이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 청구인 ㄱㄱㄱ 외8명은 부동산임대업에 사용중인 경기도 00시 00면 00리 130-4 외 6필지 토지 및 경기도 00시 00면 00리 130-4 외 3필지 공장건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다.)을 주식회사 ㄴㄴㄴㄴㄴ(이하 “청구외법인”이라 한다.)에 ‘현물출자’를 원인으로 하여 2020.3.31. 소유권 이전등기하였다.

나. 청구외법인은 2021. 3. 31. 법인세 과세표준 신고서와 함께 쟁점부동산에 대해 현물출자에 대한 이월과세적용신청서를 00세무서에 제출하였으나, 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 과세표준 예정 또는 확정신고를 하지 아니하고, 양도소득세 과세표준 신고기한까지 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다가, 2025.9.4.ㄴㄴ세무서의 양도소득세 과세표준 기한후신고 안내를 받고 2025.11.17. 양도소득세 기한후신고서와 함께 청구외법인이 제출한 이월과세신청서를 제출하였다.

다. ㄴㄴ세무서장(이하 “처분청”이라 한다.)은 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 확정신고 기한 내 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다 하여 양도소득세의 이월과세를 배제하여 2026.3.10.양도소득세 554,022,100원을 고지하였다.

라. 이에 청구인은 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였으나 ‘불채택’ 결정되었고, 이 건 양도소득세 고지를 받고 이월과세신청서 미제출 등의 절차적 요건 미비를 과세 이유로 들어 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 취지의 이의신청을 2026.3.26.제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구외법인의 이월과세신청으로 청구인의 양도소득세 이월과세는 확정된 것으로 보아야 한다.

 1) 청구인을 비롯한 9인의 공동소유자들이「조세특례제한법」제32조의 규정에 따라 신설된 법인에 적법하게 현물출자 하였고,「조세특례제한법」에 정한 신고기한 내에 이월과세 신청하였기에 이월이 확정된 것이고, 이렇게 이월된 자산의 양도소득세에 대해 「조세특례제한법」제32조 제5항의 사후관리 위반의 사유에 해당하지 않는다면 법인세가 아닌 양도소득세를 추징할 이유가 없다.

 2) 청구인과 공동소유자들이「조세특례제한법」제32조 규정에 의거 당초 적법하게 현물출자를 하고, 동법 시행령 제29조 제4항의 기한 내(2021.3.31.)에 양도인과 양수인이 함께¹⁾(신고서식에 연명 기재하게 되어 있음) 이월과세신청서를 법인 관할 00세무서²⁾에 제출한 것이 분명하므로 양도소득세의 과세 이월이 확정³⁾되었다.

 3) 이월과세의 경우 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 고려할 때, 이월과세적용신청서의 제출 규정을 납세자의 단순한 협력 의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납세자가 이를 선택하도록 보는 것이 타당하다고 판단된다. 그러므로 청구인이 이월과세를 선택하여 신청서를 제출하였음이 확인된 이상 이월과세에 아무런 법적 하자가 없다.

 4) 과세관청도 2021.3.31.제출된 이월과세신청서의 존재는 인정하면서 현물출자를 부인하거나 이월과세신청서가 제출되지 않았다는 것도 아니라면서 이는 단지 법인세신고 시 법인 관할세무서에 제출한 것이지 양도인의 주소지 관할세무서에 양도소득세 신고 시 제출한 것이 아니라는 주장과 함께, 당초 제출한 이월과세신청서에 이월과세를 신청하는 양도소득세액 등이 확정되지 아니하였다 하여 과세한다는 의견이나,

  가) 청구인 등과 청구외법인이 공동명의로 제출한 이월과세신청서는 법인 관할세무서에 제출한 것이지만「국세기본법」제43조 제2항에 따라 과세표준신고서가 제1항의 세무서장 외의 세무서장에게 제출된 경우에도 그 신고의 효력에는 영향이 없다는 조항이 있어 제출효력에는 문제가 없고,

  나) 해당 법령을 양도인, 양수인이 각각의 관할세무서에 양도소득세 신고기한 내에 이월과세신청서를 별도로 제출해야 하는 것으로 해석하여 법에 명시되지 않은 것을 오해 또는 확대해석하여 청구인이 주소지 관할 ㄴㄴ세무서에 이월과세신청서와 양도소득세 신고서를 제출하지 않은 단지 절차적 요건이 미비한 것을 사유로 과세한 것은 입법 취지에 반하는 것이다.

