관하여 전세계 O 임직원 또는 O 서비스를 구매한 고객이 접속할 수 있는 포털로, 제품 사양(정보), 가이드북, 매뉴얼, 신제품 출시 관련 뉴스 등이 업로드 되어 있고 신규 기능, 보안 패치, 버전 업그레이드 관련 자료들도 퍼블리싱된다고 설명하며 캡쳐화면을 제출하였다.

(이면 이 하 여백)

  (3)청구법인은 O Tech Docs가 O 임직원이나 고객이 아닌 제3자 누구나 접속할 수 있는 포털로(인터넷 주소 생략), O Product Central 포털보다 기술적인 측면에서의 제품 정보 및 관련 레퍼런스를 제공하고 있으며 그 예로 O 전제품에 대한 설정, 구현방법, 튜토리얼, 개발자 Tool, 릴리즈노트(버전별 변경사항), H, API, 코드 예시등 정보를 제공하고, O 서비스를 직접 설정 및 구현하는 고객들은 주로 O Tech Docs에서 정보를 습득한다며 캡쳐화면을 제출하였다.

사)청구법인은 PS부서 임직원에 대한 기술교육이 주로 제공되는 webinar (인터넷 주소 생략)는 O 공식 홈페이지에 임직원 또는 고객 여부와 상관없이 공개적으로 공개되어 있고, O 기술 워크숍이라는 섹션 또한 임직원 또는 고객 여부와 상관없이 공개적으로 제공되는 바 이를 통해 노하우 이전이 있었다고 볼 수 없다며 웨비나 교육 화면 캡쳐를 제출하였고 심리담당자가 확인해본 결과 누구나 접근할 수 있다.

    한편 통지관서는 조사 당시 위 자료 등은 제출되지 않았고 이러한 교육을 노하우 이전으로 본 것도 아니라는 주장이다.

     청구법인은 O University 코스 개요 화면 캡쳐를 제출하며, 이 역시 O 서비스에 대한 설명 및 이용자의 사용 편의를 위한 H에 불과하다고 주장한다.

아)통지관서는 청구법인의 D가 고도의 기술을 사용하고 이를 해결하지 못하면 티어2 단계로 글로벌 기술적 지원이 필요한데, 이는 S AG의 노하우 이전이라는 취지로 청구법인의 Sales팀 U 이사와 CS팀 K 인터뷰 일부 내용을 제출하였다.

❙청구법인 Sales팀 AH 인터뷰 일부 발췌❙

❙청구법인 CS팀 K 인터뷰 일부 발췌❙

     청구법인은 K 인터뷰 내용에 관하여, ‘CS부서, PS부서가 문제 해결을 처리한다’는 표현은, 고객이 CS부서에 문제해결을 요청하면 AkaTec 부서로 해당 문제를 이전하고, AkaTec에서 필요한 경우 글로벌팀에 ‘에스컬레이션’ 한다는 의미에 불과함에도, 통지관서는 이를 직접 CS, PS팀이 문제 해결을 수행한다는 취지로 인용하고 있어 앞서 밝힌 사실관계에 비추어 명백하게 잘못 기재·인용 되었으므로 정정되어야 한다고 주장한다.

자)통지관서는 청구법인에게 고객사 문제 해결 위한 설정 구현 업무자료에 대한 자료를 요구하였으나, 서비스부서에서 해결하지 못하는 문제 내용과 이에 대한 S AG의 지원에 대한 내용은 고객사의 정보로서 기밀사항이라고 하며, 거의 모든 내용을 음영처리한 아래와 같은 자료만 제출하였다고 주장한다.

❙설정 구현 업무자료 요청 및 청구법인 제출 파일 발췌❙

6)보정요구에 따른 청구법인 D 관련 추가 제출 증빙

가)D 등의 내용을 파악할 수 있는 증빙을 제출하라는 보정 요구에 따라, 청구법인은 서비스 주문서, 작업명세서, D 업무 일지 및 소요시간 상세내역을 제출하였다.

   청구법인은 O 서비스 중 웹 성능 모니터링 솔루션인 ‘mPulse’ 제품과 D 중 Professional Services-Enterprise를 구입한 고객의 주문서를 제출하였고, 이처럼 D는 O 서비스를 구입하면서 옵션으로 추가 주문할 수 있는 것으로 별개의 독립적 제품은 아니라고 주장한다.

