이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ｢첨단의료복합단지 육성에 관한 특별법｣에 따라, 정부 및 지방자치단체와 민간이 공동 출연하여 대구시 동구 A에서 2010. 12. 14. 설립된 비영리법인이다.

나. 2020년 제1기∼2024년 제2기 과세기간(이하 ‘쟁점기간’이라 한다) 동안 보건복지부 및 대구광역시는 청구법인에게 국고보조금 130,148,000,000원(이하 ‘쟁점보조금’이라 한다)을 교부하는 한편, 청구법인은 쟁점기간에 취득한 의료장비 매입세액 1,563,570,163원(이하 ‘쟁점매입세액’이라 한다)을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 쟁점기간 부가가치세 신고를 마쳤다.

다. 청구법인은 쟁점매입세액이 과·면세사업의 공통매입세액에 해당하므로 공통매입세액 안분 계산에 따라 쟁점매입세액 1,563,570,163원 중 공제받을 매입세액을 1,434,899,200원으로 보아 이를 환급해달라 취지로 2025. 6. 20. 동대구세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)에게 쟁점기간에 대한 부가가치세를 경정청구 하였다.

라. 처분청은 위의 경정청구 내용을 검토한 결과, 청구법인이 한 공통매입세액 안분 계산에는 쟁점보조금이 면세공급가액 등에 포함되지 않았으므로 이를 재계산하여 청구세액 1,434,899,200원 중 451,386,870원을 환급세액으로 하여 청구법인의 경정청구에 대해 부분인용한다는 통지(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026. 2. 24. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구 주장

공통매입세액과 관련 없는 국고보조금은 공통매입세액 안분 계산의 면세공급가액에 포함하지 않아야 하므로 이 사건 거부처분은 부당하다.

가. 청구법인이 정부 및 지방자치단체로부터 교부받은 보조금 및 출연금은 전부 인건비 및 운영비로만 사용가능하다.

청구법인이 쟁점기간 중 취득한 의료장비(이하 ‘쟁점장비’라 한다)는 쟁점보조금과 관련 없이 전부 자체 재원으로 취득하였는데, 쟁점장비는 청구법인이 외부(기업, 대학, 의료기관, 연구기관)로부터 의약품, 의료기기, 그 밖에 의료연구개발에 필요한 실험 분석 및 임가공 수탁, 시험 검사 등을 의뢰받아 쟁점장비를 활용하여 업무를 수행하고 세금계산서를 발급하고 있는 사용료 수익 부문에 대부분 사용하고 있다.

나. 쟁점매입 세액은 과세사업, 면세사업 및 비과세사업의 공급가액이 명확히 산정되므로 해당 공급가액 비율로 안분된 과세사업 관련 매입세액이 공제되어야 한다.

2020년∼2024년 전체 과세기간 동안 쟁점장비에 대한 사용료수입(공급가액)은 과세사업에 약 91.8%, 면세사업에 약 2.8%, 자체비과세사업에 약 5.4%의 비율로 구성된다.

[2020~2024년 과세기간 쟁점장비 사용료(공급가액) 수입 현황]

(표 생략)

다. 청구법인의 여러 사업 중 장비활용(쟁점장비)부문 공통매입세액은 관련 장비활용 수입의 구분(과세, 면세사업 등)에 따라 공급가액 비율로 안분하여야 한다.

 공통매입세액의 안분산식(공통매입세액×면세공급가액/총공급가액)에서 총공급가액 및 면세공급가액은 ‘공통매입세액과 관련된 당해 과세기간의 총공급가액과 면세공급가액’을 말하는 것으로 ① 수종의 사업을 겸영하는 경우에는 공통매입세액만에 관련된 사업부문만을 구분하여 해당 사업부분의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 의하여야 하고 ② 공통매입세액에 관련된 총공급가액 및 면세공급가액에 해당하여야 하므로 공통매입세액과 관련이 없는 공급가액은 총공급가액 및 면세공급가액에 포함되지 않는 것으로 해석하여야 한다.

