1. 사실관계 및 처분내용

가. 사실관계

1) 청구법인은 2003. 4. 1. 개업하여 부산광역시에서 주택건설업 등 총 5개 업종을 영위하고 있는 법인사업자이다.

2) 청구법인은 2018. 3. 29. 및 2020. 1. 20. 아래 <표1>과 같이 토지 3필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)하여 보유 중이다.

3) 청구법인은 2019. 12. 5. 및 2021. 9. 28. 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준 합산배제(주택신축용 토지) 대상으로 신고를 하여 2018. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세의 과세표준에서 합산배제를 적용받았다.

나. 처분내용

1) 부산진세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 동 토지에 대한 사업계획을 승인받지 못한 것을 확인하고 쟁점토지에 대한 ‘종합부동산세 과세표준 합산배제’의 적용을 부인하여,

  과세전적부심사(2026. 1. 13. 불채택 결정)를 거쳐 2026. 1. 16. 청구법인에 아래 <표2>와 같이 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세 총 ***원, 농어촌특별세 ***원 등 총 ***원을 경정 고지하였다.

2) 청구인은 2026. 1. 22. 위 경정 고지에 대한 고지서를 수령하고 이에 불복하여 2026. 4. 13. 이 건 이의신청을 하였다.

2. 청구법인 주장

가. 주택건설사업의 주요 경과

 1) 쟁점토지의 주택건설사업은 2018. 11. 30.에 2018. 10. 신청한 도시관리계획(지구단위계획) 제안서가 반려된 뒤, 2018. 6.～2022. 7. 건축사무소와 쟁점토지 재개발에 관한 총 58회의 협의 과정을 거쳐 부산광역시 서구청(이하 “서구청(장)”이라 한다)에 쟁점토지 재개발에 대한 건축심의위원회 심의를 신청하였다.

2) 서구청장은 위 심의 신청에 대해 2019. 9. 반려, 2021. 6. 부결(이격거리문제), 2022. 8. 보완요청(도로구역변경) 등의 처분을 하였으나 청구1법인이 서구청의 부결, 보완 처분에 대해 성실히 답변한 결과 서구청은 2023. 2. 14. 조건부 승인을 하였다.

3) 청구법인은 건축허가를 받기 위해 위 조건부 승인에 대한 보완서 및 최종보고서를 2023. 3. 27. 서구청에 제출하였다. 이상의 사업진행 내용과 같이 청구법인은 쟁점토지 주택건설에 대한 사업계획을 승인받기 위해 성실히 절차를 진행하였다.

4) 그러나 청구법인은 2023. 5. 15. 부산광역시 서부교육지원청(이하 “서부교육지원청”이라 한다)으로부터 교육환경보호구역 내 금지행위 및 시설인 생활형 숙박업 시설의 신축을 금지한다는 내용의 금지 처분을 받았다.

5) 이에 청구법인은 위 금지처분에 대해 2023. 7. 26. 부산광역시교육청에 행정심판을 청구하였으나 동 교육청(행정심판위원회)은 2023. 10. 31. 청구법인의 동 행정심판 청구를 기각 결정, 2024. 1. 30. 재심의 기각 결정 등을 하였다.

6) 청구법인은 위 행정심판 기각 처분에 대해 2024. 2. 부산행정법원에 시설금지 처분 취소 청구의 소를 제기하였으나 동 법원은 2024. 12. 5. 동 소를 기각 결정하였다. 이에 청구법인은 쟁점토지의 주택건설사업을 재검토 및 원점 검토 중에 있다.

나. 청구법인이 쟁점토지의 주택건설사업에 대해 사업계획 승인을 받지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인에게 부과한 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세 총 1,014,796,160원은 취소되어야 한다.

1)「조세특례제한법」제104조의19의 취지는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하려는 것(대법원 2023두50156, 2025. 7. 16.)이다.

2) 위 입법 취지를 고려하면 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’가 있는 경우 감면된 종합부동산세를 추징할 수 없다고 봄이 타당(대법원 2016두37847, 2016. 9. 8. 참조)하다.

 3) 위의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업자가 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서 위 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단(의정부지방법원 2024구합11193, 2025. 9. 16.)하여야 한다.