나)청구법인은 서비스 주문서 및 이에 별첨으로 붙은 작업명세서를 제출하며, D는 월, 분기, 연도별 등 약정 기간 내 D 부서 인원의 투입시간 자체가 서비스 자체라고 주장한다.

     청구법인은 D 제공한 업무일지 내용을 기재한 것이라며 엑셀파일을 제출하였고, 엑셀 첫 번째 탭은 요청한 고객사에 대한 서비스 제공 시간이 기재되어 있고, 두 번째 탭에는 상세 내용^*이 기재되어 있다.

*상세 내용은 버전 지원 문의, 캐시 동작 문의, 트래픽 정보 추출 등에 대한 문의이다.

    업무 상세내용에 대하여 청구법인은 CDN 업계 엔지니어라면 누구나 일상적으로 할 수 있는 업무임이 명백하고 고도의 기술력을 요하는 것이 아니며, 각 작업별 평균 소요 시간이 1.47시간 밖에 걸리지 않는다는 점이 이를 뒷받침 한다고 주장한다.

7)쟁점직원 관련 제출 증빙

가)청구법인과 통지관서는 쟁점 직원 업무기술서를 제출하였고, 이를 정리하면 다음과 같다.

나)통지관서는 청구법인으로부터 조사과정에서 제출받은 것이라며 국외관계사 업무 수행직원 관련 설명자료를 제출하였고, 당시 청구법인은 ‘쟁점 직원은 청구법인과 고용관계에 있으나 사실상으로는 청구법인의 사업과 무관한 업무를 수행하고 있다’고 설명하였다는 취지이다.

❙청구법인 작성 국외관계사 업무 임직원에 대한 설명자료❙

다)통지관서는 S AG이 수행하는 기능에 근거하여 글로벌 업무를 전담한 쟁점 직원은 사업주관자 S AG가 수행하여야 할 업무를 수행한 것으로 보아야 한다는 취지로 S AG 기능분석이 기재된 청구법인 2022사업연도 개별 기업보고서를 제출하였다.

(이면 이 하 여백)

❙청구법인 2022사업연도 개별기업보고서 일부 발췌❙

라. 판단

1)쟁점유상서비스는 S AG의 노하우 이전을 수반하지 않는다는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢법인세법｣제93조는 “학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정, 라디오 ·텔레비전 방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리, 산업상 ·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득”(제8호)을 외국법인의 국내원천 사용료소득으로 분류하고,법인세법 기본통칙 93-132…7은 ｢법인세법｣ 제93조 제8호의 ‘정보 또는 노하우’란 지적재산권의 목적물이 될 수 있는지 여부와 관계없이 제품 또는 공정의 산업적 재생산을 위하여 필요한 모든 비공개 기술정보로서 그 정보를 제공하기 전에 이미 존재하는 것을 말한다고 규정하면서 ‘정보 또는 노하우’ 해당 여부는 ①비밀보호규정이 있거나 제3자에게 공개되지 못하게 하는 특별한 장치가 있는지 여부, ②기술용역제공 대가가 당해 용역 수행에 투입되는 비용에 통상이윤을 가산한 금액을 상당히 초과하는지 여부, ③사용자가 제공된 정보 또는 노하우를 적용함에 있어서 제공자가 특별한 역할을 수행하도록 요구되는지 또는 제공자가 그 적용결과를 보증하는지 여부 등을 고려하여 결정한다고 규정하고 있다.

나)쟁점유상서비스가 S AG의 노하우 이전을 수반하는지 여부

  위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점유상서비스는 S AG의 노하우 이전을 수반하는 것으로 보아야 할 것이다.

