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예규·판례
청구인이 법인등기부상 기재된 대로 ’...
이의신청기각
청구인이 법인등기부상 기재된 대로 ’21.12.5일까지 대표이사였는지 여부
이의-중부청-2026-0007생산일자 2026.03.26.
AI 요약
요지
청구인이 제출한 자료만으로는 법인포괄양수도 계약서 내용과 쟁점법인의 의사결정에 청구인이 일체 관여하지 않았다는 사실을 확인할 수 없을 뿐만 아니라, 추계조사․결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 상여처분된 금액이 실제 누구에게 귀속되었는지 여부를 묻지 아니하므로 쟁점법인의 2021 사업연도 소득금액을 추계하여 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분한 다음 이에 대한 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없음
상세내용

주 문 : 이 건 이의신청은「기각」합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. A(이하 “청구인”이라 한다)는 주택신축판매 법인인 ㈜B(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 2017.3.23.(개업)∼2021.12.5.까지 법인등기부상 대표이사였으며, 쟁점법인은 2021년 빌라 14세대를 4,145백만원에 양도하였으나 법인세를무신고하였다.

나. 법인 관할인 동수원세무서장은 2021년 귀속 매출 4,145백만원의 법인세를 무신고한 쟁점법인에 대하여 3회에 걸쳐 추계 결정・재경정하였다.

다. 강릉세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 인정상여 금액 순번 1,2에 대하여 수정신고 사실이 없음을 확인하고 2025.9.1. 2021년 귀속 종합소득세 579백만원을 결정·고지하였다.

라. 2026.1.7. 청구인은 이에 불복하여 본 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

2021년 5월 쟁점법인을 C, D에게 포괄양도하였고, 2021년 12월 법인등기부상 대표이사 D, 사내이사 C으로 변경되었으므로 청구인에 대한 대표자 상여처분과 이로 인한 종합소득세 579백만원 부과처분은 취소되어야 한다.

가. 사실관계

 1) 쟁점법인은 2017년 주택신축판매업을 목적으로 설립된 법인으로 2018년에 경기도 광주시 소재 빌라 2동을 신축하였으나, 분양이 되지 않아 건축자금 대출이자 납부가 어려운 상황이 되었다.

 2) 쟁점법인 설립 시 실질적인 법인 운영은 청구인의 친구 E이 하였고, 청구인은 명의만 대여해 주었는데, E은 코로나 사태로 신축빌라 분양이 어려워지자 쟁점법인을 양도하기로 하였고 2021년 5월 신축 빌라와 함께 법인 전체를 C, D에게 양도하였다.

 3) 2021.12.6. 법인등기부 상 대표이사 D, 사내이사 C으로 변경된 사실을 확인하여 청구인은 쟁점법인에 대한 모든 권리와 의무에서 벗어났다고 생각하였고, 이후 쟁점법인에 대한 아무런 소식도 듣지 못하였다.

 4) 2023년 말부터 동수원세무서에서 법인세에 대한 통지를 받게 되었고, 세무서담당자는 주주명의가 변경되지 않았기 때문에 청구인에게 통지되는 것이라고 설명하였다.

 5) 청구인은 E을 통해 C에게 지속적으로 연락을 취하였고, 그는 이 문제를 처리하겠다고 하였으나 현재까지 이행되지 않아 청구인에게 과세된 상황이다.

  쟁점법인의 대표자변경 등기가 되어있는 상황에서 청구인이 할 수 있는 일이 없었으므로, C에게 여러 번 주주명의 변경처리를 요청하였으나 아무런 조치도 취하지 않았고, 2025년부터는 연락이 두절되었다.

나. 청구주장

 1) 2021년 5월 쟁점법인 양수도 이후 청구인은 쟁점법인에서 어떠한 의사결정을 행사한 적이 없고, 급여를 받은 사실이 없다.

2) 신축빌라에 대한 분양도 쟁점법인 양수도 이후 이루어졌으므로 분양대금 처리 또한 청구인하고는 아무 상관이 없다.

 3) 청구인은 D와 C을 2026.1.19. 고소하였다.

 4) 소득이 있으면 당연히 세금을 납부해야 하지만 청구인은 분양과정에도 일절 관여하지 않았고, 급여 등 쟁점법인으로부터 지급받은 소득도 일절 없기에 청구인에게 부과된 세금은 취소되어야 한다.

<2021년 쟁점법인이 신축한 빌라의 분양일>

<2021년 쟁점법인이 신축한 빌라의 분양일>

3. 처분청 의견

가. 사실관계

 1) 쟁점법인은 2017년 주택신축판매업을 목적으로 설립된 법인으로 2018년 중 경기도 광주시 소재 다세대주택을 신축하여 취득하였고, 2021년 해당 물건을 양도하였다.

