주 문

이 건 이의신청은 기각 합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 주식회사 □□□(이하 “청구법인”이라 한다)은 2020.1.7. 개업한 법인으로 대표자는 A■■이며, 연구장비 제조 및 납품을 주업으로 영위하는 ㈜AAA(이하 “AAA”이라 한다)으로부터 연구장비를 매입하여 최종 소비자인 대학교수 등에게 렌탈 형식으로 공급하는 사업을 영위하다가 2026.6.30. 신고 폐업하였다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.9.24.∼2026.1.15. 기간 동안 AAA(주조사자) 및 청구법인을 포함한 AAA의 8개 관련업체에 대하여 2020년 1기∼2024년 2기 과세기간을 대상으로 세무조사를 실시한 결과, AAA이 실물거래 없이 관련업체에 세금계산서를 발행하고 실물거래 없이 관련업체로부터 세금계산서 및 신용카드매출전표를 수취한 것으로 보아, 조사대상기간 내의 AAA과 AAA 관련업체들 간의 거래를 가공거래로 확정하였다.

다. 조사청은 청구법인이 2020년 1기∼2024년 1기 과세기간 동안 실물 거래 없이 AAA 및 KKKKKK 등 4개 AAA 관련업체, 교수 12인 및 하*** 등 6개 교수업체*(이하 “쟁점매출거래처”라 한다)에 8,704,069,524원**의 세금계산서를 발급하고, AAA 및 ㈜CCC 등 3개 AAA 관련업체(이하 “쟁점매입거래처”라 한다)로부터 18,864,008,270원의 세금계산서를 수취하였으며, 실물 거래 없이 ㈜CCC 등 3개 AAA 관련업체(이하 “쟁점카드매출처”라 한다)에 신용카드매출전표 1,309,665,610원을 발행하여 총 28,877,743,404원의 가공거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 한 것으로 보아, 쟁점거래를 부인하여 청구법인의 부가가치세를 경정한 후 ◇◇세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에 부과처분하도록 통보하였다.

* 교수업체: 최종사용자인 교수가 설립한 사업자

** 공급가액 기준, 이하 금액은 공급가액으로 기재하는 것으로 한다.

 쟁점매출(매입)거래처 및 쟁점카드매출처 명세

❖ 과세기간별 조사청의 가공거래 확정금액

라. 처분청은 조사청의 부과통보 요청에 따라, 2026.2.3. 청구법인에 2021년 1기∼2024년 1기 과세기간에 대한 부가가치세 2,314,238,370원을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.5.4. 본 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 쟁점①에 대하여

조사청은 고지 전 과세전적부심 절차를 생략하였고, 세무조사를 진행하면서 국세기본법 및 조사사무처리규정상의 절차를 준수했는지 여부가 불분명하다.

나. 쟁점②에 대하여

청구법인은 대표자 A■■의 책임 하에 독립적으로 운영되어 온 실질 사업자로서 부가가치세법상 정상거래를 하였음에도, 조사청은 청구법인의 매출·매입거래를 가공거래로 보아 과세하였다. 조사청은 청구법인의 매출·매입거래를 가공거래로 보아 과세한 근거에 대한 입증책임이 있으므로 가공거래로 판단한 근거를 요청한다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점①(절차의 적법성)에 대한 판단

1) 조사청은 국세기본법 및 조사사무처리규정에 따라 적법한 철자를 준수하여 세무조사 및 범칙조사를 실시하였다. 청구법인은 ‘국세기본법’ 제81조의7 제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고, 세무조사 기간 내인 2025.9.29. 청구법인 대표자 A■■에게 세무조사 통지 및 납세자권리헌장 등을 낭독하였고 A■■은 이에 대해 수령증을 제출함으로써 직접 확인하였다.

2) 또한 2025.11.21. 부가가치세 세목별조사에서 범칙조사로 전환됨에 따라 조사청은 2025.12.4. A■■에게 조세범칙조사 통지서를 교부하였으며, 국세기본법에 따라 납세자권리헌장 등을 낭독하였고 확인서를 수령하였다. 또한 세무(범칙)조사 종결일은 2026.1.15.로 ‘국세기본법’ 제81조의12에 따라 20일 이내인 2026.1.29. A■■에게 직접 세무조사 결과통지서를 교부하고 확인서를 받아 조사청은 세무조사 절차를 모두 준수하였다. 대표자 A■■은 조사청이 실시한 세무조사 절차의 모든 과정에서 직접 확인서(수령증)를 제출하였음에도 아무런 증거서류 없이 조사청이 조사 철차 준수하지 않았다는 주장만을 할 뿐이다.

3) 청구법인에 대한 세무조사는 당초 세목별 조사로 착수하였지만, 조사과정에서 조세범처벌법 위한 혐의가 확인되어 조세범칙조사로 전환 되었으며, 조사결과 청구법인의 대표자 A■■이 AAA의 전대표 B■■과 공모하여 대규모 가공거래를 실시한 사실이 확인되어 조사 종결 후 적법하게 고발된 사안으로, 절차적 하자가 있다는 청구법인의 주장은 관련 법령을 오해한 것으로 이유 없다.

나. 쟁점②(가공거래의 실질 및 입증)에 대한 판단

1) 청구법인의 대표자 A■■은 AAA의 B■■과 공모하여 AAA의 코스닥 상장을 위해 회사의 매출규모를 부풀릴 목적으로, AAA이 제조한 연구장비를 대리점¹⁾인 청구법인이 매입하여 대학교수²⁾들에 연구장비를 리스판매하는 것으로 가장하였다. 즉, AAA, 청구법인, 대학교수들로 이어지는 허위의 계약을 체결하여, 청구법인은 AAA으로부터 수백 건의 연구장비를 매입하는 고액의 거짓 매입세금계산서를 수취하였으며, 대학교수들에게 거짓으로 리스료 매출세금계산서를 발급하였다. 또한, 그 허위의 연구장비 공급계약을 바탕으로 하나캐피탈 등으로부터 수백억원대의 대출을 실행하여 대출사기를 저지른 사실이 △△경찰서의 수사와 조사청의 세무조사를 통해 확인되었다.

 청구법인의 거래구조

2) 가공거래 규모 및 구체적 실태

가) 청구법인은 2020년 1월부터 2024년 7월까지 대학교수 등 최종 사용자에게 재화를 공급한 사실이 없음에도 불구하고, 총 3,507회에 걸쳐 8,704,069,524원의 가공 매출세금계산서를 발급하였다.

나) 같은 기간 동안 AAA 등으로부터 연구장비 등을 매입한 사실이 없음에도 불구하고, 총 451회에 걸쳐 17,864,462,763원의 가공 매입세금계산서를 수취하였다.

