이 유

1.사실관계 및 세무조사결과 통지 내용

가.청구법인은 2012.8.13. 어업용 부표 제조업을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로 스티로폼 부표를 친환경 플라스틱 부표로 교체 하는 국고보조사업(이하 “이 건 보조사업”이라 한다)에 참여하여 전량 수협중앙회(이하 “수협”이라 한다)에 공급하였는데, 이 건 보조사업은 국가 및 지자체에서 부표 제품단가의 70%를 보전하고 나머지 30%는 어민이 자부담하며 사업대상으로 선정된 어민이 관할 지방자치단체에 부표 구매 신청 후 어민 자부담분을 수협에 납부하면, 수협이 제조업체인 청구법인에 발주 및 배달 지시하고 이를 수협이 지정하는 장소에 납품하여 최종적으로 어민에게 공급되는 형태이다.

나. 청구법인은 이 건 보조사업에 참여한 A 각 어민이 구매한 부표를 미래에 청구법인에 반환할 것으로 조건으로 구매한 부표의 품목과 수량에 따라 약정한 금액을 지급한다는 계약서를 작성하고 각 어민에게 폐부표 수거비(이하 “쟁점수거비”라고 한다) 항목으로 4,816백만원을 지급하고 이를 지급명세서 등 적격 증빙을 제출하지 않은 채 전액 지급수수료 또는 잡손실로 손금 처리하는 방법으로 법인세를 신고하였다.

다.통지관서는 2025.3.26.부터 2025.7.3.까지 청구법인의 2020부터 2024까지 각 사업연도에 대한 법인통합 세무조사를 실시한 결과 쟁점수거비는 매출에누리가 아니라 어민 자부담금 보전을 위해 지급된 금액으로 일반적으로 용인되는 통상적 비용이 아닌 사회질서를 위반하여 지출된 비용이라고 보아 손금 부인하는 한편, 특허권 사용료 등 부당계상, 법인자금 부당유출 등을 포함하여 2025.8.14. 청구법인에게 법인세 1,636,238,761원(가산세 3653,065,372원 포함)을 고지하겠다는 세무조사결과를 통지(이하 “이 건 과세예고통지”라 한다)하였다.

라.청구법인은 이 중 쟁점수거비에 대하여 2025.9.10. 과세전적부심사를 청구하였다.

2.청구법인 주장

가.어민에게 지급한 쟁점수거비는 매출에누리이므로, 이 건 과세예고통지는 부당하다.

 1)청구법인은 어민들의 양식에 필요한 친환경부표를 개발하기 위하여 여러 해 적자 운영을 하였고, 자금 부족으로 지인 등에게 빌려서 운영하느라 기계 장치 구입과 운영경비 등의 증빙을 제대로 갖추지 못하여 이익이 과다 계상되었는데, 2012년부터 2020년까지 9년간 전체 이익은 사실상 마이너스였고, 2021년에야 비로소 이익이 발생하기 시작하였으며 현재 스티로폼 부표를 친환경 부표로 교체하는 보조사업에 참여하여 수협에 친환경 부표를 공급하고 있다.

 2)청구법인이 판매하는 친환경 부표는 55,000원 내지 70,000원이었는데 기존 스티로폼 부표 가격은 3,000원 내지 5,000원이었기 때문에 친환경부표 보급이 정부 계획대로 진행되지 않았고, 자부담 금액이 기존 스티로폼 부표 구입금액을 크게 상회하여 어민들이 부담을 느꼈다.

    이에 청구법인은 어민들의 부담을 덜어주고 해양오염을 예방하는 차원에서 A 공급된 부표 사용 후 폐부표를 수거해올 것을 약정하고, 그 대가로 어민 자부담액의 일부를 ‘폐부표 수거비’로 지원해주었는데, 어민들의 자부담 30%는 수협에 먼저 납부를 해야 하고 청구법인은 부표 공급 이후에 지원을 하였다.

