로그인하면쟁점 분석과 채팅을이어볼 수 있어요
예규·판례·법령 기준으로 분석한 결과를 저장하고 이어서 확인하세요.
예규·판례
쟁점① 법인세법상 보충적 평가로 산출...
이의신청기각
쟁점① 법인세법상 보충적 평가로 산출한 금액을 적정 상표권 사용료로 기준금액으로 보아 초과지급분은 부당행위계산 부인한 처분의 당부, (쟁점②) 쟁점매입세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
이의-중부청-2026-0073생산일자 2026.06.04.
AI 요약
요지
(쟁점①)청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차한 행위에는 상표권 사용료 명목으로 이익을 분여받기 위한 의도 외에는 쟁점상표권과 관련하여 어떠한 역할이나 기능을 수행한 사정은 없는 것으로 보여 일반적인 거래 관행에 부합하는 경제적 합리성이 충분히 인정된다고 보기 어려움 (쟁점②) 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차한 2021.1.1.이전 시기인 2020년에는 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 전용사용권리를 부여받았다고 보기는 어려워 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당하는 쟁점매입세금계산서는 매입세액 불공제 대상임
상세내용

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 2002.10월 설립한 ㈜ㄱㄱ(이하 “청구법인”이라 한다)는 2005.8월 ㄲ전자(주) 모니터사업부를 포괄양수 후 컴퓨터를 조립・생산하여 학교, 관공서 등 공공기관에 조달청 입찰 등의 형태로 납품하는 업체로, 설립 초기에는 ‘ㄱㄱ상표를 사용하다가 ㄲ전자㈜의 상표 사용중단 요청1)을 받고 2013.6.27.부터는 ‘ㄱㄱ’ 상표를 사용하고 있다.

청구법인의 대표자 ㄴㄴㄴ(이하“ㄴㄴㄴ”라 한다.)는 청구법인을 설립한 시점부터 현재까지 본인 명의로 다수의 ‘ㄱㄱ’ 상표를 출원⋅등록하였는데 그중 이 건 처분과 관련된 상표권 등록현황은 다음과 같다.

 1) 청구법인은 2020.7.30.감정평가법인에 “비교대상상표권”의 감정평가를 의뢰하여 4,810백만원에 평가받았고,

ㄴㄴㄴ는 2021.1.1. 자녀 ㄷㄷㄷ가 최대주주인 특수관계법인 ㈜ㄹㄹㄹ(이하“청구외법인”이라 한다.)에쟁점상표권의 권리를 보증금 2,400백만원에 대여하는 상표권 임대차계약(이하 “쟁점외계약”이라 한다.)을 체결하였다.

 2) 청구외법인은 쟁점외계약을 체결한 2021.1.1.ㄴㄴㄴ에게 대여받은 쟁점상표권을 청구법인이 사용하도록 하고 청구법인의 제조・판매로 발생하는 총매출액의 1.5%(이하 “쟁점사용료율”이라 한다.)를 2020년 회계연도부터 10년간 받는 ‘상표권 전용사용계약’(이하 “쟁점계약”또는 “쟁점거래”라 한다.)을 체결하여, 청구법인으로부터 2020년부터 2024년 사업연도 기간에 총 6,484백만원의 로열티(이하 “쟁점사용료”라 한다.)를 수취하고, 사용 기간이 속하는 다음 해 3월 말에 쟁점사용료를 지급하고 매출세금계산서를 발급하였다.

나. 조사청은 청구법인에 대한 통합조사를 실시하여 청구외법인에 지급한 쟁점사용료 금액이 적정 시가에 해당하지 않는 것으로 보고,

 1)「법인세법시행령」제89조제4항제1호(이하 “쟁점시행령”이라 한다.)를 적용하여 비교대상 상표권 감정가액 4,810백만원의 50% 해당하는 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 총 255백만원을 2020년부터 2024년 사업연도의 쟁점상표권 사용료의 적정 시가로 산정하여, 쟁점사용료 지급액과의 차이 6,229백만원을 부당행위계산 부인하고 다른 과세 항목을 포함한 법인세 총 1,809백만원을 부과하고,

<청구법인이 지급한 쟁점사용료 지급액과 조사청이 산정한 시가>

(단위:백만원)

구분

계

2020

2021

2022

2023

2024

2025

청구법인 지급

6,482

1,338

1,345

1,328

1,097

1,376

지급연도

(회계처리연도)

1,338

1,345

1,328

1,097

1,376

조사청 결정

255

43

29

29

70

84

 2) 쟁점상표권 전용사용계약 체결일 이전인 2020년도분 쟁점사용료 소급정산액 1,338백만원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다.)에 대하여는,

2020년 사업연도의 쟁점상표권의 권리자는 청구외법인이 아닌 ‘ㄴㄴㄴ’이므로 청구외법인이 발행한 쟁점매입세금계산서를 필요적 기재사항인 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 227백만원을 부과하였다.

다. 이에 청구법인은 쟁점시행령 규정의 계산 방법은 상표권 사용료의 시가 산정 방법으로 적절하지 않고, 당기순이익에 25%를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 쟁점사용료율을 산정한 것에 특별히 비합리적이라 보기 어렵고, 다른 개별기업 상황에 비추어 합리적인 범위 내에 있어「법인세법」에서 규정하는 시가에 부합하며, 2020년도분 쟁점사용료 거래의 공급 시기는 2021년 3월 말이므로 2021.2.28.자로 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다는 취지의 이의신청을 2026.4.2. 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인의 쟁점사용료 산출내역

  쟁점계약과 관련하여 청구법인에서 연도별 쟁점사용료율을 산정한 근거는 다음과 같다.

< 연도별 쟁점사용료 산출 내역>

(단위:%, 백만원)

매출구분

2020

2021

2022

2023

2024

① 비상표권 대상

1,745

3,587

4,552

9,398

11,475

② 상품(상표권 대상)

7,446

2,342

3,263

5,157

1,174

③ 제품(상표권대상)

81,780

87,336

85,244

67,964

90,574

매출 합계(①+②+③)

90,973

93,265

93,059

82,519

103,223

④ 상표권 매출(②+③)

89,228

89,678

88,507

73,121

91,748

⑤ 로열티 비율(쟁점사용료율)

1.5

1.5

1.5

1.5

1.5

로열티(④×⑤)합계:6,484

1,338

1,345

1,327

1,096

1,376

(표 삽입을 위한 여백)

<쟁점사용료율 산정 근거>

(단위:%, 백만원)

계정과목

①2019

②2020

평균

(①+②)/2

매출액

108,183

90,973

99,578

상품매출+제품 매출

108,158

90,966

99,562

기타 매출

24

6

15

매출원가

76,670

65,134

70,902

매출총이익

31,512

25,839

28,676

판매비와 관리비

26,153

22,071

24,112

영업이익

5,359

3,767

4,563

영업외수익

2,908

4,304

3,606

영업외비용

754

383

568

법인세비용차감전 계속사업이익

7,513

7,688

7,600

계속사업손익 법인세비용

1,510

1,578

1,544

당기순이익

6,003

6,109

6,056

① 당기순이익×25%1)

1,500

1,527

1,514

② 상품매출+제품매출

108,158

90,966

99,562

쟁점사용료율 (①/②)

1.388

1.679

1.521

나. (쟁점①) 구체적 청구주장

 조사청은, 쟁점거래가 경제적 합리성을 결한 채 쟁점 사용료를 과다 지급한 것으로서 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인 규정에 해당한다는 이유로, 청구법인에 법인세를 부과하였다.

1) 시가 적정성 여부

부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우 ‘시가’에 대한 증명책임은 원칙적으로 조사청이 부담하는 것에 관하여는 이미 다수 판례에서 확인할 수 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

조사청이 쟁점거래의 시가 산정을 위해 채택한「법인세법시행령」제89조 제4항 제1호(이하 “쟁점시행령” 이라 한다.)는 상표권 사용료 시가 산정에는 적절한 방법이 아니라는 근거로 다음의 5가지 이유를 주장한다.

가) 조사청이 쟁점사용료의 시가 산정을 위해 채택한 쟁점시행령은 통상 보증금 또는 전세금 지급이 수반되는 부동산 임대차 등의 거래에서 적정한 차임을 산정하기 위한 것으로 다음과 같은 이유로 상표권 사용료의 시가를 산정하기에는 적절한 방법이라 보기 어렵다

   (1) 쟁점시행령은 해당 자산을 임대에 공하기 위하여 일응 지출해야 하는 비용(자산 시가의 50%)에 이자율을 곱하는 방식으로 평가대상 자산 취득의 기회비용을 산출하여, 이를 자산의 적정 임대료로 보는 규정이다.

   (2) 보증금(전세금)에서 이자율을 곱한 금액을 차감하는 것 역시, 보증금(전세금)이 ‘선급 성격의 금전’으로서 임대료를 대체하는 성격을 지닌 점을 고려한 것이다.

   (3) 이러한 이유로 종전에는 Ⓐ 현행 규정의 시가산출 방법, Ⓑ 당해 자산의 감가상각비 및 공과금, 수선비 등 유지․관리비의 합계액을 비교하여 큰 금액을 시가로 보았으나,

위 규정에 따르면 임대자산 시가의 50% 이상 상당액을 전세금으로 받을 때도 부당행위의 유형에 해당하여 감가상각비 등 유지비가 익금에 산입되는 문제가 발생하였다. 이에 따라 2000.12.29.「법인세법시행령」을 개정하면서 Ⓑ 유지관리비 기준이 삭제되었다. (제1호증: 2001년 개정세법 해설)

   (4) 이에 대해 국세청에서 2001년 발간한 개정세법 해설에서는 ‘부동산 임대용역의 시가 산정 방법 개선’이라는 제목으로 ‘부동산 임대용역 등 시가 산정 방법을 합리적으로 개선’하여 위 Ⓐ의 방법만 적용한다고 설명하고 있다.