라. ｢부가가치세법｣ 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】제1항에서 총공급가액에 대한 면세공급가액 괄호조항¹⁾ (이하 ‘쟁점규정’이라 한다)은 2018. 2. 13. 개정되었는데,

 그 면세공급가액에 포함되는 국고보조금 등의 범위는 ① 공통매입세액 관련 부문의 과세공급가액, 면세공급가액, 비과세공급가액 중 어느 하나라도 공급가액이 없는 경우에 적용되고, ② 부가가치세 비과세사업(자체 사용)에 해당하는 용역의 공급에 따른 국고보조금이어야 하고(서울고등법원 2014. 7. 2. 선고 2013누32801 판결 참조), ③ 공통매입세액과 관련된 보조금에 해당되어야 한다.

마. 결어

 처분청이 위 법령의 괄호조항을 잘못 해석하여, 운영비와 인건비에 한정·사용하도록 지급 받는 국고보조금 및 출연금을 공통매입세액과 관련 없는 면세공급가액에 포함하여 쟁점장비 매입세액의 안분산식에 적용한 이 사건 거부처분은 부당하다.

바. 청구법인은 처분청의 의견서 열람 후 다음과 같이 항변한다.

 1) 공통매입세액 안분의 의미

 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액의 합계액이므로 공통매입세액과 관련 없는 매출은 면세매출액이나 총공급가액에 포함되어서는 아니된다.

 기관 전체 인건비 및 운영비에 한정하여 사용된 국고보조금 지출 관련 매입세액을 공통매입세액으로 하여 공통매입세액 안분기준을 적용하는 경우에는 기관 전체 과세공급가액과 기관 전체 면세공급 가액 비율로 안분 할 때 국고보조금을 면세공급가액에 포함시킬 수는 있으나, 특정 사업부문에 관련된 공통매입세액을 안분 할 때는 공통매입세액에 국고보조금이 포함되지 아니한 경우에는 면세공급가액에 포함되어서는 아니된다. 청구법인의 경우 국고보조금 사용으로 인한 매입세액은 이미 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다.

 2) ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 괄호조항(쟁점규정)의 의미

 쟁점규정의 개정 취지는 공통매입세액을 안분할 때 과세 공급가액, 면세 공급가액 및 비과세 공급가액이 모두 존재해야만 공급가액 비율로 안분할 수 있으나, 이 중 어느 하나의 공급가액이 존재하지 아니하는 경우에는 제1항이 아닌 제4항을 적용하여야 하고, 비과세사업의 경우 재화 또는 용역의 공급대가를 직접적 수혜자가 아닌 정부로부터 국고보조금을 지급받으므로 이를 공급대가로 볼 수 없으나 공통매입세액 안분산식을 적용하는 경우에만 비과세사업 공급부문에 투입된 국고보조금을 비과세사업 공급가액으로 의제하여 공급가액 비율로 안분하도록 한 것이다(대전지방법원 2025. 8. 13. 선고 2024구합201597 판결 참조).

 3) 처분청 인용 사례의 문제점

 처분청이 인용한 사례(대전지방법원 2025. 8. 13. 선고 2024구합201597 판결, 인천지방법원 2023. 10. 5. 선고 2022구합52342 판결, 조심 2023전9937 2023. 12. 26.)는 모두 공통매입세액 안분시 해당 공통매입세액에 국고보조금이 전부 또는 일부 포함되어 집행된 공통매입세액 안분 사례이나, 청구법인처럼 공통매입세액에 국고보조금이 전혀 포함되지 아니한 경우에는 해당되지 않는다.

