주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

이 유

1.처분개요

가.청구인은 2021.8.20.부터 인천 B를 사업장 소재지로 하여 ‘C’라는 상호로 차량용 LED 부품 도소매업체를 영위하였다.

나. 청구인은 2023년 제2기∼2024년 제2기 과세기간에, 아래 <표1>과 같이, ㈜TTTT(대표 : D, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 매입세금계산서를 수취하고, HHHH㈜, GGGG㈜, SSSS, ㈜E, ㈜FFFF, ㈜JJJJ(이하 위 업체들을 모두 합하여 “쟁점매출처”라 한다)에 매출세금계산서를 발급하였다.

<표1>청구인의 부가가치세 신고 내역

(단위: 백만원)

다. 처분청은 2024.9.11.∼2024.11.26. 기간 동안 청구인 및 쟁점매입처에 대한 2023년 제2기∼2024년 제1기 과세기간 부가가치세 세목별조사(이하 “제1차 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구인이 아래 그림과 같은 가공순환거래의 일환으로 실제 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사실 없이 세금계산서를 수수한 것으로 보아 2024.12.1. 2023년 제2기 부가가치세 000,000,000원, 2024년 제1기 부가가치세 000,000,000원 합계 000,000,000원의 부가가치세를 고지하였다.

라. 처분청은 또한 제1차 세무조사 결과에 따라 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2(허위세금계산서 교부 등) 위반 혐의로 청구인을 고발하였다. 이에 따라 청구인은 **지방법원 2025고합982호로 2026.1.23. 유죄판결을 선고받고 항소하여 **고등법원(**) 2026노158호로 2심 진행 중이다(이하 “관련 형사사건”이라 한다).

마. 이후 처분청에서 2025.2.26.∼2025.11.18. 기간 동안 청구인의 2024년 제2기 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 대한 부가가치세 세목별조사(이하 “제2차 세무조사”라 한다)를 실시하였으며, 청구인이 제1차 세무조사에서 확인한 것과 동일한 형태로 순환거래(이하 “쟁점거래”라 한다)하여, 재화 또는 용역을 공급하거나 공급 받은 사실 없이 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수수한 것으로 보아 2025.12.1. 청구인에게 2024년 제2기 부가가치세(세금계산서가공발급가산세) 000,000,000원을 고지하였다.

<표3>부가가치세 고지내역

※청구인은 제1, 2차 세무조사 결과 부과된 2023년 제2기∼2024년 제2기 부가가치세 체납 중

바. 청구인은 2023년 제2기∼2024년 제1기 부가가치세 부과처분에 대하여는 불복하지 않았고, 2024년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여만 2026.2.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 청구인이 전체 순환거래를 사전에 알고 공모했다는 점이 입증되지 않는 한, 청구인의 매입‧매출 거래를 가공거래로 보아 과세할 수 없다.

 1)처분청이 제1차 세무조사 당시 작성한 ‘부가가치세 조사종결 보고서’ 및 고발서 내용을 보면, 처분청은 청구인의 거래 중 순환 고리로 다시 돌아오지 않은 거래(예 : 2023.7.6. SSSS 및 JJJJ 발급분 등)에 대해서는 ‘순환거래 여부가 불분명하다’는 이유로 가공거래에서 제외하고 정상거래로 분류하였다. 처분청 스스로도 청구인이 행한 ‘무재고 직송 도매 거래’ 방식 자체는 위법이 아님을 인정한 것이다. 즉, 청구인의 행위가 합법인지 불법인지(정상인지 가공인지)를 가르는 유일하고 절대적인 기준은 오직 ‘해당 거래가 순환거래의 일환이었는가’ 뿐이다. 그렇다면 순환거래임을 알면서도 가담했다는 ‘사전공모’ 사실이야말로 과세처분을 적법하게 만드는 가장 핵심적인 과세요건 사실이다. 이를 입증할 책임은 전적으로 과세관청인 처분청에게 있다.

