문서번호 | 적부-부산청-2025-0018 | ||
결정유형 | 기각 | 세목 | 법인 |
생산일자 | 2025.08.20. | 귀속연도 | 2023 |
제목 | 청구법인이 제3자에게 자산양수도 거래시 영업권을 함께 양도하였는지 여부 및 부당행위계산부인 규정 적용 적정여부 | ||
요지 | 제반사정을 고려하였을 때 청구법인이 제3자에게 자산양수도 거래시 영업권이 포함된 것으로 보기 어려우며, 해당 자산양수도 거래시 특수관계인이 제3자에게 양도한 토지 양도가액과 감정가액의 차액을 청구법인이 특수관계인에게 분여한 소득으로서 부당행위계산부인 적용대상으로 본 통지내용에도 잘못이 있다고 판단됨 | ||
결정내용 | [주 문] 이 건 과세전적부심사청구는 채택 결정합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. | ||
관련법령 | |||
상세내용 | |||
이 유 1. 세무조사결과 통지 내용 가. 주식회사 A(이하 “청구법인”이라 한다)은 0000.00.0. B(현재 청구법인 대표이사)의 부친인 C가 A공장으로 개업하여 운영하다가 0000.0.0. 법인 전환한 법인사업자로서 D수협, 모로코 등에서 우뭇가사리와 천초를 매입하여 식자재인 한천을 제조·가공한 후 일본 등에 제품을 수출하는 사업 등을 영위하던 업체이다. 나. 청구법인과 청구법인의 현재 대표이사 E(이하 “E”라 한다)는 ㈜F(이하 “F”라 한다)와 2023.1.11. F에 청구법인 소유 경남 양산시 G토지 및 동 필지 상에 위치한 건물과 기계장치 일체를 양도하는 계약 및 E 소유 경남 양산시 H 토지를 양도하는 계약을 각각 체결하였고, 2023.9.20. 각 자산의 이전을 완료하였다. 다. I지방국세청장(이하 “통지관서”라 한다)은 2019~2023 사업연도를 조사대상기간으로 하여 2025.1.13.~2025.6.15.(2025.3.13.~2025.6.9. 조사중지) 기간동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하였는데 조사결과 청구법인과 E가 F에 양도한 자산의 양도가액 합계인 00,000백만원과 해당 양도자산의 감정가액 합계인 00,000백만원의 차액인 0,000백만원이 청구법인의 무형자산(영업권)에 해당하는 대가인 것으로 보아 부가가치세 과소신고금액을 산정하였고, E가 토지 양도대가로 받은 0,000백만원 중 감정가액 상당액 0,000백만원을 초과한 0,000백만원은 실질적으로 영업권 대가로서 청구법인에 귀속될 금액이 E에게 귀속된 것으로 보아 법인세 익금산입(부당행위계산부인) 금액 및 E에 대한 인정상여 소득처분 금액 등을 산정하였다. 라. 이에 따라 통지관서는 2025.6.25. 청구법인에게 부가가치세, 법인세 등을 과세할 예정이며, E 등에 대한 인정상여 소득금액 변동통지를 할 예정이라는 뜻의 세무조사결과통지를 하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.7. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다. 2. 청구주장 가. 청구취지 통지관서가 2025.6.27. 청구법인에 대하여 통지한 2023년 제2기 과세기간 부가가치세 000,000,000원, 2023사업연도 법인세 000,000,000원, 이에 따른 인정상여에 대한 원천징수세액(가산세 포함) 000,000,000원 등 총 0,000,000,000원에 대한 부과처분은 사실관계와 법령 해석에 중대한 오류가 존재하는 위법·부당한 처분이므로 이를 전부 취소하여 주시기 바란다. 나. 청구이유 1) 처분개요 청구법인은 0000.00.0. 개업하여 우뭇가사리 및 천초를 매입해 한천을 제조·가공하고 일본에 수출해온 법인사업자로서 2023.9.20. 한천 제조 관련 부동산 및 기계장치 일체를 ㈜F(이하 F라 한다)에 00,000백만원에 양도하였다. 같은 날 대표이사 E 또한 본인 소유의 경남 양산시 소재 토지를 F에 0,000백만원에 양도하였으며 이로써 청구법인과 E는 각각 독립된 계약을 통해 총 00,000백만원 규모의 자산을 F에 양도하였다. 통지관서는 2025.1.13.∼2025.6.15. 기간동안 실시한 세무조사를 통해 청구법인 및 E의 총 양도가액(00,000백만원) 중 토지·건물·기계장치의 감정가액(00,000백만원)을 초과하는 0,000백만원을 청구법인의 영업권으로 간주하여 부가가치세를 과세하였으며(당초 영업권 상당액에 대한 기납부한 건물 및 기계장치 관련 부가가치세는 차감), 아울러 E의 토지 양도가액(0,000백만원)과 감정가액(0,000백만원) 간 차액을 청구법인에게 귀속되어야 할 소득이 E에게 부당하게 분여된 것으로 판단하여 청구법인에게는 법인세를, E에게는 상여처분(기납부한 상여처분 금액에 상당하는 양도소득세는 환급)하는 조사결과를 통지하였다(세무조사결과통지서 참조). 2) 이 사건의 쟁점 본 건의 주요 쟁점은 다음과 같다. 가) 청구법인 및 E의 총 양도가액과 감정가액의 차액이 과세대상 영업권에 해당하는지 여부 나) E의 양도가액과 감정가액 간의 차액이 청구법인이 E에게 부당하게 분여한 소득으로서 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부 3) 부과처분의 위법·부당성 가) 사실관계 및 거래의 경위 (1) F는 매출 증가에 따른 공장 용지 부족을 해소하기 위해 청구법인이 보유한 한천 제조 관련 부동산뿐만 아니라 인접한 E 소유 토지의 확보 또한 불가피한 상황이었다. 이에 따라 F는 수차례에 걸쳐 청구법인 및 E에게 부동산 매도를 제안하였으나 가격 협상이 원만히 이루어지지 않아 장기간 논의가 이어졌다. 