 2) 쟁점법인 관할 동수원세무서는 법인세를 무신고한 쟁점법인에 대하여 추계(기준경비율)로 2021 사업연도 법인세 고지 및 대표자 상여처분하였고, 이에 대하여 처분청은 청구인에게 종합소득세 579백만원을 결정고지 하였다.

나. 처분청 의견

1) 청구인은 포괄양도양수계약서(2021.5.26.)를 통해 수입금액의 귀속자가 본인이 아님을 주장하고 있으나 국세청 전산 확인 결과 쟁점법인의 대표자 변경 사실이 없으며 법인등기사항증명서 상 2021.12.6. 사내이사 변경내용이 확인된다.

 2) 청구인이 제출한 부동산매매계약서 제2조 및 제3조【매매대금 및 지급방법】에 따르면, 〞매매대금은 12세대 총 1,740백만원으로 하며, 계약금 500만원은 계약시 지급하고, 매매대금의 잔금은 수협은행의 대출금을 기준으로 하여 부동산 신탁된 금액을 이전에 따른 중도금 및 잔금으로 한다〞라고 기재되어 있으나, 청구인은 본인진술서 및 부동산매매계약서 외의 다른 증빙서류를 제출하지 않아, 부동산 매매 관련 계약금, 중도금 및 잔금에 관한 사실관계를 정확하게 알 수 없어 부동산 양도시기를 판단할 수가 없다.

 3) 또한 부동산매매계약서의 내용을 뒷받침할 수 있는 금융증빙 등 보완서류가 제출되지 않아 해당 계약서의 진위 여부와 계약 이후 쟁점법인의 실제 운영행태 등을 판단하기 어렵다.

 4) 한편 청구인이 주장하는 주주변동사실에 관하여 살펴보면 쟁점법인은 주식변동상황명세서를 제출한 사실이 없으며, 이를 입증할만한 자료제출이 없어 주주변동사실 확인이 어렵다.

다. 소결

 1) 따라서, 당초 과세관청이 법인등기부등본에 대표자로 되어있는 청구인에게 소득처분한 내용은 정당하며, 이를 근거로 한 소득세 과세처분은 정당하다.

 2) 다만 쟁점법인 관할 동수원세무서에서 법인등기부 상 2021.12.6. 대표자 변경에 따른 상여처분금액을 재직일수에 따라 안분계산하여 소득금액변동통지(△87,962,669원) 하였고, 이를 처리하여 2021년 소득금액변동통지로 결정·고지된 종합소득금액은 당초 579백만원에서 531백만원으로 경정되었다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 법인등기부상 기재된 대로 ’21.12.5일까지 대표이사였는지 여부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

[2021.11.23. 법률 제18521호로 타법 개정된 것]

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

2) 부가가치세법 시행령 제14조【사업자등록 사항의 변경】

[2021.2.17. 시행령 제31445호로 일부 개정된 것]

  ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)해야 한다.

   2. 법인 또는 「국세기본법」제13조 제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 재정경제부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우

3) 상법 제183조【변경등기】

  제180조 각 호의 사항이 변경되었을 때에는 본점의 소재지에서 2주일 내에 변경등기를 하여야 한다.

4) 법인세법 제67조【소득처분】

[2018.12.24. 법률 제16008호로 일부 개정된 것]

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

  2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

4-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

[2021.2.17. 시행령 제31443호로 일부 개정된 것]

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  ② 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

4-2) 법인세법 기본통칙 67-106···20【추계결정(경정)시 소득처분대상금액】

영 제104조 제2항에 따라 추계결정 또는 경정된 과세표준과 대차대조표상의 당기순이익과의 차액을 영 제106조 제2항에 따라 소득처분하는 경우에 당기순이익은 당기분 법인세와 전기분 추가 법인세 및 법인세 환수액・전기오류수정익 및 전기오류수정손 등을 각각 손금 또는 익금에 가산하지 아니한 것을 말한다.

 5) 조세범처벌법 제11조【명의대여 행위 등】

  ① 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 타인의 성명을 사용하여 사업자등록을 하거나 타인 명의의 사업자등록을 이용하여 사업을 영위한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.

  ② 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 자신의 성명을 사용하여 타인에게 사업자등록을 할 것을 허락하거나 자신 명의의 사업자등록을 타인이 이용하여 사업을 영위하도록 허락한 자는 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다.