 2)청구인은 D이 설계한 순환거래 중 1차 매입·매출만을 담당한 선의의 중간자에 불과하고 전체가 순환거래임을 알지 못하였으므로, 가공거래를 한 것이 아니다.

  가)대법원은, 일련의 변칙적 금지금 거래에 있어서 어느 한 단계의 악의적 사업자가 부가가치세를 포탈하는 방법에 의하여만 이익이 창출되는 부정거래를 시도하여 부가가치세를 납부하지 아니하는 경우, 다음 단계의 수출업자가 전단계에 부정거래가 있었음을 알았거나 중과실로 알지 못한 경우에는, 신의칙상, 수출에 대한 영세율 적용에 의한 매입세액을 공제받을 수 없고, 이러한 법리는 악의적 사업자와 수출업자 사이의 과세사업자의 국내 과세거래 관련 매입세액 공제에 대해서는 적용될 수 없다고 판시하고 있다(대법원 2011.2.24. 선고 2009두22317 판결 참조).

  나)대법원은 또한, “이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등의 사정만으로는 이 사건 일련의 거래 중 하나인 이 사건 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수하거나 실제 금지금이 인도되거나 대금이 지급되었더라도 폭탄 영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정짓기는 어렵다.”라고 판시하였다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 참조).

  다)이처럼 대법원의 일관된 입장은 ‘일련의 거래 중 하나의 거래가 가공거래라는 이유로 그 일련의 거래 중 다른 하나의 거래까지 바로 가공거래로 볼 수 없다’는 것이므로, 개별 거래가 가공거래라는 사실은 처분청이 입증하여야 한다. 청구인이 전체 순환고리를 사전에 알고 공모했다는 점이 입증되지 않는 한, 청구인의 거래를 가공거래로 보아 과세할 수 없다.

  라) 청구인은 쟁점거래를 통해 매입과 매출의 차액에 해당하는 정상적인 유통 마진(수수료) 약 2,000만 원 내외의 수익만을 얻었고, 이에 대하여 성실하게 부가가치세와 종합소득세를 신고·납부하였는데, 이는 세금을 포탈할 영리 목적을 가진 ‘자료상’이라면 하지 않았을 행동이다.

 3)처분청은 청구인이 D 및 매출처들과 순환거래를 사전 공모했음을 입증할 객관적 증거를 제출하지 못하고 있다.

  가) 관련 형사사건의 수사기록에 의하면, ① 실행위자 D은 경찰 및 검찰 조사에서 일관되게 “청구인은 순환거래 사실을 전혀 몰랐다. 재고 및 업무관리는 내가 다 했다.”고 진술하는 점, ② 청구인의 매출처들 역시 수사기관과의 통화 등에서 “물건이 직접 직송된 실물거래로 알고 있다”고 진술하거나, 적어도 청구인과의 공모 사실을 인정하는 진술은 전무한 점을 알 수 있다.

  나) 처분청은 청구인과 쟁점매출(입)처가 모두 사전공모했다고 주장하므로, D과 D의 지인들인 쟁점매출처에 대한 세무조사 내지 형사고발 여부 및 내역을 밝혀 교차검증되도록 하여야 할 것이나, 이를 밝히지 않고 있다.

  다) 처분청은 청구인이 이메일로 거래명세표를 발송할 때 쟁점매입처 대표인 D을 참조로 넣은 점, 별다른 영업활동이 없었던 점 등을 들어 청구인이 비정상거래임을 알았던 것이라고 주장하나, D을 참조로 넣은 것은 D의 지시에 따른 것으로 위 지시는 청구인으로 하여금 정상거래로 믿게 하려는 D의 기망행위의 일환이었을 뿐이다. 만약 청구인이 D과 처음부터 가공거래를 공모했다면, 굳이 거래명세표를 보내고 수량을 체크할 이유가 없다.

나. 제2차 세무조사는 제1차 세무조사 대상기간에 대한 중복조사로 위법하다.