다) 청구법인이 수수한 가공세금계산서 총액은 약 265억원에 달하며, 이는 정상적인 사업 영위 과정에서 발생한 단순한 실수가 아닌, 치밀하게 계획된 조직적 조세포탈 행위이다.

3) 실물 장비 설치 근거 결여 및 계약의 실체성

가) 고가의 장비 거래 시 필연적으로 발생하는 운송장, 화물차량 배차 기록, 입출고대장, 설치완료보고서 등 기초적인 증빙을 청구법인에서 제출하지 못하였다.

나) 최종 사용자인 대학교수들은 AAA으로부터 연구장비를 무상으로 지원받는 것으로 인지하고 있었으며, 청구법인과의 렌탈 계약 체결 사실이나 임대료 지급의무를 인지하지 못하는 등 계약의 실체가 전혀 없음이 경찰수사를 통해 확인되었다.

4) 사기 대출 관련

가) 청구법인은 AAA으로부터 장비를 매입한 것처럼 꾸며 캐피탈사로부터 고액의 대출을 실행하였으며, 심지어 동일한 장비의 시리얼 넘버를 위조하여 중복 대출을 실행하거나, 장비 매입 건수보다 대출 건수가 더 많은 등 도저히 납득할 수 없는 거래 형태를 보였다.

나) 청구법인의 대표자 A■■은 심문 과정에서 장비 매입건수보다 대출 건수가 많은 이유 등 핵심적인 질문에 대하여 답변을 회피하거나 객관적인 사실과 배치되는 진술을 반복하는 등 해당 사항을 정확히 인지하지 못하였다.

5) 사업 실체의 부존재

대표자 A■■은 계속해서 사업의 실체가 있으며, 쟁점거래에 해당하는 렌탈사업 이외에 군부대 유지보수 사업을 통해 수익이 발생하였다고 주장하나, 군부대 유지보수사업의 경우 청구법인의 실질적인 용역수행 없이 실질적인 인력 투입과 업무 수행은 협력업체인 ㈜CCC 등이 담당하였고 청구법인은 단순히 사업면허만 대여하고 수수료 명목의 이익만 취한 전형적인 명의대여 행위에 불과하므로, 해당 사업을 근거로 정상적인 실질 사업자라고 주장하는 것은 타당하지 않다.

6) 자금 흐름의 허위성 및 상환주체

정상적인 거래라면 청구법인의 수익으로 대출금을 상환해야 하나, 자금의 원천과 귀속 모두 정상적이지 않음을 금융거래내역을 통해 확인하였다. 장비관련 대출이 실행될 경우 대출금은 즉시 AAA으로 입금되었고, 청구법인의 대출금 상환은 사실상 청구법인의 현금흐름으로는 불가능하기에, AAA 및 협력점들간의 자금 회전방식으로 이루어졌다. 이는 청구법인이 대출금 유통의 통로로만 이용되었을 뿐, 재화의 공급에 따른 실질적인 대가 관계가 형성되지 않았음을 의미한다.

7) 입증책임의 전환 및 청구인 소명부족

가) 조사청이 위와 같이 구체적인 금융 흐름, 수사결과, 실물 부재 정황 등 가공거래를 확신한 수 있는 ‘상당한 정도의 입증’을 완료하였으므로, 이제 쟁점 거래가 정상적이었음을 입증할 책임은 청구법인에게 있다.

나) 또한, AAA의 대표자인 B■■이 사기 대출 및 가공거래 주도혐의로 수사를 받고 AAA의 사업장이 경매로 넘어가는 등 허위거래에 해당하는 성격이 확정되는 상황에서, 청구법인은 170억원에 매입장비에 대한 실제 이동 경로를 증명할 객관적인 증거를 제시하지 못하였으며, 계속해서 AAA 및 협력점과의 거래가 정상거래라 주장하는 점은 타당하지 않다.

다. 결어

1)　청구법인은 실제 재화의 이동이 전혀 없는 265억 원 규모의 가공 거래를 통해 AAA의 매출을 부풀리고 대출 사기를 조력한 범칙 행위자이다. 조사청이 방대한 세금계산서 가공 발급 내역과 금융 흐름, 경찰 수사 자료를 통해 과세요건을 충분히 입증하였음에도 불구하고, 청구법인은 이를 반박할 실물 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있다. 수백억원대의 가공거래로 조세질서를 훼손하고 대출사기에 가담한 중대 범칙사건으로, 청구법인의 주장은 이유가 없으므로 기각되어야 할 것으로 생각된다.

2) 따라서, 범죄행위를 부인하고 회피하기 위한 청구법인의 주장에 대하여 엄정한 판단을 내려 조세정의가 확립되고 청구법인 및 대표자의 경제질서 문란 행위를 엄벌할 수 있도록 간곡히 바란다.

<조사청 의견에 대한 항변>

가. 쟁점①에 대하여

조세범칙조사 전환사유 및 절차 준수에 대한 설명이 부족해보인다.

나. 쟁점②에 대하여

1) 청구법인은 B■■ 등과 공모한 사실이 전혀 없다.

가) 대표자 A■■은 거래 당시에는 본 건을 '정상적인 매출 및 유통 구조'로 인지하고 있었다. 사후 유관기관의 조사 과정에서야 비로소 본 건 유통 구조의 전말을 뒤늦게 파악하게 되었으며, 결과론적인 사업 구조상 청구법인의 명의와 유통 단계가 중간에 이용됨에 따라 이에 대한 실체적 진실을 밝히기 위한 사법 절차가 현재 진행 중에 있다.

나) 대표자 A■■이 공모했다는 판단은 비약이며 너무도 억울하다. 조사청에서 예치조사 등을 통해 확보한 이메일 등의 내용에서도 공모의 증거는 없을 것이다. 본 건의 실질적인 내막을 들여다보면, 청구법인은 제조사 측이 치밀하게 기획한 자금 융통 플랜에 기망당한 '실질적 피해자'의 위치에 있다. 비록 현재 거래 구조상의 공모 혐의를 받고 있으나, 청구법인이 사전에 부정한 목적을 가지고 공모한 사실이 없다는 점은 향후 사법부의 재판 과정을 통해 명백히 밝혀질 요지인 바, 조사청의 단정적인 고의성 판단은 자제하여 줄 것을 부탁드린다.

2) 가공거래가 아닌 정상거래이다.

조세포탈의 동기, 의도 및 결과가 없다.

3) 청구법인이 연구장비 리스 및 용역 제공한 정상거래이다.

가) 쟁점거래는 대리점인 청구법인의 책임하에 실물 장비를 설치하고 용역을 제공한 정상거래에 해당하나, 조사청에서는 제조회사, 대리점(판매회사) 등의 업계의 역할분담에 대하여 오해하고 있는 것으로 보인다.