나) 쟁점거래와 같은 상표권사용료 거래는 통상 보증금 또는 전세금이 발생하는 거래라고 보기 어렵다. 특허법원 또한 ‘통상적으로 사용되는 상표권 통상계약서를 보더라도, 사용 대가는 정액인 선급금과 매출액과 연계된 경상로열티로 구성된다’는 취지로 판단하고 있다2).

   (1) 상표권 사용료는 기본적으로 상표권을 사용함으로써 해당 자산을 사용하지 않을 때에 비해 매출이 증가하거나 초과이익이 발생하는 것을 전제로 그에 대한 대가를 사용료로 수취하는 것이다.

   (2) 따라서 사용료는 매출이나 수익 등에 연동하여 산정하는 것이 타당하고 실제로 공정거래위원회가 2025.12월 공시한 2025년 공시대상기업집단 내 상표권 사용료 수취사례를 살펴보더라도 절대다수 기업(72개 기업집단 중 70개)이 순매출액, 총매출액, 연결매출액 등에 일정 비율을 곱한 금액을 상표권 사용료로 지급하고 있다.3)

다) 위와 반면에, 쟁점시행령은 쟁점 거래와 같은 상표권 사용료율의 시가 적정성을 따지는 것이 아니라, 일차적으로 자산의 시가를 계산하여 다시 이자율을 곱하는 등 추가적인 2차 계산을 거쳐 대가를 산정하는 것인바, 상표권 사용료의 시가를 직접 산정하는 것에 비해 이중의 계산과정을 거치면서 더욱 부정확성이 개입될 여지가 크다는 문제점도 가지고 있다.

라) 법원은 상표권 사용료 거래 산정 방법으로 ‘쟁점시행령이 적절한 방식이 아니다.’라는 점을 더욱 명확히 하였다(서울행정법원 2017구합 59260,2020.5.1.선고(대법원 2023두59360, 심리불속행 상고기각), 서울행정법원 2023.3.10. 선고 2020구합60413 판결 참조).

   (1) 다른 과세관청 역시 쟁점거래와 같은 상표권 사용료 유사 과세처분 사건에서 이미 부당행위계산부인 규정에서 정한 방법이 아닌 시장접근법, 로열티공제법, 이익접근법 등으로 산출된 시가를 가지고 대부분 다투었으며 쟁점시행령을 근거로 과세한 사례는 찾아보기 어렵다.

마) 조사청은 쟁점시행령을 적용하면서 비교대상 상표권과 쟁점상표권이 동일하다는 전제하에 비교대상 상표권의 감정가액 48억원을 기준 삼아 시가를 산정하였는데, 이는 조사청의 가정적 주장으로 타당하지 않다.

   (1) 상표권 사용료는 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련한 당사자들의 기여도뿐만 아니라, 해당 상표에 대한 수요자의 인식 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 산정하는 것인바, 두 상표가 서로 다르지만 문구를 포함하고 있다는 점을 들어 양자를 동일한 상표권으로 볼 수 없다.

   (2) 심지어 양 상표권은 출원일도 전혀 다르고, 그 사용 빈도 등이 같다고 볼 근거 또한 없음에도, ‘양 상표권 모두 청구법인의 매출을 기준으로 평가될 것이니 자산가액 또한 같을 것’이라는 조사청의 가정이 들어가 있다.

   (3) 비교대상 상표권의 가치를 감정하는 데 있어, 상표 권리의 지배력, 상표의 수명, 대체, 유사상표의 존재 및 우위성 등을 고려하여 해당 상표권의 경제적 기여도를 산정한 후 감정에 반영한바, 출원일, 표장 등을 달리하는 비교대상 상표권과 쟁점 상표권의 경우 그 기여도가 다를 수 있고, 결국 감정가액이 반드시 같다고는 볼 수 없다.

   (4) 따라서 조사청이 쟁점상표권의 사용료 시가를 산정하면서 비교대상 상표권과 쟁점상표권을 동일한 상표라는 전제에서 비교대상 상표권의 감정가액을 그대로 차용하여 쟁점시행령을 적용한 이 건 처분은 흠결이 있는 처분으로 판단된다.

위 5가지 이유를 종합하면 조사청이 쟁점거래 관련 쟁점시행령을 근거로 시가를 산정한 것은 기존 판례 등에 비추어 적합하지 않고 청구법인이 산정한 쟁점사용료율이 오히려 시가에 부합한다고 판단된다.

다음으로 쟁점시행령을 근거로 산정한 시가보다 청구법인이 산정한 쟁점사용료율이 시가에 부합한 이유는 다음과 같다.

가) 상표권 사용료 산정방식은 이미 대법원 등에서 법령에서 정하는 방법이 아니라도 그 산정에 합리성이 인정된다면 시가로 인정하고 있다.

   (1) 청구법인의 쟁점사용료율 1.5%는 청구법인의 당기순이익에 25%를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 그 비율을 산정하였는데, 조사청은 청구법인의 산정 방법은 법령에 근거가 없어 적정 시가로 볼 수 없고, 쟁점시행령에 따라 계산한 금액을 시가라고 하나, 쟁점시행령은 부동산 임대용역 등에 적용하는 것이지 상표권 사용료에는 적합하지 않은 점은 여러 판례에서도 입증되고 있다.

   (2) 오히려 대법원은 그 산정에 합리성이 인정된다면「법인세법」에서 규정하지 않는 이익접근법, 로열티 공제법, 시장접근법 등에 따라 산정된 금액을 시가로 인정하고 있다(대법원 2022두31570(선고 2023.5.18.), 대법원 2018두33005 (선고 2023.5.18.) 참조).

   (3)「상표법」제110조 제3항에서는 상표권 침해에 따른 손해액 산정과 관련하여, “권리를 침해한 자가 그 침해행위에 의하여 이익을 받은 경우에는 그 이익액을 상표권자 또는 전용사용권자가 받은 손해액으로 추정한다.”라고 규정하고 있고, 실제로 위 규정에 따라 상표가 이익에 기여한 정도를 ‘기여율’로 반영한 다음 이를 침해받은 자의 ‘이익’에 곱하여 손해액을 산정하고 있다.

   (4) 법원은 재무회계상 이익개념이 아닌 침해자의 매출액에서 생산증가에 따른 변동경비(원료비, 제품의 제조․판매를 위해 직접 추가적 지출을 요하는 인건비, 기타 경비의 증가분)만을 공제한 금액(한계이익)으로 ‘이익액’을 계산한 다음4), 상표권 침해행위의 태양, 원고와 피고 제품의 품질과 가격 등 실제 거래실정에서 중요하게 고려되는 요소 등 제반 사정을 참작하여 상표가 그 이익에 기여한 정도(기여율)를 곱한 금액을 손해액으로 산정하고 있다.5)

   (5) 상표권 사용에 대한 대가는 그 개념상 상표권 침해자가 상표권을 무단으로 사용함으로써 상표권자가 얻는 손해에 따라 이해될 수 있다는 점을 고려할 때, 청구법인의 ‘이익’에 기여율 25%를 곱하여 쟁점 상표권의 사용료를 산정한 것은 일응「상표법」상의 손해배상액 산정 방법에 기초한 것으로서 합리적인 방법이라 할 수 있다.

   (6) 위 기여율 25%는 이미 특허법원에서 25%를 상회한 기여율이 인정된 사례가 있으므로 합리적인 요율로 특별한 문제는 없다.

<기여율 25% 이상 인정 판례>

판례

기여율

특허법원 2018나1855(2020.3.27.)

30%

특허법원 2016나1202(2017.7.7.)

20∼30%

   (7) 산업통상자원부에서 2021년 발간한 「기술평가 실무가이드」6)에 따르면 31페이지에서 “비교기술의 거래사례 로열티율 자료가 미흡한 경우 상관행 법(25% 혹은 33%)을 적용하여 대상 기술이 속한 업종에서 다수의 경쟁기업 혹은 유사 기업의 매출액 대비 영업이익률 자료로부터 대상 기술에 적용할 로열티율을 간접적으로 추정할 수 있음”이라고 하면서 특허법원에서 인정한 기여율 25%와 비슷한 비율을 영업이익에 곱하여 로열티를 산정할 수 있다고 하고 있다.(제2호증:기술평가 실무가이드)

즉, 과세관청이 제시한 시가 산정 방법인 쟁점시행령이 적법하다고 볼 근거가 없는 상황에서는, 「기술평가 실무가이드」를 참고하여 쟁점상표권과 같은 지식재산권 거래 시 비교 대상 거래가 부족할 때는 ‘해당 거래에 따라 창출되는 이익의 25%를 상표권 전용사용권자(기술판매자)의 몫으로 배분하는 관행이 있음(상관행 법)’을 충분히 참고할 수 있다.

따라서 청구법인이 적용한 25%는 상관행 법이나 특허법원 사례에서도 인정되기 때문에 조사청이 이를 부인하는 것은 타당하지 않다.

나) 쟁점사용료율(1.5%)은 타 기업의 사례에 비추어도 과다한 수준으로 볼 수 없다.

   (1) 법원은 ‘문제 되는 상표권 사용료율이 국내 주요 그룹의 평균 수치와 유사하거나 낮다’라는 점 등을 근거로 해당 사용료율이 객관적, 합리적인 산정방식의 범주 안에 있다는 취지로도 판단한 바 있다7).