  (1)S AG와 청구법인이 체결한 쟁점계약 1.1항과 부록B에 따르면 S AG는 본 계약에 따라 주문된 신규 또는 기존 서비스를 제공하고 청구법인은 O AG의 독점 서비스(proprietary services)를 국내 고객사에게 직접 마케팅, 재판매 및 지원할 권한을 가지되 국내 고객사로부터 실현한 매출에서 매출액의 3%과 영업비용을 차감한 금액을 S AG에게 재판매대가로 지급하기로 하였는데, 이처럼 쟁점계약의 대상이 O AG의 독점 서비스(proprietary services)이고 이러한 독점 서비스에 문제가 발생했을 때 쟁점계약 5.2항에 따르면 S AG는 문제 해결의 난이도에 따라 청구법인에게 해결 도구와 교육을 제공(O AG will provide a set of tools and training for troubleshooting O AG Services, and Resellers shall be responsible for using these tools to determine whether the problem resides in the O AG Services or elsewhere.)하기로 하였으며, 청구법인이 국내 고객사에게 CDN 서비스 및 쟁점유상서비스를 제공하고 발생한 총 매출액 중 매출액 3% 및 영업비용을 제외한 금액 전부를 S AG에게 지급하여 왔다는 것을 종합하면, 노하우 이전이 존재한다고 보는 것이 타당하다.

  (2)청구법인 직원들이 사용하는 Knowledge base 중 ‘X’는 전세계 O 임직원이 업로드 가능한 그룹 내 포털로 주로 임직원이 제품 구현시 접한 사례 등을 포스팅한 것인데, 이처럼 업무 관련 문제 상황과 그 해결 과정 등 오랜 시간에 걸쳐 축적된 사례가 집약된 포털은 그 자체로 상업상 지식 내지 경험에 관한 정보 또는 노하우라고 할 것이고, 이는 청구법인이 제출한 ‘PS부서 질문서에 대한 답변서’ 중 ‘해당 제품의 구현과 관련된 매뉴얼을 통한 학습이 필수적으로 이루어져야 하며, 개별 Case에 적용하는 과정에서 본사에서 운영하는 Knowledge base를 통해 해결방안들을 수집하는 과정을 통해 지식을 습득, 업무 Quality를 향상하기 위해 노력합니다. 이 과정에서 O Group에서는 PS팀원들에 대한 의무교육을 진행하고 있으며, 비정기적으로 Live session을 진행하는 경우도 있습니다.’라고 기재된 내용을 고려하면 더욱 그러하다.

  (3)작업명세서(SoW) 등에 따르면 쟁점유상서비스 업무 범위는 ①O 서비스를 극대화하기 위한 매일 일어나는 Q&A 및 교육, 자문제공, ② 하이터치 관리형 구현을 통해 입증되고 재현 가능한 방법론을 활용한 업데이트 등 기술통합 및 수정이고 이와 같은 쟁점유상서비스는 청구법인 소속 인력이 개별 고객에게 CDN서비스를 이용하면서 발생하는 수많은 문제에 대하여 해결책을 제시하는 것으로, 이러한 별도의 서비스를 둔 것은 고객의 다양한 요구에 맞춤형으로 대응하기 위한 것으로 차별화된 서비스를 제공하고자 한 것인데, 이러한 점을 고려하면 비록 쟁점유상서비스가 CDN 등을 구입한 경우에 한하여 구매할 수 있는 서비스라 하더라도 이는 차별화된 맞춤형 서비스를 제공하는 것이므로 CDN서비스에 부수 서비스라 보기 어렵다.

      또한 위에서 본 것과 같이, 쟁점유상서비스의 경우 청구법인의 PS부서 및 CS부서의 역할이 대부분이고 대가 산정 역시 그 인원의 투입시간에 대해서만 산정되며 S AG의 인적 용역 제공 등은 전무한 것으로 확인되는데, 그럼에도 불구하고 청구법인이 국내 고객사에게 CDN 서비스 및 쟁점유상서비스를 제공하고 발생한 총 매출액 중 매출액 3% 및 영업비용을 제외한 금액 전부를 S AG에게 지급하는 것은 노하우의 대가가 아니면 설명하기 어렵다.