나) 본 건 거래는 제조사가 최종 사용자인 대학교수들에게 재화를 직접 인도하는 직송 방식으로 진행되었다. 청구법인은 대리점으로서 계약 주체 및 자금집행의 역할을 수행했을 뿐이며, 물류 관련 기초 증빙은 인도 주체에 있는 것이다.

다) 특히 거래 당시 최종 사용자인 교수들이 매월 일정 금액의 렌탈료를 카드 또는 현금으로 청구법인에 정상 입금해 주었다. 국립대 교수 등 사회적 신뢰도가 높은 최종 사용자들이 매달 이용료를 지불하는 상황이었으므로, 청구법인으로서는 장비가 실제 교수들에게 적법하게 납품되어 정상 운영되었으며, 이는 상거래 관행상 지극히 당연하고 정당한 신뢰이다. 따라서 사후적인 물류 증빙 부재만을 근거로 거래 당시 실물이 없었다고 단정하는 것은 책임과 계약관계에 대한 오해로 보인다.

4) 청구법인은 사기대출 등과 관련 없으며, 청구법인 대표자(A■■)의 진술은 일관성이 있다.

조사청에서는 대표자 A■■이 질문을 회피했다고 오해하는 것으로 보인다. 조사 당시 대표자 A■■의 답변이 일부 혼란을 겪었던 것은, 관련 기관의 고강도 수사와 조사청의 범칙조사가 동시다발적으로 진행된 극한의 심리적 압박 하에서 발생한 일시적 기억 오류일 뿐이다. 수백 건에 달하는 과거 대출 및 거래 내역을 현장에서 즉각적으로 소명하는 것은 불가능한 것이며, 이를 회피했다고 판단하는 것은 성급한 해석으로 보인다.

5) 청구법인은 인적자원과 물적설비를 갖추면서 독립적으로 대표자(A■■) 책임하에 운영된 사업장입니다.

군부대 유지보수 사업 등은 청구법인이 실제 기술 인력과 관리 역량을 바탕으로 협력업체를 관리·감독하며 수행한 실질 사업이다. 군장교 출신인 대표자 A■■의 직원 관리․감독 노하우 및 대관 업무 능력을 활용한 것이다. 이는 효율적 경영을 위한 정당한 아웃소싱 및 전략적 협력 관계일 뿐이다.

6) 청구법인 책임 하에 자금 관리를 하였으며, 법적 상환 주체는 계약관계에 의해 정해져 있다.

가) 제도권 금융기관의 검증 절차에 대한 신뢰가 있다. 본 건 거래 과정에서 장비 매입 및 렌탈 자금 조달을 위해 진행된 대출은 대형 캐피탈사들의 엄격한 여신 심사와 정밀한 현장 실사, 물건 확인서 징구 절차를 거쳐 실행되었다.

나) 제도권 금융기관이 실물 확인이나 정당한 계약 관계에 대한 검증 없이 고액의대출을 실행하는 것은 금융 시스템상 불가능하다. 사후 조사 결과 제조사 측의 위법 행위가 개입된 유통 구조였음이 드러났다고 하더라도, 당시 철저한 검증 역량과 리스크 관리 시스템을 가진 대형 금융기관들조차 적법한 거래로 판단하여 대출을 실행했던 사안이다.

7) 계약상 원인에 의한 용역의 제공 및 재화의 공급 등 정상거래이며, 계약관계 등 충분히 입증되고 있다.

청구법인은 현재 주사업장 경매 및 전 직원 퇴사로 인해 물리적 증빙 확보가 불가능한 불가항력적 상황에 처해 있다. 그러나 거래 당시에 존재했던 ① 최종 사용자들의 실제 렌탈료 입금 팩트, ② 대형 캐피탈사의 엄격한 실사 및 승인 배경, ③ 대표자 개인 자산 전액 투입 및 부동산 매입 후 사무실 운영 등 정황은 청구법인 및 대표자 A■■이 정상적인 사업을 운영하였음을 명백히 증명한다.

다. 청구법인 및 대표자(A■■)도 피해자이다.

1) 제조사 측의 부당한 행위로 인해 막대한 재산적 피해를 입은 청구법인 및 대표자 A■■의 사정을 부디 확인해 주시기 바란다. 대표자 A■■는 본 건 거래를 통해 실질적으로 얻은 개인적 사익이 전혀 없다. 오히려 사업을 정상적으로 운영하기 위해 개인 소유 아파트를 담보로 제공하여 개인 자금을 법인에 투입하는 등 회사를 유지하고 계약을 이행하기 위해 전력을 다하였다.

2) 사전에 부정한 거래를 공모한 행위자라면 최소한 이에 상응하는 이익을 취했어야 합리적이다. 그러나 현재 청구법인의 사무실은 경매 처분되었고, 대표자의 개인 아파트마저 경매 결정되어 전 재산을 잃고 파산 상태에 이르렀다. 이처럼 본인의 전 재산이 탕진되는 결과를 초래할 행위를 처음부터 인지하고 공모했다는 조사청의 선입견은 경험칙과 경제적 논리에 정면으로 반한다. 최소한의 실질적 이익도 없이 전 재산을 잃는 위험을 감수하며 범칙 행위를 공모하는 합리적 경제인은 존재할 수 없다.

<항변에 대한 조사청 의견>

가. (쟁점①) 조세범칙조사 전환사유에 대한 조사청의 설명 부족에 대한 의견

1) 청구법인의 위 주장은 “과세전적부심사 절차 생략의 위법성”이라는 종전 주장의 외관을 바꾼 것에 불과하며, 새로운 법령상·사실상 근거를 제시하지 못하고 있다. 조사청은 기존 의견서에서 이미 ‘국세기본법’ 제81조의15제3항제2호에 해당하는 경우로 과세전적부심사 절차가 적용되지 아니한다는 명문 규정과 관련 심사례(적부-국세청-2020-008(2020.6.18.)) 등을 적시한 바 있다.

2) 이 사건 세무조사는 당초 부가가치세 세목별 조사로 착수되었으나, 조사진행 과정에서 청구법인의 대표자 A■■이 실제 연구장비의 거래가 없었음에도 약 265억원 규모의 거짓 세금계산서를 수수하여 ‘조세범처벌법’ 제10조의 세금계산서 수수질서를 위반한 혐의가 있어, ‘조세범처벌절차법’ 제7조 근거하여 적법하게 범칙조사로 전환되었다.