    이처럼 청구법인이 어민에 지급한 쟁점수거비는 청구법인의 이익을 나누어 어민에게 지원해준 것이므로 매출에누리에 해당한다.

나.쟁점수거비는 손금이다.

    청구법인의 장부 및 법인 계좌에서 쟁점수거비의 실제 지급사실이 확인되고 A 계약서까지 작성하였을 뿐만 아니라, 청구법인은 어민이 신청한 부표 수량만큼 모두 공급하였으므로 국고보조금 손실이 없고, 국가의 사업목적이 달성되었다고 할 수 있으므로 손금으로 인정되어야 한다.

3.통지관서 의견

가.청구법인이 어민에게 지급한 쟁점수거비는 매출에누리가 아니다.

   ｢부가가치세법｣은 매출에누리에 관하여 그 품질, 수량 및 인도, 공급대가의 결제, 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아주는 금액이라 규정하는바, 매출에누리는 해당 공급 거래와 관련하여 이루어져야 하며, 품질 등 기타 공급조건에 따른 것으로, 대가에서 직접 깎아주어야 한다는 조건을 충족하여야 하는 것이다.

    이 사건 부표 공급 관련하여 청구법인은 수협과 물품공급계약을 체결하고 그 계약에 따라 부표를 전량 수협에 공급하였음에도, 실질 거래당사자인 수협이 아니라 거래의 관계상 제3자인 어민에게 구매한 부표 개수에 품목별로 정한 금액을 곱하여 산정한 금액을 쟁점수거비로 지급하였다.

    청구법인과 수협 간 작성한 물품공급계약서를 보면 거래상대방인 수협은 자부담 대납, 허위 납품 등 부정한 방법으로 판매시 공급계약 해지 등 불이익을 명시하는 등 청구법인이 이에 확약한 사실이 확인되고 이 건 보조사업과 관련하여 통영시 등 지방자치단체는 보조사업 진행과정에서 자부담 대납 등 부정한 행위를 금지하고 있다는 내용을 담은 공문을 청구법인을 포함한 부표공급업체와 각 수협, 어민에 발송한 사실 역시 확인된다.

    이는 쟁점수거비가 보조사업 조건인 어민의 자부담금 일부를 보전하는 행위라는 사실을 청구법인이 인지하였음에도 불구하고 거래당사자인 수협의 의사에 반하여 지급한 것으로, 쟁점수거비는 청구법인과 수협간 거래에서 발생 하였다고 볼 수 없는 것이다.

    또한 수협과의 계약서상 기타 공급조건에 따라 어민에게 금전을 지급 한다는 조항이 없고, 해당 거래와 관련하여 대가에서 직접 깎아주는 금액으로 볼 수 없으므로 쟁점수거비는 매출에누리에 해당하지 않는다.

나.청구법인이 어민에게 지급한 쟁점수거비는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용에 해당하지 않으므로 손금부인한 통지는 정당하다.

 1) 청구법인은 쟁점수거비와 관련한 계약서를 작성하고 지급사실이 확인되므로 정당한 손금이라고 주장하나, 세법상 인정되는 손금이란 계약서를 작성하거나 지급된 사실만으로는 그 대상이 되지 않는 것이며, 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로써 일반적으로 용인되는 통상적인 것으로 사회질서를 위반하지 않는 범위 내의 지출이어야 한다.

 2)청구법인이 정당한 손비의 증거로 제출한 B 계약서를 보면 형식적으로는 폐부표 회수를 목적으로 하고 있으나, 부표 망실, 양식어업인의 사망, 양식장 소유권 이전 등 미래 회수 가능성이 불분명함에도 약정금액을 전액 지급한 점, 미반환 등 계약 불이행의 조항이 없는데 이러한 점으로 볼 때 실질적으로는 어민의 자부담금 일부를 보전한 것으로 볼 수 있으며, 청구법인은 이 건 청구내용에서 쟁점수거비의 성격을 어민에 대한 자부담금 지원임을 이미 밝힌 바 있다.