4) 청구법인은 쟁점토지 개발 행위를 성실히 진행하였으나 위 ‘가. 사실관계’에서 본 바와 같이 정당한 사유에 해당하는 내ㆍ외부적 요인으로 인해 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못하였을 뿐이고 현재에도 개발행위를 성실히 지속하고 있다. 또한 이러한 과정은 사업계획 승인을 받는 과정에서 필수적인 준비행위이고 이는 정당한 사유라고 할 것이다.

다. 법원은 법률에 명문규정이 없더라도 토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못한 것에 정당한 사유가 있는 경우 종합부동산세를 추징할 수 없다(의정부지방법원 2024구합11193, 2025. 9. 16.)고 판시하고 있다. 따라서 추징 제외의 예외 규정이 없다고 하여 이 건 종합부동산세 부과처분이 정당하다는 처분청 주장은 부당하며, 2025. 12. 23. 법률 제21223호 일부개정으로 ‘정당한 사유가 있는 경우 종합부동산세를 추징하지 아니한다.’라는 규정(「조세특례제한법」제104조의19 제3항 단서 내용)이 신설되었다.

라. 서부교육지원청이 쟁점토지에 생활형 숙박시설 건축을 금지한 처분은 청구법인이 통제 및 예측이 불가능한 외부적 장애 사유로 정당한 사유에 해당한다.

1) 청구법인은 쟁점토지 주택건설사업과 같이 주택과 생활형 숙박시설을 신축하는 쟁점토지 인근의 주택건설사업이 사업계획의 승인을 받아 쟁점토지 주택건설사업의 사업계획도 승인받을 것을 예상하였으나, 이에 반해 쟁점토지 주택건설사업은 금지 처분을 받았다.

2) 위 금지 처분에 대해 청구법인이 행정소송을 제기한 것은 쟁점토지 주택건설사업을 지속하고자 한 노력이며 사업계획을 승인받기 위한 행위를 게을리하지 않았다는 증거이다.

3) 사업계획 승인을 받지 못한 귀책에 있어 청구법인이 위 행정소송에서 패소한 것은 청구법인에 책임(귀책사유)이 있는 것을 의미하는 것이 아니며, 소송으로 인한 기간 경과는 청구법인의 의지가 아닌 사법절차에 따른 불가피한 시간 소요이다.

마. 처분청이 쟁점토지 주택건설사업의 목적을 주택 공급이 아닌 수익 극대화를 위한 생활형 숙박시설 공급으로 본 것은 부당하다.

1) 청구법인이 쟁점토지 주택건설사업에 생활형 숙박시설 신축을 포함한 것은 일반상업지역에 주거용 건물을 건축할 경우 일정 비율(50:50) 이상의 상업시설을 의무적으로 건축하도록 한 부산광역시 조례에 따른 것이다.

2) 위 조례를 준수하기 위해 미분양 위험이 높은 일반 상가 건물만을 건축하는 것은 사업성이 없으며 주거와 상업(숙박 포함) 기능이 결합된 복합건축물을 건축하는 것은 개발사업에 있어 수익성 확보를 위한 일반적 개발형태이다.

3) 쟁점토지 주택건설사업의 사업목적은 대규모 주택(132호) 공급이 주목적이고 생활형 숙박시설(160호) 건축은 부수적 목적이다.

바. 조세심판원은 종합부동산세의 추징 제외에 대한 명문 규정이 없다는 이유로 토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못한 경우 종합부동산세 추징이 정당하다고 일관되게 결정하였으나, 위 ‘나’에서 언급한 정당한 사유가 있는 경우 종합부동산세를 추징할 수 없다는 법원의 판례, 법률의 신설 등에 비추어 보면 이 건은 청구법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 것에 정당한 사유가 존재하는지를 판단하여 추징 여부를 결정하여야 할 것이며, 앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 정당한 사유가 존재한다.

사. 청구법인이 쟁점토지를 취득한 뒤 현재까지 단 한 차례도 쟁점토지를 타 용도로 사용하거나 방치한 사실이 없고, 오로지 주택건설 승인을 위해 막대한 비용을 지출하고 행정적 노력을 기울여 왔음에도 불구하고, 청구법인의 귀책사유가 아닌 행정청의 불승인과 행정소송으로 쟁점토지를 취득하고 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못한 것인데 사업계획을 승인받지 못했다는 이유만으로 종합부동산세를 추징하는 것은 징벌적 과세에 해당하며 조세정의에 부합하지 않는다.

