이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 사실관계

 1) 청구법인은 2019.6.24. 설립되어 경기도 평택시 A 소재에서 컴퓨터 제조업을 현재까지 영위하고 있는 법인으로,

 2) 2025.1.1.부터 2025.6.30.까지 기간 동안 ㈜F(이하 “쟁점매입처1”이라 한다) 및 ㈜I(이하 “쟁점매입처2”라 하고, 쟁점매입처1과 함께 “쟁점매입처”라 한다)로부터 세금계산서 145매, 9,537,724,170원(이하 “쟁점매입세금계산서” 또는 “쟁점거래”라 한다)을 수취하였고,

  2025.1.1.부터 2025.6.30.까지 기간 동안 ㈜J(이하 “쟁점매출처”라 한다)외 5개 업체에 세금계산서 170매 9,617,083,090원(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)을 발행하였다.

나. 처분내용

 1) 이에 조사청은 청구법인의 2025년 제1기 부가가치세에 대한 조세범칙조사를 실시한 후, 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 혐의가 있어, 청구법인의 관할서인 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2026.3.6. 2025년 제1기 과세기간 부가가치세 566,708,320원을 고지하였다.

 2) 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.31. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. (쟁점1) 실물거래 없이 세금계산서를 수취하였는지 여부

 1) 조사청은 이 건 부과 처분에 관한 입증책임을 다하지 못하였다.

  가) 조세 부과 처분의 취소소송에서 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이므로, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증 책임은 과세관청에 있다고 할 것이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결 등 참조).

  나) 청구법인은 쟁점매입처 및 주식회사 K 등으로부터 메모리 반도체 등을 매입하여 쟁점매출처 등에 판매하였다. 조사청은 주식회사 K로부터 매입한 거래는 전부 정상거래로 인정한 반면, 쟁점매입처로부터 매입한 거래는 전부 가공거래로 판단하면서 쟁점매입처로부터 매입한 부분에 대하여 어떤 점에서 실물거래가 동반하지 아니한 가공거래인지를 입증하지 못하고 있다. 또한, 쟁점매출처 외 5개 업체와의 거래분도 동일자에 쟁점매입처로부터 매입이 있었다는 이유만으로 가공거래로 보았다.

  다) 이처럼 조사청은 쟁점거래에 대해 허위임이 상당할 정도의 입증을 하지 아니한 채, 정황증거만을 가지고 실제 거래가 없는 가공거래라고 판단하였는데, 이는 위법부당한 처분이다.

 2) 청구법인은 쟁점매입처로부터 실제 물품을 매입하고 세금계산서를 수취하였다.

  가) 청구법인은 2025년 제1기 과세기간에 쟁점매입처1로부터 ‘삼성D5 5600 16G 메모리’ 외 다수 제품을 매입하고 공급가액 9,349,269,630원의 세금계산서 수취 후 총 매입대금 10,284,196,600원을 쟁점매입처1의 계좌로 이체하였다.

 또한, 2025년 제1기 과세기간에 쟁점매입처2로부터 ‘삼성D5 5600 16G 메모리’ 외 다수 제품을 매입하고 공급가액 188,454,540원의 세금계산서 수취 후 총 매입대금 207,300,000원을 쟁점매입처2의 계좌로 이체하였다.

  나) 제품매입 시 CCTV, 물품 사진과 같이 실제 수량, 품목 등을 검수한 후 매매대금을 지급하였고, 관련 제품을 쟁점매출 외 5개 업체에 판매하였다. 만일, 청구법인이 허위로 세금계산서를 수취할 목적이라면, 100억 원 상당의 매입대금을 거래처에게 지급할 이유가 없으며, 조사청도 매매대금 지급과 관련하여 정상적으로 입금한 거래가 아님을 입증하지 못하고 있다.

  다) 이와 같이 실제 물품을 구입하여 판매하고 매매대금을 수취 및 지급하였음에도 허위 사실 입증 없이 부인한 처분은 부당하다.

나. (쟁점2) 실물거래 없는 부분에 대하여 가공매출로 확정할 수 있는지 여부

 1) 조사청이 쟁점매출처 외 5개 업체에 발행한 세금계산서를 임의 안분하여 가공으로 판단한 것은 부당하다.

  가) 부가가치세의 과세에 있어 어느 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 소정의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조).

 나) 청구법인은 아래표와 같이 세금계산서를 발행하였으나, 조사청은 임의로 전체 거래 중 일부만 가공거래로 구분하였다.

 조사청은 전체 매출 금액 중 일부만 가공거래로 판단한 근거를 제시하지 못하고 있으며, 실제 대금 입금 내역 및 물품 사진, CCTV 등으로 실제 거래 사실을 확인할 수 있음에도 단순히 동일자에 쟁점매입처로부터 매입이 있기 때문에 가공거래로 판단한 것은 행정 편의적인 부당한 처분이다.