3. 처분청 의견

가. 공통매입세액 관련 부문의 과세공급가액, 면세공급가액, 비과세공급가액 중 어느 하나라도 공급가액이 없는 경우에 쟁점규정이 적용된다는 청구 주장에 대한 반박 의견

쟁점규정은 대법원 판결(2016. 3. 24. 선고 2013두19875) 이후 판례의 취지를 고려하여 괄호규정(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다)이 개정(2018. 2. 13. 이후 적용)되었고, 쟁점규정의 개정 취지는 면세사업등에 해당하는 재화나 용역의 공급에 관하여는 그 대가나 시가가 없이 국고보조금 등으로 공급이 이루어져 공급가액이 존재하지 않는 경우가 대부분이므로 공통매입세액의 안분에 있어서는 면세사업등의 공급가액에 가장 근접하다고 보이는 국고보조금 등을 면세사업 등의 공급가액으로 취급하고자 하는 데에 있다.

또한, 국고보조금이나 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액은 사실상 공급으로 인한 비용이나 손실을 보전하기 위해 지급된 것인데도 쟁점규정이 개정되기 이전에는 국고보조금 등과 상당액을 사실상 과세사업에 포함시켜 매입세액공제를 해주는 것과 다름없는 결과가 되었고, 사업자의 전체 수입에서 국고보조금 등이 차지하는 비율이 높을수록 공통매입세액 중 매입세액공제액의 비율이 커지는 부당한 결과를 초래하였다(대전지방법원 2025. 8. 14. 선고 2024구합201597 판결 참조).

청구법인은 국고보조금 등의 공통매입세액 안분 계산 시 공통매입세액 관련 부문의 과세공급가액, 면세공급가액, 비과세공급가액 중 어느 하나라도 공급가액이 없는 경우에 적용되므로 비과세사업 부분의 공급가액이 존재하는 경우에는 보조금 등을 면세공급가액에 포함시킬 필요가 없다고 주장하나, 쟁점규정은 국고보조금 등과 같은 금액이 면세사업등의 거래상대방으로부터 직접 지급받는 대가가 아니라 하더라도 면세공급가액에 포함할 수 있도록 개정한 것이므로 비과세 공급가액이 존재한다고 해서 국고보조금 등을 면세공급가액에 포함하지 않을 이유가 없다.

또한, 인천지방법원 판결(2023. 10. 5. 선고 2022구합52342)에서도 정부출연금이 정부출연 사업의 업무를 담당하는 직원들의 인건비와 경상비(공통비)로 지출되고, 원고의 사업이 그 자체로는 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있음에 따라 이를 보전하기 위하여 정부가 사업 수행에 따른 수입과 지출의 차액을 지급하는 금전인 점으로 미루어 보아 사실상 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 대체할 수 있다고 판시하였다.

나. 부가가치세 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 따른 국고보조금이어야 면세공급가액에 포함된다는 청구 주장에 대한 반박 의견

청구법인은 서울고등법원 판결(2014. 7. 2. 선고 2013누32801)을 인용하여 국고보조금이 면세공급가액에 포함되기 위해서는 법령, 규정에 의하여 특정 용역의 공급과 무관하게 지급되는 보조금 등(기관 전체의 운영 전반을 보조하기 위한 금액)이 아니라 부가가치세 비과세 사업에 해당하는 용역의 공급에 따른 국고보조금이어야 하여야 한다고 주장하나, 이 판례는 수령한 출연금이 재화 및 용역의 공급과 직접 관련되어 과세표준에 포함할 수 있는 국고보조금인지를 다투는 사건이며 공통매입세액 안분 계산 시 국고보조금이 포함되는지를 다투는 이 사건 쟁점과는 무관한 판례이다.

다. 인건비 및 운영비 등으로 사용이 제한된 국고보조금은 면세공급가액 등에 포함되어서는 안된다는 청구 주장에 대한 반박 의견

 청구법인은 쟁점보조금은 쟁점장비 취득과 관련이 없으므로 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액 등에 포함되지 않아야 한다고 주장하나,

쟁점보조금이 인건비 등에 사용 제한이 있다 하더라도 국고보조금 자체가 비영리법인이 고유목적 사업에서 발생하는 수입의 부족을 충당하기 위해 수령한 것으로 볼 수 있고, 인건비 및 운영비 등은 별개의 사업 부분에서 발생한 것이 아니라 쟁점장비를 활용하여 의료연구개발, 연구성과의 상품화 촉진 등 본래의 업무 수행 과정에서 발생하므로 면세사업 등과 관련되어 수령한 것으로 볼 수 있다.