최종적으로 F는 청구법인 보유의 부동산 및 기계장치를 00,000백만원에, E 소유의 토지를 0,000백만원에 각각 양수하기로 하였고 이에 따라 청구법인 및 E 별개의 자산양수도 계약을 체결하였다. (2) 청구법인은 2023.9.20. F와 경상남도 양산시 G 토지를 00,000백만원, 건물 일체를 0,000백만원, 냉동장치 등 기계기구 및 공작물 일체를 000백만원으로 하여 총 00,000백만원에 자산양수도계약을 체결하였으며, 이에 따라 관련 법인세 및 부가가치세를 적법하게 신고 및 납부하였다(E와 F 간 자산양수도계약서). (3) E 또한 동일한 시기에 F와 경상남도 양산시 소주리 H 소재 토지를 0,000백만원에 양도하기로 하는 계약을 체결하였으며 이에 따른 양도소득세를 관련 법령에 따라 성실하게 신고하고 전액 납부하였다(E와 F 간 자산양수도계약서). (4) 통지관서는 청구법인과 E의 총 양도가액 00,000백만원 중 토지·건물·기계장치에 대한 감정가액 00,000백만원을 초과하는 0,000백만원 전액을 청구법인의 영업권에 해당하는 무형자산의 대가로 보아 과세하였으며, 아울러 E의 양도가액 0,000백만원과 해당 토지의 감정가액 0,000백만원과의 차액 부분에 대하여는 청구법인에 귀속되어야 할 소득을 E가 부당하게 이전받은 것으로 보아 E에게 귀속된 이익을 부당행위계산으로 부인하였다. <표 생략> 나) 쟁점①: 영업권 과세의 부당성 (1) 「법인세법 시행규칙」제12조제1항에 따르면 영업권이란 사업의 양도·양수 과정에서 자산 자체와는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성 및 거래처 등 영업상의 이점을 반영하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액을 말한다. 그러나 청구법인은 F와의 자산 양수도 계약 체결 시 영업권에 대한 별도 평가를 실시하지 않았고 영업권에 해당하는 대가를 수령한 사실도 전혀 없다. 나아가 거래상대방인 F 역시 자산 취득 당시 장부상에 영업권(무형자산)을 계상하지 않았다. 이러한 사실은 당사자 간 거래가 실질적으로 영업권을 전제로 한 거래가 아니었음을 명확히 보여주는 객관적 근거에 해당한다. (2) 상속세 및 증여세법상 평가기준에 따라 별도로 산정된 영업권의 가치 역시 “0”원으로 평가되었으며(영업권 평가조서 증빙 참조), 이는 본 건 거래에서 실질적인 영업권이 존재하지 않았음을 객관적으로 입증하는 자료에 해당한다. 조세심판원 결정례인 조심 2018중3692(2019.7.11.)에 따르면 감정기관의 감정평가 등 적절하고 합리적인 방법에 의하여 영업권의 가액이 산정되지 않고 단순히 거래당사자가 합의한 총매매가액에서 영업용 고정자산의 공정가액을 차감한 잔액을 영업권으로 계상한 경우에는 해당 금액은 법령에서 정한 적정한 평가방법에 따라 산정된 것으로 보기 어려우며 나아가 법인세법상 영업권으로 인정될 수 없다고 판단하였다. 그럼에도 불구하고 통지관서는 청구법인에 영업상 이점이 존재한다는 막연한 사정만을 근거로 거래당사자 간 합의한 매매가액과 영업용 고정자산의 감정가액 간의 차액 전부를 영업권에 해당하는 것으로 간주하여 과세하고자 하고 있다. (3) 그러나 이러한 과세 방식은 감정가액과 매매가액 간 차이가 존재하는 모든 사업용 부동산에 대하여 실질적인 영업권의 존재 여부와 관계없이 일률적으로 감정가액을 초과하는 금액을 영업권으로 간주하는 결과를 초래하는 것으로 이는 납세자의 정당한 재산권을 과도하게 침해하는 행위에 해당한다. 나아가 이러한 처분은 헌법 제23조제1항에서 명시하고 있는 “모든 국민의 재산권은 보장된다”는 원칙에 위배될 뿐 아니라 과세의 근거와 한계를 법률로 명확히 정하여야 한다는 조세법률주의 원칙 및 실질과세원칙에도 반하는 것으로 판단된다. (4) 더하여 과세당국이 본 건에서 영업권의 존재를 인정하여 과세할 경우 당초 영업권을 전제로 거래하지 않은 양수자 F가 해당 무형자산(영업권)을 장부에 계상하고 법인세법상 감가상각을 통해 손금산입 혜택을 누리게 되어 법인세 부담이 경감되는 반면 청구법인에게는 실질적 수익 없이 부가가치세만 추가로 과세되는 불합리한 결과가 초래된다. 이는 과세의 실질을 기준으로 판단해야 한다는 실질과세원칙 뿐만 아니라 조세가 특정 거래 당사자 간에 중립적으로 작용해야 한다는 조세중립성 원칙에도 명백히 반하는 결과이다. 다) 쟁점②: 부당행위계산부인의 부적정성 (1) 「법인세법」제52조(부당행위계산의 부인)는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 한하여 세무당국이 이를 부인하고 정상적인 거래기준에 따라 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 규정하고 있다. E는 2023.9.20. 청구법인과는 별도로 F와 경상남도 양산시 H 소재 토지를 0,000백만원에 양도하는 자산양수도 계약을 체결하였다. 이때 E의 거래상대방인 F는 E와 어떠한 특수관계에도 해당하지 않는 제3자로서 「법인세법」제52조의 적용 요건인 ‘특수관계인과의 거래’에 해당하지 않음은 명백하다. (2) E는 양도대금 전액을 F로부터 계약에 따라 직접 수령하였으며 해당 거래에서 발생한 양도차익 0,000백만원에 대하여 관계 법령에 따라 성실하게 양도소득세를 신고·납부하였다. 그럼에도 불구하고 통지관서는 E의 양도가액 0,000백만원과 감정가액 0,000백만원 간의 차액을 청구법인에 귀속되어야 할 소득, 즉 청구법인의 영업 대가에 해당하는 금액으로 보아 청구법인이 E에게 이를 부당하게 분여한 것으로 판단하고 부당행위계산을 적용하였다. 그러나 조사 과정에서 통지관서는 해당 자산에 대해 감정가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」상 평가방법을 적용할 수밖에 없으며 동 평가방법에 따라 산정된 영업권의 가액이 ‘0’으로 평가되었음을 명확히 인지하고 있었다. 그럼에도 불구하고 어떠한 법률상 근거 없이 E에게 실질적으로 귀속된 양도소득을 청구법인의 소득으로 간주하고 이를 E가 부당하게 이전받았다고 보는 통지관서의 해석은 납득할 수 없을 뿐 아니라 사실관계 및 법리에 모두 반하는 것으로 판단된다. (3) 즉 청구법인과 E는 통지관서가 본 건에 대해 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인에게는 법인세를 추가로 과세하고 E에게는 양도가액과 감정가액 간의 차액 0,000백만원을 상여로 처분하여 양도소득세를 감액한 후 소득세를 재과세한 것에 대해 그 법적 근거와 실질적 타당성을 납득하기 어렵다. 다. 맺음말 1) 청구법인은 0000.00.0.개업 이래 00년 이상 한천 제조업을 성실하게 운영해왔으며 이후 F로부터 수차례 매수 제안을 받고 E와 함께 관련 토지, 건물, 기계장치 일체를 정당한 계약을 통해 매도하였다. 해당 거래에 따른 법인세, 부가가치세, 양도소득세 등 고액의 세금 또한 관련 법령에 따라 성실히 신고·납부하였다. 