   (2) 청구법인과 업종, 사업 규모 등을 달리하지만, 공정거래위원회가 공시한 2025년 공시대상기업집단 내 상표권 수취사례를 살펴보면, 기업집단임에도 불구하고 0.5% 이상의 상표 사용료를 수취하는 사례가 다수 확인된다.(제3호증 :공정거래위원회 ‘2025년 공시대상 기업집단 내부거래 현황 분석보고서’ 발췌)

   (3) 일반적으로 기업집단의 경우, 매출 규모가 상당하여 非 기업집단 기업과 비교해 상표권 사용료율이 높지 않은 수준에서 형성된다는 점을 고려하더라도, 삼성 등 다수의 기업집단에서 매출액의 0.5% 내외의 사용료율을 거래하는 점에 비추어 볼 때, 상대적으로 규모가 영세한 청구법인이 매출액의 1.5% 내외를 사용료로 지급한 것을 특별히 과다한 수준이라고 보기는 어렵다.(제4호증: 특허청 용역보고서 「상표권 사용료 편취 관행 개선을 위한 가이드라인 마련 p24」

   (4) 산업통상자원부가 2021.2월 발간한 「기술평가 실무가이드」 232페이지를 참고하면, “청구법인이 속한 유사업종인 전자 부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업(업종코드 : C26)의 로열티율 127건의 사례를 분석한 결과, 평균값 3.72%, 중앙값8) 3.00%, Q1(1사 분위값9)) 2.50%, Q3(3사 분위값10)) 5.00%로 나타난다.”라고 하고 있으므로 청구법인의 쟁점사용료율 1.5%는 평균보다 낮아 객관적, 합리적인 산정방식의 범주 안에 있다고 할 수 있다.(제5호증:기술평가 실무가이드)

   (5) 특허청이 2020.12월 발간한 「상표권을 이용한 부의 부당한 이전 방지대책」자료를 살펴보면, 33페이지 이하에서 청구법인과 업종, 사업 규모 등을 달리하지만 쟁점사용료율보다 더 높은 수준의 사용료를 지급한 예도 있음이 수많은 판례에서 확인된다.(제6호증:특허청의 ‘상표권을 이용한 부의 부당한 이전 방지 대책’ 보고서)

 (6) 이 건 쟁점상표권 로열티율의 적정성을 검증하기 위하여 청구법인이 최근 감정평가법인 2곳에 의뢰하여 감정받은 로열티율 범위도 쟁점사용료율이 합리적인 범위 내에 있음을 입증한다.(제7호증: 감정평가서)

2) 경제적 합리성을 결한 것인지에 대하여

  가) “청구법인이 과거 상표를 사용할 때도 로열티를 지급한 사실이 없고, 청구인과 유사하게 공공기관에 컴퓨터를 입찰하는 동종업체에서도 로열티를 지급한 사례가 없다.”라는 조사청 의견에 대하여,

   (1) 청구법인은 ’05.8월 ㄱㄱ 주식회사의 컴퓨터 사업 부문을 포괄 양수하면서 ㄱㄱ 상표를 사용하였으나 ㄲ전자㈜로부터 상표 사용중단 요청을 받고 ‘ㄱㄱ’ 상표를 사용하였다.

   (2) 청구법인은 과거 상표를 사용할 때도 로열티를 지급한 사실이 없는 것이 아니라, 설립 초기 상표권 사용료 지급에 대한 법률적·세무적 인지 부족으로 인해 관행적으로 상표를 사용해 오다가 상표권 권리자로부터 사용중단 공문 수령 후 즉시 사용을 중단한 것이다.

   (3) 그리고 공공기관에 컴퓨터를 입찰하는 동종 업계 등은 해당 브랜드를 당해 법인이 보유하고 있기 때문에 로열티 지급사례가 없는 것으로 알고 있다.

나) “청구외법인이 사주 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점 상표권을 임차하여 같은 날 다시 청구인에게 쟁점 계약을 체결하면서, 청구인이 사주 일가가 100% 지분을 보유한 특수관계법인 청구외법인에 이익을 부당하게 분여하였다.”라는 조사청 의견에 대하여,

   (1) 상표권을 사용하여 그 효익을 누린 자에게 그 대가를 지급해야 한다는 것은 법원이 확립한 원칙이고, 사적자치의 원칙에 따라 청구법인이 청구외법인에 합리적으로 산정한 상표권 사용료를 지급한 것에는 특별한 문제점이 없다.

   (2) 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차하여, 청구법인에게는 사용권을 설정하면서 상표권 사용료를 받아 이익을 보았다고 하더라도, 반드시 쟁점사용료율이 과다한지를 판단하는 부분과 연관을 지어 판단될 사유는 아니다.

  다) “청구외법인은 상표권자가 아니므로 쟁점상표권에 관한 사용료 지급이 부자연스럽다는”라는 조사청 의견에 대하여,

 (1) 조사청은「상표법」제100조 제1항에서 전용사용권 설정 시 지식재산처에 등록할 것을 제삼자에 대한 대항요건으로 삼고 있으므로, 청구외법인이 청구법인과 쟁점상표권에 대한 전용사용계약을 체결한 것은 경제적 합리성을 결한 것이라고 주장한다.

   (2) 그러나 위「상표법」제100조 제1항은 문언 그대로, 전용사용권의 설정을 등록하지 않으면 제삼자에게 이를 대항할 수 없다는 취지에 불과하고 지식재산처 등록 여부에 따라 전용사용권 설정의 효력이 달라진다는 취지가 아닌바, 이를 문제로 삼는 조사청의 주장은 타당하지 않다.

  라) “청구법인이 공공기관 납품 위주라서 상표권 경제적 효익이 미미하고, 청구외법인이 전용사용권의 권리를 취득하기 전에 지급한 행위는 의도적으로 이익을 분여한 것으로 경제적 합리성을 결여된 것”이라는 조사청 의견에 대하여,

   (1) 공공 조달시장에서도 브랜드 신뢰도, 지속성, 기업 이미지가 중요한 평가 요소이며, 상표사용의 효익을 전면 부정할 수는 없다.

   (2) 청구법인은 기존부터 쟁점상표로 모든 조달 제품에 납품하는 상황에서, 2020년 청구법인의 감사인이었던 ‘oo회계법인’으로부터 상표권 사용료 수취와「법인세법」의 부당행위계산부인에 대한 의견을 듣고 이미 사용 중인 상표권 사용료를 2020년부터라도 소급하여 적용하도록 계약하였을 뿐이다.

   (3) 그러므로 청구법인이 상표권 전용사용권을 가진 청구외법인과 이미 사용 중인 쟁점상표권의 사용료 계약을 체결하고 소급지급한 것이 경제적 합리성을 위배한다고 볼 수 없다.

  라) 소결론

    앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 당기순이익에 25%를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 쟁점사용료율을 산정한 것 자체가 특별히 비합리적이라고 보기도 어렵고, 개별기업의 사정에 따라 청구법인보다 더 높은 요율을 상표권 사용료로 지급한 사례나 최근 감정평가법인의 컨설팅보고서상 로열티율 범위 등을 고려할 때,

쟁점사용료율(1.5%)은 합리적인 범위 내에 있어 시가로 타당하고, 조사청이 주장하는 여러 가지 사유가 ‘현저한 경제적 불합리성’이 있다고 볼 수 없는 점에 따라 쟁점거래와 관련하여 「법인세법」 제52조의 적용 요건을 충족하지 못한 것이므로 당초 처분은 취소되어야 할 것으로 사료된다.

다. (쟁점②) 구체적 청구주장

    조사청은 청구외법인이 2021.1.1. 상표권자 사주 ㄴㄴㄴ와 상표권 임대차계약으로 상표권 전용사용권을 취득하였음에도 2020년도분 로열티 소급정산 금액 1,338백만원에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하였다.

그러나 청구법인과 청구외법인 간의 쟁점거래는 상표권의 전용사용권을 부여하는 용역거래로서 ‘공급 단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’로서 그 용역의 공급 시기는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’이다.

 1) 청구법인이 이미 사용 중이던 쟁점사용료를 소급정산하기로 청구외법인과 계약하고 2020년 경상로열티는 다음연도 3월 말까지 정산하여 지급하기로 계약하였기 때문에 2020년 용역거래의 공급 시기는 2021년 3월 말까지다.

 2) 청구외법인은 용역대가의 공급 시기인 2021년 3월 말 이전인 2021.2.28. 2020년분 사용료(용역)에 대한 세금계산서를 발행한 것은 정상적인 세금계산서 발행이므로, 청구외법인으로부터 받은 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 취소되어야 한다.

라. 결론

 1) 조사청에서 적정 시가의 근거로 삼은 쟁점시행령은 쟁점사용료율의 적정 시가 근거로 적법하다고 볼 수 없는 상황에서, 청구법인이 당기순이익에 25%를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 쟁점 사용료율을 산정한 것 자체가 특별히 비합리적이라고 보기도 어렵고,

 2) 개별기업의 사정에 따라 청구법인보다 더 높은 요율로 상표권 사용료를 지급한 사례나 최근 감정평가법인의 컨설팅보고서에서 확인되는 로열티율 범위 등을 고려할 때, 청구법인이 청구외법인에 지급을 결정한 쟁점사용료율(1.5%)은 합리적인 범위 내에 있어 적정 시가로 보아야 하며, 조사청이 주장하는 여러 가지 사유도 ‘현저한 경제적 불합리성’이 있다고 볼 수 없다.

 3) 이러한 이유로 「법인세법」 제52조의 적용 요건을 충족하지 못한 이 건 법인세 처분은 취소되어야 할 것으로 사료된다.

3. 처분청(조사청) 의견

가. 쟁점사용료 시가산출 근거

 조사청은 쟁점상표권의 시가가 불분명한 경우로 보아「법인세법시행령」제89조 제4항 제1호에 근거하여 비교 대상 상표권의 감정평가액 50%에 정기예금이자율을 곱하여 적정 사용료를 산출하였다.

〈쟁점상표권 적정사용료(시가) 산정〉

(백만원)

구분

합계

’20년

’21년

’22년

’23년

’24년

비교대상상표권

감정가액

4,810

4,810

4,810

4,810

4,810

정기예금이자율

1.8%

1.2%

1.2%

2.9%

3.5%

적정사용료

255

 43

 29

 29

 70

 84

  1) (쟁점①) 조사청 의견

  가) 상표권 사용료의 시가가 없는 경우,「법인세법 시행령」제89조 제4항제1호를 적용하여 ‘시가’를 계산할 수 있다.