3. 처분청 의견

가. 조세법 해석의 원칙, 쟁점토지 취득의 목적 등을 고려하면 청구법인이 제시한 법원 판례는 이 건에 적용될 수 없고, 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못하였다. 따라서 처분청이 청구법인에게 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세 총 1,014,796,160원을 부과한 처분은 정당하다.

나. 조세 감면은 엄격해석되어야 하고, 토지 취득 후 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 종합부동산세를 추징하지 아니한다는 명문 규정이 존재하지 않아 조세심판원은 이 경우 종합부동산세를 추징하는 것은 정당하다고 일관된 결정을 하고 있다.

1) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)이다.

2) 따라서 조세법률이 종합부동산세를 추징하지 않는 예외 사유를 규정하고 있지 않다면 청구법인이 주장하는 ‘정당한 사유’를 이유로 종합부동산세 추징을 면제할 이유가 없다고 할 것이고, 현행 법률은 종합부동산세 추징의 예외 사유를 규정하고 있지 않고, 조세심판원은 이를 근거로 추징의 예외를 일관적으로 인정하지 않고 있다(조세심판원 2015부5348, 2016.11.28. 등).

3) 법률은 토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못할 경우 종합부동산세가 추징된다고 명확히 규정하고 있으므로 청구법인은 사업계획, 토지 취득 여부와 관계없이 종합부동산세가 추징될 수 있음을 충분히 예측한 것으로 보인다. 즉 청구법인은 관련 법을 이행하며 사업을 진행을 진행하여 토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획을 승인받았어야 했다.

다. 청구법인이 제시한 판례에 따라 동 법인에 정당한 사유가 존재하였는지에 대해 살펴보더라도 청구법인은 주택 건축을 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보이지 않고, 서부교육지원청의 금지 처분과 이에 대한 청구법인의 행정소송 패소는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

1) 법원은 종합부동산세가 추징되지 않는 정당한 사유를 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유, 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유 등으로 판시하고 있고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하도록 판시하고 있다.

2) 서구청이 조건부 승인한 쟁점토지 주택건설사업의 사업내용을 보면, 주택의 세대수(132세대)보다 생활형 숙박시설의 호실수(160호)를 더 많이 공급하는 것이 확인되는 것으로 보아 청구법인은 주택 건축의 목적보다 생활형 숙박시설 건축을 통해 수익을 극대화할 목적으로 쟁점토지를 취득한 것으로 보인다. 이는 합산베제를 규정한「조세특례제한법」제104조의19 제1항에서 명시한 전제조건인 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지’에 부합하지 않는다.

3) 서부교육지원청의 금지 처분으로 사업계획을 승인받지 못한 것은 종합부동산세 추징 제외의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

  가)「교육환경 보호에 관한 법률」제9조는 학생들의 주요 활동공간인 학교 주변의 일정 지역을 최소한의 범위에서 교육환경보호구역으로 설정하여 쾌적한 학교환경을 조성함으로써 청소년들이 건전하고 조화로운 인격을 형성할 수 있게 하고, 교육환경보호구역 안에서 각 호에서 정한 행위 및 시설을 하지 못하게 함으로써 각종 유해환경으로부터 학생들을 차단ㆍ보호하여 학생들의 건전한 육성과 학교 교육의 능률화를 기하고자 하는 것(대법원 2019두52799, 2020. 4. 29.)이다.

  나) 생활형 숙박시설은 교육환경법에서 금지한 행위 및 시설에 해당하고 이에 따라 서부교육지원청은 금지 처분을 하였고, 법원은 이에 대한 청구법인의 행정소송에서 청구법인 패소 판결을 하였다. 따라서 법령에 근거한 금지 처분을 ‘청구법인이 통제 및 예측이 불가능한 외부적 장애 사유이고 이는 청구법인이 쟁점토지 취득 이후 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못한 정당한 사유에 해당한다.’라는 청구법인 주장은 이유가 없다.

  다) 주택 건설을 위한 사업계획 승인은 그 절차가 엄격하고 각 단계별 심의는 중요한 절차에 해당한다. 그 중 건축심의(서구청), 교통영향평가(부산지방경찰청), 교육환경영향평가(부산광역시 서부교육지원청) 등의 심의는 필수적 절차이다. 주택건설사업자라면 관련 법규를 충분히 반영하지 못한 사업계획이라면 동 심의 과정에서 승인을 받지 못할 수 있다는 것을 인지하고 있고 청구법인 또한 이를 인지하고 있었을 것이다.