 1)국세기본법 제81조의4 제2항은 세무공무원이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 하는 것을 원칙적으로 금지하고 있다.

 2)처분청은 제1차 세무조사 당시 조사대상 기간을 ‘2023년 제1기∼2024년 제1기’로 설정하였다고 주장한다. 그러나 처분청이 작성한 고발서 및 관련 형사사건(2025고합982)의 공소장과 범죄일람표에 의하면, 처분청이 특정한 청구인의 범칙행위 기간은 ‘2023.7.17.∼2024.7.10.’이다. 즉, 처분청은 제1차 세무조사의 범칙조사 과정에서 이미 2024년 제1기 과세기간에 속하는 2024.7.10.자 거래의 금융내역 및 세금계산서 수수 행위까지 조회하고 검토를 완료하였으며, 위 행위를 포함한 범칙행위들을 단일한 범칙행위(포괄일죄 내지 실체적 경합범의 일괄 처리)로 취급하여 고발하였다.

 3)이처럼 처분청은 특정범죄가중처벌등에관한법률 제8조의2 가중처벌 규정 적용을 위한 ‘공급가액 합계액’ 요건을 충족시키고자, 2024년 제2기 귀속 거래에 대한 제1차 세무조사를 실시하였음에도, 그 전후로 이어진 2024년 제2기의 동일한 행위들에 대해 다시 제2차 세무조사를 실시한 것은 중복 세무조사로 위법하다.

3. 처분청 의견

가.쟁점거래는 실물거래 없는 가공거래에 해당하며, 쟁점세금계산서는 거짓 세금계산서로 부과처분은 정당하다.

 1)쟁점매입처, 청구인, 쟁점매출처의 거래명세표, 세금계산서상 거래 품목·일자·수량에 의하면, 쟁점거래는 아래와 같이 ‘쟁점매입처→청구인→쟁점매출처→쟁점매입처’로 이어지는 순환거래의 일부로 확인된다.

  가)청구인은 쟁점매입처로부터 매입한 상품을 매입한 당일 혹은 단기간 내에 각 품목별 동일 수량으로 전량 쟁점매출처에 매출 처리하였다.

  나)쟁점매출처는 청구인으로부터 상품을 매입한 당일 혹은 단기간 내에 각 품목별 동일 수량의 상품을 전량 쟁점매입처에 매출 처리하였다.

  다)쟁점매출처 중 일부 업체(㈜E, ㈜FFFF)의 경우, 청구인이 쟁점매입처로부터 매입한 상품 전량을 동일 일자 혹은 단기간 내에 해당 쟁점매출처에 매출하면, 해당 쟁점매출처는 이를 3개월에 나누어 쟁점 매입처에 판매한 것처럼 거래명세표 및 세금계산서를 발급하였으나, 3개월 동안의 각 품목별 거래 수량을 합산할 경우, 각 품목별 동일 수량의 상품이 ‘쟁점매입처→청구인→쟁점매출처→쟁점매입처’의 구조로 순환하고 있음이 확인된다.

 2)청구인은 재화를 공급받거나 공급한 사실이 없으며, 청구인과 D(쟁점매입처 대표)은 실제 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 사실 없이 세금계산서를 수수한 사실을 시인하였다.

  가) 청구인은 쟁점거래 당사자(쟁점매입처, 쟁점매출처) 사이에 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 대한 구속력 있는 합의를 한 사실이 없으며, 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 전혀 하지 아니하였고, D의 요청에 따라 세금계산서만 수취 및 발행하였음이 확인되는 바, 쟁점거래는 가공거래에 해당한다.

  나)관련 형사사건 피의자 신문조서 작성 시 청구인은 쟁점매출(입)처와 재화나 용역의 거래가 없었음을 시인하였다. 당시 D도 “쟁점품목①∼③은 순환거래를 위해 임의로 선정한 부품이며, 실제 거래된 사실은 없고, 쟁점품목①∼③에 대한 거래는 모두 순환거래였음”을 시인하였고, “청구인에게 ‘쟁점매출처에서 매입할 물건이 있는데 직접 매입하기가 좀 어려운 상황이라 세금계산서만 수취 및 발행해주면 본인이 물건을 직접 수령해가겠다’고 하여 본 거래가 쟁점매출처와 함께 시작된 것입니다.”라고 진술하였다.