  다) 실제, 쟁점매출처 외 5개 업체와의 거래 관련해서, 2025.2.11.자 거래 내용을 보면 ‘삼성 D5 5600 16G’ 제품이 아래와 같이 거래되었다.

  조사청의 범죄일람표를 보면, 2025.2.11.자 쟁점매입처1 매입 86,227,270원(공급가액)을 가공매입, 쟁점매출처 매출 29,045,450원(공급가액)을 가공매출로 판단하였다. 동일자 청구법인이 쟁점매출처에 매출한 가액은 63,900,000원(공급가액 58,090,909원)이며, 매출대금 63,900,000원을 청구법인 통장으로 전액 수취하였다.

  2025.2.11.자 청구법인의 CCTV를 보면, 시간대별로 제품이 입고, 검수, 출고되었음을 확인할 수 있다.

 위와 같이 총 10박스 2,500개 제품을 매입해서 매출했음에도, 이 중 6박스 1,500개만 실제 거래 물품이 없다는 보아 가공으로 판단한 처분은 부당하다.

  라) 다른 사례를 살펴보면, 쟁점매입처1의 매입만 있던 2025.5.7.자 거래내역을 보면 ‘삼성 D5 5600 16G’ 제품이 아래와 같이 거래되었다.

   조사청의 범죄일람표를 보면, 2025.5.7.자 거래분 전부를 가공으로 판단하였다. 그러나, 청구법인은 쟁점매입처1로부터 제품 4박스 1,000개를 구입하여 쟁점매출처에 제품 4박스 1,000개를 판매하였다. 그러고, 구입대금을 쟁점매입처1 계좌로 70,300,000원을 송금하였으며, 판매대금 71,000,000원은 쟁점매출처로부터 입금받았다.

   또한, 2025.5.7.자 청구법인의 CCTV를 보면, 시간대별로 제품이 입고, 검수, 출고되었음을 확인할 수 있다.

   위와 같이 총 4박스 1,000개 제품을 매입해서 쟁점매출처에 판매했음에도 실제 거래 물품이 없다는 보아 가공으로 판단한 처분은 부당하다.

  마) 그 외에도 쟁점매입처1만 매입한 날의 물품입고내역(CCTV캡쳐), 검수사진(CCTV캡쳐), 물품사진, 납품사진은 아래와 같다.

다. 결론

청구법인은 메모리반도체를 쟁점매입처로부터 실제 매입을 하고 매입대금을 지급하였고, 해당 물품을 쟁점매출처 외 다수 업체에 정상적으로 판매하였으며, 실제 거래사실이 대금 이체 내역, CCTV, 제품 검수 사진 등으로 확인됨에도, 조사청은 실제거래 사실을 확인할 수 있는 자료는 무시하고, 실제 거래가 없음을 상당한 수준으로 입증하지 아니한 채 단순히 가공으로 본 이 건 처분은 위법․부당하다.

3. 조사청 의견

가. 청구법인이 쟁점매입처로부터 139회에 걸쳐 수취한 9,349,269,630원의 세금계산서는 다음과 같은 사실에 비추어 볼 때 거짓 세금계산서에 해당한다.

 1) (마진의 상이함) 쟁점매입처1의 대표 Q은 1차 진술시(’25.11.25) 법인을 운영하면서 마진을 매입가액의 1%로 설정하였고 5월∼6월경부터 개당 600원에서 700원으로 설정하였다고 진술하였으나, 실제 발생한 마진과 비교해 보니 매입가액에 대한 비율이 아니라 개당 400원∼500원으로 마진을 책정하여 판매한 것으로 확인되었다.

  이를 근거로 심문조서(’25.12.11) 작성하면서 Q에게 마진 금액에 대해 다시 한번 확인해 본 바, 해당 금액의 차이 및 본인이 산정한 매출가격의 산출 근거에 대하여 설명하지 못하고 어떻게 계산했는지를 모른다고 진술하였다. 이는 해당 마진이 정상적인 사업자들에게서 볼 수 있는 계산된 이익이 아니라 가공거래에 대한 대가라는 것을 보여준다.

 2) (반품) 쟁점매입처1의 대표 Q과 R의 대표 T이 2025.7.1. 작성한 ‘물품대금 지불각서’는 매입대금은 지급하였으나 품목의 오류가 있어 반품하게 된 물품에 대하여 대금을 반환받지 못해 작성한 지불각서이고, 반품일자 및 반환일자는 정확하게 기억나지 않는다고 Q이 진술하였다.

쟁점매입처1은 매출처인 청구법인으로부터 매출 대금을 받아 매입처인 R에 매입대금을 지급하고 있다. 반품한 물품의 매입 대금을 R로부터 반환받지 못했다면 매출처인 청구법인에게도 반품 대금을 지급할 수 없는 상황이 동일하게 발생해야 한다. 하지만 청구법인은 이런 상황에 대해 전혀 인지하지 못하고 있다. 반품하여 돈을 다시 반환받아야 하는 상황이 발생한 사실이 없었다는 것이다.

