이 유

1.사실관계 및 과세예고통지 내용

가.청구법인은 2021.3.12. 경기 용인시 A에서 부동산 개발업 및 부동산 분양업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이다.

나. 청구법인은 2021.3월경부터 부동산을 임대하거나 또는 개발하여 공급할 목적으로 경기 용인시 기흥구 B 일원(이하 “aa1지구”라 한다)에 인접한 경기 용인시 기흥구 B를 포함하여 주변의 토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산” 이라 한다) 등을 취득하였고, 2022년 제1기 부가가치세 신고 시 건축물 취득 및 부대비용과 관련된 부가가치세 매입세액 896,700,000원 (이하 “쟁점매입세액” 이라 한다)을 매출세액에서 공제하는 것으로 신고하였다.

다. 서울지방국세청 감사관은 2024.4.11.부터 2024.4.30.까지 통지관서에 대한 종합감사를 실시한 뒤 쟁점매입세액은 토지와 관련된 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 경정할 것을 처분지시 하였고, 이에 통지관서는 2024.8.28. 청구법인에 2022년 제1기 부가가치세 1,192,000,000원을 과세예고통지 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.25. 이 건 과세전적부심사청구를 하였다.

2.청구법인 주장

 가. 기초사실관계

  1) 청구법인은 부동산을 임대하거나 또는 개발하여 공급할 목적으로 2021.3월경부터 순차적으로 경기 용인시 B와 주변의 토지 및 건축물 등을 취득하여 왔으며, 이와 관련된 대금지급 등 관련 절차는 2022.3월경 모두 완료되었고, 2022.3.31.자로 세금계산서 및 계산서를 수취하였다.

2) 청구법인은 2022.3월경 쟁점부동산의 취득과 관련하여 거래 중개 및 부동산 등기 등 용역을 제공받았으며, 부동산 취득 자금 등으로 사용하기 위해 E(주)를 주관사로 하여 알레이나(주) 등으로부터 총 1,090억원의 브릿지론 대출을 받았는데, 위 브릿지론 대출과 관련하여 법률 자문 및 담보대리 등 용역을 제공받고 세금계산서를 수취하였다.

3) 또한 청구법인은 쟁점부동산의 개발사업 추진과 관련하여 기존의 브릿지론 대출을 PF대출로 전환하기 위한 금융자문과 세무·회계자문을 받았으며, 지구단위계획 수립 용역을 제공받기로 하면서 계약금을 지급한 후 세금계산서를 수취하였다.

나. 청구법인은 건물신축을 염두하고 쟁점부동산을 취득하였으나 사업추진 상황의 변화에 따라 임대 또는 매각의 가능성도 있다.

  1) 사업자가 토지와 건축물을 취득한 후 건축물을 철거하는 경우, 해당 건축물의 취득가액과 철거비용은 토지의 취득가액에 산입하여 토지의 원가를 구성하게 되므로 건축물의 취득과 관련된 매입세액(철거비용과 관련된 매입세액 포함)은 매출세액에서 공제하지 않는 것이며, 이는「부가가치세법」제39조와 같은 법 시행령 제80조에서 규정하고 있는 “토지 관련 매입세액"의 개념과 취지에 부합한다.

  이와 달리 과세사업에 사용하던 건축물을 철거하는 경우에는, 구 건축물의 장부가액과 철거비용은 당기의 비용으로 처리하게 되므로 건축물의 철거비용에 대하여는 일반적으로 매입세액을 공제하게 된다(다만, 이 경우에도 토지만을 사용하는 경우에는 공제되지 아니함).

  2) 그러나 사업자가 토지와 건축물을 취득하여 일정 기간 동안 과세사업에 사용하던 중 해당 건축물을 철거하는 경우에는, 건축물의 취득과 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하는지 여부에 대하여 여러 의견이 있을 수 있으며, 이 경우와 관련하여서는 다수의 해석례와 심판ㆍ판례들이 존재한다.