그럼에도 불구하고 당초 계약서에도 명시되지 않았고 실질적으로도 존재하지 않는 영업권을 양도한 것으로 간주하여 과세하고 나아가 이를 근거로 청구법인이 E에게 부당하게 소득을 분여하였다고 보아 부당행위계산 부인을 적용한 처분은 사실관계와 법리에 모두 반하는 것이다. 2) 특히 E와 F 간 거래는 청구법인과는 별개의 계약으로 체결된 독립된 거래로서「법인세법」제52조의 적용 요건인 ‘특수관계인 간 거래’에도 해당하지 않으며 E의 양도차익은 실질적으로 E에게 귀속되는 정당한 소득임에도 본래 E에게 귀속된 양도소득을 청구법인의 소득으로 간주한 본 건 처분은 사실관계 및 관련 법리에 반하는 자의적 판단이라 할 것이다. 3) 부디 청구법인과 E가 수십년간 성실히 사업을 영위하고 납세의무를 충실히 이행해 온 점을 널리 헤아려 주시어 본 건 처분에 대해 합리적이고 공정한 판단을 내려 주시길 간곡히 요청드린다. 라. 통지관서 의견에 대한 청구법인 추가의견 1) 서론 청구법인 및 E는 2023.1.11. F와 각각 독립된 자산양수도 계약을 체결하였으며 이에 따라 법인세, 부가가치세 및 양도소득세를 성실히 신고·납부하였다. 그럼에도 불구하고 통지관서는 감정가액과 매매가액의 차액을 영업권으로 간주하여 과세하고 E의 토지양도가액 중 일부를 부당행위계산으로 보아 청구법인의 소득으로 재귀속하였다. 이에 대하여 아래와 같이 항변하고자 한다. 2) 쟁점① : 영업권 과세의 부당성 가) 실질적 영업권이 존재하지 않는다. 영업권은「법인세법 시행규칙」제12조제1항제1호에 따라 영업상 이점이 유상으로 평가된 경우에만 인정된다. 본 건 거래에서는 별도의 영업권 가치 산정이나 대가 수령이 없었고 F 역시 재무상에 영업권을 계상하지 않았다. 나) 실질과세·조세중립 원칙 위반 영업권 계상이 없었던 자산양수도 거래에 대해 매도자에게 부가가치세를 부과하면서 매수자는 감가상각 자산으로 손금산입이 가능해지는 구조는 조세중립원칙에도 반한다. 이는 조세의 부담이 당사자 간에 일방적으로 치우치도록 만드는 결과로 헌법 제23조(재산권 보장) 및 조세법률주의 위반의 소지가 있다. 3) 쟁점② : 부당행위계산 부인의 부당성 가) 특수관계 요건 불충족 「법인세법」제52조는 부당행위계산의 요건으로 “특수관계자 간 거래”를 명시한다. 본 건에서 E와 F는 아무런 특수관계가 없는 제3자이다. 이는 통지관서 역시 명시적으로 인정하고 있다. 나) 정당한 시가에 따른 거래 E의 토지는 공시지가 기준 청구법인 토지와 동일하거나 유사하며, 동일지역·용도인 점 등을 고려할 때 시장 시세에 부합하는 매매가였다. 또한 해당 토지는 청구법인이 E의 토지를 임차하여 건물을 건축하여 사용 중인 토지로 양수인 F에게 실질적 필요가 있었던 점을 고려해야 한다. 다) 독립된 계약과 대금 수령 E는 청구법인과는 별도로 독립된 계약을 체결했고 대금도 F로부터 직접 수령하였다. 이는 실질적으로 E의 고유한 소득에 해당하며 청구법인으로부터의 소득 이전으로 해석할 수 없다. 4) 통지관서 의견에 대한 반박 가) 영업권 양도로 본 통지관서 의견에 대한 반박 통지관서는 “공장 등록증, 폐수처리 허가권 등 사업 인허가권이 포함되었기 때문에 영업권 양도다”라고 주장하나 해당 권리는 자산 양수도계약서상 명시된 바 없다. 영업권이 계약서에 명시되지 않고 대가 없이 이전된 경우에는 부가가치세 과세 대상이 될 수 없다. 이는 “사업포괄양수도 계약서에 영업권 포함 조항이 없었다면 영업권은 별도 무상 이전된 것으로 인정해야 한다”라고 결정한 심판례(조심 2011서1150, 2011.5.27.), “재산적 가치가 있는 영업권을 별도 구분해 평가하지 않고 무상이전 한 경우에는 부가가치세법 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하지 않는다”라고 해석한 국세청 예규(부가사전-2020-법령해석부가-0569)에서 그 근거를 확인할 수 있다. 나) E의 토지를 고가 양도로 본 통지관서 의견에 대한 반박 E의 토지는 공장부지와 일체로 운영되어 온 점, 공시지가 및 공장시설 투자 등을 고려하면 합리적인 시가로 판단된다. E는 해당 토지를 임대하고 농지전용 허가 및 개발 비용을 부담해가며 실질적 사용 가치와 권리를 보유하고 있었으며 이는 정당한 거래대가에 해당한다. 다) 통지관서의 “부당행위계산 부인” 주장에 대한 반박 (1) 특수관계 요건 부존재 「법인세법」제52조는 명확하게 “특수관계인 간 거래”를 요건으로 규정하고 있다. E와 F는 아무런 지분, 인적, 경제적 특수관계가 없어 법적 요건 자체가 결여되어 있다. (2) E의 자산은 실질적 기여와 독립된 권리에서 발생한 소득 통지관서는 “E의 토지가 청구법인과 연접되어 있고 감정가 대비 고가 양도되었으므로 실질은 청구법인의 소득”이라 주장하나, E는 해당 토지를 2013년에 증여로 취득하고 2019년에 농지에서 근린생활용지로 전환하며 용도개발 비용도 스스로 부담한 바 있다. 이 같은 사실은 임대·전환·처분 등 일련의 권리 행사에서 독립된 주체로서 실질적 경제적 행위자가 E 본인임을 방증한다. E의 소득을 청구법인의 것으로 보려면 소득 귀속의 실질 기준에 대한 강력한 입증책임이 통지관서에 있으나 그 근거가 없다. (3) 시장가치 대비 고가 양도 주장에 대한 반박 E의 양도가액이 “감정가액 대비 고가”라는 주장만으로는 부당행위계산 요건을 충족하지 않는다. 실지거래가액이 존재하고 감정평가나 기준시가에 기초한 평가와의 단순 차이는 시가 왜곡의 직접 근거가 아니다. 청구법인과 E는 각각의 토지를 제곱미터당 약 0백만원에 F에 양도하였는데 국토교통부 실거래가 공개시스템에 따르면 동일한 지역 및 동일한 용도지역(자연녹지지역)의 토지가 본 건 거래 이전인 2022년에 제곱미터당 000만원∼000만원에 거래된 사례가 확인된다(2022년 양산시 J동 토지 매매 실거래가 증빙 참조). 이에 토지의 위치, 연접도, 이용도, 임대관계 등을 종합적으로 고려할 때 본 건 거래는 정상적인 시가에 따라 이루어진 것으로 판단된다. 5) 결론 본 건은 당사자 간 영업권에 대한 명시적 거래가 없었고 그 가치를 인정할 수 있는 정당한 산정이나 대가도 존재하지 않는다. 아울러 본 건은 부당행위계산 부인의 적용 대상에 해당하지 않는다. 따라서 본 건에 대한 통지관서의 부가가치세 및 법인세, 상여처분은 사실관계 및 법리에 모두 반하므로 이를 전부 취소해 주시기 바란다. 3. 통지관서 의견 가. 사실관계 1) 청구법인은 0000.00.0. 대표 B의 부 C이 A공장으로 개업하여 운영하다가, 0000.0.0. 