      즉, 청구법인이 쟁점토지의 주택건설 사업계획에 관련 법규를 충분히 반영하여 각 단계별 심의를 통과하여 사업계획을 승인받았어야 할 사항에 대하여 그 심의를 통과하지 못한 것을 청구법인에 귀책사유가 없다는 청구법인 주장은 이유가 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   청구법인이 종합부동산세 과세표준에서 제외되는 주택건축용 토지를 취득하고 5년 이내에 사업계획을 승인받지 못한 것에 정당한 사유가 있으므로 동 토지를 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

○ 舊 조세특례제한법 제104조의19【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(법률 제11614호, 2013. 1. 1. 일부개정)

   ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(괄호 내용 생략) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

      1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

      2.「주택법」제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

      3.「도시 및 주거환경정비법」제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자

      4.「법인세법」제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인

   ② (생략)

   ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

○ 舊 조세특례제한법 제104조의19【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(법률 제17759호, 2020. 12. 29. 일부개정)

   ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(괄호 내용 생략) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

      1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

      2.「주택법」제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

      3.「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

      4. 제104조의3 1제1항에 따른 법인

   ② (생략)

   ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

○ 조세특례제한법 제104조의19【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(법률 제21223호, 2025. 12. 23. 일부개정)

   ①～② (생략, 법률 제17759호, 2020. 12. 29. 일부개정된 것과 같은 내용)

   ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 다만, 천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 발생하여 제1항에 따른 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의18【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(시행령 제36127호, 2026. 2. 27. 일부개정)

   ①～③ (생략)

   ④ 법 제104조의19 제3항 단서에서 "천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

      1. 천재지변 또는 그에 준하는 재해

      2.「주택법」에 따른 허가ㆍ인가의 지연 등 법령에 따른 제한

      3. 그 밖에 토지 취득 당시 예측할 수 없었던 사유로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받는 것이 곤란하다고 세무서장이 인정하는 사유

○ 주택법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

   2.～9. (생략)

   10. "사업주체"란 제15조에 따른 주택건설사업계획 또는 대지조성사업계획의 승인을 받아 그 사업을 시행하는 다음 각 목의 자를 말한다.

        가.～나. (생략)

        다. 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자 또는 대지조성사업자

        라. 그 밖에 이 법에 따라 주택건설사업 또는 대지조성사업을 시행하는 자

   11.～29. (생략)

○ 주택법 제4조【주택건설사업 등의 등록】

   ① 연간 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 국토교통부장관에게 등록하여야 한다. (단서 내용 생략)

   ② (생략)

○ 주택법 시행령 제14조【주택건설사업자 등의 범위 및 등록기준 등】

   ① 법 제4조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대수를 말한다.

      1. 단독주택의 경우 : 20호

      2. 공동주택의 경우 : 20세대. 다만, 도시형 생활주택(제10조 제2항 제1호의 경우를 포함한다)은 30세대로 한다.

   ②～④ (생략)

○ 주택법 제15조【사업계획의 승인】

   ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(괄호 내용 생략)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

      1. (생략)

      2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 미만인 경우 : 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수

   ②～⑥ (생략)

○ 도시 및 주거환경정비법 제4조【도시ㆍ주거환경정비기본계획의 수립】

   ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장은 관할 구역에 대하여 도시ㆍ주거환경정비기본계획(이하 "기본계획"이라 한다)을 10년 단위로 수립하여야 한다. 다만, 도지사가 대도시가 아닌 시로서 기본계획을 수립할 필요가 없다고 인정하는 시에 대하여는 기본계획을 수립하지 아니할 수 있다.

   ② (생략)

○ 도시 및 주거환경정비법 제8조【정비구역의 지정】

   ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수(광역시의 군수는 제외하며, 이하 "정비구역의 지정권자"라 한다)는 기본계획에 적합한 범위에서 노후ㆍ불량건축물이 밀집하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 구역에 대하여 제16조에 따라 정비계획을 결정하여 정비구역을 지정(변경지정을 포함한다)할 수 있다.