청구법인은 민간 영리법인이 아니라 당초 첨단의료복합단지 육성이라는 공익 목적 사업을 수행하기 위해 설립된 비영리법인이며, 쟁점보조금은 청구법인의 본래의 업무수행에 필요한 경비로 보조되는 금원으로서 인건비를 비롯한 업무 관련 각종 시설 유지비 등으로 지출되는 바, 당초 청구법인의 자체 수입으로 운영비 등을 충당할 수 있었다면 국고보조금 등이 필요하지 않았고, 면세사업 등의 비용 및 손실을 국고보조금 등으로 보전하는 경우 그 금원은 공통매입세액 안분 계산식의 면세공급가액 등으로 포함해야 한다. 따라서 쟁점보조금 사용에 제한이 있다고 하더라도 면세사업 등 달성에 사용되는 금원이므로 공통매입세액과 관계없는 보조금으로 볼 수 없다.

라. 결론

쟁점규정에 따라 쟁점보조금을 공통매입세액 안분 계산 시 면세공급가액 등에 포함하는 것이 타당하므로 이 사건 거부처분은 정당하다.

마. 처분청은 청구법인의 항변서 열람 후 다음과 같이 의견서를 제출한다.

 1) 공통매입세액 안분의 의미

청구법인은 쟁점 보조금은 기관 전체 인건비 및 운영비에 한정하여 사용되었으며, 특정 사업부문에 관련된 공통매입세액을 안분할 때 공통매입세액에 국고보조금이 포함되지 아니한 경우에는 면세공급가액에 포함되어서는 안 된다고 주장하나,

 청구법인은 ｢첨단의료복합단지 육성에 관한 특별법｣에 의하여 설립된 비영리 재단법인으로서 첨단의료복합단지 활성화 및 세계적인 의료연구개발 중심지로 육성을 위해 고유목적사업 수행을 하고 이를 위해 각 부서와 조직을 운영하고 있는데, 연구개발, 신약개발 및 각종 업무지원과 의약품 생산 등을 위해서는 필수적으로 의료 장비(쟁점장비)가 사용되고 쟁점장비는 핵심기능을 수행하기 위한 필수장비 외에도 장비의 교체·증축 관련 확충도 필요하며, 유휴시설 방지, 장비 활용 극대화 도모를 위해 외부로부터 실험분석, 시험검사 등을 의뢰받아 과세사업에 사용되고, 정부 및 민간수탁 연구수행의 면세사업에도 사용되는 공통활용장비(공통매입세액)에 해당된다.

 경정청구서에도 쟁점장비는 장비의 수가 많고 장비별 사용시간을 측정하여 산정하는 것이 불가능하여 장비별로 과세사업 전용, 자체사용 전용, 공통 사용장비를 구분할 수 없어 공통매입세액에 해당한다고 적시하였다.

 쟁점보조금은 고유목적사업을 수행하기 위해 지급받은 것으로서 청구법인의 면세사업 등과 관련된 보조금으로 보아야 한다. 대법원 판결 이후 2018. 2. 13. 개정된 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항(쟁점조항)은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액을 계산하는 계산식을 개정전 부가가치세법 시행령과 동일하게 규정하면서, 다만 ‘면세공급가액’에 관하여 위 대법원 판례의 취지를 고려해서 ‘면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다고’ 개정하였다.