 5) 처분청은 양도소득세 신고서를 제출하지 않아 양도소득세 등이 확정되지 않았다는 의견이나, 당초 제출된 이월과세신청서의〈이월과세 적용대상자산〉란에 〈별지〉로 현물출자 자산･부채 명세와 현물출자 유형자산 명세, 인별 양도소득세 계산명세 등이 첨부되어 있으며, 해당 서류에 처분청이 주장하는 양도소득세 등이 명확히 기재되어 있음을 알 수 있다.

  가) 처분청이 2025년 9월경 양도소득세 신고서 제출 여부를 확인할 때 2025.11.17. 이월과세 신청 당시 첨부한 양도소득세 신고서를 재차 송부(추가 작성하여 제출한 것이 아님)하였는데, 이때 기한후신고로 접수되었고, 그렇다면 애초 양도소득세 신고서가 접수되지 않았다 하더라도 기한후신고가 인정된다면, 기한후신고를 사유로 현물출자 자체가 무효가 되거나 이월과세를 인정하지 않는다는 규정을 적용할 수 없을 것⁴⁾이며,

   나) 별지 첨부 서류 또는 기한후신고서에 의해 양도에 다른 세액 등을 알 수 있다면 당초 이월과세 적용에는 하등의 문제가 없는 것이고, 이월과세에 따른 양도소득세 등이 확정되지 않은 것은 처분청의 내부처리 절차의 문제인데 이를 납세자의 탓으로 돌리는 잘못된 것이다.

 6) 조세감면의 경우는 납세자가 변경되지 않지만, 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과할 조세가 개인에서 법인으로 전환되었고, 실질적인 요건을 모두 갖추어 이월된 상태에서 단지 양도소득세신고서의 미제출을 사유로 본 제도의 혜택을 원천차단하는 것은 제도의 취지에 반하며, 일반법으로 특별법을 제한하는 것은 법의 적용 우선순위의 원칙에도 어긋난다.

 7) 백번 양보하여 양도소득세 신고서 미제출을 근거로 과세하더라도 무신고 가산세만 매기는 것도 아니고 적법하게 이월된 세금을 포함해서 고지하는 것은 심각한 과세권 남용행위이다.

3. 처분청 의견

가. 청구외법인이 2020년 사업연도 법인세 과세표준 신고서와 함께 00세무서에 제출한 이월과세적용신청서 내용은 다음과 같다. 청구외법인은 현물출자한 쟁점부동산의 명세는 제출하였으나, 양도일, 양도가액, 이월과세액은 기재하지 아니하였고, 인별 양도소득세 계산명세도 첨부되지 않았다.

나. 이월과세는 세 부담을 타인에게 전가하는 것으로 양도소득세가 이월과세 되더라도 추후 추징요건이 발생하는 경우 이월된 양도소득세를 개인이 아닌 법인으로부터 추징하게 되는 것이어서 이월과세의 신청을 하면서 이월되는 양도소득세를 정확하게 신고하는 것이 중요하고 이에 따라 개인과 법인과 함께 작성하여 제출하도록 하고 있다.

다. 청구인은 쟁점부동산의 현물출자에 대하여 양도소득세 과세표준 신고를 하지 않았고, 2025. 11. 17. 기한후신고서를 제출하면서 위 가)에 첨부한 신청서와 동일한 이월과세적용신청서를 제출하였다.