   ②～⑤ (생략)

○ 법인세법 제51조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】

   ① (생략)

      1.～8. (생략)

      9.「벤처투자 촉진에 관한 법률」제51조의2에 따른 벤처투자조합의 투자목적회사

   ②～⑥ (생략)

○ 舊 조세특례제한법 제104조의3【자본확충목적회사에 대한 과세특례】(법률 제17759호, 2020. 12. 29. 일부개정)

   ① 대통령령으로 정하는 금융기관의 자본확충 지원을 위하여 설립된 법인으로서 재정경제부장관이 지정한 법인(이하 이 조에서 "자본확충목적회사"라 한다)이 대통령령으로 정하는 방식으로 자금을 조달ㆍ투자함으로써 발생하는 손실을 보전하기 위하여 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 손실보전준비금을 손금으로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 다음 각 호에 따라 산정된 금액 중 적은 금액의 범위에서 해당 금액을 손금에 산입한다.

      1.～2. (생략)

   ②～⑤ (생략)

○ 교육환경 보호에 관한 법률 제9조【교육환경보호구역에서의 금지행위 등】

   누구든지 학생의 보건ㆍ위생, 안전, 학습과 교육환경 보호를 위하여 교육환경보호구역에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위 및 시설을 하여서는 아니 된다. 다만, 상대보호구역에서는 제14호부터 제27호까지 및 제29호부터 제32호까지에 규정된 행위 및 시설 중 교육감이나 교육감이 위임한 자가 지역위원회의 심의를 거쳐 학습과 교육환경에 나쁜 영향을 주지 아니한다고 인정하는 행위 및 시설은 제외한다.

   1.～26. (생략)

   27.「공중위생관리법」제2조 제1항 제2호에 따른 숙박업 및「관광진흥법」제3조 제1항 제2호에 따른 관광숙박업(「국제회의산업 육성에 관한 법률」제32조 제3호에 따른 국제회의시설에 부속된 숙박시설과 규모, 용도, 기간 및 학습과 학교보건위생에 대한 영향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 숙박업 또는 관광숙박업은 제외한다)

   28.～32. (생략)

다. 사실관계

1) 국세통합전산망에 의하면 청구법인은 2003. 4. 1. 개업일 이후부터 주택건설업을 영위한 것이 확인되며 동 법인의 사업이력은 아래 <표3>과 같다.

 2) 국세통합전산망에 의하면 처분청이 청구법인의 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세를 결정ㆍ경정한 내용에 대해 살펴본다.

  가) 청구법인은 쟁점토지 중에서 암남동A 및 같은 동 B에 소재한 토지를 2019. 12. 5., 암남동C에 소재한 토지를 2021. 9. 28. 등에 종합부동산세 합산배제를 신청한 것이 확인된다.

  나) 처분청은 청구인의 합산배제 신청에 따라 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준에서 제외하여 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세 총 ***원 그 부가세인 농어촌특별세 총 ***원 등 총 ***원을 결정 고지한 것이 확인된다.

  다) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 5년 이내에 주택건설 사업계획을 승인받지 못한 것으로 보아 2026. 1. 16. 청구법인에게 2021. 6. 1.～2024. 6. 1. 과세기준일 종합부동산세 총 ***원 그 부가세인 농어촌특별세 총 ***원 등 총 ***원을 경정 고지한 것이 확인된다.

  라) 위 ‘나)와 다)’의 종합부동산세 결정ㆍ경정 내용은 아래 <표4>와 같다.

3) 등기사항증명서에 의하면 쟁점토지의 취득일은 2018. 3. 29. 및 2020. 1. 20.로 확인되고, 동 취득일로부터 5년이 지난 현재까지 쟁점토지 주택건설사업에 대한 사업계획을 승인받지 못한 것으로 확인되며 그 내용은 아래 <표5>와 같다.

4) 청구법인은 입증자료와 함께 쟁점토지 주택건설사업의 주요 업무 진행이력을 제출하였고 그 내용은 아래 <표6>과 같다.

5) 청구법인이 제출한 입증자료에 대해 살펴본다.

  가) 청구법인은 쟁점토지를 타 용도로 전용하지 않고 주택건설사업을 성실히 진행하였음을 입증하기 위해 공사준비와 관련한 철거ㆍ해체공사 계약서, 건축물 설계 계약서, 도시관리계획서(지구단위) 심의 신청서, 동 신청에 대한 서구청의 반려ㆍ부결ㆍ보완ㆍ조건부승인 공문, 동 공문에 대한 청구법인의 대응 입증자료 등을 제출하였다.

   (1) 철거ㆍ해체공사 계약서

       청구법인은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 ㈜청우이엔지와 2018. 4. 11. 체결한 석면해체제거공사 도급계약서, 2018. 6. 5. 체결한 가설울타리 설치ㆍ해제 용역계약서, 2018. 3. 30. 체결한 건축물 철거공사 도급계약서 등을 제출하였고 그 내용은 아래 <표7>과 같다.