“국고보조금이나 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액은 사실상 공급으로 인한 비용이나 손실을 보전하기 위하여 지급된 것인데도 쟁점조항과 같이 개정되기 이전에는 국고보조금 등과 같은 금액을 개정전 ｢부가가치세법 시행령｣ 제 81조 제1항의 ‘면세공급가액’에 포함되는 것으로 볼 수 없어 국고보조금 등 상당액을 사실상 과세사업에 포함시켜 매입세액공제를 해주는 것과 크게 다름없는 결과가 되었고, 위와 같은 불합리를 시정하기 위하여 비록 국고보조금 등과 같은 금액이 면세사업 등의 거래상대방으로부터 직접 지급받는 대가는 아니라 하더라도 면세공급가액에 포함할 수 있도록 쟁점조항에서 면세공급가액에 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 ｢부가가치세법｣ 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’을 포함하는 것으로 개정한 것으로 보인다”고 해석하였다(대전지방법원 2024구합201597 참조).

 위 판례와 부가세법 시행령 제81조 제1항의 개정 취지등 을 종합하면, 청구법인의 쟁점보조금은 재화용역 공급 그 자체에 대한 반대급부로서 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부받은 시설·운영자금으로서 ｢부가가치세법｣ 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액에 해당하며, 부가세법 시행령 제81조 제1항에 따라 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액의 범위에 포함되는 것이다.

 2) ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 괄호조항(쟁점규정)의 의미

청구법인은 공통매입세액에 국고보조금이 전부 또는 일부 투입 지출된 경우에 공통매입세액에 관련된 공급가액이 모두 존재하는 경우에는 면세공급가액에 국고보조금을 포함하지 않고 안분계산한다고 주장하지만,

 쟁점규정의 단서가 개정되면서 공통매입세액 안분비율의 계산에 사용되는 ‘면세공급가액’의 범위에 대하여 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 ｢부가가치세법｣ 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다’라고 변경되어, 이에 따라 청구 주장처럼 달리 해석할 이유가 없으며 공통매입세액 안분 계산식에 있어서는 쟁점보조금을 면세공급가액과 총공급가액에 당연 포함하여 계산한 것은 적법하다.

 3) 처분청 인용 사례의 문제점이라는 청구법인의 주장에 대한 의견

청구법인은 처분청에서 인용한 사례가 해당 공통매입세액에 국고보조금이 포함(일부 또는 전부)되어 집행된 것이여서 공통매입세액에 국고보조금이 포함되지 않은 청구법인의 경우에는 해당되지 않음을 주장하나, 인용한 사례 모두 국고보조금이 면세공급가액에 포함된다는 것이 정당하다는 내용으로서 그 주요 내용은 다음과 같다.

[처분청 인용 사례 주요 내용]

(표 생략)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 국조보조금 등이 공통매입세액 안분 계산에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

 1) 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 2) 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

   4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

  ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업등에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

 3) 부가가치세 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 4) 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 5) 부가가치세법 시행규칙 제54조【공통매입세액의 안분계산】

  ② 영 제81조제1항및제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

다. 사실관계

청구법인과 처분청이 제출한 심리자료, 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

 1) 청구법인과 처분청 간에 인정되는 사실은 다음과 같다.

  가) 청구법인이 2020년 제1기∼2024년 제2기 과세기간(쟁점기간)에 취득한 의료장비(쟁점장비) 매입세액 1,563,570,163원(쟁점매입세액)이 공통매입세액에 해당한다는 사실에는 이견이 없다.

  나) 청구법인이 쟁점기간 쟁점장비부문 사용료 수입과 관련하여 과세 공급가액, 면세 공급가액, 비과세 공급가액(용역의 자가공급)이 다음과 같이 구분된다는 사실에는 이견이 없다.

[2020~2024년 공통매입세액 및 과세, 면세(쟁점보조금 제외) 공급가액 구분 현황]

(표 생략)

 다) 청구법인은 쟁점기간 동안 보건복지부(국비) 및 D광역시로 국고보조금 및 출연금 합계 130,148,000,000원을 수령하였다.

2) 청구법인 정관의 주요 내용은 다음과 같다.