      나아가 청구법인이 이전 가격 조사 과정에서 S AG에 지급한 서비스 대가가 적정하다는 취지로 답변하는 과정에서 2025.3.6. 제출한 ‘D 거래에 대한 의견서’에 의하더라도 쟁점 D는 S AG로부터 ‘다양한 지원’을 받아 공급하는 재판매활동의 일환이라고 기재되어 있고, ‘전세계 이용자들의 사용과정에서 수집된 사례들을 기반으로 D 제공시 고려할 요소들에 대한 교육자료를 당사에게 제공합니다. 또한 당사의 서비스 인원들은 효과적인 서비스 제공을 위해 해외 전문인력으로부터 별도의 교육을 이수받습니다’, ‘당사의 인원들은 클라우드 및 보안제품 구축을 위한 현지 고객 문제를 1차적으로 수리하는 기능을 수행하지만, 국내에서 문제를 해결하지 못할 경우 Global team의 지원을 통해 고객의 문제를 해결하는 D를 제공합니다. S AG를 포함한 그룹 차원에서의 지원이 필수적인 이유는 수많은 상품단위에 개별적으로 발생하는 문제가 매우 다양해서 이를 현지법인이 단독으로 해결할 수 없기 때문에, Global team의 도움을 받아 고객의 문제를 해결해야 하기 때문입니다. 그러므로 쟁점 D는 실질적으로 본사 의존도가 매우 높은 재판매활동의 일환으로 간주되어야 하는 것이 적절합니다’ 라고 기재되어 있는데, 이러한 기재 내용들을 역시 S AG가 청구법인에게 노하우 이전하였다는 사실을 뒷받침한다 할 것이다.

  (4)한편 청구법인은 통지관서가 쟁점유상서비스에 어떤 노하우가 어떻게 청구법인에게 이전되었는지 전혀 밝히지 못하고 있다며 S AG로부터 노하우 이전을 받지 않았다고 주장하나, ➀법원은 외국법인의 사용료소득에 해당한다고 보기 위하여, 과세관청은 소프트웨어의 도입이 단순한 상품의 수입과는 구별되는 노하우 또는 그 기술의 도입에 해당한다는 점을 주장·증명하면 충분하고, 해당 노하우 또는 기술이 구체적으로 어떠한 것인지 주장·증명하여야 한다고 볼 수는 없다(그와 같은 노하우 또는 기술의 구체적인 내용은 일반적으로 영업비밀로 분류되어, 과세관청이 이를 정확히 밝히는 것은 매우 어려워 보인다)라고 판시하고 있고(서울고등법원 2020.12.23. 선고 2020누30681 참조) 네트워크망을 이용한 무형의 서비스인 CDN 서비스의 경우 소프트웨어 도입의 경우보다도 노하우 제공인지 여부를 입증하기가 더욱 어렵다 할 것이라는 점, ➁통지관서가 청구법인에게 각 전송과정 및 과업 수행 과정 중의 발주서, 이메일 등의 자료를 요청하였으나 청구법인은 관련 자료를 제출하지 않았고 이로 인하여 과태료 4천만원이 부과되었는데 그럼에도 불구하고 청구법인은 쟁점유상서비스 등 이 사건 관련 구체적인 자료들을 제출하지 않았다는 점 등을 고려하면 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다.

 (5)청구법인은 쟁점유상서비스가 초기 설정 및 일반적인 H 제공을 위한 인적용역에 불과하다고도 주장하나, ➀쟁점유상서비스가 청구법인의 PS팀이 제공하는 일반적인 인적용역에 불과하다면 S AG에게 쟁점유상서비스에 따른 매출액 중 매출액 3% 및 영업비용을 제외한 금액 전부를 지급한 것이 납득되지 않는 점, ➁청구법인이 쟁점유상서비스가 인적용역이라며 그 근거로 제시한 대법원 2015.6.24. 선고 2015두950 판례는 플랜트 설비 공급과 설계 등 용역 제공에 대한 계약이 별개로 체결된 사안에서 설계 등 용역은 인적용역이라고 본 것으로, 이는 지식 전수 대가는 별도로 산정되어 설계 등 용역 대금에 지식 전수 대가가 불포함 되었다는 사실, 설계 등 용역에 이행보증의 내용이 존재하는 사실, 설계 등 용역에 대해 지급한 대가 역시 예상 이익의 10%에 불과하여 실비 변상적 통상 용역 대가에 해당한 것으로 인정된 사실들을 종합하여 인적용역이라 판단된 사안으로 이 사건과 다른 점, ➂청구법인이 S AG에게 쟁점유상서비스에 따른 매출액 중 매출액 3% 및 영업비용을 제외한 금액 전부를 지급한 것은 용역 투입 비용에 통상 이윤을 더한 금액을 상당히 초과하는 것이라는 점 등을 종합하여 고려하면 이러한 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