법인 전환한 업체이며, 청구법인은 D수협 및 모로코 등에서 우뭇가사리와 천초를 매입하여 식자재인 한천을 제조·가공한 후, 대부분의 제품을 일본에 수출하였으나 한천 제조공장 매각 후 현재는 다른 영위사업 없이 사무실만 유지하고 있다. 2) 2023.1.11.청구법인과 대표 E는 F에 다음의 자산을 양도하는 자산양수도 계약을 각각 체결하였다. ○청구법인 소유 경남 양산시 G토지(9,580㎡) 및 동 필지상에 위치한 건물과 기계장치 일체(계약금액 00,000백만원) ○E 소유 경남 양산시 H토지(4,310㎡) 토지(계약금액 0,000백만원) <표 생략> 3) 통지관서는 청구법인과 E 소유 부동산 등 일체를 F에 일괄양도하였음을 입증하는 확인서를 매수자인 F 대표 K로부터 징취하였고, 또한 청구법인의 사업장에서 일괄양도 및 매각일정등을 관리한 아래 [F와 정리관련]＊ 제목의 서류를 확보하였다. * 개인토지 소유자로 매각협상에 참여한 E가 작성하였으며, 매각일정, 매각대금 지급 시기, 직원 인수 등 주요거래 조건 등이 기재되어 있음 이 서류를 보면 청구법인의 각자대표 B와 E가 F대표 K와 F 대표 사무실에서 청구법인과 E 소유 부동산 등 일체를 000억원에 일괄 양도하기 위한 매각협상을 진행하였고, 매매금액으로 F K 대표는 000억원, 청구법인 B 대표는 000억원을 제시한 후 논의를 거쳐 양측이 각각 0억원씩 양보하여 000억원에 청구법인 토지, 건물, 기계장치 등 일체 및 E 토지를 매매하기로 합의하였던 사실을 알 수 있다. 이후 최종 계약시점에 농지 등의 일부 토지를 제외하고 F와의 부동산매매계약서는 000억원에 E, 청구법인이 각각 작성하였다. <그림 생략> 4) E의 토지는 감정평가가 이루어지지 않았고, 청구법인 소유의 토지·건물·기계장치 감정평가 금액은 아래와 같다. <표 생략> 5) 청구법인및 E의 자산양수도 계약시 매매가액 산정방식은 다음과 같다. ①(1차) 감정가액 기준 건물·기계장치 배정 : 각각의 감정가액 0,000백만원 및 000백만원에 30%를 더한 0,000백만원을 매매가액으로 산정하였다. ②(2차) 공시지가 기준 청구법인 건물·토지, E 토지 매매가액 산정 : 일괄양도액 00,000백만원에서 1차 배정금액 0,000백만원을 차감후 공시지가 기준 소유 비율에 따라 배분하였다. ③청구법인 및 E는 임의적으로 토지 배분금액을 축소하고, 건물1차 배정금액을 증가시켜 최종 공급가액을 청구법인 토지 00,000백만원, 건물 0,000백만원, E 토지 0,000백만원으로 결정하였다. ④ 청구법인은 최종 공급가액에 따라 F에 건물은 세금계산서, 토지는 계산서를 발급 후 부가가치세 신고하였고, E는 토지에 대한 양도소득세를 신고하였다. <표 생략> 6)E의 토지는 E가 2013.3.29.(당시 00세) 증여(가액 000백만원)로 취득하였으며 청구법인의 공장부지와 연접한 토지로 공시지가가 동일하고, 2019.10.18. 농지에서 근린생활시설 용지로 전환한 후 청구법인이 건물 신축하여 창고로 사용(농지전환비용 000백만원은 청구법인으로부터 차입후 상환)하다가 2023.1.12. 청구법인 부동산과 함께 0,000백만원에 매각되었다. <그림 생략> 나. 통지내용 1)통지관서는 2025.1.13.∼2025.6.15.(2025.3.13.~2025.6.9. 조사중지) 기간 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 총 매매가액 00,000백만원에서 토지·건물·기계장치의 감정가액 00,000백만원을 제외한 0,000백만원을 청구법인의 무형자산(영업권) 상당액으로 보아 부가가치세를 과세하였고, 2) 법인 소유 토지와 연접한 대표이사 소유 토지를 총 00,000백만원으로 일괄양도하는 과정에서, E가 받은 0,000백만원 중 감정가액 상당액 0,000백만원을 초과한 0,000백만원에 대하여 부당행위계산부인을 적용하여 청구법인에 익금산입하고 E에게 상여처분하였다. <표 생략> (1) 감정가액 초과한 대표이사 토지 지급분으로 부당행위계산 부인 대상 (2) VAT 차감 : 감정가액을 초과하여 매매가액으로 기신고한 건물 및 기계장치 공급가액 1,841백만원 다. 통지관서 의견 1) 청구법인 및 E가 F에 토지·건물·기계장치를 일괄 양도한 것은 단순 부동산 양도 외에 각종 제조·인허가권과 종업원 등 사업양도가 포함된 것으로 양도가액과 감정가액의 차액은 영업권에 해당하고, 양도가액 00,000백만원에서 청구법인 및 E의 토지 감정가액 0,000백만원을 제외한 00,000백만원은 사업양도에 대한 대가로 청구법인의 건물 및 기계장치와 무형자산(영업권) 양도성격으로 부가가치세 과세대상이다. 가) 매매계약 산정시 등록증, 인허가권 등 무형자산 가치를 누락하였다. 매매계약서 상의 양도대상을 보면 공장부지 및 건물 외에도 허가가 어렵고 장기간 소요되는 “공장등록증, 제조업 및 폐수처리장 허가 등”* 공장 운영에 필수적인 인허가권이 명시되어 있음에도 불구하고 매각가액 산정시 이를 반영하지 않았다. * 공장등록증, 폐수배출시설허가증, 대기배출시설설치허가증, 소음진동배출시설허가증, 영업등록증,지하수개발·이용권리 등 E 또한 문답서에서 『000억원에는 공장등록증, 폐수처리허가 등 인허가, 영업권 같은 내역이 토지가격에 포함되어 있다』라고 진술하였다. <그림 생략> 나) 국내 한천 제품 시장에서 독과점 구조 및 가격결정권을 확보하였다. 매매계약서의 특약사항으로『청구법인은 계약시점(0000.0.00.) 이후 한천 및 한천원료관련 일체의 사업을 하지 않는다』약정하였으며, 이 약정을 통하여 청구법인과 F 간 양분되었던 국내 한천제품 시장이 코스닥 상장사인 중견기업 F가 독점하는 형태로 바뀜으로서 독점적 가격 결정권을 가지고 사업을 확장할 수 있게 됨과 동시에 한천의 원재료인 국내산 우뭇가사리(천초)를 경쟁 없이 안정적으로 확보할 수 있게 되었다. 국내산 우뭇가사리(천초)는 수요에 비하여 생산(채취)량이 적고, 일부 동해안 외에 대부분을 생산하는 제주의 경우 D수협 경매를 통하여 거래됨으로서 한천 제조업체 간 원재료 확보 경쟁으로 가격 상승할 여지가 있다. <표 생략> 다) F는 청구법인의 공장·설비·직원 등 인수로 인하여 사업규모 및 생산능력이 확대되었다. F는 한천제조 공장 신축을 검토하였으며, 공장의 기계·설비 비용으로만 00,000백만원을 예상하였으나 청구법인의 공장을 인수한 후 0,000백만원을 들여 보수하여 0,000백만원 상당을 절약하였다. 