    또한 청구법인은 경찰조사 및 세무조사 과정에서 공급한 부표를 실제로 회수하였다는 사실을 증빙하지 못하였을 뿐만 아니라, 부표 사출물 제작업체인 거래처 C 대표 D이 폐부표를 회수하여 재활용한 사실이 없다고 진술한 것으로 볼 때 청구법인이 A 작성한 계약서는 사실과 다르게 작성한 계약서를 토대로 마치 정당하게 지급하는 듯한 외관을 형성한 것에 불과하다고 판단되며 경찰조사 결과 역시 청구법인이 계약서에 따라 어민에게 법인 계좌 또는 현금으로 쟁점수거비를 명목으로 지급한 사실은 확인되나, 그 지급사실과 관련하여 선행된 경찰 조사 결과 청구법인 및 청구법인의 실운영자 E, 어민 중 어민1, 어민2, 어민3이 공모하여 ｢보조금관리에관한법률｣(이하 “보조금법” 이라고 한다) 등을 위반한 혐의가 있다고 보아 기소하였다.

  청구법인 및 청구법인의 실사주 E는 ‘보조사업 진행과정에서 어민에게 청구법인의 부표를 선택해주면 자부담금 일부를 돌려주겠다는 취지로 제안하고, 보조금 부정수급 행위에 해당할 수 있다는 사실을 인식하면서도 어민들에게 자부담금의 일부를 돌려주었다’는 공소사실로 하여 기소되었고, 어민들의 형사재판 결과 모두 유죄 판결을 받았고 이 중 어민 어민1 관련 형사사건(창원지방법원 2025.4.24. 선고 2024노33, 이하 “관련 형사사건”이라 한다) 재판 결과 2025.4.24. 징역 8월, 집행유예 2년으로 유죄 판결로 사건 종결되었다.

  재판부는 어민 어민1이 청구법인의 친환경부표를 구입하는 대가로 일정 금원을 지급 받아 실질적으로 어민이 부담해야 할 자부담금 일부를 보전 받았음에도 이를 관련 공무원들에게 묵비하고 국가와 지방자치단체로부터 보조금을 부정하게 교부받은 사안으로, 해당 행위를 보조금법 제40조의 ‘거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법’에 해당하는 것으로 판시하였다.

    결국 청구법인은 어민의 자부담금을 보전함으로써 청구법인의 부표 구입을 유도하고, 궁극적으로 매출증대라는 실질적 이익을 얻기 위해 쟁점수거비를 지급한 것으로 이는 관련 형사사건의 공소사실 및 판결 내용과도 일치한다.

 3)청구법인은 어민이 신청하여 수협이 발주한 부표 수량을 모두 공급하였기 때문에 국가의 보조금 손실이 없었고 국가의 사업목적이 달성되었다고 할 수 있으므로 쟁점수거비가 사회질서를 위반하여 지출된 비용이 아니라는 취지의 주장을 하고 있으나, 이 건 보조사업에서 국가 등이 보조금 신청자에게 일정금액의 자부담금을 부담하게 하는 이유는 그 신청자들이 실제로 필요한 만큼의 보조금을 신청하도록 하여 불필요하게 보조금이 과다하게 지급되는 것을 방지함과 동시에 보조금이 수요자가 필요한 물품을 스스로 선택하고 구입하는 데에 사용되어 국가 등의 예산이 효율적으로 사용·배분되도록 하기 위함에 있는 것이다.

    그러나 청구법인과 같이 자신들의 물품을 구입하는 대가로 보조사업대상인 어민에게 자부담금 일부를 보전하는 취지로 금전을 지급하게 된다면 실질적으로 어민의 자부담금이 그만큼 경감되는 효과가 발생하고, 그에 따라 물품의 성능이나 품질이 아닌 현금 지급 여부나 자부담 경감 정도가 선택의 기준이 되어 물품을 공급하는 경쟁 업체간의 공정하고 자유로운 경쟁이 훼손되며 국가 등 예산의 효율적 사용·배분이 저해될 가능성이 높을 것이다.