3) 범칙조사 전환에 따라 조사청은 2025.12.4. 조세범칙조사 통지서를 교부하였으며, 국세기본법에 따라 납세자권리헌장을 낭독하여 확인서를 대표자 A■■으로부터 직접 수령하였다. 이는 A■■이 직접 작성한 확인서 및 심문조서에서도 확인가능한 사실로, 청구법인은 ‘조사 전환 절차에 대한 설명이 부족하다’는 모호한 주장만을 하고 있을 뿐이므로, 조사청이 관련 법령에 의거 적법하게 수행한 조사절차와 이에 따른 고지 처분의 효력을 다툴수는 없다.

나. (쟁점②) 가공거래 부인과 관련한 주장에 대한 의견

조사청의 세무조사 이전 관련 업체들은 캐피탈 사로부터 사기대출 혐의로 고소되어 수사를 받은 바 있으며, 대표자 A■■은 수사 결과 사기혐의로 송치된 사실이 있다. A■■은 조사기간 동안 정상 거래라 볼 수 있는 어떠한 자료도 제출하지 못했으며, 오히려 선행된 경찰서의 수사 결과 등 조사청이 제시하는 가공거래에 대한 객관적인 사실에도 정상적인 거래라고만 진술한 바 있으며, 본 건 이의신청에서도 조사청에서 제시한 가공거래에 대한 객관적인 반증은 전혀 없이 정상거래라고만 주장하고 있을 뿐이다. 이에 조사청은 청구주장에 대해 다음과 같이 답변한다.

1) B■■과 공모한 사실이 없다는 주장에 대하여

재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서를 교부한 자로서 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발행한 행위를 한 자는 조세범처벌법 의하여 처벌되는 것이나, 조세범처벌법에 의한 고발 여부는 당해 조사관서에서 거래경위, 거래내용, 고의성 유무 등 관련 사실을 종합적으로 고려하여 판단할 사항으로 조사청은 청구법인의 ① 가공거래의 규모, ② 비경제적인 사업구조, ③ 조직적으로 이루어진 고액의 사기대출 등을 근거로 하여 청구법인이 수수한 세금계산서를 실제 거래 없는 가공 세금계산서로 보아 처분한 것이다.

가) 3,507회에 걸친 매출세금계산서 발급(87억원)과 451회에 걸친 매입세금계산서 수취(178억원), 총 265억원 규모의 반복적·조직적 세금계산서를 수수한 사실은 단순한 유통구조 오인으로 설명될 수 없는 수준이다.

나) 연구장비 매입금액 대비 렌탈매출이 구조적으로 일치하지 아니하고, 청구법인이 2021년부터 지속적으로 적자임에도 신규매입과 신규 대출을 반복한 사실은 정상적 사업의사로는 설명되지 않는다.

다) 조사청은 세무조사 결과 제조사인 AAA, 청구법인과 같은 대리점, 교수들에 이르기까지 이루어지는 거래에서 연구장비의 실재성이 없음을 확인하였다. 청구법인과 같은 대리점은 해당거래에서 AAA으로부터 고액의 연구장비를 매입하는 것으로 가장하여 매입세금계산서를 수수하였으며, 거짓 렌탈 매출 계약을 하여 고액의 대출을 실행시켰다. 이에 세무조사 과정에서 A■■은 렌탈매출한 자산리스트를 구비했으며, 해당 연구장비가 교수실에 설치된 것을 확인하였다고 진술하며 꾸준히 정상거래라고 주장하였으나, 청구법인을 비롯한 대리점들이 캐피탈사로부터 막대한 대출을 일으키고 그 금원을 관련인들끼리 이체하며 이전에 실행한 대출금을 상환하였으며, 상환의무자가 아닌 협력교수명의의 대출금을 상환한 사실 등을 보아 이는 협력업체들 간 공모하여 사기대출 등 모종의 목적을 위해 조직적으로 꾸며낸 가공거래에 해당하나, 청구법인은 공모한 사실이 없다는 허위의 주장만을 할 뿐이다.

라) 심문조서에서 대표자 A■■이 직접 장비대출·상환 스케줄을 결정하였다고 진술한 점과 현재 불복단계에서 “유통구조의 전말을 사후에 알게되었다”는 주장은 정면으로 배치된다. 또한 청구법인이 ‘제조사 측이 치밀하게 기획한 자금융통 플랜에 기망당한 실질적 피해자’라고 주장하는 것은 쟁점 거래가 사기대출을 위한 거짓거래임을 청구법인도 인정하는 것으로, 쟁점 거래가 정상거래임을 주장하는 것과 모순되는 주장이다.

마) 사법절차가 진행 중이라는 이유로 본 과세처분의 적법성을 다툴 수는 없다. 세무조사 이전 대표자 A■■은 가공세금계산서 수수가 아닌 사기대출 혐의로 기소된 것으로, 이는 조사청이 판단한 청구법인 및 해당 거래 관련법인들의 가공거래의 목적으로, 조사청은 쟁점 가공거래의 목적·거래경위·고의성 등을 종합적으로 판단하여 청구법인을 조세범 처벌범 및 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률에 따라 즉시 고발 처분하였다. 청구법인이 주장하는 형사절차와 조사청의 과세처분은 별개의 독립된 절차이며 형사사건 유무죄 판결조차 조사청의 과세처분에 기속력을 가지지 못한다는 것이 일관된 판례이다.

2) 가공거래가 아닌 정상거래라는 주장에 대하여

조사청이 파악한 본 가공거래의 동기는 AAA의 코스닥 상장을 위해 매출규모 부풀리기와 이를 기반으로 한 2천억원대 사기대출을 통한 자금조달이다. 청구법인은 그 자금조달 통로(대리점)으로 이용되었으며, 동기 부존재 주장은 이미 확정된 사실관계에 정면으로 반한다. 청구법인의 거짓 연구장비 (렌탈)판매를 근거로 캐피탈사로부터 받은 대출금이 즉시 AAA 또는 협력점으로 환류된 자금흐름은 본 거래의 실질 및 의도가 “재화의 공급”이 아니라 “자금의 회전”에 있음을 보여준다. 또한 청구법인이 조사대상기간 동안 수수한 가공세금계산서로 인하여 ①AAA이 외형상 매출을 과다인식 및 코스닥 상장 절차에 활용하였고, ②캐피탈사로부터 고액의 사기대출이 실행되었으며, ③청구법인은 가공 매입세액공제를 받아 부가가치세를 포탈하였다. 이 모든 결과가 객관적 자료로 확인된다.