  (6)청구법인은 쟁점유상서비스를 제공하는 PS부서, CS부서와 별개인 AkaTec 부서가 제공하는 무상문제해결 서비스는 O 서비스를 사용하는 모든 고객에게 무상으로 제공하는 것이라고 설명하면서, 항변서를 통해 무상서비스 제공부서인 Akatec이 S AG의 글로벌 팀으로부터 문제해결 방법을 제공받은 사실은 있으나 제공받은 정보는 무상의 기술지원에만 사용하였고 Akatec이 제공하는 에러현상 확인 및 장애처리 등은 무상이기 때문에 쟁점유상서비스와 관련하여 고객에게 청구될 서비스 수수료와 관련되지 않으므로 노하우로 과세할 대상이 아니라고 주장하나, 이 건의 과세대상은 청구법인이 S AG로부터 이전받은 노하우인 것이고 이를 쟁점유상서비스가 아닌 CDN서비스 제공시 이용하였다고 하여도 국내원천 사용료 소득에 해당한다는 사실은 달라지지 않을 뿐만 아니라, 실제 CDN서비스에도 노하우 이전 정황이 있다고 보이나 청구법인이 매입대가 산정시 별도로 노하우 이전료를 구분하지 않고 총액으로 지급하고 있어 그 금액과 비율의 산정이 곤란하여 과세대상으로 삼지 않은 것에 불과한 것이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

2)쟁점직원에 대한 인건비 등을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢법인세법｣ 제19조제2항은 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’을 손금으로 규정하고 있고, 이와 관련하여 법원은 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려해서 객관적으로 판단해야 한다’고 판시하면서(대법원 2009. 11. 21. 선고 2007두12422 판결 등 참조), ‘과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있지만 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 보아야 한다’고 판시하였다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).

나)쟁점직원 인건비 등을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 것이 부당한지 여부

     위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점직원 인건비 등은 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것 볼 수 없으므로, 쟁점직원 인건비 등을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 것을 부당하다 볼 수 없다 할 것이다.

  (1)청구법인이 2024.11.27. 제출한 ‘업무기술서’ 및 2025.5.8. 제출한 ‘국외관계사 업무 수행직원 관련 설명자료’에 따르면, 쟁점 직원은 O APAC 지역의 파트너사 또는 글로벌 관계사를 대상으로 한 교육, 보안, 인증서 관리 등 지원 업무를 한 자들이고 담당업무와 관련하여 청구법인 소속 임직원의 지시와 통제도 받지 않는다.

    위와 같은 쟁점직원의 업무를 통해 지원하는 대상도 국내 고객사가 아닌 글로벌 관계사로 확인되는데, 글로벌 관계사가 모두 O 서비스와 관련한 사업활동을 수행한다 하여 전세계 모회사 또는 관계사가 부담해야 할 비용을 청구법인이 대신 부담할 수는 없는 것이고, 모회사·자회사·관계사의 법인격은 엄연히 독립적인 것이라는 점을 고려하면 더욱 그러하다.

    그렇다면 쟁점직원의 업무가 청구법인 매출 증대에 직접적으로 기여한다는 점이 밝혀지지 않는 이상, 모회사 등이 부담하여야 하는 쟁점직원에 대한 인건비를 손금에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

    또한 청구법인은 국내 매출이 대부분인 법인으로, 쟁점직원의 글로벌 관계사를 대상으로 한 업무 처리가 청구법인의 수익으로 어떻게 이어지는지 입증하여야 할 것인데 이에 대한 소명자료가 없을 뿐만 아니라 심리 중인 2025.9.11. 쟁점직원의 계약 내용 및 매출 증대에 기여한 구체적인 역할이나 실적 등에 대한 증빙에 대한 보정 요구를 하였으나 현재까지 이에 대한 소명자료가 제출된 바 없어 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

  (2)이처럼 쟁점직원은 실질적으로 청구법인과 종속적인 관계에서 청구법인에게 근로를 제공하였다고 볼 수 없으므로 법인세법상 손금에 해당하지 않는다 할 것이고, 이러한 쟁점직원에 대한 임차료 등 관련 매입세액 역시 ｢부가가치세법｣ 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다 할 것이다.

5. 결론

1) 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.