이와 같이 반품이 발생하면 반환받지 못한 대금에 대해 차감하고 지급하는 것이 정상적이나, 청구법인은 반품이 발생한 사실도 모르며, 물품 대금도 차감 없이 총액으로 지급하고 있다.

이는 위의 각서가 단순히 반품 대금을 회수하기 위한 각서가 아니라는 것을 의미한다. 반품에 대한 거래 당사자(청구인 및 청구법인 매입처)간에 진술 등이 상이하고 이후에도 지속적으로 물품을 공급받고 대금을 지급할 때 반환받지 못한 대금에 대한 차감 없이 거래일별로 매입대금 총액이 지급된 점은 이 각서가 단순히 반품 대금을 회수하기 위한 각서가 아니라는 것을 의미한다.

  따라서 ‘물품대금 지불각서’는 정상적인 반품대금의 변제가 목적인 각서가 아니라 자료상 거래에서 미회수된 현금을 회수하기 위해 작성한 각서이다.

 3) 물품 배송 관련으로 쟁점매입처1의 대표 Q은 매입 장소가 대부분 용산 선인상가 농협 앞 도로라고 진술하였고, 이는 Q이 제출한 매입물품 사진으로 입증된다. 하지만 매입물품 사진 시간과 청구법인이 제출한 매장안 CCTV의 시간을 비교 대사한바, Q이 R의 T으로부터 물품을 전달받고 청구법인에 도착한 소요 시간은 평균적으로 6분 정도이고 짧게는 2분으로 확인된다. 해당 시간 차이는 Q이 물건을 받고 사진을 찍은 후 물품을 검수하고 청구법인에 도달하는 데 걸리는 시간이라고 하기에는 물리적으로 불가능하므로 해당 거래는 실거래가 아니다.

 4) (물품사진) 청구법인은 조사대상 기간 당시 매입했던 물품에 대해 사진을 거래 증빙으로 제출하였다. 매입한 물품 박스는 큰 박스당 다섯 개의 작은 박스로 구성되고, 작은 박스에는 대부분 동일 품목 및 동일 주차 제품이 포함되어 있다고 청구법인의 팀장 P이 진술하였다. 따라서 제출한 사진의 첫 번째 박스의 정보는 매입물품의 생산주차(제조연월)를 판단할 수 있는 중요한 지표이다.

(진술 불일치) 생산주차에 대한 Q과 청구법인의 총괄이사 U, 팀장 P의 진술 내용을 비교해 보면 Q은 생산 주차가 크게 중요하지 않다고 주장하였고, 청구법인의 실무를 담당한 P 팀장은 제조한 지 2∼3달 사이의 물품을 취급한다고 진술하였다(1차 진술 시 1달 이내 물품 취급한다고 진술). U은 3∼4주 이내 상품을 취급한다고 하다가 이후 제조연월일에 대해 잘 모른다고 답변하였다.

  실제 거래 물품의 사진을 검토한 결과 대다수의 물품이 생산된 지 4개월 이상 지난 물품으로 확인되었으며, 제조연월일이 중요한 요소임에도 1차 진술 시와 심문조서 작성 시에 진술자 모두가 다르게 진술하고 있다.

 5) (물품검수) 청구법인의 실무를 담당하는 P 팀장은 물품 매입 시 검수를 위해 바코드를 찍는다고 진술하였고, 인식한 바코드로 해당 상품의 제품명, 생산연도 및 주차 등을 확인할 수 있어 물품을 검수할 수 있다고 진술하였다.

  하지만 조사청에 방문하여 청구법인이 직접 확인시켜 준 바코드 내용에는 공정번호(LOT번호), 수량 및 생산 주차가 띄어쓰기 없이 인식((ex)S0C138053400050253401) 되고 있으나, 이는 특정 제품의 생산 이력을 나타내는 보조 정보일 뿐 제품 자체의 사양[용량(8GB, 16GB, 32GB), 동작 속도(4800MHz, 5600MHz 등)]를 식별하는 정보는 아니어서 물품 검수 단계에서 검수 역할을 하지 못한다.

또한 P 팀장은 2025. 12. 2. 진술 시에는 바코드로 물품을 검수한 노트북과 리스트(엑셀기록물)를 추후 제출하겠다고 했음에도 2025. 12. 22. 심문 당시에는 해당 노트북이 고장이 나서 리스트를 제출할 수 없다고 진술하였고 노트북 수리업체도 기억나지 않는다고 진술하였다.

따라서 상기의 내용을 종합해 보았을 때 청구법인이 제출한 CCTV속 물품 검수 행위는 실제 검수를 목적으로 한 행위라기 보다는 가공거래에 대한 증빙을 남기기 위한 거래 행위로 보아야 한다.