3) 연구장비 리스·용역이 정상거래라는 주장에 대하여

가) 청구법인은 어떠한 객관적인 증빙 없이 청구법인의 책임하에 실물 연구장비를 설치하고 용역을 제공한 정상거래라고 주장하고 있다. 조사청은 청구법인이 ggg 교수에게 렌탈할 목적으로 매입한 장비는 공급가액 약 10억원이나 동기간 발행한 매출세금계산서는 3억원에 불과한 점, 조사대상기간 청구법인의 연구장비 매입액은 총 154억원이나 대응되는 렌탈매출은 65억원으로 고액의 매입액에 훨씬 못미치는 점, 미수채권 약 174억원이 누적되었고 실제 회수금은 약 12억원에 불과한 점, 협력점 조사 결과 교수의 개인카드·교수업체카드를 타인이 사용하는 정황이 확인되어, 청구법인이 결제했다는 카드의 실사용자가 교수인지조차 객관적으로 확인되지 않는 점 등을 볼 때 교수들이 정상적으로 렌탈료를 입금하였다는 주장은 객관적 사실에 반한다. 무엇보다 최종사용자인 교수 16명은 경찰 수사과정에서 본인들은 연구장비를 무상으로 사용하기로 약정하였고, 그 대가는 시약·소모품 매입이었으며, 청구법인과의 렌탈계약 사실이나 임대료 지급의무를 알지 못하였다고 일관되게 진술하고 있다. 이는 청구법인이 주장하는 교수들의 정상 렌탈료 입금구조의 실체적 진정성을 정면으로 부정하는 것이다.

나) 부가가치세법에 따르면 재화의 공급 “재화의 사실상 이전(인도·양도)를 요건으로 하며, 직송방식이라 하더라도 그 사실 자체에 대한 증빙은 거래당사자 누구든 보관·확보할 수 있고, 또 보관할 의무가 있다. 사후 물류 증빙의 부재는 조사청에서 가공거래로 본 근거의 하나일 뿐, 경찰의 현장조사 결과 대다수의 장비가 실물 부재 상태임이 객관적으로 입증된 상황이며, 동일 장비의 시리얼 넘버가 위조되어 중복대출이 실행된 정황이 확인되어 이른 근거로 이미 제시한 바 있으나, 청구법인은 이에 대한 객관적인 반증을 하나도 제시하지 못하며 이의신청서에서 이와 관련한 불리한 내용은 모두 언급하고 있지 않다. 또한, 청구법인은 대리점으로서 계약 주체·자금집행만 수행하였다고 주장하나, 대리점이라 하더라도 매입세금계산서 수취시 거래의 실재성을 확인할 의무가 있고, 이 사건과 같이 청구법인 명의로 거래단계가 진행된 이상 그 거래의 실질에 관한 책임은 청구법인이 부담해야 한다.

4) 사기대출과 무관하며 대표자 A■■의 진술은 일관성이 있다는 주장에 대하여

가) 정상적인 사업이라면 장비 대출 및 상환스케쥴 등을 직접 관리한 사업의 주체로서, 수백억원에 달하는 장비 매입과 그에 대응하여 실행한 대출금, 5년간 이루어지는 렌탈자산을 관리해야 할 것이다. 하지만 대표자 A■■은 장비 매입 건수보다 대출건수가 훨씬 많은 이유, 수정세금계산서가 발급되어 매입이 취소된 건임에도 대출이 실행된 사유, 사기대출이 불거진 2024년 5월 이후 장비 매입이 없는 사유, 시리얼 번호 위조 정황, 연구장비 실물자산의 존재여부 등 이 사건의 핵심 쟁점에 대하여 ”잘 모르겠다“, ”확인해보고 답변하겠다“는 회피적 답변으로 일관하였다.

나) 특히 수정세금계산서가 발급되어 매입이 취소된 경우 정상적인 사업자라면 해당 자산을 담보로 이루어진 대출에 대해 즉시 상환해야 할 것이나, 미상환된 대출이 다수 확인되었음에도 ”잘 모르겠다“고 답변을 회피한 바 있다. 이는 단순한 기억오류가 아니라 본인이 대표자로서 사업에 관하여 당연히 인지·관리해야 할 사항에 관한 회피로서, 가공거래라는 객관적 사실을 부인할 수 없는 단계에 이르자 답변을 거부한 것일 뿐이다.

5) 인적·물적 설비를 갖춘 독립 사업장을 운영하였다는 주장에 대하여

쟁점거래와 다른 사업의 혼동으로 이 사건 처분의 대상은 연구장비 렌탈 관련 약 265억원의 가공거래이다. 군부대 유지보수 사업 등 별개의 사업영역에서 일부 실질이 있었다 하더라도 그것이 쟁점 거래의 정상성을 담보하지 않는다. 조사청이 가공거래로 본 쟁점 연구장비의 거래에서 청구법인이 수행한 역할은 정상적인 대리점에서 수행하여야 할 최종 사용고객과의 주문, 가격 등 계약관리, 실제 연구장비의 운송 등 공급, 렌탈 판매에 따른 자산 관리가 아닌 이를 기반으로 한 대출실행과 자금 회전을 통한 대출금 상환이 대부분으로, 청구법인의 사업이 대표자 A■■의 책임 하에 이루어졌다고 주장하는 것은 A■■이 동 사기대출에 가담한 것으로 오히려 조사청의 과세적법성을 타당하게 할 뿐이다.

6) 캐피탈사의 엄격한 여신심사를 신뢰하였다는 주장에 대하여

가) 캐피탈사 검증은 과세요건의 충족 여부와 무관하다. 부가가치세법상 ”재화의 공급“ 여부는 거래 당사자 간의 실물 이전을 기준으로 판단되며, 제3자인 캐피탈사의 심사 통과 사실이 가공거래를 정상거래로 전환시키지 못한다.

나) 또한, 청구법인은 연구장비를 담보로하여 캐피탈사로부터 직접 대출받은 자로, 계약의 주체로서 작성한 연구장비 매입 및 (렌탈)매출 계약서를 캐피탈사에 제출하였으며, 설치 사실을 직접 확인해 주며(해피콜) 사기대출을 공모하였다. 동일한 장비의 시리얼넘버를 위조하여 중복대출이 실행되었고, 세금계산서가 발급되지 않은 거래임에도 대출이 실행된 점으로 등으로 사기대출의 정황이 확인되며, AAA의 B■■ 및 관련인이 사기대출 혐의로 이미 검찰에 송치된 바 있다. 캐피탈사에 거짓 서류를 제출하여 사기 대출을 실행한 청구법인이, 갑자기 여신심사를 통과하여 대출이 실행된 사실을 근거로 정상거래를 주장할 수는 없다. 즉, 이는 위조·우회 행위에 청구법인이 동조한 것으로, 캐피탈사는 청구법인 및 AAA 등의 공동 기망행위의 피해자일 뿐, 청구법인의 정상성을 보증해주는 존재가 아니다.