    이 건 어민 관련 형사사건의 재판부 역시 청구법인과 보조금 신청자인 어민이 공모하여 청구법인의 부표를 사용하는 대가로 어민에게 자부담금 일부를 지급한 것은 위와 같은 보조사업의 취지를 몰각시킬 우려가 클 뿐만 아니라 국가의 보조금 관련 법령의 목적과 취지를 반하는 결과로 이어질 수밖에 없다고 판시하였으며, 피해자 대한민국, 통영시, 거제시, 고성군을 기망하여 보조금을 편취함과 동시에 거짓 신청이나 그 밖에 부정한 방법을 저질러 보조금을 교부받은 사실을 인정할 수 있다고 판단한바, 청구법인의 주장과 같이 국가의 보조금 손실이 없거나 사업목적을 달성하였다고 보기 어렵다.

    이와 같이 쟁점수거비는 형식과 실질이 다른 계약서를 근거로 하여 통영시 등 어민 총 153명에 지급한 것으로 그 지급금액이 4,373백만원에 달하며, 지급 받은 어민에 대한 재판 결과 유죄 판결된 사실 등으로 볼 때 건전한 사회 통념과 상관행에 비추어 일반적으로 용인되는 통상적인 범위 내에 비용으로 보기 어려우며, 사회질서를 위반하여 지출된 비용으로써 법인세법상 인정될 수 있는 손금에 해당하지 않는 것이고 따라서 이 건 처분은 적법하므로 청구인의 청구는 이유 없다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 ➀쟁점수거비는 매출에누리라는 청구주장의 당부

➁쟁점수거비는 정당한 손금이라는 청구주장의 당부

나.관련 법령

가)  1-1)법인세법 제15조 【익금의 범위】(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부 개정되기 전의 것)

 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

나)  1-2)법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】(2022.12.31. 시행령 제33210호로 일부 개정되기 전의 것)

    법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

 1.｢통계법｣제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류 (이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액 [기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외하고, 내국법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 해당 내국법인의 임원 또는 직원에게 시가보다 낮은 가액으로 판매 또는 제공하는 경우에는 그 판매 또는 제공가액과 시가와의 차액은 사업수입금액에 포함한다.

다)  2)부가가치세법 제29조 【과세표준】(2022.12.31. 법률 제19194호로 일부 개정되기 전의 것)

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

 1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

(이면 이 하 여백)

다. 사실관계

2.  1)청구법인 기본사항

  청구법인은 어업용 부구 제조업을 목적으로 2012.8.13. 설립되어 경북 경산시 소재하는 법인으로, 현재 사업을 계속 중이며 현재 대표자는 F이다.

  통지관서의 법인통합 조사결과보고서에 따르면, 청구법인은 ‘굴‧멍게 양식장에 사용되는 어업용 부표 제조업체로 스티로폼 부표를 친환경 부표로 대체하는 국고보조사업 관련하여 전량 수협중앙회에 공급하고 있고, 정부의 친환경 정책 확대 시행에 힘입어 2021년 이후 매출이 급성장’하였다고 기재되어 있고, ‘친환경 부표 관련 국고보조사업 총 사업비는 2020년 181억에서 2021년 462억’으로 기재되어 있으며, 법인세 관련 신고 내용은 다음과 같다.

❙청구법인 법인세 신고서 일부 발췌❙

(단위 : 백만원)

3.  2)세무조사 내용 및 결과통지 내용

4.   가)통지관서는 2025.3.26.부터 2025.7.3.까지 청구법인의 2020부터 2024까지 각 사업연도에 대한 법인통합 세무조사를 실시하였고 이에 대한 조사결과보고서 기재 내용 중 일부는 다음과 같다.

5. (이면 이 하 여백)

6.

7.