 6) (전단계 거래의 불확실성) 쟁점거래의 거래흐름은 R로부터 ㈜F로 다시 ㈜W으로 이어지는 것으로 확인되었으며 조사 후 해당 거래 전부 가공거래로 확정되었다.

  쟁점거래가 실제거래로 인정받기 위해서는 전 단계 거래가 실제 거래가 있었던 것으로 확인이 되어야 하나 최초 매출처인 R는 고액의 세금계산서 매출만 있고 매입은 없어 관할세무서(노원)에서 세금계산서 조기경보 대상자로 현장 확인을 실시하였으며, 당시 T은 사업자가 아닌 신원불상의 개인으로부터 전부 매입하여 ㈜F로 매출하였다고 진술하였다.

  7) (매입처 조사) 조사청에서는 R에 대해서 조사 및 금융거래 확인을 진행한바 쟁점매입처1로부터 매출대금을 통장으로 수취한 후 전액 현금으로 인출하였고, 쟁점매입처1의 대표 Q은 R T과 만나 직접 물품을 전달받는다고 진술하였으나, 물품 인도 시간에 T은 이동 불가능한 거리에서 거래대금을 출금한 것을 확인 할 수 있으므로, 이는 전형적인 자료상 거래 형태를 보여 실제 거래는 없었던 것으로 보인다.

 ➩ 매입처와 청구법인이 제출한 자료를 바탕으로 확인한바, 정상적인 매입거래로 보기 어렵다.

나. 청구법인이 쟁점매입처2로부터 6회에 걸쳐 수취한 188,454,540원의 세금계산서는 다음과 같은 사실에 비추어 볼 때 거짓 세금계산서에 해당한다.

 1) 쟁점매입처2는 2025.9월경 구로세무서에서 실시한 부가가치세 세목별 조사 결과 거래대금을 전액 현금 인출하는 유형의 거래 방식을 가진 폭탄업체로 가공거래 확정된 사업자이다.

 2) 청구법인과 거래는 일반적인 매입거래와 다르게 청구법인의 팀장 P이 아는 지인을 통해 소개를 받아 거래하였다. 일반적인 매입거래는 매입처가 직접 청구 법인에 내방하여 거래를 하는 것이 대부분이지만 쟁점매입처2는 P이 직접 쟁점매입처2의 사무실에 내방하여 거래를 시작했다고 P이 진술하였고 이는 폭탄업체와의 거래를 P 본인이 주도적으로 진행했다는 내용과 같다.

 3) 쟁점매입처2의 자료상 거래의 실행위자는 X 과장으로 확인되나 P은 ‘X’을 직접적으로 알지도 못하고 ‘Y’ 과장과 거래를 하였다고 진술하였다. 하지만 쟁점매입처2는 지급명세서를 제출하지 않아 X, Y 모두 근무 여부가 확인되지 않는다.

 ➩ 실제 거래한 직원들이 불분명하고 쟁점매입처2는 거래대금을 전액 현금 인출한 업체로 확인되며, 타 세무서 조사에서 가공확정된 사업자이다.

다. 청구법인은 2025.1.1.부터 2025.6.30.까지 기간 동안 쟁점매출처 외 5개의 업체에 실물거래 없는 거짓의 세금계산서 170매 9,617,083,090원을 발행하였다.

 1) 청구법인의 거래처로부터 회신받은 '거래사실확인서' 및 증빙자료를 검토한 결과, 금융거래 내역 및 세금계산서 수취 내역 등 표면적인 지표에서는 특이사항이 발견되지 않았다. 하지만 외관상 정상적인 거래로 위장하는 것은 자료상 거래의 전형적인 특징이므로 상기와 같이 가공매입이 확정인 경우는 매출이 형식상 정상적인 거래처럼 보이더라도 가공거래이다.

 2) 청구법인의 실무자 P 팀장은 청구법인의 매입 매출은 특정 매입처에서 매입해서 특정 매출처로 판매하는 것이 아니므로 판매한 물품을 특정할 수 없다고 진술하였다. 따라서 가공매입에 대응하는 매출금액을 세금계산서 발행 내역과 마진의 차이를 고려하여 매출처로 배분하였다.

라. 결론

  ① 실제 마진과 차이나는 이유에 대해 기억하지 못하는 점 ② 최근 생산제품 위주로 취급한다고 진술하였으나 생산된 지 4개월이 지난 물품들이 다수 발견된 점 ③ 거래 당사자들 간에 거래한 물품에 대한 생산주차 진술내용이 다른 점 ④ 쟁점매입처1에서 매입 후 검수하여 청구법인에게 배송하는 시간이 물리적으로 불가능한 점 ⑤ CCTV속 물품검수 행위는 증빙을 남기기 위한 거래행위로 보이는 점 ⑥ 전단계 거래가 정상거래로 보기 어려운 점 ⑦ 쟁점매입처2는 폭탄업체로 가공거래 확정된 사업자이며 쟁점매입처2의 실행위자는 ‘X’이나 청구법인은 ‘Y’ 과장과 거래하였다고 진술하였으며 X의 근무 여부는 확인되지 않는 점을 근거로 이 건 부가가치세 처분은 정당하다.