7) 증빙확보의 불가항력 주장에 대하여

장부·증빙 보관의무는 사업자의 법정의무로(‘국세기본법’ 제85조의3, ‘부가가치세법’ 제71조, 동 법 시행령 제120조), 사업장 경매 또는 직원 퇴사 사정이 이러한 보관의무를 면제시키지 못한다. 조사청이 조사대상기간의 관련업체들 간의 거래내역, 자금흐름, 경찰수사 결과, 최종사용자 교수들의 진술, 시리얼번호 위조 정황, 대표자 심문조서 등을 통하여 가공거래의 상당한 입증을 완료한 이상, 거래의 실재성에 관한 입증책임은 청구법인에게 전환되는 것으로, 청구법인 및 대표자가 거론하는 정황은 위에서 이미 반박한 바와 같이 가공거래의 실체를 증명하는 것이 아니라 오히려 가공거래의 외관을 형성하기 위한 도구로 사용된 사실이 확인된 사항들이다.

다. 제조사 측의 기망행위에 의한 “실질적 피해자”라는 주장에 대하여

1) ‘조세법처벌법’ 제10조제3항의 거짓 세금계산서 수수는 행위자 본인이 얻는 이익의 유무를 구성요건을 하지 않는다. 제3자의 매출 증대 및 자금조달을 위하여 자신의 사업자 명의로 거짓 세금계산서를 발급·수취한 이상 본 죄의 구성요건은 충족된다. 청구주장은 양형 사유에 해당할 수 있을지는 몰라도 처벌·과세 요건의 부정 사유가 될 수 없다.

2) 이와 별개로, 청구법인은 AAA으로부터 수취한 매입세금계산서로 부가가치세를 환급받았으며, 대표자 A■■은 고액의 급여를 받아 이익을 취한 사실이 있음에도, 거짓 거래의 정황이 밝혀진 현재 본인의 공모사실을 부인하고자 피해자라고 주장하고 있을 뿐이다. 대표자 A■■이 주장하는 사무실 경매·개인자산 손실은 모두 2024년 5월 이후 AAA 사건이 표면화된 사후의 결과이다. 가공거래의 고의 유무는 거래 당시의 인식을 기준으로 판단되어야 하며, 사후 결과로 행위 당시 고의를 부정할 수는 없다.

라. 결어

1) 청구법인이 항변서에서 제기한 모든 주장은 증빙 없는 종전 주장의 단순 반복이거나, 객관적 증거에 의하여 이미 배척된 사실에 관한 것이거나, 사후 결과를 들어 행위 당시의 고의를 부정하려는 시도에 불과하다. 항변서에서 대표자 A■■은 정상거래임을 주장하면서도 ‘기망당한 피해자’라며 공모사실은 부인하는 것은, 조사청이 제시하는 가공거래의 근거에 대해 반박 가능한 증거를 제시할 수 없기 때문에 법적 책임을 피하고자 하는 것일 뿐으로, 청구법인의 대표자 A■■은 AAA 대표 B■■ 등과 쟁점 연구장비의 거짓 거래에 가담하여 약 265억원의 규모의 거짓 세금계산서를 수수하고, 이를 기반으로 사기대출에 자신의 사업자 명의를 제공한 범칙행위자로서, 그 행위의 반복성·조직성·치밀성에 비추어 미필적 고의가 충분히 인정된다.

2) 조사청은 객관적 증거에 기초하여 적법한 절차에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분을 한 것이며, 청구법인의 추가의견은 모두 이유 없으므로 이 건 이의신청을 기각하여 주실 것을 간곡히 요청드린다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(쟁점①) 조사청이 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않고 조사과정에서 적법 절차를 준수하지 않아 위법하다는 처분의 당부

(쟁점②) 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

4) 부가가치세법 제57조【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 및 제57조의2에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

5) 부가가치세법 제60조【가산세】(부칙 제21218호, 2025.12.23. 개정 이전의 것)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

6) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <개정 2020.6.9.>

7) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (이하 생략)

8) 국세기본법 제81조의7【세무조사의 통지와 연기신청 등】

① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

9) 국세기본법 제81조의15【과세전적부심사】

① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다. <신설 2018.12.31, 2020.12.29, 2024.12.31>

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 (중략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. ‘국세징수법’ 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. ‘조세범 처벌법’ 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다. (이하 생략)

10) 국세기본법 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 세무조사(‘조세범 처벌절차법’에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 시작할 때 조사원증을 납세자 또는 관련인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주어야 하며, 조사 사유, 조사기간, 제81조의18 제1항에 따른 납세자보호위원회에 대한 심의 요청사항ㆍ절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다. <신설 2014.1.1., 2017.12.19.>

11) 국세기본법 제85조의3【장부 등의 비치와 보존】

① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. 이 경우 장부 및 증거서류 중 ‘국제조세조정에 관한 법률’ 제16조제4항에 따라 과세당국이 납세의무자에게 제출하도록 요구할 수 있는 자료의 경우에는 ‘소득세법’ 제6조 또는 ‘법인세법’제9조에 따른 납세지(‘소득세법’ 제9조 또는 ‘법인세법’ 제10조에 따라 국세청장이나 관할지방국세청장이 지정하는 납세지를 포함한다)에 갖춰 두어야 한다.

12) 조세범 처벌법 제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. ‘부가가치세법’에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

13) 조세범 처벌절차법 제17조【고발】

① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.

1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우

2. 제15조제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우

3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우

4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우

다. 사실관계

1) 기본사항

가) 청구법인은 연구장비 제조 및 납품을 주업으로 영위하는 AAA으로부터 연구장비를 매입하여, 최종 소비자인 교수들에게 렌탈 형식으로 공급하는 사업을 주업으로 영위하는 법인으로 대표자는 A■■이며, 2020.1.14. 개업하여 2026.6.30.신고 폐업하였다.

 청구법인의 사업자등록사항

나) 청구법인의 법인세 신고내용은 다음과 같다.

 청구법인의 법인세 신고내용

2) 거래구조에 관한 내용

가) 주조사자 AAA 및 AAA 관련업체들 간의 연계 거래

(1) 조사청이 확인한 표면상의 거래형태는 AAA이 연구장비를 대리점(청구법인, ㈜CCC, ㈜BBB)을 통해 최종 사용자인 교수들에게 납품하고, 대리점은 AAA으로부터 매입한 연구장비를 렌탈계약을 통해 교수들에게 공급하여 렌탈료를 받는 구조이다. 이 과정에서 연구장비를 담보로 캐피탈 대출이 실행된다.

❖ 조사청이 확인한 거래구조

(2) 조사청은 청구법인 등 대리점은 연구장비에 대한 렌탈료를 정상적으로 회수하지 못한 상태에서, 표면적으로 EE 및 KKKKKK 등에 해당 연구장비를 중고로 공급하고, 이를 ㈜HHHHH나 ㈜GGGGGG가 재매입하여 AAA에 공급하는 거래형태 및 자금 회전구조를 확인하였다.