2023년 사업보고서상의 (가)영업개황을 보면 F는『2023년 9월 인근 한천공장을 매입하여 사업규모 확장 및 생산능력을 확대하였습니다』라고 기재하여 해당 매매거래가 단순 토지·건물 등의 부동산거래가 아닌 것으로 인식하고 있다. <그림 생략> 라) F는 장기간 숙련된 생산직 근로자를 인수하여 한천 제조공장을 안정적으로 가동하였다. 인수시 작성한 『직원 리스트』와 같이 직원을 “에이스”, “준에이스” 등으로 분류하여 관리직을 제외한 생산직 근로자를 대부분 승계*하였다. *『F 이전 협상대상자 및 이전 직원 내역』등과 같이 생산직 직원중 고령·여직원과 급여 협상 과정에서 이견이 있었던 2명을 빼고 모든 직원을 승계(인수) 청구법인은 장기간(00여년)에 걸쳐 취득한 특유의 한천 제조 노하우를 바탕으로 우수한 제품을 생산하여 품질을 중요시하는 일본 L사에 독점적으로 공급하였으며, 이 바탕에는 제조시설 외에 제조 노하우을 장기간에 걸쳐 쌓은 생산 직원이 중요한 역할을 하였다. 마) F의 한천 제조에 있어 추가 제조공정이 필요하였다. F 계열사로 동양최대 한천생산업체인 ㈜M은 0000년 완성된 공장에서 “자연한천제조공정”*으로 한천을 생산하고 있었으며 지구온난화, 대기오염, 생산량 적기 확보 등을 위하여 청구법인이 보유한 “동결탈수법제조공정”*등 다른 생산방식이 절실하였다. * “자연한천제조공정”은 가마솥 실내 자숙후 건조하고 자르는 공정이 햇볕이 들고 공해가 없는 야외에서 이루어지고 있으며, 건조기간이 장기(15일 정도)간이 소요되고 추운 겨울철에만 거의 수작업으로 생산되어 인건비 부담이 증가하고 있는 한계성이 있으나, “동결탈수법제조공정”은 계절에 상관없이 실외가 아닌 공장 내에서 건조기간을 단축하여 생산할 수 있음 2) E의 토지는 별도 감정평가 없이 0,000백만원에 양도하였으나 연접한 청구법인의 토지 감정평가액을 적용하면 적정가액(시가)는 0,000백만원으로 E가 0,000백만원을 부당하게 수취한 것으로 부당행위계산 부인에 해당한다. <표 생략> 가) E가 양도한 토지의 시가는 청구법인의 토지 감정가액인 ㎡당 000,000원을 적용하는 것이 타당하다. <표 생략> 위 공시지가 내용을 보면 청구법인 토지 대표필지 G 9,458㎡의 공시지가 000,000원과 E 소유 H토지의 4,310㎡ 공시지가가 000,000원으로 동일하다. E의 토지매매가액 산정시 청구법인의 토지 감정가액과 동일한 금액을 적용(㎡당 000,000원)하여 신고하였다. 청구법인 토지 감정평가시 확인한 “인근 유사부동산 시세수준” 및 “인근 평가 사례”를 보면 그 가격이 ㎡당 000,000원에서 000,000원으로 청구법인의 토지 감정가액인 ㎡당 000,000원을 적용하는 것이 정상가격(시가)으로 판단된다. <표 생략> 나) E의 토지양도가액은 ㎡당 0,000,000원으로 주변 감정가 및 시세에 비하여 비정상적으로 높고 E이 특별한 기여 없이 000백만원 상당에 취득한 토지를 0,000백만원에 양도한 점은 정상적인 가격(시가)으로 볼 수 없다. E 토지의 취득, 임대, 용지 전환 등 내역은 아래와 같다 (E 토지의 가치). ․(취득)청구법인 공장부지와 연접한 토지로 E는 2013.3.29.(당시 00세)에 증여(가액 000백만원)로 취득한 후 청구법인에 임대하였으며, ․(전환)2019.10.18. 농지에서 근린생활시설 용지로 전환한 후 청구법인이 건물 신축하여 창고로 사용하다가(농지전환비용 000백만원은 청구법인으로부터 차입후 상환), ․(매각) 2023.1.12. 청구법인 부동산과 0,000백만원에 일괄 매각하였다. 3) 소결 E는 양도가액과 감정가액의 차액이 과세대상 영업권이 아니라고 주장하나 청구법인 및 E이 F에 토지·건물·기계장치를 일괄 양도한 것은 단순 부동산 양도 외에 각종 제조·인허가권과 종업원 등 사업양도가 포함된 것으로 양도가액과 감정가액 차액은 영업권에 해당하고, E가 F에 양도한 토지가액은 주변 감정가 및 시세에 비하여 비정상적으로 높아 적정양도금액 0,000백만원을 초과하는 0,000백만원은 당초 청구법인에 귀속될 금액이었으나 E이 수령한 것으로 청구법인에 익금산입하고 E에게 상여 처분한 조사결과는 정당하다. 라. 결론 이와 같이 청구인의 주장은 모두 이유 없으므로 청구를 기각하여 주시기 바란다. 마. 청구법인 추가의견에 대한 통지관서 추가의견 1) 영업권 양도로 본 통지관서 의견에 대한 청구법인 항변에 대하여 청구법인은 자산양수도계약서 상 ”공장등록증, 폐수처리 허가권 등 사업 인허가권“이 포함되지 않았고 사업포괄양수도 계약서에 영업권 포함 조항이 없으므로 영업권은 별도 무상 이전된 것으로 인정해야한다라고 주장하지만 2023.1.11. F와 청구법인이 작성한 자산양수도계약서를 보면 제1조(거래형태 및 양도대상)에 아래와 같이 “공장등록증, 폐수처리장, 제조업 허가 등 공장 가동에 필요한 모든 인허가권“이 포함되어 있다. <그림 생략> 2) E의 토지를 고가 양도로 본 통지관서 의견에 대한 청구법인 항변에 대해 E의 토지는 공장부지와 일체로 운영되어 온 점, 공시지가 및 공장시설 투자 등을 고려하면 합리적인 시가로 E는 해당 토지를 임대하고, 농지전용 허가 및 개발 비용을 부담해가며 실질적 사용가치와 권리를 보유하는 등 정당한 거래 대가라고 주장하지만 E는 2013.3.29.(당시 00세)에 증여(가액 000백만원) 취득한 후 청구법인에 임대하였으며, 2019.10.18. 농지에서 근린생활시설 용지로 전환한 후 청구법인이 건물신축하여 창고로 사용하다(농지전환비용 000백만원은 ”청구법인“으로부터 차입 후 상환) 2023.1.12. 청구법인 부동산과 함께 일괄 매각하였다. 청구법인 토지 감정평가 시 확인한 인근 유사부동산 시세수준 및 인근 평가 사례를 보면 그 가격이 ㎡당 000천원에서 000천원으로 청구법인의 토지 감정가액인 000천원을 적용하는 것이 정상가격(시가)로 판단된다. <표 생략> 3) 통지관서의 “부당행위계산 부인” 주장에 대한 청구법인 항변에 대해 E는 F와 특수관계가 없고, E의 소득을 청구법인의 것으로 보려면 소득 귀속의 실질에 대한 입증책임에 대한 근거가 없으므로 부당행위계산부인에 해당 하지 않는다고 주장하지만 청구법인 및 E가 F에 토지·건물·기계장치를 00,000백만원에 일괄양도한 거래로 E와 F와의 거래는 별도 양도형식으로 토지 매매계약서를 작성하였지만 개별적이고 독립적인 거래로 볼 수 없다. 