<조사청 의견에 대한 청구법인의 항변>

 1) 처분청은 진술조서 및 심문조서의 일부 문구만을 근거로 쟁점거래를 가공으로 본 처분은 부당하다.

대법원은 피고가 원고에 대하여 이 사건 과세처분을 함에 있어서 과세자료로 삼은 확인서, 명세서, 자술서, 각서 등은 과세관청이나 그 상급관청 또는 수사기관의 일방적이고 억압적인 강요로 그 작성자의 자유로운 의사에 반하여 별다른 합리적이고 타당한 근거도 없이 작성된 것이므로 그러한 자료들은 그 작성 경위에 비추어 내용이 진정한 과세자료라고 볼 수 없다고 판시하고 있다(대법원 89누5867, 1990.07.27.판결).

  청구법인의 대표자 및 관련인은 세무조사라는 무섭고 힘든 일을 당하는 과정에서, 조사청으로 소환되어 진술조서와 심문조서를 작성하였다. 과거에 발생한 일에 대하여 조사청의 심문실에 앉아 답변하는 행위는 매우 부담되고 힘든 일이며, 이러한 과정에서 일부의 진술에 오류가 발생할 수도 있고, 답변도 개별 건에 대한 답변이 아닌 전반적인 거래사실에 대해 답변할 수밖에 없었다.

그러나, 조사청은 수많은 답변 중 대부분의 답변은 배척하고 일부 답변만을 가지고 진술이 다르니 가공이라고 판단하는 것은 「국세기본법」제16조【근거과세】 규정을 위반한 위법부당한 처분이다.

 2) 조사청은 전 단계 거래가 불확실하다는 이유만으로 쟁점매입처1로부터 매입한 거래 전부를 가공거래로 판단하였으나, 조사청이 전 단계 거래에 대한 정확하고 충분한 조사도 없이 거래내용을 확인하지 못한 채 가공거래라 본 처분은 부당하다.

쟁점매입처1의 매입처 R 대표인 T은 신원불상의 개인으로부터 전부 매입하였다는 진술하였으며, 쟁점매입처1의 대표 또한 물품을 매입하여 청구법인에게 매출하였다고 진술하고 있다. 청구법인도 CCTV, 통장 거래내역 등을 근거로 실제 물건을 매입하였다고 주장 및 진술하고 있다.

  이와 같이 청구법인은 전 단계, 전전 단계 대표자들의 진술 내용과 같이 실제 물품을 매입하였음에도, 조사청은 실물거래 없이 세금계산서만 주고받는 가공거래라는 입증을 하지 않은 채, 단순히 일반적인 자료상 거래와 유사하다는 이유만으로 쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 부당하다.

  또한, 청구법인의 매입거래는 전전 단계인 R가 물품을 어떻게 매입했는지 알 수 없으며, 전 단계인 쟁점매입처1로부터 실제 물품으로 구입하고, 대금도 지급한 실물거래임에도 가공거래로 판단한 당초 처분은 부당하다.

3) 조사청은 가공매입에 대응하는 매출금액을 세금계산서 발행 내역과 마진의 차이를 고려하여 매출로 배분하였다고 주장하고 있으나, 이는 조사청의 자의적인 판단에 따라 임의 안분한 위법부당한 처분이다.

 「부가가치세법」제6조제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정의 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조),

이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속 주체, 대가의 지급 관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 경우, 즉 ‘실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위’가 존재하지 않는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항이 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 참조),

다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결).

  청구법인은 정상거래로 인정받은 매입처 및 조사청이 가공거래로 판단한 매입처로부터 물품을 구입하여 매출처에 납품하였다. 그러나, 조사청은 가공거래로 판단한 매입처로부터 매입한 물품이 어느 매출처로 납품되었는지 특정하지 못하고, 조사청의 자의적인 판단하에 임의로 안분하여 일부는 가공매출로, 일부는 정상매출로 판단하였다.

이는 청구법인이 신고한 매출 중 어떤 매출에 대한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 조사청이 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없다.

<청구법인 항변에 대한 조사청의 추가 의견>

 1) 진술서 및 심문조서는 적법한 절차에 따라 진행한 것으로 합법한 과세근거다.

  청구법인의 대표이사를 ‘조세범칙조사 통지서’를 교부 송달하기 위해 방문하였을 당시 일반조사에서 조세범칙조사로 전환되었다는 사실과 납세자 권리를 설명하였으며 ‘납세자권리헌장’의 내용이 수록된 문서를 교부하였다.