 3)청구인은 선의의 중간자에 불과하고 전체가 순환거래임을 알지 못하였으므로 가공거래를 한 것이 아니라고 주장하나, 쟁점거래는 가공거래에 해당하며, 아래와 같은 비정상적인 거래구조로 보아, 청구인은 쟁점거래가 가공거래임을 인지하였거나 충분히 인지할 수 있었음에도 거짓 세금계산서를 수수한 것이다.

  가) 청구인은 거실 1개, 방 2개의 공간으로 구성된 가정집에 사업자등록하여 C를 영위하였으며, 정상적인 도매업의 경우 영업활동, 재고관리, 배송관리 등이 가장 중요하고 필수적인 사업활동임에도, 이와 같은 사업활동을 전혀 수행하지 아니하였다.

  나)정상적인 ‘무재고 직송 도매 거래’ 방식은, ‘쟁점매출처→청구인’, ‘청구인→쟁점매입처’로 주문이 이루어져 청구인이 쟁점매입처에 상품 수량 및 배송지를 지정하고 배송을 요청하는 구조로 거래가 이루어져야 하나, 형사사건 수사기록에 의하면 청구인은 ① “매입부터 매출까지 전부 주식회사 TTTT로부터 안내를 받아 매입하였고, 안내 받은 업체에 그대로 판매하였습니다.” ② “주식회사 TTTT와만 연락하여 거기서 매출처 안내를 해줬습니다. 제가 각 매출처와 연락할 일은 없었습니다”고 진술하였고, D은 “재고 및 업무관리는 내가 다 했다”고 진술하였다. 이는 청구인이 정상적인 도매사업자가 아니었으며, 본인의 책임과 위험부담 하에 재화를 공급한 사실이 없어 쟁점거래가 가공거래임을 자인한 것이다.

  다)청구인은 매출(입) 계약서를 전혀 작성하지 않았고, 실제 상품을 운송한 사실이 없으며 쟁점매입처에서 쟁점매출처로 실제 상품이 운송되었는지를 확인하거나 관리한 사실이 없다.

  라) 청구인은 쟁점매출처에 거래명세표 메일 발송 시, D을 숨은 참조로 기재하여 본인의 매출거래 정보(매출처, 단가 등)를 매입처에 공유하는 등 비정상적인 거래 형태를 보였다.

  마) 청구인은 도매업자로서의 위험(재고부담, 불량비용 부담 등)을 전혀 부담하지 않았다.

 4)‘실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없다’는 법리는 재화의 공급 자체는 있었으나 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우를 전제한 것으로, 이 사건과 같이 아예 부가가치세 과세대상이 되지 아니하는 가공거래에 관하여는 위 법리가 적용 내지 유추 적용될 수 없다(대법원 2016.9.23. 선고 2014두11892 판결 참조).

 5) 순환거래 사전 공모 및 인지 여부는 거짓 세금계산서 판단 및 부가가치세 과세처분에 영향을 미치는 요소가 아니다.

  가) 청구인은 처분청이 순환거래 사전 공모 여부를 입증하지 않는 한 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세할 수 없다고 주장하나, 부가가치세법에서는 ‘재화 또는 용역의 수수 없이 세금계산서를 수수한 경우’ 해당 세금계산서는 곧바로 사실과 다른 세금계산서로 판단한다.

  나) 청구인의 경우 앞서와 같은 상당한 증빙(①청구인 및 D이 쟁점거래가 실물거래 없는 가공거래임을 시인한 점, ②청구인이정상적인 도매사업자로 본인의 책임 하에 재화를 수수한 사실 없이 세금계산서를 수수한 점 등)에 의거 쟁점거래가 가공거래임이 확인된 A, 가공세금계산서 수수에 대한 부과처분은 당연히 이루어지는 것이며, 처분청은 청구인의 전체 순환거래 공모사실을 입증하기 위한 자료(순환거래 참여자들에 대한 세무조사 및 고발내역 등 일체)까지 제출할 필요가 없다.