일괄 양도후 청구법인 및 E가 00,000백만원을 배분하는 과정에서 E 적정양도금액 0,000백만원을 초과하는 0,000백만원은 당초 청구법인에 귀속될 금액이었으나 E가 수령하였으므로 청구법인과 대표이사인 E는 특수관계에 해당, 부당행위계산부인에 해당한다. 4) 통지관서의 시장가치 대비 고가 양도 주장에 대한 청구법인 항변에 대해 청구법인과 E 각각의 토지를 ㎡당 약 1백만원에 F에 양도하였는데 동일한 지역(양산시 J동) 및 동일한 용도지역(자연녹지지역)의 토지가 본 건 거래 이전인 2022년에 ㎡당 0,000천원에 거래된 사례가 확인되고 토지의 위치, 연접도, 이용도, 임대관계 등 종합적으로 고려할 때 본 거래는 정상적인 시가라고 주장하지만 청구법인이 제시한 2022년에 ㎡당 0,000천원에 거래된 토지는 청구법인과 E가 양도한 토지와 같은 양산시 J동에 위치는 하고 있지만 도보거리로 2㎞ 떨어져있고 아파트 밀집지역 및 큰 도로에 연접한 토지로 ”청구법인“ 및 ”청구인“이 양도한 토지와는 비교대상이 될 수 없다. 또한 청구법인이 제시한 2022년에 ㎡당 0,000천원에 거래된 비교대상 토지를 제외하고 2021년~2024년 동일한지역(양산시 J동) 및 동일한 용도지역(자연녹지지역)의 국토부 실거래가 내역 확인 한 바 ㎡당 000~000천원으로 거래, 당초 통지관서가 적용한 감정가액 ㎡당 000천원보다 낮아 토지매매대금에는 영업권이 포함된 것을 알 수 있다. <그림 생략> 5) 결어 이와 같이 청구법인의 주장은 모두 이유 없으므로 청구를 불채택하여 주시기 바란다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 1) 주위적 쟁점 청구법인 및 E가 F에 양도한 자산의 양도가액 합계와 감정가액 합계의 차액을 청구법인의 영업권 양도가액으로 보아 세무조사결과 통지한 처분의 당부 2) 예비적 쟁점 E가 F에게 양도한 토지 양도가액과 감정가액의 차액 상당액을 청구법인이 E에게 분여한 소득으로서 부당행위계산부인 적용대상으로 보아 세무조사결과 통지한 처분의 당부 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】 ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 "감가상각자산"이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 2-1) 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】 ① 법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다. 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권 2-2) 법인세법 시행규칙 제12조【감가상각자산의 범위】 ① 영 제24조제1항제2호가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다. 1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 고려하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액 2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등 3) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다. 4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우 5. 출연금을 대신 부담한 경우 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다. 7의2. 기획재정부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우 가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다. 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다. 9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. ③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 3-2) 법인세법 제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다. ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ⑥ 제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항ㆍ제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계인"은 이 영에 의한 "특수관계인"으로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계인에게 분여한 이익"으로 본다. 4) 상속세및증여세법 제64조【무체재산권의 가액】 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다. 1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 「법인세법」상의 감가상각비를 뺀 금액 2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액 4-1) 상속세및증여세법 시행령 제59조【무체재산권의 평가】 ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 않되, 해당 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 해당 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 해당 연수로 하고, 제55조제3항제2호 각 목에 모두 해당하는 경우에는 개인사업자로서 사업을 영위한 기간을 포함한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 율)] ③ 제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 "1주당 순손익액"과 같은 조 제2항 중 "1주당 추정이익"은 "순손익액"으로 본다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액중 많은 금액으로 한다. 1. 