   가) 먼저, “과세사업에 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 해당 건축물을 과세사업에 사용하다가 철거하는 경우”에는 매입세액 공제가 가능(기획재정부 부가가치세제과-610, 2018.10.1.)한 것으로 해석하고 있고,

     “철거가 예정인 건축물을 취득하여 개발사업절차가 확정될 때까지 상당기간 동안 임대업에 사용하는 경우”에도 매입세액 공제가 가능(부가가치세과 -313, 2013.4.9.)한 것으로 해석하고 있다.

     그러나 “건물을 신축할 목적으로 토지와 건물을 매입하여 기존 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우로서, 기존 건물을 철거 전까지 일시적으로 임대하는 경우”에는 매입세액 공제가 불가능(부가가치세과-1320, 2011.10.24.)한 것으로 해석하고 있다.

   나)이와 같은 건축물 취득 및 철거와 관련된 매입세액 공제에 대한 해석사례들을 정리하면,

   과세사업에 사용할 목적으로 토지와 건축물을 취득하여 해당 건축물을 과세사업에 사용하다가 철거하는 경우에는 건축물 취득 관련 매입세액을 공제하는 것이고, 철거를 예정한 상태에서 건축물을 취득하여 상당한 기간 동안 과세사업에 사용하다가 철거하는 경우에도 해당 매입세액을 공제하는 것이며. 철거를 예정한 상태에서 건축물을 취득하여 일시적으로 과세사업에 사용하다가 철거하는 경우에는 건축물 취득 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 정리된다.

     즉, 과세당국에서는 철거가 확정 및 예정되어 있는 상태에서 건축물을 취득한 경우에는, 설령 취득 후 이를 일시적으로 임대하다가 철거하는 경우에도 그 취득시점에 매입세액을 불공제하여야 하는 것으로 해석하고 있는 것으로 보인다.

  3) 청구법인의 경우 매입세액 불공제의 요건인 “토지만 사용하는 경우”에 해당하지 아니하므로 매입세액 불공제 처분은 부당하다.

   가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.

이러한 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는 것이다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

    납세자에게 유리하게 해석하는 것이 허용되지 아니하는 것과 마찬가지로, 남세자에게 불리하게 해석하는 것 또한 조세행정의 명확성을 남보하고 납세자의 법적 안정성과 예측 가능성을 보장하기 위하여 더더욱 허용되지 않아야 하는 것이다.

   나) 이 사건 과세예고통지서의 “과세예고 항목별 내역 및 사후관리할 사항”에는 ‘결정·경정 사유(구체적 사실관계)’에 “토지와 함께 취득한 철거예정 건축물 등 토지 관련 매입세액”이라고 기재되어 있는데, 과세관청에서는 단지 ‘쟁점건물이 철거가 예정되어 있다’는 이유로 관련 매입세액을 불공제하고자 하는 것으로 보인다.

    그러나 토지관련 매입세액의 불공제는 법문상 그 적용요건이 명확하게 “건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”라고 규정되어 있고 청구법인의 경우는 매입세액 불공제의 요건인 “토지만 사용하는 경우”에 해당하지 아니한다.

   다)청구법인은 쟁점부동산을 개발하거나 임대할 목적으로 취득하였고, 부동산 임대사업의 경우 2022.2월 발생한 러시아와 우크라이나 간 전쟁 및 글로벌 경기 하락으로 인한 국내 부동산 시장의 침체 등으로 인해, 해당 부동산을 임차하여 운영할 적정한 임차인을 구할 수 없어 부득이 공실 상태로 두게 된 것이다.

    참고로 청구법인은 2021.12월 경기 부천시 F에 소재한 토지와 건축물을 개발 또는 임대 목적으로 취득하였고, 이 부동산은 적정한 임차인을 구하여 현재까지 계속 임대하고 있는데 이는 부천시 오정동 소재 건축물의 취득과 임대 그리고 그 매입세액 공제의 적정성에 대하여는 2024. 4월 서울지방국세청의 감사과정에서도 언급되고 확인된 내용이다.