   (2) 도시관리계획 변경 결정 제안 및 반려

     서구청장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 청구법인의 ‘송도해수욕장 주변 도시관리계획(지구단위계획) 변경 결정 제안’을 주거ㆍ상업시설 비율 조정 타당성 결여, 한진매립지 일원에 대한 旣결정 상위 개발계획과 부합성 및 연계성 부족 등을 이유로 2018. 11. 30. 반려한 것이 확인되며 그 내용은 아래 <표8>과 같다.

   (2) 건축물 설계 계약 및 건축심의위원회 심의 신청

     청구법인은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 대영설계건축사사무소와 2020. 4. 체결한 건축물설계계약서, 작성일자가 기재되지 않은 건축위원회 (재)심의 신청서, ㈜일신설계종합건축사사무소와 2020. 9. 14. 체결한 건축물설계계약서 등을 제출하였고 그 내용은 아래 <표9>와 같다.

   (3) 쟁점토지 합병 문의 및 회신

     부산광역시장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 청구법인의 쟁점토지 합병에 대한 문의에 2020. 10. 26. 회신하였고 그 내용은 아래 <표10>과 같다.

   (4) 소방심의

     부산광역시장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련한 ㈜이정이앤씨의 소방심의에 대해 2021. 3. 25. 그 결과를 통보였고(청구법인은 동 통보 공문의 첨부서류인 검토의견서는 제출하지 않았다.) 그 내용은 아래 <표11>과 같다.

   (5) 건축심의위원회 부결

     부산광역시장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 청구법인이 2021. 5. 31. 건축위원회에 한 심의신청을 2021. 6. 16. 생활숙박시설이 조례에서 정한 거리 밖에 있는 경우에만 건축이 가능(이격거리)하므로 청구법인의 심의신청을 부결함을 회신하였고 그 내용은 아래 <표12>와 같다.

   (6) 쟁점토지 합병에 대한 질의 및 회신

     부산광역시장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 청구법인이 2021. 8. 25. 질의한 쟁점토지 합병에 대해 2021. 10. 20. 건축심의위원회 등을 통해 시행할 사항이라고 회신하였고 그 내용은 아래 <표12>와 같다.

   (7) 보완 요구 및 도로구역 변경 신청

     서구청장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 청구법인이 2022. 7. 26. 건축위원회에 한 심의신청에 대해 2022. 8. 12. 도시계획시설이 결정된 부지(암남동 123-52 및 123-53) 내의 건축물 건축 공작물 설치가 허가되지 않음을 이유로 도시계획시설(교통광장) 변경 등 해소를 보완 요구하였고, 이에 청구법인은 2022. 9. 도로구역 변경을 신청하였으며 그 내용은 아래 <표13>과 같다.

   (9) 추가 보완 요구

     서구청장은 쟁점토지 주택건설사업과 관련하여 2023. 1. 9. 진출입도로의 보완을 요청하였고 그 내용은 아래 <표14>와 같다.

   (10) 조건부 승인 공문

     부산광역시장은 2023. 2. 14. 청구법인의 쟁점토지 주택건설사업을 조건부 승인한 것, 청구법인은 이에 대해 2023. 3. 27. 보완서 및 최종보고서를 제출한 것 등이 확인되고 그 내용은 아래 <표14>와 같다.

6) 서부교육지원청은 2023. 5. 15. 쟁점토지의 주택건설사업에 대해 생활형 숙박시설의 건설로 교육환경권이 침해될 우려가 있음을 이유로 금지 처분, 2023. 10. 13. 청구법인의 행정심판 청구에 대한 기각 결정 등을 한 것이 확인되며 그 내용은 아래 <표15>와 같다.

7) 청구법인의 위 ‘6)’과 같이 행정심판 청구가 기각되자 부산지방법원에 ‘교육환경보호구역 내 해당 행위 및 시설 금지 처분 취소청구의 소’를 제기하였으나 동 법원은 2024. 12. 5. 이를 기각(청구법인 패소) 판결하였고 그 내용은 아래 <표16>과 같다..