❖ 중고 연구장비의 거래흐름

(3) 조사청은 청구법인이 정상거래를 하였다면 매출처인 교수들로부터 정상적으로 렌탈료를 수취하였어야 할 것이나 렌탈료는 정상적으로 수취되지 않았고, 청구법인은 AAA의 협력점(EE, GGGGGG 등) 간의 자금회전을 통해 대출금을 상환하였고, 이는 쟁점거래가 재화의 공급에 따른 실질적인 대가 관계가 형성되지 않은 가공거래임을 반증하는 것이라고 주장한다.

이에 조사청은 AAA 및 AAA 협력점들이 자금회전을 한 예시 내역을 다음과 같이 제출하였다.

❖ 금융거래 내역 일부 발췌

나) AAA 및 관련업체의 대출사기에 관한 내용

△△경찰청은 AAA의 전대표 B■■이 고가 연구장비의 시리얼 넘버를 위조하거나 동일 장비를 중복 담보로 활용하는 방식으로 약학대 교수들과 공모해 사기대출을 일으킨 혐의 등에 대하여 수사한 결과, 2025년 5월 B■■을 사기대출에 연루된 교수, 대출중개인 등과 함께 검찰에 송치하였다.

❖ 머니투데이(2025.6.3.) 기사 발췌

다) 기타 AAA 관련 내용

(1) 전자공시시스템(DART)에는 2024.7.12. AAA의 ‘횡령·배임혐의 발생’ 보고서가 공시되었으며, 공시내용상 AAA 전대표 B■■ 및 청구법인 대표 A■■ 등 AAA 관련자들은 AAA 대표이사 이■■로부터 업무상 횡령 등 혐의로 고발되었다.

❖ AAA ‘횡령·배임혐의 발생’ 공시서류 발췌

(2) AAA은 2025.7.24. 회계감사인의 감사를 통해 허위 거래 사실이 확인된 후, 가공매출분(청구법인에 대한 매출을 포함한 AAA의 대리점 및 교수업체 등에 대한 매출)에 대한 매출세액을 납부한 것을 사유로 2023년 1~2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구를 제기하였다.

❖ AAA 경정청구서 발췌

3) 조사청의 조사결과에 관한 내용

가) 세금계산서에 관한 사항

조사청은 2025.9.24.∼2026.1.15. 기간동안 청구법인에 대한 2021년 1기~2024년 2기 대상 부가가치세 세목별 조사(2025.11.21. 조세범칙조사 전환)를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매출거래처에 발급한 매출세금계산서 8,704,069,524원 및 쟁점매입거래처로부터 수취한 매입세금계산서 18,864,008,270원에 대하여, 실제 재화나 용역을 공급하거나 공급받지 않고 세금계산서를 수수한 것으로 보아 가공거래로 확정하였다.

❖ 조사청이 가공거래로 확정한 매출처 및 (매출)공급가액

* 교수업체: 최종 사용자인 교수가 설립한 사업자

❖ 조사청이 가공거래로 확정한 매입처 및 (매입)공급가액

나) 신용카드매출전표에 관한 사항

조사청은 청구법인이 AAA 협력업체에 발행한 신용카드매출전표는 세금계산서 가공 수수 거래와 동일하게 실물 거래 없이 1,309,665,610원의 신용카드매출전표만 발행한 것으로 보아 다음과 같이 가공거래로 확정하였다.

❖ 조사청이 가공거래로 확정한 카드 매출

다) 가공거래 판단 근거

(1) 조사청은 연구장비의 실물 부재, 비성장적인 사업구조, AAA의 전대표 B■■ 등의 대출사기와 관련한 △△경찰청 수사 결과 등을 근거로 하여, AAA이 코스닥 상장을 위해 매출규모를 부풀릴 목적 하에 연구장비의 시리얼넘버를 위조하거나 동일 장비를 중복 담보로 활용하는 방식으로 가공 매출을 발생시키고 거액의 대출을 실행한 것으로 확인하고, 청구법인과 AAA(AAA 관련업체) 간 발생한 연구장비 관련 매출·매입 거래를 가공거래로 보아 부인하였다.

❖ 조사종결보고서 일부 발췌(조사업체 = 청구법인)

(2) 청구법인은 KKKKKK, AAA, CCC, FFFFF, JJJJ에 ‘시약 및 소모품’ 등 품목으로 세금계산서를 발급하였으나, 조사청은 AAA 및 AAA 관련업체간 거래형태, 경찰 수사내용, 금융거래내역 등을 토대로 이를 가공거래로 판단하였다.

❖ 조사종결보고서 일부 발췌(조사업체 = 청구법인)

(3) 청구법인은 aaa 등 교수 12인에 연구장비 렌탈 등 품목으로 세금계산서를 발급하고, 하*** 등 6개 교수업체에 시약 및 소모품 품목으로 세금계산서를 발급하였으나, 조사청은 교수업체는 실제 운영하지 않는 것으로 확인하였고, AAA 및 AAA 관련업체간 거래형태, 경찰 수사내용, 금융거래내역 등을 토대로 교수 및 교수업체와의 거래를 가공거래로 판단하였다.

❖ 조사종결보고서 일부 발췌(조사업체 = 청구법인)

라) 청구법인의 대표 A■■의 진술(심문조서 등)에 관한 내용

(1) 조사청은 조세범칙조사 과정에서 청구법인의 대표자 A■■에 대한 문답을 실시하여 심문조서를 작성하였으며, 심문조서의 내용상 A■■은 연구장비 계약은 AAA을 통해 이루어지며 연구장비의 판매(렌탈) 및 매입 가격이 AAA과 교수들간 계약관계에 따라 정해진다고 진술한 내용이 확인된다.

❖ 조세범칙혐의자 심문조서 일부 발췌(2025.12.16.)

(1-1) 심문조서상 대표자 A■■은 연구장비가 실제로 교수실에 설치되었는지 확인한 절차나 근거서류에 대하여 책자 형태로 만들어놓은 자산리스트가 있으며(이의신청 과정에서 제출되지 않음), 연구장비가 교수실에 설치된 것을 확인하였다고 진술하며 정상거래를 주장하고 있는 내용이 확인된다. 한편 A■■은 연구장비의 현재 위치에 대하여는 모른다고 답변하였다.

(1-2) 심문조서상 대표자 A■■은 AAA에서 수정세금계산서를 발급하여 매출을 취소한(청구법인 기준으로 매입 취소) 사실에 대하여 이유를 잘 알지 못하며, 매입이 취소되어 연구장비를 회수하였냐는 조사청의 질의에 대하여 회수여부를 모르겠다고 답변한 내용이 확인된다.