사업소득금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조제10항제1호에서 규정하는 자기자본이익률 2. 수입금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조제10항제2호에서 규정하는 자기자본회전율 다. 사실관계 국세통합전산망, 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. 1) 청구법인의 사업자등록 주요 내역은 아래와 같다. <표 생략> 2) 청구법인의 법인 등기사항증명서에 따르면 E는 0000.0.00. 사내이사로 취임하였고 0000.0.00. 대표이사로 취임하여 기존에 대표이사로 등재되어 있던 모친 B와 각자대표를 구성하게 된 것으로 나타난다. 3) 국세통합전산망에 따르면 청구법인의 2020~2023 사업연도 법인세 신고 주요내역은 아래와 같이 나타난다. <표 생략> 4) 청구법인이 제출한 청구법인의 자산양수도(한천제조공장 건물·토지) 계약서, 청구법인의 자산양수도(기계장치) 계약서 및 E의 토지 매매계약서는 아래와 같으며, 청구법인의 자산양수도(한천제조공장 건물·토지) 계약서에는 “공장가동에 필요한 모든 인허가권”이 양도대상으로 기재되어 있고 “계약시점(0000년0월00일)의 주주들은 차후 한천 및 한천원료관련 일체의 사업을 하지 않는다”라는 문구가 계약조항으로 기재된 것으로 나타난다. <그림 생략> 5) 청구법인의 공장건물, 토지, 기계장치와 E의 토지에 대한 매매가액 및 감정가액은 아래의 표와 같이 나타나며, E의 토지는 직접 감정을 받지는 않았으나 청구법인 토지의 감정가액을 기준으로 하여 E 토지의 감정가액을 산정한 점에 대하여는 청구법인과 통지관서 간에 이견이 없는 것으로 나타난다. 통지관서는 청구법인의 공장건물, 토지, 기계장치에 대한 매매가액과 감정가액의 차이 및 E의 토지에 대한 매매가액과 감정가액의 차이의 합계를 청구법인의 영업권으로 보는 입장이며, 반면에 청구법인은 영업권 가액이 “0”원이라는 입장인 것으로 나타난다. <표 생략> 6) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인 및 F의 법인세 신고내역서 상 재무상태표 자료에 의하면 청구법인 및 F는 쟁점 관련 영업권을 자산으로 계상한 내역은 없는 것으로 나타난다. 7) 청구법인이 제출한 상속세및증여세법 상 청구법인의 영업권 계산근거 자료는 아래와 같은데 해당자료 내용에 따르면 평가기준일자가 2022.12.31.이고 영업권 평가액은 0원[순손익가치 평가액(000,000,000원)-순자산가치 평가액(000,000,000원)=△000,000,000원→0원]인 것으로 나타난다. 한편 국세통합전산망에 의하면 2023.1.1.~2023.9.19. 기간 동안 청구법인의 부동산 처분 내역은 2023.3.22. 경상남도 양산시 N사택을 증여로 이전한 내역 외에는 없는 것으로 나타나고 동 기간 동안 청구법인이 부동산을 취득한 내역은 없는 것으로 나타난다. * 공동주택가격: 00,000,000원(2022.4.29. 고시기준), 00,000,000원(2023.4.28. 기준) <그림 생략> 8) 통지관서가 조사과정에서 확보한 ‘F와 정리 관련 매각 일정표’ 자료 및 이와 관련한 E와의 문답서 내용은 아래와 같이 나타난다. <그림 생략> 9) 통지관서가 조사과정에서 확보한 회의록 자료에 따르면 청구법인은 F에 자산 양수도 계약 전 한천 제조업 폐지 및 자산 매각에 대한 회의록을 작성하였던 것으로 나타난다. <그림 생략> 10) 통지관서에서 작성한 E와의 문답서 내용 중 E의 토지 현황에 대한 문답 내용은 아래와 같이 나타난다. <그림 생략> 11) E의 토지였던 경남 양산시 H번지 토지 등기사항증명서에 따르면 0000.00.00. 지목이 전에서 대로 변경등기된 것으로 나타나고 동 소재지 건물 등기사항증명서에 따르면 0000.00.00. 청구법인 명의의 단층 건물이 소유권 보존등기된 것으로 나타난다. 이후 E의 G번지 토지에 청구법인의 건물이 있는 상태에서 2023.9월 F에 토지 및 건물이 각각 소유권 이전 등기된 것으로 나타난다. <그림 생략> 12) 통지관서에서 작성한 E와의 문답서 내용 중 양도자산의 감정평가와 관련된 내용은 아래와 같이 나타난다. <표 생략> 13) 통지관서에서 작성한 E와의 문답서 내용 중 F와의 매각대금 결정경위 및 대금의 성격 등에 관한 문답내용은 아래와 같이 나타난다. <표 생략> 14) 청구법인이 F에 자산 소유권 이전등기를 한 2023.9.21. 전후로 아래와 같이 공장 관련 신고·등록 서류의 명의가 청구법인에서 F로 이전된 것으로 나타난다. <표 생략> 15) 청구법인은 청구법인 및 E의 토지 양도가액이 제곱미터당 약 0백만원인데 F와의 양도거래 이전인 2022년에 동일한 지역인 양산시 J동에서 토지 양도가액이 제곱미터당 000~000만원에 거래된 사례가 있어 청구법인 및 E의 토지 양도가액이 정상적 시가에 따라 이루어진 것이라는 주장에 대한 증빙으로 국토교통부 실거래가 공개시스템 자료를 제출하였다. <그림 생략> 16) 통지관서는 청구법인이 제시한 제곱미터당 거래금액 000~000만원의 국토교통부 실거래가 공개시스템 자료에 대하여 해당 실거래가 소재지는 청구법인 및 E가 양도한 토지와 같은 양산시 J동에 위치하고는 있으나 도보거리로 2km 떨어져 있고 아파트 밀집지역 및 큰 도로에 연접한 토지이므로 시가 비교대상이 될 수 없으며, 인근의 다른 실거래가 내역은 통지관서가 적용한 제곱미터 당 감정가 000천원보다 낮다는 주장에 대한 근거로 아래와 같은 그림 자료를 제시하였다. 한편 토지 실거래가 조회 어플 및 국세통합전산망 등에 따르면 청구법인이 제시한 2022년 거래 사례 물건의 소재지는 경남 양산 O소재였던 것으로 나타난다. <그림 생략> 17) 통지관서에서 작성한 E와의 문답서 내용 중 청구법인과 F 간의 영업 관계와 관련한 내용은 아래와 같이 나타난다. <표 생략> 18) 통지관서에서 쟁점 양수도거래에 영업권이 포함되어 있다는 의견에 대한 근거로 제시한 2023년 F 사업보고서 발췌 내용은 아래와 같이 나타난다. <그림 생략> 라. 