    또한 쟁점부동산을 지식산업센터 등으로 개발하기 위한 사업의 경우 그 추진 여건이 매우 불리해져 있는 상황으로, 청구법인은 쟁점부동산을 개발하는 계획을 추진하는 것과 아울러 쟁점건물을 리모델링 또는 증축 후 사용하는 방안에 대하여도 고려하고 있다.

라) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 이후 경기상황의 변동 또는 사업추진의 결과에 따라 쟁점 건축물을 철거할 수도 있고 또는 그대로 사용할 수도 있다.

   물론 청구법인은 현재 쟁점부동산을 개발하기 위하여 지구단위계획 수립 등 관련 절차를 추진하고 있으나, 부동산 개발 시장이 시계제로의 예측불가인 상황이어서 기존에 계획하고 있던 사업이 그대로 추진되어 성공할 수 있을지 여부는 확신할 수 없는 상황이다.

     청구법인이 취득한 쟁점부동산의 현재 상황은 토지와 건축물을 취득하여 그대로 보유하고 있는 상태일 뿐이며, 아직까지는 “토지만 사용할지” 아니면 “토지와 건축물을 함께 사용할지” 여부가 확정되지 아니한 상황인 것이다.

마) 그럼에도 불구하고 과세관청에서는 쟁점건물의 철거가 예정되어 있는 것으로 보아 “이미 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제하겠다는 내용으로 이 사건 과세예고통지를 하였는데 이는 사실관계를 오인하였을 뿐 아니라 법령을 자의적으로 해석 및 적용한 것이므로, 명백히 위법하고 부당한 과세예고통지이다.

 다. 법령에 따르면 “철거한” 건축물의 취득 및 철거 비용 관련 매입세액이 불공제되는 것인데, 청구법인의 경우에는 아직 건축물을 철거하지 아니하였으므로 불공제할 대상이 존재하지 않는다.

  1) 토지 관련 매입세액의 불공제에 대하여 규정하고 있는 법률ㆍ시행령의 규정을 살펴보면, 사업자가 토지 및 건축물을 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 “철거한” 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액이 불공제된다고 규정되어 있으므로 매입세액을 불공제하기 위해서는 먼저 건축물이 철거되어야 하며, 이와 같은 건축물의 철거를 전제로 그 철거된 건축물의 취득금액 및 철거비용과 관련된 매입세액이 존재하여야 한다.

  2) 그런데 청구법인의 현재 상태는, 쟁점건물을 취득한 이후 경기 상황의 변동 또는 부동산 개발사업 추진의 결과에 따라, 쟁점건물을 철거하여 토지만을 사용할 수도 있고, 아니면 증축 및 리모델링 등을 거쳐 그대로 계속 사용하거나 또는 현재 상태로 매각할 수도 있는 상황으로 쟁점건물의 철거 여부는 아직까지 확정되지 아니한 상황이다.

     따라서 세법에 매입세액 불공제의 요건으로 규정되어 있는 “철거한 건축물”은 존재하지 아니하고, 따라서 “철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액”이 존재할 수 없으며 불공제할 매입세액 자체가 없는 것이다.

     그럼에도 불구하고 과세관청에서는 마치 청구법인이 쟁점건물을 이미 철거하였거나 또는 철거할 것를 확정한 상태인 것으로 보아 매입세액을 불공제하겠다고 과세예고통지를 하였으므로 이는 부당하다.

 라.통지관서의 주장대로라면, 청구법인이 현재 상태에서 쟁점부동산을 매각할 경우 쟁점건물의 공급에 대하여 부가가치세를 거래징수하지 않아도 된다는 논리가 성립한다.

  1) 청구법인은 장기적으로 쟁점부동산을 개발할 계획을 가지고 있으나, 위에서 언급한 여러 가지 사정과 조건이 성취되지 않을 경우에는 쟁점부동산을 매각할 수도 있다.