(2) 대표자 A■■은 제조사 AAA으로부터 기망당한 피해자라고 주장하고 있으며, 세무조사(2025.9.24.∼2026.1.15) 이전인 경찰수사 과정에서, A■■은 교수들로부터 렌탈료가 회수되지 않고 있음에도 렌탈계약을 진행한 것은 재매입약정이나 연구비가 나올 경우 일시에 많은 비용을 상환받을 수 있다는 B■■을 말을 믿었기 때문이라고 진술한 내용이 피의자 신문조서를 통해 확인된다. 또한 A■■은 연구장비의 실물을 일일이 확인하지는 못하였다고 진술한 바 있다.

4) 조사절차 준수 여부에 관한 사항

가) 조사청은 청구법인의 경우 ‘국세기본법’ 제81조의7제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고, 2025.9.29. 청구법인의 대표자 A■■에게 세무조사 통지 및 납세자권리헌장 등을 낭독하였고, 2025.11.21. 부가가치세 세목별조사에서 범칙조사로 전환됨에 따라 2025.12.4. A■■에게 조세범칙조사 통지서를 교부하였으며, 마찬가지로 2026.1.29. 세무조사 결과통지시에도 A■■에게직접 세무조사 결과통지서를 교부한 후 수령증에 날인을 받았다고 하며 아래의 서류를 제출하였다.

❖ 확인서(조사청 제출)

나) 또한 조세범칙혐의사 심문조서 작성시에도 대표자 A■■는 조사담당 사무실에 출석한 이유에 대하여 알고 있다고 답변한 사실이 있는 등 조사청은 납세자에게 조사 과정에서의 통지 등 제절차를 모두 준수하여 적법하게 조사를 진행하였다고 답변하였다. 한편 청구법인은 조사청이 조사절차를 준수 여부가 불분명하다고 주장하고 있으나, 구체적으로 어떠한 절차가 위반되었는지에 대한 의견이나 증빙서류는 제출되지 않았다.

❖ 조세범칙혐의자 심문조서(진술자:A■■) 일부 발췌(2025.12.16.)

다) 조사청은 조사종결 이후인 2026.3.25.AAA 및 청구법인을 포함한 총 9개 조사업체를 조세범처벌법 위반으로 OO지방검찰청에 고발하였고, ‘조세범 처벌법’ 위반으로 고발하는 경우에 해당하여 과세전적부심사 청구에 대한 규정이 제외되어 이 건 처분은 정당하다고 주장한다.

❖ 관련 법령

❖ 고발장 접수증(2026.3.25.)

5) 청구법인 측 제출 자료

가) 이 건 이의신청 과정에서 청구법인은 주사업장의 경매 및 전직원 퇴사로 인해 증빙 제출이 불가능한 상황이라고 주장하고 있으며, 이의신청서 및 항변서(보정의견서) 외의 서류나 쟁점거래가 정상거래라는 주장에 대한 증빙서류는 별도로 제출되지 않았다(한편 대표자 A■■의 군 경력증명서 및 병적증명서를 제출함).

나) 한편 이 건 이의신청 과정에서 청구법인 측으로부터 자료가 제출되지는 않았으나, 조사청은 조사과정에서 청구법인 측에서 렌탈장비 계약내용을 정리한 파일을 제출받은 것으로 확인된다. 렌탈장비 계약내용 정리 excel 파일의 일부는 다음과 같으며, 해당 파일의 내용에는 계약명, 계약총액, 월납입액 등이 기재되어 있다.

❖ ‘□□□ 렌탈장비 계약정리’ 파일 일부 발췌

라. 판단

  먼저 청구법인은 조사청이 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않고 조사과정에서 적법 절차를 준수하지 않았으므로 당초 처분은 부당하다고 주장하나,

  ‘국세기본법’ 제81조15제2항에서는 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 동법 동조 제3항에서 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에 해당할 경우 제2항을 적용하지 않는다고 규정하고 있으며 조사청은 조사 종결 이후 청구법인 및 행위자에 대하여 고발 조치하였다.

  또한 조사청은 ‘국세기본법’ 제81조의7제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고, 청구법인의 대표자 A■■에게 세무조사 통지 및 납세자권리헌장 등을 낭독하였고, 마찬가지로 세무조사 결과 통지시에도 A■■에게 직접 세무조사 결과통지서를 교부한 후 수령증에 날인을 받은 반면, 청구법인은 조사청이 세무조사 과정에서 납세자 보호절차를 준수했는지 불분명하다고 주장할 뿐, 조사청이 어떠한 조사절차 및 납세자보호절차에 대하여 미준수하였는지에 대하여 구체적으로 제시하지 못하고 있다.

  이상의 사실을 종합하여 볼 때, 조사청이 조사 과정에서 적법 절차를 위배하였다고 보기 어려우므로 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다음으로 청구법인은 쟁점거래는 정상거래이므로 이를 가공거래로 판단하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나,

  대법원은 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 판시하고 있다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결, 대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

  조사청은 쟁점거래의 대상인 연구장비의 제조사 AAA에 대한 세무조사 결과, AAA이 연구장비의 일련번호를 위조하는 방법으로 연구장비를 여러 번 판매한 것처럼 가장하여 관련업체에 세금계산서를 발급하였고, 이러한 가공매출에 대응하는 매입자료를 확보하기 위해 AAA 관련업체들로부터 중고연구장비를 거래한 것처럼 거짓으로 세금계산서 및 신용카드매출전표를 수취한 것으로 확인하여, AAA과 AAA의 관련업체 간의 매출 및 매입거래를 가공거래로 확정하였다.

  또한 조사청은 AAA 및 AAA 관련업체 간 자금회전 구조 및 대표자 A■■의 조세범칙조사 심문조서상 진술내용, 경찰수사 과정의 신문조서상 진술내용 등 구체적인 증거자료에 따라 쟁점거래가 실제 재화나 용역의 공급없이 이루어진 가공거래임을 상당한 정도로 입증한 것으로 보이는 반면, 청구법인은 쟁점거래가 정상거래라고 주장하면서도 이를 입증할 수 있는 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하였다.

  더욱이 조사종결보고서에 따르면 교수들은 연구장비를 무상으로 지원받는 것으로 인지하고 있었던 것으로 보이며, 청구법인이 교수들로부터 렌탈료를 정상적으로 회수하지 못한 정황 등으로 보아 쟁점거래는 재화의 공급에 따른 실질적인 대가 관계가 형성되지 않은 거래로 보이고, 또한 피의자 신문조서의 내용상 청구법인의 대표자 A■■은 연구장비를 일일이 확인하지 않았다고 진술하고 있는 점 등으로 보더라도 쟁점거래를 정상거래로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

  이상의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 부가가치세를 경정한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

5. 결론

  이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로 ‘국세기본법’ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.