   (1) 청구법인은 조사청이 과세 근거 법령인「법인세법 시행령」은 부동산 임대차 거래에서 적용하는 것이지 상표권 사용료의 시가 산정 방법으로는 적절치 않다고 주장하나,

쟁점상표권 사용료 거래는「법인세법 시행령」제88조 제1항 제6호 및 7호에 열거된 부당행위계산의 유형에 해당하는바, 유형 또는 무형의 자산을 제공받은 거래로서, 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임대료로 제공받은 경우에 해당한다.

해당 조항에서는 ‘금전’ 제공 시에만 제89조 제3항을 적용하도록 별도 규정을 두고 있는바, ‘금전’ 이외의 ‘시가’ 불분명한 경우 등에는 최종적으로 당해 조항을 적용할 수 있는 것으로 판단된다.

 (2) 청구법인은 일부 판례의 일부 문단을 인용하여 “쟁점시행령 규정이 적절한 방식이 아니다.”라고 주장하나,

청구법인 제시한 서울행정법원 2020구합60413(23.4.30.선고) 판례의 경우는 과세관청이 합리적인 시가 또는 정상가격을 입증하여 국승한 사례이며, 쟁점시행령을 적용하지 아니한 개별사례에 불과하여 이를 일반화하는 것은 적절하지 않다. 오히려 해당 판결문의 쟁점4(사용료) 판단 시, ‘3) 사용료 시가 산정의 적법성 판단’ 부분의 첫 문단에는 쟁점시행령 규정을 인용하고 있는바, 상표권 사용료 산정과 관련하여 쟁점시행령 규정이 적용됨을 반증하고 있다.

나) 청구법인이 감정평가한 비교 대상 상표권과 쟁점상표권은 동일한 상표권으로서 비교 대상 상표권의 감정평가액을 쟁점상표권 사용료의 ‘시가 산정’에 사용할 수 있다.

   (1) 청구법인은 비교 대상 상표권과 쟁점상표권은 상표 등록번호 및 대소문자 구분 등이 상이하여 비교 대상 상표권의 감정평가액을 쟁점상표권의 시가 산정에 사용할 수 없다고 주장하나,

대법원 판례 및 청구법인의 상표권 사용현황 등에 비추어 볼 때 쟁점상표와 비교 대상 상표는 동일한 것으로 볼 수 있다.

쟁점상표는 도형과 영문상호가 결합한 상표이고, 비교대상 상표는 ‘영문과 그 한글 호칭이 결합한 상표이다. “결합상표는 각 부분이 불가분적으로 결합한 경우 등이 아니라면 ‘독립하여 자타 상품의 식별기능을 할 수 있는 구성 부분’만으로 간략하게 호칭 될 수 있으므로”(대법원 2007후951, 2007.7.13. 참조),

양 상표는 유사한 상호로 관념할 수 있을 것이며 그 호칭도 동일하다. 따라서 쟁점상표와 비교 대상 상표의 표장은 동일하다고 볼 수 있다.

   (2) ㄴㄴㄴ와 청구외법인, 그리고 청구법인은 쟁점상표와 비교 대상 상표를 동일한 것으로 보아 ‘감정평가’. ‘쟁점상표권 임대차계약’, ‘전용사용권 계약’ 등 일련의 절차를 진행하였다.

이 사건에서 ㄴㄴㄴ와 ㄹㄹㄹ과 서로 특수관계인에 해당한다는 점, 법인을 상대방으로 하는 특수관계인 간 거래에 있어「법인세법」에서 정하는 시가 산정 방식에 따라 계산하면 ‘비교 대상 상표권 임대차계약’의 적정 보증금이 2,405백만원으로 산정되어야 한다는 점 등을 고려해서 청구법인과 특수관계인들은 비교 대상 상표권의 임대차계약과 쟁점상표권의 전용사용권 계약을 위해 2020.7월 비교 대상 상표권의 감정평가를 한 것임을 알 수 있다.

   (3) 감정평가는(청구주장과 달리)비교 대상 상표만이 아닌 통칭 쟁점상표 관련 모든 상표가 청구법인의 제품과 상품매출에서 사용된다는 전제하에 감정이 이루어졌고, 감정평가 방법으로는 기술 가치 평가 시 가장 널리 사용되고 있는 수익(이익) 접근법을 적용하였으며, 관련 상표권 등이 청구법인 전체적으로 적용되어 매출의 추정(10년 추정 매출 등) 및 각 상표의 관계, 성격 등을 모두 참작하여 일괄평가를 시행한 점 등을 고려하면, 이에 따라 합리적으로 산정된 감정평가액 4,810백만원을 쟁점사용료 시가 산정에 사용할 수 있다.

   (4) 청구법인이 전용사용권 계약 체결 후 청구법인의 전체 상품과 제품 매출액의 1.5%를 쟁점사용료로 지급한 사실로 볼 때, 청구외법인과 청구법인은 ‘쟁점상표’만이 아닌 쟁점상표 전체를 전용사용권 계약대상으로 삼고 있음을 알 수 있다.

만약 청구외법인과 청구법인이 쟁점상표권 만을 전용사용권 계약의 대상 상표로 삼았다면, 청구법인은 청구법인의 전체 상품과 제품 매출액이 아닌 쟁점상표만을 이용한 제품과 상품매출의 1.5%만을 상표권 사용료로 지급했어야 한다.

청구법인이 현재도 쟁점상표 문구를 제품과 상품에 사용하고 있고, 간혹 다른 등록번호의 빨간색 문구의 상표, 한글 상표 및 나비 디자인의 상표 등을 혼용하여 수익 창출에 기여하고 있는 점으로 볼 때 전용사용권 계약대상 상표가 ‘쟁점상표’만이 아닌 쟁점상표 전체를 대상으로 삼고 있음을 알 수 있다.

다) 청구법인이 25%룰에 따라 산정한 쟁점사용료율(1.5%)은 시가로 볼 수 없다.

   (1) ‘로열티율 1.5%’ 산정방식은 청구법인도 인정하는 바와 같이 법령에서 정한 방법이 아닌 점, 감정평가에 의해 산정한 방법이 아닌 점, 해당 산정방식을 허용하면 특수관계인과의 거래에 있어 얼마든지 이익을 조작할 수 있다는 점 을 고려할 때, 청구법인의 산정방식은 시가 산정 계산 방법으로는 타당하지 않다.

라) 청구법인 및 특수관계자 간의 일련의 상표권 계약은 부자연스럽고 불합리한 행위로서 경제적 합리성이 없다.

   (1) 청구외법인은 상표권과 관련한 어떠한 기능이나 역할을 수행한 사실이 없음에도 이중 거래구조에 의해 부당 이익을 분여 받았다. 청구외법인은 쟁점상표권 임차 이전인 ’20년에는 상표에 대한 권리가 없고 이미 상표사용이 완료된 상황이어서 청구법인이 사용료를 지급할 의무가 없음에도 2020년의 사용료를 소급하여 지급한 것은 이익분여가 의도된 부당행위이다.

   (2) 청구법인은 최종 소비자가 아닌 학교, 관공서 등 공공기관에 조달청 입찰을 통하여 납품하는 업체로서 상표권 사용에 따른 경제적 효익이 미미함에도 고액의 상표권 사용료를 부담하는 것은 경제적 합리성이 없다.

청구법인이 상표권 사용료를 지급하기 전·후의 영업이익률 변동 내역을 비교하면 상표권 사용료 지출에 따른 초과수익이 없고, 오히려 사용료 지출에 따라 영업이익이 감소함을 알 수 있다.

또한, 청구법인은 과거 제삼자 상표를 사용할 때에도 상표권 사용료 지급 사실이 없으며, 청구법인처럼 공공기관에 컴퓨터를 입찰하는 경쟁업체 중에 상표권 사용료를 지급한 사례를 찾아볼 수 없다.

   (3) 청구법인은 사주 ㄴㄴㄴ 명의의 쟁점상표를 등록하기 이전인 ’02.10월 설립 당시부터 ‘ㄱㄱ’라는 상호와 상표를 사용해 왔기 때문에 쟁점상표는 사주 ㄴㄴㄴ 명의로 출원·등록되어 있을 뿐, 상표의 개발, 향상, 유지 등은 청구법인의 수주실적, 광고선전비 등에 의해 자체적으로 창출・형성되었다고 판단된다.

< 청구법인의 광고비 지출 내역 >

(백만원)

구분

합계

’20년

’21년

’22년

’23년

’24년

광고비

630

130

129

179

89

103

   (4) ‘쟁점상표권의 전용사용권 계약’은 부자연스럽고 불합리한 행위로서 경제적 합리성이 없는 비정상적 거래로 판단된다.

「상표법」제95조 제1항에서 “상표권자는 그 상표권에 관하여 타인에게 전용사용권을 설정할 수 있다.”라고 규정하면서, 같은 조 제5항은 “전용사용권자는 상속이나 그 밖의 일반승계의 경우를 제외하고는 상표권자의 동의를 받지 아니하면 그 전용사용권을 이전할 수 없다.”라고 규정하고 있어, 전용사용권은 상표권자만이 설정할 수 있고, 전용사용권자는 상표권자의 동의 등의 사정이 있어야 비로소 전용사용권을 이전할 수 있다.

ㄴㄴㄴ와 청구외법인 간에 체결된 쟁점상표권 임대차계약에서 단순히 “상표권을 청구외법인에 임대하기로 한다.”라고 되어있을 뿐 청구외법인이 독점적인 사용권을 갖는 것으로 볼만한 내용은 찾아보기 어렵고, ‘전용사용권’이란 용어도 사용되지 않으며, 청구외법인 명의로 전용사용권 등록도 되어있지 않아 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 전용사용권을 설정받았다고 볼 수 없다.

청구외법인은 상표권자가 아닐 뿐만 아니라, 전용사용권자도 아니므로 통상사용권도 설정해 줄 수 없는데, 청구외법인이 청구법인에게 통상사용권을 넘어 심지어 전용사용권을 설정하여 준다는 내용이라는 점에서도 더욱 비정상적인 행위로서 경제적 합리성이 결여된 것이다.