  관련 거래 총괄하였던 U과 실행위자 P이 ‘조세범칙혐의자 심문조서’를 작성하기 위해 세무대리인과 함께 조사청을 방문하였을때도 담당 공무원은 다시 범칙 혐의 요지를 설명하고 세무대리인의 조력을 받을 수 있는 권리가 있음을 설명하는 등 납세자의 권리에 대한 설명의무를 다하였다.

과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이어서 실질적으로 전혀 조사를 하지 않거나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 과세는 적법한 것으로(대법원 2009.4.23. 선고 2009두 2580 판결 및 서울 고등법원 2010.10.28. 선고 2010누 3468 판결등 참조),

  청구법인은 이건 세무조사를 받음에 있어 세무대리인을 선임하였고, 세무대리인은 진술서 및 심문조서 받을 때마다 함께 입회하였으며 처분청은 충분한 소명 기회를 제공한바, 납세자의 권리를 침해한 사실이 없다. 그리고 작성된 진술서와 심문조서에는 납세자가 직접 내용을 충분히 읽고 자필로 수정 및 서명·날인하였는바, 적법한 절차를 통해 작성된 합법적인 과세 근거다.

2) 전 단계 거래에 대한 충분한 조사를 진행하였다.

  전전 단계 거래처인 하제 네트웍크의 경우 관할 세무서에서 세금계산서 조기경보 대상자로 선정되어 현장확인을 실시한 것 외에 간접적으로 금융 조사를 실시하였다.

  전 단계 거래처인 쟁점매입처1은 청구법인과 동일하게 직접 조사대상자로 선정해 (범칙) 세무조사를 진행하였고, 세무조사를 통해 제출한 자료 및 진술한 내용이 사실과 다름에 대해 증빙서류로 입증하였다.

  가) 물품 인도 시간에 이동 불가능한 원거리에서 거래대금 전액을 현금 인출하는 것은 전형적인 자료상 거래 행태이다.

  나) 쟁점매입처1로부터 자료를 제출받아 청구법인이 제출한 자료와 비교대사하는 과정을 거쳐 사실 여부를 확인하는 충분한 조사를 진행하였다.

  다) 또한 쟁점매입처2의 경우 2025년 9월 구로세무서에서 실시한 부가가치세 세목별 조사에서 폭탄업체로 가공 확정하였다.

따라서 충분한 조사 없이 거래 내용을 확인하지 못한 채 가공거래로 확정하였다는 청구법인의 주장은 맞지 않는다.

 3) 가공매입에 대응하는 매출금액을 자의적인 판단에 따라 임의 안분한 것이 아니다.

청구법인의 실무자 P 팀장은 청구법인의 매입 매출은 특정 매입처에서 매입해서 특정 매출처로 판매하는 것이 아니므로 판매한 물품을 특정할 수 없다고 진술하였다. 따라서 가공매입에 대응하는 매출금액을 세금계산서 발행 내역과 마진의 차이를 고려하여 매출처로 배분한 것이다.

  당초 답변서에서 주장했듯이 ① 실제 마진과 차이나는 이유에 대해 기억하지 못하는 점 ② 최근 생산 제품 위주로 취급한다고 진술하였으나 생산된 지 4개월이 지난 물품들이 다수 발견된 점 ③ 거래 당사자들 간에 거래한 물품에 대한 생산 주차 진술 내용이 상이한 점 ④ 청구법인과 쟁점매입처1에서 제출한 자료(사진, CCTV 등)의 시간 등을 일일이 비교 대사하여 분석해 본 바, 쟁점매입처1의 대표 Q이 매입 후 검수하고 청구법인에 배송하는데 걸리는 시간이 물리적으로 불가능한 점 ⑤ CCTV 속 물품 검수 행위에 대한 증빙(바코드 등의 자료)을 전혀 제출하지 못하는 것으로 보아 위 행위는 증빙을 남기기 위한 거래행위로 보이는 점 ⑥ 전 단계 거래가 정상거래로 보기 어려운 점(입금 후 바로 현금 출금 등) ⑦ 쟁점매입처2는 폭탄업체로 가공거래 확정된 사업자이며 쟁점매입처2의 실행위자는 ‘X’으로 확정되었으나, 청구법인은 ‘Y’ 과장과 거래하였다고 진술한 점, X 과장이 쟁점매입처2에서 근무하였는지 어떠한 문서로도 확인 불가한 점등에 대해 청구법인은 실제 거래라는 어떠한 입증도 하지 못하고 있다.