라. 청구인은 청구외법인이 2020년 사업연도 법인세과세표준 신고서와 이월과세적용신고서를 제출하여 현물출자에 대한 양도소득세가 당연히 이월과세 확정되어 이월과세에 아무런 법적인 하자가 없음을 주장하나,

 1) 현물출자 관련 쟁점부동산 명세는 제출하였으나, 양도일, 양도가액, 이월과세액은 기재하지 아니고, 달리 이월하고자 하는 세액을 확인할 다른 자료도 없으며,

 2)「조세특례제한법시행령」제29조 제4항에서 ‘양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 시 이월과세 적용신청서를 제출하여야 한다’라고 규정하고 있어, 양도소득세신고 및 이월과세 적용신청이 필수적인 요건으로 명백히 규정되어있음을 알 수 있다.

마. 청구인은「조세특례제한법시행령」조항에서 이월과세적용신청서 제출만을 요건으로 하고 있음을 주장하나,

 1) 법문상 당연히 양도소득세 과세표준 신고가 있어야 하며, 국세청에서도 “｢조세특례제한법｣ 제32조에 따른 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 적용신청을 함에 있어, 양도소득세 과세표준신고서를 제출하지 않아도 되는지 여부”에 대하여,

“양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 「소득세법」 제110조에 따른 과세표준 확정신고(｢소득세법｣ 제105조에 따른 예정신고를 포함)를 할 때 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것”으로 해석하고 있다(법규과-458(2014. 5. 2.)).

 2) 이월과세적용 특례의 주체는 개인이므로 법인이 이월과세적용신청서를 제출하는 것이 아님은 명백하여 청구외법인이 이월과세적용신청서를 제출하였다는 것만으로 당연히 이월과세가 확정되는 것이 아니며,

양도자가 양도소득세신고와 함께 이월과세 신청을 해야 하는 것으로, 청구인은 쟁점 부동산의 양도에 대하여 기한 내에 양도소득세 과세표준 신고서나 이월과세적용 신청서를 제출한 사실이 없다.

바.「조세특례법시행령」제29조 제4항에 의거 양도소득세 과세표준 신고와 이월과세 적용신청이 이월과세 적용의 필수적인 요건이라고 보아야 하므로 청구인이 양도소득세 과세표준 신고를 하지 않고 이월과세적용신청서를 제출하지 않은 것은 필수적 요건의 미비로 단지 절차적 요건이 미비한 것이 아니며, 그 신고기한을 기한후신고 까지 포함하여야 하는 것으로 볼 수 없다.

사. 따라서, 이월과세적용신청의 필수 요건인 양도소득세 과세표준 신고 및 이월과세 적용신청을 하지 않은 청구인에 대해 이월과세 적용을 배제하고 쟁점부동산 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

4. 청구인 항변

청구인 등이 청구외법인과 함께(연명으로) 이월과세신청서를 정당하게 제출한 것을 무슨 이유에서 청구인의 관할세무서에 양도소득세 신고기한까지 제출하지 않았다고 하는 이해할 수 없다.

「조세특례제한법시행령」제29조 제4항⁵⁾의 ‘법인과 함께’라는 뜻이 양도인과 현물출자 받은 법인 각자 이월과세적용신청서를 이중으로 제출해야만 이월과세를 인정한다는 것인지, 또한 법인 관할세무서에 이월과세신청서가 제출된 것을 인정한다면「조세특례제한법」에 정한 대로 정당하게 과세 이월되어 양도소득세를 과세하지 않는다는 것인데, 이월과세신청서가 미리 제출된 것이 잘못이 될 수 없고, 관할을 위반하여 제출되었다고 한다면 이를 공유하면 될 것인데「국세기본법」제43조 제2항 규정을 무시하겠다는 것인지 묻고 싶다.

법령에 따라 복수 납세자의 신청서가 연명하여 제출되었다면 이를 접수한 세무서는 관련인 관할세무서에 자료를 통보하고, 양도자료를 처리하는 세무서는 이해관계인(법인)관할세무서에 이를 조회 또는 확인하여 처리하여야 한다.

이 과정에서 처분청은 납세자의 제출 서류에 미비한 점이 있으면 보완요구를 하여 확인하면 될 일을 모든 것을 납세자의 탓으로 돌리고 법을 왜곡 해석하여 억지 과세를 하고자 한다면 심각한 조세 마찰을 불러오게 될 것이다.