   (5) 쟁점상표권의 전용사용권 계약이 전용사용권의 이전에 해당한다고 볼 여지도 없다. 청구외법인은 ㄴㄴㄴ로부터 전용사용권을 설정받은 것이 아니기 때문에 전용사용권을 청구법인에 이전하였다면 청구법인은 그 사용료를 청구외법인이 아닌 ㄴㄴㄴ에게 지급하였어야 할 것이다.

결국, 청구외법인은 상표권자 내지는 전용사용권자가 아니므로 청구법인에 정상적으로 전용사용권을 설정해 줄 수 없는 상황이었고, 청구법인이 쟁점상표를 사용하기 위해서 ㄴㄴㄴ와 직접 사용권 설정계약을 체결하면 그만인 것이다.

그런데도 굳이 이중 계약, 즉 ㄴㄴㄴ와 청구외법인 간 쟁점상표의 임대차계약을 체결하고, 다시 청구외법인과 청구법인이 쟁점상표권의 전용사용권 계약을 체결하면서, 청구법인이 청구외법인에 시가를 훨씬 넘는 사용료를 지급한 것은 특수관계법인에 고액의 이익을 분여하기 위한 비정상적인 행위로서 경제적 합리성이 없는 거래로 보아야 한다.

  마) 결론

    위와 같은 상표권을 매개로 하는 이중 거래계약의 결과로 청구외법인은어떠한 노력이나 기능을 수행하지 않고 고액의 이익을 취하였다.

당해 사건에서 상표권 사용료의 ‘시가’는 청구법인과 특수관계인 간의 일련의 연속적인 거래 과정을 종합하여 산정하는 것이 가장 합리적이라고 판단된다. 따라서 상표권자 ㄴㄴㄴ와 청구외법인 간의 쟁점 상표권 임대차계약에서 산정한 ‘시가’를 기준으로 쟁점상표권 사용료를 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

2) (쟁점②) 조사청 의견

  가) 청구외법인이 쟁점상표권을 임차하기 이전의 ’20년도분 쟁점매입세금계산서의 공급자는 청구외법인이 아니므로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

   (1) 청구외법인이 쟁점상표권을 임차한 2021.1.1. 이전인 2020년도분 상표권 사용료는 용역의 공급자가 청구외법인이 아닌 상표권자 ㄴㄴㄴ이므로 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당한다.

(2) 청구외법인의 쟁점 상표권 임대차 계약기간은 2021.1.1.부터 2030.12.31.까지로 권리 취득 이전인 ’20년도에도 용역의 공급자가 성립될 수 없다.

나) 또한 2020년 소급 정산분 상표 사용료는 사업과 관련 없는 매입세액에 해당하여 역시 매입세액 불공제 대상이다.

    청구외법인이 쟁점상표권을 임차하기 이전인 2020년에는 청구외법인은 상표에 대한 권리가 없고, 이미 상표사용이 완료된 상황으로서, 청구법인이 사용료를 지급할 의무가 없는바, 2020년 귀속 상표 사용료는 사업과 직접 관련 없이 소급정산한 지출로서 부가가치세 매입세액 불공제 대상에 해당한다.

4. 청구법인 항변

가. (쟁점①) 조사청 의견 반박

  조사청이 쟁점상표권 사용료 계산을 위하여 적용한 쟁점시행령은 시가가 없는 경우에 적용할 수 있고, 청구법인이 당기순이익에 25%를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 쟁점사용료율을 산정한 것이 특별히 비합리적이라고 보기도 어렵고, 개별기업 사정에 따라 청구법인보다 높은 요율을 상표권 사용료로 지급한 사례나 최근 감정평가법인 컨설팅보고서의 로열티율 범위 등을 고려할 때, 쟁점사용료율(1.5%)은 합리적인 범위 내에 있어 시가로 타당하고, 조사청이 주장하는 여러 가지 사유가 ‘현저한 경제적 불합리성’이 있다고 볼 수 없으므로 이하에서는 조사청 주장의 ‘근거 없음’에 대해 구체적으로 설명하고자 한다.

 1) 쟁점시행령은 적절한 시가 산정 방법으로 보기 어렵다.

  가) 조사청은 “청구법인이 제시한 서울행정법원 2020구합60413(2023.4.30) 판례의 경우는 과세관청이 합리적인 시가 또는 정상가격을 입증하여 ‘국승’한 사례이며, 쟁점시행령을 적용하지 아니한 개별적인 사례일 뿐이어서 이를 일반화하는 것은 적절하지 않은 것으로 판단된다.”라는 의견이나,

서울행정법원 2020구합60413 판례 내용을 살펴보면 “상표권 사용료를 결정할 때 쟁점시행령을 적용하여 계산한 것은 적절하지 않다.”라고 판시하면서“「법인세법」이나「국제조세조정법」에서 명시적으로 규정하는 시가 내지 정상가격 산정방식에 해당하지 않더라도 그 산정에 합리성이 인정된다면 시가로 인정한다.”는 판결이다.

즉, 청구법인이 주장하는 대부분 주요 내용이 위 판례의 판결내용에 적시되어 있으며, 당시 과세관청은 청구법인과 비슷한 주장을 하여 ‘국승’하였던 점에서 청구법인의 주장은 쟁점상표권 사용료의 시가 산정에 관하여는 지금까지의 과세관청의 과세방식과 유사한 방법이라서 합리적이지만, 조사청과 같이 쟁점 시행령을 근거로 과세한 사례는 찾아보기 어렵다는 점을 거듭 강조한다.

(표 삽입을 위한 여백)

<청구법인 주장과 판례 비교>

청구법인 주장

판례에서 해당내용 발췌

(쟁점4, 사용료시가판정에 적법성 판단)

쟁점거래와 같은 상표권 사용료 산정방식은 법령에서 정하는 방법이 아니더라도 그 산정에 합리성이 있다면 시가로 인정될 수 있다.

조사청이 이 사건 상표의 사용료 시가를 산정하기 위해 선택한 방식 그 자체는 비록 법인세법령 등에서 예정하고 있는 방식은 아니나, 일반적으로 국내 지주회사 및 각 계열사들 간의 상표사용료 수취 과정에서 활용되는 방식에 해당함은 분명하다. 또한 그 과정에서 조사청은 원고 AA은행에 최대한 유리하게 적용될 수 있는 사용료율을 역시 적용한 것으로도 보여, 일응 그와 같은 방식으로 계산된 이 사건 상표의 사용료 가액은 법인세법 제52조 제1항에서 규정하는 시가에 해당한다고 볼 여지가 충분하다.

상표권 사용료를 쟁점 시행령으로 계산하는 것은 적절하지 않다.

이 사건 상표의 사용료를 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따른 감정평가 방식이나 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의하여 이를 정확하게 산정할 수 있을지 의문이고, 법인세법 시행령 제89조 제4항에 따라 ‘당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 계산하는 것 역시 적절한 방식은 아니라고 보인다.

<청구법인 주장과 판례 비교>

청구법인 주장

판례에서 해당내용 발췌

(쟁점4, 사용료시가판정에 적법성 판단)

청구법인의 상표권 사용료율(1.5%)이 합리적인 시가라는 점을 다각도로 주장하였는데 조사청은 이를 부인하였다.

-다수의 비교사례에서 상표권 사용료율은 청구법인의 요율보다 더 높다

-최근 감정평가법인 2곳이 감정한 로열티율 범위에도 근접하다.

이 사건 상표의 사용료 산정과 관련하여 감정의 필요성이 인정된다고 하더라도, 원고들은 단지 시가 내지 정상가격 산정에 위법이 있다고 주장하고만 있을 뿐, 입증책임이 모두 과세관청에게 있다는 이유만을 들어 이 사건 상표의 사용료 산정을 위한 구체적인 방안 등에 대해서는 전혀 제시하지 않고 있다.

쟁점사용료율 1.5%는 청구법인의 당기순이익에 25%(기여율)를 곱한 금액을 매출액으로 나누어 그 비율을 산정하였는데, 다른 기업의 사례에 비추어도 과다한 수준이 아니므로 합리적인 방법이 아니라고 할 수 없다.

피고가 이 사건 상표의 사용료 산정과 관련하여 선택한 방식인 시장접근법은 감정평가에 관한 규칙 제11조에 열거되어 있는 원가방식, 비교방식, 수익방식 중에서 ‘비교방식(거래사례비교법 등)’과 유사하다고 보이는데, 이 경우 원고 AA은행의 사용료 미수취 기간, 이 사건 계열회사들의 규모 등에 비추어 보면, 조사청이 이 사건 세무조사 과정에서 감정평가와 유사한 결과가 나올 수 있는 방식을 선택하여 이 사건 상표의 사용료를 산정한 것은 어느 정도 합리적인 방법이라고 할 수 있다.

청구법인 상표권 사용료율 1.5%가 적정하므로 조사청의 과세처분은 위법하다.

이 사건 처분 중 쟁점4 부분과 관련된 피고의 과세처분은 적법하다.

 2) 경제적 합리성이 없다는 의견에 대하여

  가) 청구법인 및 특수관계인 간(ㄴㄴㄴ→청구외법인→청구법인) 일련의 이중 거래를 통하여 사주 일가가 100% 지분을 보유한 청구외법인에 의도적으로 이익을 분여한 것이라는 조사청 의견에 대하여,

   (1) 일반적으로 과세관청의 과세스탠스는 등록된 상표권을 사용하는데도 관계회사 간에 사용료를 아예 받지 않거나 낮게 받는 부분을 부당행위계산부인 규정으로 과세하는 것이기에, 청구법인은 2020년 회계감사 법인의 컨설팅을 받고 적정 사용료율을 적용하여 상표권을 ㄴㄴㄴ로부터 임차받은 청구외법인과 전용사용권 계약을 체결하였다.

   (2) 상표권을 사용하여 그 효익을 누린 자에게는 그 대가를 지급해야 한다는 것은 법원이 확립한 원칙이고, 사적자치의 원칙에 따라 청구법인이 청구외법인과 계약하고 합리적으로 산정한 상표권 사용료를 지급한 것에는 특별한 문제가 없다.