(표 생략)

3) 쟁점규정의 개정 연혁에 따르면, 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 공통매입세액에 관한 ｢부가가치세법｣ 시행령 제81조 제1항의 단서가 개정되었는 데, 그 개정 전·후의 내용은 다음과 같다(관련 법령 참조).

가) 부가가치세법 시행령 제81조 제1항【공통매입세액 안분 계산】

 나) 국세청이 발간한 ｢개정세법 해설(2018년)｣에는 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정된 쟁점규정의 개정취지 및 내용이 다음과 같이 기재되어 있다.

4) 쟁점기간 공통매입세액 1,563,570,164원에 대한 안분 계산과 관련하여 청구법인은 국고보조금 130,148,000,000원을 총공급가액 및 면세공급가액 등에 제외하여 공제받을 매입세액을 1,434,899,200원(청구세액)으로 경정청구하였으나, 처분청은 국고보조금을 면세공급가액 등에 포함한 안분 계산으로 공제받을 매입세액을 451,386,870원을 환급한다는 부분인용 결정을 하였다(이 사건 거부처분, 거부처분 세액 983,512,330원).

[(처분청) 2020~2024년 과세기간 공통매입세액 안분 계산 주요 내용]

(표 생략)

라. 판단

 가. ｢부가가치세법｣ 제40조는 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(공통매입세액 안분기준)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산하고, 같은 법 시행령 제81조 제1항의 단서조항은 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다)의 비율에 따라 안분하여 계산하도록 2018. 2. 13. 개정되었다.

 나. 한편, 법원은 면세사업등에 해당하는 재화나 용역의 공급에 관하여는 그 대가나 시가가 없이 국고보조금 등으로 공급이 이루어져 공급가액이 존재하지 않는 경우가 대부분이므로, 부득이 면세사업등의 공급가액에 가장 근접하다고 보이는 국고보조금 등을 면세사업등의 공급가액으로 취급하고자 하는 데에 그 개정 취지가 있고(대전지방법원 2024. 8. 14. 선고 2022구합104616 판결 참조), 비록 국고보조금 등과 같은 금액이 면세사업등의 거래상대방으로부터 직접 지급받는 대가는 아니라 하더라도 면세공급가액에 포함할 수 있도록 쟁점 조항에서 면세공급가액에 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’을 포함하는 것으로 개정한 것으로 보인다고 판시하였다(대전지방법원 2025. 8. 13. 선고 2024구합201597 판결 참조).

 다. 청구법인은, 쟁점보조금이 의료장비 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금으로서 부가가치세법 시행령 제81조의 공통매입세액 안분계산식에서 제외되어야 한다고 주장하나,

 위 법리 및 관련 규정, 앞서 본 사실관계에 비추어 살펴보면, 국고보조금 등이 용역의 공급 그 자체에 대한 직접적인 대가는 아니여서 비록「부가가치세법」제29조의 과세표준에는 포함되지 아니하더라도, 그것이 면세사업등(국고보조금 등은 면세사업등에 대한 대가로 직접 지급받은 것이 아니라고 하더라도 정부가 면세사업등이 그 자체로 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있음에 따라 이를 보전하여 그 수행을 원활하게 하고자 지급하는 것으로서, 결국 공익목적으로 수행되는 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 사실상 대체한다고 볼 수 있음)과 관련하여 국가 등으로부터 받은 것이라면 공통매입세액 안분계산을 위한 “면세공급가액”에 포함된다고 해석된다.

쟁점보조금은 국가의 정책적인 목적에 따라 C단지를 육성하고 국내 의료산업을 발전시키고자 하는 목적으로 청구법인의 유지 및 운영에 지원하는 보조금으로, 이는 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이므로 비록「부가가치세법」제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다고 하더라도 위 개정 규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다.

따라서, 쟁점보조금은 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정된 「부가가치세법 시행령」제81조 제1항 단서에서 규정한 면세공급가액에 포함된다고 할 것이므로, 쟁점보상금을 공통매입세액 안분계산 산식의 면세공급가액에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5.결론

 이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문(기각)과 같이 결정한다.