   이 때 매각금액은 부동산의 취득원가에 이자상당액을 가산하고, 그동안 집행된 개발 관련 비용을 별도의 권리, 즉 권리금 명목으로 합산하여 산정될 것인데 권리금 상당액에 대하여는 부가가치세 과세대상으로 분류하고, 토지 가액 상당액은 부가가치세 면제로 분류할 예정이며, 쟁점건물 가액에 대하여는 부가가치세 과세대상으로 분류하여 세액을 거래징수 하여 납부하여야 하는 것으로 이해하고 있다.

  2) 통지관서의 이 건 과세예고통지 내용을 살펴보면, 결정․경정사유 (구체적 사실관계)란에 “토지와 함께 취득한 철거예정 건축물 등 토지관련 매입세액” 이라고 기재되어 있는바, 통지관서는 쟁점건물이 이미 철거된 것으로 간주하여 토지의 가액을 증가시킨 것으로 보고 있다는 것이다.

     그러면 청구법인은 쟁점부동산의 매각금액을 산정하고 부가가치세 거래징수 여부를 결정할 때, 쟁점건물의 가액은 토지에 가산하여 종결해야 한다는 것이고 쟁점건물 매각금액에 대해서는 부가가치세를 납부하지 않아도 된다는 것인데 과연 통지관서에서 이를 그대로 수용해 줄지 의문이며, 쟁점부동산을 매수하는 거래상대방 역시 이를 이해하고 받아들일 것으로 생각되지는 않는다.

  3)청구법인이 쟁점부동산을 매각하는 경우, 쟁점건물의 공급에 대하여 부가가치세 면제 대상으로 볼 수 있는 법률적 근거는 아무 곳에도 없다.

   비록 매입세액이 불공제된 경우라 하더라도, 건물의 공급은 부가가치세 과세대상이므로 부가가치세를 거래징수 후 납부하여야 한다는 것이 청구법인의 판단이다.

     과세예고통지의 내용대로라면 매입에 대하여는 불공제인 반면 매출에 대하여는 과세대상인 경우가 발생하게 되는데, 아직 철거되지 않은 언제든 사용가능한 건축물에 대하여, 매입세액은 불공제되었으나 매출세액은 거래징수 해야 한다는 논리는 타당하지 않다.

 마. 청구법인이 쟁점건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 건축물과 관련된 매입세액은 건축물을 철거하는 시점에 불공제되는 것이 타당하다.

  1)｢부가가치세법｣ 제39조제1항과 같은 법 시행령 제80조제2호에는 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 불공제된다”고 규정되어 있다.

     법령에 규정된 대로 ‘건축물을 철거하고’ 토지만을 사용하는 경우의 건축물 취득 관련 매입세액은 당연히 불공제되는 것이다.

     그러나 법령의 그 어디에도 칠거가 예정된 건축물의 취득 관련 매입세액에 대하여까지 불공제하라고 규정되어 있지는 아니한바, 아직 철거하지 아니한 즉 현존하는 건축물의 취득 관련 매입세액을 어느 시점에 불공제(또는 과세대상으로) 할 것인지에 대하여는 명시적으로 규정되어 있지 않다.

  다만 ｢부가가치세법｣제38조제2항에는 매입세액 공제의 시기가 규정되어 있으므로, 그와 동일한 시기에 불공제하는 것으로 해석하고 적용해 왔을 뿐이다.

  2) 통지관서는 “철거가 확정된 상태”로 건축물을 취득한 경우 그 매입세액 불공제의 시기는 해당 건축물의 취득시점이라고 판단하고 있는 것으로 보이고 마찬가지로, “철거가 예정되어 있는” 건축물의 취득 관련 매입세액의 불공제 시점에 대하여도, 철거가 확정된 건축물과 동일하게 그 취득시점에 불공제하여야 하는 것으로 보고 있는 것으로 보인다.