5. 처분청 추가의견

   처분청은 “추가의견 없음”으로 회신하였다.

6. 심리 및 판단

가. 쟁점

  법인에 현물출자한 부동산 양도소득세 이월과세적용신청서를 양도소득세 신고기한 내에 미제출하여 이월과세 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

 1) 조세특례제한법 제2조【정의】［시행 2019.1.1.］제16009호, 2018.12.24.일부개정

  ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

 1-1) 조세특례제한법 제32조【법인전환에 따른 양도소득세 이월과세】

  ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>

  ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

  ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2017.12.19>

   1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

   2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

1-2) 조세특례제한법시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】［시행 2019.2.12.］제29527호, 2019.2.12.

  ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.2.18.>

 2) 소득세법 제105조【양도소득세과세표준 예정신고】［시행 2019.1.1.］제16104호, 2018.12.31.일부개정

  ① 제94조제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2017.12.19.>

   1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

 2-1) 소득세법 제110조【양도소득세과세표준 확정신고】

  ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2017.12.19>

  ② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

  ⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계

 1) 청구인 등은 쟁점부동산에 대해 2017.9.1. 임대업으로 사업자등록하고 2019.10.31.법인전환을 사유로 폐업 신고하고, 청구외법인은 2019.11.10. 쟁점부동산 임대업으로 사업자등록 하였다.

 2) 국세통합전산망에 의하면, 청구외법인은 2021.3.31. 00세무서에 이월과세적용신청서(첨부: 현물출자 자산･부채 명세, 현물출자 유형자산 명세)를 접수하였고,

처분청은 2025.9.4. 청구인에게 양도소득세 기한후신고 안내를 하였고, 청구인은 2025.11.17. 쟁점부동산 양도(현물출자)에 따른 양도소득세 신고서와 청구외법인에서 제출한 같은 내용의 이월과세적용 신청서를 제출하였다.

 3) 처분청은 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자를 한 날이 속하는 과세연도에 양도소득세신고와 함께 이월과세적용신청서 제출 의무를 이행하지 않아 이월과세 배제하여 양도소득세를 부과하였다.

 4) 청구인은 청구주장에서, 처분청은 청구인이 양도소득세 신고서를 제출하지 않아 양도소득세 등이 확정되지 않았다는 의견이나, 당초 제출된 이월과세신청서의 ＜이월과세 적용대상 자산＞ 기재란에 ＜별지명세＞로 인별 양도소득세 계산명세를 첨부하였다고 주장한다. 이의신청서에 첨부한 양도소득세 계산명세는 다음과 같다.

라. 판단

청구인은 적법하게 현물출자를 하고 기한 내에 청구인과 청구외법인이 함께 이월과세신청서를 법인 관할인 00세무서에 제출하였으므로 쟁점부동산의 양도소득세 이월과세는 확정되었다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

청구인은 청구외법인을 관할하는 00세무서에 2021.3.31.청구외법인과 청구인이 연명하여 제출한 이월과세신청서로 청구인의 양도소득세 이월과세는 확정되었다고 주장하나,

「조세특례제한법」제32조 제1항과 제3항에서 이월과세를 적용받기 위해서는 거주자(양도자)의 이월과세적용신청을 적용요건으로 한 규정에 비추어 보면 거주자(양도자)의 신청이 필수적인 요건이어서 청구외법인이 법인세과세표준 신고와 함께 제출한 이월과세신청으로 청구인의 이월과세신청이 적법하게 제출되었다고 보기 어렵고,

이월과세의 경우 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있으므로 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 고려할 때 당해 과세연도의 양도소득세 과세표준신고시까지 이월과세 적용신청서를 제출하도록 한 것은 납세자로 하여금 양도소득세의 직접 부담과 이월과세 중 어느 하나를 선택하도록 한 것이어서 그 신청이 필수적인 요건이라고 봄이 타당하다.

 따라서 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 과세표준 신고기한 내 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다 하여 이월과세의 적용을 배제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

7. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 같은 법 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.