  나) 청구법인은 조달청 입찰을 통해 공공기관에 납품하는 업체로서 상표권 사용에 따른 경제적 효익이 미미함에도 고액의 상표권 사용료를 부담하는 것은 경제적 합리성이 없고, 청구법인과 유사한 경쟁업체 중에 상표권 사용료를 지급한 사례가 없어서 경제적 합리성이 결여된 것이라는 조사청 의견에 대하여,

   (1) 청구법인이 설립 초기 상표권 사용료 지급에 대한 인식 부족으로 쟁점상표를 무단으로 사용하여 오다가 상표권 권리자로부터 사용중단 공문을 수령 후 즉시 사용을 중단한 사례에서만 보더라도, 상표권 침해행위로 인한 상표권자의 소송 위험성과 손해배상청구의 위험성이 높다는 점을 충분히 짐작할 수 있다.

   (2) 공공 조달시장에서도 브랜드 신뢰도, 지속성, 기업 이미지가 중요한 평가 요소이므로 상표사용의 효익을 전면 부정할 수 없고, 공공기관에 컴퓨터를 입찰하는 타 업체 등은 애초 해당 브랜드를 당해 법인이 보유하고 있어 로열티 지급사례가 없는 점에 비추어 동종 업계의 상표권 사용 대가 지급 여부는, 청구법인의 쟁점상표권의 사용료 지급이 경제적 합리성이 결여된 근거가 될 수 없다.

  다) ‘쟁점상표권 전용사용권 계약’ 체결은 부자연스럽고 불합리한 행위로서 경제적 합리성이 없는 비정상적이라는 의견에 대하여,

   (1) 청구법인은 상표권자인 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차하고 전용사용권을 가진 자인 청구외법인과 전용사용계약을 체결하였다.

   (2) 청구법인이 청구외법인과 체결한 전용사용계약 제4조 제2호에 사용권의 종류는 “전용사용권(상표법 제55조)”이라고 명시되어 있으며, 청구법인은 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권의 임차 형태로 동의를 받아 전용사용권을 이전받은 청구외법인으로부터 전용사용권 사용허가를 득한 것이다.

「상표법」제100조 제1항은 문언 그대로 해석하면, 전용사용권 설정을 등록하지 않으면 제삼자에게 이을 대항할 수 없다는 취지에 불과하고, 지식재산청 등록 여부에 따라 전용사용권 설정의 효력이 달라진다는 취지가 아닌바, 이를 문제 삼아 경제적 합리성이 결여하였다고 주장할 수는 없다.

나. (쟁점②) 조사청 의견 반박

1) 2020년 발생한 용역(상표권 사용료)에 대해 2021.2.28. 수취한 쟁점매입세금계산서는 정당한 세금계산서이다.

  가) 청구법인은 이미 쟁점 상표권을 2020년 이전부터 사용하고 있었으며 2020년 사용분에 대하여 다음연도 3월 말까지 확정된 매출액을 기준으로 1.5% 사용료를 정산하는 구조이기 때문에, 용역의 대가를 받기로 한 때인 2021년에 쟁점상표권 전용사용권자인 청구외법인으로부터 정당한 세금계산서를 수취하였다.

  나) 즉,「부가가치세법」의 공급 시기와 세금계산서 발행 시기는 2021.3월까지이며 설령 공급시기가 1~2개월 늦었다고 하더라도 확정신고기한 다음날부터 6개월 이내(현재 법령은 1년)이기 때문에「부가가치세법시행령」개정(’19.2.12. 이후 분)에 따라 매입세액 공제는 가능하다.

 2) 사업 무관 매입세액으로 불공제 하려면 「부가가치세법시행령」 제77조에 해당하여야 한다.

  (1)「부가가치세법」에서는 사업과 관련없는 매입세액의 범위를 「부가가치세법시행령」 제77조에서 열거하고 있다.

  (2) 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다.

  (3) 「부가가치세법시행령」 제77조에서 위임한 「법인세법시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 해당하는 지출은 사업과 관련없는 지출인데, 대략의 내용은 비업무용부동산 등 취득・관리함으로써 발생하는 지출, 공통경비의 손금불산입, 업무와 관련 없는 지출 등으로서 쟁점상표권 사용료와 같이 귀속 시기가 다르거나 부당행위계산부인 규정에 해당하는 것은 사업과 관련 없는 지출대상으로 열거되어 있지 않다.

  (4) 따라서「부가가치세법」상 사업과 관련 없는 매입세액 불공제 대상에도 해당하지 않으므로 매입세액 불공제한 처분은 취소되어야 한다.

다. 결론

 1) 상술한 바와 같이, 부당행위계산부인을 주장・적용한 조사청이 「법인세법」 및 「법인세법시행령」에서 정한 방법으로, ‘시가’를 산정하지 않은 위법이 있으므로 시가에 대한 증명책임을 다하지 못한 이상 이 건 법인세 부과처분은 부당하다.

 2) 사실과 다른 세금계산서에 따른 매입세액 불공제처분 또한 「부가가치세법」 및 「부가가치세법시행령」에서 허용하고 있거나 관련 법령에서 사업과 관련 없는 사항으로 열거하고 있는 항목이 아니므로 매입세액 불공제처분은 부당하다.

5. 조사청 추가의견

가. 쟁점①

1) 상표권 사용료의 ‘시가’가 불분명하고, ‘감정평가액’이 없는 경우, 쟁점시행령이 적용되어야 한다.

  가) 청구법인이 25%룰에 따라 산정한 쟁점사용료율 1.5%는 상표권 사용료의 정당한 ‘시가’로 볼 수 없다.

  나) 청구법인이 적용한 로열티율 산정방식은 상표권 침해로 인한 손해배상액을 산정할 때 사용되는 25%룰을 사용하였다고 주장한다. 그러나 25%룰 방식은 당기순이익 계산 연도를 늘리거나 줄이는 방식 등을 악용하여 특수관계인과의 거래에 있어 얼마든지 ‘사용료율’을 임의 조작할 수 있고, 상표권 사용료의 ‘시가’ 산정에 반영되어야 하는 여러 경제적 요인 등을 반영할 수 없어 상표권 사용료의 시가 산정 방법으로 적합하지 않다.

 2) 조사청이 ‘시가’를 입증해야 한다는 청구주장에 대하여,

  이 건에서 청구법인이 적용한 상표권 사용료율이 ‘시가’에 해당하지 아니하여 ‘시가가 불분명’을 입증하면 충분하고, 조사청이 ‘시가’를 추가로 입증할 필요는 없다고 판단된다.

 3) 사주 ㄴㄴㄴ와 청구외법인은 쟁점외계약 체결 시 ‘쟁점시행령’을 적용하여 ‘쟁점사용료(임대보증금)’를 산정한 사실이 있다.

  청구법인은 쟁점시행령을 근거로 과세한 사례는 찾아보기 어렵다고 주장하지만, ㄴㄴㄴ와 청구외법인 간의 쟁점외계약(쟁점상표권 임대차 거래) 체결 시 쟁점시행령을 적용하여 상표권 사용료인 임대보증금을 산정한 것이 확인되었다.

 4) 경제적 합리성이 결여된 거래인지에 대하여,

  가) 이 건 거래행위는 연속된 2개의 상표권 거래 과정에서 쟁점외거래와 ‘시가’를 달리 적용한 경제적 합리성 결여된 거래이다.

    사주 ㄴㄴㄴ, 청구외법인 및 청구법인 간에 동일 상표권에 대하여 같은 날짜에 계약을 체결하면서 쟁점외거래와 쟁점거래에 있어서의 쟁점사용료를 달리 책정한 것은 비정상적인 거래로서 경제적 합리성이 없는 거래이다.

  나) 청구법인은 ‘경쟁업체들은 자체브랜드를 소유하여 청구법인과 비교할 수 없다’라고 항변하나,

    상표 또는 브랜드의 가치는 청구법인 또는 경쟁업체 모두 동일하게 상표의 개발, 향상, 영업활동 등에 따라 형성된다고 볼 수 있으며, 단지 상표권 소유자가 ‘사주’라는 사유만으로 경쟁업체와 다르게 고액의 상표권 사용료를 부담하는 것은 경제적 합리성이 존재한다고 보기 어렵다.

 5) ‘전용사용권’ 관련한 항변내용에 대하여,

 1) 상표법상 상표권자는 사주 ㄴㄴㄴ이고, 상표권자로부터 임차한 청구외법인을 ‘전용사용권자’로 보더라도, 전용사용권 설정은 ‘상표권자’ 만 가능한 것이어서 청구외법인은 청구법인에 ‘전용사용권’을 설정할 권리가 없다.

  2) 따라서 ‘쟁점 전용사용권 계약’ 체결은 부자연스럽고 불합리한 행위로서 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래행위로 판단된다.

 6) 결론

  1) 이 건에서 상표권 사용료의 ‘시가’는 청구법인과 특수관계인 간의 일련의 연속적인 거래 과정인 쟁점외거래와 쟁점거래 행위를 종합하여 산정하는 것이 합리적이다.

  2) 따라서 상표권자 ㄴㄴㄴ와 청구외법인 간의 쟁점외거래 과정에서 적용한 ‘시가’ 산정 방법과 같은 방법으로 쟁점상표권 사용료를 산정한 처분은 정당하다.

나. 쟁점②

 1) 청구외법인이 쟁점상표권을 임차하기 이전의 ’20년도분 세금계산서는 실제 공급자가 청구외법인이 아니어서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

    청구외법인이 쟁점상표권을 임차한 ’21.1.1. 이전인 ’20년도 당시의 쟁점상표권자는 사주 ㄴㄴㄴ이고, 청구외법인은 상표권자도 전용사용권자도 아니어서 용역의 공급 시기 적정 여부의 판단과 관련 없이 청구외법인은 ’20년도에 용역의 공급자가 될 수 없는 것으로 판단된다.

2) 또한 ’20년 소급 정산분은 사업 무관 매입세액에 해당하여 역시 매입세액 불공제 대상이다.