  이와 같은 건축물 취득 및 철거에 따른 매입세액 불공제는 건축물의 취득과 철거가 동일한 또는 매우 인접한 시점에 이루어지는 경우에는 별다른 문제가 되지 않고 마찬가지로 건축물을 철거할 것이 확정되어 있는 경우에도 별다른 문제가 되지 않을 수 있을 것이다.

     그러나 청구법인의 경우와 같이 건축물을 취득한 후 상당한 기간이 경과하였음에도 그 사용하려는 목적대로 실제 사용하지 못한 경우이거나, 또는 철거할지 사용할지 여부를 결정하거나 확정하지 못하고 있는 경우에는 문제가 될 수 있다.

  3) 본 과세전적부심사 청구일 현재까지 청구법인이 취득한 쟁점건물은 아무런 변함없이 그대로 존재하고 있는데 통지관서에서는 임의의 잣대로 이를 철거한 또는 철거가 확정된 것으로 보아 건축물의 취득시점 즉 2022년 제1기 과세기간으로 소급하여 매입세액을 불공제하겠다는 것은 매우 불합리하다.

만약 청구법인이 향후 실제로 쟁점건물을 철거하고 토지만 사용하게 되어 쟁점건물의 취득 및 철거비용과 관련된 매입세액을 불공제해야 하는 경우에는, 철거시기가 속한 과세기간의 매입세액에서 불공제하는 것이 타당하다.

    이러한 논리가 토지조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액의 불공제라는 법령의 내용과 취지에 부합하며, 건축물의 철거가 이루어지지 아니하였는데도 이를 미리 앞당겨 매입세액 불공제하는 것은 타당하지 아니하다.

3.통지관서(감사관) 의견

 가.감사관실은 통지관서에 대한 감사 기간 및 이 건 과세전적부심사청구일 이후인 2024.10.5. 쟁점건물에 대한 현장확인을 실시하였으며, 쟁점건물은 취득 시점인 2022.3월부터 현장확인 당시까지 공실상태에 있는 것으로 확인되며, 국세청 전산시스템상 청구법인이 쟁점건물을 임대사업에 사용한 사실은 확인되지 아니한다.

 나.감사관실이 용인시청 건축과에 문의한 바, 청구법인은 2024.8.13. aa1지구에 지식산업센터의 건축하기 위해 건축허가를 신청한 사실이 확인되었고, 감사 기간 중 청구법인의 대표자는 2024년 하반기 또는 2025년 상반기 착공을 목표로 부동산 개발 사업을 진행 중이라고 진술하였다.

 다. 용인시는 2024.8.12. aa1지구 지식산업센터에 국제규격을 갖춘 아이스링크 건립이 확정되었다며 관련 보도자료를 배포한 사실이 있으며, 일부 언론에서는 aa1지구 지식산업센터 건립과 관련하여 2025년 상반기 착공에 돌입해 2028년 준공예정이라고 보도하기도 하였다.

 라. 청구법인은 지식산업센터 개발사업의 실현 가능성이 없을 경우 리모델링 또는 증축 후 사용하거나 재매각할 예정일뿐만 아니라 쟁점건물이 아직 철거되지 아니하여 토지에 대한 자본적 지출이 이루어지지 아니하였으므로 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액이 아니라고 주장하나,

   청구법인은 부동산 개발 및 분양업을 주업종으로 하여 사업자등록을 한 법인으로, 용인시가 2023.11.1. aa1지구에 지식산업센터의 건립을 확정한 뒤 2024.8.9. 동 지식산업센터에 아이스링크 건립을 확정하여 고시하였고 청구법인이 2024.8.13. aa1지구에 지식산업센터를 건축하기 위한 건축허가를 신청한 점과 언론 보도나 청구법인의 대표자의 진술을 통해 내년 상반기 착공이 예상되는 점 등을 고려하면, 청구법인은 aa1지구에 지식산업센터를 신축할 것이라는 점은 명백해 보인다.