6) 상법 제24조【명의대여자의 책임】

  타인에게 자기의 성명 또는 상호를 사용하여 영업을 할 것을 허락한 자는 자기를 영업주로 오인하여 거래한 제3자에 대하여 그 타인과 연대하여 변제할 책임이 있다.

다. 사실관계

 1) 청구인 총사업내역

 2) 청구인의 2021년 과세연도 종합소득세 신고 및 경정 내용

 3) 청구인은 국세청 전산상 2017년∼2022년까지 쟁점법인 대표이사로 근무한 것으로 확인되나 2019년 이후 쟁점법인에서 근로소득을 지급받은 사실이 국세청 전산에서 확인되지 않음

라. 청구인이 제출한 서류 확인

 1) 쟁점법인 양수도 계약서

- 심리담당자는 상기 양수도 계약서 관련하여 금융증빙 등 계약 내용을 확인할 수 있는 서류를 요청하였으나 청구인은 추가적으로 제출할 수 있는 서류가 없다고 답변함

- 계약서 상 양수인 C의 전화번호(010-****-****)로 2026.2.24. 오후 14시 30분경 통화시도하였으나 연결되지 않음

 2) 사건사고 확인원(고발서)

마. 처분청이 제출한 서류 확인

 1) 소득금액변동통지서

쟁점법인 관할 세무서는 법인등기부 상 대표이사가 2021.12.6. D로 변경된 사실을 근거로 소득처분대상 금액을 수정하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 2026.3.11. 소득금액을 경정하여 청구인에게 쟁점법인의 소득금액변동통지로 부과된 종합소득금액은 531백만원으로 감액됨

바. 심리담당자 확인내용

 1) 2021년 쟁점법인이 신축한 빌라의 등기부등본 상 소유권변동 내역

 101동 202호 및 401호는 청구인이 제출한 분양일 표에 미기재한 물건으로 쟁점법인 양수도 전 매매됨

 2) 2026.2.27. 11시 7분경 E과 통화(휴대전화번호 생략)하여 법인양수도 계약관련 이사회 회의록 등 사실관계 확인이 가능한 증빙을 요청하였으나, 법인양수도 관련이 아닌 대표자 변경시 등기소에 제출한 서류를 2026.3.10. 제출함

2021.11.25. 발행된 청구인의 인감증명서 첨부되어 있음(생략)

상기 서류 출처에 대한 질문에 E은 청구인과 등기소에 방문하여 법인등기부변경 시 제출된 서류를 사진찍어 온 것이라고 답변함

사. 판단

청구인은 2021년 5월 쟁점법인을 포괄양도하였고, 본 건 결정·고지 건은 쟁점법인 양도 후 발생한 법인의 수입금액에 대한 대표자 상여처분에 근거한 것이므로 청구인에게 부과된 종합소득세 531백만원의 결정·고지는 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 법인의 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 다만 필요한 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우 추계조사방법에 의하여 이를 결정할 수 있다. 또한 법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있고(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누3120 판결 참조), 특히 추계조사․결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 추계조사․결정 방법에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)이 사외에 유출되었는지의 여부나 사외에 유출되었다면 실제로 누구에게 귀속되었는지를 묻지 아니한다(대법원 2008. 1. 18. 선고 2005두8030 판결, 대법원 1990. 9.28. 선고 89누8231 판결 등 참조).

 일반적으로 주식회사의 대표자는 당해 법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 법인등기부상의 대표자를 그 법인의 대표자로 인정하여야 하는데, 청구인은 법인등기부상 2021.1.1.부터 2021.12.5.까지 대표이사로 확인된다.

 청구인은 2021년 5월 쟁점법인을 포괄양도하였다고 주장하며 매매계약서를 제출하였으나, 매매계약서 내용을 확인할 수 있는 이사회 회의록, 매매대금 수취 금융증빙 등을 제출하지 못하여 해당 서류를 신뢰하기 어렵다.

 한편 청구인은 E에게 명의를 빌려주었고, 쟁점법인 운영에 관여하지 않았다고 언급하였으나 이에 대한 증빙 또한 제출되지 않아 사실 여부를 확인할 수 없다.

 따라서 원고가 제출한 자료만으로는 법인포괄양수도 계약서 내용과 쟁점법인의 의사결정에 청구인이 일체 관여하지 않았다는 사실을 확인할 수 없을 뿐만 아니라, 추계조사․결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 상여처분된 금액이 실제 누구에게 귀속되었는지 여부를 묻지 아니하므로(광주지방법원2009구합324,2010.6.17.),

 쟁점법인의 2021 사업연도 소득금액을 추계하여 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분한 다음 이에 대한 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 이의신청은 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호 및 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.