대법원 판례(2005두 16406, 2006.4.14)에 따르더라도 과세관청이 전 단계 매입처(R)의 매입 실체가 ‘신원불상자’임을 확인하고 폭탄업체(자료상)패턴을 상당 부분 입증한 이상 해당 거래가 실제로 지출·입고되었다는 점에 대한 입증 책임은 장부와 증빙을 보유한 납세의무자(청구법인)에게 전환된다고 하였는 바, 이에 대해 소명하지 못하는 한 조사청은 가장 합리적으로 배분한 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 (쟁점1) 쟁점매입세금계산서는 정상 거래에 따라 수취한 세금계산서로 조사청의 가공 입증이 부족하다는 청구주장의 당부

 (쟁점2) 쟁점매출세금계산서를 임의 안분하여 가공으로 판단하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법

  제32조 【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

  제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인에 대한 기본사항은 다음과 같다.

  가) 청구법인은 2019.6.24. 남양주 소재에서 화장품 도매업으로 개업하였다가 2020.6.23. 컴퓨터 도소매업으로, 2020.11.2. 현재 주업종인 컴퓨터 제조업으로 업종을 변경한 뒤 사업을 계속 운영 중이다.

※ 조사보고서에 따르면, 청구법인은 용산구 선인상가에서 2025.10.29. 경기도 평택으로 사업장을 이전하였으나, 사업장에는 업무를 위한 설비가 갖추어져 있지 않고 다수의 박스와 컴퓨터용품 등이 적재되어 있었다고 기재되어 있음

※ 조사보고서에 따르면, 청구법인 대표 Z은 주 단위로 총괄이사 U으로부터 보고를 받고 단가의 가이드라인을 총괄이사와 같이 설정하는 등 법인 업무에 대해 관여하였고,

총괄이사 U은 자금 집행에 관한 결정 및 법인의 중요한 의사결정권자였고 팀장 AB은 가이드라인 안에서 단가 결정, 물품의 검수 및 배달 등 실무를 전반적으로 하는 실무자로 가공세금계산서 수취 및 발급의 실질적인 행위자라고 기재되어 있음

※ 청구법인의 근로소득지급명세서 확인한바, Z, U, P 포함 총 8명 총지급액 164,000,000원으로 확인됨

  나) 청구법인의 자본금은 530,000,000원(106,000주, @5,000)으로 주주내역은 다음과 같다.

  다) 청구법인의 2025년 제1기 부가가치세 신고 및 경정 내역은 다음과 같다.

 2) 조사청이 가공거래로 본 청구법인의 매입 및 매출 세금금계산서 수수내역은 다음과 같다.

 3) 조사청이 쟁점매입세금계산서를 가공으로 판단한 이유는 [표6]과 같고, 이에 대해 청구법인은 조사청이 정황 및 진술만을 근거로 쟁점매입세금계산서를 거짓 세금계산서로 판단하였으며, 청구법인이 쟁점거래처에 매입 대금을 이체한 것에 대해서는 정상적으로 입금한 것이 아님을 입증하지 못하고 있다고 주장한다.

※ 조사청의 조사보고서에는 매입처, 매출처의 계좌 거래 흐름 관련 내용이 확인되지 않음

  가) 주식회사 F(쟁점매입처1)는 2024.12.4. 서울 동작구 AF 소재에 설립된 컴퓨터 및 주변기기 도소매업체로 현재까지 계속사업 중으로, 2025년 제1기 청구법인이 쟁점매입처1의 유일한 매출처이고, R^*가 유일한 매입처로 확인된다.

* 서울 노원구 소재, 대표자 T(’91년생, 여), ’24.12.20.∼’25.4.28., 컴퓨터 주변장치 도소매, 대표자 T은 R 외 다른 사업 내역은 확인되지 않고, 휴대폰 도소매업체에서 근로소득 및 사업소득 내역 있음

  나) 조사보고서에 따르면, 청구법인과 쟁점매입처1의 거래구조는 매입처로부터 매입단가를 받고 마진을 추가하여 주요 매출처에 단가를 제출 후 주문계약을 맺으면 매입업체에 물량을 요청하여 거래하는 구조로 확인된다.

  다) 조사청은 R에 대해 조사한바, 거래흐름은 아래와 같고, 쟁점매입처1로부터 매출 대금을 통장으로 수취한 후 전액 현금으로 인출하는 등 전형적인 자료상 거래 형태를 보여 실제 거래는 없었던 것으로 판단되므로, 전 단계 거래가 정상거래가 아닌 이상 쟁점거래도 정상거래로 볼 수 없다고 주장한다.

※ R 조사 결과, 매입처는 불분명하고 매출처인 ㈜F에서 거래대금이 입금되면 현금을 인출한 것으로 확인되어 거짓세금계산서를 발행한 실행위자 T은 특정범죄가중처벌법 대상으로 고발하고 거짓세금계산서 발급분에 대해 가산세 등 부과함

※ ㈜F 역시 거짓세금계산서 발급분에 대해 가산세 등 부과되었고, 두 업체 모두 불복내역 확인되지 않음

  라) 조사청은 물품사진 시간과 CCTV상 물품 도착시간과의 차이가 평균 약 6분 정도로 쟁점매입처1의 대표가 R에서 물건을 매입 후 청구법인에게 배송하기에는 물리적으로 불가능한 시간이므로 가공거래라 주장한다.