 마. 청구법인이 매입한 쟁점건물은 모텔 2동 및 물류창고 1동으로서 쟁점건물의 위치, 용도, 상태 등을 고려했을 때 쟁점건물을 임대하기는 어려워 보이는 점, 청구법인은 쟁점건물을 임대하기 위한 부동산 임대업 등록을 한 사실이 없으며 쟁점건물을 취득한 이후 쟁점건물을 폐쇄하고 심리일 현재까지 임대한 사실이 없는 점 등으로 보아 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시부터 쟁점건물을 사용할 계획이 없었던 것으로 보인다.

 바. 쟁점건물이 비록 철거되지 아니한 상태에 있지만, 청구법인이 쟁점건물을 취득한 주목적은 쟁점건물을 철거하고 지식산업센터를 신축하기 위한 것이라는 점에서 볼 때,

     새로운 건물을 신축하기 위해서는 구건물을 철거하여야 하는 것이고, 아직 철거가 되지 않았다 하더라도 장래 어느 시점에서는 철거가 될 것으로 예상되는 만큼 아직 철거가 되지 않았다 하여 쟁점매입세액을 공제하기는 어렵다 할 것이다.

 사. 또한, 재화 또는 용역의 공급에 따른 매입세액은 해당 재화 또는 용역의 사용·소비 또는 생산된 제품의 공급 여부와 부가가치세액의 지급 여부에 관계없이 그 공급시기가 속하는 예정 또는 확정신고 기간의 매출세액에서 공제하는 것과 마찬가지로,

   쟁점매입세액의 불공제 여부는 그 공급시기가 속하는 과세기간에 쟁점매입세액이 부동산개발 목적을 위한 토지 관련 매입세액인지 과세사업에 사용될 매입세액인지 여부를 사실판단하여 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 아. 위 사실관계를 종합해 보면 청구법인은 쟁점건물을 철거하고 aa1지구에 지식산업센터를 신축할 목적으로 쟁점건물이 있는 토지를 매입하였으므로, 쟁점매입세액을「부가가치세법 시행령」제80조에 따른 토지의 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 그 공급시기가 속하는 과세기간에 불공제하고,

   장래에 혹시라도 지식산업센터 개발사업의 실현 가능성이 없어져 재매각하거나 리모델링하여 사용하게 될 것이 염려되는 경우 수정신고 후 경정청구하거나 고충청구 제도 등을 통해 해결하는 것이 과세절차 측면에서 적법하다고 판단된다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

   쟁점건물이 철거되지 않았음에도 건물 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1)부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

    ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

      1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

      2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

    ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

    ③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 2-1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

    ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

      7.면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 2-2) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

     법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액" 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

      1.토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

      2.건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

      3.토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계

1)청구인 기본사항

가)국세청 전산자료 및 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 2021.3.12. 경기 용인 기흥구에 주택건설업 등을 목적으로 설립되었고 기본사항은 아래와 같다.

나)청구법인이 2021.3.12. 설립 시 등기사항전부증명서상 목적은 부동산 개발업, 부동산 기획 및 G, 부동산 임대업 등이고 설립 이후 목적이 추가등록된 내용은 없으며, 2021.3.18. 법인설립신고 및 사업자등록신고 시 제출한 서류에 따르면 사업 주종목은 부동산 개발업, 부동산 분양업 및 부동산 임대업이다.

다)청구법인이 제출한 정관에 따르면, 청구법인은 부동산개발업, 부동산 분양업, 부동산임대업 등을 영위함을 목적으로 한다.

라)사업자등록 사전확인 조사서 중 확인자 의견에 따르면 청구법인에 관하여 ‘부동산개발 및 분양업으로 사업자등록 신청하였고, 해당 사업장(C1005호) 등기내역 확인하였으며(소유확인) 주주명부 등 확인결과 부정한 사업자등록 혐의 보이지 않으므로 사업자등록 신청 승인하고자 합니다.(B에 테크노밸리 건축 계획이며 추후 완공시 사업장 이전 예정)’라고 기재되어 있다.