   청구외법인이 쟁점상표권을 임차하기 이전인 ’20년에는 쟁점상표에 대한 권리가 없고, 이미 상표사용이 완료된 상황으로서 청구법인이 사용료를 지급할 의무가 없다. 즉, ’20년 귀속 쟁점상표권 사용료는 청구외법인에 지급할 의무가 없는 지출로서 사업과 관련 없는 매입세액에 해당한다.

6. 심리 및 판단

가. 쟁점

 (쟁점①) 법인세법상 보충적 평가로 산출한 금액을 적정 상표권 사용료로 기준금액으로 보아 초과지급분은 부당행위계산 부인한 처분의 당부

 (쟁점②) 쟁점매입세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

 1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】[시행 2020.1.1.]제16833호, 2019.12.31.일부개정

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>

  ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. <개정 2018.12.24>

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>

 1-1) 법인세법시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】[시행 2020.1.1.]제29529호, 2019.2.12.일부개정

  ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2019.2.12.>

   7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

  ③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

1-2) 법인세법시행령 제89조【시가의 범위】

  ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. <개정 2012.2.2.>

  ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. <개정 2019.2.12.>

   1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

   2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

  ④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. <개정 2012.2.2>

   1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

 2) 부가가치세법 제16조【공급시기】[시행 2020.1.1.]제16845호, 2019.12.31.일부개정

  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

   1. 역무의 제공이 완료되는 때, 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

 2-1) 부가가치세법시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】[시행 2020.2.11.]제30397호, 2020.2.11.일부개정

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

   4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

2-2) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2019.12.31.>

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

   4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

2-3) 부가가치세법시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

  7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우 (2019.2.12. 신설)

 3) 상표법 제89조【상표권의 효력】

상표권자는 지정상품에 관하여 그 등록상표를 사용할 권리를 독점한다. 다만, 그 상표권에 관하여 전용사용권을 설정한 때에는 제95조제3항에 따라 전용사용권자가 등록상표를 사용할 권리를 독점하는 범위에서는 그러하지 아니하다.

 3-1) 상표법 제95조【전용사용권】

  ① 상표권자는 그 상표권에 관하여 타인에게 전용사용권을 설정할 수 있다.

  ③ 제1항에 따른 전용사용권의 설정을 받은 전용사용권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 지정상품에 관하여 등록상표를 사용할 권리를 독점한다.

  ⑤ 전용사용권자는 상속이나 그 밖의 일반승계의 경우를 제외하고는 상표권자의 동의를 받지 아니하면 그 전용사용권을 이전할 수 없다.

 3-2) 상표법 제97조【통상사용권】

  ① 상표권자는 그 상표권에 관하여 타인에게 통상사용권을 설정할 수 있다.

  ② 제1항에 따른 통상사용권의 설정을 받은 통상사용권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 지정상품에 관하여 등록상표를 사용할 권리를 가진다.

 3-3) 상표법 제100조【전용사용권·통상사용권 등의 등록의 효력】

  ① 다음 각 호에 해당하는 사항은 등록하지 아니하면 제3자에게 대항할 수 없다.

   1.전용사용권 또는 통상사용권의 설정ㆍ이전(상속이나 그 밖의 일반승계에 의한 경우는 제외한다)ㆍ변경ㆍ포기에 의한 소멸 또는 처분의 제한

   2. 전용사용권 또는 통상사용권을 목적으로 하는 질권의 설정ㆍ이전(상속이나 그 밖의 일반승계에 의한 경우는 제외한다)ㆍ변경ㆍ포기에 의한 소멸 또는 처분의 제한

  ② 전용사용권 또는 통상사용권을 등록한 경우에는 그 등록 후에 상표권 또는 전용사용권을 취득한 자에 대해서도 그 효력이 발생한다.

  ③ 제1항 각 호에 따른 전용사용권ㆍ통상사용권 및 질권의 상속이나 그 밖의 일반승계의 경우에는 지체 없이 그 취지를 지식재산처장에게 신고하여야 한다.

다. 사실관계

1) 청구법인과 청구외법인의 사업자 기본사항 및 주주현황은 다음과 같다.

 2) 비교대상 상표권의 감정가액 및 쟁점상표권 계약관계는 다음과 같다.

  가) 비교대상 상표권을 4,810백만원에 감정한 2020.7.24.자 감정평가법인의 감정평가서 요약내용은 다음과 같다.

   나) ㄴㄴㄴ는 2021.1.1. 청구외법인에 쟁점상표권의 권리를 보증금 2,400백만원에 대여하는 쟁점외계약을 체결하였다.

   다) 청구외법인은 쟁점외계약 체결일과 같은 날인 2021.1.1. ㄴㄴㄴ로부터 임차한 쟁점상표권을 청구법인이 사용하도록 하고 청구법인의 제조․판매로 발생된 총매출액의 1.5%를 2020년 회계연도부터 받기로 하는 ‘상표권 전용사용계약’을 체결하였다.

 3) 조사청의 이 건 법인세와 부가가치세 처분 근거는 다음과 같다.

  가) 청구법인은 2019년부터 2020년 사업연도의 당기순이익에 쟁점상표권의 기여율을 25%로 보아 그 금액을 매출액으로 나누어 평균값인 쟁점사용료율(1.5%)을 산정 후, 2020년부터 2024년 사업연도에 발생한 쟁점상표권 사용분 매출액에 쟁점사용료율을 곱한 총 6,484백만원을 쟁점사용료로 지급하였고,

조사청은 쟁점상표권(자산)의 시가를 비교대상 상표권의 감정가액으로 보고, 무형자산을 제공받는 경우의 적정 시가로 쟁점시행령의 계산 방법“[(자산의 시가×50%)-보증금]×정기예금 이자율”을 적용하여 총 255백만원을 산출하고, 청구법인이 과다 지급한 6,229백만원을 부당행위계산 부인하였다.

<상표권 부당행위계산 부인금액>

(단위: 백만원)

구분

2020

2021

2022

2023

2024

계

익금

과다지급

1,295

1,316

1,299

1,027

1,292

6,229

귀속시기 조정

-

1,338

1,345

1,328

1,097

5,108

손금

귀속시기 조정

1,338

1,345

1,328

1,097

1,376

6,484

차이

-

△43

1,309

1,316

1,258

1,013

4,853

   - 조사청은 법인세 경정 시 쟁점사용료 과다 지급액은 발생한 사업연도의 익금에 가산하여 기타사외유출로 소득처분 하고, 지급연도를 기준으로 비용 계상한 쟁점사용료에 대하여는 지급연도의 익금과 발생연도의 손금으로 각각 가산하여 다른 과세 항목 포함 법인세 총 1,808백만원을 부과하였다.

  나) 2021.1기 과세기간에 청구외법인에 쟁점사용료를 지급하고 수취한 쟁점매입세금계산서 공급가액 1,338백만원에 대하여 조사청은, 쟁점상표권 전용사용계약 체결일 이전인 2020년 사업연도에 귀속하는 쟁점상표권의 전용사용권리는 ㄴㄴㄴ에게 있는 것으로 보아 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제하였다.

 4) 청구법인이 제출한 자료에 대해 살펴본다.

청구법인 제출자료 (요약 정리)

증빙 순서

제출 자료명

내용 요약

제1호증

2001년 개정세법 해설 발췌

- 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 ‘부동산 임대용역 등 시가 산정방법 개선’

제2호증

「기술평가실무가이드」31페이지

- 청구법인이 적용한 이익기여율(25%)은 상관행법상 또는 특허법원에서 인정되고 있음

제3호증

’25년 공시대상 기업집단 내부거래 현황 분석보고서

- 기업집단의 경우에도 0.5% 이상의 상표사용료를 수취하고 있음

제4호증

특허청 용역보고서「상표권 사용료 편취 관행 개선을 위한 가이드라인 마련」

- 상표권 사용료 제한 시 매출액 기준 0.1~2% 구간 내에서 그 사용료율을 정할 것을 제언

제5호증

「기술평가실무가이드」232페이지

- 업종별 로열티 평균값과 비교하면 쟁점사용료율은 평균 비율보다 낮은 범위내에 있음

제6호증

특허청 용역보고서「상표권을 이용한 부의 부당한 이전 방지대책」

- 쟁점사용료율보다 높은 수준의 사용료를 지급한 경우 소개

제7호증

쟁점사용료율 감정평가

- 2군데 감정평가 결과 합리적 범위 내에 있음

제8호증

상표권 중단 요청

ㄲ전자㈜상표권 사용중단 내용증명

  가)【제1호증】청구법인은「2001년 개정세법 해설」에서 쟁점시행령은 부동산 임대차 거래에서 적정한 차임을 산정하기 위한 것이므로 쟁점사용료 시가 산정 근거로 삼을 수 없다고 주장한다. 쟁점시행령 개정 취지는 다음과 같다.

〈쟁점시행령 개정 취지 (2001년 개정세법 발췌) 〉

쟁점① 법인세법상 보충적 평가로 산출한 금액을 적정 상표권 사용료로 기준금액으로 보아 초과지급분은 부당행위계산 부인한 처분의 당부, (쟁점②) 쟁점매입세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

쟁점① 법인세법상 보충적 평가로 산출한 금액을 적정 상표권 사용료로 기준금액으로 보아 초과지급분은 부당행위계산 부인한 처분의 당부, (쟁점②) 쟁점매입세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부쟁점① 법인세법상 보충적 평가로 산출한 금액을 적정 상표권 사용료로 기준금액으로 보아 초과지급분은 부당행위계산 부인한 처분의 당부, (쟁점②) 쟁점매입세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

  나)【제2호증】쟁점사용료율 산정에 적용한 이익기여율 25%는「상표법」상의 손해배상액 산정 방법에 기초한 합리적 요율로서 시가에 부합한 근거로, 산업통상자원부에서 2021년 발간한 ‘기술평가’에 대한 정의와 기술 가치 평가 방법 등을 다루는「기술평가 실무가이드」에 의하면, 비교기술의 거래사례 로열티율 자료가 미흡한 경우 상관행 법(25% 혹은 33%)을 적용하여 로열티율을 간접적으로 추정할 수 있다고 안내하고 있다.