❙청구법인 조사결과보고서 일부 발췌❙

8.   나)통지관서는 조사 착수 전 사전 검토시 국고보조금 관련 검찰기소 사실을 확인하고 착수시 부표 계약서, 어민별 부표 공급실적, 공소장 및 범죄일람표 등 자료 일체 확보하고, 2025.4월 창원지검 통영지원 출장하여 공판기록을 열람· 등사하여 자료 확보하였다고 주장하며 관련 증빙을 제출하였다.

    이에 따르면 2022년 통영해양경찰서는 청구법인의 실사주 E가 어민들에게 부표를 판매한 뒤 일부를 되돌려주는 일명 ‘백마진’ 형태로 어민의 자부담을 줄여준 것으로 보고 이에 관하여 보조금법 위반 등 혐의로 수사를 진행 후 검찰 송치하였으며, 2024.10.10. 창원지방검찰청 통영지청은 이에 대해 태기주와 어민에 대하여 기소하였고 E에 대한 형사재판 사건 창원지방법원 통영지원 2024고합148로 1심이 3차 공판까지 진행되었으며, 어민에 대하여는 보조금법 위반으로 유죄 판결이 선고되어 확정되거나 상소가 진행 중이다.

    청구법인의 실사업자에 대한 신문조서에 따르면 부표 회수 증빙 증거는 없고, 부표 사출물 제조업체 C 대표의 진술조서에 따르면 ‘E가 원하는 대로 연출하였다, 원료에 섞어 쓰지 않았다, 재사용이 불가능하다.’고 기재되어 있다.

❙통영해경(2022.7.21.) 작성 E 2차 신문조서 일부 발췌❙

❙통영해경(2022.7.11.) 작성 청구법인 거래처 C 대표 D 진술조서 일부 발췌❙

9.   다)통지관서가 청구법인 관련 법인통합조사 관련 2025.6.18. 청구법인 실사업자 E에 대하여 작성한 문답서에 따르면, E는 2018년부터 청구법인의 실제 운영자이자 대표이사 F의 대리인으로 전체적으로 공장 관리, 영업 등 법인 관련 업무를 총괄하는 자로, 청구법인은 국고보조사업인 ‘인증부표 보급 지원 사업’ 참여 업체로 수협에 부표를 납품하는 한편 어민에게 공급한 부표를 반납하는 조건으로 가격을 책정하여 지급하는 계약을 A 체결하였고 이에 따라 폐부표 수거비를 어민에게 지급하고 이에 관하여 2020년 4천만원, 2021년 11억원, 2022년 16억원, 2023년 15억원, 2024년 4억 총 49억원을 잡손실이나 지급수수료 계정에 폐부표 수거비로 필요경비 계상하였다는 취지의 진술이 기재되어 있다.

10.  3)보조금법 위반 관련 형사재판 내용

    대법원 나의 사건 화면에 따르면, 어민 중 어민1에 대한 보조금법 위반에 관한 형사재판은 2025.7.16. 상고기각되어 유죄 확정된 것으로 확인되고 원심인 관련 형사사건 판결문을 발췌하면 다음과 같다.

❙관련 형사사건 판결문 일부 발췌❙

    법원은 청구법인이 A 작성한 계약서가 이면계약서라고 판시다.

라.판단

1)쟁점수거비는 매출에누리라는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢법인세법｣ 제11조는 매출에누리금액은 법인의 수익에서 제외한다고 규정하고 있고, ｢부가가치세법｣ 제29조는 매출에누리에 관하여 그 품질, 수량 및 인도, 공급대가의 결제, 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아주는 금액이라 규정하고 있는바, 매출에누리는 해당 공급 거래와 관련하여 이루어져야 하며, 품질 등 기타 공급조건에 따른 것으로 공급대가에서 직접 깎아주어야 한다는 조건을 충족하여야 한다.