 마)2023년 당기말 주요 주주는 H(1800주, 72%), K 주식회사(200주, 8%), Z부동산개발블라인드일반사모투자신탁(500주, 20%)이다.

❙쟁점법인 주요 주주❙

2)aa1지구 부동산 등 매매

  가) 청구법인이 2021.3월경부터 aa1지구에 지식산업센터 신축 및 분양하기 위하여 취득한 부동산들(이 중 aa 244, aa 246-6, aa 246-7 각 지상 건물을 이하 “쟁점건물”이라 한다)은 아래와 같고 이에 대하여 청구인과 통지관서 간 다툼은 없다.

(㎡, 천원)

  나)청구법인이 제출한부동산 매매계약서에 따른 청구법인이 2021.3월경부터 쟁점건물을 매수하며 작성한 계약서들은 붙임1과 같으며 중요 내용을 발췌하면 아래와 같다.

❙매매계약서 일부 발췌❙

❙매매계약서 일부 발췌❙

 다)청구법인은 쟁점건물을 임대하고자 하였으나, 임차인을 구하지 못하여 공실로 둔 것이고 쟁점건물 사용 방식은 확정되지 않았다고 주장하며 ‘B 외 임대수익성 검토서’ 파일(이하 “수익성 검토서1”라 한다)을 제출 하였고, 수익성 검토서1 맨 앞 장 하단에 ‘2021.12.’, ‘주식회사 P’라고 기재되어 있다.

❙수익성 검토서1 중 ‘3. 임대수익성 분석’ 발췌❙

    이에 대하여 감사관실은 감사 당시 청구법인이 제출한 수익성 검토서와 상이하므로 인정할 수 없다고 주장하면서, ‘경기도 용인시 기흥구 B 일원 임대수익성 검토서’ 파일(이하 “수익성 검토서2”라 한다)을 제출하였고 수익성 검토서2 맨 앞 장 하단에 ‘2021.12.’, ‘주식회사 P’라고 기재되어 있으며 숙박시설과 창고시설의 운영수익에 대하여 기재하고 있다.

3)신고 및 공시내용

가)쟁점건물 취득 관련 매입세금계산서 수취내역은 아래와 같고 이에 대하여 청구인과 통지관서 간 다툼은 없다.

(천원)

나)국세청 전산자료에 따르면 청구법인은 2022년 제1기 부가가치세 예정신고 시 쟁점건물분 매입세액 896,700,000원은 고정자산 매입분으로 하여 전액 매입세액 공제하고, 공통매입세액 378,272,600원은 토지․건물 매입가액 비율을 적용하여 불공제 매입세액 340,177,376원으로 계산한 뒤 934,795,224원을 환급받을 세액으로 신고하였다.

다)청구법인이 법인세 신고 시 제출한 표준재무상태표에 따르면, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 2022 사업연도에 각각 토지와 건물로 계상하였고, 2023 사업연도말 현재는 용지(건설업)로 계상되어 있다.

(원)

청구법인이 법인세 신고 시 제출한 표준손익계산서에 따르면 2021년부터 2023년까지 매출액 0원이고, 당기순손익은 2021년 △40백만원, 2022년 △12,241백만원, 2023년은 △40,383백만원이다.

(원)

라)청구법인의 2023 사업연도 감사보고서

  2024.4.8. 공시된 청구법인의 2023 사업연도 감사보고서에 따르면, 청구법인은 지식산업센터 개발사업에 대하여 용인시에 2024.3월 건축허가신청서를 제출 하였고 승인을 기다리고 있다는 내용이 확인되며, 전·당기 재무상태표에는 쟁점부동산이 ‘건설용지’로 분류되어 있는 것으로 확인된다.