  다) 청구인은 폭탄업체 금지금 거래 판례(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 참조)를 들어 처분청이 청구인의 순환거래 사전공모 여부를 밝혀야 한다고 주장하나, 이는 일련의 거래 가운데 특정 거래가 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 판단하여야 함을 의미하는 것으로, 순환거래를 가공거래로 판단함에 있어 순환거래의 사전공모 여부를 밝혀야 한다는 청구주장과 전혀 무관한 사안에 해당한다.

나. 제2차 세무조사는 중복조사에 해당하지 않는다.

 1)처분청은 제1차 세무조사 시 청구인이 발급한 아래의 세금계산서(이하 ‘제1차 세무조사 세금계산서’라 한다)를 거짓 세금계산서로 결정하여 경정 처분 및 고발하였다.

(단위 : 백만원)

 2) 청구인은 처분청이 발급일자 2024.7.10.인 제1차 세무조사 세금계산서를 제1차 세무조사 당시 고발한 점으로 보아 제1차 세무조사 당시 제2차 세무조사 대상기간(2024.7.1.∼2024.12.31.)을 이미 검토하였으므로, 제2차 세무조사를 실시한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항이 금지하는 중복조사에 해당한다고 주장한다.

 3)그러나 금지되는 재조사는 기존 조사대상 과세기간과 같은 과세기간에 대한 재조사인데, 여기서 ‘같은 과세기간’은 발급일자가 아닌 작성일자를 기준으로 판단하여야 한다. 세금계산서의 작성일자는 재화 또는 용역의 공급시기를 표시하는 일자로서, 해당 거래가 어느 과세기간에 귀속되는지 판단하는 기준이 되는 것인 한편, 발급일자는 세금계산서를 실제로 교부하거나 전송하는 등의 절차적 의미의 날짜에 해당하는 것이기 때문이다.

 4) 쟁점세금계산서의 경우 작성일자가 2024.6.26.인바, 쟁점세금계산서에 대한 제1차 세무조사는 2024년 제1기 과세기간에 대한 조사일뿐이므로, 2024년 제2기 과세기간에 대한 제2차 세무조사는 제1차 세무조사와 조사대상 과세기간을 달리하여 중복조사에 해당하지 않는다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 1)청구인이 전체 순환거래를 사전에 알고 공모했다는 점이 입증되지 않는 한, 청구인이 가공거래에 대해 거짓 세금계산서를 수수한 것으로 보아 과세할 수 없다는 청구주장의 당부

 2) 2024년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 중복세무조사가 있었다는 청구주장의 당부

나.관련법령

<쟁점① 관련>

 1)부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ①사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 2)부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 3)부가가치세법 제60조【가산세】

  ③사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

  2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

 4)조세범처벌법 제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】

  ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

  1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

<쟁점② 관련>

 1)국세기본법 제81조의 4【세무조사권 남용 금지】

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

 2)부가가치세법 제34조【세금계산서 발급시기】

  ①세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

  ③제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

  1. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

  2. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 기간 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

  3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

다.사실관계

 1)조사청에서 청구인, 쟁점매출(입)처의 쟁점과세기간 매출(입) 거래명세표를 비교․검토하여 확인한 사실은 아래와 같다.

  가)청구인, 쟁점매출(입)처는 차량용 LED 부품 세 가지[A0(이하 “쟁점품목①”이라 한다), AM(이하 “쟁점품목②”라 한다), 2T(이하 “쟁점품목③”이라 한다)]만 거래한 점, ‘쟁점매입처, 청구인, 쟁점매출처, 쟁점매입처’로 이어지는 순환거래의 각 거래단계에서 매입한 상품을 매입한 당일 혹은 단기간 내에 각 품목별 동일 수량으로 전량 매출한 점이 확인된다.