나)쟁점수거비는 매출에누리인지 여부

   청구법인은 수협과 부표를 공급하는 물품공급계약을 체결하고 그 계약에 따라 부표를 전량 수협에 공급하며 실질 거래당사자인 수협이 아니라 거래의 관계상 제3자인 어민에게 구매한 부표 개수에 품목별로 정한 금액을 곱하여 산정한 금액을 이 사건 쟁점수거비로 지급하였는데, 이처럼 부표 공급대가의 상대방인 수협이 아닌 어민들에게 지급한 쟁점수거비를 매출에누리라고 주장하는 것은 그 자체로 이유가 없다 할 것이다.

    오히려 어민 어민1 관련 형사사건(창원지방법원 2025.4.24. 선고 2024노23, 대법원 심리불속행 기각 확정) 판결문에 따르면 쟁점수거비는 보조사업 조건인 어민의 자부담금 일부를 보전하는 것으로 사용된 것으로 인정된 사실이 확인되므로, 쟁점수거비가 매출에누리라는 청구법인의 주장은 이유 없다.

2)쟁점수거비는 정당한 손금이라는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢법인세법｣ 제19조제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다”고 정하고, 제2항은 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다.

      대법원은 구 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’에 관하여 ‘납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 그 형태‧액수‧효과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다’고 판시하였고(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조), 이와 관련하여 ‘의약품 도매상이 약국 등 개설자 에게 금전을 제공하는 것이 약사법 등 관계 법령에 따라 금지된 행위가 아니라고 하여 곧바로 사회질서에 위반하여 지출된 비용이 아니라고 단정할 수는 없고, 그것이 사회질서에 위반하여 지출된 비용에 해당하는지 여부는 그러한 지출을 허용하는 경우 야기되는 부작용, 그리고 국민의 보건과 직결되는 의약품의 공정한 유통과 거래에 미칠 영향, 이에 대한 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성과 향후 법령상 금지될 가능성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 의약품 도매상이 약국 등 개설자에게 의약품 판매 촉진의 목적으로 경제적 이익을 제공하는 행위는 소비자 에게 불필요한 의약품의 판매로 이어져 의약품의 오‧남용을 초래할 가능성이 적지 않고, 궁극적으로는 국민 건강에 악영향을 미칠 우려도 있다. 나아가 이러한 경제적 이익제공 행위는 의약품 유통체계와 판매질서를 해치고 의약품의 가격 상승으로 연결될 뿐만 아니라 결국 건강보험 재정의 악화를 가져와 그 부담은 현실적으로 의약품에 대하여 제한된 선택권밖에 없는 국민에게 전가된다. ...(중략)... 의약품 도매상 등이 약국 등 개설자에게 의약품 판매 촉진의 목적으로 경제적 이익을 제공하는 행위의 사회적 폐해가 지속된다고 여겨 약사법 등 관계 법령에서 현상품‧사은품 등 경품류 제공행위 이외에 일체적 경제적 이익제공 행위까지도 금지하고자 한 것이지, 위 개정에 즈음하여 비로소 이러한 행위를 규제할 필요성이 생겼기 때문에 위와 같은 규정을 마련한 것은 아닌 것으로 보인다. 나아가 의약품 도매상이 의약품 판매사업을 영위하면서 상관행상 허용될 수 있는 정도의 견본품 등을 넘어서서 제공하거나 지급하는 사례금이나 장려금은 다른 의약품 도매상이 그 사업을 수행하면서 통상적으로 지출하는 것에 해당한다고 보기도 어렵다. 따라서 의약품 도매상이 약국 등 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 이른바 ‘리베이트’라고 불리는 금전을 지급하는 것은 약사법 등 관계 법령이 이를 명시적으로 금지하고 있지 않더라도 사회질서에 위반하여 지출된 것에 해당하여 그 비용은 손금에 산입할 수 없다고 보아야 할 것이다.’라고 판시하였다(대법원 2015.1.15. 선고 2012두7608).

나)쟁점수거비가 정당한 손금인지 여부

    청구법인은 어민이 신청하여 수협이 발주한 부표 수량을 모두 공급하였기 때문에 국가의 보조금 손실이 없었고 국가의 사업목적이 달성되어 쟁점수거비가 사회질서를 위반하여 지출된 비용이 아니므로 손금으로 인정하여야 한다고 주장한다.