〈기술평가 실무가이드 발췌〉

▢ 기술평가의 정의

「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제2조에서 기술평가에 대해 다음과 같이 정의하고 있음

→ 사업화를 통하여 발생할 수 있는 기술의 경제적 가치를 가액・등급 또는 점수 등으로 표현하는 것임

다) 수익접근법(로열티공제법)

○로열티공제법을 사용하기 위해서는 기술거래시장에서 비교 가능한 거래사례 로열티율 자료가 다수 존재해야 함. 비교 가능한 거래사례 로열티율 자료가 미흡한 경우 업종별 로열티율 통계를 활용할 수 있음(기술평가기준운영지침 제40조)

○비교기술의 거래사례 로열티율 자료가 미흡한 경우 상관행법(25% 혹은 33%)를 적용하여 대상기술이 속한 업종에서 다수의 경쟁기업 혹은 유사기업의 매출액 대비 영업이익률 자료로부터 대상기술에 적용할 로열티율을 간접적으로 추정할 수 있음

  다)【제3호증】2025년 공시대상기업집단 내에서 0.5% 이상의 상표 사용료 수취사례를 공정거래위원회의「2025년 공시대상 기업집단 내부거래 현황 분석보고서」에서 발췌하여 제출하였다.

  라)【제4호증】청구법인은, 쟁점사용료율의 지급이 특별히 과한 수준으로 보기 어려운 근거로 한국지식재산연구원에서 2019.10월 특허청장에게 제출한「상표권 사용료 편취 관행 개선을 위한 가이드라인 마련」보고서의 “특정 기업 등에 대하여 상표권 사용료의 제한을 규정할 경우 매출액 기준 0.1〜2%의 구간 내에서 그 사용료율을 정할 것을 제언할 수 있을 것이다.”라는 내용을 발췌하여 제출하였다.

  마)【제5호증】쟁점사용료율 1.5%는 평균보다 낮아 객관적, 합리적인 산정방식의 범주 내에 있는 근거로「기술평가 실무가이드」의 청구법인이 속한 유사업종(업종코드: C26)의 로열티율 분석 결과를 제출하였다.

  바)【제6호증】 2020.12월 특허청이 발간한 「상표권을 이용한 부의 부당한 이전 방지대책」 중 쟁점사용료율보다 높은 수준의 사용료를 지급한 예시로 판례에서 언급된 상표권 사용료 산정기준 및 사용료율을 정리한 표를 제출하였다.

  사)【제7호증】쟁점사용료율이 적정한 근거로 2026.2월 2개 감정평가법인으로부터 받은 쟁점상표권 로열티 감정평가서를 제출하였다.

  아)【제8호증】 과거 상표를 사용할 때도 로열티를 지급한 사실이 없다는 조사청 의견에 대한 반론으로, ㄲ전자㈜에서 청구법인에 2013.6.27. 요청한 상표권 사용중단 내용 증명서를 제출하였다.

 5) 조사청이 제출한 자료에 대해 살펴본다.

  가)【제1호증】ㄴㄴㄴ의 명의로 등록된 쟁점상표권 등록현황은 다음과 같다.

  나)【제2호증】다른 특허 등록번호의 빨간색 문구 상표, 한글 상표 및 나비 디자인의 상표 등을 혼용하여 사용하면서 수익 창출에 기여하고 있어 전용사용권 계약이 전체 상표를 대상으로 하고 있음을 보여주는 근거로 제품에 부착된 상표권 사용 사진을 제출하였다.

  다)【제3호증】조사종결보고서의 과세 근거는 다음과 같다.

라. 판단

쟁점①에 대해 청구법인은 조사청의 산정한 시가는 적정 시가로 볼 수 없고 쟁점거래에 있어 경제적 합리성이 결여된 것도 아니므로「법인세법」제52조 부당행위계산 부인 규정의 과세요건을 충족하지 못한 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

청구법인은 청구외법인에 지급하기로 한 쟁점사용료율은 합리적인 범위 내에 있어 시가로 타당하고, 경제적 합리성이 결여된 거래로도 볼 수 없으므로 이 건 처분은「법인세법」제52조 부당행위계산 적용 요건을 충족하지 못하였다고 주장하나,

 청구법인이 시가 산정 시 당기순이익에 기여율로 25%를 곱하여 상표권의 기여도를 산정하는 방식을 살펴보면, 해당 기여율 25%의 산정 근거가 객관적 자료에 의해 뒷받침되지 아니하고 일률적인 비율로 적용한 점에서 그 산정방식에 자의적인 요소가 개입된 것으로 보인다.

이에 반해 쟁점시행령의 계산 방법은 시가를 직접 확인할 수 없는 경우 적용되는 방법으로서, 비록 개별 거래의 특수성을 반영하지 못하는 한계가 있더라도, 청구법인과 같이 시가 산정 근거가 객관적이지 않을 때는 이를 적용하여 시가를 산정한 조사청의 처분이 불합리하다고 보기는 어렵다.

조사청은 쟁점시행령을 적용하면서 비교 대상 상표권의 감정가액을 쟁점상표권의 시가로 적용하였는데, 청구법인은 이에 대해 비교대상 상표권과 쟁점상표권과 그 기여도가 달라 감정가액이 동일하다고 볼 수 없다고 주장한다.

그러나 각각의 상표가 제품별로 구분되어 해당 제품의 로고로만 사용되거나, 수요층 또는 브랜드 인지도 등이 다르다는 등의 차별화 되는 요인들은 확인되지 않으며, 양자 모두 ‘쟁점상표’로 통칭할 수 있을 정도의 유사성을 보여 비교 대상 상표권의 감정가액을 쟁점상표권의 시가로 차용할 수 있다고 판단된다.

또한 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차한 행위에는 상표권 사용료 명목으로 이익을 분여받기 위한 의도 외에는 쟁점상표권과 관련하여 어떠한 역할이나 기능을 수행한 사정은 없는 것으로 보여 일반적인 거래 관행에 부합하는 경제적 합리성이 충분히 인정된다고 보기도 어렵다.

따라서 쟁점시행령을 적용하여 쟁점상표권의 사용료에 대한 시가를 산정하고 그 시가 초과액을 부당행위계산 부인한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대해 청구법인은 청구외법인이 쟁점상표권을 임차하기 이전의 2020년도분에 해당하는 쟁점사용료를 2021년 3월에 지급하고 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분이 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

 청구법인은 청구외법인에 쟁점상표권 사용료를 2020년분부터 지급하기로 2021년 1월에 소급계약하였으므로 2020년 발생한 쟁점사용료의 공급자는 청구외법인이라는 의견이나,

 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 쟁점상표권을 임차한 2021.1.1.이전 시기인 2020년에는 청구외법인이 ㄴㄴㄴ로부터 전용사용권리를 부여받았다고 보기는 어려워 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당하는 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

7. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 같은 법 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.


1)상표권 침해로 인한 손해배상액을 산정할 때 침해자가 얻는 이익 중 상표권이 기여한 정도를 추정하는 기준 비율

2)특허법원 20019.6.21. 선고 2017나2660 판결

통상적으로 사용되는 상표권 통상계약서(갑 제40호증)를 보더라도, 사용대가는 정액인 선급금과 매출액과 연계된 경상로열티로 구성되는데, 이러한 상표권통상계약서에 비추어 보면, 이 사건 계약의 최초 수수료와 신규 매장 수수료는 선급급에 대응한다고 볼 수 있다

3)2025년 공시대상기업집단 내부거래 현황 분석보고서(공정거래위원회) 26페이지

공시대상 기업집단 72개 중 70개는 매출액 등의 일정 비율을 상표권 사용료로 산정하고 있고, 오직 1개 기업인 ‘에쓰오일’에서만 정액 상표권 사용료($75,000/년)로 산정하고 있음.

4)대법원 2008.3.27. 선고 2005다 75002 판결

  상표권자 혹은 전용사용권자로서는 침해자가 상표권 침해행위로 인하여 얻은 수익에서 상표권 침해로 인하여 추가로 들어간 비용을 공제한 금액, 즉 침해자의 이익액을 손해액으로 삼아 손해배상을 청구하거나 혹은 상표권자가 다른 사람에게 침해기간, 침해 수량 등에 상응하는 상표의 사용을 허락하는 데 대한 통상적인 대가를 손해배상액으로 청구할 수 있다.

5)특허법원 2020.3.27. 선고 2018나1855 판결

이 사건 침해 표장에 의한 상표권침해행위의 태양, 원고와 피고 제품의 품질과 가격 등 실제 거래실정에서 중요하게 감안되는 요소 등 제반 사정을 참작하면, 피고의 한계이익액 중 이사건 침해 표장의 기여율은 30% 정도로 산정함이 상당하다.

6)목적 : 기술평가의 전문성과 신뢰성을 확보하고 기술이전 및 거래, 현물출자, 투자 및 융자 등 다양한 용도에 적용하여 건전한 기술평가시장을 조성하기 위한 「기술평가 인프라구축」사업의 일환으로 2006년부터 기술평가 방법 등에 대한 기준이 마련되기 시작했음

7)서울고등법원 2022누43001 판결(2024.12.26.)

이 사건 요율은 국내 주요 그룹 계열사 사이의 상표권 사용료를 받기 위해 이를 산정할 때 적용하는 평균 수치와 유사하거나 이보다 낮은 수치라고 할 수 있다. 원고에게 특별히 불리하다고 볼 만한 사정은 찾기 어렵다. 따라서 피고가 적정한 상표권 사용료 액수를 산정하기 위해 이 사건 요율을 적용한 것에 대해, 객관적 합리적인 산정방식의 범주를 벗어났다고 섣불리 평가하기는 곤란하다.

8)중앙값 : 수집된 개별업종의 50%

9)Q1 : 하위 25%

10)Q3 : 상위 25%