4)감사결과통지 내용

가)감사관은 2024.4.11.부터 2024.4.30.까지 통지관서에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 2022.3월 건축물이 있는 토지를 취득하고 건축물 관련 매입세액을 환급받았으나, 당 법인은 취득한 건축물을 철거하고 지식산업센터를 신축할 예정이어서 건축물 관련 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제되지 아니함에도 통지관서는 부가가치세 1,174,060,769원을 과다 환급하였는바, 2024.7.1. 통지관서에 대하여 부족징수한 부가가치세를 즉시 경정하도록 처분 지시하였다.

   나)통지관서는 2024.8.7.쟁점건물 매입세액 896,700,000원 전액 불공제하고 당초 공통매입세액 안분계산한 금액을 전액 불공제하여 2024.8.5. 청구인에게 2022년 제1기 부가가치세 1,192,732,480원을 과세하겠다는 내용의 감사결과 과세예고통지를 하였다.

(원)

   다)감사관실은 쟁점건물의 철거가 진행되지 아니한 상태로 확인되었다고 하며 위성사진을 제출하였다.

   상단 사진은 창고건물, 하단의 사진은 M이고 P 모텔은 M 뒤편에 위치하고 있으나 통행이 불가하다고 하다고 하였고, 국세청 전산자료에 따르면 물류창고 금원은 2022.4.30., R은 2022.5.31., M은 2022.5.31.자로 각 폐업신고된 것으로 확인된다.

(이면 이 하 여백)

5)aa1지구 지구단위계획 추진 관련 자료

 가) 용인시 공고 제2023-467호에 따르면, 용인시는 2023.2.10. 「도시관리계획 (용도지역 변경, AB 지구단위계획)결정(안)」 전략환경영향평가 항목 등의 결정내용을 공개하고 주민 등의 의견을 수렴 하였는바, 그 주요 내용을 발췌하면 다음과 같다.

❙‘용인 N 도시관리계획 결정(변경) 전략환경영향평가 항목 등의 결정내용’ 발췌❙

 나) 용인시에서 2024.8.12. 배포한 보도자료에 따르면, 2023.11.1. 지상 27층, 지하3층, 연면적 16만5000여㎡ 규모의 지식산업센터 건립이 결정 되었다는 내용이 확인된다.

라. 판단

1) 관련 법리

   ｢부가가치세법 시행령｣ 제80조제2호는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액이라고 규정하고 있다.

2)쟁점건물이 철거되지 않았으므로 취득 관련 매입세액 전부를 토지 관련 매입세액으로 보아 공제한 것이 부당한지에 대한 판단

  위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인이 당초부터 쟁점건물을 토지만을 이용하려는 목적에서 매수한 것이 명백하고 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 해당하므로, 추후 쟁점건물을 과세사업에 공할 경우 경정청구로 다툴 수 있음은 별론으로 하고 청구 주장을 인정하기 어렵다 할 것이다.

가)청구법인이 N 지식산업센터건립을 목적으로 설립된 법인이라는 사실은 사업자등록신고시 제출된 서류, 사업자등록 사전확인 조사서로 확인된다.

나)청구법인은 쟁점건물이 개발되지 않고 있음에도 장기간 공실로 두고 임대하지 않고 있고, 용인시 보도자료에 따르면 쟁점부동산 일대는 지식산업 개발건립이 예정되어 있으므로 쟁점건물은 철거될 수 밖에 없어 보인다.

다)청구법인이 쟁점건물에 대한 세금계산서를 적법하게 발급받았다는 사실 자체로 청구법인이 토지만 이용하려는 목적이 아니었다는 점을 입증하는 것은 아니고, 이와 달리 토지만 이용하려는 목적이 아니었다는 점을 입증할 수 있는 자료는 제출되지 않았다.

 라)따라서 청구법인이 쟁점건물을 취득한 시점에는 “토지만 사용하는 경우”에 해당한다고 보이고, 따라서 통지관서가 쟁점건물 관련 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당한다고 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 과세예고 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

1) 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.