  나) 쟁점매출처 중 ㈜E, ㈜FFFF는 매입한 상품을 3개월에 나누어 쟁점매입처에 판매한 것처럼 거래명세표 및 세금계산서를 발급하였으나 3개월 동안의 각 품목별 거래수량을 합산할 경우 각 품목별 동일 수량의 상품을 전량 매출한 점이 확인된다.

 2) 관련 형사사건에서의 청구인 및 D의 진술 및 판결은 아래와 같다.

  가) 처분청은 쟁점거래가 가공거래임을 입증하기 위한 자료로 아래와 같이 관련 형사사건에서 작성된 청구인의 피의자신문조서와 쟁점매입처 대표 D의 피의자신문조서를 증빙으로 제출하였다.

<청구인 피의자신문조서 내용 중 발췌>

<쟁점매입처 대표 D 피의자신문조서 내용 중 발췌>

  나) 관련 형사사건 제1심 판결문의 내용 중 범죄사실 및 증거의 요지 부분은 아래와 같다.

 3) 국세청 전산시스템에서 확인되는 청구인의 사업이력은 아래와 같다.

 4) 관련 형사사건 수사과정에서 HHHH㈜ 대표 A의, GGGG㈜ 차장 M, SSSS 대표 H, ㈜메티일렉트로닉스 대표 J, ㈜FFFF 대표 F이 전화상으로 진술한 내용은 아래와 같다.

라.판단

 1)관련 법리

  가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호¹⁾는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 참조).

  나) 한편, 민법상 가장행위의 정도에는 이르지 못하지만 외관과 실질이 괴리되어 있고 그 실질을 외면하는 것이 심히 부당하다고 볼 수 있는 경우에도 실질과세원칙에 의해 세법상 가장행위로 볼 수 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결의 다수의견 보충의견 참조).

  다) 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

  라) 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009.9.24. 선고 2009두6568 판결 참조). 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 참조).

  마) 부가가치세법 제60조 제3항²⁾은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우(제2호)나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우(제3호)에는 그 공급가액에 대하여 100분의 3³⁾에 해당하는 금액을 가산세로 부과하도록 규정하고 있다. 이는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 발급받지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이를 위반하여 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다. 따라서 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 이러한 규정 취지를 충분히 고려하면서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리여서 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있는지를 판단하여야 하고, 단지 재화 또는 용역의 공급 없이 수수되는 세금계산서라는 점을 알지 못하였다는 사정만으로 쉽게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 단정하여서는 안된다(대법원 2016.9.23. 선고 2014두9912 판결 참조).

 2)쟁점세금계산서가 재화의 공급이 없는 가공세금계산서에 해당하는지에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점거래를 실물거래가 동반되지 않은 가공거래로 봄이 타당하다.

   (1) 거래명세표 및 세금계산서에 의하면, 쟁점거래가 ‘쟁점매입처→청구인→쟁점매출처→쟁점매입처’ 순으로 이어지는 순환거래의 일부를 구성하는 점, 각 거래단계에서 매입한 동일 품목, 동일 수량을 매입한 당일 혹은 단기간 내에 전량 매출한 점이 확인된다.

   (2) 청구인은 쟁점거래와 동일한 방식의 2023년 제2기∼2024년 제1기 거래와 관련하여, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2 위반(허위세금계산서 교부 등) 혐의로 고발되어 범행을 인정하고 관련 형사사건 1심에서 유죄판결을 선고받았다.