8) 청구법인은 행정소송에서 청구법인이 패소한 이후에도 쟁점토지의 주택건설사업을 재조정 및 원점 검토를 하는 등 동 사업진행을 여전히 성실히 수행하고 있다고 주장하면서 건축사무소로부터 받은 메일 내역을 제출하였고 그 내용은 아래 <표17>과 같다.

 9) 국세통합전산망에 의하면, 주택건설사업자가 주택 건설을 위하여 취득한 토지에 대한 종합부동산세 과세표준 합산배제와 관련한 법령의 연혁에 대해 살펴보면, 정당한 사유가 있는 경우 종합부동산세를 추징하지 않는다는 명문 규정이 2025. 12. 23. 신설되기 이전부터 법원은 정당한 사유가 있는 경우 종합부동산세를 추징할 수 없다고 판시하여 온 것이 확인되고, 심리담당자가 확인한 가장 빠른 동 판결 내용의 판결문은 2018. 5. 18. 선고된 부산고등법원 2017누23384 사건의 판결문이다.

라. 판단

   청구법인은 쟁점토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 동 토지 주택건설사업에 대한 사업계획을 승인받지 못한 것에 정당한 사유가 있으므로 종합부동산세를 추징하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

   먼저 이 건에 적용되는 법령과 해석을 살펴보면, 舊「조세특례제한법」제104조의19 제1항은 ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(괄호 내용 생략) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.’라고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제3항은 ‘주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.’라고 규정하고 있으며, 추징의 예외에 대하여 규정하고 있지 아니하고 있다[추징의 예외를 규정한 법률 제21223호는 이 사건 성립일 이후 신설(2025. 12. 31. 일부개정)된 법률로 이 사건에 적용되지 않는다.].

   한편 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)이다.

   이 건의 경우, 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 5년이 지난 현재까지 동 토지 개발사업에 대한 사업계획을 승인받지 못한 것이 확인된다. 따라서 처분청이, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 토지에 대해 그 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 종합부동산세 및 이자상당액을 추징하도록 규정한 舊「조세특례제한법」제104조의19 제3항에 따라 청구법인에 종합부동산세(이자상당액 포함)와 그 부가세인 농어촌특별세를 부과한 처분은 관련 법령을 명백히 위반하였다거나 해석의 범위를 현저히 일탈한 부당한 처분으로 보기 어렵다고 판단된다.

   나아가 이 건의 경우 종합부동산세 추징의 예외를 규정한 신법을 적용받지 않으나 청구법인에 종합부동산세 추징의 면제에 정당한 사유가 있는지를 살펴보면, 법원은 ‘면제된 세금을 추징할 수 없는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유, 사업자가 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유, 감면 규정을 둔 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.‘라고 판시한 바가 있다.

   이 건의 경우 청구법인은 쟁점토지가「교육환경 보호에 관한 법률」에서 규정한 금지행위ㆍ시설이 적용될 수 있는 상대보호구역에 해당함을 인지하고 있었음에도 불구하고 동 법에서 원칙적으로 금지행위ㆍ시설로 규정한 숙박시설 건축을 사업계획에 포함한바, 교육환경영향평가원회의 심의 결과에 따라 동 시설 건축의 허가를 받지 못할 가능성을 충분히 예측할 수 있었다고 보는 것이 합리적인 점, 쟁점토지 개발사업과 관련된 각 행정관청들의 제 결정과 행정심판, 행정소송 진행 경과 및 그 판단 내용을 볼 때 위법한 처분 등 행정관청에 귀책사유가 있다고 보이지 않는 점, 주택건설용 토지에 대해 종합부동산세를 면제하도록 규정한 舊「조세특례제한법」의 입법취지는 ’주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가격 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되(2016.. 9. 8. 선고 대법원 2016두37867 판결 등 참조), 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하려는 것이나, 청구법인의 쟁점토지 개발사업은 주택 외 숙박시설의 비중이 상당하여 주택공급을 온전한 목적으로 한 것으로 보기에 무리가 있는 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 5년 이내에 사업계획의 허가를 받지 못한 것에 사실상의 장애 발생, 천재지변ㆍ재해의 발생, 취득 당시 예측할 수 없는 사유의 존재 등 기타 정당한 사유로 볼 사정이 확인되지 않아 이 건에 청구법인이 제시한 판례를 적용하기 어려운 것으로 보이는 점 등을 종합하면 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 것에 정당한 사유가 있다는 청구주장은 이유가 없다고 판단된다.

   따라서 처분청이 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준에 합산하여 청구법인에 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.