※ 쟁점매입처1의 대표는 자차로 이동하였다고 주장하고 있고, 청구법인까지 카카오맵 네비게이션상 운행 거리는 0.3㎞로 1∼2분 소요되는 것으로 나옴

  마) 주식회사 I(쟁점매입처2)은 2023.12.8. 서울시 구로구 소재에서 컴퓨터 주변장치 도소매업을 영위하다 2025.5.20. 폐업한 법인으로, 2025.3월 전자세금계산서 조기경보(사유 : 매입 대비 매출 과다 신규사업자)가 발령되어 2025.9월 조사 착수하였고, 조사보고서상 청구법인과의 거래내용은 다음과 같다.

※ 쟁점매입처2의 범칙조사 결과 청구법인이 쟁점매입처2로부터 가공세금계산서 수취한 혐의가 있어 이 건 위장가공자료 통보함

 4) 조사청은 청구법인이 당일 물품을 매입하고 당일에 매출하였으므로, [표8]과 같이 가공 확정된 매입처로부터 매입한 매입 단가에 500원 정도 가산한 금액의 매출처로 연결하여 매출처별로 가공매출액을 배분하여 산정하였다.

※ 조사청은 청구법인의 일자별 물품 매입․매출 현황을 제출하였는데, 쟁점매입처1 (F)이 가공매입이므로 동일 품목 매출 중 단가가 400∼500원 정도 차이가 나는 매출처를 가공 매출로 산정하고 각 관할서에 가공자료 통보함

라. 판단

 1) 쟁점①

청구법인은 메모리반도체를 쟁점매입처로부터 실제 매입을 하고 매입대금을 쟁점매입처 계좌로 지급하였음에도, 조사청은 실제 거래가 없음을 상당한 수준으로 입증하지 아니한 채 단순히 정황만으로 쟁점거래를 가공으로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

청구법인은 쟁점매입처에 정상적으로 쟁점세금계산서상의 대금을 금융계좌로 이체한 사실이 확인되나, 조사청은 쟁점매입처를 가공업체로 규정하면서도 청구법인이 송금한 대금이 현금화되어 청구법인에게 회수된 정황이나 금융증빙을 제시하지 못하고 있는 점,

청구법인은 물품 사진 및 검수 과정이 담긴 CCTV 영상을 실물거래의 증빙으로 제출하였는데, 배송 시간이 2∼3분 이내에 가능한 것으로 보임에도, 조사청은 배송 소요 시간을 이유로 해당 CCTV 영상을 실거래 증빙을 남기기 위한 행위로 추정하였으나, 객관적 증빙 없이 조사청의 심증과 추론에 불과한 점,

조사청이 주장하는 마진의 차이, 생산 시기 등 진술의 불일치는 거래 과정에서 발생할 수 있는 착오나 영업상 이유 등에 기인할 수 있는바, 이러한 진술을 통한 정황만으로 대금결제와 CCTV 등 객관적 물증을 배척하고 실물거래 자체를 부인하기는 부족한 점,

  조사청은 쟁점매입처의 전 단계 거래가 정상적이지 않다는 사정을 근거로 청구법인과의 거래 역시 가공거래일 것으로 추정하여 과세하였으나, 부가가치세법상 재화의 공급 여부는 각 거래 단계별로 판단하여야 함에도, 쟁점거래도 가공으로 확정하는 것은 근거과세 원칙에 위배될 수 있고,

나아가 쟁점매입처 스스로 가공 사실을 인정하지 않고 있는 사정 등을 종합할 때, 조사청이 제시한 정황만으로는 쟁점세금계산서가 실물 이동이 없는 가공의 세금계산서라는 점에 대한 과세관청의 입증책임을 다하였다고 보기 어렵다.

따라서 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다할 것이므로(대법원2005두16406, 2006.4.14. 참조),

  조사청이 객관적인 금융 내역이나 명확한 증빙 없이 관계자 진술의 일부 모순과 주관적인 정황증거만을 근거로 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 2) 쟁점②

  청구법인은 조사청이 쟁점거래를 가공거래로 판단한 후 해당 매입 물품이 어느 매출처로 납품되었는지 구체적으로 특정하지 못한 채 당일 매출액에 임의로 안분하여 일부를 가공매출로 보아 부인한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

  조사청은 쟁점거래가 가공임을 전제로 하여 이와 불가분의 관계에 있는 해당 일자들의 매출 거래까지 가공매출로 보았으나, 쟁점①에서 청구법인의 매입거래가 정상거래로 인정되는 이상, 그 매입 물량을 바탕으로 이루어진 쟁점매출처 외 5업체와의 거래 역시 정상적인 매출로 봄이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.