   (3) 청구인과 쟁점매입처 대표 D, 쟁점매출처 임원들의 관련 형사사건에서의 피의자신문조서나 진술에 의하면, ① 청구인과 D은 쟁점거래에 관하여 실제 거래가 없었던 사실, 실물이동이나 계약서·발주서 등 작성도 전혀 없었던 사실을 인정한 점, ② 청구인은 아이스하키 교습사업을 하던 중 D의 권유에 따라 ‘쟁점매입처→청구인→쟁점매출처’로 이어지는 거래를 하기 위해 빌라 가정집을 소재지로 하여 C를 개업하였지만, 그 실운영은 D에 맡겼고, D으로부터 "세금계산서만 해달라."는 말을 듣고, D의 주도 하에, D이 대표로 있는 쟁점매입처, D이 알려준 쟁점매출처 사이에서 쟁점거래 관련하여 거래명세표와 세금계산서만 수수해주었다고 진술한 점, ③ 쟁점매출처 임원들의 진술내용도 이상의 진술내용과 배치되지 않는 점을 알 수 있다. 이에 비추어, 설령 청구인이 쟁점거래가 순환거래의 일부라는 사실은 알지 못하였다고 하더라도, 쟁점거래 자체가 실제 거래가 아님을 알면서도 이익을 얻기 위해 세금계산서를 수수하는 역할을 장기간 지속하였던 것으로 판단된다.

   (4) 쟁점거래와 관련해서는 실물이동도 없고 쟁점거래의 구체적인 내용이나 조건을 알 수 있는 매매계약서 등 객관적인 처분문서도 없는바, 청구인이 재화의 소유권 취득·이전을 하였다거나 위험 또는 비용 등의 부담을 하였다는 자료가 전혀 없다.

   (5) 원고가 재화 공급 없이 세금계산서를 발급하지 않을 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리여서 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에도 해당하지 않는다.

  나) 따라서 처분청이 청구인에게 2024년 제2기 과세기간의 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 3)제2차 세무조사가 제1차 세무조사 대상기간에 대한 중복세무조사에 해당하는지에 대한 판단

  가) 아래 사정들을 종합하면, 재화 또는 용역의 공급시기를 표시하는 일자는 세금계산서의 ‘발급일자’가 아닌 ‘작성일자’로 봄이 타당하다.

   (1) 부가가치세 법령은 세금계산서의 필요적 기재사항으로, ‘작성 연월일’과 ‘공급 연월일’을 규정하였을 뿐, 발급일자는 규정하지 않고 있다(부가가치세법 제32조 제1항, 같은 법 시행령 제67조 제2항).

   (2) 따라서 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 ‘작성연월일’이 사실과 다르게 기재된 경우, 즉 실제 거래일과 다르게 기재된 경우에는, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따른 매입세액 불공제 대상이고(대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결 참조), 같은 법 제60조 제2항 제5호의 세금계산서불성실가산세 적용대상이며, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호의 수정세금계산서 발급대상이 된다.

   (3) 한편, 부가가치세 법령은 세금계산서의 필요적 기재사항으로 발급연월일은 규정하지 않은 점, 세금계산서 발급은 원칙적으로 공급시기에 하여야 하나 특례 요건에 해당하는 경우에는 공급시기가 속하는 달의 다음 달 10일까지 하면 되는 점(부가가치세법 제34조)에 비추어, 세금계산서 ‘발급일자’가 반드시 ‘공급시기’와 일치하는 것은 아니다.

   (4) 위 특례규정은 특례 적용 요건을 ① 공급가액의 합계액에 대해 해당 공급기간의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서 발급하는 경우, ② 관계증명서류 등에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발행하는 경우 중 어느 하나에 해당하는 경우로 규정하고 있는바, 위 특례요건에 해당하는 경우에도 ‘작성일자’는 ‘공급시기’에 일치시키도록 규정하였다.

  나) 따라서 쟁점세금계산서의 ‘작성일자’가 2024.6.26.로 2024년 제1기에 속하는 날인 이상, 그 발급시기가 다음 달 10일인 2024.7.10.이더라도, 쟁점세금계산서에 대한 제1차 세무조사는 2024년 제1기 과세기간에 대한 조사일뿐이므로, 2024년 제2기 과세기간에 대한 제2차 세무조사는 제1차 세무조사와 조사대상 과세기간을 달리하여 중복조사에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.