    그러나 보조사업에서 국가 등이 보조금 신청자에게 일정금액의 자부담금을 부담하게 하는 이유는 그 신청자들이 실제로 필요한 만큼의 보조금을 신청하도록 하여 불필요하게 보조금이 과다하게 지급되는 것을 방지함과 동시에 보조금이 수요자가 필요한 물품을 스스로 선택하고 구입하는 데에 사용되어 국가 등의 예산이 효율적으로 사용·배분되도록 하기 위함에 있는 것이고, 이 때문에 보조금법 제40조제1항제1호는 거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법으로 보조금이나 간접 보조금을 교부받거나 지급받은 자 또는 그 사실을 알면서 보조금이나 간접보조금을 교부하거나 지급한 자에 대하여 10년 이하의 징역 또는 1억원 이하의 벌금에 처하도록 규정하고 있다.

      어민 어민1이 청구법인으로부터 쟁점수거비를 지급 받은 행위에 관한 관련 형사사건(창원지방법원 2025.4.24. 선고 2024노33, 대법원 2025도6788, 20025.7.16. 심리불속행 기각 확정) 판결문에 따르면, 어민 어민1에 대한 보조금법위반 등에 대하여 2025.4.24. 징역 8월, 집행유예 2년으로 유죄 선고가 되었는데, 재판부는 어민 어민1이 청구법인의 친환경부표를 구입하는 대가로 일정 금원을 지급받아 실질적으로 어민이 부담 해야 할 자부담금 일부를 보전 받았음에도 이를 관련 공무원들에게 묵비하고 국가와 지방자치단체로부터 보조금을 부정하게 교부받은 사안으로 해당 행위를 보조금법 제40조의 ‘거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법’에 해당하는 것이라고 판시하면서 ‘특정 업체에서 자신들의 물품을 구입하거나 사용하는 대가로, 보조금 수령자인 신청자에게 현금을 지급하게 되면 실질적으로는 신청자의 자부담금이 그만큼 경감되는 효과가 발생하고, 물품의 성능이나 품질이 아닌 현금 지급 여부나 자부담금 경감 정도가 선택의 기준이 되어 경쟁업체들 사이의 공정하고 자유로운 경쟁이 훼손되고 국가와 지방자체단체 예산의 효율적 사용‧배분이 저해될 가능성이 높다’고 하며 나아가 청구법인이 보조금 신청자인 어민1에게 쟁점보조금을 지급한 것은 보조금 사업의 취지를 몰각시킬 우려가 클 뿐만 아니라 보조금 관련 법령의 목적과 취지에 반하는 결과로 이어질 수 밖에 없다고 판시하였다.

    앞에서 본 것과 같이 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 손금에서 제외된다 할 것인데, 판례는 의약품 리베이트가 사회질서에 반하는지에 관하여 판단 시에 그 지출을 허용하였을 때 야기되는 부작용, 공정한 유통구조 및 거래질서에 미치는 악영향, 위반 시 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성과 법령상 금지 여부, 상관행과 선량한 풍속 등을 기준으로 하였는바, 쟁점수거비는 ➀다른 경쟁사에서도 지출하는 통상적인 것이 아닌 경쟁사에 우위를 점하기 위하여 어민들에게 지급한 금원이고, ➁ 보조금 신청자에게 쟁점보조금을 지급하는 것은 보조금 사업의 취지를 몰각시킬 우려가 크다는 등의 이유로 형사 유죄 판결이 확정되었고, ➂ 어민이 쟁점보조금을 지급받은 행위는 보조금 관련 법령의 목적과 취지에 반하는 결과로 이어진다는 것이 재판부의 판단이므로, 이러한 점들을 종합적으로 고려하면 쟁점수거비는 사회질서에 심히 반하는 비용이므로 손금으로 인정할 수 없다 할 것이다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.