판단 먼저 주위적 쟁점인 ‘청구법인 및 E가 F에 양도한 자산의 양도가액 합계와 감정가액 합계의 차액을 청구법인의 영업권 양도가액으로 보아 세무조사결과 통지한 처분의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다. 1) 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제1호에서는 “사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 고려하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액” 영업권의 금액에 포함하도록 규정하고 있다. 2) 한편 대법원에서는 영업권에 대하여 “그 기업의 전통, 사회적 신용, 입지조건, 특수한 제조기술 또는 거래관계의 존재 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 영위하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치”인 것으로 판시하고 있다(대법원 1997.5.28. 선고, 95누18697판결 참조). 3) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 통지관서는 청구법인과 F간 거래에서 건물, 기계장치, 토지뿐만 아니라 공장 운영 등과 관련한 각종 등록 등이 함께 이전되었고 특약사항으로 한천 관련 사업 일체를 하지 않는다는 내용이 있었던 점, 해당 거래를 통하여 F는 한천 사업 독점 및 공장 구축 비용 절감 등 이익을 얻게 된 점 등을 근거로 동 거래는 무형의 가치인 영업권이 함께 이전된 거래인 것으로 주장하고 있고, 영업권 가액은 청구법인 및 E의 양도가액 합계와 청구법인 및 E의 건물, 토지, 기계장치의 감정가액 합계의 차액으로 산정하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 4) 이 건 사실관계에 의하면 청구법인과 F는 거래 시 영업권에 대하여 별도로 가액을 책정하여 거래하겠다는 합의가 있지 않았던 것으로 보이고 청구법인과 F 모두 쟁점 거래 관련하여 영업권을 장부에 계상하지 않았던 바, 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하는 점(대법원 2017.4.7. 선고, 2015두49320 판결 참조), 청구법인이 영업권에 대한 세금계산서를 발급할 경우 청구법인이 부가가치세를 부담하는 만큼 거래상대방인 F로서는 부가가치세 매입세액 공제가 가능하므로 거래 쌍방이 영업권을 인식하지 아니한 것에 대하여 조세회피 목적이 있었다고 보기는 어렵고, E의 토지 양도의 경우도 양도한 토지가 청구법인의 공장부지와 연접하여 있고 해당 토지 위에 청구법인의 영업 관련 건물이 건설되어 있어 매수자인 F로서는 청구법인의 자산과 함께 E의 토지도 함께 매수하여야 할 유인이 있었던 것으로 보이는 바 사회통념상 청구법인과 특수관계가 아닌 제3자였다고 하더라도 감정가액을 초과하여 토지 양도대가를 수령하고자 하였을 것으로 여겨지므로 E가 감정가액을 초과하여 양도가액을 수령하였다는 사정만으로 곧바로 해당 양도가액과 감정가액의 차액이 청구법인의 영업권 대가라고 단정하기 어렵고 따라서 해당 법적 형식에 조세회피 목적이 있었다고 보기는 어려운 점, 영업권에 대한 감정가액은 심리일 현재 확인되지 아니하고, 상속세 및 증여세법에 따른 영업권 보충적 평가액은 2022.12.31. 기준 0원[순손익가치 평가액(000,000,000원)-순자산가치(자기자본) 평가액(000,000,000원)=△000,000,000원→0원]이며, 2023.1.1.부터 평가기준일 이전까지 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인의 부동산 처분내역은 2023.3월 청구법인 사택 1개 호실(공동주택가격 00백만원) 1건이어서 평가기준일 현재 기준의 영업권 평가액 역시 0원일 것으로 추정되는 바, 영업권에 대한 감정가액이 확인되지 아니하므로 보충적 평가액을 따르는 것이 일응 합리적인 영업권 가액 인식방법으로 여겨지는 점 등을 종합하여 볼 때, 5) 청구법인 및 E와 F 간 자산양수도 거래에 영업권이 포함된 것으로 보기 어려우므로 청구법인 및 E가 F에 양도한 자산의 양도가액 합계와 감정가액 합계의 차액을 청구법인의 영업권에 대한 양도대가로 보아 청구법인에게 세무조사결과 통지한 통지관서의 처분에 잘못이 있다고 판단된다. 다음으로 예비적 쟁점인 ‘E가 F에 양도한 토지 양도가액과 감정가액의 차액 상당액을 청구법인이 E에게 분여한 소득으로서 부당행위계산부인 적용대상으로 보아 세무조사결과 통지한 처분의 당부’에 대하여 살펴보건대, 1) 청구법인 및 E와 F 간 자산양수도 거래에 영업권의 대가가 포함되어 있지 않음은 위의 주위적 쟁점에서 살펴본 바와 같은 점, 2) 청구법인과 E가 양도한 자산의 매매가액 및 감정가액의 현황에 따르면 청구법인의 자산 양도가액과 E의 양도가액 간 비율과 청구법인의 자산 감정가액과 E의 감정가액 간 비율이 유사한 것으로 나타나 E의 자산 양도가액이 높게 책정되고 청구법인의 자산 양도가액이 낮게 책정된 것으로 보기 어려운 점, 주위적 쟁점에서 살펴본 바와 같이 매수자인 F로서는 청구법인의 자산과 함께 E의 토지도 함께 매수하여야 할 유인이 있었던 것으로 보이는 바 E의 토지 양도가액이 감정가액을 초과하여 책정된 것은 토지의 위치, 사용현황 등 해당 토지 자체의 가치로 인한 것으로 봄이 상당하고 청구법인으로부터 이익이 분여됨에 따른 것으로 보기 어려운 점, 법인세법상 부당행위계산 부인의 법리 적용은 특수관계인간의 거래에 한하여 적용하는 것인바, 통지관서의 의견과 같이 청구법인 및 E의 거래를 별개의 독립거래가 아닌 일괄양도거래로 보더라도 청구법인 및 E와 F는 특수관계 없는 제3자 관계에 해당하므로 E의 양도거래에 대하여 부당행위계산 부인이 적용된다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 3) E가 F에 양도한 토지 양도가액과 감정가액의 차액 상당액을 청구법인이 E에게 분여한 소득으로서 부당행위계산부인 적용대상으로 보아 세무조사결과 통지한 처분에 잘못이 있다고 판단된다. 5. 결론 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조의15 제5항제2호(채택)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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